]> Creatis software - gdcm.git/blob - src/gdcmDocument.cxx
FIX: Some unused var, just (void)'ing them
[gdcm.git] / src / gdcmDocument.cxx
1 /*=========================================================================
2                                                                                 
3   Program:   gdcm
4   Module:    $RCSfile: gdcmDocument.cxx,v $
5   Language:  C++
6   Date:      $Date: 2004/09/22 01:01:36 $
7   Version:   $Revision: 1.85 $
8                                                                                 
9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.htm for details.
12                                                                                 
13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
16                                                                                 
17 =========================================================================*/
18
19 #include "gdcmDocument.h"
20 #include "gdcmValEntry.h"
21 #include "gdcmBinEntry.h"
22 #include "gdcmSeqEntry.h"
23
24 #include "gdcmGlobal.h"
25 #include "gdcmUtil.h"
26 #include "gdcmDebug.h"
27
28 #include <vector>
29
30 // For nthos:
31 #ifdef _MSC_VER
32    #include <winsock.h>
33 #else
34    #include <netinet/in.h>
35 #endif
36
37 #  include <iomanip>
38
39 // Implicit VR Little Endian
40 #define UI1_2_840_10008_1_2      "1.2.840.10008.1.2"
41 // Explicit VR Little Endian
42 #define UI1_2_840_10008_1_2_1    "1.2.840.10008.1.2.1"
43 // Deflated Explicit VR Little Endian
44 #define UI1_2_840_10008_1_2_1_99 "1.2.840.10008.1.2.1.99"
45 // Explicit VR Big Endian
46 #define UI1_2_840_10008_1_2_2    "1.2.840.10008.1.2.2"
47 // JPEG Baseline (Process 1)
48 #define UI1_2_840_10008_1_2_4_50 "1.2.840.10008.1.2.4.50"
49 // JPEG Extended (Process 2 & 4)
50 #define UI1_2_840_10008_1_2_4_51 "1.2.840.10008.1.2.4.51"
51 // JPEG Extended (Process 3 & 5)
52 #define UI1_2_840_10008_1_2_4_52 "1.2.840.10008.1.2.4.52"
53 // JPEG Spectral Selection, Non-Hierarchical (Process 6 & 8)
54 #define UI1_2_840_10008_1_2_4_53 "1.2.840.10008.1.2.4.53"
55 // JPEG Full Progression, Non-Hierarchical (Process 10 & 12)
56 #define UI1_2_840_10008_1_2_4_55 "1.2.840.10008.1.2.4.55"
57 // JPEG Lossless, Non-Hierarchical (Process 14)
58 #define UI1_2_840_10008_1_2_4_57 "1.2.840.10008.1.2.4.57"
59 // JPEG Lossless, Hierarchical, First-Order Prediction (Process 14,
60 // [Selection Value 1])
61 #define UI1_2_840_10008_1_2_4_70 "1.2.840.10008.1.2.4.70"
62 // JPEG 2000 Lossless
63 #define UI1_2_840_10008_1_2_4_90 "1.2.840.10008.1.2.4.90"
64 // JPEG 2000
65 #define UI1_2_840_10008_1_2_4_91 "1.2.840.10008.1.2.4.91"
66 // RLE Lossless
67 #define UI1_2_840_10008_1_2_5    "1.2.840.10008.1.2.5"
68 // UI1_1_2_840_10008_1_2_5
69 #define str2num(str, typeNum) *((typeNum *)(str))
70
71 //-----------------------------------------------------------------------------
72 // Refer to gdcmDocument::CheckSwap()
73 const unsigned int gdcmDocument::HEADER_LENGTH_TO_READ = 256;
74
75 // Refer to gdcmDocument::SetMaxSizeLoadEntry()
76 const unsigned int gdcmDocument::MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE = 0xfff; // 4096
77 const unsigned int gdcmDocument::MAX_SIZE_PRINT_ELEMENT_VALUE = 0x7fffffff;
78
79 //-----------------------------------------------------------------------------
80 // Constructor / Destructor
81
82 /**
83  * \brief   constructor  
84  * @param   filename file to be opened for parsing
85  */
86 gdcmDocument::gdcmDocument( std::string const & filename ) 
87               : gdcmElementSet(-1)
88 {
89    SetMaxSizeLoadEntry(MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE); 
90    Filename = filename;
91    Initialise();
92
93    if ( !OpenFile() )
94    {
95       return;
96    }
97
98    dbg.Verbose(0, "gdcmDocument::gdcmDocument: starting parsing of file: ",
99                   Filename.c_str());
100    rewind(Fp);
101    
102    fseek(Fp,0L,SEEK_END);
103    long lgt = ftell(Fp);    
104            
105    rewind(Fp);
106    CheckSwap();
107    long beg = ftell(Fp);
108    lgt -= beg;
109    
110    (void)ParseDES( this, beg, lgt, false); // le Load sera fait a la volee
111
112    rewind(Fp);
113    
114    // Load 'non string' values
115       
116    std::string PhotometricInterpretation = GetEntryByNumber(0x0028,0x0004);   
117    if( PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR " )
118    {
119       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1200);  // gray LUT   
120       /// FIXME FIXME FIXME
121       /// The tags refered by the three following lines used to be CORRECTLY
122       /// defined as having an US Value Representation in the public
123       /// dictionnary. BUT the semantics implied by the three following
124       /// lines state that the corresponding tag contents are in fact
125       /// the ones of a gdcmBinEntry.
126       /// In order to fix things "Quick and Dirty" the dictionnary was
127       /// altered on PURPOUS but now contains a WRONG value.
128       /// In order to fix things and restore the dictionary to its
129       /// correct value, one needs to decided of the semantics by deciding
130       /// wether the following tags are either:
131       /// - multivaluated US, and hence loaded as gdcmValEntry, but afterwards
132       ///   also used as gdcmBinEntry, which requires the proper conversion,
133       /// - OW, and hence loaded as gdcmBinEntry, but afterwards also used
134       ///   as gdcmValEntry, which requires the proper conversion.
135       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1201);  // R    LUT
136       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1202);  // G    LUT
137       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1203);  // B    LUT
138       
139       // Segmented Red   Palette Color LUT Data
140       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1221);
141       // Segmented Green Palette Color LUT Data
142       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1222);
143       // Segmented Blue  Palette Color LUT Data
144       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1223);
145    } 
146    //FIXME later : how to use it?
147    LoadEntryVoidArea(0x0028,0x3006);  //LUT Data (CTX dependent) 
148
149    CloseFile(); 
150   
151    // --------------------------------------------------------------
152    // Specific code to allow gdcm to read ACR-LibIDO formated images
153    // Note: ACR-LibIDO is an extension of the ACR standard that was
154    //       used at CREATIS. For the time being (say a couple years)
155    //       we keep this kludge to allow a smooth move to gdcm for
156    //       CREATIS developpers (sorry folks).
157    //
158    // if recognition code tells us we deal with a LibIDO image
159    // we switch lineNumber and columnNumber
160    //
161    std::string RecCode;
162    RecCode = GetEntryByNumber(0x0008, 0x0010); // recognition code
163    if (RecCode == "ACRNEMA_LIBIDO_1.1" ||
164        RecCode == "CANRME_AILIBOD1_1." )  // for brain-damaged softwares
165                                           // with "little-endian strings"
166    {
167          Filetype = gdcmACR_LIBIDO; 
168          std::string rows    = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0010);
169          std::string columns = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0011);
170          SetEntryByNumber(columns, 0x0028, 0x0010);
171          SetEntryByNumber(rows   , 0x0028, 0x0011);
172    }
173    // ----------------- End of ACR-LibIDO kludge ------------------ 
174
175    PrintLevel = 1;  // 'Medium' print level by default
176 }
177
178 /**
179  * \brief This default constructor doesn't parse the file. You should
180  *        then invoke \ref gdcmDocument::SetFileName and then the parsing.
181  */
182 gdcmDocument::gdcmDocument() 
183              :gdcmElementSet(-1)
184 {
185    SetMaxSizeLoadEntry(MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE);
186    Initialise();
187    PrintLevel = 1;  // 'Medium' print level by default
188 }
189
190 /**
191  * \brief   Canonical destructor.
192  */
193 gdcmDocument::~gdcmDocument ()
194 {
195    RefPubDict = NULL;
196    RefShaDict = NULL;
197
198    // Recursive clean up of sequences
199    for (TagDocEntryHT::const_iterator it = TagHT.begin(); 
200                                       it != TagHT.end(); ++it )
201    { 
202       //delete it->second; //temp remove
203    }
204    TagHT.clear();
205 }
206
207 //-----------------------------------------------------------------------------
208 // Print
209
210 /**
211   * \brief   Prints The Dict Entries of THE public Dicom Dictionary
212   * @return
213   */  
214 void gdcmDocument::PrintPubDict(std::ostream & os)
215 {
216    RefPubDict->Print(os);
217 }
218
219 /**
220   * \brief   Prints The Dict Entries of THE shadow Dicom Dictionary
221   * @return
222   */
223 void gdcmDocument::PrintShaDict(std::ostream & os)
224 {
225    RefShaDict->Print(os);
226 }
227
228 //-----------------------------------------------------------------------------
229 // Public
230 /**
231  * \brief   Get the public dictionary used
232  */
233 gdcmDict *gdcmDocument::GetPubDict()
234 {
235    return RefPubDict;
236 }
237
238 /**
239  * \brief   Get the shadow dictionary used
240  */
241 gdcmDict *gdcmDocument::GetShaDict()
242 {
243    return RefShaDict;
244 }
245
246 /**
247  * \brief   Set the shadow dictionary used
248  * \param   dict dictionary to use in shadow
249  */
250 bool gdcmDocument::SetShaDict(gdcmDict *dict)
251 {
252    RefShaDict = dict;
253    return !RefShaDict;
254 }
255
256 /**
257  * \brief   Set the shadow dictionary used
258  * \param   dictName name of the dictionary to use in shadow
259  */
260 bool gdcmDocument::SetShaDict(DictKey const & dictName)
261 {
262    RefShaDict = gdcmGlobal::GetDicts()->GetDict(dictName);
263    return !RefShaDict;
264 }
265
266 /**
267  * \brief  This predicate, based on hopefully reasonable heuristics,
268  *         decides whether or not the current gdcmDocument was properly parsed
269  *         and contains the mandatory information for being considered as
270  *         a well formed and usable Dicom/Acr File.
271  * @return true when gdcmDocument is the one of a reasonable Dicom/Acr file,
272  *         false otherwise. 
273  */
274 bool gdcmDocument::IsReadable()
275 {
276    if( Filetype == gdcmUnknown)
277    {
278       dbg.Verbose(0, "gdcmDocument::IsReadable: wrong filetype");
279       return false;
280    }
281
282    if( TagHT.empty() )
283    {
284       dbg.Verbose(0, "gdcmDocument::IsReadable: no tags in internal"
285                      " hash table.");
286       return false;
287    }
288
289    return true;
290 }
291
292
293 /**
294  * \brief   Internal function that checks whether the Transfer Syntax given
295  *          as argument is the one present in the current document.
296  * @param   syntaxToCheck The transfert syntax we need to check against.
297  * @return  True when SyntaxToCheck corresponds to the Transfer Syntax of
298  *          the current document. False either when the document contains
299  *          no Transfer Syntax, or when the Tranfer Syntaxes doesn't match.
300  */
301 bool gdcmDocument::IsGivenTransferSyntax(std::string const & syntaxToCheck)
302 {
303    gdcmDocEntry *entry = GetDocEntryByNumber(0x0002, 0x0010);
304    if ( !entry )
305    {
306       return false;
307    }
308
309    // The entry might be present but not loaded (parsing and loading
310    // happen at different stages): try loading and proceed with check...
311    LoadDocEntrySafe(entry);
312    if (gdcmValEntry* valEntry = dynamic_cast< gdcmValEntry* >(entry) )
313    {
314       std::string transfer = valEntry->GetValue();
315       // The actual transfer (as read from disk) might be padded. We
316       // first need to remove the potential padding. We can make the
317       // weak assumption that padding was not executed with digits...
318       if  ( transfer.length() == 0 ) { // for brain damaged headers
319          return false;
320       }
321       while ( ! isdigit(transfer[transfer.length()-1]) )
322       {
323          transfer.erase(transfer.length()-1, 1);
324       }
325       if ( transfer == syntaxToCheck )
326       {
327          return true;
328       }
329    }
330    return false;
331 }
332
333 /**
334  * \brief   Determines if the Transfer Syntax of the present document
335  *          corresponds to a Implicit Value Representation of 
336  *          Little Endian.
337  * \sa      \ref gdcmDocument::IsGivenTransferSyntax.
338  * @return  True when ImplicitVRLittleEndian found. False in all other cases.
339  */
340 bool gdcmDocument::IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax()
341 {
342    return IsGivenTransferSyntax(UI1_2_840_10008_1_2);
343 }
344
345 /**
346  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
347  *          and if it corresponds to a ExplicitVRLittleEndian one.
348  * @return  True when ExplicitVRLittleEndian found. False in all other cases.
349  */
350 bool gdcmDocument::IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax()
351 {
352    return IsGivenTransferSyntax(UI1_2_840_10008_1_2_1);
353 }
354
355 /**
356  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
357  *          and if it corresponds to a DeflatedExplicitVRLittleEndian one.
358  * @return  True when DeflatedExplicitVRLittleEndian found. False in all other cases.
359  */
360 bool gdcmDocument::IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax()
361 {
362    return IsGivenTransferSyntax(UI1_2_840_10008_1_2_1_99);
363 }
364
365 /**
366  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
367  *          and if it corresponds to a Explicit VR Big Endian one.
368  * @return  True when big endian found. False in all other cases.
369  */
370 bool gdcmDocument::IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax()
371 {
372    return IsGivenTransferSyntax(UI1_2_840_10008_1_2_2);
373 }
374
375 /**
376  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
377  *          and if it corresponds to a JPEGBaseLineProcess1 one.
378  * @return  True when JPEGBaseLineProcess1found. False in all other cases.
379  */
380 bool gdcmDocument::IsJPEGBaseLineProcess1TransferSyntax()
381 {
382    return IsGivenTransferSyntax(UI1_2_840_10008_1_2_4_50);
383 }
384                                                                                 
385 /**
386  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
387  *          and if it corresponds to a JPEGExtendedProcess2-4 one.
