src/gdcmDicomDir.cxx

   1 // gdcmDicomDir.cxx
   2 //-----------------------------------------------------------------------------
   3 #include <string>
   4 #include <algorithm>
   5 #include <sys/types.h>
   6 #include <errno.h>
   7
   8 #ifdef _MSC_VER
   9    #include <direct.h>
  10 #else
  11    #include <unistd.h>
  12 #endif
  13
  14 #include "gdcmDicomDir.h"
  15 #include "gdcmDicomDirStudy.h"
  16 #include "gdcmDicomDirSerie.h"
  17 #include "gdcmDicomDirImage.h"
  18 #include "gdcmDirList.h"
  19 #include "gdcmUtil.h"
  20 #include "gdcmDebug.h"
  21 #include "gdcmGlobal.h"
  22
  23 #include "gdcmSeqEntry.h"
  24 #include "gdcmSQItem.h"
  25 #include "gdcmValEntry.h"
  26
  27 //-----------------------------------------------------------------------------
  28 //  For full DICOMDIR description, see:
  29 //  PS 3.3-2003, pages 731-750
  30 //-----------------------------------------------------------------------------
  31
  32
  33 // Constructor / Destructor
  34
  35 /**
  36  * \brief Constructor Parses recursively the directory and creates the DicomDir
  37  *        or uses an already built DICOMDIR, depending on 'parseDir' value.
  38  * @param FileName        name
  39  *                      - of the root directory (parseDir = true)
  40  *                      - of the DICOMDIR       (parseDir = false)
  41  * @param parseDir boolean
  42  *                      - true if user passed an entry point
  43  *                        and wants to explore recursively the directories
  44  *                      - false if user passed an already built DICOMDIR file
  45  *                        and wants to use it
  46  * @param exception_on_error whether we want to throw an exception or not
  47  */
  48 gdcmDicomDir::gdcmDicomDir(const char *FileName, bool parseDir,
  49                            bool exception_on_error):
  50    gdcmDocument(FileName,exception_on_error,true) // true : enable SeQuences
  51 {
  52  // que l'on ai passe un root directory ou un DICOMDIR
  53  // et quelle que soit la valeur de parseDir,
  54  // on a lance gdcmDocument
  55
  56    startMethod=            NULL;
  57    progressMethod=         NULL;
  58    endMethod=              NULL;
  59    startMethodArgDelete=   NULL;
  60    progressMethodArgDelete=NULL;
  61    endMethodArgDelete=     NULL;
  62    startArg=               NULL;
  63    progressArg=            NULL;
  64    endArg=                 NULL;
  65
  66    progress=0.0;
  67    abort=false;
  68
  69    metaElems=NULL;
  70
  71 // gdcmDocument already executed
  72 // if user passed a root directory, sure we didn't get anything
  73
  74    if( GetEntry().begin()==GetEntry().end() )
  75    {
  76      // if parseDir == false, it should be tagged as an error
  77       dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::gdcmDicomDir : entry HT empty");
  78
  79       if(strlen(FileName)==1 && FileName[0]=='.') { // user passed '.' as Name
  80                                             // we get current directory name
  81          char* dummy= new char[1000];
  82          getcwd(dummy, (size_t)1000);
  83          SetFileName(dummy); // will be converted into a string
  84          delete[] dummy;     // no longer needed
  85       }
  86
  87       if(parseDir)
  88       {
  89          dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::gdcmDicomDir : Parse directory"
  90                         " and create the DicomDir");
  91          ParseDirectory();
  92       }
  93    }
  94    else {
  95       gdcmDocEntry *e = GetDocEntryByNumber(0x0004, 0x1220); // Directory record sequence
  96       if (e==NULL) {
  97          dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::gdcmDicomDir : NO Directory record sequence (0x0004,0x1220)"
  98                      );
  99          // FIXME : what to do when the parsed file IS NOT a DICOMDIR file ?
 100       }
 101       CreateDicomDir();
 102    }
 103 }
 104
 105 /**
 106  * \ingroup gdcmDicomDir
 107  * \brief   Constructor : creates an empty gdcmDicomDir
 108  * @param   exception_on_error whether we want to throw an exception or not
 109  */
 110 gdcmDicomDir::gdcmDicomDir(bool exception_on_error):
 111    gdcmDocument(exception_on_error)
 112 {
 113    startMethod=            NULL;
 114    progressMethod=         NULL;
 115    endMethod=              NULL;
 116    startMethodArgDelete=   NULL;
 117    progressMethodArgDelete=NULL;
 118    endMethodArgDelete=     NULL;
 119    startArg=               NULL;
 120    progressArg=            NULL;
 121    endArg=                 NULL;
 122 cout << "gdcmDicomDir::gdcmDicomDir(bool exception_on_error) sortie gdcmDocument
 123 "
 124 << endl;
 125    progress=0.0;
 126    abort=false;
 127    std::string pathBidon = ""; // Sorry, NULL not allowed ...
