]> Creatis software - gdcm.git/blob - src/gdcmDocument.cxx
e406a1c480f5076ed2274d0f3e868cd3a455e89c
[gdcm.git] / src / gdcmDocument.cxx
1 /*=========================================================================
2                                                                                 
3   Program:   gdcm
4   Module:    $RCSfile: gdcmDocument.cxx,v $
5   Language:  C++
6   Date:      $Date: 2004/11/12 21:33:46 $
7   Version:   $Revision: 1.122 $
8                                                                                 
9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
12                                                                                 
13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
16                                                                                 
17 =========================================================================*/
18
19 #include "gdcmDocument.h"
20 #include "gdcmValEntry.h"
21 #include "gdcmBinEntry.h"
22 #include "gdcmSeqEntry.h"
23 #include "gdcmGlobal.h"
24 #include "gdcmUtil.h"
25 #include "gdcmDebug.h"
26
27 #include <vector>
28 #include <iomanip>
29
30 // For nthos:
31 #if defined(_MSC_VER) || defined(__BORLANDC__)
32    #include <winsock.h>
33 #else
34    #include <netinet/in.h>
35 #endif
36
37 namespace gdcm 
38 {
39 static const char *TransferSyntaxStrings[] =  {
40   // Implicit VR Little Endian
41   "1.2.840.10008.1.2",
42   // Explicit VR Little Endian
43   "1.2.840.10008.1.2.1",
44   // Deflated Explicit VR Little Endian
45   "1.2.840.10008.1.2.1.99",
46   // Explicit VR Big Endian
47   "1.2.840.10008.1.2.2",
48   // JPEG Baseline (Process 1)
49   "1.2.840.10008.1.2.4.50",
50   // JPEG Extended (Process 2 & 4)
51   "1.2.840.10008.1.2.4.51",
52   // JPEG Extended (Process 3 & 5)
53   "1.2.840.10008.1.2.4.52",
54   // JPEG Spectral Selection, Non-Hierarchical (Process 6 & 8)
55   "1.2.840.10008.1.2.4.53",
56   // JPEG Full Progression, Non-Hierarchical (Process 10 & 12)
57   "1.2.840.10008.1.2.4.55",
58   // JPEG Lossless, Non-Hierarchical (Process 14)
59   "1.2.840.10008.1.2.4.57",
60   // JPEG Lossless, Hierarchical, First-Order Prediction (Process 14, [Selection Value 1])
61   "1.2.840.10008.1.2.4.70",
62   // JPEG 2000 Lossless
63   "1.2.840.10008.1.2.4.90",
64   // JPEG 2000
65   "1.2.840.10008.1.2.4.91",
66   // RLE Lossless
67   "1.2.840.10008.1.2.5",
68   // Unknown
69   "Unknown Transfer Syntax"
70 };
71
72 //-----------------------------------------------------------------------------
73 // Refer to Document::CheckSwap()
74 const unsigned int Document::HEADER_LENGTH_TO_READ = 256;
75
76 // Refer to Document::SetMaxSizeLoadEntry()
77 const unsigned int Document::MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE = 0xfff; // 4096
78 const unsigned int Document::MAX_SIZE_PRINT_ELEMENT_VALUE = 0x7fffffff;
79
80 //-----------------------------------------------------------------------------
81 // Constructor / Destructor
82
83 /**
84  * \brief   constructor  
85  * @param   filename file to be opened for parsing
86  */
87 Document::Document( std::string const & filename ) : ElementSet(-1)
88 {
89    SetMaxSizeLoadEntry(MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE); 
90    Filename = filename;
91    Initialise();
92
93    Fp = 0;
94    if ( !OpenFile() )
95    {
96       return;
97    }
98
99    dbg.Verbose(0, "Document::Document: starting parsing of file: ",
100                   Filename.c_str());
101    Fp->seekg( 0,  std::ios_base::beg);
102    
103    Fp->seekg(0,  std::ios_base::end);
104    long lgt = Fp->tellg();
105            
106    Fp->seekg( 0,  std::ios_base::beg);
107    CheckSwap();
108    long beg = Fp->tellg();
109    lgt -= beg;
110    
111    ParseDES( this, beg, lgt, false); // le Load sera fait a la volee
112
113    Fp->seekg( 0,  std::ios_base::beg);
114    
115    // Load 'non string' values
116       
117    std::string PhotometricInterpretation = GetEntryByNumber(0x0028,0x0004);   
118    if( PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR " )
119    {
120       LoadEntryBinArea(0x0028,0x1200);  // gray LUT   
121       /// FIXME FIXME FIXME
122       /// The tags refered by the three following lines used to be CORRECTLY
123       /// defined as having an US Value Representation in the public
124       /// dictionnary. BUT the semantics implied by the three following
125       /// lines state that the corresponding tag contents are in fact
126       /// the ones of a BinEntry.
127       /// In order to fix things "Quick and Dirty" the dictionnary was
128       /// altered on PURPOUS but now contains a WRONG value.
129       /// In order to fix things and restore the dictionary to its
130       /// correct value, one needs to decided of the semantics by deciding
131       /// wether the following tags are either:
132       /// - multivaluated US, and hence loaded as ValEntry, but afterwards
133       ///   also used as BinEntry, which requires the proper conversion,
134       /// - OW, and hence loaded as BinEntry, but afterwards also used
135       ///   as ValEntry, which requires the proper conversion.
136       LoadEntryBinArea(0x0028,0x1201);  // R    LUT
137       LoadEntryBinArea(0x0028,0x1202);  // G    LUT
138       LoadEntryBinArea(0x0028,0x1203);  // B    LUT
139       
140       // Segmented Red   Palette Color LUT Data
141       LoadEntryBinArea(0x0028,0x1221);
142       // Segmented Green Palette Color LUT Data
143       LoadEntryBinArea(0x0028,0x1222);
144       // Segmented Blue  Palette Color LUT Data
145       LoadEntryBinArea(0x0028,0x1223);
146    } 
147    //FIXME later : how to use it?
148    LoadEntryBinArea(0x0028,0x3006);  //LUT Data (CTX dependent) 
149
150    CloseFile(); 
151   
152    // --------------------------------------------------------------
153    // Specific code to allow gdcm to read ACR-LibIDO formated images
154    // Note: ACR-LibIDO is an extension of the ACR standard that was
155    //       used at CREATIS. For the time being (say a couple years)
156    //       we keep this kludge to allow a smooth move to gdcm for
157    //       CREATIS developpers (sorry folks).
158    //
159    // if recognition code tells us we deal with a LibIDO image
160    // we switch lineNumber and columnNumber
161    //
162    std::string RecCode;
163    RecCode = GetEntryByNumber(0x0008, 0x0010); // recognition code
164    if (RecCode == "ACRNEMA_LIBIDO_1.1" ||
165        RecCode == "CANRME_AILIBOD1_1." )  // for brain-damaged softwares
166                                           // with "little-endian strings"
167    {
168          Filetype = ACR_LIBIDO; 
169          std::string rows    = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0010);
170          std::string columns = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0011);
171          SetEntryByNumber(columns, 0x0028, 0x0010);
172          SetEntryByNumber(rows   , 0x0028, 0x0011);
173    }
174    // ----------------- End of ACR-LibIDO kludge ------------------ 
175
176    PrintLevel = 1;  // 'Medium' print level by default
177 }
178
179 /**
180  * \brief This default constructor doesn't parse the file. You should
181  *        then invoke \ref Document::SetFileName and then the parsing.
182  */
183 Document::Document() : ElementSet(-1)
184 {
185    Fp = 0;
186
187    SetMaxSizeLoadEntry(MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE);
188    Initialise();
189    SwapCode = 0;
190    Filetype = ExplicitVR;
191    PrintLevel = 1;  // 'Medium' print level by default
192 }
193
194 /**
195  * \brief   Canonical destructor.
196  */
197 Document::~Document ()
198 {
199    RefPubDict = NULL;
200    RefShaDict = NULL;
201
202    // Recursive clean up of sequences
203    for (TagDocEntryHT::const_iterator it = TagHT.begin(); 
204                                       it != TagHT.end(); ++it )
205    { 
206       //delete it->second; //temp remove
207    }
208    TagHT.clear();
209    delete RLEInfo;
210    delete JPEGInfo;
211 }
212
213 //-----------------------------------------------------------------------------
214 // Print
215
216 /**
217   * \brief   Prints The Dict Entries of THE public Dicom Dictionary
218   * @return
219   */  
220 void Document::PrintPubDict(std::ostream & os)
221 {
222    RefPubDict->Print(os);
223 }
224
225 /**
226   * \brief   Prints The Dict Entries of THE shadow Dicom Dictionary
227   * @return
228   */
229 void Document::PrintShaDict(std::ostream & os)
230 {
231    RefShaDict->Print(os);
232 }
233
234 //-----------------------------------------------------------------------------
235 // Public
236 /**
237  * \brief   Get the public dictionary used
238  */
239 Dict* Document::GetPubDict()
240 {
241    return RefPubDict;
242 }
243
244 /**
245  * \brief   Get the shadow dictionary used
246  */
247 Dict* Document::GetShaDict()
248 {
249    return RefShaDict;
250 }
251
252 /**
253  * \brief   Set the shadow dictionary used
254  * \param   dict dictionary to use in shadow
255  */
256 bool Document::SetShaDict(Dict *dict)
257 {
258    RefShaDict = dict;
259    return !RefShaDict;
260 }
261
262 /**
263  * \brief   Set the shadow dictionary used
264  * \param   dictName name of the dictionary to use in shadow
265  */
266 bool Document::SetShaDict(DictKey const & dictName)
267 {
268    RefShaDict = Global::GetDicts()->GetDict(dictName);
269    return !RefShaDict;
270 }
271
272 /**
273  * \brief  This predicate, based on hopefully reasonable heuristics,
274  *         decides whether or not the current Document was properly parsed
275  *         and contains the mandatory information for being considered as
276  *         a well formed and usable Dicom/Acr File.
277  * @return true when Document is the one of a reasonable Dicom/Acr file,
278  *         false otherwise. 
279  */
280 bool Document::IsReadable()
281 {
282    if( Filetype == Unknown)
283    {
284       dbg.Verbose(0, "Document::IsReadable: wrong filetype");
285       return false;
286    }
287
288    if( TagHT.empty() )
289    {
290       dbg.Verbose(0, "Document::IsReadable: no tags in internal"
291                      " hash table.");
292       return false;
293    }
294
295    return true;
296 }
297
298
299 /**
300  * \brief   Internal function that checks whether the Transfer Syntax given
301  *          as argument is the one present in the current document.
302  * @param   syntaxToCheck The transfert syntax we need to check against.
303  * @return  True when SyntaxToCheck corresponds to the Transfer Syntax of
304  *          the current document. False either when the document contains
305  *          no Transfer Syntax, or when the Tranfer Syntaxes doesn't match.
306  */
307 TransferSyntaxType Document::GetTransferSyntax()
308 {
309    DocEntry *entry = GetDocEntryByNumber(0x0002, 0x0010);
310    if ( !entry )
311    {
312       return UnknownTS;
313    }
314
315    // The entry might be present but not loaded (parsing and loading
316    // happen at different stages): try loading and proceed with check...
317    LoadDocEntrySafe(entry);
318    if (ValEntry* valEntry = dynamic_cast< ValEntry* >(entry) )
319    {
320       std::string transfer = valEntry->GetValue();
321       // The actual transfer (as read from disk) might be padded. We
322       // first need to remove the potential padding. We can make the
323       // weak assumption that padding was not executed with digits...
324       if  ( transfer.length() == 0 )
325       {
326          // for brain damaged headers
327          return UnknownTS;
328       }
329       while ( !isdigit(transfer[transfer.length()-1]) )
330       {
331          transfer.erase(transfer.length()-1, 1);
332       }
333       for (int i = 0; TransferSyntaxStrings[i] != NULL; i++)
334       {
335          if ( TransferSyntaxStrings[i] == transfer )
336          {
337             return TransferSyntaxType(i);
338          }
339       }
340    }
341    return UnknownTS;
342 }
343
344 bool Document::IsJPEGLossless()
345 {
346    TransferSyntaxType r = GetTransferSyntax();
347    return    r ==  JPEGFullProgressionProcess10_12
348           || r == JPEGLosslessProcess14
349           || r == JPEGLosslessProcess14_1;
350 }
351                                                                                 
352 /**
353  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
354  *          and if it corresponds to a JPEG2000 one
355  * @return  True when JPEG2000 (Lossly or LossLess) found. False in all
356  *          other cases.
357  */
358 bool Document::IsJPEG2000()
359 {
360    TransferSyntaxType r = GetTransferSyntax();
361    return r == JPEG2000Lossless || r == JPEG2000;
362 }
363
364 /**
365  * \brief   Determines if the Transfer Syntax corresponds to any form
366  *          of Jpeg encoded Pixel data.
367  * @return  True when any form of JPEG found. False otherwise.
368  */
369 bool Document::IsJPEG()
370 {
371    TransferSyntaxType r = GetTransferSyntax();
372    return r == JPEGBaselineProcess1 
373      || r == JPEGExtendedProcess2_4
374      || r == JPEGExtendedProcess3_5
375      || r == JPEGSpectralSelectionProcess6_8
376      ||      IsJPEGLossless()
377      ||      IsJPEG2000();
378 }
379
380 /**
381  * \brief   Determines if the Transfer Syntax corresponds to encapsulated
382  *          of encoded Pixel Data (as opposed to native).
383  * @return  True when encapsulated. False when native.
384  */
385 bool Document::IsEncapsulate()
386 {
387    TransferSyntaxType r = GetTransferSyntax();
388    return IsJPEG() || r == RLELossless;
389 }
390
391 /**
392  * \brief   Predicate for dicom version 3 file.
393  * @return  True when the file is a dicom version 3.
394  */
395 bool Document::IsDicomV3()
396 {
397    // Checking if Transfert Syntax exists is enough
398    // Anyway, it's to late check if the 'Preamble' was found ...
399    // And ... would it be a rich idea to check ?
400    // (some 'no Preamble' DICOM images exist !)
401    return GetDocEntryByNumber(0x0002, 0x0010) != NULL;
402 }
403
404 /**
405  * \brief  returns the File Type 
406  *         (ACR, ACR_LIBIDO, ExplicitVR, ImplicitVR, Unknown)
407  * @return the FileType code
408  */
409 FileType Document::GetFileType()
410 {
411    return Filetype;
412 }
413
414 /**
415  * \brief  Tries to open the file \ref Document::Filename and
416  *         checks the preamble when existing.
