segmentation/clitkTestStation7.h

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   3 //-----------------------------------
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   5 /*
   6   - use DB from step to step or ExtractStation_7 mother class
   7   - add "temporary flag" to DB to avoid write image
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  10  */
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  12 //-----------------------------------
  13 #include "clitkAnatomicalFeatureDatabase.h"
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  15 class SegmentationStepBase;
  16
  17 class LymphStationSegmentationFilterBase:
  18   public virtual clitk::FilterBase,
  19   public clitk::FilterWithAnatomicalFeatureDatabaseManagement {
  20 public:
  21   LymphStationSegmentationFilterBase() { DD("LymphStationSegmentationFilterBase const"); }
  22
  23   void AddStep(SegmentationStepBase * step) {
  24     m_Steps.push_back(step);
  25   }
  26
  27   std::vector<SegmentationStepBase*> m_Steps;
  28   // AnatomicalFeatureDatabase * GetAFDB();
  29
  30   // HERE GetAFDB
  31
  32 };
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  35 //-----------------------------------
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  37
  38 class SegmentationStepBase
  39 {
  40 public:
  41   typedef itk::Image<unsigned char, 3>  ImageType;
  42   typedef ImageType::PointType ImagePointType;
  43
  44   SegmentationStepBase(std::string name);
  45   virtual void StartStep();
  46   void InitStep(LymphStationSegmentationFilterBase * p){
  47     DD("SegmentationStepBase::InitStep");
  48     parent = p;
  49   }
  50   std::string name;
  51   LymphStationSegmentationFilterBase * parent;
  52 };
  53
  54 SegmentationStepBase::SegmentationStepBase(std::string n) {
  55   DD("SegmentationStepBase constructor");
  56   name = n;
  57   DD(name);
  58 }
  59
  60 void SegmentationStepBase::StartStep() {
  61   DD("Start step (verbose debug skip)");
  62   DD(name);
  63   // VERBOSE, DEBUG
  64   // IF SKIP
  65 }
  66
  67 //-----------------------------------
  68
  69 class ExtractStation7_APLimits:public SegmentationStepBase {
  70 public:
  71   typedef SegmentationStepBase Super;
  72   ExtractStation7_APLimits():SegmentationStepBase("Step AP Limits") {}
  73   virtual void StartStep();
  74   // Accès au types  ==> Super::
  75   // Accès au AFDB   ==> parent->
  76
  77   // TODO
  78   // , support, image // herit ; how to set ?
  79   // ggo
  80 };
  81
  82
  83 void ExtractStation7_APLimits::StartStep() {
  84   Super::StartStep(); // -> needed to verbose, debug, skip etc
  85   DD("ExtractStation7_APLimits StartStep");
  86   Super::ImagePointType carina;
  87   parent->GetAFDB()->GetPoint3D("carina", carina);
  88   DD(carina);
  89
  90   // Writeimage
  91 }
  92
  93 //-----------------------------------
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  95
  96 // template <class TImageType>
  97 class ExtractLymphStation_7:public LymphStationSegmentationFilterBase {
  98 public:
  99   ExtractLymphStation_7() {
 100     DD("ExtractStation_7 constructor");
 101     // insert step (could be autolist if needed);
 102     AddStep(new ExtractStation7_APLimits);
 103   }
 104
 105   // SET GGO dont (AFDB);
 106
 107   void StartSegmentation() {
 108     DD("ExtractStation_7 Start");
 109     // Loop on list of SegmentationStepBase
 110     m_Steps[0]->InitStep(this); // parent (donc AFFB)
 111     m_Steps[0]->StartStep();
 112     // things todo after a step ? -> if writeimage, to be done inside
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 114   }
 115 };
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