 128    SetElement(pathBidon, GDCM_DICOMDIR_META, NULL); // Set the META elements
 129
 130 cout << "gdcmDicomDir::gdcmDicomDir apres  SetElement " << endl;
 131    AddDicomDirMeta();
 132         cout << "gdcmDicomDir::gdcmDicomDir apres  AddDicomDirMeta " << endl;
 133
 134 }
 135
 136
 137 /**
 138  * \ingroup gdcmDicomDir
 139  * \brief  Canonical destructor
 140  */
 141 gdcmDicomDir::~gdcmDicomDir()
 142 {
 143    SetStartMethod(NULL);
 144    SetProgressMethod(NULL);
 145    SetEndMethod(NULL);
 146
 147    if(metaElems)
 148       delete metaElems;
 149
 150    for(ListDicomDirPatient::iterator cc=patients.begin();cc!=patients.end();++cc)
 151    {
 152       delete *cc;
 153    }
 154 }
 155
 156 //-----------------------------------------------------------------------------
 157 // Print
 158 /**
 159  * \ingroup gdcmDicomDir
 160  * \brief  Canonical Printer
 161  */
 162 void gdcmDicomDir::Print(std::ostream &os)
 163 {
 164    if(metaElems)
 165    {
 166       metaElems->SetPrintLevel(printLevel);
 167       metaElems->Print(os);
 168    }
 169    for(ListDicomDirPatient::iterator cc=patients.begin();cc!=patients.end();++cc)
 170    {
 171      (*cc)->SetPrintLevel(printLevel);
 172      (*cc)->Print(os);
 173    }
 174 }
 175
 176 //-----------------------------------------------------------------------------
 177 // Public
 178 /**
 179  * \ingroup gdcmDicomDir
 180  * \brief  This predicate, based on hopefully reasonable heuristics,
 181  *         decides whether or not the current header was properly parsed
 182  *         and contains the mandatory information for being considered as
 183  *         a well formed and usable DicomDir.
 184  * @return true when gdcmDocument is the one of a reasonable DicomDir,
 185  *         false otherwise.
 186  */
 187 bool gdcmDicomDir::IsReadable(void)
 188 {
 189    if(!gdcmDocument::IsReadable())
 190       return(false);
 191    if(!metaElems)
 192       return(false);
 193    if(patients.size()<=0)
 194       return(false);
 195
 196    return(true);
 197 }
 198
 199 /**
 200  * \ingroup gdcmDicomDir
 201  * \brief  fills the whole structure, starting from a root Directory
 202  */
 203 void gdcmDicomDir::ParseDirectory(void)
 204 {
 205    CreateDicomDirChainedList(GetFileName());
 206    CreateDicomDir();
 207 }
 208
 209 /**
 210  * \ingroup gdcmDicomDir
 211  * \brief   Set the start method to call when the parsing of the directory starts
 212  * @param   method Method to call
 213  * @param   arg    Argument to pass to the method
 214  * @param   argDelete    Argument
 215  * \warning In python : the arg parameter isn't considered
 216  */
 217 void gdcmDicomDir::SetStartMethod(gdcmMethod *method,void *arg,gdcmMethod *argDelete)
 218 {
 219    if((startArg)&&(startMethodArgDelete))
 220       startMethodArgDelete(startArg);
 221
 222    startMethod=method;
 223    startArg=arg;
 224    startMethodArgDelete=argDelete;
 225 }
 226
 227 /**
 228  * \ingroup gdcmDicomDir
 229  * \brief   Set the method to delete the argument
 230  *          The argument is destroyed when the method is changed or when the
 231  *          class is destroyed
 232  * @param   method Method to call to delete the argument
 233  */
 234 void gdcmDicomDir::SetStartMethodArgDelete(gdcmMethod *method)
