src/gdcmDicomDir.cxx

   1 // gdcmDicomDir.cxx
   2 //-----------------------------------------------------------------------------
   3 #include "gdcmDicomDir.h"
   4 #include "gdcmStudy.h"
   5 #include "gdcmSerie.h"
   6 #include "gdcmImage.h"
   7 #include "gdcmDirList.h"
   8 #include "gdcmUtil.h"
   9
  10 #include <string>
  11 #include <algorithm>
  12
  13 #include <sys/types.h>
  14 #include <errno.h>
  15
  16 //-----------------------------------------------------------------------------
  17 // Constructor / Destructor
  18 /*
  19  * \ingroup gdcmDicomDir
  20  * \brief   Constructor
  21  * @param   Filename
  22  * @param   exception_on_error
  23  */
  24 gdcmDicomDir::gdcmDicomDir(const char *FileName, bool parseDir,
  25                            bool exception_on_error):
  26    gdcmParser(FileName,exception_on_error,true)
  27 {
  28    if( GetListEntry().begin()==GetListEntry().end() )
  29    {
  30       dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::gdcmDicomDir : entry list empty");
  31
  32       if(parseDir)
  33       {
  34          dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::gdcmDicomDir : Parse directory and create the DicomDir");
  35          ParseDirectory();
  36       }
  37    }
  38    else
  39       CreateDicomDir();
  40 }
  41
  42 /*
  43  * \ingroup gdcmDicomDir
  44  * \brief
  45  * @param   exception_on_error
  46  */
  47 /*gdcmDicomDir::gdcmDicomDir(ListTag *l,
  48                            bool exception_on_error):
  49    gdcmParser(exception_on_error )
  50 {
  51    listEntries=*l;
  52    CreateDicomDir();
  53 }*/
  54
  55 /*
  56  * \ingroup gdcmDicomDir
  57  * \brief  Canonical destructor
  58  */
  59 gdcmDicomDir::~gdcmDicomDir()
  60 {
  61    delete metaelems;
  62
  63    for(ListPatient::iterator cc=patients.begin();cc!=patients.end();++cc)
  64    {
  65       delete *cc;
  66    }
  67 }
  68
  69 //-----------------------------------------------------------------------------
  70 // Print
  71 /*
  72  * \ingroup gdcmDicomDir
  73  * \brief  Canonical Printer
  74  */
  75 void gdcmDicomDir::Print(std::ostream &os)
  76 {
  77    (*metaelems).SetPrintLevel(printLevel);
  78    (*metaelems).Print(os);
  79
  80    for(ListPatient::iterator cc=patients.begin();cc!=patients.end();++cc)
  81    {
  82      (*cc)->SetPrintLevel(printLevel);
  83      (*cc)->Print(os);
  84    }
  85 }
  86
  87 //-----------------------------------------------------------------------------
  88 // Public
  89 /**
  90  * \ingroup gdcmDicomDir
  91  * \brief   writes on disc a DICOMDIR
  92  * \ warning does NOT add the missing elements in the header :
  93  *           it's up to the user doing it !
