src/gdcmDicomDir.cxx

   1 // gdcmDicomDir.cxx
   2 //-----------------------------------------------------------------------------
   3 #include "gdcmDicomDir.h"
   4 #include "gdcmStudy.h"
   5 #include "gdcmSerie.h"
   6 #include "gdcmImage.h"
   7 #include "gdcmDirList.h"
   8 #include "gdcmUtil.h"
   9
  10 #include <string>
  11
  12 #include <sys/types.h>
  13 #include <errno.h>
  14
  15 //-----------------------------------------------------------------------------
  16 // Constructor / Destructor
  17 /*
  18  * \ingroup gdcmDicomDir
  19  * \brief
  20  * @param   Filename
  21  * @param   exception_on_error
  22  */
  23 gdcmDicomDir::gdcmDicomDir(const char *FileName, bool parseDir,
  24                            bool exception_on_error):
  25    gdcmParser(FileName,exception_on_error,true)
  26 {
  27    if( GetListEntry().begin()==GetListEntry().end() )
  28    {
  29       dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::gdcmDicomDir : entry list empty");
  30
  31       if(parseDir)
  32       {
  33          dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::gdcmDicomDir : Parse directory and create the DicomDir");
  34          ParseDirectory();
  35       }
  36    }
  37    else
  38       CreateDicomDir();
  39 }
  40
  41 /*
  42  * \ingroup gdcmDicomDir
  43  * \brief
  44  * @param   exception_on_error
  45  */
  46 /*gdcmDicomDir::gdcmDicomDir(ListTag *l,
  47                            bool exception_on_error):
  48    gdcmParser(exception_on_error )
  49 {
  50    listEntries=*l;
  51    CreateDicomDir();
  52 }*/
  53
  54 /*
  55  * \ingroup gdcmDicomDir
  56  * \brief  Canonical destructor
  57  */
  58 gdcmDicomDir::~gdcmDicomDir()
  59 {
  60    for(ListPatient::iterator cc=patients.begin();cc!=patients.end();++cc)
  61    {
  62       delete *cc;
  63    }
  64 }
  65
  66 //-----------------------------------------------------------------------------
  67 // Print
  68 void gdcmDicomDir::Print(std::ostream &os)
  69 {
  70    for(ListPatient::iterator cc=patients.begin();cc!=patients.end();++cc)
  71    {
  72      (*cc)->SetPrintLevel(printLevel);
  73      (*cc)->Print(os);
  74    }
  75 }
  76
  77 //-----------------------------------------------------------------------------
  78 // Public
  79 /**
  80  * \ingroup gdcmDicomDir
  81  * \brief   writes on disc a DICOMDIR
  82  * \ warning does NOT add the missing elements in the header :
  83  * \         it's up to the user doing it !
  84  * @param  fileName file to be written to
  85  * @return
  86  */
  87 bool gdcmDicomDir::Write(std::string fileName)
  88 {
  89    FILE * fp1;
  90
  91    fp1=fopen(fileName.c_str(),"wb");
  92    if(fp1==NULL)
  93    {
  94       printf("Failed to open(write) File [%s] \n",fileName.c_str());
  95       return(false);
  96    }
  97
  98    char * filePreamble;
  99    filePreamble=(char*)calloc(128,1);
 100    fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
 101    fwrite("DICM",4,1,fp1);
 102    free(filePreamble);
 103
 104    WriteEntries(fp1,DICOMDIR);
 105
 106    fclose(fp1);
 107
 108    return true;
 109 }
 110
 111 void gdcmDicomDir::ParseDirectory(void)
 112 {
 113    NewDicomDir(GetPath());
 114    CreateDicomDir();
 115 }
 116
 117 //-----------------------------------------------------------------------------
 118 // Protected
 119 /*
 120  * \ingroup gdcmDicomDir
 121  * \brief
 122  * @param
 123  */
 124 void gdcmDicomDir::NewDicomDir(std::string path)
 125 {
 126    gdcmDirList fileList(path,1);
 127    ListHeader list;
