segmentation/clitkMotionMaskGenericFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef clitkMotionMaskGenericFilter_h
  19 #define clitkMotionMaskGenericFilter_h
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkMotionMaskGenericFilter.h
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30
  31 // clitk include
  32 #include "clitkIO.h"
  33 #include "clitkCommon.h"
  34 #include "clitkImageCommon.h"
  35 #include "clitkMotionMask_ggo.h"
  36 #include "clitkSetBackgroundImageFilter.h"
  37
  38 //itk include
  39 #include "itkLightObject.h"
  40 #include "itkBinaryThresholdImageFilter.h"
  41 #include "itkConnectedComponentImageFilter.h"
  42 #include "itkRelabelComponentImageFilter.h"
  43 #include "itkThresholdImageFilter.h"
  44 #include "itkMirrorPadImageFilter.h"
  45 #include "itkImageMomentsCalculator.h"
  46 #include "itkResampleImageFilter.h"
  47 #include "itkNearestNeighborInterpolateImageFunction.h"
  48 #include "itkGeodesicActiveContourLevelSetImageFilter.h"
  49 #include "itkSignedDanielssonDistanceMapImageFilter.h"
  50 #include "itkLabelStatisticsImageFilter.h"
  51 #include "itkCastImageFilter.h"
  52 #include "itkCropImageFilter.h"
  53 #include "itkBinaryMorphologicalClosingImageFilter.h"
  54 #include "itkBinaryMorphologicalOpeningImageFilter.h"
  55 #include "itkBinaryBallStructuringElement.h"
  56 #include "itkImageRegionIteratorWithIndex.h"
  57 #include "itkApproximateSignedDistanceMapImageFilter.h"
  58
  59 namespace clitk
  60 {
  61   class ITK_EXPORT MotionMaskGenericFilter : public itk::LightObject
  62   {
  63   public:
  64     //----------------------------------------
  65     // ITK
  66     //----------------------------------------
  67     typedef MotionMaskGenericFilter                   Self;
  68     typedef itk::LightObject                   Superclass;
  69     typedef itk::SmartPointer<Self>            Pointer;
  70     typedef itk::SmartPointer<const Self>      ConstPointer;
  71
  72     // Method for creation through the object factory
  73     itkNewMacro(Self);
  74
  75     // Run-time type information (and related methods)
  76     itkTypeMacro( MotionMaskGenericFilter, LightObject );
  77
  78     //----------------------------------------
  79     // Typedefs
  80     //----------------------------------------
  81     typedef int InternalPixelType;
  82
  83
  84     //----------------------------------------
  85     // Set & Get
  86     //----------------------------------------
  87     void SetArgsInfo(const args_info_clitkMotionMask & a)
  88     {
  89       m_ArgsInfo=a;
  90       m_Verbose=m_ArgsInfo.verbose_flag;
  91       m_InputFileName=m_ArgsInfo.input_arg;
  92     }
  93
  94
  95     //----------------------------------------
  96     // Update
  97     //----------------------------------------
  98     void Update();
  99
 100   protected:
 101
 102     //----------------------------------------
 103     // Constructor & Destructor
 104     //----------------------------------------
 105     MotionMaskGenericFilter();
 106     ~MotionMaskGenericFilter() {};
 107
 108
 109     //----------------------------------------
 110     // Templated members
 111     //----------------------------------------
 112     template <unsigned int Dimension, class PixelType>
 113     typename itk::Image<InternalPixelType, Dimension>::Pointer GetAirImage(typename itk::Image<PixelType, Dimension>::Pointer input );
 114     template <unsigned int Dimension, class PixelType>
 115     typename itk::Image<InternalPixelType, Dimension>::Pointer GetBonesImage(typename itk::Image<PixelType, Dimension>::Pointer input );
 116     template <unsigned int Dimension, class PixelType>
 117     typename itk::Image<InternalPixelType, Dimension>::Pointer GetLungsImage(typename itk::Image<PixelType, Dimension>::Pointer input );
 118     template <unsigned int Dimension, class PixelType>
 119     typename itk::Image<InternalPixelType, Dimension>::Pointer Resample(typename itk::Image<InternalPixelType, Dimension>::Pointer input );
 120     template <unsigned int Dimension, class PixelType>
 121     typename itk::Image<InternalPixelType, Dimension>::Pointer InitializeEllips( typename itk::Vector<double,Dimension> center, typename itk::Image<InternalPixelType, Dimension>::Pointer bones_low);
 122
 123
 124     template <unsigned int Dimension>  void UpdateWithDim(std::string PixelType);
 125     template <unsigned int Dimension, class PixelType>  void UpdateWithDimAndPixelType();
 126
 127
 128     //----------------------------------------
 129     // Data members
 130     //----------------------------------------
 131     args_info_clitkMotionMask m_ArgsInfo;
 132     bool m_Verbose;
 133     std::string m_InputFileName;
 134
 135   };
 136
 137
 138 } // end namespace clitk
 139
 140 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 141 #include "clitkMotionMaskGenericFilter.txx"
 142 #endif
 143
 144 #endif // #define clitkMotionMaskGenericFilter_h