388  * @return  True when JPEGExtendedProcess2-4 found. False in all other cases.
389  */
390 bool gdcmDocument::IsJPEGExtendedProcess2_4TransferSyntax()
391 {
392    return IsGivenTransferSyntax(UI1_2_840_10008_1_2_4_51);
393 }
394                                                                                 
395 /**
396  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
397  *          and if it corresponds to a JPEGExtendeProcess3-5 one.
398  * @return  True when JPEGExtendedProcess3-5 found. False in all other cases.
399  */
400 bool gdcmDocument::IsJPEGExtendedProcess3_5TransferSyntax()
401 {
402    return IsGivenTransferSyntax(UI1_2_840_10008_1_2_4_52);
403 }
404
405 /**
406  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
407  *          and if it corresponds to a JPEGSpectralSelectionProcess6-8 one.
408  * @return  True when JPEGSpectralSelectionProcess6-8 found. False in all
409  *          other cases.
410  */
411 bool gdcmDocument::IsJPEGSpectralSelectionProcess6_8TransferSyntax()
412 {
413    return IsGivenTransferSyntax(UI1_2_840_10008_1_2_4_53);
414 }
415
416 /**
417  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
418  *          and if it corresponds to a RLE Lossless one.
419  * @return  True when RLE Lossless found. False in all
420  *          other cases.
421  */
422 bool gdcmDocument::IsRLELossLessTransferSyntax()
423 {
424    return IsGivenTransferSyntax(UI1_2_840_10008_1_2_5);
425 }
426
427 /**
428  * \brief  Determines if Transfer Syntax was already encountered
429  *          and if it corresponds to a JPEG Lossless one.
430  * @return  True when RLE Lossless found. False in all
431  *          other cases.
432  */
433  
434 bool gdcmDocument::IsJPEGLossless()
435 {
436    return (   IsGivenTransferSyntax(UI1_2_840_10008_1_2_4_55)
437            || IsGivenTransferSyntax(UI1_2_840_10008_1_2_4_57)
438            || IsGivenTransferSyntax(UI1_2_840_10008_1_2_4_70) );
439 }
440                                                                                 
441 /**
442  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
443  *          and if it corresponds to a JPEG2000 one
444  * @return  True when JPEG2000 (Lossly or LossLess) found. False in all
445  *          other cases.
446  */
447 bool gdcmDocument::IsJPEG2000()
448 {
449    return (   IsGivenTransferSyntax(UI1_2_840_10008_1_2_4_90)
450            || IsGivenTransferSyntax(UI1_2_840_10008_1_2_4_91) );
451 }
452
453 /**
454  * \brief   Predicate for dicom version 3 file.
455  * @return  True when the file is a dicom version 3.
456  */
457 bool gdcmDocument::IsDicomV3()
458 {
459    // Checking if Transfert Syntax exists is enough
460    // Anyway, it's to late check if the 'Preamble' was found ...
461    // And ... would it be a rich idea to check ?
462    // (some 'no Preamble' DICOM images exist !)
463    return GetDocEntryByNumber(0x0002, 0x0010) != NULL;
464 }
465
466 /**
467  * \brief  returns the File Type 
468  *         (ACR, ACR_LIBIDO, ExplicitVR, ImplicitVR, Unknown)
469  * @return the FileType code
470  */
471 FileType gdcmDocument::GetFileType()
472 {
473    return Filetype;
474 }
475
476 /**
477  * \brief  Tries to open the file \ref gdcmDocument::Filename and
478  *         checks the preamble when existing.
479  * @return The FILE pointer on success. 
480  */
481 FILE* gdcmDocument::OpenFile()
482 {
483    Fp = fopen(Filename.c_str(),"rb");
484
485    if(!Fp)
486    {
487       dbg.Verbose( 0,
488                    "gdcmDocument::OpenFile cannot open file: ",
489                    Filename.c_str());
490       return 0;
491    }
492  
493    uint16_t zero;
494    fread(&zero,  (size_t)2, (size_t)1, Fp);
495  
496    //ACR -- or DICOM with no Preamble --
497    if( zero == 0x0008 || zero == 0x0800 || zero == 0x0002 || zero == 0x0200 )
498    {
499       return Fp;
500    }
501  
502    //DICOM
503    fseek(Fp, 126L, SEEK_CUR);
504    char dicm[4];
505    fread(dicm,  (size_t)4, (size_t)1, Fp);
506    if( memcmp(dicm, "DICM", 4) == 0 )
507    {
508       return Fp;
509    }
510  
511    fclose(Fp);
512    dbg.Verbose( 0,
513                 "gdcmDocument::OpenFile not DICOM/ACR (missing preamble)",
514                 Filename.c_str());
515  
516    return 0;
517 }
518
519 /**
520  * \brief closes the file  
521  * @return  TRUE if the close was successfull 
522  */
523 bool gdcmDocument::CloseFile()
524 {
525   int closed = fclose(Fp);
526   Fp = 0;
527
528   return closed;
529 }
530
531 /**
532  * \brief Writes in a file all the Header Entries (Dicom Elements) 
533  * @param fp file pointer on an already open file
534  * @param filetype Type of the File to be written 
535  *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
536  * \return Always true.
537  */
538 void gdcmDocument::Write(FILE* fp,FileType filetype)
539 {
540    /// \todo move the following lines (and a lot of others, to be written)
541    /// to a future function CheckAndCorrectHeader  
542    /// (necessary if user wants to write a DICOM V3 file
543    /// starting from an  ACR-NEMA (V2)  gdcmHeader
544
545    if (filetype == gdcmImplicitVR) 
546    {
547       std::string implicitVRTransfertSyntax = UI1_2_840_10008_1_2;
548       ReplaceOrCreateByNumber(implicitVRTransfertSyntax,0x0002, 0x0010);
549       
550       /// \todo Refer to standards on page 21, chapter 6.2
551       ///       "Value representation": values with a VR of UI shall be
552       ///       padded with a single trailing null
553       ///       in the following case we have to padd manually with a 0
554       
555       SetEntryLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010);
556    } 
557
558    if (filetype == gdcmExplicitVR)
559    {
560       std::string explicitVRTransfertSyntax = UI1_2_840_10008_1_2_1;
561       ReplaceOrCreateByNumber(explicitVRTransfertSyntax,0x0002, 0x0010);
562       
563       /// \todo Refer to standards on page 21, chapter 6.2
564       ///       "Value representation": values with a VR of UI shall be
565       ///       padded with a single trailing null
566       ///       Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0
567       
568       SetEntryLengthByNumber(20, 0x0002, 0x0010);
569    }
570   
571 /**
572  * \todo rewrite later, if really usefull
573  *       - 'Group Length' element is optional in DICOM
574  *       - but un-updated odd groups lengthes can causes pb
575  *         (xmedcon breaker)
576  *
577  * if ( (filetype == ImplicitVR) || (filetype == ExplicitVR) )
578  *    UpdateGroupLength(false,filetype);
579  * if ( filetype == ACR)
580  *    UpdateGroupLength(true,ACR);
581  */
582  
583    gdcmElementSet::Write(fp, filetype); // This one is recursive
584
585 }
586
587 /**
588  * \brief   Modifies the value of a given Header Entry (Dicom Element)
589  *          when it exists. Create it with the given value when unexistant.
590  * @param   value (string) Value to be set
591  * @param   group   Group number of the Entry 
592  * @param   elem  Element number of the Entry
593  * @param   VR  V(alue) R(epresentation) of the Entry -if private Entry-
594  * \return  pointer to the modified/created Header Entry (NULL when creation
595  *          failed).
596  */ 
597 gdcmValEntry * gdcmDocument::ReplaceOrCreateByNumber(
598                                          std::string const & value, 
599                                          uint16_t group, 
600                                          uint16_t elem,
601                                          std::string const & VR )
602 {
603    gdcmValEntry* valEntry = 0;
604    gdcmDocEntry* currentEntry = GetDocEntryByNumber( group, elem);
605    
606    if (!currentEntry)
607    {
608       // check if (group,element) DictEntry exists
609       // if it doesn't, create an entry in gdcmDictSet::VirtualEntry
610       // and use it
611
612    // Find out if the tag we received is in the dictionaries:
613       gdcmDict *pubDict = gdcmGlobal::GetDicts()->GetDefaultPubDict();
614       gdcmDictEntry *dictEntry = pubDict->GetDictEntryByNumber(group, elem);
615       if (!dictEntry)
616       {
617          currentEntry = NewDocEntryByNumber(group, elem,VR);
618       }
619       else
620       {
621          currentEntry = NewDocEntryByNumber(group, elem);
622       }
623
624       if (!currentEntry)
625       {
626          dbg.Verbose(0, "gdcmDocument::ReplaceOrCreateByNumber: call to"
627                         " NewDocEntryByNumber failed.");
628          return NULL;
629       }
630       valEntry = new gdcmValEntry(currentEntry);
631       if ( !AddEntry(valEntry))
632       {
633          dbg.Verbose(0, "gdcmDocument::ReplaceOrCreateByNumber: AddEntry"
634                         " failed allthough this is a creation.");
635       }
636    }
637    else
638    {
639       valEntry = dynamic_cast< gdcmValEntry* >(currentEntry);
640       if ( !valEntry ) // Euuuuh? It wasn't a ValEntry
641                        // then we change it to a ValEntry ?
642                        // Shouldn't it be considered as an error ?
643       {
644          // We need to promote the gdcmDocEntry to a gdcmValEntry:
645          valEntry = new gdcmValEntry(currentEntry);
646          if (!RemoveEntry(currentEntry))
647          {
648             dbg.Verbose(0, "gdcmDocument::ReplaceOrCreateByNumber: removal"
649                            " of previous DocEntry failed.");
650             return NULL;
651          }
652          if ( !AddEntry(valEntry))
653          {
654             dbg.Verbose(0, "gdcmDocument::ReplaceOrCreateByNumber: adding"
655                            " promoted ValEntry failed.");
656             return NULL;
657          }
658       }
659    }
660
661    SetEntryByNumber(value, group, elem);
662
663    return valEntry;
664 }   
665
666 /*
667  * \brief   Modifies the value of a given Header Entry (Dicom Element)
668  *          when it exists. Create it with the given value when unexistant.
669  * @param   voidArea (binary) value to be set
670  * @param   Group   Group number of the Entry 
671  * @param   Elem  Element number of the Entry
672  * \return  pointer to the modified/created Header Entry (NULL when creation
673  *          failed).
674  */
675 gdcmBinEntry * gdcmDocument::ReplaceOrCreateByNumber(
676                                          void *voidArea,
677                                          int lgth, 
678                                          uint16_t group, 
679                                          uint16_t elem,
680                                          std::string const & VR )
681 {
682    gdcmBinEntry* binEntry = 0;
683    gdcmDocEntry* currentEntry = GetDocEntryByNumber( group, elem);
684    if (!currentEntry)
685    {
686
687       // check if (group,element) DictEntry exists
688       // if it doesn't, create an entry in gdcmDictSet::VirtualEntry
689       // and use it
690
691    // Find out if the tag we received is in the dictionaries:
692       gdcmDict *pubDict = gdcmGlobal::GetDicts()->GetDefaultPubDict();
693       gdcmDictEntry *dictEntry = pubDict->GetDictEntryByNumber(group, elem);
694
695       if (!dictEntry)
696       {
697          currentEntry = NewDocEntryByNumber(group, elem,VR);
698       }
699       else
700       {
701          currentEntry = NewDocEntryByNumber(group, elem);
702       }
703       if (!currentEntry)
704       {
705          dbg.Verbose(0, "gdcmDocument::ReplaceOrCreateByNumber: call to"
706                         " NewDocEntryByNumber failed.");
707          return NULL;
708       }
709       binEntry = new gdcmBinEntry(currentEntry);
710       if ( !AddEntry(binEntry))
711       {
712          dbg.Verbose(0, "gdcmDocument::ReplaceOrCreateByNumber: AddEntry"
713                         " failed allthough this is a creation.");
714       }
715    }
716    else
717    {
718       binEntry = dynamic_cast< gdcmBinEntry* >(currentEntry);
719       if ( !binEntry ) // Euuuuh? It wasn't a BinEntry
720                        // then we change it to a BinEntry ?
721                        // Shouldn't it be considered as an error ?
722       {
723          // We need to promote the gdcmDocEntry to a gdcmBinEntry:
724          binEntry = new gdcmBinEntry(currentEntry);
725          if (!RemoveEntry(currentEntry))
726          {
727             dbg.Verbose(0, "gdcmDocument::ReplaceOrCreateByNumber: removal"
728                            " of previous DocEntry failed.");
729             return NULL;
730          }
731          if ( !AddEntry(binEntry))
732          {
733             dbg.Verbose(0, "gdcmDocument::ReplaceOrCreateByNumber: adding"
734                            " promoted BinEntry failed.");
735             return NULL;
736          }
737       }
738    }
739
740    SetEntryByNumber(voidArea, lgth, group, elem);
741
742    return binEntry;
743 }  
744
745
746 /*
747  * \brief   Modifies the value of a given Header Entry (Dicom Element)
748  *          when it exists. Create it when unexistant.
749  * @param   Group   Group number of the Entry 
750  * @param   Elem  Element number of the Entry
751  * \return  pointer to the modified/created SeqEntry (NULL when creation
752  *          failed).
753  */
754 gdcmSeqEntry * gdcmDocument::ReplaceOrCreateByNumber(
755                                          uint16_t group, 
756                                          uint16_t elem)
757 {
758    gdcmSeqEntry* b = 0;
759    gdcmDocEntry* a = GetDocEntryByNumber( group, elem);
760    if (!a)
761    {
762       a = NewSeqEntryByNumber(group, elem);
763       if (!a)
764       {
765          return 0;
766       }
767
768       b = new gdcmSeqEntry(a, 1); // FIXME : 1 (Depth)
769       AddEntry(b);
770    }   
771    return b;
772
773  
774 /**
775  * \brief Set a new value if the invoked element exists
776  *        Seems to be useless !!!