417  * @return The FILE pointer on success. 
418  */
419 std::ifstream* Document::OpenFile()
420 {
421    if (Filename.length() == 0) return 0;
422    if(Fp)
423    {
424       dbg.Verbose( 0,
425                    "Document::OpenFile is already opened when opening: ",
426                    Filename.c_str());
427    }
428
429    Fp = new std::ifstream(Filename.c_str(), std::ios::in | std::ios::binary);
430
431    if(!Fp)
432    {
433       dbg.Verbose( 0,
434                    "Document::OpenFile cannot open file: ",
435                    Filename.c_str());
436       return 0;
437    }
438  
439    uint16_t zero;
440    Fp->read((char*)&zero,  (size_t)2 );
441  
442    //ACR -- or DICOM with no Preamble --
443    if( zero == 0x0008 || zero == 0x0800 || zero == 0x0002 || zero == 0x0200 )
444    {
445       return Fp;
446    }
447  
448    //DICOM
449    Fp->seekg(126L, std::ios_base::cur);
450    char dicm[4];
451    Fp->read(dicm,  (size_t)4);
452    if( memcmp(dicm, "DICM", 4) == 0 )
453    {
454       return Fp;
455    }
456  
457    CloseFile();
458    dbg.Verbose( 0,
459                 "Document::OpenFile not DICOM/ACR (missing preamble)",
460                 Filename.c_str());
461  
462    return 0;
463 }
464
465 /**
466  * \brief closes the file  
467  * @return  TRUE if the close was successfull 
468  */
469 bool Document::CloseFile()
470 {
471    if( Fp )
472    {
473       Fp->close();
474       delete Fp;
475       Fp = 0;
476    }
477
478    return true; //FIXME how do we detect a non-close ifstream ?
479 }
480
481 /**
482  * \brief Writes in a file all the Header Entries (Dicom Elements) 
483  * @param fp file pointer on an already open file
484  * @param filetype Type of the File to be written 
485  *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
486  * \return Always true.
487  */
488 void Document::Write(std::ofstream* fp, FileType filetype)
489 {
490    /// \todo move the following lines (and a lot of others, to be written)
491    /// to a future function CheckAndCorrectHeader  
492    /// (necessary if user wants to write a DICOM V3 file
493    /// starting from an  ACR-NEMA (V2)  Header
494
495    if (filetype == ImplicitVR) 
496    {
497       std::string ts = 
498          Util::DicomString( TransferSyntaxStrings[ImplicitVRLittleEndian] );
499       ReplaceOrCreateByNumber(ts, 0x0002, 0x0010);
500       
501       /// \todo Refer to standards on page 21, chapter 6.2
502       ///       "Value representation": values with a VR of UI shall be
503       ///       padded with a single trailing null
504       ///       in the following case we have to padd manually with a 0
505       
506       SetEntryLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010);
507    } 
508
509    if (filetype == ExplicitVR)
510    {
511       std::string ts = 
512          Util::DicomString( TransferSyntaxStrings[ExplicitVRLittleEndian] );
513       ReplaceOrCreateByNumber(ts, 0x0002, 0x0010); //LEAK
514       
515       /// \todo Refer to standards on page 21, chapter 6.2
516       ///       "Value representation": values with a VR of UI shall be
517       ///       padded with a single trailing null
518       ///       Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0
519       
520       SetEntryLengthByNumber(20, 0x0002, 0x0010);
521    }
522   
523 /**
524  * \todo rewrite later, if really usefull
525  *       - 'Group Length' element is optional in DICOM
526  *       - but un-updated odd groups lengthes can causes pb
527  *         (xmedcon breaker)
528  *
529  * if ( (filetype == ImplicitVR) || (filetype == ExplicitVR) )
530  *    UpdateGroupLength(false,filetype);
531  * if ( filetype == ACR)
532  *    UpdateGroupLength(true,ACR);
533  */
534  
535    ElementSet::Write(fp, filetype); // This one is recursive
536
537 }
538
539 /**
540  * \brief   Modifies the value of a given Header Entry (Dicom Element)
541  *          when it exists. Create it with the given value when unexistant.
542  * @param   value (string) Value to be set
543  * @param   group   Group number of the Entry 
544  * @param   elem  Element number of the Entry
545  * @param   VR  V(alue) R(epresentation) of the Entry -if private Entry-
546  * \return  pointer to the modified/created Header Entry (NULL when creation
547  *          failed).
548  */ 
549 ValEntry* Document::ReplaceOrCreateByNumber(
550                                          std::string const & value, 
551                                          uint16_t group, 
552                                          uint16_t elem,
553                                          TagName const & vr )
554 {
555    ValEntry* valEntry = 0;
556    DocEntry* currentEntry = GetDocEntryByNumber( group, elem);
557    
558    if (!currentEntry)
559    {
560       // check if (group,element) DictEntry exists
561       // if it doesn't, create an entry in DictSet::VirtualEntry
562       // and use it
563
564    // Find out if the tag we received is in the dictionaries:
565       Dict *pubDict = Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict();
566       DictEntry* dictEntry = pubDict->GetDictEntryByNumber(group, elem);
567       if (!dictEntry)
568       {
569          currentEntry = NewDocEntryByNumber(group, elem, vr);
570       }
571       else
572       {
573          currentEntry = NewDocEntryByNumber(group, elem);
574       }
575
576       if (!currentEntry)
577       {
578          dbg.Verbose(0, "Document::ReplaceOrCreateByNumber: call to"
579                         " NewDocEntryByNumber failed.");
580          return NULL;
581       }
582       valEntry = new ValEntry(currentEntry);
583       if ( !AddEntry(valEntry))
584       {
585          delete valEntry;
586          dbg.Verbose(0, "Document::ReplaceOrCreateByNumber: AddEntry"
587                         " failed allthough this is a creation.");
588       }
589       // This is the reason why NewDocEntryByNumber are a real
590       // bad habit !!! FIXME
591       delete currentEntry;
592    }
593    else
594    {
595       valEntry = dynamic_cast< ValEntry* >(currentEntry);
596       if ( !valEntry ) // Euuuuh? It wasn't a ValEntry
597                        // then we change it to a ValEntry ?
598                        // Shouldn't it be considered as an error ?
599       {
600          // We need to promote the DocEntry to a ValEntry:
601          valEntry = new ValEntry(currentEntry);
602          if (!RemoveEntry(currentEntry))
603          {
604             delete valEntry;
605             dbg.Verbose(0, "Document::ReplaceOrCreateByNumber: removal"
606                            " of previous DocEntry failed.");
607             return NULL;
608          }
609          if ( !AddEntry(valEntry))
610          {
611             delete valEntry;
612             dbg.Verbose(0, "Document::ReplaceOrCreateByNumber: adding"
613                            " promoted ValEntry failed.");
614             return NULL;
615          }
616       }
617    }
618
619    SetEntryByNumber(value, group, elem);
620
621    return valEntry;
622 }   
623
624 /*
625  * \brief   Modifies the value of a given Header Entry (Dicom Element)
626  *          when it exists. Create it with the given value when unexistant.
627  * @param   binArea (binary) value to be set
628  * @param   Group   Group number of the Entry 
629  * @param   Elem  Element number of the Entry
630  * \return  pointer to the modified/created Header Entry (NULL when creation
631  *          failed).
632  */
633 BinEntry* Document::ReplaceOrCreateByNumber(
634                                          uint8_t* binArea,
635                                          int lgth, 
636                                          uint16_t group, 
637                                          uint16_t elem,
638                                          TagName const & vr )
639 {
640    BinEntry* binEntry = 0;
641    DocEntry* currentEntry = GetDocEntryByNumber( group, elem);
642    if (!currentEntry)
643    {
644
645       // check if (group,element) DictEntry exists
646       // if it doesn't, create an entry in DictSet::VirtualEntry
647       // and use it
648
649    // Find out if the tag we received is in the dictionaries:
650       Dict *pubDict = Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict();
651       DictEntry *dictEntry = pubDict->GetDictEntryByNumber(group, elem);
652
653       if (!dictEntry)
654       {
655          currentEntry = NewDocEntryByNumber(group, elem, vr);
656       }
657       else
658       {
659          currentEntry = NewDocEntryByNumber(group, elem);
660       }
661       if (!currentEntry)
662       {
663          dbg.Verbose(0, "Document::ReplaceOrCreateByNumber: call to"
664                         " NewDocEntryByNumber failed.");
665          return NULL;
666       }
667       binEntry = new BinEntry(currentEntry);
668       if ( !AddEntry(binEntry))
669       {
670          dbg.Verbose(0, "Document::ReplaceOrCreateByNumber: AddEntry"
671                         " failed allthough this is a creation.");
672       }
673    }
674    else
675    {
676       binEntry = dynamic_cast< BinEntry* >(currentEntry);
677       if ( !binEntry ) // Euuuuh? It wasn't a BinEntry
678                        // then we change it to a BinEntry ?
679                        // Shouldn't it be considered as an error ?
680       {
681          // We need to promote the DocEntry to a BinEntry:
682          binEntry = new BinEntry(currentEntry);
683          if (!RemoveEntry(currentEntry))
684          {
685             dbg.Verbose(0, "Document::ReplaceOrCreateByNumber: removal"
686                            " of previous DocEntry failed.");
687             return NULL;
688          }
689          if ( !AddEntry(binEntry))
690          {
691             dbg.Verbose(0, "Document::ReplaceOrCreateByNumber: adding"
692                            " promoted BinEntry failed.");
693             return NULL;
694          }
695       }
696    }
697
698    SetEntryByNumber(binArea, lgth, group, elem);
699
700    return binEntry;
701 }  
702
703
704 /*
705  * \brief   Modifies the value of a given Header Entry (Dicom Element)
706  *          when it exists. Create it when unexistant.
707  * @param   Group   Group number of the Entry 
708  * @param   Elem  Element number of the Entry
709  * \return  pointer to the modified/created SeqEntry (NULL when creation
710  *          failed).
711  */
712 SeqEntry* Document::ReplaceOrCreateByNumber( uint16_t group, uint16_t elem)
713 {
714    SeqEntry* b = 0;
715    DocEntry* a = GetDocEntryByNumber( group, elem);
716    if (!a)
717    {
718       a = NewSeqEntryByNumber(group, elem);
719       if (!a)
720       {
721          return 0;
722       }
723
724       b = new SeqEntry(a, 1); // FIXME : 1 (Depth)
725       AddEntry(b);
726    }   
727    return b;
728
729  
730 /**
731  * \brief Set a new value if the invoked element exists
732  *        Seems to be useless !!!
733  * @param value new element value
734  * @param group  group number of the Entry 
735  * @param elem element number of the Entry
736  * \return  boolean 
737  */
738 bool Document::ReplaceIfExistByNumber(std::string const & value, 
739                                       uint16_t group, uint16_t elem ) 
740 {
741    SetEntryByNumber(value, group, elem);
742
743    return true;
744
745
746 //-----------------------------------------------------------------------------
747 // Protected
748
749 /**
750  * \brief   Checks if a given Dicom Element exists within the H table
751  * @param   group      Group number of the searched Dicom Element 
752  * @param   element  Element number of the searched Dicom Element 
753  * @return true is found
754  */
755 bool Document::CheckIfEntryExistByNumber(uint16_t group, uint16_t element )
756 {
757    const std::string &key = DictEntry::TranslateToKey(group, element );
758    return TagHT.count(key) != 0;
759 }
760
761 /**
762  * \brief   Searches within Header Entries (Dicom Elements) parsed with 
763  *          the public and private dictionaries 
764  *          for the element value of a given tag.
765  * \warning Don't use any longer : use GetPubEntryByName
766  * @param   tagName name of the searched element.
767  * @return  Corresponding element value when it exists,
768  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
769  */
770 std::string Document::GetEntryByName(TagName const & tagName)
771 {
772    DictEntry* dictEntry = RefPubDict->GetDictEntryByName(tagName); 
773    if( !dictEntry )
774    {
775       return GDCM_UNFOUND;
776    }
777
778    return GetEntryByNumber(dictEntry->GetGroup(),dictEntry->GetElement());
779 }
780
781 /**
782  * \brief   Searches within Header Entries (Dicom Elements) parsed with 
783  *          the public and private dictionaries 
784  *          for the element value representation of a given tag.
785  *
786  *          Obtaining the VR (Value Representation) might be needed by caller
787  *          to convert the string typed content to caller's native type 
788  *          (think of C++ vs Python). The VR is actually of a higher level
789  *          of semantics than just the native C++ type.
790  * @param   tagName name of the searched element.
791  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
792  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
793  */
794 std::string Document::GetEntryVRByName(TagName const& tagName)
795 {
796    DictEntry *dictEntry = RefPubDict->GetDictEntryByName(tagName); 
797    if( dictEntry == NULL)
798    {
799       return GDCM_UNFOUND;
800    }
801
802    DocEntry* elem = GetDocEntryByNumber(dictEntry->GetGroup(),
803                                         dictEntry->GetElement());
804    return elem->GetVR();
805 }
806
807 /**
808  * \brief   Searches within Header Entries (Dicom Elements) parsed with 
809  *          the public and private dictionaries 
810  *          for the element value representation of a given tag.
811  * @param   group Group number of the searched tag.
812  * @param   element Element number of the searched tag.
813  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
814  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
815  */
816 std::string Document::GetEntryByNumber(uint16_t group, uint16_t element)
817 {
818    TagKey key = DictEntry::TranslateToKey(group, element);
819    /// \todo use map methods, instead of multimap JPR
820    if ( !TagHT.count(key))
821    {
822       return GDCM_UNFOUND;
823    }
824
825    return ((ValEntry *)TagHT.find(key)->second)->GetValue();
826 }
827
828 /**
829  * \brief   Searches within Header Entries (Dicom Elements) parsed with 
830  *          the public and private dictionaries 
831  *          for the element value representation of a given tag..
832  *
833  *          Obtaining the VR (Value Representation) might be needed by caller
834  *          to convert the string typed content to caller's native type 
835  *          (think of C++ vs Python). The VR is actually of a higher level
836  *          of semantics than just the native C++ type.
837  * @param   group     Group number of the searched tag.
