src/gdcmDicomDir.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmDicomDir.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2006/01/18 10:17:40 $
   7   Version:   $Revision: 1.184 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 //-----------------------------------------------------------------------------
  20 //  For full DICOMDIR description, see:
  21 //  PS 3.3-2003, pages 731-750
  22 //-----------------------------------------------------------------------------
  23 #include "gdcmDicomDir.h"
  24 #include "gdcmDicomDirObject.h"
  25 #include "gdcmDicomDirStudy.h"
  26 #include "gdcmDicomDirSerie.h"
  27 #include "gdcmDicomDirVisit.h"
  28 #include "gdcmDicomDirImage.h"
  29 #include "gdcmDicomDirPatient.h"
  30 #include "gdcmDicomDirMeta.h"
  31 #include "gdcmDicomDirElement.h"
  32 #include "gdcmDirList.h"
  33 #include "gdcmUtil.h"
  34 #include "gdcmDebug.h"
  35 #include "gdcmGlobal.h"
  36 #include "gdcmFile.h"
  37 #include "gdcmSeqEntry.h"
  38 #include "gdcmSQItem.h"
  39 #include "gdcmDataEntry.h"
  40 #include "gdcmCommandManager.h"
  41
  42 #include <fstream>
  43 #include <string>
  44 #include <algorithm>
  45 #include <sys/types.h>
  46
  47 #ifdef _MSC_VER
  48 #   define getcwd _getcwd
  49 #endif
  50
  51 #if defined(_MSC_VER) || defined(__BORLANDC__)
  52 #   include <direct.h>
  53 #else
  54 #   include <unistd.h>
  55 #endif
  56 // ----------------------------------------------------------------------------
  57 //         Note for future developpers
  58 // ----------------------------------------------------------------------------
  59 //
  60 //  Dicom PS 3.3 describes the relationship between Directory Records, as follow
  61 //    (see also PS 4.3, 2004, page 50 for Entity-Relationship model)
  62 //
  63 //  Directory Record Type      Directory Record Types which may be included
  64 //                                in the next lower-level directory Entity
  65 //
  66 // (Root directory Entity)     PATIENT, TOPIC, PRIVATE
  67 //
  68 // PATIENT                     STUDY, PRIVATE
  69 //
  70 // STUDY                       SERIES, VISIT, RESULTS, STUDY COMPONENT, PRIVATE
  71 //
  72 // SERIES                      IMAGE, OVERLAYS, MODALITY LUT, VOI LUT,
  73 //                             CURVE, STORED PRINT, RT DOSE, RT STRUCTURE SET
  74 //                             RT PLAN, RT TREAT RECORD, PRESENTATION, WAVEFORM,
  75 //                             SR DOCUMENT, KEY OBJECT DOC, SPECTROSCOPY,
  76 //                             RAW DATA, REGISTRATION, FIDUCIAL, PRIVATE,
  77 //                             ENCAP DOC
  78 // IMAGE
  79 // OVERLAY
  80 // MODALITY LUT
  81 // VOI LUT
  82 // CURVE
  83 // STORED PRINT
  84 // RT DOSE
  85 // RT STRUCTURE SET
  86 // RT PLAN
  87 // RT TREAT RECORD
  88 // PRESENTATION
  89 // WAVEFORM
  90 // SR DOCUMENT
  91 // KEY OBJECT DOC
  92 // SPECTROSCOPY
  93 // RAW DATA
  94 // REGISTRATION
  95 // FIDUCIAL
  96 // PRIVATE
  97 // ENCAP DOC
  98 //
  99 // ----------------------
 100 // The current gdcm version only deals with :
 101 //
 102 // (Root directory Entity)     PATIENT
 103 // PATIENT                     STUDY
 104 // STUDY                       SERIES
 105 // STUDY                       VISIT
 106 // SERIES                      IMAGE
 107 // IMAGE                       /
 108 //
 109 // DicomDir::CreateDicomDir will have to be completed
 110 // Treelike structure management will have to be upgraded
 111 // ----------------------------------------------------------------------------
 112
 113 namespace gdcm
 114 {
 115 //-----------------------------------------------------------------------------
 116 // Constructor / Destructor
 117 /**
 118  * \brief   Constructor : creates an empty DicomDir
 119  */
 120 DicomDir::DicomDir()
 121 {
 122    Initialize();  // sets all private fields to NULL
 123    ParseDir = false;
 124    NewMeta();
 125 }
 126
 127 /**
 128  * \brief  Canonical destructor
 129  */
 130 DicomDir::~DicomDir()
 131 {
 132    ClearPatient();
 133    if ( MetaElems )
 134    {
 135       MetaElems->Delete();
 136    }
 137 }
 138
 139 //-----------------------------------------------------------------------------
 140 // Public
 141
 142 /**
 143  * \brief   Loader. use SetFileName(fn)
 144  *                  or SetLoadMode(lm) + SetDirectoryName(dn)  before !
