segmentation/clitkRelativePositionList.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19
  20 //--------------------------------------------------------------------
  21 template <class TImageType>
  22 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
  23 RelativePositionList() {
  24 }
  25 //--------------------------------------------------------------------
  26
  27
  28 //--------------------------------------------------------------------
  29 template <class TImageType>
  30 void
  31 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
  32 Read(std::string filename) {
  33   /*
  34     The goal here is to read a text file that contains options for the
  35     RelativePosition filter. The text file contains options in the
  36     same form of the config file of the clitkRelativePosition tool. In
  37     this text file, each time a "object" option is found, a new set of
  38     options is considered.
  39    */
  40
  41   // Open the file
  42   std::ifstream is;
  43   openFileForReading(is, filename);
  44
  45   // Read input -> the structure name that will be used as input
  46   // (initial support)
  47   skipComment(is);
  48   std::string s;
  49   is >> s;
  50   if (s != "input") {
  51     FATAL("while reading RelativePositionList file. This file must start with 'input = '");
  52     exit(0);
  53   }
  54   is >> s;
  55   if (s != "=") {
  56     FATAL("while reading RelativePositionList file. This file must start with 'input = '");
  57     exit(0);
  58   }
  59   std::string name;
  60   is >> name;
  61   skipComment(is);
  62
  63   // Create a temporary filename
  64   char n[] = "tmp_clitkRelativePosition_XXXXXX";
  65   mkstemp(n); // tmpnam(n);
  66   std::string tmpfilename(n);
  67
  68   // Loop on the file text ; Every time we see a "object" token, we
  69   // split the file.
  70   while (is) {
  71     bool stop=false;
  72     std::ostringstream ss;
  73     // first part of ss is the last 'object = ' found, stored in s
  74     ss << s << std::endl;
  75     while (!stop) {
  76       skipComment(is);
  77       if (!is) stop = true;
  78       else {
  79         std::getline(is, s);
  80         // DD(s);
  81         if (s.find("object") != std::string::npos) stop=true;
  82         else ss << s << std::endl;
  83         if (!is) stop = true;
  84       }
  85     }
  86     std::string text = ss.str();
  87     if (text.size() > 10) { // if too small, it is not a list of option
  88       std::ofstream os;
  89       openFileForWriting(os, tmpfilename);
  90       os << text;
  91       os.close();
  92
  93       // Create a struct to store options
  94       ArgsInfoType args_info;
  95       args_info.input_given = 1;
  96       args_info.input_arg = new char[1];
  97       args_info.output_given = 1;
  98       args_info.output_arg = new char[1];
  99       std::vector<char> writable(tmpfilename.size() + 1);
 100       std::copy(tmpfilename.begin(), tmpfilename.end(), writable.begin());
 101       cmdline_parser_clitkRelativePosition_configfile(&writable[0], &args_info, 1, 1, 0);
 102
 103       // Store the args
 104       mArgsInfoList.push_back(args_info);
 105
 106       // Delete the temporary file
 107       std::remove(tmpfilename.c_str());
 108     }
 109   }
 110
 111   // Set the main input name
 112   SetInputName(name);
 113 }
 114 //--------------------------------------------------------------------
 115
 116
 117 //--------------------------------------------------------------------
 118 template <class TImageType>
 119 void
 120 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
 121 GenerateInputRequestedRegion()
 122 {
 123   // Call default
 124   itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType>::GenerateInputRequestedRegion();
 125   // Get input pointers and set requested region to common region
 126   ImagePointer input1 = dynamic_cast<ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
 127   input1->SetRequestedRegion(input1->GetLargestPossibleRegion());
