segmentation/clitkMotionMask.ggo

   1 #File clitkMotionMask.ggo
   2 package "clitkMotionMask"
   3 version "1.0"
   4 purpose "From an input CT image (HU), extract feature images (air, ribs and lungs) and calculate the motion mask using levelsets, Vandemeulebroucke2010, ICCR. More elaborate methods for extracting the feature images have been incude in clitkExtract*, with *=Lungs,Bones,Patient."
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   6 option "config"         -       "Config file"                     string        no
   7 option "verbose"        v       "Verbose"                         flag          off
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  10 section "I/O"
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  12 option "input"          i       "Input image filename"            string        yes
  13 option "output"         o       "Output image filename"           string        yes
  14 option "monitor"        m       "Monitoring image for levelsets"  string        no
  15 option "spacing"        -       "Low dimensional spacing to perform initial level set steps" double    no multiple      default="4"
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  17 section "Feature Images (feature=1,rest=0). Set them or extract them from the input"
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  19 option "featureAir"             -       "Input feature image"           string          no
  20 option "lowerThresholdAir"      -       "Lower threshold for air feature image extraction"      double  no default="-10000"
  21 option "upperThresholdAir"      -       "Upper threshold for air feature image extraction"      double  no default="-800"
  22 option "pad"                    -       "Make a border of air around the image (for cropped images)" flag       off
  23 option "featureBones"           -       "Input feature image"           string          no
  24 option "lowerThresholdBones"    -       "Lower threshold for bones feature image extraction"    double  no default="100"
  25 option "upperThresholdBones"    -       "Upper threshold for bones feature image extraction"    double  no default="1000"
  26 option "featureLungs"           -       "Input feature image"           string          no
  27 option "lowerThresholdLungs"    -       "Lower threshold for lungs feature image extraction"    double  no default="-950"
  28 option "upperThresholdLungs"    -       "Upper threshold for lungs feature image extraction"    double  no default="-600"
  29 option "writeFeature"           -       "Write the combined feature image"                      string  no
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  32 section "Ellipsoide initialization"
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  34 option  "ellips"        -       "Input ellipsoide image (=1, at half resolution)"                                          string       no
  35 option  "writeEllips"   -       "Write the initial ellipsoide image"                    string  no
  36 option "writeDistMap"   - "Write the distance map"      string  no
  37 #defgroup "EllipseParams" groupdesc="an option of this group is required" required
  38 option  "ellipseAutoDetect"  - "Auto-detect offset and axes of initial ellipse"          flag  off
  39 option  "offset"  - "Offset for ellips center from body center of gravity (default= 0,-50,0 mm)"       double no  multiple
  40 option  "axes"    - "Half axes of the ellips (default= 100,30,150)"            double   no  multiple
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  43 section "Ellipsoide growing"
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  45 option  "grownEllips"   -       "Input grown ellips image (=1, at half resolution)"                string       no
  46 option  "offsetDetect"  -       "Offset of detection point from abdomen (default= 0,-10,0 mm)"     double       no      multiple
  47 option  "detectionPairs" -      "Additional images to detect the abdomen (eg end-inhalation frame). The most anterior point will be retained." string no multiple
  48 option  "detectionPoint"        -       "Physical coordinates of the detection point from abdomen (default= 0,-10,0 mm)"           double       no      multiple
  49 option  "curve1"        -       "Curvature for this levelset"                                      double       no      default="35.0"
  50 option  "maxRMS1"       -       "Tolerance for this levelset"                                      double       no      default="0.001"
  51 option  "iter1"         -       "Iterations performed between monitoring"                          int          no      default="50"
  52 option  "writeGrownEllips"      -       "Write the grown ellipsoide image"                         string       no
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  55 section "Filling the bones image"
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  57 option  "filledRibs"    -       "Input filled rib image (=1, at half resolution)"       string  no
  58 option  "fillingLevel"  -       "Minimum lung fill level: [0,100] %"                    double  no      default="98.0"
  59 option  "curve2"        -       "Curvature for this levelset"                           double  no      default="30.0"
  60 option  "maxRMS2"       -       "Tolerance for this levelset"                           double  no      default="0.001"
  61 option  "iter2"         -       "Iterations performed between monitoring"               int     no      default="50"
  62 option  "writeFilledRibs"       -       "Write the filled ribs image image"             string  no
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  65 section "Collapsing to the lung image"
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  67 option  "curve3"        -       "Curvature for this levelset"           double  no      default="30.0"
  68 option  "prop3"         -       "Propagation for this levelset"         double  no      default="0"
  69 option  "maxRMS3"       -       "Tolerance for this levelset"           double  no      default="0.001"
  70 option  "iter3"         -       "Iterations performed between monitoring" int   no      default="20"
  71 option  "maxIter3"      -       "Iterations performed between monitoring" int   no      default="500"
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  74 section "Clean-up"
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  76 option "openClose"      -       "Perform morphological opening and closing with unit radius"    flag    on
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