src/creaImageIOImageReader.cpp

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la Santé)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------
  26 */
  27
  28
  29 #include <vtkVersionMacros.h>
  30 #include <creaImageIOImageReader.h>
  31 #include <creaImageIOTreeAttributeDescriptor.h>
  32 #include <creaImageIOSystem.h>
  33
  34 #include <creaImageIOVtkImageReader.h>
  35 #if defined (USE_GDCM)
  36         #include <creaImageIODicomImageReader.h>
  37 #endif
  38 #if defined(USE_GDCM2)
  39         #include <creaImageIODicomImageReader2.h>
  40 #endif
  41 #include <creaImageIOUltrasonixImageReader.h>
  42 #include <vtkPNGReader.h>
  43 #include <vtkTIFFReader.h>
  44 #include <vtkJPEGReader.h>
  45 #include <vtkBMPReader.h>
  46 #include <vtkSLCReader.h>
  47 #include <vtkMetaImageReader.h>
  48 //#include <vtkGESignalReader.h>
  49
  50 #include "boost/filesystem/path.hpp"
  51
  52 namespace creaImageIO
  53 {
  54
  55   //=====================================================================
  56   ImageReader::ImageReader()
  57     :
  58     mUnreadableImage(NULL),
  59     mLastFilename("&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&")
  60   {
  61     //    std::cout << "#### ImageReader::ImageReader()"<<std::endl;
  62     if (mUnreadableImage!=NULL) return;
  63
  64
  65         Register( boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new VtkImageReader(vtkPNGReader::New() , "PNG", ".png")));
  66     Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new VtkImageReader(vtkTIFFReader::New(), "TIFF", ".tiff")));
  67     Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new VtkImageReader(vtkJPEGReader::New(), "JPEG", ".jpeg")));
  68     Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new VtkImageReader(vtkBMPReader::New(), "BMP", ".bmp")));
  69     Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new VtkImageReader(vtkSLCReader::New())));
  70     Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new VtkImageReader(vtkMetaImageReader::New(),"MHD",".mhd")));
  71     //   Register(new VtkImageReader(vtkGESignalReader::New()));
  72     Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new DicomImageReader));
  73     Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader>(new UltrasonixImageReader));
  74
  75         UnRegister(".txt");
  76
  77     mUnreadableImage = vtkImageData::New();
  78     int dim[3];
  79     dim[0] = dim[1] = 128;
  80     dim[2] = 1;
  81     mUnreadableImage->SetDimensions ( dim );
  82
  83 //EED 2017-01-01 Migration VTK7
  84 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5
  85     mUnreadableImage->SetScalarTypeToUnsignedChar();
  86     mUnreadableImage->AllocateScalars();
  87 #else
  88     mUnreadableImage->AllocateScalars(VTK_UNSIGNED_CHAR,1);
  89 #endif
  90
  91     for (int i=0;i<dim[0];i++)
  92         {
  93                 for (int j=0;j<dim[1];j++)
  94                 {
  95                         mUnreadableImage->SetScalarComponentFromFloat(i,j,0,0,0);
  96                 } // for j
  97         } // for i
  98
  99     for (int i=0;i<dim[0];i++)
 100     {
 101                 mUnreadableImage->SetScalarComponentFromFloat(i,i,0,0,255);
 102                 mUnreadableImage->SetScalarComponentFromFloat(dim[0]-1-i,i,0,0,255);
 103     } // for i
 104   }
 105   //=====================================================================
 106
 107   //=====================================================================
 108   ImageReader::~ImageReader()
 109   {
 110
 111  //   for (i=mReader.begin(); i!=mReader.end(); i++)
 112  //     {
 113         //delete (*i);
 114  //     }
 115 //    mReader.clear();
 116     if (mUnreadableImage!=NULL)
 117     {
 118                 mUnreadableImage->Delete();
 119                 mUnreadableImage = NULL;
 120     }
 121   }
 122   //=====================================================================
 123
 124   //=====================================================================
 125   void ImageReader::Register(boost::shared_ptr<AbstractImageReader> r)
 126   {
 127     mReader.push_back(r);
 128   }
 129
 130   void ImageReader::UnRegister(const std::string i_val)
 131   {
 132     mUnReader.push_back(i_val);
 133
 134   }
 135   //=====================================================================
 136