  94  * @param  fileName file to be written to
  95  * @return false only when fail to open
  96  */
  97 bool gdcmDicomDir::Write(std::string fileName)
  98 {
  99    FILE * fp1;
 100
 101    fp1=fopen(fileName.c_str(),"wb");
 102    if(fp1==NULL)
 103    {
 104       printf("Failed to open(write) File [%s] \n",fileName.c_str());
 105       return(false);
 106    }
 107
 108    char * filePreamble;
 109    filePreamble=(char*)calloc(128,1);
 110    fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
 111    fwrite("DICM",4,1,fp1);
 112    free(filePreamble);
 113
 114    WriteEntries(fp1,DICOMDIR);
 115
 116    fclose(fp1);
 117
 118    return true;
 119 }
 120
 121 /*
 122  * \ingroup gdcmDicomDir
 123  * \brief  fills whole the structure
 124  */
 125 void gdcmDicomDir::ParseDirectory(void)
 126 {
 127    NewDicomDir(GetPath());
 128    CreateDicomDir();
 129 }
 130
 131 //-----------------------------------------------------------------------------
 132 // Protected
 133 /*
 134  * \ingroup gdcmDicomDir
 135  * \brief create a gdcmDicomDir from a root Directory
 136  * @param path entry point of the stree-like structure
 137  */
 138 void gdcmDicomDir::NewDicomDir(std::string path)
 139 {
 140    gdcmDirList fileList(path,1);
 141    ListHeader list;
 142    gdcmHeader *header;
 143
 144    listEntries.clear();
 145    patients.clear();
 146
 147    for(gdcmDirList::iterator it=fileList.begin();
 148        it!=fileList.end(); ++it)
 149    {
 150       header=new gdcmHeader(it->c_str());
 151       if(header->IsReadable())
 152          list.push_back(header);
 153       else
 154          delete header;
 155    }
 156
 157    std::sort(list.begin(),list.end(),gdcmDicomDir::HeaderLessThan);
 158
 159    std::string tmp=fileList.GetDirName();
 160    SetElements(tmp,list);
 161 }
 162
 163 /*
 164  * \ingroup gdcmDicomDir
 165  * \brief   Get the DicomDir path
 166  * @param
 167  */
 168 std::string gdcmDicomDir::GetPath(void)
 169 {
 170    std::string path=GetFileName();
 171
 172    int pos1=path.rfind("/");
 173    int pos2=path.rfind("\\");
 174    if(pos1>pos2)
 175       path.resize(pos1);
 176    else
 177       path.resize(pos2);
 178
 179    return(path);
 180 }
 181
 182 //-----------------------------------------------------------------------------
 183 // Private
 184 /*
 185  * \ingroup gdcmDicomDir
 186  * \brief create a 'gdcmDicomDir' from a DICOMDIR gdcmHeader
 187  */
 188 void gdcmDicomDir::CreateDicomDir()
 189 {
 190    // The list is parsed. When a tag is found :
 191    //  1 - we save the beginning iterator
 192    //  2 - we continue to parse
 193    //  3 - we find an other tag
 194    //       + we create the object for the precedent tag
 195    //       + loop to 1 -
 196
 197    gdcmDicomDirType type=gdcmDicomDir::GDCM_NONE;
 198    ListTag::iterator begin;
 199    ListTag::iterator end;
 200    ListTag::iterator k;
 201
 202    begin=listEntries.begin();
 203    end=begin;
 204
 205    for(ListTag::iterator j=listEntries.begin();j !=listEntries.end();++j)
 206    {
 207       if((*j)->GetValue()=="PATIENT ") {
 208          k = j;
 209          break;
 210       }
 211       AddObjectToEnd(gdcmDicomDir::GDCM_META,begin,j);
 212    }
 213
 214 //   for(ListTag::iterator i=listEntries.begin();i !=listEntries.end();++i)
 215    for(ListTag::iterator i=k;i !=listEntries.end();++i)
 216    {
 217       std::string v=(*i)->GetValue();
 218       if(v=="PATIENT ")
 219       {
 220          end=i;
 221          AddObjectToEnd(type,begin,end);
 222
 223          type=gdcmDicomDir::GDCM_PATIENT;
 224          begin=end;
 225       }
 226
 227       if(v=="STUDY ")
 228       {
 229          end=i;
 230          AddObjectToEnd(type,begin,end);
 231
 232          type=gdcmDicomDir::GDCM_STUDY;
 233          begin=end;
 234       }
 235
 236       if(v=="SERIES")
 237       {
 238          end=i;
 239          AddObjectToEnd(type,begin,end);
 240
 241          type=gdcmDicomDir::GDCM_SERIE;
 242          begin=end;
 243       }
 244
 245       if(v=="IMAGE ")
 246       {
 247          end=i;
 248          AddObjectToEnd(type,begin,end);
 249
 250          type=gdcmDicomDir::GDCM_IMAGE;
 251          begin=end;
 252       }
 253    }
 254
 255    end=GetListEntry().end();
 256    AddObjectToEnd(type,begin,end);