 145  * @return false if file cannot be open or no swap info was found,
 146  *         or no tag was found.
 147  */
 148 bool DicomDir::Load( )
 149 {
 150    if (!ParseDir)
 151    {
 152       if ( ! this->Document::Load( ) )
 153          return false;
 154    }
 155    return DoTheLoadingJob( );
 156 }
 157
 158 /**
 159  * \brief   Does the Loading Job (internal use only)
 160  * @return false if file cannot be open or no swap info was found,
 161  *         or no tag was found.
 162  */
 163 bool DicomDir::DoTheLoadingJob( )
 164 {
 165    Progress = 0.0f;
 166    Abort = false;
 167
 168    if (!ParseDir)
 169    {
 170    // Only if user passed a DICOMDIR
 171    // ------------------------------
 172       Fp = 0;
 173       if (!Document::Load() )
 174       {
 175          return false;
 176       }
 177
 178       if ( GetFirstEntry() == 0 ) // when user passed a Directory to parse
 179       {
 180          gdcmWarningMacro( "Entry HT empty for file: "<< GetFileName());
 181          return false;
 182       }
 183       // Directory record sequence
 184       DocEntry *e = GetDocEntry(0x0004, 0x1220);
 185       if ( !e )
 186       {
 187          gdcmWarningMacro( "NO 'Directory record sequence' (0x0004,0x1220)"
 188                           << " in file " << GetFileName());
 189          return false;
 190       }
 191       else
 192          CreateDicomDir();
 193    }
 194    else
 195    {
 196    // Only if user passed a root directory
 197    // ------------------------------------
 198       if ( GetFileName() == "." )
 199       {
 200          // user passed '.' as Name
 201          // we get current directory name
 202          char buf[2048];
 203          const char *cwd = getcwd(buf, 2048);
 204          if( cwd )
 205          {
 206            SetFileName( buf ); // will be converted into a string
 207          }
 208          else
 209          {
 210            gdcmErrorMacro( "Path was too long to fit on 2048 bytes" );
 211          }
 212       }
 213       NewMeta();
 214       gdcmDebugMacro( "Parse directory and create the DicomDir : "
 215                          << GetFileName() );
 216       ParseDirectory();
 217    }
 218    return true;
 219 }
 220
 221 /**
 222  * \brief  This predicate, based on hopefully reasonable heuristics,
 223  *         decides whether or not the current document was properly parsed
 224  *         and contains the mandatory information for being considered as
 225  *         a well formed and usable DicomDir.
 226  * @return true when Document is the one of a reasonable DicomDir,
 227  *         false otherwise.
 228  */
 229 bool DicomDir::IsReadable()
 230 {
 231    if ( Filetype == Unknown )
 232    {
 233       gdcmErrorMacro( "Wrong filetype for " << GetFileName());
 234       return false;
 235    }
 236    if ( !MetaElems )
 237    {
 238       gdcmWarningMacro( "Meta Elements missing in DicomDir");
 239       return false;
 240    }
 241    if ( Patients.size() <= 0 )
 242    {
 243       gdcmWarningMacro( "NO Patient in DicomDir");
 244       return false;
 245    }
 246
 247    return true;
 248 }
 249
 250 /**
 251  * \brief   adds *the* Meta to a partially created DICOMDIR
 252  */
 253 DicomDirMeta *DicomDir::NewMeta()
 254 {
 255    if ( MetaElems )
 256       MetaElems->Delete();
 257
 258    DocEntry *entry = GetFirstEntry();
 259    if ( entry )
 260    {
 261       MetaElems = DicomDirMeta::New(true); // true = empty
 262
 263       entry = GetFirstEntry();
 264       while( entry )
 265       {
 266          if ( dynamic_cast<SeqEntry *>(entry) )
 267             break;
 268
 269          MetaElems->AddEntry(entry);
 270          RemoveEntry(entry);
 271
 272          entry = GetFirstEntry();
 273       }
 274    }
 275    else  // after root directory parsing
 276    {
 277       MetaElems = DicomDirMeta::New(false); // false = not empty