 128    gdcmHeader *header;
 129
 130    listEntries.clear();
 131    patients.clear();
 132
 133    for(gdcmDirList::iterator it=fileList.begin();
 134        it!=fileList.end(); ++it)
 135    {
 136 //      std::cout<<*it<<std::endl;
 137       header=new gdcmHeader(it->c_str());
 138       if(header->IsReadable())
 139          list.push_back(header);
 140       else
 141          delete header;
 142    }
 143
 144    SetElements(path,list);
 145 }
 146
 147 /*
 148  * \ingroup gdcmDicomDir
 149  * \brief   Get the dicom dir path
 150  * @param
 151  */
 152 std::string gdcmDicomDir::GetPath(void)
 153 {
 154    std::string path=GetFileName();
 155
 156    int pos1=path.rfind("/");
 157    int pos2=path.rfind("\\");
 158    if(pos1>pos2)
 159       path.resize(pos1);
 160    else
 161       path.resize(pos2);
 162
 163    return(path);
 164 }
 165
 166 //-----------------------------------------------------------------------------
 167 // Private
 168 /*
 169  * \ingroup gdcmDicomDir
 170  * \brief
 171  * @param
 172  */
 173 void gdcmDicomDir::CreateDicomDir()
 174 {
 175    // The list is parsed. When a tag is found :
 176    //  1 - we save the beginning iterator
 177    //  2 - we continue to parse
 178    //  3 - we find an other tag
 179    //       + we create the object for the precedent tag
 180    //       + loop to 1 -
 181
 182    gdcmDicomDirType type=gdcmDicomDir::GDCM_NONE;
 183    ListTag::iterator begin;
 184    ListTag::iterator end;
 185
 186    begin=listEntries.begin();
 187    end=begin;
 188    for(ListTag::iterator i=listEntries.begin();i !=listEntries.end();++i)
 189    {
 190       // std::cout << std::hex <<(*i)->GetGroup() <<
 191       //                  " " <<(*i)->GetElement() << endl;
 192
 193       std::string v=(*i)->GetValue();
 194       if(v=="PATIENT ")
 195       {
 196        //  std::cout<<"PATIENT"<<std::endl;
 197          end=i;
 198          AddObjectToEnd(type,begin,end);
 199
 200          type=gdcmDicomDir::GDCM_PATIENT;
 201          begin=end;
 202       }
 203
 204       if(v=="STUDY ")
 205       {
 206        //  std::cout<<"STUDY"<<std::endl;
 207          end=i;
 208          AddObjectToEnd(type,begin,end);
 209
 210          type=gdcmDicomDir::GDCM_STUDY;
 211          begin=end;
 212       }
 213
 214       if(v=="SERIES")
 215       {
 216        //  std::cout<<"SERIES"<<std::endl;
 217          end=i;
 218          AddObjectToEnd(type,begin,end);
 219
 220          type=gdcmDicomDir::GDCM_SERIE;
 221          begin=end;
 222       }
 223
 224       if(v=="IMAGE ")
 225       {
 226        //  std::cout<<"IMAGE"<<std::endl;
 227          end=i;
 228          AddObjectToEnd(type,begin,end);
 229
 230          type=gdcmDicomDir::GDCM_IMAGE;
 231          begin=end;
 232       }
 233    }
 234
 235    end=GetListEntry().end();
 236    AddObjectToEnd(type,begin,end);
 237 }
 238 /*
 239  * \ingroup gdcmDicomDir
 240  * \brief
 241  * @param
 242  */
 243 void gdcmDicomDir::AddObjectToEnd(gdcmDicomDirType type,ListTag::iterator begin,ListTag::iterator end)
 244 {
 245    if(begin==end)
 246       return;
 247
 248    switch(type)
 249    {
 250       case gdcmDicomDir::GDCM_PATIENT:
 251          AddPatientToEnd(begin,end);
 252          break;
 253       case gdcmDicomDir::GDCM_STUDY:
 254          AddStudyToEnd(begin,end);
 255          break;
 256       case gdcmDicomDir::GDCM_SERIE:
 257          AddSerieToEnd(begin,end);
 258          break;
 259       case gdcmDicomDir::GDCM_IMAGE:
 260          AddImageToEnd(begin,end);
 261          break;