 257 }
 258 /*
 259  * \ingroup gdcmDicomDir
 260  * \brief
 261  * @param   type
 262  * @param   begin
 263  * @param   end
 264  */
 265 void gdcmDicomDir::AddObjectToEnd(gdcmDicomDirType type,ListTag::iterator begin,ListTag::iterator end)
 266 {
 267    if(begin==end)
 268       return;
 269
 270    switch(type)
 271    {
 272       case gdcmDicomDir::GDCM_META:
 273          AddMetaToEnd(begin,end);
 274          break;
 275       case gdcmDicomDir::GDCM_PATIENT:
 276          AddPatientToEnd(begin,end);
 277          break;
 278       case gdcmDicomDir::GDCM_STUDY:
 279          AddStudyToEnd(begin,end);
 280          break;
 281       case gdcmDicomDir::GDCM_SERIE:
 282          AddSerieToEnd(begin,end);
 283          break;
 284       case gdcmDicomDir::GDCM_IMAGE:
 285          AddImageToEnd(begin,end);
 286          break;
 287    }
 288 }
 289
 290
 291 /*
 292  * \ingroup gdcmDicomDir
 293  * \brief Well ... Not realy to end, there is only one occurence
 294  * @param   begin
 295  * @param   end
 296 */
 297 void gdcmDicomDir::AddMetaToEnd(ListTag::iterator begin,ListTag::iterator end)
 298 {
 299    metaelems = new gdcmMeta(begin,end);
 300 }
 301
 302 /*
 303  * \ingroup gdcmDicomDir
 304  * \brief
 305  * @param   begin
 306  * @param   end
 307 */
 308 void gdcmDicomDir::AddPatientToEnd(ListTag::iterator begin,ListTag::iterator end)
 309 {
 310    patients.push_back(new gdcmPatient(begin,end));
 311 }
 312
 313 /*
 314  * \ingroup gdcmDicomDir
 315  * \brief
 316  * @param   begin
 317  * @param   end
 318  */
 319  void gdcmDicomDir::AddStudyToEnd(ListTag::iterator begin,ListTag::iterator end)
 320 {
 321    if(patients.size()>0)
 322    {
 323       ListPatient::iterator itp=patients.end();
 324       itp--;
 325      (*itp)->AddStudy(new gdcmStudy(begin,end));
 326    }
 327 }
 328 /*
 329  * \ingroup gdcmDicomDir
 330  * \brief
 331  * @param   begin
 332  * @param   end
 333  */
 334 void gdcmDicomDir::AddSerieToEnd(ListTag::iterator begin,ListTag::iterator end)
 335 {
 336    if(patients.size()>0)
 337    {
 338       ListPatient::iterator itp=patients.end();
 339       itp--;
 340
 341       if((*itp)->GetStudies().size()>0)
 342       {
 343          ListStudy::iterator itst=(*itp)->GetStudies().end();
 344          itst--;
 345         (*itst)->AddSerie(new gdcmSerie(begin,end));
 346       }
 347    }
 348 }
 349
 350 /*
 351  * \ingroup gdcmDicomDir
 352  * @param   begin
 353  * @param   end
 354  * @param
 355  */
 356  void gdcmDicomDir::AddImageToEnd(ListTag::iterator begin,ListTag::iterator end)
 357 {
 358    if(patients.size()>0)
 359    {
 360       ListPatient::iterator itp=patients.end();
 361       itp--;
 362
 363       if((*itp)->GetStudies().size()>0)
 364       {
 365          ListStudy::iterator itst=(*itp)->GetStudies().end();
 366          itst--;
 367
 368          if((*itst)->GetSeries().size()>0)
 369          {
 370             ListSerie::iterator its=(*itst)->GetSeries().end();
 371             its--;
 372            (*its)->AddImage(new gdcmImage(begin,end));
 373          }
 374       }
 375    }
 376 }
 377
 378 /*
 379  * \ingroup gdcmDicomDir
 380  * \brief
 381  * @param   path
 382  * @param   list
 383  */
 384 void gdcmDicomDir::SetElements(std::string &path,ListHeader &list)
 385 {
 386    std::string patPrevName="", patPrevID="";
 387    std::string studPrevInstanceUID="", studPrevID="";
 388    std::string serPrevInstanceUID="", serPrevID="";
 389
 390    std::string patCurName, patCurID;
 391    std::string studCurInstanceUID, studCurID;
 392    std::string serCurInstanceUID, serCurID;
 393
 394    SetElement(path,GDCM_NONE,NULL);
 395
 396    ListTag::iterator debPat=listEntries.begin();
 397    for(ListHeader::iterator it=list.begin();it!=list.end();++it)
 398    {
 399       // get the current file characteristics
 400       patCurName=(*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0010);
 401       patCurID=(*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0011);
 402       studCurInstanceUID=(*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000d);
 403       studCurID=(*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0010);
 404       serCurInstanceUID=(*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000e);