838  * @param   element Element number of the searched tag.
839  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
840  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
841  */
842 std::string Document::GetEntryVRByNumber(uint16_t group, uint16_t element)
843 {
844    DocEntry* elem = GetDocEntryByNumber(group, element);
845    if ( !elem )
846    {
847       return GDCM_UNFOUND;
848    }
849    return elem->GetVR();
850 }
851
852 /**
853  * \brief   Searches within Header Entries (Dicom Elements) parsed with 
854  *          the public and private dictionaries 
855  *          for the value length of a given tag..
856  * @param   group     Group number of the searched tag.
857  * @param   element Element number of the searched tag.
858  * @return  Corresponding element length; -2 if not found
859  */
860 int Document::GetEntryLengthByNumber(uint16_t group, uint16_t element)
861 {
862    DocEntry* elem =  GetDocEntryByNumber(group, element);
863    if ( !elem )
864    {
865       return -2;  //magic number
866    }
867    return elem->GetLength();
868 }
869 /**
870  * \brief   Sets the value (string) of the Header Entry (Dicom Element)
871  * @param   content string value of the Dicom Element
872  * @param   tagName name of the searched Dicom Element.
873  * @return  true when found
874  */
875 bool Document::SetEntryByName(std::string const & content,
876                               TagName const & tagName)
877 {
878    DictEntry *dictEntry = RefPubDict->GetDictEntryByName(tagName); 
879    if( !dictEntry )
880    {
881       return false;
882    }
883
884    return SetEntryByNumber(content,dictEntry->GetGroup(),
885                                    dictEntry->GetElement());
886 }
887
888 /**
889  * \brief   Accesses an existing DocEntry (i.e. a Dicom Element)
890  *          through it's (group, element) and modifies it's content with
891  *          the given value.
892  * @param   content new value (string) to substitute with
893  * @param   group     group number of the Dicom Element to modify
894  * @param   element element number of the Dicom Element to modify
895  */
896 bool Document::SetEntryByNumber(std::string const& content, 
897                                 uint16_t group, uint16_t element) 
898 {
899    int c;
900    int l;
901
902    ValEntry* valEntry = GetValEntryByNumber(group, element);
903    if (!valEntry )
904    {
905       dbg.Verbose(0, "Document::SetEntryByNumber: no corresponding",
906                      " ValEntry (try promotion first).");
907       return false;
908    }
909    // Non even content must be padded with a space (020H)...
910    std::string finalContent = Util::DicomString( content.c_str() );
911    assert( !(finalContent.size() % 2) );
912    valEntry->SetValue(finalContent);
913
914    // Integers have a special treatement for their length:
915
916    l = finalContent.length();
917    if ( l != 0) // To avoid to be cheated by 'zero length' integers
918    {   
919       VRKey vr = valEntry->GetVR();
920       if( vr == "US" || vr == "SS" )
921       {
922          // for multivaluated items
923          c = Util::CountSubstring(content, "\\") + 1;
924          l = c*2;
925       }
926       else if( vr == "UL" || vr == "SL" )
927       {
928          // for multivaluated items
929          c = Util::CountSubstring(content, "\\") + 1;
930          l = c*4;;
931       }
932    }
933    valEntry->SetLength(l);
934    return true;
935
936
937 /**
938  * \brief   Accesses an existing DocEntry (i.e. a Dicom Element)
939  *          through it's (group, element) and modifies it's content with
940  *          the given value.
941  * @param   content new value (void*  -> uint8_t*) to substitute with
942  * @param   lgth new value length
943  * @param   group     group number of the Dicom Element to modify
944  * @param   element element number of the Dicom Element to modify
945  */
946 bool Document::SetEntryByNumber(uint8_t*content, int lgth, 
947                                 uint16_t group, uint16_t element) 
948 {
949    (void)lgth;  //not used
950    TagKey key = DictEntry::TranslateToKey(group, element);
951    if ( !TagHT.count(key))
952    {
953       return false;
954    }
955
956 /* Hope Binary field length is *never* wrong    
957    if(lgth%2) // Non even length are padded with a space (020H).
958    {  
959       lgth++;
960       //content = content + '\0'; // fing a trick to enlarge a binary field?
961    }
962 */      
963    BinEntry* a = (BinEntry *)TagHT[key];           
964    a->SetBinArea(content);  
965    a->SetLength(lgth);
966    a->SetValue(GDCM_BINLOADED);
967
968    return true;
969
970
971 /**
972  * \brief   Accesses an existing DocEntry (i.e. a Dicom Element)
973  *          in the PubDocEntrySet of this instance
974  *          through it's (group, element) and modifies it's length with
975  *          the given value.
976  * \warning Use with extreme caution.
977  * @param l new length to substitute with
978  * @param group     group number of the Entry to modify
979  * @param element element number of the Entry to modify
980  * @return  true on success, false otherwise.
981  */
982 bool Document::SetEntryLengthByNumber(uint32_t l, 
983                                       uint16_t group, uint16_t element) 
984 {
985    /// \todo use map methods, instead of multimap JPR
986    TagKey key = DictEntry::TranslateToKey(group, element);
987    if ( !TagHT.count(key) )
988    {
989       return false;
990    }
991    if ( l % 2 )
992    {
993       l++; // length must be even
994    }
995    ( ((TagHT.equal_range(key)).first)->second )->SetLength(l); 
996
997    return true ;
998 }
999
1000 /**
1001  * \brief   Gets (from Header) the offset  of a 'non string' element value 
1002  *          (LoadElementValues has already be executed)
1003  * @param group   group number of the Entry 
1004  * @param elem  element number of the Entry
1005  * @return File Offset of the Element Value 
1006  */
1007 size_t Document::GetEntryOffsetByNumber(uint16_t group, uint16_t elem) 
1008 {
1009    DocEntry* entry = GetDocEntryByNumber(group, elem);
1010    if (!entry) 
1011    {
1012       dbg.Verbose(1, "Document::GetDocEntryByNumber: no entry present.");
1013       return 0;
1014    }
1015    return entry->GetOffset();
1016 }
1017
1018 /**
1019  * \brief   Gets (from Header) a 'non string' element value 
1020  *          (LoadElementValues has already be executed)  
1021  * @param group   group number of the Entry 
1022  * @param elem  element number of the Entry
1023  * @return Pointer to the 'non string' area
1024  */
1025 void*  Document::GetEntryBinAreaByNumber(uint16_t group, uint16_t elem) 
1026 {
1027    DocEntry* entry = GetDocEntryByNumber(group, elem);
1028    if (!entry) 
1029    {
1030       dbg.Verbose(1, "Document::GetDocEntryByNumber: no entry");
1031       return 0;
1032    }
1033    if ( BinEntry* binEntry = dynamic_cast<BinEntry*>(entry) )
1034    {
1035       return binEntry->GetBinArea();
1036    }
1037
1038    return 0;
1039 }
1040
1041 /**
1042  * \brief         Loads (from disk) the element content 
1043  *                when a string is not suitable
1044  * @param group   group number of the Entry 
1045  * @param elem  element number of the Entry
1046  */
1047 void* Document::LoadEntryBinArea(uint16_t group, uint16_t elem)
1048 {
1049    DocEntry *docElement = GetDocEntryByNumber(group, elem);
1050    if ( !docElement )
1051    {
1052       return NULL;
1053    }
1054    size_t o =(size_t)docElement->GetOffset();
1055    Fp->seekg( o, std::ios_base::beg);
1056    size_t l = docElement->GetLength();
1057    uint8_t* a = new uint8_t[l];
1058    if(!a)
1059    {
1060       dbg.Verbose(0, "Document::LoadEntryBinArea cannot allocate a");
1061       return NULL;
1062    }
1063    Fp->read((char*)a, l);
1064    if( Fp->fail() || Fp->eof() )//Fp->gcount() == 1
1065    {
1066       delete[] a;
1067       return NULL;
1068    }
1069   /// \todo Drop any already existing void area! JPR
1070    if( !SetEntryBinAreaByNumber( a, group, elem ) )
1071    {
1072       dbg.Verbose(0, "Document::LoadEntryBinArea setting failed.");
1073    }
1074    return a;
1075 }
1076 /**
1077  * \brief         Loads (from disk) the element content 
1078  *                when a string is not suitable
1079  * @param element  Entry whose binArea is going to be loaded
1080  */
1081 void* Document::LoadEntryBinArea(BinEntry* element) 
1082 {
1083    size_t o =(size_t)element->GetOffset();
1084    Fp->seekg(o, std::ios_base::beg);
1085    size_t l = element->GetLength();
1086    uint8_t* a = new uint8_t[l];
1087    if( !a )
1088    {
1089       dbg.Verbose(0, "Document::LoadEntryBinArea cannot allocate a");
1090       return NULL;
1091    }
1092    element->SetBinArea((uint8_t*)a);
1093    /// \todo check the result 
1094    Fp->read((char*)a, l);
1095    if( Fp->fail() || Fp->eof()) //Fp->gcount() == 1
1096    {
1097       delete[] a;
1098       return NULL;
1099    }
1100
1101    return a;
1102 }
1103
1104 /**
1105  * \brief   Sets a 'non string' value to a given Dicom Element
1106  * @param   area area containing the 'non string' value
1107  * @param   group     Group number of the searched Dicom Element 
1108  * @param   element Element number of the searched Dicom Element 
1109  * @return  
1110  */
1111 bool Document::SetEntryBinAreaByNumber(uint8_t* area,
1112                                        uint16_t group, uint16_t element) 
1113 {
1114    DocEntry* currentEntry = GetDocEntryByNumber(group, element);
1115    if ( !currentEntry )
1116    {
1117       return false;
1118    }
1119    if ( BinEntry* binEntry = dynamic_cast<BinEntry*>(currentEntry) )
1120    {
1121       binEntry->SetBinArea( area );
1122       return true;
1123    }
1124    return true;
1125 }
1126
1127 /**
1128  * \brief   Update the entries with the shadow dictionary. 
1129  *          Only non even entries are analyzed       
1130  */
1131 void Document::UpdateShaEntries()
1132 {
1133    //DictEntry *entry;
1134    std::string vr;
1135    
1136    /// \todo TODO : still any use to explore recursively the whole structure?
1137 /*
1138    for(ListTag::iterator it=listEntries.begin();
1139        it!=listEntries.end();
1140        ++it)
1141    {
1142       // Odd group => from public dictionary
1143       if((*it)->GetGroup()%2==0)
1144          continue;
1145
1146       // Peer group => search the corresponding dict entry
1147       if(RefShaDict)
1148          entry=RefShaDict->GetDictEntryByNumber((*it)->GetGroup(),(*it)->GetElement());
1149       else
1150          entry=NULL;
1151
1152       if((*it)->IsImplicitVR())
1153          vr="Implicit";
1154       else
1155          vr=(*it)->GetVR();
1156
1157       (*it)->SetValue(GetDocEntryUnvalue(*it));  // to go on compiling
1158       if(entry){
1159          // Set the new entry and the new value
1160          (*it)->SetDictEntry(entry);
1161          CheckDocEntryVR(*it,vr);
1162
1163          (*it)->SetValue(GetDocEntryValue(*it));    // to go on compiling
1164  
1165       }
1166       else
1167       {
1168          // Remove precedent value transformation
1169          (*it)->SetDictEntry(NewVirtualDictEntry((*it)->GetGroup(),(*it)->GetElement(),vr));
1170       }
1171    }
1172 */   
1173 }
1174
1175 /**
1176  * \brief   Searches within the Header Entries for a Dicom Element of
1177  *          a given tag.
1178  * @param   tagName name of the searched Dicom Element.
1179  * @return  Corresponding Dicom Element when it exists, and NULL
1180  *          otherwise.
1181  */
1182 DocEntry* Document::GetDocEntryByName(TagName const & tagName)
1183 {
1184    DictEntry *dictEntry = RefPubDict->GetDictEntryByName(tagName); 
1185    if( !dictEntry )
1186    {
1187       return NULL;
1188    }
1189
1190   return GetDocEntryByNumber(dictEntry->GetGroup(),dictEntry->GetElement());
1191 }
1192
1193 /**
1194  * \brief  retrieves a Dicom Element (the first one) using (group, element)
1195  * \warning (group, element) IS NOT an identifier inside the Dicom Header
1196  *           if you think it's NOT UNIQUE, check the count number
1197  *           and use iterators to retrieve ALL the Dicoms Elements within
1198  *           a given couple (group, element)
1199  * @param   group Group number of the searched Dicom Element 
1200  * @param   element Element number of the searched Dicom Element 
1201  * @return  
1202  */
1203 DocEntry* Document::GetDocEntryByNumber(uint16_t group, uint16_t element) 
1204 {
1205    TagKey key = DictEntry::TranslateToKey(group, element);
1206    if ( !TagHT.count(key))
1207    {
1208       return NULL;
1209    }
1210    return TagHT.find(key)->second;
1211 }
1212
1213 /**
1214  * \brief  Same as \ref Document::GetDocEntryByNumber except it only
1215  *         returns a result when the corresponding entry is of type
1216  *         ValEntry.
1217  * @return When present, the corresponding ValEntry. 
1218  */
1219 ValEntry* Document::GetValEntryByNumber(uint16_t group, uint16_t element)
1220 {
1221    DocEntry* currentEntry = GetDocEntryByNumber(group, element);
1222    if ( !currentEntry )
1223    {
1224       return 0;
1225    }
1226    if ( ValEntry* valEntry = dynamic_cast<ValEntry*>(currentEntry) )
1227    {
1228       return valEntry;
1229    }
1230    dbg.Verbose(0, "Document::GetValEntryByNumber: unfound ValEntry.");
1231
1232    return 0;
1233 }
1234
1235 /**
1236  * \brief         Loads the element while preserving the current
1237  *                underlying file position indicator as opposed to
1238  *                to LoadDocEntry that modifies it.
1239  * @param entry   Header Entry whose value shall be loaded. 
1240  * @return  
1241  */
1242 void Document::LoadDocEntrySafe(DocEntry * entry)
1243 {
1244    long PositionOnEntry = Fp->tellg();
1245    LoadDocEntry(entry);
1246    Fp->seekg(PositionOnEntry, std::ios_base::beg);
1247 }
1248
1249 /**
1250  * \brief   Swaps back the bytes of 4-byte long integer accordingly to
1251  *          processor order.
1252  * @return  The properly swaped 32 bits integer.