 235 {
 236    startMethodArgDelete=method;
 237 }
 238
 239 /**
 240  * \ingroup gdcmDicomDir
 241  * \brief   Set the progress method to call when the parsing of the directory progress
 242  * @param   method Method to call
 243  * @param   arg    Argument to pass to the method
 244  * @param   argDelete    Argument
 245  * \warning In python : the arg parameter isn't considered
 246  */
 247 void gdcmDicomDir::SetProgressMethod(gdcmMethod *method,void *arg,gdcmMethod *argDelete)
 248 {
 249    if((progressArg)&&(progressMethodArgDelete))
 250       progressMethodArgDelete(progressArg);
 251
 252    progressMethod=method;
 253    progressArg=arg;
 254    progressMethodArgDelete=argDelete;
 255 }
 256
 257 /**
 258  * \ingroup gdcmDicomDir
 259  * \brief   Set the method to delete the argument
 260  *          The argument is destroyed when the method is changed or when the
 261  *          class is destroyed
 262  * @param   method Method to call to delete the argument
 263  */
 264 void gdcmDicomDir::SetProgressMethodArgDelete(gdcmMethod *method)
 265 {
 266    progressMethodArgDelete=method;
 267 }
 268
 269 /**
 270  * \ingroup gdcmDicomDir
 271  * \brief   Set the end method to call when the parsing of the directory ends
 272  * @param   method Method to call
 273  * @param   arg    Argument to pass to the method
 274  * @param   argDelete    Argument
 275  * \warning In python : the arg parameter isn't considered
 276  */
 277 void gdcmDicomDir::SetEndMethod(gdcmMethod *method, void *arg, gdcmMethod *argDelete)
 278 {
 279    if((endArg)&&(endMethodArgDelete))
 280       endMethodArgDelete(endArg);
 281
 282    endMethod=method;
 283    endArg=arg;
 284    endMethodArgDelete=argDelete;
 285 }
 286
 287 /**
 288  * \ingroup gdcmDicomDir
 289  * \brief   Set the method to delete the argument
 290  *          The argument is destroyed when the method is changed or when the class
 291  *          is destroyed
 292  * @param   method Method to call to delete the argument
 293  */
 294 void gdcmDicomDir::SetEndMethodArgDelete(gdcmMethod *method)
 295 {
 296    endMethodArgDelete=method;
 297 }
 298
 299 /**
 300  * \ingroup gdcmDicomDir
 301  * \brief   writes on disc a DICOMDIR
 302  * \ warning does NOT add the missing elements in the header :
 303  *           it's up to the user doing it !
 304  * \todo : to be re-written using the DICOMDIR tree-like structure
 305  *         *not* the chained list
 306  *         (does NOT exist if the DICOMDIR is user-forged !)
 307  * @param  fileName file to be written to
 308  * @return false only when fail to open
 309  */
 310
 311 bool gdcmDicomDir::Write(std::string fileName)
 312 {
 313    FILE * fp1;
 314
 315    fp1=fopen(fileName.c_str(),"wb");
 316    if(fp1==NULL)
 317    {
 318       printf("Failed to open(write) File [%s] \n",fileName.c_str());
 319       return(false);
 320    }
 321
 322    char * filePreamble = new char[128];
 323    fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
 324    fwrite("DICM",4,1,fp1);
 325    delete[] filePreamble;
 326    UpdateDirectoryRecordSequenceLength();
 327    WriteEntries(fp1);
 328
 329    fclose(fp1);
 330    return true;
 331 }
 332
 333 /**
 334  * \brief   Writes in a file using the tree-like structure.