 405       serCurID=(*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0011);
 406
 407       if(patCurName!=patPrevName || patCurID!=patPrevID)
 408          SetElement(path,GDCM_PATIENT,*it);
 409
 410       // if new Study Deal with 'STUDY' Elements
 411       if(studCurInstanceUID!=studPrevInstanceUID || studCurID!=studPrevID)
 412          SetElement(path,GDCM_STUDY,*it);
 413
 414       // if new Serie Deal with 'SERIE' Elements
 415       if(serCurInstanceUID!=serPrevInstanceUID || serCurID!=serPrevID)
 416          SetElement(path,GDCM_SERIE,*it);
 417
 418       // Always Deal with 'IMAGE' Elements
 419       SetElement(path,GDCM_IMAGE,*it);
 420
 421       patPrevName=patCurName;
 422       patPrevID=patCurID;
 423       studPrevInstanceUID=studCurInstanceUID;
 424       studPrevID=studCurID;
 425       serPrevInstanceUID=serCurInstanceUID;
 426       serPrevID=serCurID;
 427    }
 428 }
 429
 430 /*
 431  * \ingroup gdcmDicomDir
 432  * \brief
 433  * @param   path
 434  * @param   type
 435  * @param   header
 436  */
 437 void gdcmDicomDir::SetElement(std::string &path,gdcmDicomDirType type,gdcmHeader *header)
 438 {
 439    std::list<gdcmElement> elemList;
 440    std::list<gdcmElement>::iterator it;
 441    guint16 tmpGr, tmpEl;
 442    gdcmDictEntry *dictEntry;
 443    gdcmHeaderEntry *entry;
 444    std::string val;
 445
 446    switch(type)
 447    {
 448       case GDCM_PATIENT:
 449          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetPatientElements();
 450          break;
 451       case GDCM_STUDY:
 452          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetStudyElements();
 453          break;
 454       case GDCM_SERIE:
 455          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetSerieElements();
 456          break;
 457       case GDCM_IMAGE:
 458          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetImageElements();
 459          break;
 460       case GDCM_NONE:
 461          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetMetaElements();
 462          break;
 463       default:
 464          return;
 465    }
 466
 467    for(it=elemList.begin();it!=elemList.end();++it)
 468    {
 469       tmpGr=it->group;
 470       tmpEl=it->elem;
 471
 472       dictEntry=GetPubDict()->GetDictEntryByNumber(tmpGr,tmpEl);
 473       entry=new gdcmHeaderEntry(dictEntry);
 474       entry->SetOffset(0); // just to avoid missprinting
 475
 476       if(header)
 477          val=header->GetEntryByNumber(tmpGr,tmpEl);
 478       else
 479          val=GDCM_UNFOUND;
 480
 481       if(val==GDCM_UNFOUND)
 482       {
 483          if((tmpGr==0x0004) &&(tmpEl==0x1130) )
 484          {
 485             // TODO force the *end* File Name(remove path)
 486             val=path;
 487          }
 488          else if( (tmpGr==0x0004) && (tmpEl==0x1500) ) // Only used for image
 489          {
 490             if(header->GetFileName().substr(0,path.length())!=path)
 491             {
 492                dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::SetElement : the base path of file name is incorrect");
 493                val=header->GetFileName();
 494             }
 495             else
 496                val=&(header->GetFileName()[path.length()]);
 497          }
 498          else
 499          {
 500             val=it->value;
 501          }
 502       }
 503       entry->SetValue(val);
 504
 505       if(dictEntry)
 506       {
 507          if( (dictEntry->GetVR()=="UL") || (dictEntry->GetVR()=="SL") )
 508          {
 509             entry->SetLength(4);
 510          }
 511          else if( (dictEntry->GetVR()=="US") || (dictEntry->GetVR()=="SS") )
 512          {
 513             entry->SetLength(2);
 514          }
 515          else if(dictEntry->GetVR()=="SQ")
 516          {
 517             entry->SetLength(0xffffffff);
 518          }
 519          else
 520          {
 521             entry->SetLength(entry->GetValue().length());
 522          }
 523       }
 524
 525       listEntries.push_back(entry);
 526    }
 527 }
 528
 529 bool gdcmDicomDir::HeaderLessThan(gdcmHeader *header1,gdcmHeader *header2)
 530 {
 531    return(*header1<*header2);
 532 }
 533
 534 //-----------------------------------------------------------------------------