src/gdcmDicomDir.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmDicomDir.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2004/06/22 14:03:30 $
   7   Version:   $Revision: 1.50 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.htm for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include <string>
  20 #include <algorithm>
  21 #include <sys/types.h>
  22 #include <errno.h>
  23
  24 #ifdef _MSC_VER
  25    #include <direct.h>
  26 #else
  27    #include <unistd.h>
  28 #endif
  29
  30 #include "gdcmDicomDir.h"
  31 #include "gdcmDicomDirStudy.h"
  32 #include "gdcmDicomDirSerie.h"
  33 #include "gdcmDicomDirImage.h"
  34 #include "gdcmDirList.h"
  35 #include "gdcmUtil.h"
  36 #include "gdcmDebug.h"
  37 #include "gdcmGlobal.h"
  38 #include "gdcmHeader.h"
  39 #include "gdcmSeqEntry.h"
  40 #include "gdcmSQItem.h"
  41 #include "gdcmValEntry.h"
  42
  43 //-----------------------------------------------------------------------------
  44 //  For full DICOMDIR description, see:
  45 //  PS 3.3-2003, pages 731-750
  46 //-----------------------------------------------------------------------------
  47 // Constructor / Destructor
  48
  49 void gdcmDicomDir::Initialize(void)
  50 {
  51    startMethod             = NULL;
  52    progressMethod          = NULL;
  53    endMethod               = NULL;
  54    startMethodArgDelete    = NULL;
  55    progressMethodArgDelete = NULL;
  56    endMethodArgDelete      = NULL;
  57    startArg                = NULL;
  58    progressArg             = NULL;
  59    endArg                  = NULL;
  60
  61    progress = 0.0;
  62    abort = false;
  63
  64    metaElems = (gdcmDicomDirMeta *)0;
  65 }
  66
  67
  68 /**
  69  * \brief Constructor Parses recursively the directory and creates the DicomDir
  70  *        or uses an already built DICOMDIR, depending on 'parseDir' value.
  71  * @param FileName        name
  72  *                      - of the root directory (parseDir = true)
  73  *                      - of the DICOMDIR       (parseDir = false)
  74  * @param parseDir boolean
  75  *                      - true if user passed an entry point
  76  *                        and wants to explore recursively the directories
  77  *                      - false if user passed an already built DICOMDIR file
  78  *                        and wants to use it
  79  * @param exception_on_error whether we want to throw an exception or not
  80  */
  81 gdcmDicomDir::gdcmDicomDir(const char *FileName, bool parseDir,
  82                            bool exception_on_error):
  83    gdcmDocument(FileName,exception_on_error,true) // true : enable SeQuences
  84 {
  85    // que l'on ai passe un root directory ou un DICOMDIR
  86    // et quelle que soit la valeur de parseDir,
  87    // on a lance gdcmDocument
  88    Initialize();
  89
  90    // gdcmDocument already executed
  91    // if user passed a root directory, sure we didn't get anything
  92
  93    if( GetEntry().begin() == GetEntry().end() )
  94    {
  95       dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::gdcmDicomDir : entry HT empty");
  96
  97       if(strlen(FileName)==1 && FileName[0]=='.') { // user passed '.' as Name
  98                                             // we get current directory name
  99          char* dummy= new char[1000];
 100          getcwd(dummy, (size_t)1000);
 101          SetFileName(dummy); // will be converted into a string
 102          delete[] dummy;     // no longer needed
 103       }
 104
 105       if(parseDir)
 106       {
 107          dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::gdcmDicomDir : Parse directory"
 108                         " and create the DicomDir");
 109          ParseDirectory();
 110       } else {
 111          /// \todo if parseDir == false, it should be tagged as an error
 112       }
 113    }
 114    else
 115    {
 116       // Directory record sequence
 117       gdcmDocEntry *e = GetDocEntryByNumber(0x0004, 0x1220);
 118       if (e==NULL) {
 119          dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::gdcmDicomDir : NO Directory record"
 120                         " sequence (0x0004,0x1220)");
 121          /// \todo FIXME : what to do when the parsed file IS NOT a
 122          ///       DICOMDIR file ?
 123       }
 124       CreateDicomDir();
 125    }
 126 }
 127
 128 /**
 129  * \ingroup gdcmDicomDir
 130  * \brief   Constructor : creates an empty gdcmDicomDir
 131  * @param   exception_on_error whether we want to throw an exception or not
 132  */
 133 gdcmDicomDir::gdcmDicomDir(bool exception_on_error):
 134    gdcmDocument(exception_on_error)
 135 {
 136
 137    Initialize();
 138
 139    std::string pathBidon = "Bidon"; // Sorry, NULL not allowed ...