 335  * @param   _fp already open file pointer
 336  */
 337
 338 void gdcmDicomDir::WriteEntries(FILE *_fp)
 339 {
 340    /// \todo (?) tester les echecs en ecriture
 341    ///          (apres chaque fwrite, dans le WriteEntry)
 342
 343
 344 /* TODO : to go on compiling
 345
 346    gdcmDicomDirMeta *ptrMeta;
 347    ListDicomDirPatient::iterator  itPatient;
 348    ListDicomDirStudy::iterator    itStudy;
 349    ListDicomDirSerie::iterator    itSerie;
 350    ListDicomDirImage::iterator    itImage;
 351    ListTag::iterator i;
 352
 353    ptrMeta= GetDicomDirMeta();
 354    for(i=ptrMeta->debut();i!=ptrMeta->fin();++i) {
 355       WriteEntry(*i,_fp, gdcmExplicitVR);
 356    }
 357
 358    itPatient = GetDicomDirPatients().begin();
 359    while ( itPatient != GetDicomDirPatients().end() ) {
 360       for(i=(*itPatient)->debut();i!=(*itPatient)->fin();++i) {
 361          WriteEntry(*i,_fp, gdcmExplicitVR);
 362       }
 363       itStudy = ((*itPatient)->GetDicomDirStudies()).begin();
 364       while (itStudy != (*itPatient)->GetDicomDirStudies().end() ) {
 365          for(i=(*itStudy)->debut();i!=(*itStudy)->fin();++i) {
 366             WriteEntry(*i,_fp, gdcmExplicitVR);
 367          }
 368          itSerie = ((*itStudy)->GetDicomDirSeries()).begin();
 369          while (itSerie != (*itStudy)->GetDicomDirSeries().end() ) {
 370             for(i=(*itSerie)->debut();i!=(*itSerie)->fin();++i) {
 371                WriteEntry(*i,_fp, gdcmExplicitVR);
 372             }
 373             itImage = ((*itSerie)->GetDicomDirImages()).begin();
 374             while (itImage != (*itSerie)->GetDicomDirImages().end() ) {
 375                for(i=(*itImage)->debut();i!=(*itImage)->fin();++i) {
 376                   WriteEntry(*i,_fp, gdcmExplicitVR);
 377                }
 378                ++itImage;
 379             }
 380             ++itSerie;
 381          }
 382          ++itStudy;
 383       }
 384       ++itPatient;
 385    }
 386    */
 387 }
 388
 389 //-----------------------------------------------------------------------------
 390 // Protected
 391
 392 /**
 393  * \ingroup gdcmDicomDir
 394  * \brief create a gdcmDocument-like chained list from a root Directory
 395  * @param path entry point of the tree-like structure
 396  */
 397 void gdcmDicomDir::CreateDicomDirChainedList(std::string path)
 398 {
 399    CallStartMethod();
 400
 401    gdcmDirList fileList(path,1); // gets recursively the file list
 402    unsigned int count=0;
 403    ListHeader list;
 404    gdcmHeader *header;
 405
 406    tagHT.clear();
 407    patients.clear();
 408
 409    for(gdcmDirList::iterator it=fileList.begin();
 410                              it!=fileList.end();
 411                              ++it)
 412    {
 413       progress=(float)(count+1)/(float)fileList.size();
 414       CallProgressMethod();
 415       if(abort)
 416          break;
 417
 418       header=new gdcmHeader(it->c_str());
 419       if(header->IsReadable())
 420          list.push_back(header);  // adds the file header to the chained list
 421       else
 422          delete header;
 423
 424       count++;
 425    }
 426    // sorts Patient/Study/Serie/
 427    std::sort(list.begin(),list.end(),gdcmDicomDir::HeaderLessThan);
 428
 429    std::string tmp=fileList.GetDirName();
 430
 431    //for each Header of the chained list, add/update the Patient/Study/Serie/Image info
 432    SetElements(tmp,list);
 433
 434    CallEndMethod();
 435 }
 436
 437 /**
 438  * \ingroup gdcmDicomDir
 439  * \brief   adds *the* Meta to a partially created DICOMDIR
 440  */
 441
 442  // FIXME : Heuuuuu ! Il prend les Entries du Document deja parse,
 443  //                   il ne fabrique rien !
 444
 445 gdcmDicomDirMeta * gdcmDicomDir::NewMeta(void) {
 446    gdcmDicomDirMeta *m = new gdcmDicomDirMeta(&tagHT);
 447    for (TagDocEntryHT::iterator cc = tagHT.begin();cc != tagHT.end();++cc) {
 448       m->AddDocEntry(cc->second);
 449    }
 450    return m;
 451 }
 452
 453
 454 /**
 455  * \ingroup gdcmDicomDir
 456  * \brief   adds a new Patient (with the basic elements) to a partially created DICOMDIR
 457  */
 458 gdcmDicomDirPatient * gdcmDicomDir::NewPatient(void) {
 459    std::list<gdcmElement> elemList;
 460    std::list<gdcmElement>::iterator it;
 461    guint16 tmpGr,tmpEl;
 462    gdcmDictEntry *dictEntry;
 463    gdcmValEntry *entry;
 464
 465    gdcmSQItem *s = new gdcmSQItem(0);
 466
 467    elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetDicomDirPatientElements();
 468
 469    // TODO : use FillObject !!!
 470
 471    // for all the DicomDirPatient Elements
 472
 473    for(it=elemList.begin();it!=elemList.end();++it)
 474    {
 475       tmpGr=it->group;
 476       tmpEl=it->elem;
 477       dictEntry=GetPubDict()->GetDictEntryByNumber(tmpGr,tmpEl);
 478       entry=new gdcmValEntry(dictEntry);
 479       entry->SetOffset(0); // just to avoid further missprinting
 480       entry->SetValue(it->value);
 481
 482       // dealing with value length ...