777  * @param value new element value
778  * @param group  group number of the Entry 
779  * @param elem element number of the Entry
780  * \return  boolean 
781  */
782 bool gdcmDocument::ReplaceIfExistByNumber(std::string const & value, 
783                                           uint16_t group, uint16_t elem ) 
784 {
785    SetEntryByNumber(value, group, elem);
786
787    return true;
788
789
790 //-----------------------------------------------------------------------------
791 // Protected
792
793 /**
794  * \brief   Checks if a given Dicom Element exists within the H table
795  * @param   group      Group number of the searched Dicom Element 
796  * @param   element  Element number of the searched Dicom Element 
797  * @return true is found
798  */
799 bool gdcmDocument::CheckIfEntryExistByNumber(uint16_t group, uint16_t element )
800 {
801    const std::string &key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element );
802    return TagHT.count(key);
803 }
804
805 /**
806  * \brief   Searches within Header Entries (Dicom Elements) parsed with 
807  *          the public and private dictionaries 
808  *          for the element value of a given tag.
809  * \warning Don't use any longer : use GetPubEntryByName
810  * @param   tagName name of the searched element.
811  * @return  Corresponding element value when it exists,
812  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
813  */
814 std::string gdcmDocument::GetEntryByName(TagName const & tagName)
815 {
816    gdcmDictEntry *dictEntry = RefPubDict->GetDictEntryByName(tagName); 
817    if( !dictEntry )
818    {
819       return GDCM_UNFOUND;
820    }
821
822    return GetEntryByNumber(dictEntry->GetGroup(),dictEntry->GetElement());
823 }
824
825 /**
826  * \brief   Searches within Header Entries (Dicom Elements) parsed with 
827  *          the public and private dictionaries 
828  *          for the element value representation of a given tag.
829  *
830  *          Obtaining the VR (Value Representation) might be needed by caller
831  *          to convert the string typed content to caller's native type 
832  *          (think of C++ vs Python). The VR is actually of a higher level
833  *          of semantics than just the native C++ type.
834  * @param   tagName name of the searched element.
835  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
836  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
837  */
838 std::string gdcmDocument::GetEntryVRByName(TagName const & tagName)
839 {
840    gdcmDictEntry *dictEntry = RefPubDict->GetDictEntryByName(tagName); 
841    if( dictEntry == NULL)
842    {
843       return GDCM_UNFOUND;
844    }
845
846    gdcmDocEntry* elem = GetDocEntryByNumber(dictEntry->GetGroup(),
847                                             dictEntry->GetElement());
848    return elem->GetVR();
849 }
850
851 /**
852  * \brief   Searches within Header Entries (Dicom Elements) parsed with 
853  *          the public and private dictionaries 
854  *          for the element value representation of a given tag.
855  * @param   group Group number of the searched tag.
856  * @param   element Element number of the searched tag.
857  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
858  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
859  */
860 std::string gdcmDocument::GetEntryByNumber(uint16_t group, uint16_t element)
861 {
862    gdcmTagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
863    /// \todo use map methods, instead of multimap JPR
864    if ( !TagHT.count(key))
865    {
866       return GDCM_UNFOUND;
867    }
868
869    return ((gdcmValEntry *)TagHT.find(key)->second)->GetValue();
870 }
871
872 /**
873  * \brief   Searches within Header Entries (Dicom Elements) parsed with 
874  *          the public and private dictionaries 
875  *          for the element value representation of a given tag..
876  *
877  *          Obtaining the VR (Value Representation) might be needed by caller
878  *          to convert the string typed content to caller's native type 
879  *          (think of C++ vs Python). The VR is actually of a higher level
880  *          of semantics than just the native C++ type.
881  * @param   group     Group number of the searched tag.
882  * @param   element Element number of the searched tag.
883  * @return  Corresponding element value representation when it exists,
884  *          and the string GDCM_UNFOUND ("gdcm::Unfound") otherwise.
885  */
886 std::string gdcmDocument::GetEntryVRByNumber(uint16_t group, uint16_t element)
887 {
888    gdcmDocEntry* elem = GetDocEntryByNumber(group, element);
889    if ( !elem )
890    {
891       return GDCM_UNFOUND;
892    }
893    return elem->GetVR();
894 }
895
896 /**
897  * \brief   Searches within Header Entries (Dicom Elements) parsed with 
898  *          the public and private dictionaries 
899  *          for the value length of a given tag..
900  * @param   group     Group number of the searched tag.
901  * @param   element Element number of the searched tag.
902  * @return  Corresponding element length; -2 if not found
903  */
904 int gdcmDocument::GetEntryLengthByNumber(uint16_t group, uint16_t element)
905 {
906    gdcmDocEntry* elem =  GetDocEntryByNumber(group, element);
907    if ( !elem )
908    {
909       return -2;  //magic number
910    }
911    return elem->GetLength();
912 }
913 /**
914  * \brief   Sets the value (string) of the Header Entry (Dicom Element)
915  * @param   content string value of the Dicom Element
916  * @param   tagName name of the searched Dicom Element.
917  * @return  true when found
918  */
919 bool gdcmDocument::SetEntryByName(std::string const & content,std::string const & tagName)
920 {
921    gdcmDictEntry *dictEntry = RefPubDict->GetDictEntryByName(tagName); 
922    if( !dictEntry )
923    {
924       return false;
925    }
926
927    return SetEntryByNumber(content,dictEntry->GetGroup(),
928                                    dictEntry->GetElement());
929 }
930
931 /**
932  * \brief   Accesses an existing gdcmDocEntry (i.e. a Dicom Element)
933  *          through it's (group, element) and modifies it's content with
934  *          the given value.
935  * @param   content new value (string) to substitute with
936  * @param   group     group number of the Dicom Element to modify
937  * @param   element element number of the Dicom Element to modify
938  */
939 bool gdcmDocument::SetEntryByNumber(std::string const & content, 
940                                     uint16_t group,
941                                     uint16_t element) 
942 {
943    int c;
944    int l;
945
946    gdcmValEntry* valEntry = GetValEntryByNumber(group, element);
947    if (!valEntry )
948    {
949       dbg.Verbose(0, "gdcmDocument::SetEntryByNumber: no corresponding",
950                      " ValEntry (try promotion first).");
951       return false;
952    }
953    // Non even content must be padded with a space (020H)...
954    std::string finalContent = content;
955    if( finalContent.length() % 2 )
956    {
957       finalContent += '\0';  // ... therefore we padd with (000H) .!?!
958    }      
959    valEntry->SetValue(finalContent);
960    
961    // Integers have a special treatement for their length:
962
963    l = finalContent.length();
964    if ( l != 0) // To avoid to be cheated by 'zero length' integers
965    {   
966       gdcmVRKey vr = valEntry->GetVR();
967       if( vr == "US" || vr == "SS" )
968       {
969          c = CountSubstring(content, "\\") + 1; // for multivaluated items
970          l = c*2;
971       }
972       else if( vr == "UL" || vr == "SL" )
973       {
974          c = CountSubstring(content, "\\") + 1; // for multivaluated items
975          l = c*4;;
976       }
977    }
978    valEntry->SetLength(l);
979    return true;
980
981
982 /**
983  * \brief   Accesses an existing gdcmDocEntry (i.e. a Dicom Element)
984  *          through it's (group, element) and modifies it's content with
985  *          the given value.
986  * @param   content new value (void *) to substitute with
987  * @param   lgth new value length
988  * @param   group     group number of the Dicom Element to modify
989  * @param   element element number of the Dicom Element to modify
990  */
991 bool gdcmDocument::SetEntryByNumber(void *content,
992                                     int lgth, 
993                                     uint16_t group,
994                                     uint16_t element) 
995 {
996    (void)lgth;  //not used
997    gdcmTagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
998    if ( !TagHT.count(key))
999    {
1000       return false;
1001    }
1002
1003 /* Hope Binary field length is *never* wrong    
1004    if(lgth%2) // Non even length are padded with a space (020H).
1005    {  
1006       lgth++;
1007       //content = content + '\0'; // fing a trick to enlarge a binary field?
1008    }
1009 */      
1010    gdcmBinEntry* a = (gdcmBinEntry *)TagHT[key];           
1011    a->SetVoidArea(content);  
1012    a->SetLength(lgth);
1013
1014    return true;
1015
1016
1017 /**
1018  * \brief   Accesses an existing gdcmDocEntry (i.e. a Dicom Element)
1019  *          in the PubDocEntrySet of this instance
1020  *          through it's (group, element) and modifies it's length with
1021  *          the given value.
1022  * \warning Use with extreme caution.
1023  * @param l new length to substitute with
1024  * @param group     group number of the Entry to modify
1025  * @param element element number of the Entry to modify
1026  * @return  true on success, false otherwise.
1027  */
1028 bool gdcmDocument::SetEntryLengthByNumber(uint32_t l, 
1029                                           uint16_t group, 
1030                                           uint16_t element) 
1031 {
1032    /// \todo use map methods, instead of multimap JPR
1033    gdcmTagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
1034    if ( !TagHT.count(key) )
1035    {
1036       return false;
1037    }
1038    if ( l % 2 )
1039    {
1040       l++; // length must be even
1041    }
1042    ( ((TagHT.equal_range(key)).first)->second )->SetLength(l); 
1043
1044    return true ;
1045 }
1046
1047 /**
1048  * \brief   Gets (from Header) the offset  of a 'non string' element value 
1049  *          (LoadElementValues has already be executed)
1050  * @param group   group number of the Entry 
1051  * @param elem  element number of the Entry
1052  * @return File Offset of the Element Value 
1053  */
1054 size_t gdcmDocument::GetEntryOffsetByNumber(uint16_t group, uint16_t elem) 
1055 {
1056    gdcmDocEntry* entry = GetDocEntryByNumber(group, elem);
1057    if (!entry) 
1058    {
1059       dbg.Verbose(1, "gdcmDocument::GetDocEntryByNumber: no entry present.");
1060       return 0;
1061    }
1062    return entry->GetOffset();
1063 }
1064
1065 /**
1066  * \brief   Gets (from Header) a 'non string' element value 
1067  *          (LoadElementValues has already be executed)  
1068  * @param group   group number of the Entry 
1069  * @param elem  element number of the Entry
1070  * @return Pointer to the 'non string' area
1071  */
1072 void * gdcmDocument::GetEntryVoidAreaByNumber(uint16_t group, uint16_t elem) 
1073 {
1074    gdcmDocEntry* entry = GetDocEntryByNumber(group, elem);
1075    if (!entry) 
1076    {
1077       dbg.Verbose(1, "gdcmDocument::GetDocEntryByNumber: no entry");
1078       return 0;
1079    }
1080    return ((gdcmBinEntry *)entry)->GetVoidArea();
1081 }
1082
1083 /**
1084  * \brief         Loads (from disk) the element content 
1085  *                when a string is not suitable
1086  * @param group   group number of the Entry 
1087  * @param elem  element number of the Entry
1088  */
1089 void* gdcmDocument::LoadEntryVoidArea(uint16_t group, uint16_t elem)
1090 {
1091    gdcmDocEntry *docElement = GetDocEntryByNumber(group, elem);
1092    if ( !docElement )
1093    {
1094       return NULL;
1095    }
1096    size_t o =(size_t)docElement->GetOffset();
1097    fseek(Fp, o, SEEK_SET);
1098    size_t l = docElement->GetLength();
1099    char* a = new char[l];
1100    if(!a)
1101    {
1102       dbg.Verbose(0, "gdcmDocument::LoadEntryVoidArea cannot allocate a");
1103       return NULL;
1104    }
1105    size_t l2 = fread(a, 1, l , Fp);
1106    if( l != l2 )
1107    {
1108       delete[] a;
1109       return NULL;
1110    }
1111    /// \todo Drop any already existing void area! JPR
1112    if( !SetEntryVoidAreaByNumber( a, group, elem ) );
1113    {
1114       dbg.Verbose(0, "gdcmDocument::LoadEntryVoidArea setting failed.");
1115    }
1116    return a;
1117 }
1118 /**
1119  * \brief         Loads (from disk) the element content 
1120  *                when a string is not suitable
1121  * @param element  Entry whose voidArea is going to be loaded
1122  */
1123 void *gdcmDocument::LoadEntryVoidArea(gdcmBinEntry *element) 
1124 {
1125    size_t o =(size_t)element->GetOffset();
1126    fseek(Fp, o, SEEK_SET);
1127    size_t l = element->GetLength();
1128    char* a = new char[l];
1129    if( !a )
1130    {
1131       dbg.Verbose(0, "gdcmDocument::LoadEntryVoidArea cannot allocate a");
1132       return NULL;
1133    }
1134    element->SetVoidArea((void *)a);
1135    /// \todo check the result 
1136    size_t l2 = fread(a, 1, l , Fp);
1137    if( l != l2 )
1138    {
1139       delete[] a;
1140       return NULL;
1141    }
1142
1143    return a;
1144 }
1145
1146 /**
1147  * \brief   Sets a 'non string' value to a given Dicom Element
1148  * @param   area area containing the 'non string' value
1149  * @param   group     Group number of the searched Dicom Element 
1150  * @param   element Element number of the searched Dicom Element 
1151  * @return  
1152  */
1153 bool gdcmDocument::SetEntryVoidAreaByNumber(void * area,
1154                                             uint16_t group, 
1155                                             uint16_t element) 
1156 {
1157    gdcmDocEntry* currentEntry = GetDocEntryByNumber(group, element);
1158    if ( !currentEntry )
1159    {
1160       return false;
1161    }
1162    if ( gdcmBinEntry* binEntry = dynamic_cast<gdcmBinEntry*>(currentEntry) )
1163    {
1164       binEntry->SetVoidArea( area );
1165       return true;
1166    }
1167    return true;
1168 }
1169
1170 /**
1171  * \brief   Update the entries with the shadow dictionary. 
1172  *          Only non even entries are analyzed       
1173  */
1174 void gdcmDocument::UpdateShaEntries()
1175 {
1176    //gdcmDictEntry *entry;
1177    std::string vr;
1178    
1179    /// \todo TODO : still any use to explore recursively the whole structure?
1180 /*
1181    for(ListTag::iterator it=listEntries.begin();
1182        it!=listEntries.end();
1183        ++it)
1184    {
1185       // Odd group => from public dictionary
1186       if((*it)->GetGroup()%2==0)
1187          continue;
1188
1189       // Peer group => search the corresponding dict entry
1190       if(RefShaDict)
1191          entry=RefShaDict->GetDictEntryByNumber((*it)->GetGroup(),(*it)->GetElement());
1192       else
1193          entry=NULL;
1194
1195       if((*it)->IsImplicitVR())
1196          vr="Implicit";
1197       else
1198          vr=(*it)->GetVR();
1199
1200       (*it)->SetValue(GetDocEntryUnvalue(*it));  // to go on compiling
1201       if(entry){
1202          // Set the new entry and the new value
1203          (*it)->SetDictEntry(entry);
1204          CheckDocEntryVR(*it,vr);
1205
1206          (*it)->SetValue(GetDocEntryValue(*it));    // to go on compiling
1207  
1208       }
1209       else
1210       {
1211          // Remove precedent value transformation
1212          (*it)->SetDictEntry(NewVirtualDictEntry((*it)->GetGroup(),(*it)->GetElement(),vr));
1213       }
1214    }
1215 */   
1216 }
1217
1218 /**
1219  * \brief   Searches within the Header Entries for a Dicom Element of
1220  *          a given tag.
