src/gdcmDicomDir.cxx

   1 // gdcmDicomDir.cxx
   2 //-----------------------------------------------------------------------------
   3 #include "gdcmDicomDir.h"
   4 #include "gdcmStudy.h"
   5 #include "gdcmSerie.h"
   6 #include "gdcmImage.h"
   7 #include "gdcmDirList.h"
   8 #include "gdcmUtil.h"
   9
  10 #include <string>
  11 #include <algorithm>
  12
  13 #include <sys/types.h>
  14 #include <errno.h>
  15
  16 //-----------------------------------------------------------------------------
  17 // Constructor / Destructor
  18 /*
  19  * \ingroup gdcmDicomDir
  20  * \brief
  21  * @param   Filename
  22  * @param   exception_on_error
  23  */
  24 gdcmDicomDir::gdcmDicomDir(const char *FileName, bool parseDir,
  25                            bool exception_on_error):
  26    gdcmParser(FileName,exception_on_error,true)
  27 {
  28    if( GetListEntry().begin()==GetListEntry().end() )
  29    {
  30       dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::gdcmDicomDir : entry list empty");
  31
  32       if(parseDir)
  33       {
  34          dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::gdcmDicomDir : Parse directory and create the DicomDir");
  35          ParseDirectory();
  36       }
  37    }
  38    else
  39       CreateDicomDir();
  40 }
  41
  42 /*
  43  * \ingroup gdcmDicomDir
  44  * \brief
  45  * @param   exception_on_error
  46  */
  47 /*gdcmDicomDir::gdcmDicomDir(ListTag *l,
  48                            bool exception_on_error):
  49    gdcmParser(exception_on_error )
  50 {
  51    listEntries=*l;
  52    CreateDicomDir();
  53 }*/
  54
  55 /*
  56  * \ingroup gdcmDicomDir
  57  * \brief  Canonical destructor
  58  */
  59 gdcmDicomDir::~gdcmDicomDir()
  60 {
  61    for(ListPatient::iterator cc=patients.begin();cc!=patients.end();++cc)
  62    {
  63       delete *cc;
  64    }
  65 }
  66
  67 //-----------------------------------------------------------------------------
  68 // Print
  69 void gdcmDicomDir::Print(std::ostream &os)
  70 {
  71    for(ListPatient::iterator cc=patients.begin();cc!=patients.end();++cc)
  72    {
  73      (*cc)->SetPrintLevel(printLevel);
  74      (*cc)->Print(os);
  75    }
  76 }
  77
  78 //-----------------------------------------------------------------------------
  79 // Public
  80 /**
  81  * \ingroup gdcmDicomDir
  82  * \brief   writes on disc a DICOMDIR
  83  * \ warning does NOT add the missing elements in the header :
  84  * \         it's up to the user doing it !