 140    SetElement(pathBidon, GDCM_DICOMDIR_META, NULL); // Set the META elements
 141    AddDicomDirMeta();
 142 }
 143
 144 /**
 145  * \brief  Canonical destructor
 146  */
 147 gdcmDicomDir::~gdcmDicomDir()
 148 {
 149    SetStartMethod(NULL);
 150    SetProgressMethod(NULL);
 151    SetEndMethod(NULL);
 152
 153    if(metaElems)
 154       delete metaElems;
 155
 156    for(ListDicomDirPatient::iterator cc = patients.begin();
 157                                      cc!= patients.end();
 158                                    ++cc)
 159    {
 160       delete *cc;
 161    }
 162 }
 163
 164 //-----------------------------------------------------------------------------
 165 // Print
 166 /**
 167  * \brief  Canonical Printer
 168  */
 169 void gdcmDicomDir::Print(std::ostream &os)
 170 {
 171    if(metaElems)
 172    {
 173       metaElems->SetPrintLevel(printLevel);
 174       metaElems->Print(os);
 175    }
 176    for(ListDicomDirPatient::iterator cc  = patients.begin();
 177                                      cc != patients.end();
 178                                    ++cc)
 179    {
 180      (*cc)->SetPrintLevel(printLevel);
 181      (*cc)->Print(os);
 182    }
 183 }
 184
 185 //-----------------------------------------------------------------------------
 186 // Public
 187 /**
 188  * \brief  This predicate, based on hopefully reasonable heuristics,
 189  *         decides whether or not the current header was properly parsed
 190  *         and contains the mandatory information for being considered as
 191  *         a well formed and usable DicomDir.
 192  * @return true when gdcmDocument is the one of a reasonable DicomDir,
 193  *         false otherwise.
 194  */
 195 bool gdcmDicomDir::IsReadable(void)
 196 {
 197    if(!gdcmDocument::IsReadable())
 198       return(false);
 199    if(!metaElems)
 200       return(false);
 201    if(patients.size()<=0)
 202       return(false);
 203
 204    return(true);
 205 }
 206
 207 /**
 208  * \ingroup gdcmDicomDir
 209  * \brief  fills the whole structure, starting from a root Directory
 210  */
 211 void gdcmDicomDir::ParseDirectory(void)
 212 {
 213    CreateDicomDirChainedList(GetFileName());
 214    CreateDicomDir();
 215 }
 216
 217 /**
 218  * \ingroup gdcmDicomDir
 219  * \brief   Set the start method to call when the parsing of the directory starts
 220  * @param   method Method to call
 221  * @param   arg    Argument to pass to the method
 222  * @param   argDelete    Argument
 223  * \warning In python : the arg parameter isn't considered
 224  */
 225 void gdcmDicomDir::SetStartMethod(gdcmMethod *method,void *arg,gdcmMethod *argDelete)
 226 {
 227    if((startArg)&&(startMethodArgDelete))
 228       startMethodArgDelete(startArg);
 229
 230    startMethod=method;
 231    startArg=arg;
 232    startMethodArgDelete=argDelete;
 233 }
 234
 235 /**
 236  * \ingroup gdcmDicomDir
 237  * \brief   Set the method to delete the argument
 238  *          The argument is destroyed when the method is changed or when the
 239  *          class is destroyed
 240  * @param   method Method to call to delete the argument
 241  */
 242 void gdcmDicomDir::SetStartMethodArgDelete(gdcmMethod *method)
 243 {
 244    startMethodArgDelete=method;
 245 }
 246
 247 /**
 248  * \ingroup gdcmDicomDir
 249  * \brief   Set the progress method to call when the parsing of the directory progress
 250  * @param   method Method to call
 251  * @param   arg    Argument to pass to the method
 252  * @param   argDelete    Argument
 253  * \warning In python : the arg parameter isn't considered
 254  */
 255 void gdcmDicomDir::SetProgressMethod(gdcmMethod *method,void *arg,gdcmMethod *argDelete)
 256 {
 257    if((progressArg)&&(progressMethodArgDelete))
 258       progressMethodArgDelete(progressArg);
 259
 260    progressMethod=method;