1221  * @param   tagName name of the searched Dicom Element.
1222  * @return  Corresponding Dicom Element when it exists, and NULL
1223  *          otherwise.
1224  */
1225 gdcmDocEntry* gdcmDocument::GetDocEntryByName(std::string const & tagName)
1226 {
1227    gdcmDictEntry *dictEntry = RefPubDict->GetDictEntryByName(tagName); 
1228    if( !dictEntry )
1229    {
1230       return NULL;
1231    }
1232
1233   return GetDocEntryByNumber(dictEntry->GetGroup(),dictEntry->GetElement());
1234 }
1235
1236 /**
1237  * \brief  retrieves a Dicom Element (the first one) using (group, element)
1238  * \warning (group, element) IS NOT an identifier inside the Dicom Header
1239  *           if you think it's NOT UNIQUE, check the count number
1240  *           and use iterators to retrieve ALL the Dicoms Elements within
1241  *           a given couple (group, element)
1242  * @param   group Group number of the searched Dicom Element 
1243  * @param   element Element number of the searched Dicom Element 
1244  * @return  
1245  */
1246 gdcmDocEntry* gdcmDocument::GetDocEntryByNumber(uint16_t group,
1247                                                 uint16_t element) 
1248 {
1249    gdcmTagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
1250    if ( !TagHT.count(key))
1251    {
1252       return NULL;
1253    }
1254    return TagHT.find(key)->second;
1255 }
1256
1257 /**
1258  * \brief  Same as \ref gdcmDocument::GetDocEntryByNumber except it only
1259  *         returns a result when the corresponding entry is of type
1260  *         ValEntry.
1261  * @return When present, the corresponding ValEntry. 
1262  */
1263 gdcmValEntry* gdcmDocument::GetValEntryByNumber(uint16_t group,
1264                                                 uint16_t element)
1265 {
1266    gdcmDocEntry* currentEntry = GetDocEntryByNumber(group, element);
1267    if ( !currentEntry )
1268    {
1269       return 0;
1270    }
1271    if ( gdcmValEntry* valEntry = dynamic_cast<gdcmValEntry*>(currentEntry) )
1272    {
1273       return valEntry;
1274    }
1275    dbg.Verbose(0, "gdcmDocument::GetValEntryByNumber: unfound ValEntry.");
1276
1277    return 0;
1278 }
1279
1280 /**
1281  * \brief         Loads the element while preserving the current
1282  *                underlying file position indicator as opposed to
1283  *                to LoadDocEntry that modifies it.
1284  * @param entry   Header Entry whose value shall be loaded. 
1285  * @return  
1286  */
1287 void gdcmDocument::LoadDocEntrySafe(gdcmDocEntry * entry)
1288 {
1289    long PositionOnEntry = ftell(Fp);
1290    LoadDocEntry(entry);
1291    fseek(Fp, PositionOnEntry, SEEK_SET);
1292 }
1293
1294 /**
1295  * \brief   Swaps back the bytes of 4-byte long integer accordingly to
1296  *          processor order.
1297  * @return  The properly swaped 32 bits integer.
1298  */
1299 uint32_t gdcmDocument::SwapLong(uint32_t a)
1300 {
1301    switch (SwapCode)
1302    {
1303       case    0 :
1304          break;
1305       case 4321 :
1306          a=( ((a<<24) & 0xff000000) | ((a<<8)  & 0x00ff0000) | 
1307              ((a>>8)  & 0x0000ff00) | ((a>>24) & 0x000000ff) );
1308          break;
1309    
1310       case 3412 :
1311          a=( ((a<<16) & 0xffff0000) | ((a>>16) & 0x0000ffff) );
1312          break;
1313    
1314       case 2143 :
1315          a=( ((a<< 8) & 0xff00ff00) | ((a>>8) & 0x00ff00ff)  );
1316          break;
1317       default :
1318          //std::cout << "swapCode= " << SwapCode << std::endl;
1319          dbg.Error(" gdcmDocument::SwapLong : unset swap code");
1320          a = 0;
1321    }
1322    return a;
1323
1324
1325 /**
1326  * \brief   Unswaps back the bytes of 4-byte long integer accordingly to
1327  *          processor order.
1328  * @return  The properly unswaped 32 bits integer.
1329  */
1330 uint32_t gdcmDocument::UnswapLong(uint32_t a)
1331 {
1332    return SwapLong(a);
1333 }
1334
1335 /**
1336  * \brief   Swaps the bytes so they agree with the processor order
1337  * @return  The properly swaped 16 bits integer.
1338  */
1339 uint16_t gdcmDocument::SwapShort(uint16_t a)
1340 {
1341    if ( SwapCode == 4321 || SwapCode == 2143 )
1342    {
1343       a = ((( a << 8 ) & 0x0ff00 ) | (( a >> 8 ) & 0x00ff ) );
1344    }
1345    return a;
1346 }
1347
1348 /**
1349  * \brief   Unswaps the bytes so they agree with the processor order
1350  * @return  The properly unswaped 16 bits integer.
1351  */
1352 uint16_t gdcmDocument::UnswapShort(uint16_t a)
1353 {
1354    return SwapShort(a);
1355 }
1356
1357 //-----------------------------------------------------------------------------
1358 // Private
1359
1360 /**
1361  * \brief   Parses a DocEntrySet (Zero-level DocEntries or SQ Item DocEntries)
1362  * @return  length of the parsed set. 
1363  */ 
1364
1365 long gdcmDocument::ParseDES(gdcmDocEntrySet *set,
1366                             long offset,
1367                             long l_max,
1368                             bool delim_mode)
1369 {
1370    gdcmDocEntry *newDocEntry = 0;
1371    unsigned long l = 0;
1372    
1373    while (true)
1374    { 
1375       if ( !delim_mode && (ftell(Fp)-offset) >= l_max)
1376       {
1377          break;
1378       }
1379       newDocEntry = ReadNextDocEntry( );
1380       if ( !newDocEntry )
1381       {
1382          break;
1383       }
1384
1385       gdcmVRKey vr = newDocEntry->GetVR();
1386       if ( vr != "SQ" )
1387       {
1388                
1389          if ( gdcmGlobal::GetVR()->IsVROfGdcmStringRepresentable(vr) )
1390          {
1391          /////////////////////// ValEntry
1392             gdcmValEntry* newValEntry =
1393                new gdcmValEntry( newDocEntry->GetDictEntry() );
1394             newValEntry->Copy( newDocEntry );
1395              
1396             // When "set" is a gdcmDocument, then we are at the top of the
1397             // hierarchy and the Key is simply of the form ( group, elem )...
1398             if (gdcmDocument* dummy = dynamic_cast< gdcmDocument* > ( set ) )
1399             {
1400                (void)dummy;
1401                newValEntry->SetKey( newValEntry->GetKey() );
1402             }
1403             // ...but when "set" is a gdcmSQItem, we are inserting this new
1404             // valEntry in a sequence item. Hence the key has the
1405             // generalized form (refer to \ref gdcmBaseTagKey):
1406             if (gdcmSQItem* parentSQItem = dynamic_cast< gdcmSQItem* > ( set ) )
1407             {
1408                newValEntry->SetKey(  parentSQItem->GetBaseTagKey()
1409                                    + newValEntry->GetKey() );
1410             }
1411              
1412             set->AddEntry( newValEntry );
1413             LoadDocEntry( newValEntry );
1414             if (newValEntry->IsItemDelimitor())
1415             {
1416                break;
1417             }
1418             if ( !delim_mode && (ftell(Fp)-offset) >= l_max)
1419             {
1420                break;
1421             }
1422          }
1423          else
1424          {
1425             if ( ! gdcmGlobal::GetVR()->IsVROfGdcmBinaryRepresentable(vr) )
1426             { 
1427                 ////// Neither ValEntry NOR BinEntry: should mean UNKOWN VR
1428                 dbg.Verbose(0, "gdcmDocument::ParseDES: neither Valentry, "
1429                                "nor BinEntry. Probably unknown VR.");
1430             }
1431
1432          //////////////////// BinEntry or UNKOWN VR:
1433             gdcmBinEntry* newBinEntry =
1434                new gdcmBinEntry( newDocEntry->GetDictEntry() );
1435             newBinEntry->Copy( newDocEntry );
1436
1437             // When "this" is a gdcmDocument the Key is simply of the
1438             // form ( group, elem )...
1439             if (gdcmDocument* dummy = dynamic_cast< gdcmDocument* > ( set ) )
1440             {
1441                (void)dummy;
1442                newBinEntry->SetKey( newBinEntry->GetKey() );
1443             }
1444             // but when "this" is a SQItem, we are inserting this new
1445             // valEntry in a sequence item, and the kay has the
1446             // generalized form (refer to \ref gdcmBaseTagKey):
1447             if (gdcmSQItem* parentSQItem = dynamic_cast< gdcmSQItem* > ( set ) )
1448             {
1449                newBinEntry->SetKey(  parentSQItem->GetBaseTagKey()
1450                                    + newBinEntry->GetKey() );
1451             }
1452
1453             set->AddEntry( newBinEntry );
1454             LoadDocEntry( newBinEntry );
1455          }
1456
1457          if (newDocEntry->GetGroup()   == 0x7fe0 && 
1458              newDocEntry->GetElement() == 0x0010 )
1459          {
1460              if (newDocEntry->GetReadLength()==0xffffffff)
1461              {
1462                 // Broken US.3405.1.dcm
1463                 Parse7FE0(); // to skip the pixels 
1464                              // (multipart JPEG/RLE are trouble makers)
1465              }
1466              else
1467              {
1468                 SkipToNextDocEntry(newDocEntry);
1469                 l = newDocEntry->GetFullLength(); 
1470              }
1471          }
1472          else
1473          {
1474              // to be sure we are at the beginning 
1475              SkipToNextDocEntry(newDocEntry);
1476              l = newDocEntry->GetFullLength(); 
1477          }
1478       }
1479       else
1480       {
1481          // VR = "SQ"
1482          l = newDocEntry->GetReadLength();            
1483          if ( l != 0 ) // don't mess the delim_mode for zero-length sequence
1484          {
1485             if ( l == 0xffffffff )
1486             {
1487               delim_mode = true;
1488             }
1489             else
1490             {
1491               delim_mode = false;
1492             }
1493          }
1494          // no other way to create it ...
1495          gdcmSeqEntry* newSeqEntry =
1496             new gdcmSeqEntry( newDocEntry->GetDictEntry() );
1497          newSeqEntry->Copy( newDocEntry );
1498          newSeqEntry->SetDelimitorMode( delim_mode );
1499
1500          // At the top of the hierarchy, stands a gdcmDocument. When "set"
1501          // is a gdcmDocument, then we are building the first depth level.
1502          // Hence the gdcmSeqEntry we are building simply has a depth
1503          // level of one:
1504          if (gdcmDocument* dummy = dynamic_cast< gdcmDocument* > ( set ) )
1505          {
1506             (void)dummy;
1507             newSeqEntry->SetDepthLevel( 1 );
1508             newSeqEntry->SetKey( newSeqEntry->GetKey() );
1509          }
1510          // But when "set" is allready a SQItem, we are building a nested
1511          // sequence, and hence the depth level of the new gdcmSeqEntry
1512          // we are building, is one level deeper:
1513          if (gdcmSQItem* parentSQItem = dynamic_cast< gdcmSQItem* > ( set ) )
1514          {
1515             newSeqEntry->SetDepthLevel( parentSQItem->GetDepthLevel() + 1 );
1516             newSeqEntry->SetKey(  parentSQItem->GetBaseTagKey()
1517                                 + newSeqEntry->GetKey() );
1518          }
1519
1520          if ( l != 0 )
1521          {  // Don't try to parse zero-length sequences
1522             (void)ParseSQ( newSeqEntry, 
1523                            newDocEntry->GetOffset(),
1524                            l, delim_mode);
1525          }
1526          set->AddEntry( newSeqEntry );
1527          if ( !delim_mode && (ftell(Fp)-offset) >= l_max)
1528          {
1529             break;
1530          }
1531       }
1532       delete newDocEntry;
1533    }
1534    return l; // Probably useless 
1535 }
1536
1537 /**
1538  * \brief   Parses a Sequence ( SeqEntry after SeqEntry)
1539  * @return  parsed length for this level
1540  */ 
1541 long gdcmDocument::ParseSQ( gdcmSeqEntry* seqEntry,
1542                             long offset, long l_max, bool delim_mode)
1543 {
1544    int SQItemNumber = 0;
1545    bool dlm_mod;
1546
1547    while (true)
1548    {
1549       gdcmDocEntry* newDocEntry = ReadNextDocEntry();   
1550       if ( !newDocEntry )
1551       {
1552          // FIXME Should warn user
1553          break;
1554       }
1555       if( delim_mode )
1556       {
1557          if ( newDocEntry->IsSequenceDelimitor() )
1558          {
1559             seqEntry->SetSequenceDelimitationItem( newDocEntry );
1560             break;
1561          }
1562       }
1563       if ( !delim_mode && (ftell(Fp)-offset) >= l_max)
1564       {
1565           break;
1566       }
1567
1568       gdcmSQItem *itemSQ = new gdcmSQItem( seqEntry->GetDepthLevel() );
1569       std::ostringstream newBase;
1570       newBase << seqEntry->GetKey()
1571               << "/"
1572               << SQItemNumber
1573               << "#";
1574       itemSQ->SetBaseTagKey( newBase.str() );
1575       unsigned int l = newDocEntry->GetReadLength();
1576       
1577       if ( l == 0xffffffff )
1578       {
1579          dlm_mod = true;
1580       }
1581       else
1582       {
1583          dlm_mod = false;
1584       }
1585    
1586       (void)ParseDES(itemSQ, newDocEntry->GetOffset(), l, dlm_mod);
1587       
1588       seqEntry->AddEntry( itemSQ, SQItemNumber ); 
1589       SQItemNumber++;
1590       if ( !delim_mode && ( ftell(Fp) - offset ) >= l_max )
1591       {
1592          break;
1593       }
1594    }
1595
1596    int lgth = ftell(Fp) - offset;
1597    return lgth;
1598 }
1599
1600 /**
1601  * \brief         Loads the element content if its length doesn't exceed
1602  *                the value specified with gdcmDocument::SetMaxSizeLoadEntry()
1603  * @param         entry Header Entry (Dicom Element) to be dealt with
1604  */
1605 void gdcmDocument::LoadDocEntry(gdcmDocEntry* entry)
1606 {
1607    size_t item_read;
1608    uint16_t group  = entry->GetGroup();
1609    std::string  vr = entry->GetVR();
1610    uint32_t length = entry->GetLength();
1611
1612    fseek(Fp, (long)entry->GetOffset(), SEEK_SET);
1613
1614    // A SeQuence "contains" a set of Elements.  
