segmentation/clitkMorphoMathGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef clitkMorphoMathGenericFilter_txx
  19 #define clitkMorphoMathGenericFilter_txx
  20 /**
  21    =================================================
  22    * @file   clitkMorphoMathGenericFilter.txx
  23    * @author Jef Vandemeulebroucke <jef@creatis.insa-lyon.fr>
  24    * @date   5 May 2009
  25    *
  26    * @brief
  27    *
  28    =================================================*/
  29
  30
  31 namespace clitk
  32 {
  33
  34
  35   //==============================================================================
  36   // Update with the number of dimensions
  37   //==============================================================================
  38   template<unsigned int Dimension>
  39   void
  40   MorphoMathGenericFilter::UpdateWithDim(std::string PixelType)
  41   {
  42     if(PixelType == "short"){
  43       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed short..." << std::endl;
  44       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed short>();
  45     }
  46     //    else if(PixelType == "unsigned_short"){
  47     //      if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_short..." << std::endl;
  48     //      UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  49     //    }
  50
  51     else if (PixelType == "unsigned_char"){
  52       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_char..." << std::endl;
  53       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  54     }
  55
  56     //     else if (PixelType == "char"){
  57     //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed_char..." << std::endl;
  58     //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed char>();
  59     //     }
  60     else {
  61       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and float..." << std::endl;
  62       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float>();
  63     }
  64   }
  65
  66
  67   //==============================================================================
  68   // Update with the pixel type
  69   //==============================================================================
  70   template <unsigned int Dimension, class  InputPixelType>
  71   void
  72   MorphoMathGenericFilter::UpdateWithDimAndPixelType()
  73   {
  74
  75     //---------------------------------
  76     // Define the images
  77     //---------------------------------
  78     typedef float InternalPixelType;
  79     typedef itk::Image<InputPixelType, Dimension> InputImageType;
  80     typedef itk::Image<InternalPixelType, Dimension> InternalImageType;
  81     typedef itk::Image<InputPixelType, Dimension> OutputImageType;
  82     typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> FileReaderType;
  83     typename FileReaderType::Pointer fileReader=FileReaderType::New();
  84     fileReader->SetFileName(m_InputFileName);
  85     typedef itk::CastImageFilter<InputImageType, InternalImageType> InputCastImageFilterType;
  86     typename InputCastImageFilterType::Pointer caster = InputCastImageFilterType::New();
  87     caster->SetInput(fileReader->GetOutput());
  88     caster->Update();
  89     typename InternalImageType::Pointer input =caster->GetOutput();
  90
  91
  92     //---------------------------------
  93     // Find the type of action
  94     //---------------------------------
  95     typedef itk::ImageToImageFilter<InternalImageType, InternalImageType> ImageFilterType;
  96     typename ImageFilterType::Pointer filter;
  97
  98     typedef itk::BinaryBallStructuringElement<InputPixelType,Dimension > KernelType;
  99     KernelType structuringElement;
 100     typename InternalImageType::SizeType radius;
 101     if (m_ArgsInfo.radius_given==Dimension)
 102       for (unsigned int i=0;i<Dimension;i++)
 103         {radius[i]=m_ArgsInfo.radius_arg[i];}
 104     else
 105       for (unsigned int i=0;i<Dimension;i++)
 106         radius[i]=m_ArgsInfo.radius_arg[0];
 107
 108     structuringElement.SetRadius(radius);
 109     structuringElement.CreateStructuringElement();
 110
 111     switch(m_ArgsInfo.type_arg)
 112       {
 113
 114       case 0:
 115         {
 116           typedef itk::BinaryErodeImageFilter<InternalImageType, InternalImageType , KernelType> FilterType;
 117           typename FilterType::Pointer m = FilterType::New();
 118           m->SetBackgroundValue(m_ArgsInfo.bg_arg);
