src/gdcmDocument.h

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmDocument.h,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/07/11 12:52:51 $
   7   Version:   $Revision: 1.116 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #ifndef GDCMDOCUMENT_H
  20 #define GDCMDOCUMENT_H
  21
  22 #include "gdcmVR.h"
  23 #include "gdcmDict.h"
  24 #include "gdcmElementSet.h"
  25 #include "gdcmException.h"
  26
  27 #include <map>
  28 #include <list>
  29 #include <fstream>
  30
  31 #define NO_SEQ        0x00000001  // Don't load odd groups
  32 #define NO_SHADOW     0x00000002  // Don't load Sequences
  33 #define NO_SHADOWSEQ  0x00000004  // Don't load Sequences if they belong to odd group
  34                                   // (*exclusive* from NO_SEQ and NO_SHADOW)
  35 namespace gdcm
  36 {
  37 class ValEntry;
  38 class BinEntry;
  39 class SeqEntry;
  40 class Dict;
  41
  42 //-----------------------------------------------------------------------------
  43 /**
  44  * \brief Derived by both gdcm::File and gdcm::DicomDir
  45  */
  46 class GDCM_EXPORT Document : public ElementSet
  47 {
  48 public:
  49
  50 typedef std::list<Element> ListElements;
  51
  52 // Loading
  53    virtual bool Load( std::string const &filename );
  54    virtual bool Load( );
  55
  56 // Dictionaries
  57    Dict *GetPubDict();
  58    Dict *GetShaDict();
  59    bool SetShaDict(Dict *dict);
  60    bool SetShaDict(DictKey const &dictName);
  61
  62 // Informations contained in the gdcm::Document
  63    virtual bool IsReadable();
  64    bool IsDicomV3();
  65    bool IsPapyrus();
  66    FileType GetFileType();
  67    std::string GetTransferSyntax();
  68    /// Return the Transfer Syntax as a string
  69    std::string GetTransferSyntaxName();
  70
  71 // Swap code
  72    /// 'Swap code' accessor (see \ref SwapCode )
  73    int GetSwapCode() { return SwapCode; }
  74    // System access (meaning endian related !?)
  75    uint16_t SwapShort(uint16_t);
  76    uint32_t SwapLong(uint32_t);
  77    /// \brief  Unswaps back the bytes of 2-bytes long integer
  78    ///         so they agree with the processor order.
  79    uint16_t UnswapShort(uint16_t a) { return SwapShort(a);}
  80    /// \brief  Unswaps back the bytes of 4-byte long integer
  81    ///         so they agree with the processor order.
  82    uint32_t UnswapLong(uint32_t a) { return SwapLong(a);}
  83
  84 // File I/O
  85    /// Accessor to \ref Filename
  86    const std::string &GetFileName() const { return Filename; }
  87    /// Accessor to \ref Filename
  88    virtual void SetFileName(std::string const &fileName)
  89                    { if (Filename != fileName)
  90                         Filename = fileName, IsDocumentModified = true; }
  91
  92    std::ifstream *OpenFile();
  93    bool CloseFile();
  94    void WriteContent( std::ofstream *fp, FileType type );
  95
  96 // Content entries
  97    virtual void LoadEntryBinArea(uint16_t group, uint16_t elem);
  98    virtual void LoadEntryBinArea(BinEntry *entry);
  99
 100    void LoadDocEntrySafe(DocEntry *entry);
 101
 102 // Ordering of Documents
 103    bool operator<(Document &document);
 104
 105 /**
 106  * \brief Sets the LoadMode as a boolean string.
 107  *        NO_SEQ, NO_SHADOW, NO_SHADOWSEQ
 108  ... (nothing more, right now)
 109  *        WARNING : before using NO_SHADOW, be sure *all* your files
 110  *        contain accurate values in the 0x0000 element (if any)
 111  *        of *each* Shadow Group. The parser will fail if the size is wrong !
 112  * @param   mode Load mode to be used
 113  */
 114    void SetLoadMode (int mode) { if (LoadMode != mode)
 115                                      LoadMode = mode, IsDocumentModified = true; }
 116
 117 protected:
 118 // Methods
 119    // Constructor and destructor are protected to forbid end user
 120    // to instanciate from this class Document (only gdcm::File and
 121    // gdcm::DicomDir are meaningfull).