1615    //          (fffe e000) tells us an Element is beginning
1616    //          (fffe e00d) tells us an Element just ended
1617    //          (fffe e0dd) tells us the current SeQuence just ended
1618    if( group == 0xfffe )
1619    {
1620       // NO more value field for SQ !
1621       return;
1622    }
1623
1624    // When the length is zero things are easy:
1625    if ( length == 0 )
1626    {
1627       ((gdcmValEntry *)entry)->SetValue("");
1628       return;
1629    }
1630
1631    // The elements whose length is bigger than the specified upper bound
1632    // are not loaded. Instead we leave a short notice of the offset of
1633    // the element content and it's length.
1634
1635    std::ostringstream s;
1636    if (length > MaxSizeLoadEntry)
1637    {
1638       if (gdcmBinEntry* binEntryPtr = dynamic_cast< gdcmBinEntry* >(entry) )
1639       {  
1640          //s << "gdcm::NotLoaded (BinEntry)";
1641          s << GDCM_NOTLOADED;
1642          s << " Address:" << (long)entry->GetOffset();
1643          s << " Length:"  << entry->GetLength();
1644          s << " x(" << std::hex << entry->GetLength() << ")";
1645          binEntryPtr->SetValue(s.str());
1646       }
1647        // Be carefull : a BinEntry IS_A ValEntry ... 
1648       else if (gdcmValEntry* valEntryPtr = dynamic_cast< gdcmValEntry* >(entry) )
1649       {
1650         // s << "gdcm::NotLoaded. (ValEntry)";
1651          s << GDCM_NOTLOADED;  
1652          s << " Address:" << (long)entry->GetOffset();
1653          s << " Length:"  << entry->GetLength();
1654          s << " x(" << std::hex << entry->GetLength() << ")";
1655          valEntryPtr->SetValue(s.str());
1656       }
1657       else
1658       {
1659          // fusible
1660          std::cout<< "MaxSizeLoadEntry exceeded, neither a BinEntry "
1661                   << "nor a ValEntry ?! Should never print that !" << std::endl;
1662       }
1663
1664       // to be sure we are at the end of the value ...
1665       fseek(Fp,(long)entry->GetOffset()+(long)entry->GetLength(),SEEK_SET);      
1666       return;
1667    }
1668
1669    // When we find a BinEntry not very much can be done :
1670    if (gdcmBinEntry* binEntryPtr = dynamic_cast< gdcmBinEntry* >(entry) )
1671    {
1672       s << "gdcm::Loaded (BinEntry)";
1673       binEntryPtr->SetValue(s.str());
1674       LoadEntryVoidArea(binEntryPtr); // last one, not to erase length !
1675       return;
1676    }
1677     
1678    /// \todo Any compacter code suggested (?)
1679    if ( IsDocEntryAnInteger(entry) )
1680    {   
1681       uint32_t NewInt;
1682       int nbInt;
1683       // When short integer(s) are expected, read and convert the following 
1684       // n *two characters properly i.e. consider them as short integers as
1685       // opposed to strings.
1686       // Elements with Value Multiplicity > 1
1687       // contain a set of integers (not a single one)       
1688       if (vr == "US" || vr == "SS")
1689       {
1690          nbInt = length / 2;
1691          NewInt = ReadInt16();
1692          s << NewInt;
1693          if (nbInt > 1)
1694          {
1695             for (int i=1; i < nbInt; i++)
1696             {
1697                s << '\\';
1698                NewInt = ReadInt16();
1699                s << NewInt;
1700             }
1701          }
1702       }
1703       // See above comment on multiple integers (mutatis mutandis).
1704       else if (vr == "UL" || vr == "SL")
1705       {
1706          nbInt = length / 4;
1707          NewInt = ReadInt32();
1708          s << NewInt;
1709          if (nbInt > 1)
1710          {
1711             for (int i=1; i < nbInt; i++)
1712             {
1713                s << '\\';
1714                NewInt = ReadInt32();
1715                s << NewInt;
1716             }
1717          }
1718       }
1719 #ifdef GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
1720       s << std::ends; // to avoid oddities on Solaris
1721 #endif //GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
1722
1723       ((gdcmValEntry *)entry)->SetValue(s.str());
1724       return;
1725    }
1726    
1727    // We need an additional byte for storing \0 that is not on disk
1728    //std::string newValue(length,0);
1729    //item_read = fread(&(newValue[0]), (size_t)length, (size_t)1, Fp);  
1730    //rah !! I can't believe it could work, normally this is a const char* !!!
1731    char *str = new char[length+1];
1732    item_read = fread(str, (size_t)length, (size_t)1, Fp);
1733    str[length] = '\0';
1734    std::string newValue = str;
1735    delete[] str;
1736    if ( gdcmValEntry* valEntry = dynamic_cast<gdcmValEntry* >(entry) )
1737    {  
1738       if ( item_read != 1 )
1739       {
1740          dbg.Verbose(1, "gdcmDocument::LoadDocEntry",
1741                         "unread element value");
1742          valEntry->SetValue(GDCM_UNREAD);
1743          return;
1744       }
1745
1746       if( vr == "UI" )
1747       {
1748          // Because of correspondance with the VR dic
1749          valEntry->SetValue(newValue);
1750       }
1751       else
1752       {
1753          valEntry->SetValue(newValue);
1754       }
1755    }
1756    else
1757    {
1758       dbg.Error(true, "gdcmDocument::LoadDocEntry"
1759                       "Should have a ValEntry, here !");
1760    }
1761 }
1762
1763
1764 /**
1765  * \brief  Find the value Length of the passed Header Entry
1766  * @param  entry Header Entry whose length of the value shall be loaded. 
1767  */
1768 void gdcmDocument::FindDocEntryLength( gdcmDocEntry *entry )
1769    throw ( gdcmFormatError )
1770 {
1771    uint16_t element = entry->GetElement();
1772    std::string  vr  = entry->GetVR();
1773    uint16_t length16;       
1774    
1775    if ( Filetype == gdcmExplicitVR && !entry->IsImplicitVR() ) 
1776    {
1777       if ( vr == "OB" || vr == "OW" || vr == "SQ" || vr == "UN" ) 
1778       {
1779          // The following reserved two bytes (see PS 3.5-2001, section
1780          // 7.1.2 Data element structure with explicit vr p27) must be
1781          // skipped before proceeding on reading the length on 4 bytes.
1782          fseek(Fp, 2L, SEEK_CUR);
1783          uint32_t length32 = ReadInt32();
1784
1785          if ( vr == "OB" && length32 == 0xffffffff ) 
1786          {
1787             uint32_t lengthOB;
1788             try 
1789             {
1790                lengthOB = FindDocEntryLengthOB();
1791             }
1792             catch ( gdcmFormatUnexpected )
1793             {
1794                // Computing the length failed (this happens with broken
1795                // files like gdcm-JPEG-LossLess3a.dcm). We still have a
1796                // chance to get the pixels by deciding the element goes
1797                // until the end of the file. Hence we artificially fix the
1798                // the length and proceed.
1799                long currentPosition = ftell(Fp);
1800                fseek(Fp,0L,SEEK_END);
1801                long lengthUntilEOF = ftell(Fp) - currentPosition;
1802                fseek(Fp, currentPosition, SEEK_SET);
1803                entry->SetLength(lengthUntilEOF);
1804                return;
1805             }
1806             entry->SetLength(lengthOB);
1807             return;
1808          }
1809          FixDocEntryFoundLength(entry, length32); 
1810          return;
1811       }
1812
1813       // Length is encoded on 2 bytes.
1814       length16 = ReadInt16();
1815       
1816       // We can tell the current file is encoded in big endian (like
1817       // Data/US-RGB-8-epicard) when we find the "Transfer Syntax" tag
1818       // and it's value is the one of the encoding of a big endian file.
1819       // In order to deal with such big endian encoded files, we have
1820       // (at least) two strategies:
1821       // * when we load the "Transfer Syntax" tag with value of big endian
1822       //   encoding, we raise the proper flags. Then we wait for the end
1823       //   of the META group (0x0002) among which is "Transfer Syntax",
1824       //   before switching the swap code to big endian. We have to postpone
1825       //   the switching of the swap code since the META group is fully encoded
1826       //   in little endian, and big endian coding only starts at the next
1827       //   group. The corresponding code can be hard to analyse and adds
1828       //   many additional unnecessary tests for regular tags.
1829       // * the second strategy consists in waiting for trouble, that shall
1830       //   appear when we find the first group with big endian encoding. This
1831       //   is easy to detect since the length of a "Group Length" tag (the
1832       //   ones with zero as element number) has to be of 4 (0x0004). When we
1833       //   encounter 1024 (0x0400) chances are the encoding changed and we
1834       //   found a group with big endian encoding.
1835       // We shall use this second strategy. In order to make sure that we
1836       // can interpret the presence of an apparently big endian encoded
1837       // length of a "Group Length" without committing a big mistake, we
1838       // add an additional check: we look in the already parsed elements
1839       // for the presence of a "Transfer Syntax" whose value has to be "big
1840       // endian encoding". When this is the case, chances are we have got our
1841       // hands on a big endian encoded file: we switch the swap code to
1842       // big endian and proceed...
1843       if ( element  == 0x0000 && length16 == 0x0400 ) 
1844       {
1845          if ( !IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax() ) 
1846          {
1847             throw gdcmFormatError( "gdcmDocument::FindDocEntryLength()",
1848                                    " not explicit VR." );
1849             return;
1850          }
1851          length16 = 4;
1852          SwitchSwapToBigEndian();
1853          // Restore the unproperly loaded values i.e. the group, the element
1854          // and the dictionary entry depending on them.
1855          uint16_t correctGroup = SwapShort( entry->GetGroup() );
1856          uint16_t correctElem  = SwapShort( entry->GetElement() );
1857          gdcmDictEntry* newTag = GetDictEntryByNumber( correctGroup,
1858                                                        correctElem );
1859          if ( !newTag )
1860          {
1861             // This correct tag is not in the dictionary. Create a new one.
1862             newTag = NewVirtualDictEntry(correctGroup, correctElem);
1863          }
1864          // FIXME this can create a memory leaks on the old entry that be
1865          // left unreferenced.
1866          entry->SetDictEntry( newTag );
1867       }
1868        
1869       // Heuristic: well, some files are really ill-formed.
1870       if ( length16 == 0xffff) 
1871       {
1872          // 0xffff means that we deal with 'Unknown Length' Sequence  
1873          length16 = 0;
1874       }
1875       FixDocEntryFoundLength( entry, (uint32_t)length16 );
1876       return;
1877    }
1878    else
1879    {
1880       // Either implicit VR or a non DICOM conformal (see note below) explicit
1881       // VR that ommited the VR of (at least) this element. Farts happen.
1882       // [Note: according to the part 5, PS 3.5-2001, section 7.1 p25
1883       // on Data elements "Implicit and Explicit VR Data Elements shall
1884       // not coexist in a Data Set and Data Sets nested within it".]
1885       // Length is on 4 bytes.
1886       
1887       FixDocEntryFoundLength( entry, ReadInt32() );
1888       return;
1889    }
1890 }
1891
1892 /**
1893  * \brief     Find the Value Representation of the current Dicom Element.
1894  * @param     entry
1895  */
1896 void gdcmDocument::FindDocEntryVR( gdcmDocEntry *entry )
1897 {
1898    if ( Filetype != gdcmExplicitVR )
1899    {
1900       return;
1901    }
1902
1903    char vr[3];
1904
1905    long positionOnEntry = ftell(Fp);
1906    // Warning: we believe this is explicit VR (Value Representation) because
1907    // we used a heuristic that found "UL" in the first tag. Alas this
1908    // doesn't guarantee that all the tags will be in explicit VR. In some
1909    // cases (see e-film filtered files) one finds implicit VR tags mixed
1910    // within an explicit VR file. Hence we make sure the present tag
1911    // is in explicit VR and try to fix things if it happens not to be
1912    // the case.
1913    
1914    fread (vr, (size_t)2,(size_t)1, Fp);
1915    vr[2] = 0;
1916
1917    if( !CheckDocEntryVR(entry, vr) )
1918    {
1919       fseek(Fp, positionOnEntry, SEEK_SET);
1920       // When this element is known in the dictionary we shall use, e.g. for
1921       // the semantics (see the usage of IsAnInteger), the VR proposed by the
1922       // dictionary entry. Still we have to flag the element as implicit since
1923       // we know now our assumption on expliciteness is not furfilled.
1924       // avoid  .
1925       if ( entry->IsVRUnknown() )
1926       {
1927          entry->SetVR("Implicit");
1928       }
1929       entry->SetImplicitVR();
1930    }
1931 }
1932
1933 /**
1934  * \brief     Check the correspondance between the VR of the header entry
1935  *            and the taken VR. If they are different, the header entry is 
1936  *            updated with the new VR.
1937  * @param     entry Header Entry to check
1938  * @param     vr    Dicom Value Representation
1939  * @return    false if the VR is incorrect of if the VR isn't referenced
1940  *            otherwise, it returns true
1941 */
1942 bool gdcmDocument::CheckDocEntryVR(gdcmDocEntry *entry, gdcmVRKey vr)
1943 {
1944    char msg[100]; // for sprintf
1945    bool realExplicit = true;
1946
1947    // Assume we are reading a falsely explicit VR file i.e. we reached
1948    // a tag where we expect reading a VR but are in fact we read the
1949    // first to bytes of the length. Then we will interogate (through find)
1950    // the dicom_vr dictionary with oddities like "\004\0" which crashes
1951    // both GCC and VC++ implementations of the STL map. Hence when the
1952    // expected VR read happens to be non-ascii characters we consider
1953    // we hit falsely explicit VR tag.