 278    }
 279    MetaElems->SetSQItemNumber(0); // To avoid further missprinting
 280    return MetaElems;
 281 }
 282
 283 /**
 284  * \brief   adds a new Patient (with the basic elements) to a partially created
 285  *          DICOMDIR
 286  */
 287 DicomDirPatient *DicomDir::NewPatient()
 288 {
 289    DicomDirPatient *dd = DicomDirPatient::New();
 290    AddPatientToEnd( dd );
 291    return dd;
 292 }
 293
 294 /**
 295  * \brief   Remove all Patients
 296  */
 297 void DicomDir::ClearPatient()
 298 {
 299    for(ListDicomDirPatient::iterator cc = Patients.begin();
 300                                      cc!= Patients.end();
 301                                    ++cc)
 302    {
 303       (*cc)->Unregister();
 304    }
 305    Patients.clear();
 306 }
 307
 308 /**
 309  * \brief   Get the first entry while visiting the DicomDirPatients
 310  * \return  The first DicomDirPatient if found, otherwhise NULL
 311  */
 312 DicomDirPatient *DicomDir::GetFirstPatient()
 313 {
 314    ItPatient = Patients.begin();
 315    if ( ItPatient != Patients.end() )
 316       return *ItPatient;
 317    return NULL;
 318 }
 319
 320 /**
 321  * \brief   Get the next entry while visiting the DicomDirPatients
 322  * \note : meaningfull only if GetFirstEntry already called
 323  * \return  The next DicomDirPatient if found, otherwhise NULL
 324  */
 325 DicomDirPatient *DicomDir::GetNextPatient()
 326 {
 327    gdcmAssertMacro (ItPatient != Patients.end());
 328
 329    ++ItPatient;
 330    if ( ItPatient != Patients.end() )
 331       return *ItPatient;
 332    return NULL;
 333 }
 334
 335 /**
 336  * \brief  fills the whole structure, starting from a root Directory
 337  */
 338 void DicomDir::ParseDirectory()
 339 {
 340    CreateDicomDirChainedList( GetFileName() );
 341    CreateDicomDir();
 342 }
 343
 344 /**
 345  * \brief    writes on disc a DICOMDIR
 346  * \ warning does NOT add the missing elements in the header :
 347  *           it's up to the user doing it !
 348  * @param  fileName file to be written to
 349  * @return false only when fail to open
 350  */
 351
 352 bool DicomDir::Write(std::string const &fileName)
 353 {
 354    int i;
 355    uint16_t sq[6] = { 0x0004, 0x1220, 0x5153, 0x0000, 0xffff, 0xffff };
 356    uint16_t sqt[4]= { 0xfffe, 0xe0dd, 0x0000, 0x0000 };
 357
 358    std::ofstream *fp = new std::ofstream(fileName.c_str(),
 359                                          std::ios::out | std::ios::binary);
 360    if ( !fp )
 361    {
 362       gdcmWarningMacro("Failed to open(write) File: " << fileName.c_str());
 363       return false;
 364    }
 365
 366    char filePreamble[128];
 367    memset(filePreamble, 0, 128);
 368    fp->write(filePreamble, 128);
 369    binary_write( *fp, "DICM");
 370
 371    DicomDirMeta *ptrMeta = GetMeta();
 372    ptrMeta->WriteContent(fp, ExplicitVR);
 373
 374    // force writing 0004|1220 [SQ ], that CANNOT exist within DicomDirMeta
 375    for(i=0;i<6;++i)
 376    {
 377       binary_write(*fp, sq[i]);
 378    }
 379
 380    for(ListDicomDirPatient::iterator cc  = Patients.begin();
 381                                      cc != Patients.end();
 382                                    ++cc )
 383    {
 384       (*cc)->WriteContent( fp, ExplicitVR );
 385    }
 386
 387    // force writing Sequence Delimitation Item
 388    for(i=0;i<4;++i)
 389    {
 390       binary_write(*fp, sqt[i]);  // fffe e0dd 0000 0000
 391    }
 392
 393    fp->close();
 394    delete fp;
 395
 396    return true;
 397 }
 398
 399 /**
 400  * \brief    Anonymize a DICOMDIR
 401  * @return true
 402  */
 403
 404 bool DicomDir::Anonymize()
 405 {
 406    DataEntry *v;
 407    // Something clever to be found to forge the Patient names
 408    std::ostringstream s;
 409    int i = 1;
 410    for(ListDicomDirPatient::iterator cc = Patients.begin();
 411                                      cc!= Patients.end();