  85  * @param  fileName file to be written to
  86  * @return
  87  */
  88 bool gdcmDicomDir::Write(std::string fileName)
  89 {
  90    FILE * fp1;
  91
  92    fp1=fopen(fileName.c_str(),"wb");
  93    if(fp1==NULL)
  94    {
  95       printf("Failed to open(write) File [%s] \n",fileName.c_str());
  96       return(false);
  97    }
  98
  99    char * filePreamble;
 100    filePreamble=(char*)calloc(128,1);
 101    fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
 102    fwrite("DICM",4,1,fp1);
 103    free(filePreamble);
 104
 105    WriteEntries(fp1,DICOMDIR);
 106
 107    fclose(fp1);
 108
 109    return true;
 110 }
 111
 112 void gdcmDicomDir::ParseDirectory(void)
 113 {
 114    NewDicomDir(GetPath());
 115    CreateDicomDir();
 116 }
 117
 118 //-----------------------------------------------------------------------------
 119 // Protected
 120 /*
 121  * \ingroup gdcmDicomDir
 122  * \brief
 123  * @param
 124  */
 125 void gdcmDicomDir::NewDicomDir(std::string path)
 126 {
 127    gdcmDirList fileList(path,1);
 128    ListHeader list;
 129    gdcmHeader *header;
 130
 131    listEntries.clear();
 132    patients.clear();
 133
 134    for(gdcmDirList::iterator it=fileList.begin();
 135        it!=fileList.end(); ++it)
 136    {
 137       header=new gdcmHeader(it->c_str());
 138       if(header->IsReadable())
 139          list.push_back(header);
 140       else
 141          delete header;
 142    }
 143
 144    std::sort(list.begin(),list.end(),gdcmDicomDir::HeaderLessThan);
 145
 146    SetElements(path,list);
 147 }
 148
 149 /*
 150  * \ingroup gdcmDicomDir
 151  * \brief   Get the dicom dir path
 152  * @param
 153  */
 154 std::string gdcmDicomDir::GetPath(void)
 155 {
 156    std::string path=GetFileName();
 157
 158    int pos1=path.rfind("/");
 159    int pos2=path.rfind("\\");
 160    if(pos1>pos2)
 161       path.resize(pos1);
 162    else
 163       path.resize(pos2);
 164
 165    return(path);
 166 }
 167
 168 //-----------------------------------------------------------------------------
 169 // Private
 170 /*
 171  * \ingroup gdcmDicomDir
 172  * \brief
 173  * @param
 174  */
 175 void gdcmDicomDir::CreateDicomDir()
 176 {
 177    // The list is parsed. When a tag is found :
 178    //  1 - we save the beginning iterator
 179    //  2 - we continue to parse
 180    //  3 - we find an other tag
 181    //       + we create the object for the precedent tag
 182    //       + loop to 1 -
 183
 184    gdcmDicomDirType type=gdcmDicomDir::GDCM_NONE;
 185    ListTag::iterator begin;
 186    ListTag::iterator end;
 187
 188    begin=listEntries.begin();
 189    end=begin;
 190    for(ListTag::iterator i=listEntries.begin();i !=listEntries.end();++i)
 191    {
 192       std::string v=(*i)->GetValue();
 193       if(v=="PATIENT ")
 194       {
 195          end=i;
 196          AddObjectToEnd(type,begin,end);
 197
 198          type=gdcmDicomDir::GDCM_PATIENT;
 199          begin=end;
 200       }
 201
 202       if(v=="STUDY ")
 203       {
 204          end=i;
 205          AddObjectToEnd(type,begin,end);
 206
 207          type=gdcmDicomDir::GDCM_STUDY;
 208          begin=end;
 209       }
 210
 211       if(v=="SERIES")
 212       {
 213          end=i;
 214          AddObjectToEnd(type,begin,end);
 215
 216          type=gdcmDicomDir::GDCM_SERIE;
 217          begin=end;
 218       }
 219
 220       if(v=="IMAGE ")
 221       {
 222          end=i;
 223          AddObjectToEnd(type,begin,end);
 224
 225          type=gdcmDicomDir::GDCM_IMAGE;
 226          begin=end;
 227       }
 228    }
 229
 230    end=GetListEntry().end();
 231    AddObjectToEnd(type,begin,end);
 232 }
 233 /*
 234  * \ingroup gdcmDicomDir
 235  * \brief
 236  * @param
 237  */
 238 void gdcmDicomDir::AddObjectToEnd(gdcmDicomDirType type,ListTag::iterator begin,ListTag::iterator end)
 239 {