1253  */
1254 uint32_t Document::SwapLong(uint32_t a)
1255 {
1256    switch (SwapCode)
1257    {
1258       case    0 :
1259          break;
1260       case 4321 :
1261          a=( ((a<<24) & 0xff000000) | ((a<<8)  & 0x00ff0000) | 
1262              ((a>>8)  & 0x0000ff00) | ((a>>24) & 0x000000ff) );
1263          break;
1264    
1265       case 3412 :
1266          a=( ((a<<16) & 0xffff0000) | ((a>>16) & 0x0000ffff) );
1267          break;
1268    
1269       case 2143 :
1270          a=( ((a<< 8) & 0xff00ff00) | ((a>>8) & 0x00ff00ff)  );
1271          break;
1272       default :
1273          //std::cout << "swapCode= " << SwapCode << std::endl;
1274          dbg.Error(" Document::SwapLong : unset swap code");
1275          a = 0;
1276    }
1277    return a;
1278
1279
1280 /**
1281  * \brief   Unswaps back the bytes of 4-byte long integer accordingly to
1282  *          processor order.
1283  * @return  The properly unswaped 32 bits integer.
1284  */
1285 uint32_t Document::UnswapLong(uint32_t a)
1286 {
1287    return SwapLong(a);
1288 }
1289
1290 /**
1291  * \brief   Swaps the bytes so they agree with the processor order
1292  * @return  The properly swaped 16 bits integer.
1293  */
1294 uint16_t Document::SwapShort(uint16_t a)
1295 {
1296    if ( SwapCode == 4321 || SwapCode == 2143 )
1297    {
1298       a = ((( a << 8 ) & 0x0ff00 ) | (( a >> 8 ) & 0x00ff ) );
1299    }
1300    return a;
1301 }
1302
1303 /**
1304  * \brief   Unswaps the bytes so they agree with the processor order
1305  * @return  The properly unswaped 16 bits integer.
1306  */
1307 uint16_t Document::UnswapShort(uint16_t a)
1308 {
1309    return SwapShort(a);
1310 }
1311
1312 //-----------------------------------------------------------------------------
1313 // Private
1314
1315 /**
1316  * \brief   Parses a DocEntrySet (Zero-level DocEntries or SQ Item DocEntries)
1317  * @return  length of the parsed set. 
1318  */ 
1319 void Document::ParseDES(DocEntrySet *set, long offset, 
1320                         long l_max, bool delim_mode)
1321 {
1322    DocEntry *newDocEntry = 0;
1323    
1324    while (true)
1325    { 
1326       if ( !delim_mode && (Fp->tellg()-offset) >= l_max)
1327       {
1328          break;
1329       }
1330       newDocEntry = ReadNextDocEntry( );
1331       if ( !newDocEntry )
1332       {
1333          break;
1334       }
1335
1336       VRKey vr = newDocEntry->GetVR();
1337       if ( vr != "SQ" )
1338       {
1339                
1340          if ( Global::GetVR()->IsVROfGdcmStringRepresentable(vr) )
1341          {
1342          /////////////////////// ValEntry
1343             ValEntry* newValEntry =
1344                new ValEntry( newDocEntry->GetDictEntry() );
1345             newValEntry->Copy( newDocEntry );
1346              
1347             // When "set" is a Document, then we are at the top of the
1348             // hierarchy and the Key is simply of the form ( group, elem )...
1349             if (Document* dummy = dynamic_cast< Document* > ( set ) )
1350             {
1351                (void)dummy;
1352                newValEntry->SetKey( newValEntry->GetKey() );
1353             }
1354             // ...but when "set" is a SQItem, we are inserting this new
1355             // valEntry in a sequence item. Hence the key has the
1356             // generalized form (refer to \ref BaseTagKey):
1357             if (SQItem* parentSQItem = dynamic_cast< SQItem* > ( set ) )
1358             {
1359                newValEntry->SetKey(  parentSQItem->GetBaseTagKey()
1360                                    + newValEntry->GetKey() );
1361             }
1362              
1363             set->AddEntry( newValEntry );
1364             LoadDocEntry( newValEntry );
1365             if (newValEntry->IsItemDelimitor())
1366             {
1367                break;
1368             }
1369             if ( !delim_mode && (Fp->tellg()-offset) >= l_max)
1370             {
1371                break;
1372             }
1373          }
1374          else
1375          {
1376             if ( ! Global::GetVR()->IsVROfGdcmBinaryRepresentable(vr) )
1377             { 
1378                 ////// Neither ValEntry NOR BinEntry: should mean UNKOWN VR
1379                 dbg.Verbose(0, "Document::ParseDES: neither Valentry, "
1380                                "nor BinEntry. Probably unknown VR.");
1381             }
1382
1383          //////////////////// BinEntry or UNKOWN VR:
1384             BinEntry* newBinEntry =
1385                new BinEntry( newDocEntry->GetDictEntry() );  //LEAK
1386             newBinEntry->Copy( newDocEntry );
1387
1388             // When "this" is a Document the Key is simply of the
1389             // form ( group, elem )...
1390             if (Document* dummy = dynamic_cast< Document* > ( set ) )
1391             {
1392                (void)dummy;
1393                newBinEntry->SetKey( newBinEntry->GetKey() );
1394             }
1395             // but when "this" is a SQItem, we are inserting this new
1396             // valEntry in a sequence item, and the kay has the
1397             // generalized form (refer to \ref BaseTagKey):
1398             if (SQItem* parentSQItem = dynamic_cast< SQItem* > ( set ) )
1399             {
1400                newBinEntry->SetKey(  parentSQItem->GetBaseTagKey()
1401                                    + newBinEntry->GetKey() );
1402             }
1403
1404             set->AddEntry( newBinEntry );
1405             LoadDocEntry( newBinEntry );
1406          }
1407
1408          if (    ( newDocEntry->GetGroup()   == 0x7fe0 )
1409               && ( newDocEntry->GetElement() == 0x0010 ) )
1410          {
1411              TransferSyntaxType ts = GetTransferSyntax();
1412              if ( ts == RLELossless ) 
1413              {
1414                 long PositionOnEntry = Fp->tellg();
1415                 Fp->seekg( newDocEntry->GetOffset(), std::ios_base::beg );
1416                 ComputeRLEInfo();
1417                 Fp->seekg( PositionOnEntry, std::ios_base::beg );
1418              }
1419              else if ( IsJPEG() )
1420              {
1421                 long PositionOnEntry = Fp->tellg();
1422                 Fp->seekg( newDocEntry->GetOffset(), std::ios_base::beg );
1423                 ComputeJPEGFragmentInfo();
1424                 Fp->seekg( PositionOnEntry, std::ios_base::beg );
1425              }
1426          }
1427     
1428          // Just to make sure we are at the beginning of next entry.
1429          SkipToNextDocEntry(newDocEntry);
1430       }
1431       else
1432       {
1433          // VR = "SQ"
1434          unsigned long l = newDocEntry->GetReadLength();            
1435          if ( l != 0 ) // don't mess the delim_mode for zero-length sequence
1436          {
1437             if ( l == 0xffffffff )
1438             {
1439               delim_mode = true;
1440             }
1441             else
1442             {
1443               delim_mode = false;
1444             }
1445          }
1446          // no other way to create it ...
1447          SeqEntry* newSeqEntry =
1448             new SeqEntry( newDocEntry->GetDictEntry() );
1449          newSeqEntry->Copy( newDocEntry );
1450          newSeqEntry->SetDelimitorMode( delim_mode );
1451
1452          // At the top of the hierarchy, stands a Document. When "set"
1453          // is a Document, then we are building the first depth level.
1454          // Hence the SeqEntry we are building simply has a depth
1455          // level of one:
1456          if (Document* dummy = dynamic_cast< Document* > ( set ) )
1457          {
1458             (void)dummy;
1459             newSeqEntry->SetDepthLevel( 1 );
1460             newSeqEntry->SetKey( newSeqEntry->GetKey() );
1461          }
1462          // But when "set" is allready a SQItem, we are building a nested
1463          // sequence, and hence the depth level of the new SeqEntry
1464          // we are building, is one level deeper:
1465          if (SQItem* parentSQItem = dynamic_cast< SQItem* > ( set ) )
1466          {
1467             newSeqEntry->SetDepthLevel( parentSQItem->GetDepthLevel() + 1 );
1468             newSeqEntry->SetKey(  parentSQItem->GetBaseTagKey()
1469                                 + newSeqEntry->GetKey() );
1470          }
1471
1472          if ( l != 0 )
1473          {  // Don't try to parse zero-length sequences
1474             ParseSQ( newSeqEntry, 
1475                      newDocEntry->GetOffset(),
1476                      l, delim_mode);
1477          }
1478          set->AddEntry( newSeqEntry );
1479          if ( !delim_mode && (Fp->tellg()-offset) >= l_max)
1480          {
1481             break;
1482          }
1483       }
1484       delete newDocEntry;
1485    }
1486 }
1487
1488 /**
1489  * \brief   Parses a Sequence ( SeqEntry after SeqEntry)
1490  * @return  parsed length for this level
1491  */ 
1492 void Document::ParseSQ( SeqEntry* seqEntry,
1493                         long offset, long l_max, bool delim_mode)
1494 {
1495    int SQItemNumber = 0;
1496    bool dlm_mod;
1497
1498    while (true)
1499    {
1500       DocEntry* newDocEntry = ReadNextDocEntry();   
1501       if ( !newDocEntry )
1502       {
1503          // FIXME Should warn user
1504          break;
1505       }
1506       if( delim_mode )
1507       {
1508          if ( newDocEntry->IsSequenceDelimitor() )
1509          {
1510             seqEntry->SetSequenceDelimitationItem( newDocEntry );
1511             break;
1512          }
1513       }
1514       if ( !delim_mode && (Fp->tellg()-offset) >= l_max)
1515       {
1516           break;
1517       }
1518
1519       SQItem *itemSQ = new SQItem( seqEntry->GetDepthLevel() );
1520       std::ostringstream newBase;
1521       newBase << seqEntry->GetKey()
1522               << "/"
1523               << SQItemNumber
1524               << "#";
1525       itemSQ->SetBaseTagKey( newBase.str() );
1526       unsigned int l = newDocEntry->GetReadLength();
1527       
1528       if ( l == 0xffffffff )
1529       {
1530          dlm_mod = true;
1531       }
1532       else
1533       {
1534          dlm_mod = false;
1535       }
1536    
1537       ParseDES(itemSQ, newDocEntry->GetOffset(), l, dlm_mod);
1538       
1539       seqEntry->AddEntry( itemSQ, SQItemNumber ); 
1540       SQItemNumber++;
1541       if ( !delim_mode && ( Fp->tellg() - offset ) >= l_max )
1542       {
1543          break;
1544       }
1545    }
1546 }
1547
1548 /**
1549  * \brief         Loads the element content if its length doesn't exceed
1550  *                the value specified with Document::SetMaxSizeLoadEntry()
1551  * @param         entry Header Entry (Dicom Element) to be dealt with
1552  */
1553 void Document::LoadDocEntry(DocEntry* entry)
1554 {
1555    uint16_t group  = entry->GetGroup();
1556    std::string  vr = entry->GetVR();
1557    uint32_t length = entry->GetLength();
1558
1559    Fp->seekg((long)entry->GetOffset(), std::ios_base::beg);
1560
1561    // A SeQuence "contains" a set of Elements.  
1562    //          (fffe e000) tells us an Element is beginning
1563    //          (fffe e00d) tells us an Element just ended
1564    //          (fffe e0dd) tells us the current SeQuence just ended
1565    if( group == 0xfffe )
1566    {
1567       // NO more value field for SQ !
1568       return;
1569    }
1570
1571    // When the length is zero things are easy:
1572    if ( length == 0 )
1573    {
1574       ((ValEntry *)entry)->SetValue("");
1575       return;
1576    }
1577
1578    // The elements whose length is bigger than the specified upper bound
1579    // are not loaded. Instead we leave a short notice of the offset of
1580    // the element content and it's length.
1581
1582    std::ostringstream s;
1583    if (length > MaxSizeLoadEntry)
1584    {
1585       if (BinEntry* binEntryPtr = dynamic_cast< BinEntry* >(entry) )
1586       {  
1587          //s << "gdcm::NotLoaded (BinEntry)";
1588          s << GDCM_NOTLOADED;
1589          s << " Address:" << (long)entry->GetOffset();
1590          s << " Length:"  << entry->GetLength();
1591          s << " x(" << std::hex << entry->GetLength() << ")";
1592          binEntryPtr->SetValue(s.str());
1593       }
1594        // Be carefull : a BinEntry IS_A ValEntry ... 
1595       else if (ValEntry* valEntryPtr = dynamic_cast< ValEntry* >(entry) )
1596       {
1597         // s << "gdcm::NotLoaded. (ValEntry)";
1598          s << GDCM_NOTLOADED;  
1599          s << " Address:" << (long)entry->GetOffset();
1600          s << " Length:"  << entry->GetLength();
1601          s << " x(" << std::hex << entry->GetLength() << ")";
1602          valEntryPtr->SetValue(s.str());
1603       }
1604       else
1605       {
1606          // fusible
1607          std::cout<< "MaxSizeLoadEntry exceeded, neither a BinEntry "
1608                   << "nor a ValEntry ?! Should never print that !" << std::endl;
1609       }
1610
1611       // to be sure we are at the end of the value ...
1612       Fp->seekg((long)entry->GetOffset()+(long)entry->GetLength(),
1613                 std::ios_base::beg);
1614       return;
1615    }
1616
1617    // When we find a BinEntry not very much can be done :
1618    if (BinEntry* binEntryPtr = dynamic_cast< BinEntry* >(entry) )
1619    {
1620       s << GDCM_BINLOADED;
1621       binEntryPtr->SetValue(s.str());
1622       LoadEntryBinArea(binEntryPtr); // last one, not to erase length !
1623       return;
1624    }
1625     
1626    /// \todo Any compacter code suggested (?)
1627    if ( IsDocEntryAnInteger(entry) )
1628    {   
1629       uint32_t NewInt;
1630       int nbInt;
1631       // When short integer(s) are expected, read and convert the following 
1632       // n *two characters properly i.e. consider them as short integers as
1633       // opposed to strings.