 261    progressArg=arg;
 262    progressMethodArgDelete=argDelete;
 263 }
 264
 265 /**
 266  * \ingroup gdcmDicomDir
 267  * \brief   Set the method to delete the argument
 268  *          The argument is destroyed when the method is changed or when the
 269  *          class is destroyed
 270  * @param   method Method to call to delete the argument
 271  */
 272 void gdcmDicomDir::SetProgressMethodArgDelete(gdcmMethod *method)
 273 {
 274    progressMethodArgDelete=method;
 275 }
 276
 277 /**
 278  * \ingroup gdcmDicomDir
 279  * \brief   Set the end method to call when the parsing of the directory ends
 280  * @param   method Method to call
 281  * @param   arg    Argument to pass to the method
 282  * @param   argDelete    Argument
 283  * \warning In python : the arg parameter isn't considered
 284  */
 285 void gdcmDicomDir::SetEndMethod(gdcmMethod *method, void *arg, gdcmMethod *argDelete)
 286 {
 287    if((endArg)&&(endMethodArgDelete))
 288       endMethodArgDelete(endArg);
 289
 290    endMethod=method;
 291    endArg=arg;
 292    endMethodArgDelete=argDelete;
 293 }
 294
 295 /**
 296  * \ingroup gdcmDicomDir
 297  * \brief   Set the method to delete the argument
 298  *          The argument is destroyed when the method is changed or when the class
 299  *          is destroyed
 300  * @param   method Method to call to delete the argument
 301  */
 302 void gdcmDicomDir::SetEndMethodArgDelete(gdcmMethod *method)
 303 {
 304    endMethodArgDelete=method;
 305 }
 306
 307 /**
 308  * \ingroup gdcmDicomDir
 309  * \brief   writes on disc a DICOMDIR
 310  * \ warning does NOT add the missing elements in the header :
 311  *           it's up to the user doing it !
 312  * \todo : to be re-written using the DICOMDIR tree-like structure
 313  *         *not* the chained list
 314  *         (does NOT exist if the DICOMDIR is user-forged !)
 315  * @param  fileName file to be written to
 316  * @return false only when fail to open
 317  */
 318
 319 bool gdcmDicomDir::Write(std::string fileName)
 320 {
 321    FILE * fp1;
 322
 323    fp1=fopen(fileName.c_str(),"wb");
 324    if(fp1==NULL)
 325    {
 326       printf("Failed to open(write) File [%s] \n",fileName.c_str());
 327       return(false);
 328    }
 329
 330    char * filePreamble = new char[128];
 331    fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
 332    fwrite("DICM",4,1,fp1);
 333    delete[] filePreamble;
 334    UpdateDirectoryRecordSequenceLength();
 335    WriteEntries(fp1);
 336
 337    fclose(fp1);
 338    return true;
 339 }
 340
 341 /**
 342  * \brief   Writes in a file using the tree-like structure.
 343  * @param   _fp already open file pointer
 344  */
 345
 346 void gdcmDicomDir::WriteEntries(FILE *_fp)
 347 {
 348    /// \todo (?) tester les echecs en ecriture
 349    ///          (apres chaque fwrite, dans le WriteEntry)
 350
 351
 352 /* TODO : to go on compiling
 353
 354    gdcmDicomDirMeta *ptrMeta;
 355    ListDicomDirPatient::iterator  itPatient;
 356    ListDicomDirStudy::iterator    itStudy;
 357    ListDicomDirSerie::iterator    itSerie;
 358    ListDicomDirImage::iterator    itImage;
 359    ListTag::iterator i;
 360
 361    ptrMeta= GetDicomDirMeta();
 362    for(i=ptrMeta->debut();i!=ptrMeta->fin();++i) {
 363       WriteEntry(*i,_fp, gdcmExplicitVR);
 364    }
 365
 366    itPatient = GetDicomDirPatients().begin();
 367    while ( itPatient != GetDicomDirPatients().end() ) {
 368       for(i=(*itPatient)->debut();i!=(*itPatient)->fin();++i) {
 369          WriteEntry(*i,_fp, gdcmExplicitVR);
 370       }
 371       itStudy = ((*itPatient)->GetDicomDirStudies()).begin();
 372       while (itStudy != (*itPatient)->GetDicomDirStudies().end() ) {
 373          for(i=(*itStudy)->debut();i!=(*itStudy)->fin();++i) {
 374             WriteEntry(*i,_fp, gdcmExplicitVR);
