src/gdcmDocEntrySet.cxx

   1 // gdcmDocEntrySet.cxx
   2 //-----------------------------------------------------------------------------
   3 //
   4 #include "gdcmDocEntrySet.h"
   5 #include "gdcmTS.h"
   6 #include "gdcmGlobal.h"
   7 #include "gdcmUtil.h"
   8
   9 #include <iomanip> // for std::ios::left, ...
  10
  11
  12 //-----------------------------------------------------------------------------
  13 // Constructor / Destructor
  14 /**
  15  * \ingroup gdcmDocEntrySEt
  16  * \brief   Constructor from a given gdcmDocEntrySet
  17  */
  18 gdcmDocEntrySet::gdcmDocEntrySet() {
  19
  20 }
  21
  22 //-----------------------------------------------------------------------------
  23 // Print
  24 /*
  25  * \ingroup gdcmDocEntrySet
  26  * \brief   canonical Printer
  27  */
  28
  29
  30 //-----------------------------------------------------------------------------
  31 // Public
  32
  33
  34 //-----------------------------------------------------------------------------
  35 // Protected
  36
  37 //-----------------------------------------------------------------------------
  38 // Private
  39
  40 /**
  41  * \brief   Parses an EntrySet (Document header or SQ Item )
  42  * \       and load element values (a voir !)
  43  * @return  false if file is not ACR-NEMA / PAPYRUS / DICOM
  44  */
  45 bool gdcmDocument::LoadDocEntrySet(bool exception_on_error) throw(gdcmFormatError) {
  46    (void)exception_on_error;
  47    rewind(fp);
  48    if (!CheckSwap())
  49       return false;
  50
  51    gdcmDocEntry  *newDocEntry = (gdcmDocEntry *)0;
  52    gdcmValEntry  *newValEntry = (gdcmValEntry *)0;
  53    gdcmBinEntry  *newBinEntry = (gdcmBinEntry *)0;
  54    gdcmSeqEntry  *newSeqEntry = (gdcmSeqEntry *)0;
  55    //gdcmDictEntry *NewTag      = (gdcmDictEntry *)0;
  56
  57    while (newDocEntry = ReadNextDocEntry())) {
  58    // TODO (?) : liberation du DocEntry ainsi cree,
  59    // apres copie dans un ValEntry, SeqEntry, BinEntry
  60       vr = newDocEntry->getVR();
  61
  62       if (vr == "SQ" ) {
  63       // --- SeqEntry
  64
  65          newSeqEntry = (gdcmSeqEntry *)0;
  66          if (!NewSeqEntry) {
  67             dbg.Verbose(1, "gdcmDocEntrySet::LoadDocEntrySet",
  68                            "failed to allocate gdcmSeqEntry");
  69             return false;
  70          }
  71          newSeqEntry->Copy(newDocEntry);
  72       // TODO
  73       // SEQUENCE; appel 'récursif' de ??? pour charger la 'valeur'
  74       //           (ensemble d' ITEMs, en fait,
  75       //            chaque ITEM etant chargé avec LoadDocEntrySet)
  76
  77          SkipDocEntry(newSeqEntry); // voir ce qu'on fait pour une SeQuence
  78          AddDocEntry(newSeqEntry);
  79
  80       } else  if (vr == "AE" || vr == "AS" || vr == "DA" || vr == "PN" ||
  81                   vr == "UI" || vr == "TM" ) {
  82       // --- ValEntry
  83
  84          newValEntry = (gdcmValEntry *)0;
  85          if (!NewValEntry) {
  86             dbg.Verbose(1, "gdcmDocEntrySet::LoadDocEntrySet",
  87                            "failed to allocate gdcmValEntry");
  88             return false;
  89          }
  90          newValEntry->Copy(newDocEntry);
  91          SkipDocEntry(newValEntry);
  92          AddDocEntry(newValEntry);
  93
  94       } else {
  95       // --- BinEntry
  96
  97          NewBinEntry = new gdcmBinEntry(DictEntry);
  98          if (!NewValEntry) {
  99             dbg.Verbose(1, "gdcmDocEntrySet::LoadDocEntrySet",
 100                            "failed to allocate gdcmBinEntry");
 101             return false;
 102          }
 103          newBinEntry->Copy(newDocEntry);
 104          SkipDocEntry(newBinEntry);
 105          AddDocEntry(newBinEntry);
 106       }
 107    }
 108    rewind(fp);
 109
 110
 111    // TODO : il n'y a plus de Chained List qui contient toutes les Entries
 112    //        Le chargement des valeurs devra se faire à la volée
 113    // Be carefull : merging this two loops may cause troubles ...
