src/gdcmDocument.h

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmDocument.h,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/11/29 17:21:34 $
   7   Version:   $Revision: 1.137 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #ifndef GDCMDOCUMENT_H
  20 #define GDCMDOCUMENT_H
  21
  22 #include "gdcmVR.h"
  23 #include "gdcmDict.h"
  24 #include "gdcmElementSet.h"
  25 #include "gdcmException.h"
  26 #include "gdcmDebug.h"  // for LEGACY
  27 #include "gdcmCommandManager.h"
  28
  29 #include <map>
  30 #include <list>
  31 #include <fstream>
  32
  33 namespace gdcm
  34 {
  35 class SeqEntry;
  36 class Dict;
  37
  38 //-----------------------------------------------------------------------------
  39 /**
  40  * \brief Derived by both gdcm::File and gdcm::DicomDir
  41  */
  42 class GDCM_EXPORT Document : public ElementSet
  43 {
  44    gdcmTypeMacro(Document);
  45
  46 public:
  47    typedef std::list<DicomElement> ListElements;
  48
  49 // Loading
  50    //Deprecated : use SetFileName() + Load()
  51    //GDCM_LEGACY(  virtual bool Load( std::string const &filename )  );
  52    //virtual bool Load( std::string const &filename );
  53    virtual bool Load( );
  54
  55 // Dictionaries
  56    Dict *GetPubDict();
  57    Dict *GetShaDict();
  58    bool SetShaDict(Dict *dict);
  59    bool SetShaDict(DictKey const &dictName);
  60
  61 // Informations contained in the gdcm::Document
  62    bool IsParsable();
  63    virtual bool IsReadable();
  64    bool IsDicomV3();
  65    bool IsPapyrus();
  66    FileType GetFileType();
  67    std::string GetTransferSyntax();
  68    /// Return the Transfer Syntax as a string
  69    std::string GetTransferSyntaxName();
  70
  71 // Swap code
  72    /// 'Swap code' accessor (see \ref SwapCode )
  73    int GetSwapCode() { return SwapCode; }
  74
  75 // File I/O
  76    /// Accessor to \ref Filename
  77    const std::string &GetFileName() const { return Filename; }
  78    /// Accessor to \ref Filename
  79    virtual void SetFileName(std::string const &fileName)
  80                    { if (Filename != fileName)
  81                         Filename = fileName, IsDocumentModified = true; }
  82
  83    std::ifstream *OpenFile();
  84    bool CloseFile();
  85    void WriteContent( std::ofstream *fp, FileType type );
  86
  87 // Content entries
  88    virtual void LoadEntryBinArea(uint16_t group, uint16_t elem);
  89    virtual void LoadEntryBinArea(DataEntry *entry);
  90
  91    void LoadDocEntrySafe(DocEntry *entry);
  92    void AddForceLoadElement(uint16_t group, uint16_t elem);
  93
  94 // Ordering of Documents
  95    bool operator<(Document &document);
  96
  97 /**
  98  * \brief Sets the LoadMode as a boolean string.
  99  *        LD_NOSEQ, LD_NOSHADOW, LD_NOSHADOWSEQ
 100  ... (nothing more, right now)
 101  *        WARNING : before using NO_SHADOW, be sure *all* your files
 102  *        contain accurate values in the 0x0000 element (if any)
 103  *        of *each* Shadow Group. The parser will fail if the size is wrong !
 104  * @param   mode Load mode to be used
 105  */
 106    void SetLoadMode (int mode) { if (LoadMode != mode)
 107                                      LoadMode=mode, IsDocumentModified = true; }
 108
 109 protected:
 110 // Methods
 111    // Constructor and destructor are protected to forbid end user
 112    // to instanciate from this class Document (only gdcm::File and
 113    // gdcm::DicomDir are meaningfull).
 114    Document();
 115    virtual ~Document();
 116
 117    virtual void CallStartMethod();
 118    virtual void CallProgressMethod();
 119    virtual void CallEndMethod();
 120
 121    uint16_t ReadInt16() throw ( FormatError );
 122    uint32_t ReadInt32() throw ( FormatError );
 123    void     SkipBytes(uint32_t);
 124    int ComputeGroup0002Length( );
 125
 126 // Variables
 127    /// Refering underlying filename.
 128    std::string Filename;
 129
 130    /// \brief Swap code gives an information on the byte order of a
 131    ///  supposed to be an int32, as it's read on disc
 132    /// (depending on the image Transfer Syntax *and* on the processor endianess)
 133    /// as opposed as it should in memory to be dealt as an int32.
 134    /// For instance :
 135    /// - a 'Little Endian' image, read with a little endian processor
 136    /// will have a SwapCode= 1234 (the order is OK; nothing to do)
 137    /// - a 'Little Endian' image, read with a big endian procesor
 138    /// will have a SwapCode= 4321 (the order is wrong; int32 an int16 must be
 139    /// swapped)
 140    /// note : values 2143, 4321, 3412 remain for the ACR-NEMA time, and
 141    /// the well known 'Bad Big Endian' and 'Bad Little Endian' codes
 142    int SwapCode;
 143
 144    ///\brief whether we already parsed group 0002 (Meta Elements)
 145    bool Group0002Parsed;
 146
 147    ///\brief whether file has a DCM Preamble
 148    bool HasDCMPreamble;
 149
 150    /// File Pointer, opened during Document parsing.