 412                                    ++cc)
 413    {
 414       s << i;
 415       v = (*cc)->GetDataEntry(0x0010, 0x0010) ; // Patient's Name
 416       if (v)
 417       {
 418          v->SetString(s.str());
 419       }
 420
 421       v = (*cc)->GetDataEntry(0x0010, 0x0020) ; // Patient ID
 422       if (v)
 423       {
 424          v->SetString(" ");
 425       }
 426
 427       v = (*cc)->GetDataEntry(0x0010, 0x0030) ; // Patient's BirthDate
 428       if (v)
 429       {
 430          v->SetString(" ");
 431       }
 432       s << "";
 433       i++;
 434    }
 435    return true;
 436 }
 437
 438 /**
 439  * \brief Copies all the attributes from an other DocEntrySet
 440  * @param set entry to copy from
 441  * @remarks The contained DocEntries are not copied, only referenced
 442  */
 443 void DicomDir::Copy(DocEntrySet *set)
 444 {
 445    // Remove all previous childs
 446    ClearPatient();
 447
 448    Document::Copy(set);
 449
 450    DicomDir *dd = dynamic_cast<DicomDir *>(set);
 451    if( dd )
 452    {
 453       if(MetaElems)
 454          MetaElems->Unregister();
 455       MetaElems = dd->MetaElems;
 456       if(MetaElems)
 457          MetaElems->Register();
 458
 459       Patients = dd->Patients;
 460       for(ItPatient = Patients.begin();ItPatient != Patients.end();++ItPatient)
 461          (*ItPatient)->Register();
 462    }
 463 }
 464
 465 //-----------------------------------------------------------------------------
 466 // Protected
 467 /**
 468  * \brief create a Document-like chained list from a root Directory
 469  * @param path entry point of the tree-like structure
 470  */
 471 void DicomDir::CreateDicomDirChainedList(std::string const &path)
 472 {
 473    CallStartMethod();
 474    DirList dirList(path,1); // gets recursively the file list
 475    unsigned int count = 0;
 476    VectDocument list;
 477    File *f;
 478
 479    DirListType fileList = dirList.GetFilenames();
 480    unsigned int nbFile = fileList.size();
 481    for( DirListType::iterator it  = fileList.begin();
 482                               it != fileList.end();
 483                               ++it )
 484    {
 485       Progress = (float)(count+1)/(float)nbFile;
 486       CallProgressMethod();
 487       if ( Abort )
 488       {
 489          break;
 490       }
 491
 492       f = File::New( );
 493       f->SetLoadMode(LoadMode); // we allow user not to load Sequences,
 494                                 //        or Shadow groups, or ......
 495       f->SetFileName( it->c_str() );
 496       f->Load( );
 497
 498       if ( f->IsReadable() )
 499       {
 500          // Add the file to the chained list:
 501          list.push_back(f);
 502          gdcmDebugMacro( "Readable " << it->c_str() );
 503        }
 504        else
 505        {
 506           f->Delete();
 507        }
 508        count++;
 509    }
 510    // sorts Patient/Study/Serie/
 511    std::sort(list.begin(), list.end(), DicomDir::HeaderLessThan );
 512
 513    std::string tmp = dirList.GetDirName();
 514    //for each File of the chained list, add/update the Patient/Study/Serie/Image info
 515    SetElements(tmp, list);
 516    CallEndMethod();
 517
 518    for(VectDocument::iterator itDoc=list.begin();
 519        itDoc!=list.end();
 520        ++itDoc)
 521    {
 522       dynamic_cast<File *>(*itDoc)->Delete();
 523    }
 524 }
 525
 526
 527 //-----------------------------------------------------------------------------
 528 // Private
 529 /**
 530  * \brief Sets all fields to NULL
 531  */
 532 void DicomDir::Initialize()
 533 {
 534    Progress = 0.0;
 535    Abort = false;
 536
 537    MetaElems = NULL;
 538 }
 539
 540 /**
 541  * \brief create a 'gdcm::DicomDir' from a DICOMDIR Header
 542  */
 543 void DicomDir::CreateDicomDir()
 544 {
 545    // The SeqEntries of "Directory Record Sequence" are parsed.
