segmentation/clitkRelativePositionList.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19
  20 //--------------------------------------------------------------------
  21 template <class TImageType>
  22 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
  23 RelativePositionList() {
  24 }
  25 //--------------------------------------------------------------------
  26
  27
  28 //--------------------------------------------------------------------
  29 template <class TImageType>
  30 void
  31 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
  32 Read(std::string filename) {
  33   /*
  34     The goal here is to read a text file that contains options for the
  35     RelativePosition filter. The text file contains options in the
  36     same form of the config file of the clitkRelativePosition tool. In
  37     this text file, each time a "object" option is found, a new set of
  38     options is considered.
  39    */
  40
  41   // Open the file
  42   std::ifstream is;
  43   openFileForReading(is, filename);
  44
  45   // Read input -> the structure name that will be used as input
  46   // (initial support)
  47   skipComment(is);
  48   std::string s;
  49   is >> s;
  50   if (s != "input") {
  51     FATAL("while reading RelativePositionList file. This file must start with 'input = '");
  52     exit(0);
  53   }
  54   is >> s;
  55   if (s != "=") {
  56     FATAL("while reading RelativePositionList file. This file must start with 'input = '");
  57     exit(0);
  58   }
  59   std::string name;
  60   is >> name;
  61   skipComment(is);
  62
  63   // Create a temporary filename
  64   char n[] = "tmp_clitkRelativePosition_XXXXXX";
  65   mkstemp(n); // tmpnam(n);
  66   std::string tmpfilename(n);
  67
  68   // Loop on the file text ; Every time we see a "object" token, we
  69   // split the file.
  70   while (is) {
  71     bool stop=false;
  72     std::ostringstream ss;
  73     // first part of ss is the last 'object = ' found, stored in s
  74     ss << s << std::endl;
  75     while (!stop) {
  76       skipComment(is);
  77       if (!is) stop = true;
  78       else {
  79         std::getline(is, s);
  80         if (s.find("object") != std::string::npos) stop=true;
  81         else ss << s << std::endl;
  82         if (!is) stop = true;
  83       }
  84     }
  85     std::string text = ss.str();
  86     if (text.size() > 10) { // if too small, it is not a list of option
  87       std::ofstream os;
  88       openFileForWriting(os, tmpfilename);
  89       os << text;
  90       os << "input = nothing" << std::endl;
  91       os << "output = nothing" << std::endl;
  92       os.close();
  93
  94       // Create a struct to store options. I use two step to allow to
  95       // fill the args values with de default and then check
  96       // automatically the options.
  97       ArgsInfoType args_info;
  98       std::vector<char> writable(tmpfilename.size() + 1);
  99       std::copy(tmpfilename.begin(), tmpfilename.end(), writable.begin());
 100       char ** argv = new char*[1];
 101       argv[0] = new char[1];
 102       struct cmdline_parser_clitkRelativePosition_params params;
 103       params.override = 0;
 104       params.initialize = 1;
 105       params.check_required = 0;
 106       cmdline_parser_clitkRelativePosition_configfile(&writable[0], &args_info, 1, 1, 1);
 107       mArgsInfoList.push_back(args_info);
 108
 109       // Delete the temporary file
 110       std::remove(tmpfilename.c_str());
 111     }
 112   }
 113
 114   // Set the main input name
 115   SetInputName(name);
 116 }
 117 //--------------------------------------------------------------------
 118
 119
 120 //--------------------------------------------------------------------
 121 template <class TImageType>
 122 void
 123 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
 124 GenerateInputRequestedRegion()
 125 {
 126   // Call default
 127   itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType>::GenerateInputRequestedRegion();
 128   // Get input pointers and set requested region to common region
 129   ImagePointer input1 = dynamic_cast<ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
 130   input1->SetRequestedRegion(input1->GetLargestPossibleRegion());
 131 }
 132 //--------------------------------------------------------------------
 133
 134
 135
 136 //--------------------------------------------------------------------
 137 template <class TImageType>
 138 void
 139 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
 140 GenerateOutputInformation() {
 141
 142   // Get input
 143   m_working_input = dynamic_cast<ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
 144
 145   // Loop on RelativePositionList of operations
 146   std::string s = GetInputName();
 147   for(uint i=0; i<mArgsInfoList.size(); i++) {
 148     // clitk::PrintMemory(true, "Start");
 149     std::string text = "["+s+"] limits ";
 150     if (mArgsInfoList[i].orientation_given) text += std::string(mArgsInfoList[i].orientation_arg[0])+" ";
 151     else text = text+"("+toString(mArgsInfoList[i].angle1_arg)+" "+
 152            toString(mArgsInfoList[i].angle2_arg)+" "+
 153            (mArgsInfoList[i].inverse_flag?"true":"false")+") ";
 154     text = text+mArgsInfoList[i].object_arg+" "+toString(mArgsInfoList[i].threshold_arg);
 155     if (mArgsInfoList[i].sliceBySlice_flag) {
 156       text += " slice by slice";
 157     }
 158     else text += " 3D";
 159     text += " spacing=" + toString(mArgsInfoList[i].spacing_arg);
 160
 161     StartNewStep(text);
 162     typename RelPosFilterType::Pointer relPosFilter;
 163
 164     // Is it slice by slice or 3D ?