 151    std::ifstream *Fp;
 152
 153    /// ACR, ACR_LIBIDO, ExplicitVR, ImplicitVR, Unknown
 154    FileType Filetype;
 155
 156    /// After opening the file, we read HEADER_LENGTH_TO_READ bytes.
 157    static const unsigned int HEADER_LENGTH_TO_READ;
 158    /// \brief Elements whose value is longer than MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE
 159    /// are NOT loaded.
 160    static const unsigned int MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE;
 161
 162    /// User supplied list of elements to Anonymize
 163    ListElements UserAnonymizeList;
 164
 165    /// User supplied list of elements to force Load
 166    ListElements UserForceLoadList;
 167
 168    /// \brief Bit string integer (each one considered as a boolean)
 169    ///        Bit 0 : Skip Sequences,    if possible
 170    ///        Bit 1 : Skip Shadow Groups if possible
 171    ///        Probabely, some more to add
 172    int LoadMode;
 173
 174    /// \brief Whether the gdcm::Document is already parsed/loaded :
 175    /// False from the creation of the gdcm::Document untill
 176    ///   gdcm::Document:Load()
 177    bool IsDocumentAlreadyLoaded; // FIXME : probabely useless now
 178
 179    /// Whether the gdcm::Document was modified since the last Load()
 180    bool IsDocumentModified;
 181
 182 private:
 183 // Methods
 184    void Initialize();
 185    bool DoTheLoadingDocumentJob();
 186
 187       // System access (meaning endian related !?)
 188    uint16_t SwapShort(uint16_t);
 189    uint32_t SwapLong(uint32_t);
 190    double SwapDouble(double);
 191    /// \brief  Unswaps back the bytes of 2-bytes long integer
 192    ///         so they agree with the processor order.
 193    uint16_t UnswapShort(uint16_t a) { return SwapShort(a);}
 194    /// \brief  Unswaps back the bytes of 4-byte long integer
 195    ///         so they agree with the processor order.
 196    uint32_t UnswapLong(uint32_t a) { return SwapLong(a);}
 197
 198    // Read
 199    void ParseDES(DocEntrySet *set, long offset, long l_max, bool delim_mode);
 200    void ParseSQ (SeqEntry *seq,    long offset, long l_max, bool delim_mode);
 201
 202    void LoadDocEntry         (DocEntry *e, bool forceLoad = false);
 203    void FindDocEntryLength   (DocEntry *e) throw ( FormatError );
 204    uint32_t FindDocEntryLengthOBOrOW() throw( FormatUnexpected );
 205    VRKey FindDocEntryVR();
 206    bool CheckDocEntryVR      (const VRKey &k);
 207
 208    void SkipDocEntry          (DocEntry *entry);
 209    void SkipToNextDocEntry    (DocEntry *entry);
 210
 211    void FixDocEntryFoundLength(DocEntry *entry, uint32_t l);
 212    bool IsDocEntryAnInteger   (DocEntry *entry);
 213
 214    bool CheckSwap();
 215    void SwitchByteSwapCode();
 216    void SetMaxSizeLoadEntry(long);
 217
 218    // DocEntry related utilities
 219    DocEntry *ReadNextDocEntry();
 220
 221    void HandleBrokenEndian  (uint16_t &group, uint16_t &elem);
 222    void HandleOutOfGroup0002(uint16_t &group, uint16_t &elem);
 223    DocEntry *Backtrack(DocEntry *docEntry);
 224
 225 // Variables
 226 protected:
 227    /// value of the ??? for any progress bar
 228    float Progress;
 229    mutable bool Abort;
 230
 231    /// Public dictionary used to parse this header
 232    Dict *RefPubDict;
 233    /// \brief Optional "shadow dictionary" (private elements) used to parse
 234    /// this header
 235    Dict *RefShaDict;
 236
 237    /// \brief Size threshold above which an element value will NOT be loaded
 238    /// in memory (to avoid loading the image/volume itself). By default,
 239    /// this upper bound is fixed to 1024 bytes (which might look reasonable
 240    /// when one considers the definition of the various VR contents).
 241    uint32_t MaxSizeLoadEntry;
 242
 243    /// \brief to allow any inner method to know current tag Group number
 244    uint16_t CurrentGroup;
 245    /// \brief to allow any inner method to know current tag Element number
 246    uint16_t CurrentElem;
 247
 248 //  uint32_t GenerateFreeTagKeyInGroup(uint16_t group);
 249 //  void BuildFlatHashTableRecurse( TagDocEntryHT &builtHT,
 250 //                                  DocEntrySet *set );
 251
 252 };
 253
 254 } // end namespace gdcm
 255
 256 //-----------------------------------------------------------------------------
 257 #endif