segmentation/clitkMotionMask.ggo

   1 #File clitkMotionMask.ggo
   2 Package "clitkMotionMask"
   3 version "1.0"
   4 purpose "From an input CT image (HU), extract feature images (air, ribs and lungs) and calculate the motion mask using levelsets"
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   6 option "config"         -       "Config file"                     string        no
   7 option "verbose"        v       "Verbose"                         flag          off
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  10 section "I/O"
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  12 option "input"          i       "Input image filename"            string        yes
  13 option "output"         o       "Output image filename"           string        yes
  14 option "monitor"        m       "Monitoring image for levelsets"  string        no
  15 option "spacing"        -       "Low dimensional spacing to perform initial level set steps" double    no multiple      default="4"
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  17 section "Feature Images (feature=1,rest=0). Set them or extract them from the input"
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  19 option "featureAir"             -       "Input feature image"           string          no
  20 option "lowerThresholdAir"      -       "Lower threshold for air feature image extraction"      double  no default="-10000"
  21 option "upperThresholdAir"      -       "Upper threshold for air feature image extraction"      double  no default="-800"
  22 option "pad"                    -       "Make a border of air around the image (for cropped images)" flag       off
  23 option "featureBones"           -       "Input feature image"           string          no
  24 option "lowerThresholdBones"    -       "Lower threshold for bones feature image extraction"    double  no default="100"
  25 option "upperThresholdBones"    -       "Upper threshold for bones feature image extraction"    double  no default="1000"
  26 option "featureLungs"           -       "Input feature image"           string          no
  27 option "lowerThresholdLungs"    -       "Lower threshold for lungs feature image extraction"    double  no default="-950"
  28 option "upperThresholdLungs"    -       "Upper threshold for lungs feature image extraction"    double  no default="-600"
  29 option "writeFeature"           -       "Write the combined feature image"                      string  no
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  32 section "Ellipsoide initialization"
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  34 option  "ellips"        -       "Input ellipsoide image (=1, at half resolution)"                                          string       no
  35 option  "offset"        -       "Offset for ellips center from body center of gravity (default= 0,-50,0 mm)"       double       no      multiple
  36 option  "axes"          -       "Half axes of the ellips (default= 100,30,150)"                                    double       no      multiple
  37 option  "writeEllips"   -       "Write the initial ellipsoide image"                    string  no
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  40 section "Ellipsoide growing"
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  42 option  "grownEllips"   -       "Input grown ellips image (=1, at half resolution)"                string       no
  43 option  "offsetDetect"  -       "Offset of detection point from abdomen (default= 0,-10,0 mm)"     double       no      multiple
  44 option  "detectionPairs" -      "Additional images to detect the abdomen (eg end-inhalation frame). The most anterior point will be retained." string no multiple
  45 option  "detectionPoint"        -       "Physical coordinates of the detection point from abdomen (default= 0,-10,0 mm)"           double       no      multiple
  46 option  "curve1"        -       "Curvature for this levelset"                                      double       no      default="35.0"
  47 option  "maxRMS1"       -       "Tolerance for this levelset"                                      double       no      default="0.001"
  48 option  "iter1"         -       "Iterations performed between monitoring"                          int          no      default="50"
  49 option  "writeGrownEllips"      -       "Write the grown ellipsoide image"                         string       no
  50
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  52 section "Filling the bones image"
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  54 option  "filledRibs"    -       "Input filled rib image (=1, at half resolution)"       string  no
  55 option  "fillingLevel"  -       "Minimum lung fill level: [0,100] %"                    double  no      default="98.0"
  56 option  "curve2"        -       "Curvature for this levelset"                           double  no      default="30.0"
  57 option  "maxRMS2"       -       "Tolerance for this levelset"                           double  no      default="0.001"
  58 option  "iter2"         -       "Iterations performed between monitoring"               int     no      default="50"
  59 option  "writeFilledRibs"       -       "Write the filled ribs image image"             string  no
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  62 section "Collapsing to the lung image"
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  64 option  "curve3"        -       "Curvature for this levelset"           double  no      default="30.0"
  65 option  "prop3"         -       "Propagation for this levelset"         double  no      default="0"
  66 option  "maxRMS3"       -       "Tolerance for this levelset"           double  no      default="0.001"
  67 option  "iter3"         -       "Iterations performed between monitoring" int   no      default="20"
  68 option  "maxIter3"      -       "Iterations performed between monitoring" int   no      default="500"
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  70
  71 section "Clean-up"
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  73 option "openClose"      -       "Perform morphological opening and closing with unit radius"    flag    on
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