 137    //=====================================================================
 138   // Returns true iff the file is readable
 139   bool ImageReader::ShallNotRead( const std::string& filename )
 140   {
 141     bool ok = true;
 142         if(filename != "")
 143         {
 144                 std::vector<std::string >::iterator i ;
 145                 for (i=mUnReader.begin(); i!=mUnReader.end(); i++)
 146                 {
 147                         if ( (*i).c_str() == filename)
 148                         {
 149                                 ok = false;
 150                                 break;
 151                         }
 152                 }
 153         }
 154         return ok;
 155   }
 156
 157   //=====================================================================
 158   // Returns true iff the file is readable
 159   bool ImageReader::CanRead( const std::string& filename )
 160   {
 161
 162     bool ok = false;
 163
 164         if( !ShallNotRead(filename))
 165         {
 166                 return ok;
 167         }
 168         if(filename != "")
 169         {
 170                 std::vector<boost::shared_ptr<AbstractImageReader> >::iterator i;
 171                 for (i=mReader.begin(); i!=mReader.end(); i++)
 172                 {
 173                         ok = (*i)->CanRead(filename);
 174                         if (ok)
 175                         {
 176                                 mLastFilename = filename;
 177                                 mLastReader = *i;
 178                                 break;
 179                         }
 180                 }
 181         }
 182         return ok;
 183   }
 184   //=====================================================================
 185
 186   //=====================================================================
 187   // Reads the file (CanRead must be called before : no test here)
 188   vtkImageData*  ImageReader::ReadImage( const std::string& filename)
 189   {
 190                 if (mLastFilename!=filename)
 191                 {
 192                         if (!CanRead(filename))
 193                         {
 194                                 vtkImageData* im = vtkImageData::New();
 195                                 im->ShallowCopy(mUnreadableImage);
 196                                 return im;
 197                         } // CanRead
 198                 } // for mLastFilename
 199                 vtkImageData* i = mLastReader->ReadImage(mLastFilename);
 200                 if (i==NULL)
 201                 {
 202                         i = vtkImageData::New();
 203                         i->ShallowCopy(mUnreadableImage);
 204                 } // i
 205
 206                 return i;
 207   }
 208   //=====================================================================
 209   // Another function to read attributes for a file
 210   void ImageReader::getAttributes(const std::string filename,
 211                 std::map <std::string , std::string> &infos, std::vector<std::string> i_attr)
 212   {
 213            if (mLastFilename!=filename)
 214       {
 215         if (!CanRead(filename))
 216           {
 217             return;
 218           }
 219       }
 220     mLastReader->getAttributes(filename, infos, i_attr);
 221   }
 222   //=====================================================================
 223    void ImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 224                                     std::map<std::string,std::string>& attr)
 225    {
 226     if (mLastFilename!=filename)
 227       {
 228         if (!CanRead(filename))
 229           {
 230             return;
 231           }
 232       }
 233     mLastReader->ReadAttributes(mLastFilename,attr);
 234    }
 235   //=====================================================================
 236
 237
 238   //=====================================================================
 239   /// Pushes back all kwown extensions (without dot) in the vector given
 240   void ImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
 241   {
 242           std::vector<boost::shared_ptr<AbstractImageReader> >::iterator i;
 243     for (i=mReader.begin(); i!=mReader.end(); i++)
 244       {
 245         (*i)->PushBackExtensions(v);
 246       }
 247   }
 248   //=====================================================================
 249
 250 } // namespace creaImageIO