 165     if (mArgsInfoList[i].sliceBySlice_flag) {
 166       typename SliceRelPosFilterType::Pointer f = SliceRelPosFilterType::New();
 167       relPosFilter = f;
 168       SetFilterOptions(relPosFilter, mArgsInfoList[i]);
 169       f->SetDirection(2);
 170       // Set SbS specific options
 171       f->SetUniqueConnectedComponentBySliceFlag(mArgsInfoList[i].uniqueCCL_flag);
 172       f->SetObjectCCLSelectionFlag(mArgsInfoList[i].uniqueObjectCCL_flag);
 173       f->IgnoreEmptySliceObjectFlagOn();
 174       //f->SetObjectCCLSelectionDimension(0);
 175       //f->SetObjectCCLSelectionDirection(-1);
 176       //f->SetAutoCropFlag(false);
 177       // Print if needed
 178       if (mArgsInfoList[i].verboseOptions_flag) f->PrintOptions();
 179     }
 180     else {
 181       relPosFilter = clitk::AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter<ImageType>::New();
 182       SetFilterOptions(relPosFilter, mArgsInfoList[i]);
 183       // Print if needed
 184       if (mArgsInfoList[i].verboseOptions_flag) relPosFilter->PrintOptions();
 185     }
 186
 187     // Set input
 188     relPosFilter->SetInput(m_working_input);
 189
 190     // Run the filter
 191     relPosFilter->Update();
 192     m_working_input = relPosFilter->GetOutput();
 193     StopCurrentStep<ImageType>(m_working_input);
 194     // clitk::PrintMemory(true, "End");
 195   }
 196 }
 197 //--------------------------------------------------------------------
 198
 199
 200 //--------------------------------------------------------------------
 201 template <class TImageType>
 202 void
 203 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
 204 GenerateData()
 205 {
 206   // Final Step -> set output
 207   this->GraftOutput(m_working_input);
 208 }
 209 //--------------------------------------------------------------------
 210
 211
 212 //--------------------------------------------------------------------
 213 template <class TImageType>
 214 void
 215 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
 216 SetFilterOptions(typename RelPosFilterType::Pointer filter, ArgsInfoType & options) {
 217
 218   if (options.orientation_given > 1) {
 219     clitkExceptionMacro("Error in the RelPos options. I need a single --orientation (for the moment)."
 220                         << " Current options are for obj = '" << options.object_arg
 221                         << "', threshold = " << options.threshold_arg << std::endl);
 222   }
 223
 224   ImagePointer object = GetAFDB()->template GetImage<ImageType>(options.object_arg);
 225   filter->SetInputObject(object);
 226   filter->WriteStepFlagOff();
 227   filter->SetVerboseImageSizeFlag(GetVerboseImageSizeFlag());
 228   filter->SetFuzzyThreshold(options.threshold_arg);
 229   filter->SetInverseOrientationFlag(options.inverse_flag); // MUST BE BEFORE AddOrientationTypeString
 230
 231   if (options.orientation_given == 1)  {
 232     for(uint i=0; i<options.orientation_given; i++)
 233       filter->AddOrientationTypeString(options.orientation_arg[i]);
 234   }
 235   else {
 236     if (options.angle1_given && options.angle2_given) {
 237       filter->AddAnglesInDeg(options.angle1_arg, options.angle2_arg);
 238     }
 239     else {
 240       clitkExceptionMacro("Error in the RelPos options. I need --orientation or (--angle1 and --angle2)."
 241                           << " Current options are for obj = '" << options.object_arg
 242                           << "', threshold = " << options.threshold_arg << std::endl);
 243     }
 244   }
 245   filter->SetIntermediateSpacing(options.spacing_arg);
 246   if (options.spacing_arg == -1) filter->IntermediateSpacingFlagOff();
 247   else filter->IntermediateSpacingFlagOn();
 248   filter->SetVerboseStepFlag(options.verboseStep_flag);
 249   filter->SetAutoCropFlag(!options.noAutoCrop_flag);
 250 }
 251 //--------------------------------------------------------------------