1954
1955    if ( !isalpha(vr[0]) && !isalpha(vr[1]) )
1956    {
1957       realExplicit = false;
1958    }
1959
1960    // CLEANME searching the dicom_vr at each occurence is expensive.
1961    // PostPone this test in an optional integrity check at the end
1962    // of parsing or only in debug mode.
1963    if ( realExplicit && !gdcmGlobal::GetVR()->Count(vr) )
1964    {
1965       realExplicit = false;
1966    }
1967
1968    if ( !realExplicit ) 
1969    {
1970       // We thought this was explicit VR, but we end up with an
1971       // implicit VR tag. Let's backtrack.   
1972       sprintf(msg,"Falsely explicit vr file (%04x,%04x)\n", 
1973                    entry->GetGroup(), entry->GetElement());
1974       dbg.Verbose(1, "gdcmDocument::FindVR: ",msg);
1975
1976       if( entry->GetGroup() % 2 && entry->GetElement() == 0x0000)
1977       {
1978          // Group length is UL !
1979          gdcmDictEntry* newEntry = NewVirtualDictEntry(
1980                                    entry->GetGroup(), entry->GetElement(),
1981                                    "UL", "FIXME", "Group Length");
1982          entry->SetDictEntry( newEntry );
1983       }
1984       return false;
1985    }
1986
1987    if ( entry->IsVRUnknown() )
1988    {
1989       // When not a dictionary entry, we can safely overwrite the VR.
1990       if( entry->GetElement() == 0x0000 )
1991       {
1992          // Group length is UL !
1993          entry->SetVR("UL");
1994       }
1995       else
1996       {
1997          entry->SetVR(vr);
1998       }
1999    }
2000    else if ( entry->GetVR() != vr ) 
2001    {
2002       // The VR present in the file and the dictionary disagree. We assume
2003       // the file writer knew best and use the VR of the file. Since it would
2004       // be unwise to overwrite the VR of a dictionary (since it would
2005       // compromise it's next user), we need to clone the actual DictEntry
2006       // and change the VR for the read one.
2007       gdcmDictEntry* newEntry = NewVirtualDictEntry(
2008                                 entry->GetGroup(), entry->GetElement(),
2009                                 vr, "FIXME", entry->GetName());
2010       entry->SetDictEntry(newEntry);
2011    }
2012
2013    return true; 
2014 }
2015
2016 /**
2017  * \brief   Get the transformed value of the header entry. The VR value 
2018  *          is used to define the transformation to operate on the value
2019  * \warning NOT end user intended method !
2020  * @param   entry entry to tranform
2021  * @return  Transformed entry value
2022  */
2023 std::string gdcmDocument::GetDocEntryValue(gdcmDocEntry *entry)
2024 {
2025    if ( IsDocEntryAnInteger(entry) && entry->IsImplicitVR() )
2026    {
2027       std::string val = ((gdcmValEntry *)entry)->GetValue();
2028       std::string vr  = entry->GetVR();
2029       uint32_t length = entry->GetLength();
2030       std::ostringstream s;
2031       int nbInt;
2032
2033       // When short integer(s) are expected, read and convert the following 
2034       // n * 2 bytes properly i.e. as a multivaluated strings
2035       // (each single value is separated fromthe next one by '\'
2036       // as usual for standard multivaluated filels
2037       // Elements with Value Multiplicity > 1
2038       // contain a set of short integers (not a single one) 
2039    
2040       if( vr == "US" || vr == "SS" )
2041       {
2042          uint16_t newInt16;
2043
2044          nbInt = length / 2;
2045          for (int i=0; i < nbInt; i++) 
2046          {
2047             if( i != 0 )
2048             {
2049                s << '\\';
2050             }
2051             newInt16 = ( val[2*i+0] & 0xFF ) + ( ( val[2*i+1] & 0xFF ) << 8);
2052             newInt16 = SwapShort( newInt16 );
2053             s << newInt16;
2054          }
2055       }
2056
2057       // When integer(s) are expected, read and convert the following 
2058       // n * 4 bytes properly i.e. as a multivaluated strings
2059       // (each single value is separated fromthe next one by '\'
2060       // as usual for standard multivaluated filels
2061       // Elements with Value Multiplicity > 1
2062       // contain a set of integers (not a single one) 
2063       else if( vr == "UL" || vr == "SL" )
2064       {
2065          uint32_t newInt32;
2066
2067          nbInt = length / 4;
2068          for (int i=0; i < nbInt; i++) 
2069          {
2070             if( i != 0)
2071             {
2072                s << '\\';
2073             }
2074             newInt32 = ( val[4*i+0] & 0xFF )
2075                     + (( val[4*i+1] & 0xFF ) <<  8 )
2076                     + (( val[4*i+2] & 0xFF ) << 16 )
2077                     + (( val[4*i+3] & 0xFF ) << 24 );
2078             newInt32 = SwapLong( newInt32 );
2079             s << newInt32;
2080          }
2081       }
2082 #ifdef GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
2083       s << std::ends; // to avoid oddities on Solaris
2084 #endif //GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
2085       return s.str();
2086    }
2087
2088    return ((gdcmValEntry *)entry)->GetValue();
2089 }
2090
2091 /**
2092  * \brief   Get the reverse transformed value of the header entry. The VR 
2093  *          value is used to define the reverse transformation to operate on
2094  *          the value
2095  * \warning NOT end user intended method !
2096  * @param   entry Entry to reverse transform
2097  * @return  Reverse transformed entry value
2098  */
2099 std::string gdcmDocument::GetDocEntryUnvalue(gdcmDocEntry* entry)
2100 {
2101    if ( IsDocEntryAnInteger(entry) && entry->IsImplicitVR() )
2102    {
2103       std::string vr = entry->GetVR();
2104       std::vector<std::string> tokens;
2105       std::ostringstream s;
2106
2107       if ( vr == "US" || vr == "SS" ) 
2108       {
2109          uint16_t newInt16;
2110
2111          tokens.erase( tokens.begin(), tokens.end()); // clean any previous value
2112          Tokenize (((gdcmValEntry *)entry)->GetValue(), tokens, "\\");
2113          for (unsigned int i=0; i<tokens.size(); i++) 
2114          {
2115             newInt16 = atoi(tokens[i].c_str());
2116             s << (  newInt16        & 0xFF ) 
2117               << (( newInt16 >> 8 ) & 0xFF );
2118          }
2119          tokens.clear();
2120       }
2121       if ( vr == "UL" || vr == "SL")
2122       {
2123          uint32_t newInt32;
2124
2125          tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
2126          Tokenize (((gdcmValEntry *)entry)->GetValue(), tokens, "\\");
2127          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) 
2128          {
2129             newInt32 = atoi(tokens[i].c_str());
2130             s << (char)(  newInt32         & 0xFF ) 
2131               << (char)(( newInt32 >>  8 ) & 0xFF )
2132               << (char)(( newInt32 >> 16 ) & 0xFF )
2133               << (char)(( newInt32 >> 24 ) & 0xFF );
2134          }
2135          tokens.clear();
2136       }
2137
2138 #ifdef GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
2139       s << std::ends; // to avoid oddities on Solaris
2140 #endif //GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
2141       return s.str();
2142    }
2143
2144    return ((gdcmValEntry *)entry)->GetValue();
2145 }
2146
2147 /**
2148  * \brief   Skip a given Header Entry 
2149  * \warning NOT end user intended method !
2150  * @param   entry entry to skip
2151  */
2152 void gdcmDocument::SkipDocEntry(gdcmDocEntry *entry) 
2153 {
2154    SkipBytes(entry->GetLength());
2155 }
2156
2157 /**
2158  * \brief   Skips to the begining of the next Header Entry 
2159  * \warning NOT end user intended method !
2160  * @param   entry entry to skip
2161  */
2162 void gdcmDocument::SkipToNextDocEntry(gdcmDocEntry *entry) 
2163 {
2164    fseek(Fp, (long)(entry->GetOffset()),     SEEK_SET);
2165    fseek(Fp, (long)(entry->GetReadLength()), SEEK_CUR);
2166 }
2167
2168 /**
2169  * \brief   When the length of an element value is obviously wrong (because
2170  *          the parser went Jabberwocky) one can hope improving things by
2171  *          applying some heuristics.
2172  * @param   entry entry to check
2173  * @param   foundLength fist assumption about length    
2174  */
2175 void gdcmDocument::FixDocEntryFoundLength(gdcmDocEntry *entry,
2176                                           uint32_t foundLength)
2177 {
2178    entry->SetReadLength( foundLength ); // will be updated only if a bug is found        
2179    if ( foundLength == 0xffffffff)
2180    {
2181       foundLength = 0;
2182    }
2183    
2184    uint16_t gr = entry->GetGroup();
2185    uint16_t el = entry->GetElement(); 
2186      
2187    if ( foundLength % 2)
2188    {
2189       std::ostringstream s;
2190       s << "Warning : Tag with uneven length "
2191         << foundLength 
2192         <<  " in x(" << std::hex << gr << "," << el <<")" << std::dec;
2193       dbg.Verbose(0, s.str().c_str());
2194    }
2195       
2196    //////// Fix for some naughty General Electric images.
2197    // Allthough not recent many such GE corrupted images are still present
2198    // on Creatis hard disks. Hence this fix shall remain when such images
2199    // are no longer in user (we are talking a few years, here)...
2200    // Note: XMedCom probably uses such a trick since it is able to read
2201    //       those pesky GE images ...
2202    if ( foundLength == 13)
2203    {
2204       // Only happens for this length !
2205       if ( entry->GetGroup()   != 0x0008
2206       || ( entry->GetElement() != 0x0070
2207         && entry->GetElement() != 0x0080 ) )
2208       {
2209          foundLength = 10;
2210          entry->SetReadLength(10); /// \todo a bug is to be fixed !?
2211       }
2212    }
2213
2214    //////// Fix for some brain-dead 'Leonardo' Siemens images.
2215    // Occurence of such images is quite low (unless one leaves close to a
2216    // 'Leonardo' source. Hence, one might consider commenting out the
2217    // following fix on efficiency reasons.
2218    else if ( entry->GetGroup()   == 0x0009 
2219         && ( entry->GetElement() == 0x1113
2220           || entry->GetElement() == 0x1114 ) )
2221    {
2222       foundLength = 4;
2223       entry->SetReadLength(4); /// \todo a bug is to be fixed !?
2224    } 
2225  
2226    else if ( entry->GetVR() == "SQ" )
2227    {
2228       foundLength = 0;      // ReadLength is unchanged 
2229    } 
2230     
2231    //////// We encountered a 'delimiter' element i.e. a tag of the form 
2232    // "fffe|xxxx" which is just a marker. Delimiters length should not be
2233    // taken into account.
2234    else if( entry->GetGroup() == 0xfffe )
2235    {    
2236      // According to the norm, fffe|0000 shouldn't exist. BUT the Philips
2237      // image gdcmData/gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm happens to
2238      // causes extra troubles...
2239      if( entry->GetElement() != 0x0000 )
2240      {
2241         foundLength = 0;
2242      }
2243    } 
2244            
2245    entry->SetUsableLength(foundLength);
2246 }
2247
2248 /**
2249  * \brief   Apply some heuristics to predict whether the considered 
2250  *          element value contains/represents an integer or not.
2251  * @param   entry The element value on which to apply the predicate.
2252  * @return  The result of the heuristical predicate.
2253  */
2254 bool gdcmDocument::IsDocEntryAnInteger(gdcmDocEntry *entry)
2255 {
2256    uint16_t element = entry->GetElement();
2257    uint16_t group   = entry->GetGroup();
2258    std::string  vr  = entry->GetVR();
2259    uint32_t length  = entry->GetLength();
2260
2261    // When we have some semantics on the element we just read, and if we
2262    // a priori know we are dealing with an integer, then we shall be
2263    // able to swap it's element value properly.
2264    if ( element == 0 )  // This is the group length of the group
2265    {  
2266       if ( length == 4 )
2267       {
2268          return true;
2269       }
2270       else 
2271       {
2272          // Allthough this should never happen, still some images have a
2273          // corrupted group length [e.g. have a glance at offset x(8336) of
2274          // gdcmData/gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm].
2275          // Since for dicom compliant and well behaved headers, the present
2276          // test is useless (and might even look a bit paranoid), when we
2277          // encounter such an ill-formed image, we simply display a warning
2278          // message and proceed on parsing (while crossing fingers).
2279          std::ostringstream s;
2280          int filePosition = ftell(Fp);
2281          s << "Erroneous Group Length element length  on : (" \
2282            << std::hex << group << " , " << element 
2283            << ") -before- position x(" << filePosition << ")"
2284            << "lgt : " << length;
2285          dbg.Verbose(0, "gdcmDocument::IsDocEntryAnInteger", s.str().c_str() );
2286       }
2287    }
2288
2289    if ( vr == "UL" || vr == "US" || vr == "SL" || vr == "SS" )
2290    {
2291       return true;
2292    }
2293    
2294    return false;
2295 }
2296
2297 /**
2298  * \brief  Find the Length till the next sequence delimiter
2299  * \warning NOT end user intended method !
2300  * @return 
2301  */
2302
2303 uint32_t gdcmDocument::FindDocEntryLengthOB()
2304    throw( gdcmFormatUnexpected )
2305 {
2306    // See PS 3.5-2001, section A.4 p. 49 on encapsulation of encoded pixel data.