1634       // Elements with Value Multiplicity > 1
1635       // contain a set of integers (not a single one)       
1636       if (vr == "US" || vr == "SS")
1637       {
1638          nbInt = length / 2;
1639          NewInt = ReadInt16();
1640          s << NewInt;
1641          if (nbInt > 1)
1642          {
1643             for (int i=1; i < nbInt; i++)
1644             {
1645                s << '\\';
1646                NewInt = ReadInt16();
1647                s << NewInt;
1648             }
1649          }
1650       }
1651       // See above comment on multiple integers (mutatis mutandis).
1652       else if (vr == "UL" || vr == "SL")
1653       {
1654          nbInt = length / 4;
1655          NewInt = ReadInt32();
1656          s << NewInt;
1657          if (nbInt > 1)
1658          {
1659             for (int i=1; i < nbInt; i++)
1660             {
1661                s << '\\';
1662                NewInt = ReadInt32();
1663                s << NewInt;
1664             }
1665          }
1666       }
1667 #ifdef GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
1668       s << std::ends; // to avoid oddities on Solaris
1669 #endif //GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
1670
1671       ((ValEntry *)entry)->SetValue(s.str());
1672       return;
1673    }
1674    
1675   // FIXME: We need an additional byte for storing \0 that is not on disk
1676    char *str = new char[length+1];
1677    Fp->read(str, (size_t)length);
1678    str[length] = '\0'; //this is only useful when length is odd
1679    // Special DicomString call to properly handle \0 and even length
1680    std::string newValue;
1681    if( length % 2 )
1682    {
1683       newValue = Util::DicomString(str, length+1);
1684       //dbg.Verbose(0, "Warning: bad length: ", length );
1685       dbg.Verbose(0, "For string :",  newValue.c_str()); 
1686       // Since we change the length of string update it length
1687       entry->SetReadLength(length+1);
1688    }
1689    else
1690    {
1691       newValue = Util::DicomString(str, length);
1692    }
1693    delete[] str;
1694
1695    if ( ValEntry* valEntry = dynamic_cast<ValEntry* >(entry) )
1696    {
1697       if ( Fp->fail() || Fp->eof())//Fp->gcount() == 1
1698       {
1699          dbg.Verbose(1, "Document::LoadDocEntry",
1700                         "unread element value");
1701          valEntry->SetValue(GDCM_UNREAD);
1702          return;
1703       }
1704
1705       if( vr == "UI" )
1706       {
1707          // Because of correspondance with the VR dic
1708          valEntry->SetValue(newValue);
1709       }
1710       else
1711       {
1712          valEntry->SetValue(newValue);
1713       }
1714    }
1715    else
1716    {
1717       dbg.Error(true, "Document::LoadDocEntry"
1718                       "Should have a ValEntry, here !");
1719    }
1720 }
1721
1722
1723 /**
1724  * \brief  Find the value Length of the passed Header Entry
1725  * @param  entry Header Entry whose length of the value shall be loaded. 
1726  */
1727 void Document::FindDocEntryLength( DocEntry *entry )
1728    throw ( FormatError )
1729 {
1730    uint16_t element = entry->GetElement();
1731    std::string  vr  = entry->GetVR();
1732    uint16_t length16;       
1733    
1734    if ( Filetype == ExplicitVR && !entry->IsImplicitVR() ) 
1735    {
1736       if ( vr == "OB" || vr == "OW" || vr == "SQ" || vr == "UN" ) 
1737       {
1738          // The following reserved two bytes (see PS 3.5-2003, section
1739          // "7.1.2 Data element structure with explicit vr", p 27) must be
1740          // skipped before proceeding on reading the length on 4 bytes.
1741          Fp->seekg( 2L, std::ios_base::cur);
1742          uint32_t length32 = ReadInt32();
1743
1744          if ( (vr == "OB" || vr == "OW") && length32 == 0xffffffff ) 
1745          {
1746             uint32_t lengthOB;
1747             try 
1748             {
1749                /// \todo rename that to FindDocEntryLengthOBOrOW since
1750                ///       the above test is on both OB and OW...
1751                lengthOB = FindDocEntryLengthOB();
1752             }
1753             catch ( FormatUnexpected )
1754             {
1755                // Computing the length failed (this happens with broken
1756                // files like gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm). We still have a
1757                // chance to get the pixels by deciding the element goes
1758                // until the end of the file. Hence we artificially fix the
1759                // the length and proceed.
1760                long currentPosition = Fp->tellg();
1761                Fp->seekg(0L,std::ios_base::end);
1762                long lengthUntilEOF = Fp->tellg() - currentPosition;
1763                Fp->seekg(currentPosition, std::ios_base::beg);
1764                entry->SetLength(lengthUntilEOF);
1765                return;
1766             }
1767             entry->SetLength(lengthOB);
1768             return;
1769          }
1770          FixDocEntryFoundLength(entry, length32); 
1771          return;
1772       }
1773
1774       // Length is encoded on 2 bytes.
1775       length16 = ReadInt16();
1776       
1777       // We can tell the current file is encoded in big endian (like
1778       // Data/US-RGB-8-epicard) when we find the "Transfer Syntax" tag
1779       // and it's value is the one of the encoding of a big endian file.
1780       // In order to deal with such big endian encoded files, we have
1781       // (at least) two strategies:
1782       // * when we load the "Transfer Syntax" tag with value of big endian
1783       //   encoding, we raise the proper flags. Then we wait for the end
1784       //   of the META group (0x0002) among which is "Transfer Syntax",
1785       //   before switching the swap code to big endian. We have to postpone
1786       //   the switching of the swap code since the META group is fully encoded
1787       //   in little endian, and big endian coding only starts at the next
1788       //   group. The corresponding code can be hard to analyse and adds
1789       //   many additional unnecessary tests for regular tags.
1790       // * the second strategy consists in waiting for trouble, that shall
1791       //   appear when we find the first group with big endian encoding. This
1792       //   is easy to detect since the length of a "Group Length" tag (the
1793       //   ones with zero as element number) has to be of 4 (0x0004). When we
1794       //   encounter 1024 (0x0400) chances are the encoding changed and we
1795       //   found a group with big endian encoding.
1796       // We shall use this second strategy. In order to make sure that we
1797       // can interpret the presence of an apparently big endian encoded
1798       // length of a "Group Length" without committing a big mistake, we
1799       // add an additional check: we look in the already parsed elements
1800       // for the presence of a "Transfer Syntax" whose value has to be "big
1801       // endian encoding". When this is the case, chances are we have got our
1802       // hands on a big endian encoded file: we switch the swap code to
1803       // big endian and proceed...
1804       if ( element  == 0x0000 && length16 == 0x0400 ) 
1805       {
1806          TransferSyntaxType ts = GetTransferSyntax();
1807          if ( ts != ExplicitVRBigEndian ) 
1808          {
1809             throw FormatError( "Document::FindDocEntryLength()",
1810                                " not explicit VR." );
1811             return;
1812          }
1813          length16 = 4;
1814          SwitchSwapToBigEndian();
1815          // Restore the unproperly loaded values i.e. the group, the element
1816          // and the dictionary entry depending on them.
1817          uint16_t correctGroup = SwapShort( entry->GetGroup() );
1818          uint16_t correctElem  = SwapShort( entry->GetElement() );
1819          DictEntry* newTag = GetDictEntryByNumber( correctGroup,
1820                                                        correctElem );
1821          if ( !newTag )
1822          {
1823             // This correct tag is not in the dictionary. Create a new one.
1824             newTag = NewVirtualDictEntry(correctGroup, correctElem);
1825          }
1826          // FIXME this can create a memory leaks on the old entry that be
1827          // left unreferenced.
1828          entry->SetDictEntry( newTag );
1829       }
1830        
1831       // Heuristic: well, some files are really ill-formed.
1832       if ( length16 == 0xffff) 
1833       {
1834          // 0xffff means that we deal with 'Unknown Length' Sequence  
1835          length16 = 0;
1836       }
1837       FixDocEntryFoundLength( entry, (uint32_t)length16 );
1838       return;
1839    }
1840    else
1841    {
1842       // Either implicit VR or a non DICOM conformal (see note below) explicit
1843       // VR that ommited the VR of (at least) this element. Farts happen.
1844       // [Note: according to the part 5, PS 3.5-2001, section 7.1 p25
1845       // on Data elements "Implicit and Explicit VR Data Elements shall
1846       // not coexist in a Data Set and Data Sets nested within it".]
1847       // Length is on 4 bytes.
1848       
1849       FixDocEntryFoundLength( entry, ReadInt32() );
1850       return;
1851    }
1852 }
1853
1854 /**
1855  * \brief     Find the Value Representation of the current Dicom Element.
1856  * @param     entry
1857  */
1858 void Document::FindDocEntryVR( DocEntry *entry )
1859 {
1860    if ( Filetype != ExplicitVR )
1861    {
1862       return;
1863    }
1864
1865    char vr[3];
1866
1867    long positionOnEntry = Fp->tellg();
1868    // Warning: we believe this is explicit VR (Value Representation) because
1869    // we used a heuristic that found "UL" in the first tag. Alas this
1870    // doesn't guarantee that all the tags will be in explicit VR. In some
1871    // cases (see e-film filtered files) one finds implicit VR tags mixed
1872    // within an explicit VR file. Hence we make sure the present tag
1873    // is in explicit VR and try to fix things if it happens not to be
1874    // the case.
1875    
1876    Fp->read (vr, (size_t)2);
1877    vr[2] = 0;
1878
1879    if( !CheckDocEntryVR(entry, vr) )
1880    {
1881       Fp->seekg(positionOnEntry, std::ios_base::beg);
1882       // When this element is known in the dictionary we shall use, e.g. for
1883       // the semantics (see the usage of IsAnInteger), the VR proposed by the
1884       // dictionary entry. Still we have to flag the element as implicit since
1885       // we know now our assumption on expliciteness is not furfilled.
1886       // avoid  .
1887       if ( entry->IsVRUnknown() )
1888       {
1889          entry->SetVR("Implicit");
1890       }
1891       entry->SetImplicitVR();
1892    }
1893 }
1894
1895 /**
1896  * \brief     Check the correspondance between the VR of the header entry
1897  *            and the taken VR. If they are different, the header entry is 
1898  *            updated with the new VR.
1899  * @param     entry Header Entry to check
1900  * @param     vr    Dicom Value Representation
1901  * @return    false if the VR is incorrect of if the VR isn't referenced
1902  *            otherwise, it returns true
1903 */
1904 bool Document::CheckDocEntryVR(DocEntry *entry, VRKey vr)
1905 {
1906    std::string msg;
1907    bool realExplicit = true;
1908
1909    // Assume we are reading a falsely explicit VR file i.e. we reached
1910    // a tag where we expect reading a VR but are in fact we read the
1911    // first to bytes of the length. Then we will interogate (through find)
1912    // the dicom_vr dictionary with oddities like "\004\0" which crashes
1913    // both GCC and VC++ implementations of the STL map. Hence when the
1914    // expected VR read happens to be non-ascii characters we consider
1915    // we hit falsely explicit VR tag.
1916
1917    if ( !isalpha(vr[0]) && !isalpha(vr[1]) )
1918    {
1919       realExplicit = false;
1920    }
1921
1922    // CLEANME searching the dicom_vr at each occurence is expensive.
1923    // PostPone this test in an optional integrity check at the end
1924    // of parsing or only in debug mode.
1925    if ( realExplicit && !Global::GetVR()->Count(vr) )
1926    {
1927       realExplicit = false;
1928    }
1929
1930    if ( !realExplicit ) 
1931    {
1932       // We thought this was explicit VR, but we end up with an
1933       // implicit VR tag. Let's backtrack.   
1934       msg = Util::Format("Falsely explicit vr file (%04x,%04x)\n", 
1935                     entry->GetGroup(), entry->GetElement());
1936       dbg.Verbose(1, "Document::FindVR: ", msg.c_str());
1937
1938       if( entry->GetGroup() % 2 && entry->GetElement() == 0x0000)
1939       {
1940          // Group length is UL !
1941          DictEntry* newEntry = NewVirtualDictEntry(
1942                                    entry->GetGroup(), entry->GetElement(),
1943                                    "UL", "FIXME", "Group Length");
1944          entry->SetDictEntry( newEntry );
1945       }
1946       return false;
1947    }
1948
1949    if ( entry->IsVRUnknown() )
1950    {
1951       // When not a dictionary entry, we can safely overwrite the VR.
1952       if( entry->GetElement() == 0x0000 )
1953       {
1954          // Group length is UL !
1955          entry->SetVR("UL");
1956       }
1957       else
1958       {
1959          entry->SetVR(vr);
1960       }
1961    }
1962    else if ( entry->GetVR() != vr ) 
1963    {
1964       // The VR present in the file and the dictionary disagree. We assume
1965       // the file writer knew best and use the VR of the file. Since it would
1966       // be unwise to overwrite the VR of a dictionary (since it would
1967       // compromise it's next user), we need to clone the actual DictEntry
1968       // and change the VR for the read one.
1969       DictEntry* newEntry = NewVirtualDictEntry(
1970                                 entry->GetGroup(), entry->GetElement(),
1971                                 vr, "FIXME", entry->GetName());
1972       entry->SetDictEntry(newEntry);
1973    }
1974
1975    return true; 
1976 }
1977
1978 /**
1979  * \brief   Get the transformed value of the header entry. The VR value 
1980  *          is used to define the transformation to operate on the value
1981  * \warning NOT end user intended method !
