segmentation/clitkRelativePositionList.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19
  20 //--------------------------------------------------------------------
  21 template <class TImageType>
  22 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
  23 RelativePositionList() {
  24 }
  25 //--------------------------------------------------------------------
  26
  27
  28 //--------------------------------------------------------------------
  29 template <class TImageType>
  30 void
  31 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
  32 Read(std::string filename) {
  33   /*
  34     The goal here is to read a text file that contains options for the
  35     RelativePosition filter. The text file contains options in the
  36     same form of the config file of the clitkRelativePosition tool. In
  37     this text file, each time a "object" option is found, a new set of
  38     options is considered.
  39    */
  40
  41   // Open the file
  42   std::ifstream is;
  43   openFileForReading(is, filename);
  44
  45   // Read input -> the structure name that will be used as input
  46   // (initial support)
  47   skipComment(is);
  48   std::string s;
  49   is >> s;
  50   if (s != "input") {
  51     FATAL("while reading RelativePositionList file. This file must start with 'input = '");
  52     exit(0);
  53   }
  54   is >> s;
  55   if (s != "=") {
  56     FATAL("while reading RelativePositionList file. This file must start with 'input = '");
  57     exit(0);
  58   }
  59   std::string name;
  60   is >> name;
  61   skipComment(is);
  62
  63   // Create a temporary filename
  64   char n[] = "tmp_clitkRelativePosition_XXXXXX";
  65   mkstemp(n); // tmpnam(n);
  66   std::string tmpfilename(n);
  67
  68   // Loop on the file text ; Every time we see a "object" token, we
  69   // split the file.
  70   while (is) {
  71     bool stop=false;
  72     std::ostringstream ss;
  73     // first part of ss is the last 'object = ' found, stored in s
  74     ss << s << std::endl;
  75     while (!stop) {
  76       skipComment(is);
  77       if (!is) stop = true;
  78       else {
  79         std::getline(is, s);
  80         if (s.find("object") != std::string::npos) stop=true;
  81         else ss << s << std::endl;
  82         if (!is) stop = true;
  83       }
  84     }
  85     std::string text = ss.str();
  86     if (text.size() > 10) { // if too small, it is not a list of option
  87       std::ofstream os;
  88       openFileForWriting(os, tmpfilename);
  89       os << text;
  90       os.close();
  91
  92       // Create a struct to store options. I use two step to allow to
  93       // fill the args values with de default and then check
  94       // automatically the options.
  95       ArgsInfoType args_info;
  96       std::vector<char> writable(tmpfilename.size() + 1);
  97       std::copy(tmpfilename.begin(), tmpfilename.end(), writable.begin());
  98       char ** argv = new char*[1];
  99       argv[0] = new char[1];
 100       cmdline_parser_clitkRelativePosition2(1, argv, &args_info, 1, 1, 0);
 101       args_info.input_given = 1;
 102       args_info.input_arg = new char[1];
 103       args_info.output_given = 1;
 104       args_info.output_arg = new char[1];
 105       cmdline_parser_clitkRelativePosition_configfile(&writable[0], &args_info, 0, 0, 1);
 106
 107       // Store the args
 108       mArgsInfoList.push_back(args_info);
 109
 110       // Delete the temporary file
 111       std::remove(tmpfilename.c_str());
 112     }
 113   }
 114
 115   // Set the main input name
 116   SetInputName(name);
 117 }
 118 //--------------------------------------------------------------------
 119
 120
 121 //--------------------------------------------------------------------
 122 template <class TImageType>
 123 void
 124 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
 125 GenerateInputRequestedRegion()
 126 {
 127   // Call default
 128   itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType>::GenerateInputRequestedRegion();
 129   // Get input pointers and set requested region to common region
 130   ImagePointer input1 = dynamic_cast<ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
 131   input1->SetRequestedRegion(input1->GetLargestPossibleRegion());
 132 }
 133 //--------------------------------------------------------------------
 134
 135
 136
 137 //--------------------------------------------------------------------
 138 template <class TImageType>
 139 void
 140 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
 141 GenerateOutputInformation() {
 142
 143   // Get input
 144   m_working_input = dynamic_cast<ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
 145
 146   // Loop on RelativePositionList of operations
 147   std::string s = GetInputName();
 148   for(uint i=0; i<mArgsInfoList.size(); i++) {
 149     // clitk::PrintMemory(true, "Start");
 150     std::string text = "["+s+"] limits ";
 151     if (mArgsInfoList[i].orientation_given) text += std::string(mArgsInfoList[i].orientation_arg[0])+" ";
 152     else text = text+"("+toString(mArgsInfoList[i].angle1_arg)+" "+
 153            toString(mArgsInfoList[i].angle2_arg)+" "+
 154            (mArgsInfoList[i].inverse_flag?"true":"false")+") ";
 155     text = text+mArgsInfoList[i].object_arg+" "+toString(mArgsInfoList[i].threshold_arg);
 156     if (mArgsInfoList[i].sliceBySlice_flag) {
 157       text += " slice by slice";
 158     }
 159     else text += " 3D";
 160
 161     StartNewStep(text);
 162     typename RelPosFilterType::Pointer relPosFilter;
 163
 164     // Is it slice by slice or 3D ?