 546    //  When a DicomDir tag ("PATIENT", "STUDY", "SERIE", "IMAGE") is found :
 547    //  1 - we save the beginning iterator
 548    //  2 - we continue to parse
 549    //  3 - we find an other tag
 550    //       + we create the object for the precedent tag
 551    //       + loop to 1 -
 552    gdcmDebugMacro("Create DicomDir");
 553
 554    // Directory record sequence
 555    DocEntry *e = GetDocEntry(0x0004, 0x1220);
 556    if ( !e )
 557    {
 558       gdcmWarningMacro( "No Directory Record Sequence (0004,1220) found");
 559       return;
 560    }
 561
 562    SeqEntry *s = dynamic_cast<SeqEntry *>(e);
 563    if ( !s )
 564    {
 565       gdcmWarningMacro( "Element (0004,1220) is not a Sequence ?!?");
 566       return;
 567    }
 568
 569    NewMeta();
 570
 571    DocEntry *d;
 572    std::string v;
 573    SQItem *si;
 574
 575    SQItem *tmpSI=s->GetFirstSQItem();
 576    while(tmpSI)
 577    {
 578       d = tmpSI->GetDocEntry(0x0004, 0x1430); // Directory Record Type
 579       if ( DataEntry *dataEntry = dynamic_cast<DataEntry *>(d) )
 580       {
 581          v = dataEntry->GetString();
 582       }
 583       else
 584       {
 585          gdcmWarningMacro( "(0004,1430) not a DataEntry ?!?");
 586          continue;
 587       }
 588
 589       // A decent DICOMDIR has much more images than series,
 590       // more series than studies, and so on.
 591       // This is the right order to perform the tests
 592
 593       if ( v == "IMAGE " )
 594       {
 595          si = DicomDirImage::New(true);
 596          if ( !AddImageToEnd( static_cast<DicomDirImage *>(si)) )
 597          {
 598             si->Delete();
 599             si = NULL;
 600             gdcmErrorMacro( "Add AddImageToEnd failed");
 601          }
 602       }
 603       else if ( v == "SERIES" )
 604       {
 605          si = DicomDirSerie::New(true);
 606          if ( !AddSerieToEnd( static_cast<DicomDirSerie *>(si)) )
 607          {
 608             si->Delete();
 609             si = NULL;
 610             gdcmErrorMacro( "Add AddSerieToEnd failed");
 611          }
 612       }
 613       else if ( v == "VISIT " )
 614       {
 615          si = DicomDirVisit::New(true);
 616          if ( !AddVisitToEnd( static_cast<DicomDirVisit *>(si)) )
 617          {
 618             si->Delete();
 619             si = NULL;
 620             gdcmErrorMacro( "Add AddVisitToEnd failed");
 621          }
 622       }
 623       else if ( v == "STUDY " )
 624       {
 625          si = DicomDirStudy::New(true);
 626          if ( !AddStudyToEnd( static_cast<DicomDirStudy *>(si)) )
 627          {
 628             si->Delete();
 629             si = NULL;
 630             gdcmErrorMacro( "Add AddStudyToEnd failed");
 631          }
 632       }
 633       else if ( v == "PATIENT " )
 634       {
 635          si = DicomDirPatient::New(true);
 636          if ( !AddPatientToEnd( static_cast<DicomDirPatient *>(si)) )
 637          {
 638             si->Delete();
 639             si = NULL;
 640             gdcmErrorMacro( "Add PatientToEnd failed");
 641          }
 642       }
 643       else
 644       {
 645          // It was neither a 'PATIENT', nor a 'STUDY', nor a 'SERIE',
 646          // nor an 'IMAGE' SQItem. Skip to next item.
 647          gdcmDebugMacro( " -------------------------------------------"
 648          << "a non PATIENT/STUDY/SERIE/IMAGE SQItem was found : "
 649          << v);
 650
 651         // FIXME : deal with other item types !
