src/creaImageIOVtkImageReader.cpp

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la Santé)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------
  26 */
  27
  28
  29 #include <vtkVersionMacros.h>
  30
  31 #include <creaImageIOVtkImageReader.h>
  32 #include <vtkImageReader2.h>
  33
  34 #include "boost/filesystem/path.hpp"
  35 #if defined(_WIN32)
  36 #pragma warning(disable: 4996)
  37 #endif
  38
  39 namespace creaImageIO{
  40   //=====================================================================
  41   VtkImageReader::VtkImageReader(vtkImageReader2* r,
  42                                        const std::string& name,
  43                                        const std::string& extensions)
  44     : mReader(r), mExtensions(extensions)
  45   {
  46
  47         //EED 21 mars 2012  FLIP probleme  ..PLOP..
  48         mReader->FileLowerLeftOff();
  49
  50     if (name.size() == 0)
  51       {
  52                   const char *test =mReader->GetDescriptiveName();
  53                   //warning: comparison with string literal results in unspecified behaviour
  54                   //if(test != "")
  55                   std::string emptyString("");
  56                   if(test != emptyString)
  57                   {
  58                         SetName ( "toto");// mReader->GetDescriptiveName());
  59                   }
  60       }
  61     else
  62       {
  63         SetName ( name );
  64       }
  65
  66
  67   }
  68   //=====================================================================
  69
  70   //=====================================================================
  71   VtkImageReader::~VtkImageReader()
  72   {
  73
  74     mReader->Delete();
  75   }
  76   //=====================================================================
  77
  78   //=====================================================================
  79   bool VtkImageReader::CanRead(const std::string& filename)
  80   {
  81
  82     return (mReader->CanReadFile(filename.c_str())!=0);
  83 /*        if(filename != "")
  84           {
  85                 return (mReader->CanReadFile(filename.c_str())!=0);
  86           }
  87           else
  88           {
  89                   return false;
  90           }*/
  91   }
  92   //=====================================================================
  93   void VtkImageReader::getAttributes(const std::string filename,
  94                 std::map <std::string , std::string> &infos, std::vector<std::string> i_attr)
  95    {
  96    }
  97   //=====================================================================
  98   vtkImageData* VtkImageReader::ReadImage(const std::string& filename)
  99   {
 100     vtkImageData* im = 0;
 101     try
 102       {
 103         mReader->SetFileName( filename.c_str() );
 104         mReader->Update();
 105         im = vtkImageData::New();
 106
 107         im->ShallowCopy(mReader->GetOutput());
 108
 109 printf("EED VtkImageReader::ReadImage line 108   Missing FlipImage for JPEG, PNG, etc\n");
 110 /*
 111         im=FlipImageY(im);
 112
 113         if ( (GetName()=="JPEG") || (GetName()=="PNG") )
 114         {
 115
 116                 im->Update();
 117                 int inputdims[3];
 118                 im->GetDimensions (inputdims);
 119
 120                 int nbScalComp  = im->GetNumberOfScalarComponents();
 121                 int scalarSize  = im->GetScalarSize();
 122                 int lineSize    = inputdims[0]*scalarSize*nbScalComp;
 123                 int planeSize   = inputdims[1]*lineSize;
 124                 int volumeSize  = inputdims[2]*planeSize;
 125                 char *pixelsIn  = (char *)im->GetScalarPointer();
 126                 char *pixelsOut = (char *)mImageOut->GetScalarPointer();
 127
 128                 char *lineIn;
 129                 char *lineOut;
 130                 char *debPlanIn;
 131                 char *debPlanOut;
 132                 int i,j,k;
 133
 134                 for(k=0; k<inputdims[2]; k++)  // iterate  planes
 135                         {
 136                                 debPlanIn       = pixelsIn+k*planeSize;
 137                                 debPlanOut      = pixelsOut+k*planeSize;
 138                                 for(j=0; j<inputdims[1]; j++)  // iterates  rows
 139                                 {
 140                                         lineIn = debPlanIn+j*lineSize;
 141                                         lineOut = debPlanOut+(inputdims[1]-1-j)*lineSize;
 142                                         memcpy(lineOut,  lineIn, lineSize);
 143                                 }       // for j
 144                         } // for k
 145         } // FLIP : JPEG PNG
 146 */
 147       }
 148     catch (...)
 149       {
 150         if (im!=0) im->Delete();
 151         im = 0;
 152       }
 153     return im;
 154   }
 155   //=====================================================================
 156
 157   //=====================================================================
 158   void SplitExtensionsString ( const std::string& str,
 159                                const std::string& delimiters,
 160                                std::vector<std::string>& tokens)
 161   {
 162     // Skip delimiters at beginning.
 163     std::string::size_type lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, 0);
 164     // Find first delimiter.
 165     std::string::size_type pos     = str.find_first_of(delimiters, lastPos);
 166
 167     while (std::string::npos != pos || std::string::npos != lastPos)
 168       {
 169         // Found a token, add it to the vector.
 170         // SPECIFIC : REMOVE INITIAL DOT (lastPos + 1)
 171         tokens.push_back(str.substr(lastPos+1, pos - lastPos));
 172         // Skip delimiters.  Note the "not_of"
 173         lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, pos);
 174         // Find next delimiter
 175         pos = str.find_first_of(delimiters, lastPos);
 176       }
 177
 178     }
 179   //=====================================================================
 180
 181   //=====================================================================
 182   void VtkImageReader::PushBackExtensions(std::vector<std::string>& v)
 183   {
 184     std::string ext = mExtensions;
 185     if (ext.size()==0) ext = mReader->GetFileExtensions ();
 186
 187     SplitExtensionsString(ext," ",v);
 188   }
 189   //=====================================================================
 190
 191
 192
 193   //=====================================================================
 194   void VtkImageReader::ReadAttributes(const std::string& filename,
 195                                       std::map<std::string,std::string>& attr)
 196   {
 197
 198     // Get image dimensions
 199     // How to get the image info without loading it in vtk ?
 200     mReader->SetFileName(filename.c_str());
 201     mReader->Update(); //OpenFile();
 202     int ext[6];
 203     mReader->GetDataExtent(ext);
 204     // Columns
 205     char cols[128];
 206     sprintf(cols,"%i",ext[1]-ext[0]);
 207     // Rows
 208     char rows[128];
 209     sprintf(rows,"%i",ext[3]-ext[2]);
 210     // Planes
 211     char planes[128];
 212     sprintf(planes,"%i",ext[5]-ext[4]);
 213
 214         std::map<std::string,std::string>::iterator i;
 215     if ( (i = attr.find("FullFileName")) != attr.end())
 216       {
 217         i->second = filename;
 218       }
 219     if ( (i = attr.find("D0004_1500")) != attr.end())
 220       {
 221         boost::filesystem::path full_path(filename);
 222         std::string f = full_path.leaf().string();
 223         i->second = f;
 224       }
 225     if ( (i = attr.find("D0028_0010")) != attr.end())
 226       {
 227         i->second = rows;
 228       }
 229     if ( (i = attr.find("D0028_0011")) != attr.end())
 230       {
 231         i->second = cols;
 232       }
 233
 234     if ( (i = attr.find("D0028_0012")) != attr.end())
 235       {
 236                 i->second = planes;
 237       }
 238           if ( (i = attr.find("FullFileDirectory")) != attr.end())
 239       {
 240          std::string::size_type last_pos = filename.find_last_of("//");
 241                  i->second = filename.substr(0, last_pos);
 242           }
 243
 244
 245   }
 246   //=====================================================================
 247
 248 } // namespace creaImageIO