 240    if(begin==end)
 241       return;
 242
 243    switch(type)
 244    {
 245       case gdcmDicomDir::GDCM_PATIENT:
 246          AddPatientToEnd(begin,end);
 247          break;
 248       case gdcmDicomDir::GDCM_STUDY:
 249          AddStudyToEnd(begin,end);
 250          break;
 251       case gdcmDicomDir::GDCM_SERIE:
 252          AddSerieToEnd(begin,end);
 253          break;
 254       case gdcmDicomDir::GDCM_IMAGE:
 255          AddImageToEnd(begin,end);
 256          break;
 257    }
 258 }
 259
 260 /*
 261  * \ingroup gdcmDicomDir
 262  * \brief
 263  * @param
 264  */
 265 void gdcmDicomDir::AddPatientToEnd(ListTag::iterator begin,ListTag::iterator end)
 266 {
 267    patients.push_back(new gdcmPatient(begin,end));
 268 }
 269
 270 /*
 271  * \ingroup gdcmDicomDir
 272  * \brief
 273  * @param
 274  */
 275  void gdcmDicomDir::AddStudyToEnd(ListTag::iterator begin,ListTag::iterator end)
 276 {
 277    if(patients.size()>0)
 278    {
 279       ListPatient::iterator itp=patients.end();
 280       itp--;
 281      (*itp)->AddStudy(new gdcmStudy(begin,end));
 282    }
 283 }
 284 /*
 285  * \ingroup gdcmDicomDir
 286  * \brief
 287  * @param
 288  */
 289 void gdcmDicomDir::AddSerieToEnd(ListTag::iterator begin,ListTag::iterator end)
 290 {
 291    if(patients.size()>0)
 292    {
 293       ListPatient::iterator itp=patients.end();
 294       itp--;
 295
 296       if((*itp)->GetStudies().size()>0)
 297       {
 298          ListStudy::iterator itst=(*itp)->GetStudies().end();
 299          itst--;
 300         (*itst)->AddSerie(new gdcmSerie(begin,end));
 301       }
 302    }
 303 }
 304
 305 /*
 306  * \ingroup gdcmDicomDir
 307  * \brief
 308  * @param
 309  */
 310  void gdcmDicomDir::AddImageToEnd(ListTag::iterator begin,ListTag::iterator end)
 311 {
 312    if(patients.size()>0)
 313    {
 314       ListPatient::iterator itp=patients.end();
 315       itp--;
 316
 317       if((*itp)->GetStudies().size()>0)
 318       {
 319          ListStudy::iterator itst=(*itp)->GetStudies().end();
 320          itst--;
 321
 322          if((*itst)->GetSeries().size()>0)
 323          {
 324             ListSerie::iterator its=(*itst)->GetSeries().end();
 325             its--;
 326            (*its)->AddImage(new gdcmImage(begin,end));
 327          }
 328       }
 329    }
 330 }
 331
 332 /*
 333  * \ingroup gdcmDicomDir
 334  * \brief
 335  * @param
 336  */
 337 void gdcmDicomDir::SetElements(std::string &path,ListHeader &list)
 338 {
 339    std::string patPrevName="", patPrevID="";
 340    std::string studPrevInstanceUID="", studPrevID="";
 341    std::string serPrevInstanceUID="", serPrevID="";
 342
 343    std::string patCurName, patCurID;
 344    std::string studCurInstanceUID, studCurID;
 345    std::string serCurInstanceUID, serCurID;
 346
 347    SetElement(path,GDCM_NONE,NULL);
 348
 349    ListTag::iterator debPat=listEntries.begin();
 350    for(ListHeader::iterator it=list.begin();it!=list.end();++it)
 351    {
 352       // get the current file characteristics
 353       patCurName=(*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0010);
 354       patCurID=(*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0011);
 355       studCurInstanceUID=(*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000d);
 356       studCurID=(*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0010);
 357       serCurInstanceUID=(*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000e);
 358       serCurID=(*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0011);
 359
 360       if(patCurName!=patPrevName || patCurID!=patPrevID)
 361          SetElement(path,GDCM_PATIENT,*it);
 362
 363       // if new Study Deal with 'STUDY' Elements
 364       if(studCurInstanceUID!=studPrevInstanceUID || studCurID!=studPrevID)
 365          SetElement(path,GDCM_STUDY,*it);
 366
