src/gdcmDicomDir.cxx

   1 // gdcmDicomDir.cxx
   2 //-----------------------------------------------------------------------------
   3 #include "gdcmDicomDir.h"
   4 #include "gdcmStudy.h"
   5 #include "gdcmSerie.h"
   6 #include "gdcmImage.h"
   7 #include "gdcmDirList.h"
   8 #include "gdcmUtil.h"
   9
  10 #include <string>
  11
  12 #include <sys/types.h>
  13 #include <errno.h>
  14
  15 //-----------------------------------------------------------------------------
  16 // Constructor / Destructor
  17 /*
  18  * \ingroup gdcmDicomDir
  19  * \brief
  20  * @param   Filename
  21  * @param   exception_on_error
  22  */
  23 gdcmDicomDir::gdcmDicomDir(const char *FileName,
  24                            bool exception_on_error):
  25    gdcmParser(FileName,exception_on_error,true)
  26 {
  27    if( GetListEntry().begin()==GetListEntry().end() )
  28    {
  29       dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::gdcmDicomDir : entry list empty");
  30       dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::gdcmDicomDir : Parse directory and create the DicomDir");
  31
  32       std::string path=FileName;
  33       std::string file;
  34
  35       int pos1=path.rfind("/");
  36       int pos2=path.rfind("\\");
  37       if(pos1>pos2)
  38          path.resize(pos1);
  39       else
  40          path.resize(pos2);
  41       NewDicomDir(path);
  42    }
  43
  44    CreateDicomDir();
  45 }
  46
  47 /*
  48  * \ingroup gdcmDicomDir
  49  * \brief
  50  * @param   exception_on_error
  51  */
  52 gdcmDicomDir::gdcmDicomDir(ListTag *l,
  53                            bool exception_on_error):
  54    gdcmParser(exception_on_error )
  55 {
  56    listEntries=*l;
  57    CreateDicomDir();
  58 }
  59
  60 /*
  61  * \ingroup gdcmDicomDir
  62  * \brief  Canonical destructor
  63  */
  64 gdcmDicomDir::~gdcmDicomDir()
  65 {
  66    for(ListPatient::iterator cc=patients.begin();cc!=patients.end();++cc)
  67    {
  68       delete *cc;
  69    }
  70 }
  71
  72 //-----------------------------------------------------------------------------
  73 // Print
  74 void gdcmDicomDir::Print(std::ostream &os)
  75 {
  76    for(ListPatient::iterator cc=patients.begin();cc!=patients.end();++cc)
  77    {
  78      (*cc)->SetPrintLevel(printLevel);
  79      (*cc)->Print(os);
  80    }
  81 }
  82
  83 //-----------------------------------------------------------------------------
  84 // Public
  85 /**
  86  * \ingroup gdcmDicomDir
  87  * \brief   writes on disc a DICOMDIR
  88  * \ warning does NOT add the missing elements in the header :
  89  * \         it's up to the user doing it !
  90  * @param  fileName file to be written to
  91  * @return
  92  */
  93 bool gdcmDicomDir::Write(std::string fileName)
  94 {
  95    FILE * fp1;
  96
  97    fp1=fopen(fileName.c_str(),"wb");
  98    if(fp1==NULL)
  99    {
 100       printf("Failed to open(write) File [%s] \n",fileName.c_str());
 101       return(false);
 102    }
 103
 104    char * filePreamble;
 105    filePreamble=(char*)calloc(128,1);
 106    fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
 107    fwrite("DICM",4,1,fp1);
 108    free(filePreamble);
 109
 110    WriteEntries(fp1,DICOMDIR);
 111
 112    fclose(fp1);
 113
 114    return true;
 115 }
 116
 117 //-----------------------------------------------------------------------------
 118 // Protected
 119 /*
 120  * \ingroup gdcmDicomDir
 121  * \brief
 122  * @param
 123  */
 124 void gdcmDicomDir::NewDicomDir(std::string path)
 125 {
 126    gdcmDirList fileList(path,1);
 127    ListHeader list;
 128    gdcmHeader *header;
 129
 130    listEntries.clear();
 131
 132    for(gdcmDirList::iterator it=fileList.begin();
 133        it!=fileList.end(); ++it)
 134    {
 135 //      std::cout<<*it<<std::endl;
 136       header=new gdcmHeader(it->c_str());
 137       if(header->IsReadable())
 138          list.push_back(header);
 139       else
 140          delete header;
 141    }
 142
 143    SetElements(path,list);
 144 }
 145
 146 //-----------------------------------------------------------------------------
 147 // Private
 148 /*
 149  * \ingroup gdcmDicomDir
 150  * \brief
 151  * @param
 152  */
 153 void gdcmDicomDir::CreateDicomDir()
 154 {
 155    // The list is parsed. When a tag is found :
 156    //  1 - we save the beginning iterator
 157    //  2 - we continue to parse
 158    //  3 - we find an other tag
 159    //       + we create the object for the precedent tag
 160    //       + loop to 1 -
 161
 162    gdcmDicomDirType type=gdcmDicomDir::GDCM_NONE;
 163    ListTag::iterator begin;