 165     if (mArgsInfoList[i].sliceBySlice_flag) {
 166       typename SliceRelPosFilterType::Pointer f = SliceRelPosFilterType::New();
 167       relPosFilter = f;
 168       SetFilterOptions(relPosFilter, mArgsInfoList[i]);
 169       f->SetDirection(2);
 170       // Set SbS specific options
 171       f->SetUniqueConnectedComponentBySliceFlag(mArgsInfoList[i].uniqueCCL_flag);
 172       f->SetObjectCCLSelectionFlag(mArgsInfoList[i].uniqueObjectCCL_flag);
 173       f->IgnoreEmptySliceObjectFlagOn();
 174       //f->SetObjectCCLSelectionDimension(0);
 175       //f->SetObjectCCLSelectionDirection(-1);
 176       //f->SetAutoCropFlag(false);
 177       // Print if needed
 178       if (mArgsInfoList[i].verboseOptions_flag) f->PrintOptions();
 179     }
 180     else {
 181       relPosFilter = clitk::AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter<ImageType>::New();
 182       SetFilterOptions(relPosFilter, mArgsInfoList[i]);
 183       // Print if needed
 184       if (mArgsInfoList[i].verboseOptions_flag) relPosFilter->PrintOptions();
 185     }
 186
 187     // Set input
 188     relPosFilter->SetInput(m_working_input);
 189
 190     // Run the filter
 191     relPosFilter->Update();
 192     m_working_input = relPosFilter->GetOutput();
 193     StopCurrentStep<ImageType>(m_working_input);
 194     // clitk::PrintMemory(true, "End");
 195   }
 196 }
 197 //--------------------------------------------------------------------
 198
 199
 200 //--------------------------------------------------------------------
 201 template <class TImageType>
 202 void
 203 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
 204 GenerateData()
 205 {
 206   // Final Step -> set output
 207   this->GraftOutput(m_working_input);
 208 }
 209 //--------------------------------------------------------------------
 210
 211
 212 //--------------------------------------------------------------------
 213 template <class TImageType>
 214 void
 215 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
 216 SetFilterOptions(typename RelPosFilterType::Pointer filter, ArgsInfoType & options) {
 217
 218   if (options.orientation_given > 1) {
 219     clitkExceptionMacro("Error in the RelPos options. I need a single --orientation (for the moment)."
 220                         << " Current options are for obj = '" << options.object_arg
 221                         << "', threshold = " << options.threshold_arg << std::endl);
 222   }
 223
 224   ImagePointer object = GetAFDB()->template GetImage<ImageType>(options.object_arg);
 225   filter->SetInputObject(object);
 226   filter->WriteStepFlagOff();
 227   filter->SetVerboseImageSizeFlag(GetVerboseImageSizeFlag());
 228   filter->SetFuzzyThreshold(options.threshold_arg);
 229   filter->SetInverseOrientationFlag(options.inverse_flag); // MUST BE BEFORE AddOrientationTypeString
 230
 231   if (options.orientation_given == 1)  {
 232     for(uint i=0; i<options.orientation_given; i++)
 233       filter->AddOrientationTypeString(options.orientation_arg[i]);
 234   }
 235   else {
 236     if (options.angle1_given && options.angle2_given) {
 237       filter->AddAnglesInDeg(options.angle1_arg, options.angle2_arg);
 238     }
 239     else {
 240       clitkExceptionMacro("Error in the RelPos options. I need --orientation or (--angle1 and --angle2)."
 241                           << " Current options are for obj = '" << options.object_arg
 242                           << "', threshold = " << options.threshold_arg << std::endl);
 243     }
 244   }
 245   filter->SetIntermediateSpacing(options.spacing_arg);
 246   if (options.spacing_arg == -1) filter->IntermediateSpacingFlagOff();
 247   else filter->IntermediateSpacingFlagOn();
 248   filter->SetVerboseStepFlag(options.verboseStep_flag);
 249   filter->SetAutoCropFlag(!options.noAutoCrop_flag);
 250 }
 251 //--------------------------------------------------------------------