 652         tmpSI=s->GetNextSQItem(); // To avoid infinite loop
 653         continue;
 654       }
 655       if ( si )
 656          si->Copy(tmpSI);
 657
 658       tmpSI=s->GetNextSQItem();
 659    }
 660    ClearEntry();
 661 }
 662
 663 /**
 664  * \brief  AddPatientToEnd
 665  * @param   dd SQ Item to enqueue to the DicomPatient chained List
 666  */
 667 bool DicomDir::AddPatientToEnd(DicomDirPatient *dd)
 668 {
 669    Patients.push_back(dd);
 670    return true;
 671 }
 672
 673 /**
 674  * \brief  AddStudyToEnd
 675  * @param   dd SQ Item to enqueue to the DicomDirStudy chained List
 676  */
 677 bool DicomDir::AddStudyToEnd(DicomDirStudy *dd)
 678 {
 679    if ( Patients.size() > 0 )
 680    {
 681       ListDicomDirPatient::iterator itp = Patients.end();
 682       itp--;
 683       (*itp)->AddStudy(dd);
 684       return true;
 685    }
 686    return false;
 687 }
 688
 689 /**
 690  * \brief  AddSerieToEnd
 691  * @param   dd SQ Item to enqueue to the DicomDirSerie chained List
 692  */
 693 bool DicomDir::AddSerieToEnd(DicomDirSerie *dd)
 694 {
 695    if ( Patients.size() > 0 )
 696    {
 697       ListDicomDirPatient::iterator itp = Patients.end();
 698       itp--;
 699
 700       DicomDirStudy *study = (*itp)->GetLastStudy();
 701       if ( study )
 702       {
 703          study->AddSerie(dd);
 704          return true;
 705       }
 706    }
 707    return false;
 708 }
 709
 710 /**
 711  * \brief  AddVisitToEnd
 712  * @param   dd SQ Item to enqueue to the DicomDirVisit chained List
 713  */
 714 bool DicomDir::AddVisitToEnd(DicomDirVisit *dd)
 715 {
 716    if ( Patients.size() > 0 )
 717    {
 718       ListDicomDirPatient::iterator itp = Patients.end();
 719       itp--;
 720
 721       DicomDirStudy *study = (*itp)->GetLastStudy();
 722       if ( study )
 723       {
 724          study->AddVisit(dd);
 725          return true;
 726       }
 727    }
 728    return false;
 729 }
 730 /**
 731  * \brief   AddImageToEnd
 732  * @param   dd SQ Item to enqueue to the DicomDirImage chained List
 733  */
 734 bool DicomDir::AddImageToEnd(DicomDirImage *dd)
 735 {
 736    if ( Patients.size() > 0 )
 737    {
 738       ListDicomDirPatient::iterator itp = Patients.end();
 739       itp--;
 740
 741       DicomDirStudy *study = (*itp)->GetLastStudy();
 742       if ( study )
 743       {
 744          DicomDirSerie *serie = study->GetLastSerie();
 745          if ( serie )
 746          {
 747             serie->AddImage(dd);
 748             return true;
 749          }
 750       }
 751    }
 752    return false;
 753 }
 754
 755 /**
 756  * \brief  for each Header of the chained list,
 757  *         add/update the Patient/Study/Serie/Image info
 758  * @param   path path of the root directory
 759  * @param   list chained list of Headers
 760  */
 761 void DicomDir::SetElements(std::string const &path, VectDocument const &list)
 762 {
 763    ClearEntry();
 764    ClearPatient();
 765
 766    std::string patPrevName         = "", patPrevID  = "";
 767    std::string studPrevInstanceUID = "", studPrevID = "";
 768    std::string serPrevInstanceUID  = "", serPrevID  = "";
 769
 770    std::string patCurName,         patCurID;
 771    std::string studCurInstanceUID, studCurID;
 772    std::string serCurInstanceUID,  serCurID;
 773
 774    bool first = true;
 775    for( VectDocument::const_iterator it = list.begin();
 776                                      it != list.end();
 777                                    ++it )
 778    {
 779       // get the current file characteristics
 780       patCurName         = (*it)->GetEntryString(0x0010,0x0010);
 781       patCurID           = (*it)->GetEntryString(0x0010,0x0011);
 782       studCurInstanceUID = (*it)->GetEntryString(0x0020,0x000d);
 783       studCurID          = (*it)->GetEntryString(0x0020,0x0010);
 784       serCurInstanceUID  = (*it)->GetEntryString(0x0020,0x000e);
 785       serCurID           = (*it)->GetEntryString(0x0020,0x0011);
 786
 787       if ( patCurName != patPrevName || patCurID != patPrevID || first )
 788       {
 789          SetElement(path, GDCM_DICOMDIR_PATIENT, *it);
 790          first = true;
 791       }
 792
 793       // if new Study, deal with 'STUDY' Elements
 794       if ( studCurInstanceUID != studPrevInstanceUID || studCurID != studPrevID
 795          || first )
 796       {
 797          SetElement(path, GDCM_DICOMDIR_STUDY, *it);
 798          first = true;
 799       }
 800
 801       // if new Serie, deal with 'SERIE' Elements
 802       if ( serCurInstanceUID != serPrevInstanceUID || serCurID != serPrevID
 803          || first )
 804       {
 805          SetElement(path, GDCM_DICOMDIR_SERIE, *it);
 806       }
 807
 808       // Always Deal with 'IMAGE' Elements
 809       SetElement(path, GDCM_DICOMDIR_IMAGE, *it);
 810
 811       patPrevName         = patCurName;
 812       patPrevID           = patCurID;
 813       studPrevInstanceUID = studCurInstanceUID;
 814       studPrevID          = studCurID;
 815       serPrevInstanceUID  = serCurInstanceUID;
 816       serPrevID           = serCurID;
 817       first = false;
 818    }
 819 }
 820
 821 /**
 822  * \brief   adds to the HTable
 823  *          the Entries (Dicom Elements) corresponding to the given type
 824  * @param   path full path file name (only used when type = GDCM_DICOMDIR_IMAGE
 825  * @param   type DicomDirObject type to create (GDCM_DICOMDIR_PATIENT,
 826  *          GDCM_DICOMDIR_STUDY, GDCM_DICOMDIR_SERIE ...)