1982  * @param   entry entry to tranform
1983  * @return  Transformed entry value
1984  */
1985 std::string Document::GetDocEntryValue(DocEntry *entry)
1986 {
1987    if ( IsDocEntryAnInteger(entry) && entry->IsImplicitVR() )
1988    {
1989       std::string val = ((ValEntry *)entry)->GetValue();
1990       std::string vr  = entry->GetVR();
1991       uint32_t length = entry->GetLength();
1992       std::ostringstream s;
1993       int nbInt;
1994
1995       // When short integer(s) are expected, read and convert the following 
1996       // n * 2 bytes properly i.e. as a multivaluated strings
1997       // (each single value is separated fromthe next one by '\'
1998       // as usual for standard multivaluated filels
1999       // Elements with Value Multiplicity > 1
2000       // contain a set of short integers (not a single one) 
2001    
2002       if( vr == "US" || vr == "SS" )
2003       {
2004          uint16_t newInt16;
2005
2006          nbInt = length / 2;
2007          for (int i=0; i < nbInt; i++) 
2008          {
2009             if( i != 0 )
2010             {
2011                s << '\\';
2012             }
2013             newInt16 = ( val[2*i+0] & 0xFF ) + ( ( val[2*i+1] & 0xFF ) << 8);
2014             newInt16 = SwapShort( newInt16 );
2015             s << newInt16;
2016          }
2017       }
2018
2019       // When integer(s) are expected, read and convert the following 
2020       // n * 4 bytes properly i.e. as a multivaluated strings
2021       // (each single value is separated fromthe next one by '\'
2022       // as usual for standard multivaluated filels
2023       // Elements with Value Multiplicity > 1
2024       // contain a set of integers (not a single one) 
2025       else if( vr == "UL" || vr == "SL" )
2026       {
2027          uint32_t newInt32;
2028
2029          nbInt = length / 4;
2030          for (int i=0; i < nbInt; i++) 
2031          {
2032             if( i != 0)
2033             {
2034                s << '\\';
2035             }
2036             newInt32 = ( val[4*i+0] & 0xFF )
2037                     + (( val[4*i+1] & 0xFF ) <<  8 )
2038                     + (( val[4*i+2] & 0xFF ) << 16 )
2039                     + (( val[4*i+3] & 0xFF ) << 24 );
2040             newInt32 = SwapLong( newInt32 );
2041             s << newInt32;
2042          }
2043       }
2044 #ifdef GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
2045       s << std::ends; // to avoid oddities on Solaris
2046 #endif //GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
2047       return s.str();
2048    }
2049
2050    return ((ValEntry *)entry)->GetValue();
2051 }
2052
2053 /**
2054  * \brief   Get the reverse transformed value of the header entry. The VR 
2055  *          value is used to define the reverse transformation to operate on
2056  *          the value
2057  * \warning NOT end user intended method !
2058  * @param   entry Entry to reverse transform
2059  * @return  Reverse transformed entry value
2060  */
2061 std::string Document::GetDocEntryUnvalue(DocEntry* entry)
2062 {
2063    if ( IsDocEntryAnInteger(entry) && entry->IsImplicitVR() )
2064    {
2065       std::string vr = entry->GetVR();
2066       std::vector<std::string> tokens;
2067       std::ostringstream s;
2068
2069       if ( vr == "US" || vr == "SS" ) 
2070       {
2071          uint16_t newInt16;
2072
2073          tokens.erase( tokens.begin(), tokens.end()); // clean any previous value
2074          Util::Tokenize (((ValEntry *)entry)->GetValue(), tokens, "\\");
2075          for (unsigned int i=0; i<tokens.size(); i++) 
2076          {
2077             newInt16 = atoi(tokens[i].c_str());
2078             s << (  newInt16        & 0xFF ) 
2079               << (( newInt16 >> 8 ) & 0xFF );
2080          }
2081          tokens.clear();
2082       }
2083       if ( vr == "UL" || vr == "SL")
2084       {
2085          uint32_t newInt32;
2086
2087          tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
2088          Util::Tokenize (((ValEntry *)entry)->GetValue(), tokens, "\\");
2089          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) 
2090          {
2091             newInt32 = atoi(tokens[i].c_str());
2092             s << (char)(  newInt32         & 0xFF ) 
2093               << (char)(( newInt32 >>  8 ) & 0xFF )
2094               << (char)(( newInt32 >> 16 ) & 0xFF )
2095               << (char)(( newInt32 >> 24 ) & 0xFF );
2096          }
2097          tokens.clear();
2098       }
2099
2100 #ifdef GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
2101       s << std::ends; // to avoid oddities on Solaris
2102 #endif //GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
2103       return s.str();
2104    }
2105
2106    return ((ValEntry *)entry)->GetValue();
2107 }
2108
2109 /**
2110  * \brief   Skip a given Header Entry 
2111  * \warning NOT end user intended method !
2112  * @param   entry entry to skip
2113  */
2114 void Document::SkipDocEntry(DocEntry *entry) 
2115 {
2116    SkipBytes(entry->GetLength());
2117 }
2118
2119 /**
2120  * \brief   Skips to the begining of the next Header Entry 
2121  * \warning NOT end user intended method !
2122  * @param   entry entry to skip
2123  */
2124 void Document::SkipToNextDocEntry(DocEntry *entry) 
2125 {
2126    Fp->seekg((long)(entry->GetOffset()),     std::ios_base::beg);
2127    Fp->seekg( (long)(entry->GetReadLength()), std::ios_base::cur);
2128 }
2129
2130 /**
2131  * \brief   When the length of an element value is obviously wrong (because
2132  *          the parser went Jabberwocky) one can hope improving things by
2133  *          applying some heuristics.
2134  * @param   entry entry to check
2135  * @param   foundLength fist assumption about length    
2136  */
2137 void Document::FixDocEntryFoundLength(DocEntry *entry,
2138                                       uint32_t foundLength)
2139 {
2140    entry->SetReadLength( foundLength ); // will be updated only if a bug is found        
2141    if ( foundLength == 0xffffffff)
2142    {
2143       foundLength = 0;
2144    }
2145    
2146    uint16_t gr = entry->GetGroup();
2147    uint16_t el = entry->GetElement(); 
2148      
2149    if ( foundLength % 2)
2150    {
2151       std::ostringstream s;
2152       s << "Warning : Tag with uneven length "
2153         << foundLength 
2154         <<  " in x(" << std::hex << gr << "," << el <<")" << std::dec;
2155       dbg.Verbose(0, s.str().c_str());
2156    }
2157       
2158    //////// Fix for some naughty General Electric images.
2159    // Allthough not recent many such GE corrupted images are still present
2160    // on Creatis hard disks. Hence this fix shall remain when such images
2161    // are no longer in user (we are talking a few years, here)...
2162    // Note: XMedCom probably uses such a trick since it is able to read
2163    //       those pesky GE images ...
2164    if ( foundLength == 13)
2165    {
2166       // Only happens for this length !
2167       if ( entry->GetGroup()   != 0x0008
2168       || ( entry->GetElement() != 0x0070
2169         && entry->GetElement() != 0x0080 ) )
2170       {
2171          foundLength = 10;
2172          entry->SetReadLength(10); /// \todo a bug is to be fixed !?
2173       }
2174    }
2175
2176    //////// Fix for some brain-dead 'Leonardo' Siemens images.
2177    // Occurence of such images is quite low (unless one leaves close to a
2178    // 'Leonardo' source. Hence, one might consider commenting out the
2179    // following fix on efficiency reasons.
2180    else if ( entry->GetGroup()   == 0x0009 
2181         && ( entry->GetElement() == 0x1113
2182           || entry->GetElement() == 0x1114 ) )
2183    {
2184       foundLength = 4;
2185       entry->SetReadLength(4); /// \todo a bug is to be fixed !?
2186    } 
2187  
2188    else if ( entry->GetVR() == "SQ" )
2189    {
2190       foundLength = 0;      // ReadLength is unchanged 
2191    } 
2192     
2193    //////// We encountered a 'delimiter' element i.e. a tag of the form 
2194    // "fffe|xxxx" which is just a marker. Delimiters length should not be
2195    // taken into account.
2196    else if( entry->GetGroup() == 0xfffe )
2197    {    
2198      // According to the norm, fffe|0000 shouldn't exist. BUT the Philips
2199      // image gdcmData/gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm happens to
2200      // causes extra troubles...
2201      if( entry->GetElement() != 0x0000 )
2202      {
2203         foundLength = 0;
2204      }
2205    } 
2206            
2207    entry->SetUsableLength(foundLength);
2208 }
2209
2210 /**
2211  * \brief   Apply some heuristics to predict whether the considered 
2212  *          element value contains/represents an integer or not.
2213  * @param   entry The element value on which to apply the predicate.
2214  * @return  The result of the heuristical predicate.
2215  */
2216 bool Document::IsDocEntryAnInteger(DocEntry *entry)
2217 {
2218    uint16_t element = entry->GetElement();
2219    uint16_t group   = entry->GetGroup();
2220    const std::string & vr  = entry->GetVR();
2221    uint32_t length  = entry->GetLength();
2222
2223    // When we have some semantics on the element we just read, and if we
2224    // a priori know we are dealing with an integer, then we shall be
2225    // able to swap it's element value properly.
2226    if ( element == 0 )  // This is the group length of the group
2227    {  
2228       if ( length == 4 )
2229       {
2230          return true;
2231       }
2232       else 
2233       {
2234          // Allthough this should never happen, still some images have a
2235          // corrupted group length [e.g. have a glance at offset x(8336) of
2236          // gdcmData/gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm].
2237          // Since for dicom compliant and well behaved headers, the present
2238          // test is useless (and might even look a bit paranoid), when we
2239          // encounter such an ill-formed image, we simply display a warning
2240          // message and proceed on parsing (while crossing fingers).
2241          std::ostringstream s;
2242          long filePosition = Fp->tellg();
2243          s << "Erroneous Group Length element length  on : (" \
2244            << std::hex << group << " , " << element 
2245            << ") -before- position x(" << filePosition << ")"
2246            << "lgt : " << length;
2247          dbg.Verbose(0, "Document::IsDocEntryAnInteger", s.str().c_str() );
2248       }
2249    }
2250
2251    if ( vr == "UL" || vr == "US" || vr == "SL" || vr == "SS" )
2252    {
2253       return true;
2254    }
2255    
2256    return false;
2257 }
2258
2259 /**
2260  * \brief  Find the Length till the next sequence delimiter
2261  * \warning NOT end user intended method !
2262  * @return 
2263  */
2264
2265 uint32_t Document::FindDocEntryLengthOB()
2266    throw( FormatUnexpected )
2267 {
2268    // See PS 3.5-2001, section A.4 p. 49 on encapsulation of encoded pixel data.
2269    long positionOnEntry = Fp->tellg();
2270    bool foundSequenceDelimiter = false;
2271    uint32_t totalLength = 0;
2272
2273    while ( !foundSequenceDelimiter )
2274    {
2275       uint16_t group;
2276       uint16_t elem;
2277       try
2278       {
2279          group = ReadInt16();
2280          elem  = ReadInt16();   
2281       }
2282       catch ( FormatError )
2283       {
2284          throw FormatError("Document::FindDocEntryLengthOB()",
2285                            " group or element not present.");
2286       }
2287
2288       // We have to decount the group and element we just read
2289       totalLength += 4;
2290      
2291       if ( group != 0xfffe || ( ( elem != 0xe0dd ) && ( elem != 0xe000 ) ) )
2292       {
2293          dbg.Verbose(1, "Document::FindDocEntryLengthOB: neither an Item "
2294                         "tag nor a Sequence delimiter tag."); 
2295          Fp->seekg(positionOnEntry, std::ios_base::beg);
2296          throw FormatUnexpected("Document::FindDocEntryLengthOB()",
2297                                 "Neither an Item tag nor a Sequence "
2298                                 "delimiter tag.");
2299       }
2300
2301       if ( elem == 0xe0dd )
2302       {
2303          foundSequenceDelimiter = true;
2304       }
2305
2306       uint32_t itemLength = ReadInt32();
2307       // We add 4 bytes since we just read the ItemLength with ReadInt32
2308       totalLength += itemLength + 4;
2309       SkipBytes(itemLength);
2310       
2311       if ( foundSequenceDelimiter )
2312       {
2313          break;
2314       }
2315    }
2316    Fp->seekg( positionOnEntry, std::ios_base::beg);
2317    return totalLength;
2318 }
2319
2320 /**
2321  * \brief Reads a supposed to be 16 Bits integer
2322  *       (swaps it depending on processor endianity) 
2323  * @return read value
2324  */
2325 uint16_t Document::ReadInt16()
2326    throw( FormatError )
2327 {
2328    uint16_t g;
2329    Fp->read ((char*)&g, (size_t)2);
2330    if ( Fp->fail() )
2331    {
2332       throw FormatError( "Document::ReadInt16()", " file error." );
2333    }
2334    if( Fp->eof() )
2335    {
2336       throw FormatError( "Document::ReadInt16()", "EOF." );
2337    }
2338    g = SwapShort(g); 
2339    return g;
2340 }
2341
2342 /**
2343  * \brief  Reads a supposed to be 32 Bits integer
2344  *         (swaps it depending on processor endianity)  
2345  * @return read value
2346  */
2347 uint32_t Document::ReadInt32()
2348    throw( FormatError )
2349 {
2350    uint32_t g;
2351    Fp->read ((char*)&g, (size_t)4);
2352    if ( Fp->fail() )
2353    {
2354       throw FormatError( "Document::ReadInt32()", " file error." );
2355    }
2356    if( Fp->eof() )
2357    {
2358       throw FormatError( "Document::ReadInt32()", "EOF." );
2359    }
2360    g = SwapLong(g);
2361    return g;
2362 }
2363
2364 /**
2365  * \brief skips bytes inside the source file 
2366  * \warning NOT end user intended method !
2367  * @return 
2368  */
2369 void Document::SkipBytes(uint32_t nBytes)
2370 {
2371    //FIXME don't dump the returned value
2372    Fp->seekg((long)nBytes, std::ios_base::cur);
2373 }
2374
2375 /**
2376  * \brief Loads all the needed Dictionaries
2377  * \warning NOT end user intended method !   
2378  */
2379 void Document::Initialise() 
2380 {
2381    RefPubDict = Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict();
2382    RefShaDict = NULL;
2383    RLEInfo  = new RLEFramesInfo;
2384    JPEGInfo = new JPEGFragmentsInfo;
2385 }
2386
2387 /**
2388  * \brief   Discover what the swap code is (among little endian, big endian,
2389  *          bad little endian, bad big endian).
2390  *          sw is set
2391  * @return false when we are absolutely sure 
2392  *               it's neither ACR-NEMA nor DICOM
2393  *         true  when we hope ours assuptions are OK
2394  */
2395 bool Document::CheckSwap()
2396 {
2397    // The only guaranted way of finding the swap code is to find a
2398    // group tag since we know it's length has to be of four bytes i.e.
2399    // 0x00000004. Finding the swap code in then straigthforward. Trouble
2400    // occurs when we can't find such group...