 483
 484       if(dictEntry->GetGroup()==0xfffe)
 485          {
 486             entry->SetLength(entry->GetValue().length());
 487          }
 488       else if( (dictEntry->GetVR()=="UL") || (dictEntry->GetVR()=="SL") )
 489          {
 490             entry->SetLength(4);
 491          }
 492       else if( (dictEntry->GetVR()=="US") || (dictEntry->GetVR()=="SS") )
 493          {
 494             entry->SetLength(2);
 495          }
 496       else if(dictEntry->GetVR()=="SQ")
 497          {
 498             entry->SetLength(0xffffffff);
 499          }
 500       else
 501          {
 502             entry->SetLength(entry->GetValue().length());
 503          }
 504       s->AddDocEntry(entry);
 505    }
 506
 507    gdcmDicomDirPatient *p = new gdcmDicomDirPatient(s, &tagHT);
 508    patients.push_front(p);
 509    return p;
 510 }
 511
 512
 513 /**
 514  * \ingroup gdcmDicomDir
 515  * \brief   adds to the HTable
 516  *          the gdcmEntries (Dicom Elements) corresponding to the given type
 517  * @param   path full path file name (only used when type = GDCM_DICOMDIR_IMAGE
 518  * @param   type gdcmObject type to create (GDCM_DICOMDIR_PATIENT, GDCM_DICOMDIR_STUDY, GDCM_DICOMDIR_SERIE ...)
 519  * @param   header gdcmHeader of the current file
 520  */
 521 void gdcmDicomDir::SetElement(std::string &path,gdcmDicomDirType type,gdcmHeader *header)
 522 {
 523    std::list<gdcmElement> elemList;
 524    std::list<gdcmElement>::iterator it;
 525    guint16 tmpGr, tmpEl;
 526    gdcmDictEntry *dictEntry;
 527    gdcmDocEntry *entry;
 528    std::string val;
 529
 530    switch(type)
 531    {
 532       case GDCM_DICOMDIR_PATIENT:
 533          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetDicomDirPatientElements();
 534          break;
 535       case GDCM_DICOMDIR_STUDY:
 536          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetDicomDirStudyElements();
 537          break;
 538       case GDCM_DICOMDIR_SERIE:
 539          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetDicomDirSerieElements();
 540          break;
 541       case GDCM_DICOMDIR_IMAGE:
 542          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetDicomDirImageElements();
 543          break;
 544       case GDCM_DICOMDIR_META:
 545          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetDicomDirMetaElements();
 546          break;
 547       default:
 548          return;
 549    }
 550
 551    for(it=elemList.begin();it!=elemList.end();++it)
 552    {
 553       tmpGr=it->group;
 554       tmpEl=it->elem;
 555       dictEntry=GetPubDict()->GetDictEntryByNumber(tmpGr,tmpEl);
 556       entry=new gdcmDocEntry(dictEntry);
 557       entry->SetOffset(0); // just to avoid further missprinting
 558
 559       if(header)
 560          val=header->GetEntryByNumber(tmpGr,tmpEl);
 561       else
 562          val=GDCM_UNFOUND;
 563
 564       if(val==GDCM_UNFOUND)
 565       {
 566          if((tmpGr==0x0004) &&(tmpEl==0x1130) ) // File-set ID
 567          {
 568            // force to the *end* File Name
 569            val=GetName(path);
 570          }
 571          else if( (tmpGr==0x0004) && (tmpEl==0x1500) ) // Only used for image
 572          {
 573             if(header->GetFileName().substr(0,path.length())!=path)
 574             {
 575                dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::SetElement : the base path of file name is incorrect");
 576                val=header->GetFileName();
 577             }
 578             else {
 579                val=&(header->GetFileName().c_str()[path.length()]);
 580             }
 581          }
 582          else
 583          {
 584             val=it->value;
 585          }
 586       }
 587       else
 588       {
 589          if (header->GetEntryLengthByNumber(tmpGr,tmpEl)== 0)
 590             val=it->value;
 591       }
 592
 593       ((gdcmValEntry *)entry)->SetValue(val);
 594
 595       if(dictEntry)
 596       {
 597          if(dictEntry->GetGroup()==0xfffe)
 598          {
 599             entry->SetLength(((gdcmValEntry *)entry)->GetValue().length());
 600          }
 601          else if( (dictEntry->GetVR()=="UL") || (dictEntry->GetVR()=="SL") )
 602          {
 603             entry->SetLength(4);
 604          }
 605          else if( (dictEntry->GetVR()=="US") || (dictEntry->GetVR()=="SS") )
 606          {
 607             entry->SetLength(2);
 608          }
 609          else if(dictEntry->GetVR()=="SQ")
 610          {
 611             entry->SetLength(0xffffffff);
 612          }
 613          else
 614          {
 615             entry->SetLength(((gdcmValEntry *)entry)->GetValue().length());
 616          }
 617       }
 618       //AddDocEntry(entry); // both in H Table and in chained list
 619       tagHT[entry->GetKey()] = entry;          // FIXME : use a SEQUENCE !