2307    long positionOnEntry = ftell(Fp);
2308    bool foundSequenceDelimiter = false;
2309    uint32_t totalLength = 0;
2310
2311    while ( !foundSequenceDelimiter )
2312    {
2313       uint16_t group;
2314       uint16_t elem;
2315       try
2316       {
2317          group = ReadInt16();
2318          elem  = ReadInt16();   
2319       }
2320       catch ( gdcmFormatError )
2321       {
2322          throw gdcmFormatError("gdcmDocument::FindDocEntryLengthOB()",
2323                                " group or element not present.");
2324       }
2325
2326       // We have to decount the group and element we just read
2327       totalLength += 4;
2328      
2329       if ( group != 0xfffe || ( ( elem != 0xe0dd ) && ( elem != 0xe000 ) ) )
2330       {
2331          dbg.Verbose(1, "gdcmDocument::FindDocEntryLengthOB: neither an Item "
2332                         "tag nor a Sequence delimiter tag."); 
2333          fseek(Fp, positionOnEntry, SEEK_SET);
2334          throw gdcmFormatUnexpected("gdcmDocument::FindDocEntryLengthOB()",
2335                                     "Neither an Item tag nor a Sequence "
2336                                     "delimiter tag.");
2337       }
2338
2339       if ( elem == 0xe0dd )
2340       {
2341          foundSequenceDelimiter = true;
2342       }
2343
2344       uint32_t itemLength = ReadInt32();
2345       // We add 4 bytes since we just read the ItemLength with ReadInt32
2346       totalLength += itemLength + 4;
2347       SkipBytes(itemLength);
2348       
2349       if ( foundSequenceDelimiter )
2350       {
2351          break;
2352       }
2353    }
2354    fseek(Fp, positionOnEntry, SEEK_SET);
2355    return totalLength;
2356 }
2357
2358 /**
2359  * \brief Reads a supposed to be 16 Bits integer
2360  *       (swaps it depending on processor endianity) 
2361  * @return read value
2362  */
2363 uint16_t gdcmDocument::ReadInt16()
2364    throw( gdcmFormatError )
2365 {
2366    uint16_t g;
2367    size_t item_read = fread (&g, (size_t)2,(size_t)1, Fp);
2368    if ( item_read != 1 )
2369    {
2370       if( ferror(Fp) )
2371       {
2372          throw gdcmFormatError( "gdcmDocument::ReadInt16()", " file error." );
2373       }
2374       throw gdcmFormatError( "gdcmDocument::ReadInt16()", "EOF." );
2375    }
2376    g = SwapShort(g); 
2377    return g;
2378 }
2379
2380 /**
2381  * \brief  Reads a supposed to be 32 Bits integer
2382  *         (swaps it depending on processor endianity)  
2383  * @return read value
2384  */
2385 uint32_t gdcmDocument::ReadInt32()
2386    throw( gdcmFormatError )
2387 {
2388    uint32_t g;
2389    size_t item_read = fread (&g, (size_t)4,(size_t)1, Fp);
2390    if ( item_read != 1 )
2391    {
2392       if( ferror(Fp) )
2393       {
2394          throw gdcmFormatError( "gdcmDocument::ReadInt16()", " file error." );
2395       }
2396       throw gdcmFormatError( "gdcmDocument::ReadInt32()", "EOF." );
2397    }
2398    g = SwapLong(g);
2399    return g;
2400 }
2401
2402 /**
2403  * \brief skips bytes inside the source file 
2404  * \warning NOT end user intended method !
2405  * @return 
2406  */
2407 void gdcmDocument::SkipBytes(uint32_t nBytes)
2408 {
2409    //FIXME don't dump the returned value
2410    (void)fseek(Fp, (long)nBytes, SEEK_CUR);
2411 }
2412
2413 /**
2414  * \brief Loads all the needed Dictionaries
2415  * \warning NOT end user intended method !   
2416  */
2417 void gdcmDocument::Initialise() 
2418 {
2419    RefPubDict = gdcmGlobal::GetDicts()->GetDefaultPubDict();
2420    RefShaDict = NULL;
2421 }
2422
2423 /**
2424  * \brief   Discover what the swap code is (among little endian, big endian,
2425  *          bad little endian, bad big endian).
2426  *          sw is set
2427  * @return false when we are absolutely sure 
2428  *               it's neither ACR-NEMA nor DICOM
2429  *         true  when we hope ours assuptions are OK
2430  */
2431 bool gdcmDocument::CheckSwap()
2432 {
2433    // The only guaranted way of finding the swap code is to find a
2434    // group tag since we know it's length has to be of four bytes i.e.
2435    // 0x00000004. Finding the swap code in then straigthforward. Trouble
2436    // occurs when we can't find such group...
2437    
2438    uint32_t  x = 4;  // x : for ntohs
2439    bool net2host; // true when HostByteOrder is the same as NetworkByteOrder
2440    uint32_t  s32;
2441    uint16_t  s16;
2442        
2443    char deb[HEADER_LENGTH_TO_READ];
2444     
2445    // First, compare HostByteOrder and NetworkByteOrder in order to
2446    // determine if we shall need to swap bytes (i.e. the Endian type).
2447    if ( x == ntohs(x) )
2448    {
2449       net2host = true;
2450    }
2451    else
2452    {
2453       net2host = false;
2454    }
2455          
2456    // The easiest case is the one of a DICOM header, since it possesses a
2457    // file preamble where it suffice to look for the string "DICM".
2458    int lgrLue = fread(deb, 1, HEADER_LENGTH_TO_READ, Fp);
2459    (void)lgrLue;  //FIXME not used
2460    
2461    char *entCur = deb + 128;
2462    if( memcmp(entCur, "DICM", (size_t)4) == 0 )
2463    {
2464       dbg.Verbose(1, "gdcmDocument::CheckSwap:", "looks like DICOM Version3");
2465       
2466       // Next, determine the value representation (VR). Let's skip to the
2467       // first element (0002, 0000) and check there if we find "UL" 
2468       // - or "OB" if the 1st one is (0002,0001) -,
2469       // in which case we (almost) know it is explicit VR.
2470       // WARNING: if it happens to be implicit VR then what we will read
2471       // is the length of the group. If this ascii representation of this
2472       // length happens to be "UL" then we shall believe it is explicit VR.
2473       // FIXME: in order to fix the above warning, we could read the next
2474       // element value (or a couple of elements values) in order to make
2475       // sure we are not commiting a big mistake.
2476       // We need to skip :
2477       // * the 128 bytes of File Preamble (often padded with zeroes),
2478       // * the 4 bytes of "DICM" string,
2479       // * the 4 bytes of the first tag (0002, 0000),or (0002, 0001)
2480       // i.e. a total of  136 bytes.
2481       entCur = deb + 136;
2482      
2483       // FIXME : FIXME:
2484       // Sometimes (see : gdcmData/icone.dcm) group 0x0002 *is* Explicit VR,
2485       // but elem 0002,0010 (Transfert Syntax) tells us the file is
2486       // *Implicit* VR.  -and it is !- 
2487       
2488       if( memcmp(entCur, "UL", (size_t)2) == 0 ||
2489           memcmp(entCur, "OB", (size_t)2) == 0 ||
2490           memcmp(entCur, "UI", (size_t)2) == 0 ||
2491           memcmp(entCur, "CS", (size_t)2) == 0 )  // CS, to remove later
2492                                                     // when Write DCM *adds*
2493       // FIXME
2494       // Use gdcmDocument::dicom_vr to test all the possibilities
2495       // instead of just checking for UL, OB and UI !? group 0000 
2496       {
2497          Filetype = gdcmExplicitVR;
2498          dbg.Verbose(1, "gdcmDocument::CheckSwap:",
2499                      "explicit Value Representation");
2500       } 
2501       else 
2502       {
2503          Filetype = gdcmImplicitVR;
2504          dbg.Verbose(1, "gdcmDocument::CheckSwap:",
2505                      "not an explicit Value Representation");
2506       }
2507       
2508       if ( net2host )
2509       {
2510          SwapCode = 4321;
2511          dbg.Verbose(1, "gdcmDocument::CheckSwap:",
2512                         "HostByteOrder != NetworkByteOrder");
2513       }
2514       else 
2515       {
2516          SwapCode = 0;
2517          dbg.Verbose(1, "gdcmDocument::CheckSwap:",
2518                         "HostByteOrder = NetworkByteOrder");
2519       }
2520       
2521       // Position the file position indicator at first tag (i.e.
2522       // after the file preamble and the "DICM" string).
2523       rewind(Fp);
2524       fseek (Fp, 132L, SEEK_SET);
2525       return true;
2526    } // End of DicomV3
2527
2528    // Alas, this is not a DicomV3 file and whatever happens there is no file
2529    // preamble. We can reset the file position indicator to where the data
2530    // is (i.e. the beginning of the file).
2531    dbg.Verbose(1, "gdcmDocument::CheckSwap:", "not a DICOM Version3 file");
2532    rewind(Fp);
2533
2534    // Our next best chance would be to be considering a 'clean' ACR/NEMA file.
2535    // By clean we mean that the length of the first tag is written down.
2536    // If this is the case and since the length of the first group HAS to be
2537    // four (bytes), then determining the proper swap code is straightforward.
2538
2539    entCur = deb + 4;
2540    // We assume the array of char we are considering contains the binary
2541    // representation of a 32 bits integer. Hence the following dirty
2542    // trick :
2543    s32 = *((uint32_t *)(entCur));
2544       
2545    switch( s32 )
2546    {
2547       case 0x00040000 :
2548          SwapCode = 3412;
2549          Filetype = gdcmACR;
2550          return true;
2551       case 0x04000000 :
2552          SwapCode = 4321;
2553          Filetype = gdcmACR;
2554          return true;
2555       case 0x00000400 :
2556          SwapCode = 2143;
2557          Filetype = gdcmACR;
2558          return true;
2559       case 0x00000004 :
2560          SwapCode = 0;
2561          Filetype = gdcmACR;
2562          return true;
2563       default :
2564          // We are out of luck. It is not a DicomV3 nor a 'clean' ACR/NEMA file.
2565          // It is time for despaired wild guesses. 
2566          // So, let's check if this file wouldn't happen to be 'dirty' ACR/NEMA,
2567          //  i.e. the 'group length' element is not present :     
2568          
2569          //  check the supposed to be 'group number'
2570          //  0x0002 or 0x0004 or 0x0008
2571          //  to determine ' SwapCode' value .
2572          //  Only 0 or 4321 will be possible 
2573          //  (no oportunity to check for the formerly well known
2574          //  ACR-NEMA 'Bad Big Endian' or 'Bad Little Endian' 
2575          //  if unsuccessfull (i.e. neither 0x0002 nor 0x0200 etc -4, 8-) 
2576          //  the file IS NOT ACR-NEMA nor DICOM V3
2577          //  Find a trick to tell it the caller...
2578       
2579          s16 = *((uint16_t *)(deb));
2580       
2581          switch ( s16 )
2582          {
2583             case 0x0002 :
2584             case 0x0004 :
2585             case 0x0008 :      
2586                SwapCode = 0;
2587                Filetype = gdcmACR;
2588                return true;
2589             case 0x0200 :
2590             case 0x0400 :
2591             case 0x0800 : 
2592                SwapCode = 4321;
2593                Filetype = gdcmACR;
2594                return true;
2595             default :
2596                dbg.Verbose(0, "gdcmDocument::CheckSwap:",
2597                      "ACR/NEMA unfound swap info (Really hopeless !)"); 
2598                Filetype = gdcmUnknown;     
2599                return false;
2600          }
2601          // Then the only info we have is the net2host one.
2602          //if (! net2host )
2603          //   SwapCode = 0;
2604          //else
2605          //  SwapCode = 4321;
2606          //return;
2607    }
2608 }
2609
2610 /**
2611  * \brief Restore the unproperly loaded values i.e. the group, the element
2612  *        and the dictionary entry depending on them. 
2613  */
2614 void gdcmDocument::SwitchSwapToBigEndian() 
2615 {
2616    dbg.Verbose(1, "gdcmDocument::SwitchSwapToBigEndian",
2617                   "Switching to BigEndian mode.");
2618    if ( SwapCode == 0    ) 
2619    {
2620       SwapCode = 4321;
2621    }
2622    else if ( SwapCode == 4321 ) 
2623    {
2624       SwapCode = 0;
2625    }
2626    else if ( SwapCode == 3412 ) 
2627    {
2628       SwapCode = 2143;
2629    }
2630    else if ( SwapCode == 2143 )
2631    {
2632       SwapCode = 3412;
2633    }
2634 }
2635
2636 /**
2637  * \brief  during parsing, Header Elements too long are not loaded in memory 
2638  * @param newSize
2639  */
2640 void gdcmDocument::SetMaxSizeLoadEntry(long newSize) 
2641 {
2642    if ( newSize < 0 )
2643    {
2644       return;
2645    }
2646    if ((uint32_t)newSize >= (uint32_t)0xffffffff )
2647    {
2648       MaxSizeLoadEntry = 0xffffffff;
2649       return;
2650    }
2651    MaxSizeLoadEntry = newSize;
2652 }
2653
2654
2655 /**
2656  * \brief Header Elements too long will not be printed
2657  * \todo  See comments of \ref gdcmDocument::MAX_SIZE_PRINT_ELEMENT_VALUE 
2658  * @param newSize
2659  */
2660 void gdcmDocument::SetMaxSizePrintEntry(long newSize) 
2661 {
2662    //DOH !! This is exactly SetMaxSizeLoadEntry FIXME FIXME
2663    if ( newSize < 0 )
2664    {
2665       return;
2666    }
2667    if ((uint32_t)newSize >= (uint32_t)0xffffffff )
2668    {
2669       MaxSizePrintEntry = 0xffffffff;
2670       return;
2671    }
2672    MaxSizePrintEntry = newSize;
2673 }
2674
2675
2676
2677 /**
2678  * \brief   Read the next tag but WITHOUT loading it's value
2679  *          (read the 'Group Number', the 'Element Number',
2680  *           gets the Dict Entry
2681  *          gets the VR, gets the length, gets the offset value)
2682  * @return  On succes the newly created DocEntry, NULL on failure.      
2683  */
2684 gdcmDocEntry* gdcmDocument::ReadNextDocEntry()
2685 {
2686    uint16_t group;
2687    uint16_t elem;
2688
2689    try
2690    {
2691       group = ReadInt16();
2692       elem  = ReadInt16();
2693    }
2694    catch ( gdcmFormatError e )
2695    {
2696       // We reached the EOF (or an error occured) therefore 
2697       // header parsing has to be considered as finished.
2698       //std::cout << e;
2699       return 0;
2700    }
2701
2702    gdcmDocEntry *newEntry = NewDocEntryByNumber(group, elem);
2703    FindDocEntryVR(newEntry);
2704
2705    try
2706    {
2707       FindDocEntryLength(newEntry);
2708    }
2709    catch ( gdcmFormatError e )
2710    {
2711       // Call it quits
2712       //std::cout << e;
2713       delete newEntry;
2714       return 0;
2715    }
2716
2717    newEntry->SetOffset(ftell(Fp));  
2718
2719    return newEntry;
2720 }
2721
2722
2723 /**
2724  * \brief   Generate a free gdcmTagKey i.e. a gdcmTagKey that is not present
2725  *          in the TagHt dictionary.
