segmentation/clitkMorphoReconstructionGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkMorphoReconstructionGenericFilter_txx
  19 #define clitkMorphoReconstructionGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkMorphoReconstructionGenericFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30
  31 namespace clitk
  32 {
  33
  34   //-------------------------------------------------------------------
  35   // Update with the number of dimensions
  36   //-------------------------------------------------------------------
  37   template<unsigned int Dimension>
  38   void
  39   MorphoReconstructionGenericFilter::UpdateWithDim(std::string PixelType)
  40   {
  41     if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<< PixelType<<"..."<<std::endl;
  42
  43     if(PixelType == "short"){
  44       if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed short..." << std::endl;
  45       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed short>();
  46     }
  47     //    else if(PixelType == "unsigned_short"){
  48     //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_short..." << std::endl;
  49     //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  50     //     }
  51
  52     else if (PixelType == "unsigned_char"){
  53       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_char..." << std::endl;
  54       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  55     }
  56
  57     //     else if (PixelType == "char"){
  58     //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed_char..." << std::endl;
  59     //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed char>();
  60     //     }
  61     else {
  62       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and float..." << std::endl;
  63       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float>();
  64     }
  65   }
  66
  67
  68   //-------------------------------------------------------------------
  69   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  70   //-------------------------------------------------------------------
  71   template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
  72   void
  73   MorphoReconstructionGenericFilter::UpdateWithDimAndPixelType()
  74   {
  75
  76     // ImageTypes
  77     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
  78     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> OutputImageType;
  79
  80     // Read the input
  81     typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
  82     typename InputReaderType::Pointer reader = InputReaderType::New();
  83     reader->SetFileName( m_InputFileName);
  84     reader->Update();
  85     typename InputImageType::Pointer input= reader->GetOutput();
  86
  87     // Read the mask
  88     typename InputImageType::Pointer mask;
  89     if (m_ArgsInfo.mask_given)
  90       {
  91         typename InputReaderType::Pointer maskReader=InputReaderType::New();
  92         maskReader->SetFileName(m_ArgsInfo.mask_arg);
  93         maskReader->Update();
  94         mask=maskReader->GetOutput();
  95       }
  96
  97
  98     //---------------------------------
  99     // Find the type of action
 100     //---------------------------------
 101     typedef itk::ImageToImageFilter<InputImageType, InputImageType> ImageFilterType;
 102     typename ImageFilterType::Pointer filter;
 103
 104     typedef itk::BinaryBallStructuringElement<PixelType, Dimension > KernelType;
 105     KernelType structuringElement;
 106     structuringElement.SetRadius(m_ArgsInfo.radius_arg);
 107     structuringElement.CreateStructuringElement();
 108
 109
 110     switch(m_ArgsInfo.type_arg)
 111       {
 112
 113       case 0:
 114         {
 115           typedef itk::ReconstructionByErosionImageFilter<InputImageType, OutputImageType> FilterType;
 116           typename FilterType::Pointer m = FilterType::New();
 117           m->SetMarkerImage(input);
 118           m->SetMaskImage(mask);
 119
 120           filter=m;
 121           if(m_Verbose) std::cout<<"Using the reconstruction by erosion filter..."<<std::endl;
 122           break;
 123         }
 124
 125       case 1:
 126         {
 127           typedef itk::ReconstructionByDilationImageFilter<InputImageType, OutputImageType> FilterType;
 128           typename FilterType::Pointer m = FilterType::New();
 129           m->SetMarkerImage(input);
 130           m->SetMaskImage(mask);
 131
 132           filter=m;
 133           if(m_Verbose) std::cout<<"Using the reconstruction by dilation filter..."<<std::endl;
 134           break;
 135           break;
 136         }
 137
 138       case 2:
 139         {
 140           typedef itk::ClosingByReconstructionImageFilter<InputImageType, OutputImageType, KernelType> FilterType;
 141           typename FilterType::Pointer m = FilterType::New();
 142           m->SetInput(input);
 143           m->SetKernel(structuringElement);
 144           m->SetFullyConnected(m_ArgsInfo.full_flag);
 145           m->SetPreserveIntensities(m_ArgsInfo.int_flag);
 146
 147           filter=m;
 148           if(m_Verbose) std::cout<<"Using the closing by reconstruction filter..."<<std::endl;
 149           break;
 150
 151         }
 152
 153       case 3:
 154         {
 155           typedef itk::OpeningByReconstructionImageFilter<InputImageType, OutputImageType, KernelType> FilterType;
 156           typename FilterType::Pointer m = FilterType::New();
 157           m->SetInput(input);
 158           m->SetKernel(structuringElement);
 159           m->SetFullyConnected(m_ArgsInfo.full_flag);
 160           m->SetPreserveIntensities(m_ArgsInfo.int_flag);
 161
 162           filter=m;
 163           if(m_Verbose) std::cout<<"Using the opening by reconstruction filter..."<<std::endl;
 164           break;
 165         }
 166       }
 167
 168
 169     //---------------------------------
 170     // Execute the filter
 171     //---------------------------------
 172     filter->SetInput(input);
 173     try
 174       {
 175         filter->Update();
 176       }
 177     catch( itk::ExceptionObject & err )
 178       {
 179         std::cerr << "ExceptionObject caught executing the filter!" << std::endl;
 180         std::cerr << err << std::endl;
 181         return;
 182       }
 183     typename OutputImageType::Pointer output=filter->GetOutput();
 184
 185
 186
 187     // Output
 188     typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> WriterType;
 189     typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
 190     writer->SetFileName(m_ArgsInfo.output_arg);
 191     writer->SetInput(output);
 192     writer->Update();
 193
 194   }
 195
 196
 197 }//end clitk
 198
 199 #endif //#define clitkMorphoReconstructionGenericFilter_txx