 375          }
 376          itSerie = ((*itStudy)->GetDicomDirSeries()).begin();
 377          while (itSerie != (*itStudy)->GetDicomDirSeries().end() ) {
 378             for(i=(*itSerie)->debut();i!=(*itSerie)->fin();++i) {
 379                WriteEntry(*i,_fp, gdcmExplicitVR);
 380             }
 381             itImage = ((*itSerie)->GetDicomDirImages()).begin();
 382             while (itImage != (*itSerie)->GetDicomDirImages().end() ) {
 383                for(i=(*itImage)->debut();i!=(*itImage)->fin();++i) {
 384                   WriteEntry(*i,_fp, gdcmExplicitVR);
 385                }
 386                ++itImage;
 387             }
 388             ++itSerie;
 389          }
 390          ++itStudy;
 391       }
 392       ++itPatient;
 393    }
 394    */
 395 }
 396
 397 //-----------------------------------------------------------------------------
 398 // Protected
 399
 400 /**
 401  * \ingroup gdcmDicomDir
 402  * \brief create a gdcmDocument-like chained list from a root Directory
 403  * @param path entry point of the tree-like structure
 404  */
 405 void gdcmDicomDir::CreateDicomDirChainedList(std::string path)
 406 {
 407    CallStartMethod();
 408
 409    gdcmDirList fileList(path,1); // gets recursively the file list
 410    unsigned int count=0;
 411    VectDocument list;
 412    gdcmHeader *header;
 413
 414    tagHT.clear();
 415    patients.clear();
 416
 417    for(gdcmDirList::iterator it=fileList.begin();
 418                              it!=fileList.end();
 419                              ++it)
 420    {
 421       progress=(float)(count+1)/(float)fileList.size();
 422       CallProgressMethod();
 423       if(abort)
 424          break;
 425
 426       header=new gdcmHeader(it->c_str());
 427       if(header->IsReadable())
 428          list.push_back(header);  // adds the file header to the chained list
 429       else
 430          delete header;
 431
 432       count++;
 433    }
 434    // sorts Patient/Study/Serie/
 435    std::sort(list.begin(),list.end(),gdcmDicomDir::HeaderLessThan);
 436
 437    std::string tmp=fileList.GetDirName();
 438
 439    //for each Header of the chained list, add/update the Patient/Study/Serie/Image info
 440    SetElements(tmp,list);
 441
 442    CallEndMethod();
 443 }
 444
 445 /**
 446  * \ingroup gdcmDicomDir
 447  * \brief   adds *the* Meta to a partially created DICOMDIR
 448  */
 449
 450  // FIXME : Heuuuuu ! Il prend les Entries du Document deja parse,
 451  //                   il ne fabrique rien !
 452
 453 gdcmDicomDirMeta * gdcmDicomDir::NewMeta(void) {
 454    gdcmDicomDirMeta *m = new gdcmDicomDirMeta(&tagHT);
 455    for (TagDocEntryHT::iterator cc = tagHT.begin();cc != tagHT.end();++cc) {
 456       m->AddDocEntry(cc->second);
 457    }
 458    return m;
 459 }
 460
 461
 462 /**
 463  * \ingroup gdcmDicomDir
 464  * \brief   adds a new Patient (with the basic elements) to a partially created DICOMDIR
 465  */
 466 gdcmDicomDirPatient * gdcmDicomDir::NewPatient(void) {
 467    std::list<gdcmElement> elemList;
 468    std::list<gdcmElement>::iterator it;
 469    guint16 tmpGr,tmpEl;
 470    gdcmDictEntry *dictEntry;
 471    gdcmValEntry *entry;
 472
 473    gdcmSQItem *s = new gdcmSQItem(0);
 474
 475    elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetDicomDirPatientElements();
 476
 477    // TODO : use FillObject !!!
 478
 479    // for all the DicomDirPatient Elements
 480
 481    for(it=elemList.begin();it!=elemList.end();++it)
 482    {
 483       tmpGr=it->group;
 484       tmpEl=it->elem;
 485       dictEntry=GetPubDict()->GetDictEntryByNumber(tmpGr,tmpEl);
 486       entry=new gdcmValEntry(dictEntry);
 487       entry->SetOffset(0); // just to avoid further missprinting
 488       entry->SetValue(it->value);
 489
 490       // dealing with value length ...