 262    }
 263 }
 264
 265 /*
 266  * \ingroup gdcmDicomDir
 267  * \brief
 268  * @param
 269  */
 270 void gdcmDicomDir::AddPatientToEnd(ListTag::iterator begin,ListTag::iterator end)
 271 {
 272    patients.push_back(new gdcmPatient(begin,end));
 273 }
 274
 275 /*
 276  * \ingroup gdcmDicomDir
 277  * \brief
 278  * @param
 279  */
 280  void gdcmDicomDir::AddStudyToEnd(ListTag::iterator begin,ListTag::iterator end)
 281 {
 282    if(patients.size()>0)
 283    {
 284       ListPatient::iterator itp=patients.end();
 285       itp--;
 286      (*itp)->AddStudy(new gdcmStudy(begin,end));
 287    }
 288 }
 289 /*
 290  * \ingroup gdcmDicomDir
 291  * \brief
 292  * @param
 293  */
 294 void gdcmDicomDir::AddSerieToEnd(ListTag::iterator begin,ListTag::iterator end)
 295 {
 296    if(patients.size()>0)
 297    {
 298       ListPatient::iterator itp=patients.end();
 299       itp--;
 300
 301       if((*itp)->GetStudies().size()>0)
 302       {
 303          ListStudy::iterator itst=(*itp)->GetStudies().end();
 304          itst--;
 305         (*itst)->AddSerie(new gdcmSerie(begin,end));
 306       }
 307    }
 308 }
 309
 310 /*
 311  * \ingroup gdcmDicomDir
 312  * \brief
 313  * @param
 314  */
 315  void gdcmDicomDir::AddImageToEnd(ListTag::iterator begin,ListTag::iterator end)
 316 {
 317    if(patients.size()>0)
 318    {
 319       ListPatient::iterator itp=patients.end();
 320       itp--;
 321
 322       if((*itp)->GetStudies().size()>0)
 323       {
 324          ListStudy::iterator itst=(*itp)->GetStudies().end();
 325          itst--;
 326
 327          if((*itst)->GetSeries().size()>0)
 328          {
 329             ListSerie::iterator its=(*itst)->GetSeries().end();
 330             its--;
 331            (*its)->AddImage(new gdcmImage(begin,end));
 332          }
 333       }
 334    }
 335 }
 336
 337 /*
 338  * \ingroup gdcmDicomDir
 339  * \brief
 340  * @param
 341  */
 342 void gdcmDicomDir::SetElements(std::string &path,ListHeader &list)
 343 {
 344    std::string patPrevName="", patPrevID="";
 345    std::string studPrevInstanceUID="", studPrevID="";
 346    std::string serPrevInstanceUID="", serPrevID="";
 347
 348    std::string patCurName, patCurID;
 349    std::string studCurInstanceUID, studCurID;
 350    std::string serCurInstanceUID, serCurID;
 351
 352    SetElement(path,GDCM_NONE,NULL);
 353
 354    ListTag::iterator debPat=listEntries.begin();
 355    for(ListHeader::iterator it=list.begin();it!=list.end();++it)
 356    {
 357      // get the current file characteristics
 358       patCurName=(*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0010);
 359       patCurID=(*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0011);
 360       studCurInstanceUID=(*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000d);
 361       studCurID=(*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0010);
 362       serCurInstanceUID=(*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000e);
 363       serCurID=(*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0011);
 364
 365       if(patCurName!=patPrevName || patCurID!=patPrevID)
 366          SetElement(path,GDCM_PATIENT,*it);
 367
 368       // if new Study Deal with 'STUDY' Elements
 369       if(studCurInstanceUID!=studPrevInstanceUID || studCurID!=studPrevID)
 370          SetElement(path,GDCM_STUDY,*it);
 371
 372       // if new Serie Deal with 'SERIE' Elements
 373       if(serCurInstanceUID!=serPrevInstanceUID || serCurID!=serPrevID)
 374       {
 375          SetElement(path,GDCM_SERIE,*it);