 119           m->SetForegroundValue(m_ArgsInfo.fg_arg);
 120           m->SetBoundaryToForeground(m_ArgsInfo.bound_flag);
 121           m->SetKernel(structuringElement);
 122
 123           filter=m;
 124           if(m_Verbose) std::cout<<"Using the erode filter..."<<std::endl;
 125           break;
 126         }
 127
 128       case 1:
 129         {
 130           typedef itk::BinaryDilateImageFilter<InternalImageType, InternalImageType , KernelType> FilterType;
 131           typename FilterType::Pointer m = FilterType::New();
 132           m->SetBackgroundValue(m_ArgsInfo.bg_arg);
 133           m->SetForegroundValue(m_ArgsInfo.fg_arg);
 134           m->SetBoundaryToForeground(m_ArgsInfo.bound_flag);
 135           m->SetKernel(structuringElement);
 136
 137           filter=m;
 138           if(m_Verbose) std::cout<<"Using the dilate filter..."<<std::endl;
 139           break;
 140         }
 141
 142       case 2:
 143         {
 144           typedef itk::BinaryMorphologicalClosingImageFilter<InternalImageType, InternalImageType , KernelType> FilterType;
 145           typename FilterType::Pointer m = FilterType::New();
 146           m->SetForegroundValue(m_ArgsInfo.fg_arg);
 147           m->SetSafeBorder(m_ArgsInfo.bound_flag);
 148           m->SetKernel(structuringElement);
 149
 150           filter=m;
 151           if(m_Verbose) std::cout<<"Using the closing filter..."<<std::endl;
 152           break;
 153         }
 154
 155       case 3:
 156         {
 157           typedef itk::BinaryMorphologicalOpeningImageFilter<InternalImageType, InternalImageType , KernelType> FilterType;
 158           typename FilterType::Pointer m = FilterType::New();
 159           m->SetBackgroundValue(m_ArgsInfo.bg_arg);
 160           m->SetForegroundValue(m_ArgsInfo.fg_arg);
 161           m->SetKernel(structuringElement);
 162
 163           filter=m;
 164           if(m_Verbose) std::cout<<"Using the opening filter..."<<std::endl;
 165           break;
 166         }
 167
 168       case 4:
 169         {
 170           typedef clitk::ConditionalBinaryErodeImageFilter<InternalImageType, InternalImageType , KernelType> FilterType;
 171           typename FilterType::Pointer m = FilterType::New();
 172           m->SetBackgroundValue(m_ArgsInfo.bg_arg);
 173           m->SetForegroundValue(m_ArgsInfo.fg_arg);
 174           m->SetBoundaryToForeground(m_ArgsInfo.bound_flag);
 175           m->SetKernel(structuringElement);
 176
 177           filter=m;
 178           if(m_Verbose) std::cout<<"Using the conditional erode filter..."<<std::endl;
 179           break;
 180         }
 181
 182       case 5:
 183         {
 184           typedef clitk::ConditionalBinaryDilateImageFilter<InternalImageType, InternalImageType , KernelType> FilterType;
 185           typename FilterType::Pointer m = FilterType::New();
 186           m->SetBackgroundValue(m_ArgsInfo.bg_arg);
 187           m->SetForegroundValue(m_ArgsInfo.fg_arg);
 188           m->SetBoundaryToForeground(m_ArgsInfo.bound_flag);
 189           m->SetKernel(structuringElement);
 190
 191           filter=m;
 192           if(m_Verbose) std::cout<<"Using the conditional dilate filter..."<<std::endl;
 193           break;
 194         }
 195
 196       }
 197
 198
 199     //---------------------------------
 200     // Execute the filter
 201     //---------------------------------
 202     filter->SetInput(input);
 203
 204     try
 205       {
 206         filter->Update();
 207       }
 208     catch( itk::ExceptionObject & err )
 209       {
 210         std::cerr << "ExceptionObject caught executing the filter!" << std::endl;
 211         std::cerr << err << std::endl;
 212         return;
 213       }
 214
 215
 216     //---------------------------------
 217     // Write the output
 218     //---------------------------------
 219     typedef itk::CastImageFilter< InternalImageType, OutputImageType > OutputCastImageFilterType;
 220     typename OutputCastImageFilterType::Pointer oCaster = OutputCastImageFilterType::New();
 221     oCaster->SetInput(filter->GetOutput());
 222     typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> FileWriterType;
 223     typename FileWriterType::Pointer writer=FileWriterType::New();
 224     writer->SetInput(oCaster->GetOutput());
 225     writer->SetFileName(m_ArgsInfo.output_arg);
 226     writer->Update();
 227
 228   }
 229
 230 }//end namespace
 231
 232 #endif //#define clitkMorphoMathGenericFilter_txx