 491
 492       if(dictEntry->GetGroup()==0xfffe)
 493          {
 494             entry->SetLength(entry->GetValue().length());
 495          }
 496       else if( (dictEntry->GetVR()=="UL") || (dictEntry->GetVR()=="SL") )
 497          {
 498             entry->SetLength(4);
 499          }
 500       else if( (dictEntry->GetVR()=="US") || (dictEntry->GetVR()=="SS") )
 501          {
 502             entry->SetLength(2);
 503          }
 504       else if(dictEntry->GetVR()=="SQ")
 505          {
 506             entry->SetLength(0xffffffff);
 507          }
 508       else
 509          {
 510             entry->SetLength(entry->GetValue().length());
 511          }
 512       s->AddDocEntry(entry);
 513    }
 514
 515    gdcmDicomDirPatient *p = new gdcmDicomDirPatient(s, &tagHT);
 516    patients.push_front(p);
 517    return p;
 518 }
 519
 520 /**
 521  * \brief   adds to the HTable
 522  *          the gdcmEntries (Dicom Elements) corresponding to the given type
 523  * @param   path full path file name (only used when type = GDCM_DICOMDIR_IMAGE
 524  * @param   type gdcmObject type to create (GDCM_DICOMDIR_PATIENT,
 525  *          GDCM_DICOMDIR_STUDY, GDCM_DICOMDIR_SERIE ...)
 526  * @param   header gdcmHeader of the current file
 527  */
 528 void gdcmDicomDir::SetElement(std::string &path,gdcmDicomDirType type,
 529                               gdcmDocument *header)
 530 {
 531    std::list<gdcmElement> elemList;
 532    std::list<gdcmElement>::iterator it;
 533    guint16 tmpGr, tmpEl;
 534    gdcmDictEntry *dictEntry;
 535    gdcmValEntry *entry;
 536    std::string val;
 537
 538    switch(type){
 539       case GDCM_DICOMDIR_PATIENT:
 540          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetDicomDirPatientElements();
 541          break;
 542       case GDCM_DICOMDIR_STUDY:
 543          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetDicomDirStudyElements();
 544          break;
 545       case GDCM_DICOMDIR_SERIE:
 546          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetDicomDirSerieElements();
 547          break;
 548       case GDCM_DICOMDIR_IMAGE:
 549          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetDicomDirImageElements();
 550          break;
 551       case GDCM_DICOMDIR_META:
 552          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetDicomDirMetaElements();
 553          break;
 554       default:
 555          return;
 556    }
 557
 558    for(it=elemList.begin();it!=elemList.end();++it) {
 559       std::cout << "it " << std::endl;
 560       tmpGr=it->group;
 561       tmpEl=it->elem;
 562       dictEntry=GetPubDict()->GetDictEntryByNumber(tmpGr,tmpEl);
 563       entry=new gdcmValEntry(dictEntry); // Be sure it's never a BinEntry !
 564
 565       entry->SetOffset(0); // just to avoid further missprinting
 566
 567       if(header)
 568          val=header->GetEntryByNumber(tmpGr,tmpEl);
 569       else
 570          val=GDCM_UNFOUND;
 571
 572       if(val==GDCM_UNFOUND)
 573       {
 574          if((tmpGr==0x0004) &&(tmpEl==0x1130) ) // File-set ID
 575          {
 576            // force to the *end* File Name
 577            val=GetName(path);
 578          }
 579          else if( (tmpGr==0x0004) && (tmpEl==0x1500) ) // Only used for image
 580          {
 581             if(header->GetFileName().substr(0,path.length())!=path)
 582             {
 583                dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::SetElement : the base path"
 584                               " of file name is incorrect");
 585                val=header->GetFileName();
 586             }
 587             else
 588             {
 589                val=&(header->GetFileName().c_str()[path.length()]);
 590             }
 591          }
 592          else
 593          {
 594             val=it->value;
 595          }
 596       }
 597       else
 598       {
 599          if (header->GetEntryLengthByNumber(tmpGr,tmpEl)== 0)
 600             val=it->value;
 601       }
 602
 603       entry->SetValue(val);
 604
 605       if(dictEntry)
 606       {
 607          if(dictEntry->GetGroup()==0xfffe)  {
 608             entry->SetLength(entry->GetValue().length());
 609       }
 610      else if( (dictEntry->GetVR()=="UL") || (dictEntry->GetVR()=="SL") )
 611          {
 612             entry->SetLength(4);
 613          }
 614       else if( (dictEntry->GetVR()=="US") || (dictEntry->GetVR()=="SS") )
 615          {
 616             entry->SetLength(2);
 617          }
 618       else if(dictEntry->GetVR()=="SQ")
 619          {
 620             entry->SetLength(0xffffffff);
 621          }
 622       else
 623          {
 624             entry->SetLength(entry->GetValue().length());
 625          }
 626       }
 627       //AddDocEntry(entry); // both in H Table and in chained list
 628       tagHT[entry->GetKey()] = entry;          // FIXME : use a SEQUENCE !