 114    for (ListTag::iterator i = GetListEntry().begin();
 115         i != GetListEntry().end();
 116         ++i)
 117    {
 118       LoadDocEntry(*i);
 119    }
 120    rewind(fp);
 121
 122    // --------------------------------------------------------------
 123    // Special Patch to allow gdcm to read ACR-LibIDO formated images
 124    //
 125    // if recognition code tells us we deal with a LibIDO image
 126    // we switch lineNumber and columnNumber
 127    //
 128    std::string RecCode;
 129    RecCode = GetEntryByNumber(0x0008, 0x0010); // recognition code
 130    if (RecCode == "ACRNEMA_LIBIDO_1.1" ||
 131        RecCode == "CANRME_AILIBOD1_1." )  // for brain-damaged softwares
 132                                           // with "little-endian strings"
 133    {
 134          filetype = ACR_LIBIDO;
 135          std::string rows    = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0010);
 136          std::string columns = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0011);
 137          SetEntryByNumber(columns, 0x0028, 0x0010);
 138          SetEntryByNumber(rows   , 0x0028, 0x0011);
 139    }
 140    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 141    return true;
 142 }
 143
 144
 145
 146 /**
 147  * \brief     Check the correspondance between the VR of the header entry
 148  *            and the taken VR. If they are different, the header entry is
 149  *            updated with the new VR.
 150  * @param     Entry Header Entry to check
 151  * @param     vr    Dicom Value Representation
 152  * @return    false if the VR is incorrect of if the VR isn't referenced
 153  *            otherwise, it returns true
 154 */
 155
 156 // NE MARCHE PAS EN L'ETAT :
 157 // On a besoin de VR pour 'fabriquer', au choix ValEntry, BinEntry, ou SeqEntry.
 158 //
 159
 160 bool gdcmDocEntrySet::CheckEntryVR(gdcmHeaderEntry *Entry, VRKey vr)
 161 {
 162    char msg[100]; // for sprintf
 163    bool RealExplicit = true;
 164
 165    // Assume we are reading a falsely explicit VR file i.e. we reached
 166    // a tag where we expect reading a VR but are in fact we read the
 167    // first to bytes of the length. Then we will interogate (through find)
 168    // the dicom_vr dictionary with oddities like "\004\0" which crashes
 169    // both GCC and VC++ implementations of the STL map. Hence when the
 170    // expected VR read happens to be non-ascii characters we consider
 171    // we hit falsely explicit VR tag.
 172
 173    if ( (!isalpha(vr[0])) && (!isalpha(vr[1])) )
 174       RealExplicit = false;
 175
 176    // CLEANME searching the dicom_vr at each occurence is expensive.
 177    // PostPone this test in an optional integrity check at the end
 178    // of parsing or only in debug mode.
 179    if ( RealExplicit && !gdcmGlobal::GetVR()->Count(vr) )
 180       RealExplicit= false;
 181
 182    if ( !RealExplicit )
 183    {
 184       // We thought this was explicit VR, but we end up with an
 185       // implicit VR tag. Let's backtrack.
 186       sprintf(msg,"Falsely explicit vr file (%04x,%04x)\n",
 187                    Entry->GetGroup(),Entry->GetElement());
 188       dbg.Verbose(1, "gdcmParser::FindVR: ",msg);
 189       if (Entry->GetGroup()%2 && Entry->GetElement() == 0x0000) { // Group length is UL !
 190          gdcmDictEntry* NewEntry = NewVirtualDictEntry(
 191                                    Entry->GetGroup(),Entry->GetElement(),
 192                                    "UL","FIXME","Group Length");
 193          Entry->SetDictEntry(NewEntry);
 194       }
 195       return(false);
 196    }
 197
 198    if ( Entry->IsVRUnknown() )
 199    {
 200       // When not a dictionary entry, we can safely overwrite the VR.
 201       if (Entry->GetElement() == 0x0000) { // Group length is UL !
 202          Entry->SetVR("UL");
 203       } else {
 204          Entry->SetVR(vr);
 205       }
 206    }
 207    else if ( Entry->GetVR() != vr )
 208    {
 209       // The VR present in the file and the dictionary disagree. We assume
 210       // the file writer knew best and use the VR of the file. Since it would
 211       // be unwise to overwrite the VR of a dictionary (since it would
 212       // compromise it's next user), we need to clone the actual DictEntry
 213       // and change the VR for the read one.
 214       gdcmDictEntry* NewEntry = NewVirtualDictEntry(
 215                                  Entry->GetGroup(),Entry->GetElement(),
 216                                  vr,"FIXME",Entry->GetName());
 217       Entry->SetDictEntry(NewEntry);
 218    }
 219    return(true);
 220 }
 221
 222
 223
 224
 225 //-----------------------------------------------------------------------------