 620    }
 621 }
 622 /**
 623  * \ingroup gdcmDicomDir
 624  * \brief   CallStartMethod
 625  */
 626 void gdcmDicomDir::CallStartMethod(void)
 627 {
 628    progress=0.0f;
 629    abort=false;
 630    if(startMethod)
 631       startMethod(startArg);
 632 }
 633 /**
 634  * \ingroup gdcmDicomDir
 635  * \brief   CallProgressMethod
 636  */
 637 void gdcmDicomDir::CallProgressMethod(void)
 638 {
 639    if(progressMethod)
 640       progressMethod(progressArg);
 641 }
 642 /**
 643  * \ingroup gdcmDicomDir
 644  * \brief   CallEndMethod
 645  */
 646 void gdcmDicomDir::CallEndMethod(void)
 647 {
 648    progress=1.0f;
 649    if(endMethod)
 650       endMethod(endArg);
 651 }
 652
 653 //-----------------------------------------------------------------------------
 654 // Private
 655 /**
 656  * \ingroup gdcmDicomDir
 657  * \brief create a 'gdcmDicomDir' from a DICOMDIR gdcmHeader
 658  */
 659 void gdcmDicomDir::CreateDicomDir()
 660 {
 661    // The list is parsed.
 662    //  When a DicomDir tag ("PATIENT", "STUDY", "SERIE", "IMAGE") is found :
 663    //  1 - we save the beginning iterator
 664    //  2 - we continue to parse
 665    //  3 - we find an other tag
 666    //       + we create the object for the precedent tag
 667    //       + loop to 1 -
 668
 669    gdcmDicomDirType type=gdcmDicomDir::GDCM_DICOMDIR_META;
 670
 671    gdcmDocEntry *e = GetDocEntryByNumber(0x0004, 0x1220); // Directory record sequence
 672    if (e==NULL) {
 673       dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::gdcmDicomDir : NO Directory record sequence (0x0004,0x1220)"
 674                   );
 675          // FIXME : what to do when the parsed file IS NOT a DICOMDIR file ?
 676       return;
 677    }
 678
 679    gdcmDicomDirMeta *m = new gdcmDicomDirMeta(&tagHT);
 680
 681    gdcmSeqEntry *s = (gdcmSeqEntry *)e;  // FIXME : It is allowed ???
 682    ListSQItem listItems = s->GetSQItems();
 683
 684    gdcmDocEntry * d;
 685    for(ListSQItem::iterator i=listItems.begin(); i !=listItems.end();++i)
 686    {
 687       d=(*i)->GetDocEntryByNumber(0x0004, 0x1430); // Directory Record Type
 688       std::string v=((gdcmValEntry *)d)->GetValue();
 689
 690       if(v=="PATIENT ")
 691       {
 692          AddDicomDirPatientToEnd(*i);
 693          //AddObjectToEnd(type,*i);
 694          type=gdcmDicomDir::GDCM_DICOMDIR_PATIENT;
 695       }
 696
 697       else if(v=="STUDY ")
 698       {
 699          AddDicomDirStudyToEnd(*i);
 700         // AddObjectToEnd(type,*i);
 701          type=gdcmDicomDir::GDCM_DICOMDIR_STUDY;
 702       }
 703
 704       else if(v=="SERIES")
 705       {
 706          AddDicomDirSerieToEnd(*i);
 707        //  AddObjectToEnd(type,*i);
 708          type=gdcmDicomDir::GDCM_DICOMDIR_SERIE;
 709       }
 710
 711       else if(v=="IMAGE ")
 712       {
 713          AddDicomDirImageToEnd(*i);
 714       //   AddObjectToEnd(type,*i);
 715          type=gdcmDicomDir::GDCM_DICOMDIR_IMAGE;
 716       }
 717
 718       else
 719          continue ;  // It was 'non PATIENT', 'non STUDY', 'non SERIE', 'non IMAGE' SQItem
 720    }
 721 }
 722 /**
 723  * \ingroup gdcmDicomDir
 724  * \brief   AddObjectToEnd
 725  * @param   type
 726  * @param   begin iterator on the first DocEntry within the chained List
 727  * @param   end iterator on the last DocEntry within the chained List
 728  */
 729
 730 // now  useless ?