 629    }
 630 }
 631
 632 /**
 633  * \brief   CallStartMethod
 634  */
 635 void gdcmDicomDir::CallStartMethod(void)
 636 {
 637    progress=0.0f;
 638    abort=false;
 639    if(startMethod)
 640       startMethod(startArg);
 641 }
 642 /**
 643  * \ingroup gdcmDicomDir
 644  * \brief   CallProgressMethod
 645  */
 646 void gdcmDicomDir::CallProgressMethod(void)
 647 {
 648    if(progressMethod)
 649       progressMethod(progressArg);
 650 }
 651 /**
 652  * \ingroup gdcmDicomDir
 653  * \brief   CallEndMethod
 654  */
 655 void gdcmDicomDir::CallEndMethod(void)
 656 {
 657    progress=1.0f;
 658    if(endMethod)
 659       endMethod(endArg);
 660 }
 661
 662 //-----------------------------------------------------------------------------
 663 // Private
 664 /**
 665  * \ingroup gdcmDicomDir
 666  * \brief create a 'gdcmDicomDir' from a DICOMDIR gdcmHeader
 667  */
 668 void gdcmDicomDir::CreateDicomDir()
 669 {
 670    // The list is parsed.
 671    //  When a DicomDir tag ("PATIENT", "STUDY", "SERIE", "IMAGE") is found :
 672    //  1 - we save the beginning iterator
 673    //  2 - we continue to parse
 674    //  3 - we find an other tag
 675    //       + we create the object for the precedent tag
 676    //       + loop to 1 -
 677
 678    gdcmDicomDirType type=gdcmDicomDir::GDCM_DICOMDIR_META;
 679
 680    // Directory record sequence
 681    gdcmDocEntry *e = GetDocEntryByNumber(0x0004, 0x1220);
 682    if (e==NULL)
 683    {
 684       dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::gdcmDicomDir : NO Directory record"
 685                      " sequence (0x0004,0x1220)");
 686       /// \todo FIXME: what to do when the parsed file IS NOT a DICOMDIR file ?
 687       return;
 688    }
 689
 690    gdcmSeqEntry* s = dynamic_cast<gdcmSeqEntry*>(e);
 691    if (!s)
 692    {
 693       dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::CreateDicomDir: no SeqEntry present");
 694       return;
 695    }
 696
 697    ListSQItem listItems = s->GetSQItems();
 698    gdcmDicomDirMeta *m = new gdcmDicomDirMeta(&tagHT);
 699
 700    gdcmDocEntry * d;
 701    std::string v;
 702    for(ListSQItem::iterator i=listItems.begin(); i !=listItems.end();++i)
 703    {
 704       d=(*i)->GetDocEntryByNumber(0x0004, 0x1430); // Directory Record Type
 705       if (gdcmValEntry* ValEntry = dynamic_cast< gdcmValEntry* >(d) )
 706       {
 707          v = ValEntry->GetValue();
 708       }
 709       else
 710       {
 711          dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::CreateDicomDir: not a ValEntry.");
 712          continue;
 713       }
 714
 715       if(v=="PATIENT ")
 716       {
 717          AddDicomDirPatientToEnd(*i);
 718          //AddObjectToEnd(type,*i);
 719          type=gdcmDicomDir::GDCM_DICOMDIR_PATIENT;
 720       }
 721
 722       else if(v=="STUDY ")
 723       {
 724          AddDicomDirStudyToEnd(*i);
 725         // AddObjectToEnd(type,*i);
 726          type=gdcmDicomDir::GDCM_DICOMDIR_STUDY;
 727       }
 728
 729       else if(v=="SERIES")
 730       {
 731          AddDicomDirSerieToEnd(*i);
 732        //  AddObjectToEnd(type,*i);
 733          type=gdcmDicomDir::GDCM_DICOMDIR_SERIE;
 734       }
 735
 736       else if(v=="IMAGE ")
 737       {
 738          AddDicomDirImageToEnd(*i);
 739       //   AddObjectToEnd(type,*i);
 740          type=gdcmDicomDir::GDCM_DICOMDIR_IMAGE;
 741       }
 742
 743       else
 744          // It was not a 'PATIENT', nor a 'STUDY', nor a 'SERIE',
 745          // neither an 'IMAGE' SQItem. Skip to next item.