2726  * @param   group The generated tag must belong to this group.  
2727  * @return  The element of tag with given group which is fee.
2728  */
2729 uint32_t gdcmDocument::GenerateFreeTagKeyInGroup(uint16_t group) 
2730 {
2731    for (uint32_t elem = 0; elem < UINT32_MAX; elem++) 
2732    {
2733       gdcmTagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, elem);
2734       if (TagHT.count(key) == 0)
2735       {
2736          return elem;
2737       }
2738    }
2739    return UINT32_MAX;
2740 }
2741
2742 /**
2743  * \brief   Assuming the internal file pointer \ref gdcmDocument::Fp 
2744  *          is placed at the beginning of a tag check whether this
2745  *          tag is (TestGroup, TestElement).
2746  * \warning On success the internal file pointer \ref gdcmDocument::Fp
2747  *          is modified to point after the tag.
2748  *          On failure (i.e. when the tag wasn't the expected tag
2749  *          (TestGroup, TestElement) the internal file pointer
2750  *          \ref gdcmDocument::Fp is restored to it's original position.
2751  * @param   testGroup   The expected group of the tag.
2752  * @param   testElement The expected Element of the tag.
2753  * @return  True on success, false otherwise.
2754  */
2755 bool gdcmDocument::ReadTag(uint16_t testGroup, uint16_t testElement)
2756 {
2757    long positionOnEntry = ftell(Fp);
2758    long currentPosition = ftell(Fp);          // On debugging purposes
2759
2760    //// Read the Item Tag group and element, and make
2761    // sure they are what we expected:
2762    uint16_t itemTagGroup   = ReadInt16();
2763    uint16_t itemTagElement = ReadInt16();
2764    if ( itemTagGroup != testGroup || itemTagElement != testElement )
2765    {
2766       std::ostringstream s;
2767       s << "   We should have found tag (";
2768       s << std::hex << testGroup << "," << testElement << ")" << std::endl;
2769       s << "   but instead we encountered tag (";
2770       s << std::hex << itemTagGroup << "," << itemTagElement << ")"
2771         << std::endl;
2772       s << "  at address: " << (unsigned)currentPosition << std::endl;
2773       dbg.Verbose(0, "gdcmDocument::ReadItemTagLength: wrong Item Tag found:");
2774       dbg.Verbose(0, s.str().c_str());
2775       fseek(Fp, positionOnEntry, SEEK_SET);
2776
2777       return false;
2778    }
2779    return true;
2780 }
2781
2782 /**
2783  * \brief   Assuming the internal file pointer \ref gdcmDocument::Fp 
2784  *          is placed at the beginning of a tag (TestGroup, TestElement),
2785  *          read the length associated to the Tag.
2786  * \warning On success the internal file pointer \ref gdcmDocument::Fp
2787  *          is modified to point after the tag and it's length.
2788  *          On failure (i.e. when the tag wasn't the expected tag
2789  *          (TestGroup, TestElement) the internal file pointer
2790  *          \ref gdcmDocument::Fp is restored to it's original position.
2791  * @param   testGroup   The expected group of the tag.
2792  * @param   testElement The expected Element of the tag.
2793  * @return  On success returns the length associated to the tag. On failure
2794  *          returns 0.
2795  */
2796 uint32_t gdcmDocument::ReadTagLength(uint16_t testGroup, uint16_t testElement)
2797 {
2798    long positionOnEntry = ftell(Fp);
2799    (void)positionOnEntry;
2800
2801    if ( !ReadTag(testGroup, testElement) )
2802    {
2803       return 0;
2804    }
2805                                                                                 
2806    //// Then read the associated Item Length
2807    long currentPosition = ftell(Fp);
2808    uint32_t itemLength  = ReadInt32();
2809    {
2810       std::ostringstream s;
2811       s << "Basic Item Length is: "
2812         << itemLength << std::endl;
2813       s << "  at address: " << (unsigned)currentPosition << std::endl;
2814       dbg.Verbose(0, "gdcmDocument::ReadItemTagLength: ", s.str().c_str());
2815    }
2816    return itemLength;
2817 }
2818
2819 /**
2820  * \brief   Parse pixel data from disk for multi-fragment Jpeg/Rle files
2821  *          No other way so 'skip' the Data
2822  */
2823 void gdcmDocument::Parse7FE0 ()
2824 {
2825    gdcmDocEntry* element = GetDocEntryByNumber(0x0002, 0x0010);
2826    if ( !element )
2827    {
2828       // Should warn user FIXME
2829       return;
2830    }
2831       
2832    if (   IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax()
2833        || IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax()
2834        || IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax() /// \todo 1.2.2 ??? A verifier !
2835        || IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() )
2836    {
2837       return;
2838    }
2839
2840    // ---------------- for Parsing : Position on begining of Jpeg/RLE Pixels 
2841
2842    //// Read the Basic Offset Table Item Tag length...
2843    uint32_t itemLength = ReadTagLength(0xfffe, 0xe000);
2844
2845    //// ... and then read length[s] itself[themselves]. We don't use
2846    // the values read (BTW  what is the purpous of those lengths ?)
2847    if ( itemLength != 0 )
2848    {
2849       // BTW, what is the purpous of those length anyhow !? 
2850       char* basicOffsetTableItemValue = new char[itemLength + 1];
2851       fread(basicOffsetTableItemValue, itemLength, 1, Fp);
2852
2853       for (unsigned int i=0; i < itemLength; i += 4 )
2854       {
2855          uint32_t individualLength = str2num(&basicOffsetTableItemValue[i],uint32_t);
2856          std::ostringstream s;
2857          s << "   Read one length: ";
2858          s << std::hex << individualLength << std::endl;
2859          dbg.Verbose(0, "gdcmDocument::Parse7FE0: ", s.str().c_str());
2860       }
2861       delete[] basicOffsetTableItemValue;
2862    }
2863
2864    if ( ! IsRLELossLessTransferSyntax() )
2865    {
2866       // JPEG Image
2867       
2868       //// We then skip (not reading them) all the fragments of images:
2869       while ( (itemLength = ReadTagLength(0xfffe, 0xe000)) )
2870       {
2871          SkipBytes(itemLength);
2872       }
2873    }
2874    else
2875    {
2876       // RLE Image
2877       long ftellRes;
2878       long rleSegmentLength[15], fragmentLength;
2879
2880       // While we find some items:
2881       while ( (fragmentLength = ReadTagLength(0xfffe, 0xe000)) )
2882       { 
2883          // Parse fragments of the current Fragment (Frame)    
2884          //------------------ scanning (not reading) fragment pixels
2885          uint32_t nbRleSegments = ReadInt32();
2886  
2887          //// Reading RLE Segments Offset Table
2888          uint32_t rleSegmentOffsetTable[15];
2889          for(int k=1; k<=15; k++)
2890          {
2891             ftellRes = ftell(Fp);
2892             rleSegmentOffsetTable[k] = ReadInt32();
2893          }
2894
2895          // skipping (not reading) RLE Segments
2896          if ( nbRleSegments > 1)
2897          {
2898             for(unsigned int k = 1; k <= nbRleSegments-1; k++)
2899             {
2900                 rleSegmentLength[k] =  rleSegmentOffsetTable[k+1]
2901                                      - rleSegmentOffsetTable[k];
2902                 ftellRes = ftell(Fp);
2903                 SkipBytes(rleSegmentLength[k]);
2904              }
2905           }
2906
2907           rleSegmentLength[nbRleSegments] = fragmentLength 
2908                                           - rleSegmentOffsetTable[nbRleSegments];
2909           ftellRes = ftell(Fp);
2910           SkipBytes(rleSegmentLength[nbRleSegments]);
2911       }
2912
2913       // Make sure that at the end of the item we encounter a 'Sequence
2914       // Delimiter Item':
2915       if ( !ReadTag(0xfffe, 0xe0dd) )
2916       {
2917          dbg.Verbose(0, "gdcmDocument::Parse7FE0: no sequence delimiter item");
2918          dbg.Verbose(0, "    at end of RLE item sequence");
2919       }
2920    }
2921 }
2922
2923 /**
2924  * \brief Walk recursively the given \ref gdcmDocEntrySet, and feed
2925  *        the given hash table (\ref TagDocEntryHT) with all the
2926  *        \ref gdcmDocEntry (Dicom entries) encountered.
2927  *        This method does the job for \ref BuildFlatHashTable.
2928  * @param builtHT Where to collect all the \ref gdcmDocEntry encountered
2929  *        when recursively walking the given set.
2930  * @param set The structure to be traversed (recursively).
2931  */
2932 void gdcmDocument::BuildFlatHashTableRecurse( TagDocEntryHT& builtHT,
2933                                               gdcmDocEntrySet* set )
2934
2935    if (gdcmElementSet* elementSet = dynamic_cast< gdcmElementSet* > ( set ) )
2936    {
2937       TagDocEntryHT* currentHT = elementSet->GetTagHT();
2938       for( TagDocEntryHT::const_iterator i  = currentHT->begin();
2939                                          i != currentHT->end();
2940                                        ++i)
2941       {
2942          gdcmDocEntry* entry = i->second;
2943          if ( gdcmSeqEntry* seqEntry = dynamic_cast<gdcmSeqEntry*>(entry) )
2944          {
2945             ListSQItem& items = seqEntry->GetSQItems();
2946             for( ListSQItem::const_iterator item  = items.begin();
2947                                             item != items.end();
2948                                           ++item)
2949             {
2950                BuildFlatHashTableRecurse( builtHT, *item );
2951             }
2952             continue;
2953          }
2954          builtHT[entry->GetKey()] = entry;
2955       }
2956       return;
2957     }
2958
2959    if (gdcmSQItem* SQItemSet = dynamic_cast< gdcmSQItem* > ( set ) )
2960    {
2961       ListDocEntry& currentList = SQItemSet->GetDocEntries();
2962       for (ListDocEntry::iterator i  = currentList.begin();
2963                                   i != currentList.end();
2964                                 ++i)
2965       {
2966          gdcmDocEntry* entry = *i;
2967          if ( gdcmSeqEntry* seqEntry = dynamic_cast<gdcmSeqEntry*>(entry) )
2968          {
2969             ListSQItem& items = seqEntry->GetSQItems();
2970             for( ListSQItem::const_iterator item  = items.begin();
2971                                             item != items.end();
2972                                           ++item)
2973             {
2974                BuildFlatHashTableRecurse( builtHT, *item );
2975             }
2976             continue;
2977          }
2978          builtHT[entry->GetKey()] = entry;
2979       }
2980
2981    }
2982 }
2983
2984 /**
2985  * \brief Build a \ref TagDocEntryHT (i.e. a std::map<>) from the current
2986  *        gdcmDocument.
2987  *
2988  *        The structure used by a gdcmDocument (through \ref gdcmElementSet),
2989  *        in order to old the parsed entries of a Dicom header, is a recursive
2990  *        one. This is due to the fact that the sequences (when present)
2991  *        can be nested. Additionaly, the sequence items (represented in
2992  *        gdcm as \ref gdcmSQItem) add an extra complexity to the data
2993  *        structure. Hence, a gdcm user whishing to visit all the entries of
2994  *        a Dicom header will need to dig in the gdcm internals (which
2995  *        implies exposing all the internal data structures to the API).
2996  *        In order to avoid this burden to the user, \ref BuildFlatHashTable
2997  *        recursively builds a temporary hash table, which holds all the
2998  *        Dicom entries in a flat structure (a \ref TagDocEntryHT i.e. a
2999  *        std::map<>).
3000  * \warning Of course there is NO integrity constrain between the 
3001  *        returned \ref TagDocEntryHT and the \ref gdcmElementSet used
3002  *        to build it. Hence if the underlying \ref gdcmElementSet is
3003  *        altered, then it is the caller responsability to invoke 
3004  *        \ref BuildFlatHashTable again...
3005  * @return The flat std::map<> we juste build.
3006  */
3007 TagDocEntryHT* gdcmDocument::BuildFlatHashTable()
3008 {
3009    TagDocEntryHT* FlatHT = new TagDocEntryHT;
3010    BuildFlatHashTableRecurse( *FlatHT, this );
3011    return FlatHT;
3012 }
3013
3014
3015
3016 /**
3017  * \brief   Compares two documents, according to \ref gdcmDicomDir rules
3018  * \warning Does NOT work with ACR-NEMA files
3019  * \todo    Find a trick to solve the pb (use RET fields ?)
3020  * @param   document
3021  * @return  true if 'smaller'
3022  */
3023 bool gdcmDocument::operator<(gdcmDocument &document)
3024 {
3025    // Patient Name
3026    std::string s1 = GetEntryByNumber(0x0010,0x0010);
3027    std::string s2 = document.GetEntryByNumber(0x0010,0x0010);
3028    if(s1 < s2)
3029    {
3030       return true;
3031    }
3032    else if( s1 > s2 )
3033    {
3034       return false;
3035    }
3036    else
3037    {
3038       // Patient ID
3039       s1 = GetEntryByNumber(0x0010,0x0020);
3040       s2 = document.GetEntryByNumber(0x0010,0x0020);
3041       if ( s1 < s2 )
3042       {
3043          return true;
3044       }
3045       else if ( s1 > s2 )
3046       {
3047          return false;
3048       }
3049       else
3050       {
3051          // Study Instance UID
3052          s1 = GetEntryByNumber(0x0020,0x000d);
3053          s2 = document.GetEntryByNumber(0x0020,0x000d);
3054          if ( s1 < s2 )
3055          {
3056             return true;
3057          }
3058          else if( s1 > s2 )
3059          {
3060             return false;
3061          }
3062          else
3063          {
3064             // Serie Instance UID
3065             s1 = GetEntryByNumber(0x0020,0x000e);
3066             s2 = document.GetEntryByNumber(0x0020,0x000e);    
3067             if ( s1 < s2 )
3068             {
3069                return true;
3070             }
3071             else if( s1 > s2 )
3072             {
3073                return false;
3074             }
3075          }
3076       }
3077    }
3078    return false;
3079 }
3080
3081
3082 //-----------------------------------------------------------------------------