2401    
2402    uint32_t  x = 4;  // x : for ntohs
2403    bool net2host; // true when HostByteOrder is the same as NetworkByteOrder
2404    uint32_t  s32;
2405    uint16_t  s16;
2406        
2407    char deb[256]; //HEADER_LENGTH_TO_READ];
2408     
2409    // First, compare HostByteOrder and NetworkByteOrder in order to
2410    // determine if we shall need to swap bytes (i.e. the Endian type).
2411    if ( x == ntohs(x) )
2412    {
2413       net2host = true;
2414    }
2415    else
2416    {
2417       net2host = false;
2418    }
2419          
2420    // The easiest case is the one of a DICOM header, since it possesses a
2421    // file preamble where it suffice to look for the string "DICM".
2422    Fp->read(deb, HEADER_LENGTH_TO_READ);
2423    
2424    char *entCur = deb + 128;
2425    if( memcmp(entCur, "DICM", (size_t)4) == 0 )
2426    {
2427       dbg.Verbose(1, "Document::CheckSwap:", "looks like DICOM Version3");
2428       
2429       // Next, determine the value representation (VR). Let's skip to the
2430       // first element (0002, 0000) and check there if we find "UL" 
2431       // - or "OB" if the 1st one is (0002,0001) -,
2432       // in which case we (almost) know it is explicit VR.
2433       // WARNING: if it happens to be implicit VR then what we will read
2434       // is the length of the group. If this ascii representation of this
2435       // length happens to be "UL" then we shall believe it is explicit VR.
2436       // FIXME: in order to fix the above warning, we could read the next
2437       // element value (or a couple of elements values) in order to make
2438       // sure we are not commiting a big mistake.
2439       // We need to skip :
2440       // * the 128 bytes of File Preamble (often padded with zeroes),
2441       // * the 4 bytes of "DICM" string,
2442       // * the 4 bytes of the first tag (0002, 0000),or (0002, 0001)
2443       // i.e. a total of  136 bytes.
2444       entCur = deb + 136;
2445      
2446       // FIXME : FIXME:
2447       // Sometimes (see : gdcmData/icone.dcm) group 0x0002 *is* Explicit VR,
2448       // but elem 0002,0010 (Transfert Syntax) tells us the file is
2449       // *Implicit* VR.  -and it is !- 
2450       
2451       if( memcmp(entCur, "UL", (size_t)2) == 0 ||
2452           memcmp(entCur, "OB", (size_t)2) == 0 ||
2453           memcmp(entCur, "UI", (size_t)2) == 0 ||
2454           memcmp(entCur, "CS", (size_t)2) == 0 )  // CS, to remove later
2455                                                     // when Write DCM *adds*
2456       // FIXME
2457       // Use Document::dicom_vr to test all the possibilities
2458       // instead of just checking for UL, OB and UI !? group 0000 
2459       {
2460          Filetype = ExplicitVR;
2461          dbg.Verbose(1, "Document::CheckSwap:",
2462                      "explicit Value Representation");
2463       } 
2464       else 
2465       {
2466          Filetype = ImplicitVR;
2467          dbg.Verbose(1, "Document::CheckSwap:",
2468                      "not an explicit Value Representation");
2469       }
2470       
2471       if ( net2host )
2472       {
2473          SwapCode = 4321;
2474          dbg.Verbose(1, "Document::CheckSwap:",
2475                         "HostByteOrder != NetworkByteOrder");
2476       }
2477       else 
2478       {
2479          SwapCode = 0;
2480          dbg.Verbose(1, "Document::CheckSwap:",
2481                         "HostByteOrder = NetworkByteOrder");
2482       }
2483       
2484       // Position the file position indicator at first tag (i.e.
2485       // after the file preamble and the "DICM" string).
2486       Fp->seekg(0, std::ios_base::beg);
2487       Fp->seekg ( 132L, std::ios_base::beg);
2488       return true;
2489    } // End of DicomV3
2490
2491    // Alas, this is not a DicomV3 file and whatever happens there is no file
2492    // preamble. We can reset the file position indicator to where the data
2493    // is (i.e. the beginning of the file).
2494    dbg.Verbose(1, "Document::CheckSwap:", "not a DICOM Version3 file");
2495    Fp->seekg(0, std::ios_base::beg);
2496
2497    // Our next best chance would be to be considering a 'clean' ACR/NEMA file.
2498    // By clean we mean that the length of the first tag is written down.
2499    // If this is the case and since the length of the first group HAS to be
2500    // four (bytes), then determining the proper swap code is straightforward.
2501
2502    entCur = deb + 4;
2503    // We assume the array of char we are considering contains the binary
2504    // representation of a 32 bits integer. Hence the following dirty
2505    // trick :
2506    s32 = *((uint32_t *)(entCur));
2507       
2508    switch( s32 )
2509    {
2510       case 0x00040000 :
2511          SwapCode = 3412;
2512          Filetype = ACR;
2513          return true;
2514       case 0x04000000 :
2515          SwapCode = 4321;
2516          Filetype = ACR;
2517          return true;
2518       case 0x00000400 :
2519          SwapCode = 2143;
2520          Filetype = ACR;
2521          return true;
2522       case 0x00000004 :
2523          SwapCode = 0;
2524          Filetype = ACR;
2525          return true;
2526       default :
2527          // We are out of luck. It is not a DicomV3 nor a 'clean' ACR/NEMA file.
2528          // It is time for despaired wild guesses. 
2529          // So, let's check if this file wouldn't happen to be 'dirty' ACR/NEMA,
2530          //  i.e. the 'group length' element is not present :     
2531          
2532          //  check the supposed to be 'group number'
2533          //  0x0002 or 0x0004 or 0x0008
2534          //  to determine ' SwapCode' value .
2535          //  Only 0 or 4321 will be possible 
2536          //  (no oportunity to check for the formerly well known
2537          //  ACR-NEMA 'Bad Big Endian' or 'Bad Little Endian' 
2538          //  if unsuccessfull (i.e. neither 0x0002 nor 0x0200 etc -4, 8-) 
2539          //  the file IS NOT ACR-NEMA nor DICOM V3
2540          //  Find a trick to tell it the caller...
2541       
2542          s16 = *((uint16_t *)(deb));
2543       
2544          switch ( s16 )
2545          {
2546             case 0x0002 :
2547             case 0x0004 :
2548             case 0x0008 :      
2549                SwapCode = 0;
2550                Filetype = ACR;
2551                return true;
2552             case 0x0200 :
2553             case 0x0400 :
2554             case 0x0800 : 
2555                SwapCode = 4321;
2556                Filetype = ACR;
2557                return true;
2558             default :
2559                dbg.Verbose(0, "Document::CheckSwap:",
2560                      "ACR/NEMA unfound swap info (Really hopeless !)"); 
2561                Filetype = Unknown;     
2562                return false;
2563          }
2564          // Then the only info we have is the net2host one.
2565          //if (! net2host )
2566          //   SwapCode = 0;
2567          //else
2568          //  SwapCode = 4321;
2569          //return;
2570    }
2571 }
2572
2573 /**
2574  * \brief Restore the unproperly loaded values i.e. the group, the element
2575  *        and the dictionary entry depending on them. 
2576  */
2577 void Document::SwitchSwapToBigEndian() 
2578 {
2579    dbg.Verbose(1, "Document::SwitchSwapToBigEndian",
2580                   "Switching to BigEndian mode.");
2581    if ( SwapCode == 0    ) 
2582    {
2583       SwapCode = 4321;
2584    }
2585    else if ( SwapCode == 4321 ) 
2586    {
2587       SwapCode = 0;
2588    }
2589    else if ( SwapCode == 3412 ) 
2590    {
2591       SwapCode = 2143;
2592    }
2593    else if ( SwapCode == 2143 )
2594    {
2595       SwapCode = 3412;
2596    }
2597 }
2598
2599 /**
2600  * \brief  during parsing, Header Elements too long are not loaded in memory 
2601  * @param newSize
2602  */
2603 void Document::SetMaxSizeLoadEntry(long newSize) 
2604 {
2605    if ( newSize < 0 )
2606    {
2607       return;
2608    }
2609    if ((uint32_t)newSize >= (uint32_t)0xffffffff )
2610    {
2611       MaxSizeLoadEntry = 0xffffffff;
2612       return;
2613    }
2614    MaxSizeLoadEntry = newSize;
2615 }
2616
2617
2618 /**
2619  * \brief Header Elements too long will not be printed
2620  * \todo  See comments of \ref Document::MAX_SIZE_PRINT_ELEMENT_VALUE 
2621  * @param newSize
2622  */
2623 void Document::SetMaxSizePrintEntry(long newSize) 
2624 {
2625    //DOH !! This is exactly SetMaxSizeLoadEntry FIXME FIXME
2626    if ( newSize < 0 )
2627    {
2628       return;
2629    }
2630    if ((uint32_t)newSize >= (uint32_t)0xffffffff )
2631    {
2632       MaxSizePrintEntry = 0xffffffff;
2633       return;
2634    }
2635    MaxSizePrintEntry = newSize;
2636 }
2637
2638
2639
2640 /**
2641  * \brief   Handle broken private tag from Philips NTSCAN
2642  *          where the endianess is being switch to BigEndian for no
2643  *          apparent reason
2644  * @return  no return
2645  */
2646 void Document::HandleBrokenEndian(uint16_t group, uint16_t elem)
2647 {
2648    // Endian reversion. Some files contain groups of tags with reversed endianess.
2649    static int reversedEndian = 0;
2650    // try to fix endian switching in the middle of headers
2651    if ((group == 0xfeff) && (elem == 0x00e0))
2652    {
2653      // start endian swap mark for group found
2654      reversedEndian++;
2655      SwitchSwapToBigEndian();
2656      // fix the tag
2657      group = 0xfffe;
2658      elem = 0xe000;
2659    } 
2660    else if ((group == 0xfffe) && (elem == 0xe00d) && reversedEndian) 
2661    {
2662      // end of reversed endian group
2663      reversedEndian--;
2664      SwitchSwapToBigEndian();
2665    }
2666
2667 }
2668
2669 /**
2670  * \brief   Read the next tag but WITHOUT loading it's value
2671  *          (read the 'Group Number', the 'Element Number',
2672  *           gets the Dict Entry
2673  *          gets the VR, gets the length, gets the offset value)
2674  * @return  On succes the newly created DocEntry, NULL on failure.      
2675  */
2676 DocEntry* Document::ReadNextDocEntry()
2677 {
2678    uint16_t group;
2679    uint16_t elem;
2680
2681    try
2682    {
2683       group = ReadInt16();
2684       elem  = ReadInt16();
2685    }
2686    catch ( FormatError e )
2687    {
2688       // We reached the EOF (or an error occured) therefore 
2689       // header parsing has to be considered as finished.
2690       //std::cout << e;
2691       return 0;
2692    }
2693
2694    HandleBrokenEndian(group, elem);
2695    DocEntry *newEntry = NewDocEntryByNumber(group, elem);
2696    FindDocEntryVR(newEntry);
2697
2698    try
2699    {
2700       FindDocEntryLength(newEntry);
2701    }
2702    catch ( FormatError e )
2703    {
2704       // Call it quits
2705       //std::cout << e;
2706       delete newEntry;
2707       return 0;
2708    }
2709
2710    newEntry->SetOffset(Fp->tellg());  
2711
2712    return newEntry;
2713 }
2714
2715
2716 /**
2717  * \brief   Generate a free TagKey i.e. a TagKey that is not present
2718  *          in the TagHt dictionary.
2719  * @param   group The generated tag must belong to this group.  
2720  * @return  The element of tag with given group which is fee.
2721  */
2722 uint32_t Document::GenerateFreeTagKeyInGroup(uint16_t group) 
2723 {
2724    for (uint32_t elem = 0; elem < UINT32_MAX; elem++) 
2725    {
2726       TagKey key = DictEntry::TranslateToKey(group, elem);
2727       if (TagHT.count(key) == 0)
2728       {
2729          return elem;
2730       }
2731    }
2732    return UINT32_MAX;
2733 }
2734
2735 /**
2736  * \brief   Assuming the internal file pointer \ref Document::Fp 
2737  *          is placed at the beginning of a tag check whether this
2738  *          tag is (TestGroup, TestElement).
2739  * \warning On success the internal file pointer \ref Document::Fp
2740  *          is modified to point after the tag.
2741  *          On failure (i.e. when the tag wasn't the expected tag
2742  *          (TestGroup, TestElement) the internal file pointer
2743  *          \ref Document::Fp is restored to it's original position.
2744  * @param   testGroup   The expected group of the tag.
2745  * @param   testElement The expected Element of the tag.
2746  * @return  True on success, false otherwise.
2747  */
2748 bool Document::ReadTag(uint16_t testGroup, uint16_t testElement)
2749 {
2750    long positionOnEntry = Fp->tellg();
2751    long currentPosition = Fp->tellg();          // On debugging purposes
2752
2753    //// Read the Item Tag group and element, and make
2754    // sure they are what we expected:
2755    uint16_t itemTagGroup;
2756    uint16_t itemTagElement;
2757    try
2758    {
2759       itemTagGroup   = ReadInt16();
2760       itemTagElement = ReadInt16();
2761    }
2762    catch ( FormatError e )
2763    {
2764       //std::cerr << e << std::endl;
2765       return false;
2766    }
2767    if ( itemTagGroup != testGroup || itemTagElement != testElement )
2768    {
2769       std::ostringstream s;
2770       s << "   We should have found tag (";
2771       s << std::hex << testGroup << "," << testElement << ")" << std::endl;
2772       s << "   but instead we encountered tag (";
2773       s << std::hex << itemTagGroup << "," << itemTagElement << ")"
2774         << std::endl;
2775       s << "  at address: " << (unsigned)currentPosition << std::endl;
2776       dbg.Verbose(0, "Document::ReadItemTagLength: wrong Item Tag found:");
2777       dbg.Verbose(0, s.str().c_str());
2778       Fp->seekg(positionOnEntry, std::ios_base::beg);
2779
2780       return false;
2781    }
2782    return true;
2783 }
2784
2785 /**
2786  * \brief   Assuming the internal file pointer \ref Document::Fp 
2787  *          is placed at the beginning of a tag (TestGroup, TestElement),
2788  *          read the length associated to the Tag.
2789  * \warning On success the internal file pointer \ref Document::Fp
2790  *          is modified to point after the tag and it's length.
2791  *          On failure (i.e. when the tag wasn't the expected tag
2792  *          (TestGroup, TestElement) the internal file pointer
2793  *          \ref Document::Fp is restored to it's original position.
