]> Creatis software - clitk.git/blob - segmentation/clitkMotionMask.ggo
a hopefully better option parser for vv
[clitk.git] / segmentation / clitkMotionMask.ggo
1 #File clitkMotionMask.ggo
2 package "clitkMotionMask"
3 version "1.0"
4 purpose "From an input CT image (HU), extract feature images (air, ribs and lungs) and calculate the motion mask using levelsets, Vandemeulebroucke2010, ICCR. More elaborate methods for extracting the feature images have been incude in clitkExtract*, with *=Lungs,Bones,Patient."
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6 option "config"         -       "Config file"                     string        no
7 option "verbose"        v       "Verbose"                         flag          off
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10 section "I/O"
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12 option "input"          i       "Input image filename"            string        yes
13 option "output"         o       "Output image filename"           string        yes
14 option "monitor"        m       "Monitoring image for levelsets"  string        no
15 option "spacing"        -       "Low dimensional spacing to perform initial level set steps" double    no multiple      default="4"
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17 section "Feature Images (feature=1,rest=0). Set them or extract them from the input"
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19 option "featureAir"             -       "Input feature image"           string          no
20 option "lowerThresholdAir"      -       "Lower threshold for air feature image extraction"      double  no default="-10000" 
21 option "upperThresholdAir"      -       "Upper threshold for air feature image extraction"      double  no default="-800" 
22 option "pad"                    -       "Make a border of air around the image (for cropped images)" flag       off 
23 option "featureBones"           -       "Input feature image"           string          no
24 option "lowerThresholdBones"    -       "Lower threshold for bones feature image extraction"    double  no default="100" 
25 option "upperThresholdBones"    -       "Upper threshold for bones feature image extraction"    double  no default="1000" 
26 option "featureLungs"           -       "Input feature image"           string          no
27 option "lowerThresholdLungs"    -       "Lower threshold for lungs feature image extraction"    double  no default="-950" 
28 option "upperThresholdLungs"    -       "Upper threshold for lungs feature image extraction"    double  no default="-600" 
29 option "writeFeature"           -       "Write the combined feature image"                      string  no  
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32 section "Ellipsoide initialization"
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34 option  "ellips"        -       "Input ellipsoide image (=1, at half resolution)"                                          string       no
35 option  "offset"        -       "Offset for ellips center from body center of gravity (default= 0,-50,0 mm)"       double       no      multiple
36 option  "axes"          -       "Half axes of the ellips (default= 100,30,150)"                                    double       no      multiple
37 option  "writeEllips"   -       "Write the initial ellipsoide image"                    string  no  
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40 section "Ellipsoide growing"
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42 option  "grownEllips"   -       "Input grown ellips image (=1, at half resolution)"                string       no
43 option  "offsetDetect"  -       "Offset of detection point from abdomen (default= 0,-10,0 mm)"     double       no      multiple
44 option  "detectionPairs" -      "Additional images to detect the abdomen (eg end-inhalation frame). The most anterior point will be retained." string no multiple
45 option  "detectionPoint"        -       "Physical coordinates of the detection point from abdomen (default= 0,-10,0 mm)"           double       no      multiple
46 option  "curve1"        -       "Curvature for this levelset"                                      double       no      default="35.0"  
47 option  "maxRMS1"       -       "Tolerance for this levelset"                                      double       no      default="0.001" 
48 option  "iter1"         -       "Iterations performed between monitoring"                          int          no      default="50"    
49 option  "writeGrownEllips"      -       "Write the grown ellipsoide image"                         string       no  
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52 section "Filling the bones image"
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54 option  "filledRibs"    -       "Input filled rib image (=1, at half resolution)"       string  no
55 option  "fillingLevel"  -       "Minimum lung fill level: [0,100] %"                    double  no      default="98.0"
56 option  "curve2"        -       "Curvature for this levelset"                           double  no      default="30.0"  
57 option  "maxRMS2"       -       "Tolerance for this levelset"                           double  no      default="0.001" 
58 option  "iter2"         -       "Iterations performed between monitoring"               int     no      default="50"    
59 option  "writeFilledRibs"       -       "Write the filled ribs image image"             string  no  
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62 section "Collapsing to the lung image"
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64 option  "curve3"        -       "Curvature for this levelset"           double  no      default="30.0"  
65 option  "prop3"         -       "Propagation for this levelset"         double  no      default="0"
66 option  "maxRMS3"       -       "Tolerance for this levelset"           double  no      default="0.001" 
67 option  "iter3"         -       "Iterations performed between monitoring" int   no      default="20"    
68 option  "maxIter3"      -       "Iterations performed between monitoring" int   no      default="500"   
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71 section "Clean-up"
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73 option "openClose"      -       "Perform morphological opening and closing with unit radius"    flag    on
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