src/creaImageIODicomImageReader2.cpp

   1 #include <creaImageIODicomImageReader2.h>
   2
   3
   4
   5 #include <creaImageIOSystem.h>
   6 #include "boost/filesystem/path.hpp"
   7
   8 #include <creaImageIOTreeAttributeDescriptor.h>
   9 #include <vtkStringArray.h>
  10 #include <creaImageIOGimmick.h>
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  12
  13 #ifdef _DEBUG
  14 #define new DEBUG_NEW
  15 #endif
  16 namespace creaImageIO
  17 {
  18
  19   //=====================================================================
  20   DicomImageReader::DicomImageReader()
  21   {
  22       mReader =  vtkGDCMImageReader::New();
  23       SetName ( "Dicom" );
  24
  25   };
  26   //=====================================================================
  27
  28   //=====================================================================
  29   DicomImageReader::~DicomImageReader()
  30   {
  31       mReader->Delete();
  32   }
  33   //=====================================================================
  34
  35   //=====================================================================
  36   bool DicomImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  37   {
  38       gdcm::Reader reader;
  39       reader.SetFileName( filename.c_str() );
  40       return  reader.Read();
  41
  42   }
  43   //=====================================================================
  44
  45   //=====================================================================
  46   vtkImageData* DicomImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  47   {
  48     vtkImageData* im = 0;
  49     try
  50       {
  51         mReader->SetFileName(filename.c_str());
  52         mReader->Update();
  53         im = vtkImageData::New();
  54         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
  55       }
  56     catch (...)
  57       {
  58         if (im!=0) im->Delete();
  59           im = 0;
  60       }
  61     return im;
  62   }
  63
  64   //=====================================================================
  65   void DicomImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
  66   {
  67     v.push_back("dcm");
  68     v.push_back("");
  69   }
  70
  71   //========================================================================
  72   std::string irclean(const std::string& str)
  73   {
  74           if(str.size() > 0)
  75           {
  76                 if (str == "GDCM::Unfound")
  77                   {
  78                 return "";
  79                   }
  80                 if (str[str.size()-1]==' ')
  81                   {
  82                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
  83                   }
  84                 if (str[str.size()-1]==0)
  85                   {
  86                 return irclean(str.substr(0,str.size()-1));
  87                   }
  88           }
  89
  90     return str;
  91   }
  92   //========================================================================
  93   //=====================================================================
  94
  95
  96         void DicomImageReader::getAttributes(const std::string filename,
  97                 std::map <std::string , std::string> &infos,std::vector<std::string> i_attr)
  98         {
  99                 gdcm::Reader reader;
 100                 reader.SetFileName( filename.c_str() );
 101                 if (reader.Read())
 102                 {
 103                         std::vector<std::string>::iterator it = i_attr.begin();
 104                         for(;it != i_attr.end(); it++)
 105                         {
 106                                 unsigned short el;
 107                                 unsigned short gr;
 108                                 sscanf((*it).c_str(),"D%04hx_%04hx",&gr,&el);
 109                                 if ( ( gr!=0 ) && ( el!=0 ) )
 110                                 {
 111                                         infos[(*it)] =  ( GetStringValueFromTag(reader.GetFile().GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag(gr,el))) );
 112                                 }
 113                         }
 114                 }
 115
 116         }
 117   //=====================================================================
 118   void DicomImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 119                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 120   {
 121     GimmickMessage(2,"Reading attributes from DICOM file '"
 122                    <<filename<<"'"<<std::endl);
 123
 124
 125       gdcm::Reader reader;
 126       reader.SetFileName( filename.c_str() );
 127       if (reader.Read())
 128       {
 129         std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 130         for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i)
 131           {
 132             if ( i->first == "D0004_1500" )
 133               {
 134                 boost::filesystem::path full_path(filename);
 135                 std::string f = full_path.leaf();
 136                 i->second = f;
 137               }
 138             else if ( i->first == "FullFileName" )
 139               {
 140                 i->second = filename;
 141               }
 142                   else if ( i->first == "FullFileDirectory" )
 143               {
 144                           std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 145                           //find first separator
 146                           i->second = filename.substr(0, last_pos);
 147               }
 148             else
 149               {
 150                 uint16_t el;
 151                 uint16_t gr;
 152
 153                 tree::AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(i->first,gr,el);
 154                 if ( ( gr!=0 ) && ( el!=0 ) )
 155                   {
 156
 157                            std::string val = GetStringValueFromTag(reader.GetFile().GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag(gr,el)));
 158                     i->second = irclean(val);
 159                   }
 160               }
 161           }
 162       }
 163   }
 164
 165 void DicomImageReader::ReadAttributes2(const std::string& filename,
 166                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 167   {
 168         if(!b_loaded)
 169         {
 170                 std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 171                 for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i)
 172                   {
 173                         if ( i->first == "D0004_1500" ||  i->first == "FullFileName" || i->first == "FullFileDirectory" )
 174                         {
 175
 176                         }
 177                         else
 178                         {
 179                         uint16_t el;
 180                         uint16_t gr;
 181
 182                         tree::AttributeDescriptor::GetDicomGroupElementFromKey(i->first,gr,el);
 183                         mscan.AddTag(gdcm::Tag(gr,el) );
 184                         }
 185                 }
 186                 b_loaded = true;
 187         }
 188          bool b = mscan.IsKey(filename.c_str());
 189      if( b )
 190       {
 191                   const gdcm::Scanner::TagToValue &mapping = mscan.GetMapping(filename.c_str());
 192                   gdcm::Scanner::TagToValue::const_iterator it = mapping.begin();
 193                   std::map<std::string, std::string>::iterator i;
 194                 for (i=attr.begin();i!=attr.end();++i, ++it)
 195                 {
 196                         if ( i->first == "D0004_1500" )
 197                         {
 198                                 boost::filesystem::path full_path(filename);
 199                                 std::string f = full_path.leaf();
 200                                 i->second = f;
 201                         }
 202                         else if ( i->first == "FullFileName" )
 203                         {
 204                                 i->second = filename;
 205                         }
 206                         else if ( i->first == "FullFileDirectory" )
 207                         {
 208                                   std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 209                                   //find first separator
 210                                   i->second = filename.substr(0, last_pos);
 211                         }
 212                         else
 213                         {
 214                                 const char *value = it->second;
 215                                 i->second = irclean(it->second);
 216                         }
 217                 }
 218          }
 219 }
 220
 221 const std::string DicomImageReader::GetStringValueFromTag(const gdcm::DataElement& de)
 222 {
 223   static std::string buffer;
 224   buffer = "";  // cleanup previous call
 225
 226
 227     const gdcm::ByteValue *bv = de.GetByteValue();
 228     if( bv ) // Can be Type 2
 229       {
 230       buffer = std::string( bv->GetPointer(), bv->GetLength() );
 231       // Will be padded with at least one \0
 232       }
 233
 234   // Since return is a const char* the very first \0 will be considered
 235   return buffer.c_str();
 236 }
 237   //=====================================================================
 238
 239 } // namespace creaImageIO
 240