segmentation/clitkRelativePositionList.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19
  20 //--------------------------------------------------------------------
  21 template <class TImageType>
  22 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
  23 RelativePositionList() {
  24 }
  25 //--------------------------------------------------------------------
  26
  27
  28 //--------------------------------------------------------------------
  29 template <class TImageType>
  30 void
  31 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
  32 Read(std::string filename) {
  33   /*
  34     The goal here is to read a text file that contains options for the
  35     RelativePosition filter. The text file contains options in the
  36     same form of the config file of the clitkRelativePosition tool. In
  37     this text file, each time a "object" option is found, a new set of
  38     options is considered.
  39    */
  40
  41   // Open the file
  42   std::ifstream is;
  43   openFileForReading(is, filename);
  44
  45   // Read input -> the structure name that will be used as input
  46   // (initial support)
  47   skipComment(is);
  48   std::string s;
  49   is >> s;
  50   if (s != "input") {
  51     FATAL("while reading RelativePositionList file. This file must start with 'input = '");
  52     exit(0);
  53   }
  54   is >> s;
  55   if (s != "=") {
  56     FATAL("while reading RelativePositionList file. This file must start with 'input = '");
  57     exit(0);
  58   }
  59   std::string name;
  60   is >> name;
  61   skipComment(is);
  62
  63   // Create a temporary filename
  64   char n[] = "tmp_clitkRelativePosition_XXXXXX";
  65   mkstemp(n); // tmpnam(n);
  66   std::string tmpfilename(n);
  67
  68   // Loop on the file text ; Every time we see a "object" token, we
  69   // split the file.
  70   while (is) {
  71     bool stop=false;
  72     std::ostringstream ss;
  73     // first part of ss is the last 'object = ' found, stored in s
  74     ss << s << std::endl;
  75     while (!stop) {
  76       skipComment(is);
  77       if (!is) stop = true;
  78       else {
  79         std::getline(is, s);
  80         // DD(s);
  81         if (s.find("object") != std::string::npos) stop=true;
  82         else ss << s << std::endl;
  83         if (!is) stop = true;
  84       }
  85     }
  86     std::string text = ss.str();
  87     if (text.size() > 10) { // if too small, it is not a list of option
  88       std::ofstream os;
  89       openFileForWriting(os, tmpfilename);
  90       os << text;
  91       os.close();
  92
  93       // Create a struct to store options. I use two step to allow to
  94       // fill the args values with de default and then check
  95       // automatically the options.
  96       ArgsInfoType args_info;
  97       std::vector<char> writable(tmpfilename.size() + 1);
  98       std::copy(tmpfilename.begin(), tmpfilename.end(), writable.begin());
  99       char ** argv;
 100       cmdline_parser_clitkRelativePosition2(0, argv, &args_info, 1, 1, 0);
 101       args_info.input_given = 1;
 102       args_info.input_arg = new char[1];
 103       args_info.output_given = 1;
 104       args_info.output_arg = new char[1];
 105       cmdline_parser_clitkRelativePosition_configfile(&writable[0], &args_info, 0, 0, 1);
 106
 107       // Store the args
 108       mArgsInfoList.push_back(args_info);
 109
 110       // Delete the temporary file
 111       std::remove(tmpfilename.c_str());
 112     }
 113   }
 114
 115   // Set the main input name
 116   SetInputName(name);
 117 }
 118 //--------------------------------------------------------------------
 119
 120
 121 //--------------------------------------------------------------------
 122 template <class TImageType>
 123 void
 124 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
 125 GenerateInputRequestedRegion()
 126 {
 127   // Call default
 128   itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType>::GenerateInputRequestedRegion();
 129   // Get input pointers and set requested region to common region
 130   ImagePointer input1 = dynamic_cast<ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
 131   input1->SetRequestedRegion(input1->GetLargestPossibleRegion());
 132 }
 133 //--------------------------------------------------------------------
 134
 135
 136
 137 //--------------------------------------------------------------------
 138 template <class TImageType>
 139 void
 140 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
 141 GenerateOutputInformation() {
 142
 143   // Get input
 144   m_working_input = dynamic_cast<ImageType*>(itk::ProcessObject::GetInput(0));
 145
 146   // Loop on RelativePositionList of operations
 147   std::string s = GetInputName();
 148   for(uint i=0; i<mArgsInfoList.size(); i++) {
 149     std::string text = "["+s+"] limits "+
 150       mArgsInfoList[i].orientation_arg[0]+" "+
 151       mArgsInfoList[i].object_arg+" "+
 152       toString(mArgsInfoList[i].threshold_arg);
 153     if (mArgsInfoList[i].sliceBySlice_flag) {
 154       text += " slice by slice";
 155     }
 156     else text += " 3D";
 157
 158     StartNewStep(text);
 159     typename RelPosFilterType::Pointer relPosFilter;
 160
 161     // Is it slice by slice or 3D ?
