segmentation/clitkMotionMaskGenericFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkMotionMaskGenericFilter_h
  19 #define clitkMotionMaskGenericFilter_h
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkMotionMaskGenericFilter.h
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30
  31 // clitk include
  32 #include "clitkIO.h"
  33 #include "clitkCommon.h"
  34 #include "clitkImageCommon.h"
  35 #include "clitkMotionMask_ggo.h"
  36 #include "clitkSetBackgroundImageFilter.h"
  37
  38 //itk include
  39 #include <itkLightObject.h>
  40 #include <itkBinaryThresholdImageFilter.h>
  41 #include <itkConnectedComponentImageFilter.h>
  42 #include <itkRelabelComponentImageFilter.h>
  43 #include <itkThresholdImageFilter.h>
  44 #include <itkMirrorPadImageFilter.h>
  45 #include <itkImageMomentsCalculator.h>
  46 #include <itkResampleImageFilter.h>
  47 #include <itkNearestNeighborInterpolateImageFunction.h>
  48 #include <itkGeodesicActiveContourLevelSetImageFilter.h>
  49 #include <itkSignedDanielssonDistanceMapImageFilter.h>
  50 #include <itkLabelStatisticsImageFilter.h>
  51 #include <itkCastImageFilter.h>
  52 #include <itkCropImageFilter.h>
  53 #include <itkBinaryMorphologicalClosingImageFilter.h>
  54 #include <itkBinaryMorphologicalOpeningImageFilter.h>
  55 #include <itkBinaryBallStructuringElement.h>
  56 #include <itkImageRegionIteratorWithIndex.h>
  57 #include <itkApproximateSignedDistanceMapImageFilter.h>
  58
  59 namespace clitk
  60 {
  61 class ITK_EXPORT MotionMaskGenericFilter : public itk::LightObject
  62 {
  63 public:
  64   //----------------------------------------
  65   // ITK
  66   //----------------------------------------
  67   typedef MotionMaskGenericFilter                   Self;
  68   typedef itk::LightObject                   Superclass;
  69   typedef itk::SmartPointer<Self>            Pointer;
  70   typedef itk::SmartPointer<const Self>      ConstPointer;
  71
  72   // Method for creation through the object factory
  73   itkNewMacro(Self);
  74
  75   // Run-time type information (and related methods)
  76   itkTypeMacro( MotionMaskGenericFilter, LightObject );
  77
  78   //----------------------------------------
  79   // Typedefs
  80   //----------------------------------------
  81   typedef int InternalPixelType;
  82
  83
  84   //----------------------------------------
  85   // Set & Get
  86   //----------------------------------------
  87   void SetArgsInfo(const args_info_clitkMotionMask & a) {
  88     m_ArgsInfo=a;
  89     m_Verbose=m_ArgsInfo.verbose_flag;
  90     m_InputFileName=m_ArgsInfo.input_arg;
  91   }
  92
  93
  94   //----------------------------------------
  95   // Update
  96   //----------------------------------------
  97   void Update();
  98
  99 protected:
 100
 101   //----------------------------------------
 102   // Constructor & Destructor
 103   //----------------------------------------
 104   MotionMaskGenericFilter();
 105   ~MotionMaskGenericFilter() {};
 106
 107
 108   //----------------------------------------
 109   // Templated members
 110   //----------------------------------------
 111   template <unsigned int Dimension, class PixelType>
 112   typename itk::Image<InternalPixelType, Dimension>::Pointer GetAirImage(typename itk::Image<PixelType, Dimension>::Pointer input,
 113       typename itk::Image<MotionMaskGenericFilter::InternalPixelType, Dimension>::Pointer lungs);
 114   template <unsigned int Dimension, class PixelType>
 115   typename itk::Image<InternalPixelType, Dimension>::Pointer GetBonesImage(typename itk::Image<PixelType, Dimension>::Pointer input );
 116   template <unsigned int Dimension, class PixelType>
 117   typename itk::Image<InternalPixelType, Dimension>::Pointer GetLungsImage(typename itk::Image<PixelType, Dimension>::Pointer input );
 118   template <unsigned int Dimension, class PixelType>
 119   typename itk::Image<InternalPixelType, Dimension>::Pointer Resample(typename itk::Image<InternalPixelType, Dimension>::Pointer input );
 120   template <unsigned int Dimension, class PixelType>
 121   typename itk::Image<InternalPixelType, Dimension>::Pointer InitializeEllips( typename itk::Vector<double,Dimension> center, typename itk::Image<InternalPixelType, Dimension>::Pointer bones_low, typename itk::Image<InternalPixelType,Dimension>::Pointer lungs_low);
 122
 123
 124   template <unsigned int Dimension>  void UpdateWithDim(std::string PixelType);
 125   template <unsigned int Dimension, class PixelType>  void UpdateWithDimAndPixelType();
 126
 127
 128   //----------------------------------------
 129   // Data members
 130   //----------------------------------------
 131   args_info_clitkMotionMask m_ArgsInfo;
 132   bool m_Verbose;
 133   std::string m_InputFileName;
 134
 135 };
 136
 137
 138 } // end namespace clitk
 139
 140 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 141 #include "clitkMotionMaskGenericFilter.txx"
 142 #endif
 143
 144 #endif // #define clitkMotionMaskGenericFilter_h