 128 }
 129 //--------------------------------------------------------------------
 130
 131
 132
 133 //--------------------------------------------------------------------
 134 template <class TImageType>
 135 void
 136 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
 137 GenerateOutputInformation() {
 138
 139   // Get input
 140   m_working_input = dynamic_cast<ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
 141
 142   // Loop on RelativePositionList of operations
 143   std::string s = GetInputName();
 144   for(uint i=0; i<mArgsInfoList.size(); i++) {
 145     std::string text = "["+s+"] limits "+
 146       mArgsInfoList[i].orientation_arg[0]+" "+
 147       mArgsInfoList[i].object_arg+" "+
 148       toString(mArgsInfoList[i].threshold_arg);
 149     if (mArgsInfoList[i].sliceBySlice_flag) {
 150       text += " slice by slice";
 151     }
 152     else text += " 3D";
 153
 154     StartNewStep(text);
 155     typename RelPosFilterType::Pointer relPosFilter;
 156
 157     // DD(mArgsInfoList[i].sliceBySlice_flag);
 158     if (mArgsInfoList[i].sliceBySlice_flag) {
 159       relPosFilter = SliceRelPosFilterType::New();
 160       dynamic_cast<SliceRelPosFilterType*>(&*relPosFilter)->SetDirection(2);
 161     }
 162     else {
 163       relPosFilter = clitk::AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter<ImageType>::New();
 164     }
 165     relPosFilter->VerboseStepFlagOff();
 166     relPosFilter->WriteStepFlagOff();
 167     relPosFilter->SetVerboseImageSizeFlag(GetVerboseImageSizeFlag());
 168     relPosFilter->SetInput(m_working_input);
 169     SetFilterOptions(relPosFilter, mArgsInfoList[i]);
 170     //relPosFilter->PrintOptions();
 171     relPosFilter->Update();
 172     m_working_input = relPosFilter->GetOutput();
 173     StopCurrentStep<ImageType>(m_working_input);
 174   }
 175 }
 176 //--------------------------------------------------------------------
 177
 178
 179 //--------------------------------------------------------------------
 180 template <class TImageType>
 181 void
 182 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
 183 GenerateData()
 184 {
 185   // Final Step -> set output
 186   this->GraftOutput(m_working_input);
 187 }
 188 //--------------------------------------------------------------------
 189
 190
 191 //--------------------------------------------------------------------
 192 template <class TImageType>
 193 void
 194 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
 195 SetFilterOptions(typename RelPosFilterType::Pointer filter,
 196                  ArgsInfoType & options) {
 197
 198   if (options.orientation_given != 1) {
 199     DD("ERRROR DEBUG TODO no more than 1 orientation yet");
 200     exit(0);
 201   }
 202
 203   ImagePointer object = GetAFDB()->template GetImage<ImageType>(options.object_arg);
 204   filter->SetInputObject(object);
 205   filter->SetFuzzyThreshold(options.threshold_arg);
 206   filter->SetInverseOrientationFlag(options.inverse_flag); // MUST BE BEFORE AddOrientationTypeString
 207   for(uint i=0; i<options.orientation_given; i++)
 208     filter->AddOrientationTypeString(options.orientation_arg[i]);
 209   filter->SetIntermediateSpacing(options.spacing_arg);
 210   if (options.spacing_arg == -1) filter->IntermediateSpacingFlagOff();
 211   filter->IntermediateSpacingFlagOn();
 212
 213   if (options.sliceBySlice_flag) {
 214     SliceRelPosFilterType * f = dynamic_cast<SliceRelPosFilterType*>(&*filter);
 215     f->SetUniqueConnectedComponentBySliceFlag(options.uniqueCCL_flag);
 216     f->SetObjectCCLSelectionFlag(options.uniqueObjectCCL_flag);
 217     f->IgnoreEmptySliceObjectFlagOn();
 218     //filter->SetObjectCCLSelectionDimension(0);
 219     //filter->SetObjectCCLSelectionDirection(-1);
 220     //filter->SetAutoCropFlag(false);
 221   }
 222   filter->SetAutoCropFlag(!options.noAutoCrop_flag);
 223 }
 224 //--------------------------------------------------------------------