segmentation/clitkMotionMask.ggo

   1 #File clitkMotionMask.ggo
   2 package "clitkMotionMask"
   3 version "1.0"
   4 purpose "From an input CT image (HU), extract feature images (air, ribs and lungs) and calculate the motion mask using levelsets, Vandemeulebroucke2010, ICCR. More elaborate methods for extracting the feature images have been incude in clitkExtract*, with *=Lungs,Bones,Patient."
   5
   6 option "config"         -       "Config file"                     string        no
   7 option "verbose"        v       "Verbose"                         flag          off
   8
   9
  10 section "I/O"
  11
  12 option "input"          i       "Input image filename"            string        yes
  13 option "output"         o       "Output image filename"           string        yes
  14 option "monitor"        m       "Monitoring image for levelsets"  string        no
  15 option "spacing"        -       "Low dimensional spacing to perform initial level set steps" double    no multiple      default="4"
  16
  17 section "Feature Images (feature=1,rest=0). Set them or extract them from the input"
  18
  19 option "featureAir"             -       "Input feature image"           string          no
  20 option "lowerThresholdAir"      -       "Lower threshold for air feature image extraction"      double  no default="-10000"
  21 option "upperThresholdAir"      -       "Upper threshold for air feature image extraction"      double  no default="-800"
  22 option "pad"                    -       "Make a border of air around the image (for cropped images)" flag       off
  23 option "featureBones"           -       "Input feature image"           string          no
  24 option "lowerThresholdBones"    -       "Lower threshold for bones feature image extraction"    double  no default="100"
  25 option "upperThresholdBones"    -       "Upper threshold for bones feature image extraction"    double  no default="1000"
  26 option "featureLungs"           -       "Input feature image"           string          no
  27 option "lowerThresholdLungs"    -       "Lower threshold for lungs feature image extraction"    double  no default="-950"
  28 option "upperThresholdLungs"    -       "Upper threshold for lungs feature image extraction"    double  no default="-600"
  29 option "writeFeature"           -       "Write the combined feature image"                      string  no
  30
  31
  32 section "Ellipsoide initialization"
  33
  34 option  "ellips"        -       "Input ellipsoide image (=1, at half resolution)"                                          string       no
  35 option  "offset"        -       "Offset for ellips center from body center of gravity (default= 0,-50,0 mm)"       double       no      multiple
  36 option  "axes"          -       "Half axes of the ellips (default= 100,30,150)"                                    double       no      multiple
  37 option  "writeEllips"   -       "Write the initial ellipsoide image"                    string  no
  38
  39
  40 section "Ellipsoide growing"
  41
  42 option  "grownEllips"   -       "Input grown ellips image (=1, at half resolution)"                string       no
  43 option  "offsetDetect"  -       "Offset of detection point from abdomen (default= 0,-10,0 mm)"     double       no      multiple
  44 option  "detectionPairs" -      "Additional images to detect the abdomen (eg end-inhalation frame). The most anterior point will be retained." string no multiple
  45 option  "detectionPoint"        -       "Physical coordinates of the detection point from abdomen (default= 0,-10,0 mm)"           double       no      multiple
  46 option  "curve1"        -       "Curvature for this levelset"                                      double       no      default="35.0"
  47 option  "maxRMS1"       -       "Tolerance for this levelset"                                      double       no      default="0.001"
  48 option  "iter1"         -       "Iterations performed between monitoring"                          int          no      default="50"
  49 option  "writeGrownEllips"      -       "Write the grown ellipsoide image"                         string       no
  50
  51
  52 section "Filling the bones image"
  53
  54 option  "filledRibs"    -       "Input filled rib image (=1, at half resolution)"       string  no
  55 option  "fillingLevel"  -       "Minimum lung fill level: [0,100] %"                    double  no      default="98.0"
  56 option  "curve2"        -       "Curvature for this levelset"                           double  no      default="30.0"
  57 option  "maxRMS2"       -       "Tolerance for this levelset"                           double  no      default="0.001"
  58 option  "iter2"         -       "Iterations performed between monitoring"               int     no      default="50"
  59 option  "writeFilledRibs"       -       "Write the filled ribs image image"             string  no
  60
  61
  62 section "Collapsing to the lung image"
  63
  64 option  "curve3"        -       "Curvature for this levelset"           double  no      default="30.0"
  65 option  "prop3"         -       "Propagation for this levelset"         double  no      default="0"
  66 option  "maxRMS3"       -       "Tolerance for this levelset"           double  no      default="0.001"
  67 option  "iter3"         -       "Iterations performed between monitoring" int   no      default="20"
  68 option  "maxIter3"      -       "Iterations performed between monitoring" int   no      default="500"
  69
  70
  71 section "Clean-up"
  72
  73 option "openClose"      -       "Perform morphological opening and closing with unit radius"    flag    on
  74
  75
  76