 746          continue;
 747    }
 748 }
 749 /**
 750  * \ingroup gdcmDicomDir
 751  * \brief   AddObjectToEnd
 752  * @param   type
 753  * @param   begin iterator on the first DocEntry within the chained List
 754  * @param   end iterator on the last DocEntry within the chained List
 755  */
 756
 757 // now  useless ?
 758
 759 /*void gdcmDicomDir::AddObjectToEnd(gdcmDicomDirType type,gdcmSQItem *s)
 760 {
 761    if(s==NULL) // ??
 762       return;
 763
 764    switch(type)
 765    {
 766       case gdcmDicomDir::GDCM_DICOMDIR_META:
 767          AddDicomDirMeta();
 768          break;
 769       case gdcmDicomDir::GDCM_DICOMDIR_PATIENT:
 770          AddDicomDirPatientToEnd(s);
 771          break;
 772       case gdcmDicomDir::GDCM_DICOMDIR_STUDY:
 773          AddDicomDirStudyToEnd(s);
 774          break;
 775       case gdcmDicomDir::GDCM_DICOMDIR_SERIE:
 776          AddDicomDirSerieToEnd(s);
 777          break;
 778       case gdcmDicomDir::GDCM_DICOMDIR_IMAGE:
 779          AddDicomDirImageToEnd(s);
 780          break;
 781       case gdcmDicomDir::GDCM_DICOMDIR_NONE:
 782          AddDicomDirImageToEnd(s);        //FIXME
 783          break;
 784    }
 785 }
 786
 787 */
 788
 789 /**
 790  * \ingroup gdcmDicomDir
 791  * \brief Well ... there is only one occurence
 792 */
 793 void gdcmDicomDir::AddDicomDirMeta()
 794 {
 795    if(metaElems)
 796       delete metaElems;
 797    metaElems = new gdcmDicomDirMeta(&tagHT);
 798 }
 799
 800 /**
 801  * \ingroup gdcmDicomDir
 802  * \brief  AddDicomDirPatientToEnd
 803  * @param   s SQ Item to enqueue to the DicomPatient chained List
 804 */
 805 void gdcmDicomDir::AddDicomDirPatientToEnd(gdcmSQItem *s)
 806 {
 807    patients.push_back(new gdcmDicomDirPatient(s, &tagHT));
 808 }
 809
 810 /**
 811  * \ingroup gdcmDicomDir
 812  * \brief  AddDicomDirStudyToEnd
 813  * @param   s SQ Item to enqueue to the DicomDirStudy chained List
 814  */
 815  void gdcmDicomDir::AddDicomDirStudyToEnd(gdcmSQItem *s)
 816 {
 817    if(patients.size()>0)
 818    {
 819       ListDicomDirPatient::iterator itp=patients.end();
 820       itp--;
 821      (*itp)->AddDicomDirStudy(new gdcmDicomDirStudy(s, &tagHT));
 822    }
 823 }
 824 /**
 825  * \ingroup gdcmDicomDir
 826  * \brief  AddDicomDirSerieToEnd
 827  * @param   s SQ Item to enqueue to the DicomDirSerie chained List
 828  */
 829 void gdcmDicomDir::AddDicomDirSerieToEnd(gdcmSQItem *s)
 830 {
 831    if(patients.size()>0)
 832    {
 833       ListDicomDirPatient::iterator itp=patients.end();
 834       itp--;
 835
 836       if((*itp)->GetDicomDirStudies().size()>0)
 837       {
 838          ListDicomDirStudy::iterator itst=(*itp)->GetDicomDirStudies().end();
 839          itst--;
 840         (*itst)->AddDicomDirSerie(new gdcmDicomDirSerie(s, &tagHT));
 841       }
 842    }
 843 }
 844
 845 /**
 846  * \ingroup gdcmDicomDir
 847  * \brief   AddDicomDirImageToEnd
 848  * @param   s SQ Item to enqueue to the DicomDirImage chained List
 849  */
 850  void gdcmDicomDir::AddDicomDirImageToEnd(gdcmSQItem *s)
 851 {
 852    if(patients.size()>0)
 853    {
 854       ListDicomDirPatient::iterator itp=patients.end();
 855       itp--;
 856
 857       if((*itp)->GetDicomDirStudies().size()>0)
 858       {
 859          ListDicomDirStudy::iterator itst=(*itp)->GetDicomDirStudies().end();
 860          itst--;
 861
 862          if((*itst)->GetDicomDirSeries().size()>0)
 863          {
 864             ListDicomDirSerie::iterator its=(*itst)->GetDicomDirSeries().end();
 865             its--;
 866            (*its)->AddDicomDirImage(new gdcmDicomDirImage(s, &tagHT));
 867          }
 868       }
 869    }
 870 }
 871
 872 /**
 873  * \ingroup gdcmDicomDir