 731
 732 /*void gdcmDicomDir::AddObjectToEnd(gdcmDicomDirType type,gdcmSQItem *s)
 733 {
 734    if(s==NULL) // ??
 735       return;
 736
 737    switch(type)
 738    {
 739       case gdcmDicomDir::GDCM_DICOMDIR_META:
 740          AddDicomDirMeta();
 741          break;
 742       case gdcmDicomDir::GDCM_DICOMDIR_PATIENT:
 743          AddDicomDirPatientToEnd(s);
 744          break;
 745       case gdcmDicomDir::GDCM_DICOMDIR_STUDY:
 746          AddDicomDirStudyToEnd(s);
 747          break;
 748       case gdcmDicomDir::GDCM_DICOMDIR_SERIE:
 749          AddDicomDirSerieToEnd(s);
 750          break;
 751       case gdcmDicomDir::GDCM_DICOMDIR_IMAGE:
 752          AddDicomDirImageToEnd(s);
 753          break;
 754       case gdcmDicomDir::GDCM_DICOMDIR_NONE:
 755          AddDicomDirImageToEnd(s);      //FIXME
 756          break;
 757    }
 758 }
 759
 760 */
 761
 762 /**
 763  * \ingroup gdcmDicomDir
 764  * \brief Well ... there is only one occurence
 765 */
 766 void gdcmDicomDir::AddDicomDirMeta()
 767 {
 768    if(metaElems)
 769       delete metaElems;
 770    metaElems = new gdcmDicomDirMeta(&tagHT);
 771 }
 772
 773 /**
 774  * \ingroup gdcmDicomDir
 775  * \brief  AddDicomDirPatientToEnd
 776  * @param   s SQ Item to enqueue to the DicomPatient chained List
 777 */
 778 void gdcmDicomDir::AddDicomDirPatientToEnd(gdcmSQItem *s)
 779 {
 780    patients.push_back(new gdcmDicomDirPatient(s, &tagHT));
 781 }
 782
 783 /**
 784  * \ingroup gdcmDicomDir
 785  * \brief  AddDicomDirStudyToEnd
 786  * @param   s SQ Item to enqueue to the DicomDirStudy chained List
 787  */
 788  void gdcmDicomDir::AddDicomDirStudyToEnd(gdcmSQItem *s)
 789 {
 790    if(patients.size()>0)
 791    {
 792       ListDicomDirPatient::iterator itp=patients.end();
 793       itp--;
 794      (*itp)->AddDicomDirStudy(new gdcmDicomDirStudy(s, &tagHT));
 795    }
 796 }
 797 /**
 798  * \ingroup gdcmDicomDir
 799  * \brief  AddDicomDirSerieToEnd
 800  * @param   s SQ Item to enqueue to the DicomDirSerie chained List
 801  */
 802 void gdcmDicomDir::AddDicomDirSerieToEnd(gdcmSQItem *s)
 803 {
 804    if(patients.size()>0)
 805    {
 806       ListDicomDirPatient::iterator itp=patients.end();
 807       itp--;
 808
 809       if((*itp)->GetDicomDirStudies().size()>0)
 810       {
 811          ListDicomDirStudy::iterator itst=(*itp)->GetDicomDirStudies().end();
 812          itst--;
 813         (*itst)->AddDicomDirSerie(new gdcmDicomDirSerie(s, &tagHT));
 814       }
 815    }
 816 }
 817
 818 /**
 819  * \ingroup gdcmDicomDir
 820  * \brief   AddDicomDirImageToEnd
 821  * @param   s SQ Item to enqueue to the DicomDirImage chained List
 822  */
 823  void gdcmDicomDir::AddDicomDirImageToEnd(gdcmSQItem *s)
 824 {
 825    if(patients.size()>0)
 826    {
 827       ListDicomDirPatient::iterator itp=patients.end();
 828       itp--;
 829
 830       if((*itp)->GetDicomDirStudies().size()>0)
 831       {
 832          ListDicomDirStudy::iterator itst=(*itp)->GetDicomDirStudies().end();
 833          itst--;
 834
 835          if((*itst)->GetDicomDirSeries().size()>0)
 836          {
 837             ListDicomDirSerie::iterator its=(*itst)->GetDicomDirSeries().end();
 838             its--;
 839            (*its)->AddDicomDirImage(new gdcmDicomDirImage(s, &tagHT));
 840          }
 841       }
 842    }
 843 }
 844
 845 /**
 846  * \ingroup gdcmDicomDir
 847  * \brief  for each Header of the chained list, add/update the Patient/Study/Serie/Image info
 848  * @param   path path of the root directory