 827  * @param   header Header of the current file
 828  */
 829 void DicomDir::SetElement(std::string const &path, DicomDirType type,
 830                           Document *header)
 831 {
 832    ListDicomDirElem elemList;
 833    ListDicomDirElem::const_iterator it;
 834    uint16_t tmpGr, tmpEl;
 835    DictEntry *dictEntry;
 836    DataEntry *entry;
 837    std::string val;
 838    SQItem *si;
 839
 840    switch( type )
 841    {
 842       case GDCM_DICOMDIR_IMAGE:
 843          elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirImageElements();
 844          si = DicomDirImage::New(true);
 845          if ( !AddImageToEnd(static_cast<DicomDirImage *>(si)) )
 846          {
 847             si->Delete();
 848             gdcmErrorMacro( "Add ImageToEnd failed");
 849          }
 850          break;
 851       case GDCM_DICOMDIR_SERIE:
 852          elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirSerieElements();
 853          si = DicomDirSerie::New(true);
 854          if ( !AddSerieToEnd(static_cast<DicomDirSerie *>(si)) )
 855          {
 856             si->Delete();
 857             gdcmErrorMacro( "Add SerieToEnd failed");
 858          }
 859          break;
 860       case GDCM_DICOMDIR_STUDY:
 861          elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirStudyElements();
 862          si = DicomDirStudy::New(true);
 863          if ( !AddStudyToEnd(static_cast<DicomDirStudy *>(si)) )
 864          {
 865             si->Delete();
 866             gdcmErrorMacro( "Add StudyToEnd failed");
 867          }
 868          break;
 869       case GDCM_DICOMDIR_PATIENT:
 870          elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirPatientElements();
 871          si = DicomDirPatient::New(true);
 872          if ( !AddPatientToEnd(static_cast<DicomDirPatient *>(si)) )
 873          {
 874             si->Delete();
 875             gdcmErrorMacro( "Add PatientToEnd failed");
 876          }
 877          break;
 878       case GDCM_DICOMDIR_META:
 879          if ( MetaElems )
 880          {
 881             MetaElems->Delete();
 882             gdcmErrorMacro( "MetaElements already exist, they will be destroyed");
 883          }
 884          elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirMetaElements();
 885          MetaElems = DicomDirMeta::New(true);
 886          si = MetaElems;
 887          break;
 888       default:
 889          return;
 890    }
 891
 892    // FIXME : troubles found when it's a SeqEntry
 893
 894    // removed all the seems-to-be-useless stuff about Referenced Image Sequence
 895    // to avoid further troubles
 896    // imageElem 0008 1140 "" // Referenced Image Sequence
 897    // imageElem fffe e000 "" // 'no length' item : length to be set to 0xffffffff later
 898    // imageElem 0008 1150 "" // Referenced SOP Class UID    : to be set/forged later
 899    // imageElem 0008 1155 "" // Referenced SOP Instance UID : to be set/forged later
 900    // imageElem fffe e00d "" // Item delimitation : length to be set to ZERO later
 901
 902    std::string referencedVal;
 903    // for all the relevant elements found in their own spot of the DicomDir.dic
 904    for( it = elemList.begin(); it != elemList.end(); ++it)
 905    {
 906       tmpGr     = it->Group;
 907       tmpEl     = it->Elem;
 908       dictEntry = GetPubDict()->GetEntry(tmpGr, tmpEl);
 909
 910       entry     = DataEntry::New( dictEntry );
 911       entry->SetOffset(0); // just to avoid further missprinting
 912
 913       if ( header )
 914       {
 915          // NULL when we Build Up (ex nihilo) a DICOMDIR
 916          //   or when we add the META elems
 917
 918             val = header->GetEntryString(tmpGr, tmpEl);
 919       }
 920       else
 921       {
 922          val = GDCM_UNFOUND;
 923       }
 924
 925       if ( val == GDCM_UNFOUND)
 926       {
 927          if ( tmpGr == 0x0004 ) // never present in File !