 874  * \brief  for each Header of the chained list, add/update the Patient/Study/Serie/Image info
 875  * @param   path path of the root directory
 876  * @param   list chained list of Headers
 877  */
 878 void gdcmDicomDir::SetElements(std::string &path, VectDocument &list)
 879 {
 880    std::string patPrevName="",         patPrevID="";
 881    std::string studPrevInstanceUID="", studPrevID="";
 882    std::string serPrevInstanceUID="",  serPrevID="";
 883
 884    std::string patCurName,         patCurID;
 885    std::string studCurInstanceUID, studCurID;
 886    std::string serCurInstanceUID,  serCurID;
 887
 888    SetElement(path,GDCM_DICOMDIR_META,NULL);
 889
 890    for(VectDocument::iterator it=list.begin();it!=list.end();++it)
 891    {
 892       // get the current file characteristics
 893       patCurName=        (*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0010);
 894       patCurID=          (*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0011);
 895       studCurInstanceUID=(*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000d);
 896       studCurID=         (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0010);
 897       serCurInstanceUID= (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000e);
 898       serCurID=          (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0011);
 899
 900       if(patCurName!=patPrevName || patCurID!=patPrevID)
 901          SetElement(path,GDCM_DICOMDIR_PATIENT,*it);
 902
 903       // if new Study Deal with 'STUDY' Elements
 904       if(studCurInstanceUID!=studPrevInstanceUID || studCurID!=studPrevID)
 905          SetElement(path,GDCM_DICOMDIR_STUDY,*it);
 906
 907       // if new Serie Deal with 'SERIE' Elements
 908       if(serCurInstanceUID!=serPrevInstanceUID || serCurID!=serPrevID)
 909          SetElement(path,GDCM_DICOMDIR_SERIE,*it);
 910
 911       // Always Deal with 'IMAGE' Elements
 912       SetElement(path,GDCM_DICOMDIR_IMAGE,*it);
 913
 914       patPrevName=        patCurName;
 915       patPrevID=          patCurID;
 916       studPrevInstanceUID=studCurInstanceUID;
 917       studPrevID=         studCurID;
 918       serPrevInstanceUID= serCurInstanceUID;
 919       serPrevID=          serCurID;
 920    }
 921 }
 922
 923 /**
 924  * \ingroup gdcmDicomDir
 925  * \brief   compares two dgcmHeaders
 926  */
 927 bool gdcmDicomDir::HeaderLessThan(gdcmDocument *header1,gdcmDocument *header2)
 928 {
 929    return(*header1<*header2);
 930 }
 931
 932 /**
 933  * \ingroup gdcmDicomDir
 934  * \brief   Sets the accurate value for the (0x0004,0x1220) element of a DICOMDIR
 935  */
 936
 937 void gdcmDicomDir::UpdateDirectoryRecordSequenceLength() {
 938
 939 // FIXME : to go on compiling
 940
 941 // to be re written !
 942 /*
 943    int offset = 0;
 944    ListTag::iterator it;
 945    guint16 gr, el;
 946    std::string vr;
 947    for(it=listEntries.begin();it!=listEntries.end();++it) {
 948       gr = (*it)->GetGroup();
 949       el = (*it)->GetElement();
 950       vr = (*it)->GetVR();
 951       if (gr !=0xfffe) {
 952          if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) {
 953             offset +=  4; // explicit VR AND OB, OW, SQ : 4 more bytes
 954          }
 955          offset += 2 + 2 + 4 + (*it)->GetLength();
 956       } else {
 957          offset +=  4; // delimiters don't have a value.
 958       }
 959    }
 960    //bool res=SetEntryLengthByNumber(offset, 0x0004, 0x1220); // Hope there is no dupps.
 961     SetEntryLengthByNumber(offset, 0x0004, 0x1220); // Hope there is no dupps.
 962    return;
 963    */
 964 }
 965
 966 //-----------------------------------------------------------------------------