 376       }
 377
 378       // Always Deal with 'IMAGE' Elements
 379       SetElement(path,GDCM_IMAGE,*it);
 380
 381       patPrevName=patCurName;
 382       patPrevID=patCurID;
 383       studPrevInstanceUID=studCurInstanceUID;
 384       studPrevID=studCurID;
 385       serPrevInstanceUID=serCurInstanceUID;
 386       serPrevID=serCurID;
 387    }
 388 }
 389
 390 /*
 391  * \ingroup gdcmDicomDir
 392  * \brief
 393  * @param
 394  */
 395 void gdcmDicomDir::SetElement(std::string &path,gdcmDicomDirType type,gdcmHeader *header)
 396 {
 397    std::list<gdcmElement> elemList;
 398    std::list<gdcmElement>::iterator it;
 399    guint16 tmpGr, tmpEl;
 400    gdcmDictEntry *dictEntry;
 401    gdcmHeaderEntry *entry;
 402    std::string val;
 403
 404    switch(type)
 405    {
 406       case GDCM_PATIENT:
 407          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetPatientElements();
 408          break;
 409       case GDCM_STUDY:
 410          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetStudyElements();
 411          break;
 412       case GDCM_SERIE:
 413          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetSerieElements();
 414          break;
 415       case GDCM_IMAGE:
 416          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetImageElements();
 417          break;
 418       case GDCM_NONE:
 419          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetMetaElements();
 420          break;
 421       default:
 422          return;
 423    }
 424
 425    for(it=elemList.begin();it!=elemList.end();++it)
 426    {
 427       tmpGr=it->group;
 428       tmpEl=it->elem;
 429
 430       dictEntry=GetPubDict()->GetDictEntryByNumber(tmpGr,tmpEl);
 431       entry=new gdcmHeaderEntry(dictEntry);
 432       entry->SetOffset(0); // just to avoid missprinting
 433
 434       if(header)
 435          val=header->GetEntryByNumber(tmpGr,tmpEl);
 436       else
 437          val=GDCM_UNFOUND;
 438
 439       if(val==GDCM_UNFOUND)
 440       {
 441          if((tmpGr==0x0004) &&(tmpEl==0x1130) )
 442          {
 443             // TODO force the *end* File Name(remove path)
 444             val=path;
 445          }
 446          else if( (tmpGr==0x0004) && (tmpEl==0x1500) ) // Only used for image
 447          {
 448             if(header->GetFileName().substr(0,path.length())!=path)
 449             {
 450                dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::SetElement : the base path of file name is incorrect");
 451                val=header->GetFileName();
 452             }
 453             else
 454                val=&(header->GetFileName()[path.length()]);
 455          }
 456          else
 457          {
 458             val=it->value;
 459          }
 460       }
 461       entry->SetValue(val);
 462
 463       if(dictEntry)
 464       {
 465          if( (dictEntry->GetVR()=="UL") || (dictEntry->GetVR()=="SL") )
 466          {
 467             entry->SetLength(4);
 468          }
 469          else if( (dictEntry->GetVR()=="US") || (dictEntry->GetVR()=="SS") )
 470          {
 471             entry->SetLength(2);
 472          }
 473          else if(dictEntry->GetVR()=="SQ")
 474          {
 475             entry->SetLength(0xffffffff);
 476          }
 477          else
 478          {
 479             entry->SetLength(entry->GetValue().length());
 480          }
 481       }
 482
 483       listEntries.push_back(entry);
 484    }
 485 }
 486
 487 //-----------------------------------------------------------------------------