 367       // if new Serie Deal with 'SERIE' Elements
 368       if(serCurInstanceUID!=serPrevInstanceUID || serCurID!=serPrevID)
 369       {
 370          SetElement(path,GDCM_SERIE,*it);
 371       }
 372
 373       // Always Deal with 'IMAGE' Elements
 374       SetElement(path,GDCM_IMAGE,*it);
 375
 376       patPrevName=patCurName;
 377       patPrevID=patCurID;
 378       studPrevInstanceUID=studCurInstanceUID;
 379       studPrevID=studCurID;
 380       serPrevInstanceUID=serCurInstanceUID;
 381       serPrevID=serCurID;
 382    }
 383 }
 384
 385 /*
 386  * \ingroup gdcmDicomDir
 387  * \brief
 388  * @param
 389  */
 390 void gdcmDicomDir::SetElement(std::string &path,gdcmDicomDirType type,gdcmHeader *header)
 391 {
 392    std::list<gdcmElement> elemList;
 393    std::list<gdcmElement>::iterator it;
 394    guint16 tmpGr, tmpEl;
 395    gdcmDictEntry *dictEntry;
 396    gdcmHeaderEntry *entry;
 397    std::string val;
 398
 399    switch(type)
 400    {
 401       case GDCM_PATIENT:
 402          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetPatientElements();
 403          break;
 404       case GDCM_STUDY:
 405          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetStudyElements();
 406          break;
 407       case GDCM_SERIE:
 408          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetSerieElements();
 409          break;
 410       case GDCM_IMAGE:
 411          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetImageElements();
 412          break;
 413       case GDCM_NONE:
 414          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetMetaElements();
 415          break;
 416       default:
 417          return;
 418    }
 419
 420    for(it=elemList.begin();it!=elemList.end();++it)
 421    {
 422       tmpGr=it->group;
 423       tmpEl=it->elem;
 424
 425       dictEntry=GetPubDict()->GetDictEntryByNumber(tmpGr,tmpEl);
 426       entry=new gdcmHeaderEntry(dictEntry);
 427       entry->SetOffset(0); // just to avoid missprinting
 428
 429       if(header)
 430          val=header->GetEntryByNumber(tmpGr,tmpEl);
 431       else
 432          val=GDCM_UNFOUND;
 433
 434       if(val==GDCM_UNFOUND)
 435       {
 436          if((tmpGr==0x0004) &&(tmpEl==0x1130) )
 437          {
 438             // TODO force the *end* File Name(remove path)
 439             val=path;
 440          }
 441          else if( (tmpGr==0x0004) && (tmpEl==0x1500) ) // Only used for image
 442          {
 443             if(header->GetFileName().substr(0,path.length())!=path)
 444             {
 445                dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::SetElement : the base path of file name is incorrect");
 446                val=header->GetFileName();
 447             }
 448             else
 449                val=&(header->GetFileName()[path.length()]);
 450          }
 451          else
 452          {
 453             val=it->value;
 454          }
 455       }
 456       entry->SetValue(val);
 457
 458       if(dictEntry)
 459       {
 460          if( (dictEntry->GetVR()=="UL") || (dictEntry->GetVR()=="SL") )
 461          {
 462             entry->SetLength(4);
 463          }
 464          else if( (dictEntry->GetVR()=="US") || (dictEntry->GetVR()=="SS") )
 465          {
 466             entry->SetLength(2);
 467          }
 468          else if(dictEntry->GetVR()=="SQ")
 469          {
 470             entry->SetLength(0xffffffff);
 471          }
 472          else
 473          {
 474             entry->SetLength(entry->GetValue().length());
 475          }
 476       }
 477
 478       listEntries.push_back(entry);
 479    }
 480 }
 481
 482 bool gdcmDicomDir::HeaderLessThan(gdcmHeader *header1,gdcmHeader *header2)
 483 {
 484    return(*header1<*header2);
 485 }
 486
 487 //-----------------------------------------------------------------------------