 162     if (mArgsInfoList[i].sliceBySlice_flag) {
 163       typename SliceRelPosFilterType::Pointer f = SliceRelPosFilterType::New();
 164       relPosFilter = f;
 165       SetFilterOptions(relPosFilter, mArgsInfoList[i]);
 166       f->SetDirection(2);
 167       // Set SbS specific options
 168       f->SetUniqueConnectedComponentBySliceFlag(mArgsInfoList[i].uniqueCCL_flag);
 169       f->SetObjectCCLSelectionFlag(mArgsInfoList[i].uniqueObjectCCL_flag);
 170       f->IgnoreEmptySliceObjectFlagOn();
 171       //f->SetObjectCCLSelectionDimension(0);
 172       //f->SetObjectCCLSelectionDirection(-1);
 173       //f->SetAutoCropFlag(false);
 174       // Print if needed
 175       if (mArgsInfoList[i].verboseOptions_flag) f->PrintOptions();
 176     }
 177     else {
 178       relPosFilter = clitk::AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter<ImageType>::New();
 179       SetFilterOptions(relPosFilter, mArgsInfoList[i]);
 180       // Print if needed
 181       if (mArgsInfoList[i].verboseOptions_flag) relPosFilter->PrintOptions();
 182     }
 183
 184     // Set input
 185     relPosFilter->SetInput(m_working_input);
 186
 187     // Run the filter
 188     relPosFilter->Update();
 189     m_working_input = relPosFilter->GetOutput();
 190     StopCurrentStep<ImageType>(m_working_input);
 191   }
 192 }
 193 //--------------------------------------------------------------------
 194
 195
 196 //--------------------------------------------------------------------
 197 template <class TImageType>
 198 void
 199 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
 200 GenerateData()
 201 {
 202   // Final Step -> set output
 203   this->GraftOutput(m_working_input);
 204 }
 205 //--------------------------------------------------------------------
 206
 207
 208 //--------------------------------------------------------------------
 209 template <class TImageType>
 210 void
 211 clitk::RelativePositionList<TImageType>::
 212 SetFilterOptions(typename RelPosFilterType::Pointer filter, ArgsInfoType & options) {
 213
 214   if (options.orientation_given != 1) {
 215     DD("ERRROR DEBUG TODO no more than 1 orientation yet");
 216     exit(0);
 217   }
 218
 219   ImagePointer object = GetAFDB()->template GetImage<ImageType>(options.object_arg);
 220   filter->SetInputObject(object);
 221   filter->WriteStepFlagOff();
 222   filter->SetVerboseImageSizeFlag(GetVerboseImageSizeFlag());
 223   filter->SetFuzzyThreshold(options.threshold_arg);
 224   filter->SetInverseOrientationFlag(options.inverse_flag); // MUST BE BEFORE AddOrientationTypeString
 225   for(uint i=0; i<options.orientation_given; i++)
 226     filter->AddOrientationTypeString(options.orientation_arg[i]);
 227   filter->SetIntermediateSpacing(options.spacing_arg);
 228   if (options.spacing_arg == -1) filter->IntermediateSpacingFlagOff();
 229   else filter->IntermediateSpacingFlagOn();
 230   filter->SetVerboseStepFlag(options.verboseStep_flag);
 231   filter->SetAutoCropFlag(!options.noAutoCrop_flag);
 232 }
 233 //--------------------------------------------------------------------