2794  * @param   testGroup   The expected group of the tag.
2795  * @param   testElement The expected Element of the tag.
2796  * @return  On success returns the length associated to the tag. On failure
2797  *          returns 0.
2798  */
2799 uint32_t Document::ReadTagLength(uint16_t testGroup, uint16_t testElement)
2800 {
2801    long positionOnEntry = Fp->tellg();
2802    (void)positionOnEntry;
2803
2804    if ( !ReadTag(testGroup, testElement) )
2805    {
2806       return 0;
2807    }
2808                                                                                 
2809    //// Then read the associated Item Length
2810    long currentPosition = Fp->tellg();
2811    uint32_t itemLength  = ReadInt32();
2812    {
2813       std::ostringstream s;
2814       s << "Basic Item Length is: "
2815         << itemLength << std::endl;
2816       s << "  at address: " << (unsigned)currentPosition << std::endl;
2817       dbg.Verbose(0, "Document::ReadItemTagLength: ", s.str().c_str());
2818    }
2819    return itemLength;
2820 }
2821
2822 /**
2823  * \brief When parsing the Pixel Data of an encapsulated file, read
2824  *        the basic offset table (when present, and BTW dump it).
2825  */
2826 void Document::ReadAndSkipEncapsulatedBasicOffsetTable()
2827 {
2828    //// Read the Basic Offset Table Item Tag length...
2829    uint32_t itemLength = ReadTagLength(0xfffe, 0xe000);
2830
2831    // When present, read the basic offset table itself.
2832    // Notes: - since the presence of this basic offset table is optional
2833    //          we can't rely on it for the implementation, and we will simply
2834    //          trash it's content (when present).
2835    //        - still, when present, we could add some further checks on the
2836    //          lengths, but we won't bother with such fuses for the time being.
2837    if ( itemLength != 0 )
2838    {
2839       char* basicOffsetTableItemValue = new char[itemLength + 1];
2840       Fp->read(basicOffsetTableItemValue, itemLength);
2841
2842 #ifdef GDCM_DEBUG
2843       for (unsigned int i=0; i < itemLength; i += 4 )
2844       {
2845          uint32_t individualLength = str2num( &basicOffsetTableItemValue[i],
2846                                               uint32_t);
2847          std::ostringstream s;
2848          s << "   Read one length: ";
2849          s << std::hex << individualLength << std::endl;
2850          dbg.Verbose(0,
2851                      "Document::ReadAndSkipEncapsulatedBasicOffsetTable: ",
2852                      s.str().c_str());
2853       }
2854 #endif //GDCM_DEBUG
2855
2856       delete[] basicOffsetTableItemValue;
2857    }
2858 }
2859
2860 /**
2861  * \brief Parse pixel data from disk of [multi-]fragment RLE encoding.
2862  *        Compute the RLE extra information and store it in \ref RLEInfo
2863  *        for later pixel retrieval usage.
2864  */
2865 void Document::ComputeRLEInfo()
2866 {
2867    TransferSyntaxType ts = GetTransferSyntax();
2868    if ( ts != RLELossless )
2869    {
2870       return;
2871    }
2872
2873    // Encoded pixel data: for the time being we are only concerned with
2874    // Jpeg or RLE Pixel data encodings.
2875    // As stated in PS 3.5-2003, section 8.2 p44:
2876    // "If sent in Encapsulated Format (i.e. other than the Native Format) the
2877    //  value representation OB is used".
2878    // Hence we expect an OB value representation. Concerning OB VR,
2879    // the section PS 3.5-2003, section A.4.c p 58-59, states:
2880    // "For the Value Representations OB and OW, the encoding shall meet the
2881    //   following specifications depending on the Data element tag:"
2882    //   [...snip...]
2883    //    - the first item in the sequence of items before the encoded pixel
2884    //      data stream shall be basic offset table item. The basic offset table
2885    //      item value, however, is not required to be present"
2886
2887    ReadAndSkipEncapsulatedBasicOffsetTable();
2888
2889    // Encapsulated RLE Compressed Images (see PS 3.5-2003, Annex G)
2890    // Loop on the individual frame[s] and store the information
2891    // on the RLE fragments in a RLEFramesInfo.
2892    // Note: - when only a single frame is present, this is a
2893    //         classical image.
2894    //       - when more than one frame are present, then we are in 
2895    //         the case of a multi-frame image.
2896    long frameLength;
2897    while ( (frameLength = ReadTagLength(0xfffe, 0xe000)) )
2898    { 
2899       // Parse the RLE Header and store the corresponding RLE Segment
2900       // Offset Table information on fragments of this current Frame.
2901       // Note that the fragment pixels themselves are not loaded
2902       // (but just skipped).
2903       long frameOffset = Fp->tellg();
2904
2905       uint32_t nbRleSegments = ReadInt32();
2906       if ( nbRleSegments > 16 )
2907       {
2908          // There should be at most 15 segments (refer to RLEFrame class)
2909          dbg.Verbose(0, "Document::ComputeRLEInfo: too many segments.");
2910       }
2911  
2912       uint32_t rleSegmentOffsetTable[15];
2913       for( int k = 1; k <= 15; k++ )
2914       {
2915          rleSegmentOffsetTable[k] = ReadInt32();
2916       }
2917
2918       // Deduce from both the RLE Header and the frameLength the
2919       // fragment length, and again store this info in a
2920       // RLEFramesInfo.
2921       long rleSegmentLength[15];
2922       // skipping (not reading) RLE Segments
2923       if ( nbRleSegments > 1)
2924       {
2925          for(unsigned int k = 1; k <= nbRleSegments-1; k++)
2926          {
2927              rleSegmentLength[k] =  rleSegmentOffsetTable[k+1]
2928                                   - rleSegmentOffsetTable[k];
2929              SkipBytes(rleSegmentLength[k]);
2930           }
2931        }
2932
2933        rleSegmentLength[nbRleSegments] = frameLength 
2934                                       - rleSegmentOffsetTable[nbRleSegments];
2935        SkipBytes(rleSegmentLength[nbRleSegments]);
2936
2937        // Store the collected info
2938        RLEFrame* newFrameInfo = new RLEFrame;
2939        newFrameInfo->NumberFragments = nbRleSegments;
2940        for( unsigned int uk = 1; uk <= nbRleSegments; uk++ )
2941        {
2942           newFrameInfo->Offset[uk] = frameOffset + rleSegmentOffsetTable[uk];
2943           newFrameInfo->Length[uk] = rleSegmentLength[uk];
2944        }
2945        RLEInfo->Frames.push_back( newFrameInfo );
2946    }
2947
2948    // Make sure that at the end of the item we encounter a 'Sequence
2949    // Delimiter Item':
2950    if ( !ReadTag(0xfffe, 0xe0dd) )
2951    {
2952       dbg.Verbose(0, "Document::ComputeRLEInfo: no sequence delimiter ");
2953       dbg.Verbose(0, "    item at end of RLE item sequence");
2954    }
2955 }
2956
2957 /**
2958  * \brief Parse pixel data from disk of [multi-]fragment Jpeg encoding.
2959  *        Compute the jpeg extra information (fragment[s] offset[s] and
2960  *        length) and store it[them] in \ref JPEGInfo for later pixel
2961  *        retrieval usage.
2962  */
2963 void Document::ComputeJPEGFragmentInfo()
2964 {
2965    // If you need to, look for comments of ComputeRLEInfo().
2966    if ( ! IsJPEG() )
2967    {
2968       return;
2969    }
2970
2971    ReadAndSkipEncapsulatedBasicOffsetTable();
2972
2973    // Loop on the fragments[s] and store the parsed information in a
2974    // JPEGInfo.
2975    long fragmentLength;
2976    while ( (fragmentLength = ReadTagLength(0xfffe, 0xe000)) )
2977    { 
2978       long fragmentOffset = Fp->tellg();
2979
2980        // Store the collected info
2981        JPEGFragment* newFragment = new JPEGFragment;
2982        newFragment->Offset = fragmentOffset;
2983        newFragment->Length = fragmentLength;
2984        JPEGInfo->Fragments.push_back( newFragment );
2985
2986        SkipBytes( fragmentLength );
2987    }
2988
2989    // Make sure that at the end of the item we encounter a 'Sequence
2990    // Delimiter Item':
2991    if ( !ReadTag(0xfffe, 0xe0dd) )
2992    {
2993       dbg.Verbose(0, "Document::ComputeRLEInfo: no sequence delimiter ");
2994       dbg.Verbose(0, "    item at end of JPEG item sequence");
2995    }
2996 }
2997
2998 /**
2999  * \brief Walk recursively the given \ref DocEntrySet, and feed
3000  *        the given hash table (\ref TagDocEntryHT) with all the
3001  *        \ref DocEntry (Dicom entries) encountered.
3002  *        This method does the job for \ref BuildFlatHashTable.
3003  * @param builtHT Where to collect all the \ref DocEntry encountered
3004  *        when recursively walking the given set.
3005  * @param set The structure to be traversed (recursively).
3006  */
3007 void Document::BuildFlatHashTableRecurse( TagDocEntryHT& builtHT,
3008                                           DocEntrySet* set )
3009
3010    if (ElementSet* elementSet = dynamic_cast< ElementSet* > ( set ) )
3011    {
3012       TagDocEntryHT const & currentHT = elementSet->GetTagHT();
3013       for( TagDocEntryHT::const_iterator i  = currentHT.begin();
3014                                          i != currentHT.end();
3015                                        ++i)
3016       {
3017          DocEntry* entry = i->second;
3018          if ( SeqEntry* seqEntry = dynamic_cast<SeqEntry*>(entry) )
3019          {
3020             const ListSQItem& items = seqEntry->GetSQItems();
3021             for( ListSQItem::const_iterator item  = items.begin();
3022                                             item != items.end();
3023                                           ++item)
3024             {
3025                BuildFlatHashTableRecurse( builtHT, *item );
3026             }
3027             continue;
3028          }
3029          builtHT[entry->GetKey()] = entry;
3030       }
3031       return;
3032     }
3033
3034    if (SQItem* SQItemSet = dynamic_cast< SQItem* > ( set ) )
3035    {
3036       const ListDocEntry& currentList = SQItemSet->GetDocEntries();
3037       for (ListDocEntry::const_iterator i  = currentList.begin();
3038                                         i != currentList.end();
3039                                       ++i)
3040       {
3041          DocEntry* entry = *i;
3042          if ( SeqEntry* seqEntry = dynamic_cast<SeqEntry*>(entry) )
3043          {
3044             const ListSQItem& items = seqEntry->GetSQItems();
3045             for( ListSQItem::const_iterator item  = items.begin();
3046                                             item != items.end();
3047                                           ++item)
3048             {
3049                BuildFlatHashTableRecurse( builtHT, *item );
3050             }
3051             continue;
3052          }
3053          builtHT[entry->GetKey()] = entry;
3054       }
3055
3056    }
3057 }
3058
3059 /**
3060  * \brief Build a \ref TagDocEntryHT (i.e. a std::map<>) from the current
3061  *        Document.
3062  *
3063  *        The structure used by a Document (through \ref ElementSet),
3064  *        in order to old the parsed entries of a Dicom header, is a recursive
3065  *        one. This is due to the fact that the sequences (when present)
3066  *        can be nested. Additionaly, the sequence items (represented in
3067  *        gdcm as \ref SQItem) add an extra complexity to the data
3068  *        structure. Hence, a gdcm user whishing to visit all the entries of
3069  *        a Dicom header will need to dig in the gdcm internals (which
3070  *        implies exposing all the internal data structures to the API).
3071  *        In order to avoid this burden to the user, \ref BuildFlatHashTable
3072  *        recursively builds a temporary hash table, which holds all the
3073  *        Dicom entries in a flat structure (a \ref TagDocEntryHT i.e. a
3074  *        std::map<>).
3075  * \warning Of course there is NO integrity constrain between the 
3076  *        returned \ref TagDocEntryHT and the \ref ElementSet used
3077  *        to build it. Hence if the underlying \ref ElementSet is
3078  *        altered, then it is the caller responsability to invoke 
3079  *        \ref BuildFlatHashTable again...
3080  * @return The flat std::map<> we juste build.
3081  */
3082 TagDocEntryHT* Document::BuildFlatHashTable()
3083 {
3084    TagDocEntryHT* FlatHT = new TagDocEntryHT;
3085    BuildFlatHashTableRecurse( *FlatHT, this );
3086    return FlatHT;
3087 }
3088
3089
3090
3091 /**
3092  * \brief   Compares two documents, according to \ref DicomDir rules
3093  * \warning Does NOT work with ACR-NEMA files
3094  * \todo    Find a trick to solve the pb (use RET fields ?)
3095  * @param   document
3096  * @return  true if 'smaller'
3097  */
3098 bool Document::operator<(Document &document)
3099 {
3100    // Patient Name
3101    std::string s1 = GetEntryByNumber(0x0010,0x0010);
3102    std::string s2 = document.GetEntryByNumber(0x0010,0x0010);
3103    if(s1 < s2)
3104    {
3105       return true;
3106    }
3107    else if( s1 > s2 )
3108    {
3109       return false;
3110    }
3111    else
3112    {
3113       // Patient ID
3114       s1 = GetEntryByNumber(0x0010,0x0020);
3115       s2 = document.GetEntryByNumber(0x0010,0x0020);
3116       if ( s1 < s2 )
3117       {
3118          return true;
3119       }
3120       else if ( s1 > s2 )
3121       {
3122          return false;
3123       }
3124       else
3125       {
3126          // Study Instance UID
3127          s1 = GetEntryByNumber(0x0020,0x000d);
3128          s2 = document.GetEntryByNumber(0x0020,0x000d);
3129          if ( s1 < s2 )
3130          {
3131             return true;
3132          }
3133          else if( s1 > s2 )
3134          {
3135             return false;
3136          }
3137          else
3138          {
3139             // Serie Instance UID
3140             s1 = GetEntryByNumber(0x0020,0x000e);
3141             s2 = document.GetEntryByNumber(0x0020,0x000e);    
3142             if ( s1 < s2 )
3143             {
3144                return true;
3145             }
3146             else if( s1 > s2 )
3147             {
3148                return false;
3149             }
3150          }
3151       }
3152    }
3153    return false;
3154 }
3155
3156 } // end namespace gdcm
3157
3158 //-----------------------------------------------------------------------------