 164    ListTag::iterator end;
 165
 166    begin=listEntries.begin();
 167    end=begin;
 168    for(ListTag::iterator i=listEntries.begin();i !=listEntries.end();++i)
 169    {
 170       // std::cout << std::hex <<(*i)->GetGroup() <<
 171       //                  " " <<(*i)->GetElement() << endl;
 172
 173       std::string v=(*i)->GetValue();
 174       if(v=="PATIENT ")
 175       {
 176        //  std::cout<<"PATIENT"<<std::endl;
 177          end=i;
 178          AddObjectToEnd(type,begin,end);
 179
 180          type=gdcmDicomDir::GDCM_PATIENT;
 181          begin=end;
 182       }
 183
 184       if(v=="STUDY ")
 185       {
 186        //  std::cout<<"STUDY"<<std::endl;
 187          end=i;
 188          AddObjectToEnd(type,begin,end);
 189
 190          type=gdcmDicomDir::GDCM_STUDY;
 191          begin=end;
 192       }
 193
 194       if(v=="SERIES")
 195       {
 196        //  std::cout<<"SERIES"<<std::endl;
 197          end=i;
 198          AddObjectToEnd(type,begin,end);
 199
 200          type=gdcmDicomDir::GDCM_SERIE;
 201          begin=end;
 202       }
 203
 204       if(v=="IMAGE ")
 205       {
 206        //  std::cout<<"IMAGE"<<std::endl;
 207          end=i;
 208          AddObjectToEnd(type,begin,end);
 209
 210          type=gdcmDicomDir::GDCM_IMAGE;
 211          begin=end;
 212       }
 213    }
 214
 215    end=GetListEntry().end();
 216    AddObjectToEnd(type,begin,end);
 217 }
 218 /*
 219  * \ingroup gdcmDicomDir
 220  * \brief
 221  * @param
 222  */
 223 void gdcmDicomDir::AddObjectToEnd(gdcmDicomDirType type,ListTag::iterator begin,ListTag::iterator end)
 224 {
 225    if(begin==end)
 226       return;
 227
 228    switch(type)
 229    {
 230       case gdcmDicomDir::GDCM_PATIENT:
 231          AddPatientToEnd(begin,end);
 232          break;
 233       case gdcmDicomDir::GDCM_STUDY:
 234          AddStudyToEnd(begin,end);
 235          break;
 236       case gdcmDicomDir::GDCM_SERIE:
 237          AddSerieToEnd(begin,end);
 238          break;
 239       case gdcmDicomDir::GDCM_IMAGE:
 240          AddImageToEnd(begin,end);
 241          break;
 242    }
 243 }
 244
 245 /*
 246  * \ingroup gdcmDicomDir
 247  * \brief
 248  * @param
 249  */
 250 void gdcmDicomDir::AddPatientToEnd(ListTag::iterator begin,ListTag::iterator end)
 251 {
 252    patients.push_back(new gdcmPatient(begin,end));
 253 }
 254
 255 /*
 256  * \ingroup gdcmDicomDir
 257  * \brief
 258  * @param
 259  */
 260  void gdcmDicomDir::AddStudyToEnd(ListTag::iterator begin,ListTag::iterator end)
 261 {
 262    if(patients.size()>0)
 263    {
 264       ListPatient::iterator itp=patients.end();
 265       itp--;
 266      (*itp)->AddStudy(new gdcmStudy(begin,end));
 267    }
 268 }
 269 /*
 270  * \ingroup gdcmDicomDir
 271  * \brief
 272  * @param
 273  */
 274 void gdcmDicomDir::AddSerieToEnd(ListTag::iterator begin,ListTag::iterator end)
 275 {
 276    if(patients.size()>0)
 277    {
 278       ListPatient::iterator itp=patients.end();
 279       itp--;
 280
 281       if((*itp)->GetStudies().size()>0)
 282       {
 283          ListStudy::iterator itst=(*itp)->GetStudies().end();
 284          itst--;
 285         (*itst)->AddSerie(new gdcmSerie(begin,end));
 286       }
 287    }
 288 }
 289
 290 /*
 291  * \ingroup gdcmDicomDir
 292  * \brief
 293  * @param
 294  */
 295  void gdcmDicomDir::AddImageToEnd(ListTag::iterator begin,ListTag::iterator end)
 296 {
 297    if(patients.size()>0)
 298    {
 299       ListPatient::iterator itp=patients.end();
 300       itp--;
 301
 302       if((*itp)->GetStudies().size()>0)
 303       {
 304          ListStudy::iterator itst=(*itp)->GetStudies().end();
 305          itst--;
 306
 307          if((*itst)->GetSeries().size()>0)
 308          {
 309             ListSerie::iterator its=(*itst)->GetSeries().end();
 310             its--;
 311            (*its)->AddImage(new gdcmImage(begin,end));
 312          }
 313       }
 314    }
 315 }
 316
 317 /*
 318  * \ingroup gdcmDicomDir
 319  * \brief
 320  * @param
 321  */
 322 void gdcmDicomDir::SetElements(std::string &path,ListHeader &list)
 323 {
 324    std::string patPrevName="", patPrevID="";
 325    std::string studPrevInstanceUID="", studPrevID="";
 326    std::string serPrevInstanceUID="", serPrevID="";
 327
 328    std::string patCurName, patCurID;
 329    std::string studCurInstanceUID, studCurID;
 330    std::string serCurInstanceUID, serCurID;
 331
 332    SetElement(path,GDCM_NONE,NULL);
 333
 334    ListTag::iterator debPat=listEntries.begin();
 335    for(ListHeader::iterator it=list.begin();it!=list.end();++it)
 336    {