 849  * @param   list chained list of Headers
 850  */
 851 void gdcmDicomDir::SetElements(std::string &path, ListHeader &list)
 852 {
 853    std::string patPrevName="",         patPrevID="";
 854    std::string studPrevInstanceUID="", studPrevID="";
 855    std::string serPrevInstanceUID="",  serPrevID="";
 856
 857    std::string patCurName,         patCurID;
 858    std::string studCurInstanceUID, studCurID;
 859    std::string serCurInstanceUID,  serCurID;
 860
 861    SetElement(path,GDCM_DICOMDIR_META,NULL);
 862
 863    for(ListHeader::iterator it=list.begin();it!=list.end();++it)
 864    {
 865       // get the current file characteristics
 866       patCurName=        (*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0010);
 867       patCurID=          (*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0011);
 868       studCurInstanceUID=(*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000d);
 869       studCurID=         (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0010);
 870       serCurInstanceUID= (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000e);
 871       serCurID=          (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0011);
 872
 873       if(patCurName!=patPrevName || patCurID!=patPrevID)
 874          SetElement(path,GDCM_DICOMDIR_PATIENT,*it);
 875
 876       // if new Study Deal with 'STUDY' Elements
 877       if(studCurInstanceUID!=studPrevInstanceUID || studCurID!=studPrevID)
 878          SetElement(path,GDCM_DICOMDIR_STUDY,*it);
 879
 880       // if new Serie Deal with 'SERIE' Elements
 881       if(serCurInstanceUID!=serPrevInstanceUID || serCurID!=serPrevID)
 882          SetElement(path,GDCM_DICOMDIR_SERIE,*it);
 883
 884       // Always Deal with 'IMAGE' Elements
 885       SetElement(path,GDCM_DICOMDIR_IMAGE,*it);
 886
 887       patPrevName=        patCurName;
 888       patPrevID=          patCurID;
 889       studPrevInstanceUID=studCurInstanceUID;
 890       studPrevID=         studCurID;
 891       serPrevInstanceUID= serCurInstanceUID;
 892       serPrevID=          serCurID;
 893    }
 894 }
 895
 896 /**
 897  * \ingroup gdcmDicomDir
 898  * \brief   compares two dgcmHeaders
 899  */
 900 bool gdcmDicomDir::HeaderLessThan(gdcmHeader *header1,gdcmHeader *header2)
 901 {
 902    return(*header1<*header2);
 903 }
 904
 905 /**
 906  * \ingroup gdcmDicomDir
 907  * \brief   Sets the accurate value for the (0x0004,0x1220) element of a DICOMDIR
 908  */
 909
 910 void gdcmDicomDir::UpdateDirectoryRecordSequenceLength() {
 911
 912 // FIXME : to go on compiling
 913
 914 // to be re written !
 915 /*
 916    int offset = 0;
 917    ListTag::iterator it;
 918    guint16 gr, el;
 919    std::string vr;
 920    for(it=listEntries.begin();it!=listEntries.end();++it) {
 921       gr = (*it)->GetGroup();
 922       el = (*it)->GetElement();
 923       vr = (*it)->GetVR();
 924       if (gr !=0xfffe) {
 925          if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) {
 926             offset +=  4; // explicit VR AND OB, OW, SQ : 4 more bytes
 927          }
 928          offset += 2 + 2 + 4 + (*it)->GetLength();
 929       } else {
 930          offset +=  4; // delimiters don't have a value.
 931       }
 932    }
 933    //bool res=SetEntryLengthByNumber(offset, 0x0004, 0x1220); // Hope there is no dupps.
 934          SetEntryLengthByNumber(offset, 0x0004, 0x1220); // Hope there is no dupps.
 935    return;
 936    */
 937 }
 938
 939 //-----------------------------------------------------------------------------