 928          {
 929             switch (tmpEl)
 930             {
 931             case 0x1130: // File-set ID
 932                // force to the *end* File Name
 933                val = Util::GetName( path );
 934                break;
 935
 936             case 0x1500: // Only used for image
 937                if ( header->GetFileName().substr(0, path.length()) != path )
 938                {
 939                  gdcmWarningMacro( "The base path of file name is incorrect");
 940                  val = header->GetFileName();
 941                }
 942                else
 943                {
 944                  // avoid the first '/' in File name !
 945                  if ( header->GetFileName().c_str()[path.length()]
 946                                                       == GDCM_FILESEPARATOR )
 947                     val = &(header->GetFileName().c_str()[path.length()+1]);
 948                  else
 949                     val = &(header->GetFileName().c_str()[path.length()]);
 950                }
 951                break;
 952
 953              case 0x1510:  // Referenced SOP Class UID in File
 954                referencedVal = header->GetEntryString(0x0008, 0x0016);
 955                // FIXME : probabely something to check
 956                val = referencedVal;
 957                break;
 958
 959              case 0x1511: // Referenced SOP Instance UID in File
 960                referencedVal = header->GetEntryString(0x0008, 0x0018);
 961                // FIXME : probabely something to check
 962                val = referencedVal;
 963                break;
 964
 965             case 0x1512: // Referenced Transfer Syntax UID in File
 966                referencedVal = header->GetEntryString(0x0002, 0x0010);
 967                // FIXME : probabely something to check
 968                val = referencedVal;
 969                break;
 970
 971             default :
 972                val = it->Value;
 973             }
 974          }
 975          else
 976          {
 977             // If the entry is not found in the Header, don't write its 'value' in the DICOMDIR !
 978             entry->Delete();
 979             continue;
 980           }
 981       }
 982       else
 983       {
 984          if ( header->GetEntryLength(tmpGr,tmpEl) == 0 )
 985          {
 986             val = it->Value;
 987             // Don't polute the DICOMDIR with empty fields
 988             if (val == "")
 989             {
 990                entry->Delete();
 991                continue;
 992             }
 993          }
 994       }
 995
 996 /* FIX later the pb of creating the 'Implementation Version Name'!
 997
 998       if (val == GDCM_UNFOUND)
 999          val = "";
1000
1001       if ( tmpGr == 0x0002 && tmpEl == 0x0013)
1002       {
1003          // 'Implementation Version Name'
1004          std::string val = "GDCM ";
1005          val += Util::GetVersion();
1006       }
1007 */
1008
1009       entry->SetString( val ); // troubles expected when vr=SQ ...
1010
1011       if ( type == GDCM_DICOMDIR_META ) // fusible : should never print !
1012       {
1013          gdcmDebugMacro("GDCM_DICOMDIR_META ?!? should never print that");
1014       }
1015
1016       si->AddEntry(entry);
1017       entry->Delete();
1018    }
1019 }
1020
1021 /**
1022  * \brief   Move the content of the source SQItem to the destination SQItem
1023  *          Only DocEntry's are moved
1024  * @param dst destination SQItem
1025  * @param src source SQItem
1026  */
1027 void DicomDir::MoveSQItem(DocEntrySet *dst, DocEntrySet *src)
1028 {
1029    DocEntry *entry;
1030 // todo : rewrite the whole stuff, without using RemoveEntry an AddEntry,
1031 //        to save time
1032    entry = src->GetFirstEntry();
1033    while(entry)
1034    {
1035       dst->AddEntry(entry);  // use it, *before* removing it!
1036       src->RemoveEntry(entry);
1037       // we destroyed -> the current iterator is not longer valid
1038       entry = src->GetFirstEntry();
1039    }
1040 }
1041
1042 /**
1043  * \brief   compares two files
1044  */
1045 bool DicomDir::HeaderLessThan(Document *header1, Document *header2)
1046 {
1047    return *header1 < *header2;
1048 }
1049
1050 //-----------------------------------------------------------------------------
1051 // Print
1052 /**
1053  * \brief  Canonical Printer
1054  * @param   os ostream we want to print in
1055  * @param indent Indentation string to be prepended during printing
1056  */
1057 void DicomDir::Print(std::ostream &os, std::string const & )
1058 {
1059    if ( MetaElems )
1060    {
1061       MetaElems->SetPrintLevel(PrintLevel);
1062       MetaElems->Print(os);
1063    }
1064    for(ListDicomDirPatient::iterator cc  = Patients.begin();
1065                                      cc != Patients.end();
1066                                    ++cc)
1067    {
1068      (*cc)->SetPrintLevel(PrintLevel);
1069      (*cc)->Print(os);
1070    }
1071 }
1072
1073 //-----------------------------------------------------------------------------
1074 } // end namespace gdcm