 337      // get the current file characteristics
 338       patCurName=(*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0010);
 339       patCurID=(*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0011);
 340       studCurInstanceUID=(*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000d);
 341       studCurID=(*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0010);
 342       serCurInstanceUID=(*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000e);
 343       serCurID=(*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0011);
 344
 345       if(patCurName!=patPrevName || patCurID!=patPrevID)
 346          SetElement(path,GDCM_PATIENT,*it);
 347
 348       // if new Study Deal with 'STUDY' Elements
 349       if(studCurInstanceUID!=studPrevInstanceUID || studCurID!=studPrevID)
 350          SetElement(path,GDCM_STUDY,*it);
 351
 352       // if new Serie Deal with 'SERIE' Elements
 353       if(serCurInstanceUID!=serPrevInstanceUID || serCurID!=serPrevID)
 354       {
 355          SetElement(path,GDCM_SERIE,*it);
 356       }
 357
 358       // Always Deal with 'IMAGE' Elements
 359       SetElement(path,GDCM_IMAGE,*it);
 360
 361       patPrevName=patCurName;
 362       patPrevID=patCurID;
 363       studPrevInstanceUID=studCurInstanceUID;
 364       studPrevID=studCurID;
 365       serPrevInstanceUID=serCurInstanceUID;
 366       serPrevID=serCurID;
 367    }
 368 }
 369
 370 /*
 371  * \ingroup gdcmDicomDir
 372  * \brief
 373  * @param
 374  */
 375 void gdcmDicomDir::SetElement(std::string &path,gdcmDicomDirType type,gdcmHeader *header)
 376 {
 377    std::list<gdcmElement> elemList;
 378    std::list<gdcmElement>::iterator it;
 379    guint16 tmpGr, tmpEl;
 380    gdcmDictEntry *dictEntry;
 381    gdcmHeaderEntry *entry;
 382    std::string val;
 383
 384    switch(type)
 385    {
 386       case GDCM_PATIENT:
 387          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetPatientElements();
 388          break;
 389       case GDCM_STUDY:
 390          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetStudyElements();
 391          break;
 392       case GDCM_SERIE:
 393          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetSerieElements();
 394          break;
 395       case GDCM_IMAGE:
 396          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetImageElements();
 397          break;
 398       case GDCM_NONE:
 399          elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetMetaElements();
 400          break;
 401       default:
 402          return;
 403    }
 404
 405    for(it=elemList.begin();it!=elemList.end();++it)
 406    {
 407       tmpGr=it->group;
 408       tmpEl=it->elem;
 409
 410       dictEntry=GetPubDict()->GetDictEntryByNumber(tmpGr,tmpEl);
 411       entry=new gdcmHeaderEntry(dictEntry);
 412       entry->SetOffset(0); // just to avoid missprinting
 413
 414       if(header)
 415          val=header->GetEntryByNumber(tmpGr,tmpEl);
 416       else
 417          val=GDCM_UNFOUND;
 418
 419       if(val==GDCM_UNFOUND)
 420       {
 421          if((tmpGr==0x0004) &&(tmpEl==0x1130) )
 422          {
 423             // TODO force the *end* File Name(remove path)
 424             val=path;
 425          }
 426          else if( (tmpGr==0x0004) && (tmpEl==0x1500) ) // Only used for image
 427          {
 428             if(header->GetFileName().substr(0,path.length())!=path)
 429             {
 430                dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::SetElement : the base path of file name is incorrect");
 431                val=header->GetFileName();
 432             }
 433             else
 434                val=&(header->GetFileName()[path.length()]);
 435          }
 436          else
 437          {
 438             val=it->value;
 439          }
 440       }
 441       entry->SetValue(val);
 442
 443       if(dictEntry)
 444       {
 445          if( (dictEntry->GetVR()=="UL") || (dictEntry->GetVR()=="SL") )
 446          {
 447             entry->SetLength(4);
 448          }
 449          else if( (dictEntry->GetVR()=="US") || (dictEntry->GetVR()=="SS") )
 450          {
 451             entry->SetLength(2);
 452          }
 453          else if(dictEntry->GetVR()=="SQ")
 454          {
 455             entry->SetLength(0xffffffff);
 456          }
 457          else
 458          {
 459             entry->SetLength(entry->GetValue().length());
 460          }
 461       }
 462
 463       listEntries.push_back(entry);
 464    }
 465 }
 466
 467 //-----------------------------------------------------------------------------