 122    Document();
 123    Document( std::string const &filename );
 124    virtual ~Document();
 125
 126    uint16_t ReadInt16() throw ( FormatError );
 127    uint32_t ReadInt32() throw ( FormatError );
 128    void     SkipBytes(uint32_t);
 129    int ComputeGroup0002Length( FileType filetype );
 130
 131 // Variables
 132    /// Refering underlying filename.
 133    std::string Filename;
 134
 135    /// \brief Swap code gives an information on the byte order of a
 136    ///  supposed to be an int32, as it's read on disc
 137    /// (depending on the image Transfer Syntax *and* on the processor endianess)
 138    /// as opposed as it should in memory to be dealt as an int32.
 139    /// For instance :
 140    /// - a 'Little Endian' image, read with a little endian processor
 141    /// will have a SwapCode= 1234 (the order is OK; nothing to do)
 142    /// - a 'Little Endian' image, read with a big endian procesor
 143    /// will have a SwapCode= 4321 (the order is wrong; int32 an int16 must be
 144    /// swapped)
 145    /// note : values 2143, 4321, 3412 remain for the ACR-NEMA time, and
 146    /// the well known 'Bad Big Endian' and 'Bad Little Endian' codes
 147    int SwapCode;
 148
 149    ///\brief whether we already parsed group 0002 (Meta Elements)
 150    bool Group0002Parsed;
 151
 152    ///\brief whether file has a DCM Preamble
 153    bool HasDCMPreamble;
 154
 155    /// File Pointer, opened during Document parsing.
 156    std::ifstream *Fp;
 157
 158    /// ACR, ACR_LIBIDO, ExplicitVR, ImplicitVR, Unknown
 159    FileType Filetype;
 160
 161    /// After opening the file, we read HEADER_LENGTH_TO_READ bytes.
 162    static const unsigned int HEADER_LENGTH_TO_READ;
 163    /// \brief Elements whose value is longer than MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE
 164    /// are NOT loaded.
 165    static const unsigned int MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE;
 166
 167    /// List of elements to Anonymize
 168    ListElements AnonymizeList;
 169
 170    /// \brief Bit string integer (each one considered as a boolean)
 171    ///        Bit 0 : Skip Sequences,    if possible
 172    ///        Bit 1 : Skip Shadow Groups if possible
 173    ///        Probabely, some more to add
 174    int LoadMode;
 175
 176    /// \brief Whether the gdcm::Document is already parsed/loaded :
 177    /// False from the creation of the gdcm::Document untill
 178    ///   gdcm::Document:Load()
 179    bool IsDocumentAlreadyLoaded; // FIXME : probabely useless now
 180
 181    /// Whether the gdcm::Document was modified since the last Load()
 182    bool IsDocumentModified;
 183
 184 private:
 185 // Methods
 186    void Initialize();
 187    bool DoTheLoadingDocumentJob();
 188    // Read
 189    void ParseDES(DocEntrySet *set, long offset, long l_max, bool delim_mode);
 190    void ParseSQ (SeqEntry *seq,    long offset, long l_max, bool delim_mode);
 191
 192    void LoadDocEntry         (DocEntry *e);
 193    void FindDocEntryLength   (DocEntry *e) throw ( FormatError );
 194    uint32_t FindDocEntryLengthOBOrOW() throw( FormatUnexpected );
 195    std::string FindDocEntryVR();
 196    bool CheckDocEntryVR      (VRKey k);
 197
 198    std::string GetDocEntryValue  (DocEntry *entry);
 199    std::string GetDocEntryUnvalue(DocEntry *entry);
 200
 201    void SkipDocEntry          (DocEntry *entry);
 202    void SkipToNextDocEntry    (DocEntry *entry);
 203
 204    void FixDocEntryFoundLength(DocEntry *entry, uint32_t l);
 205    bool IsDocEntryAnInteger   (DocEntry *entry);
 206
 207    bool CheckSwap();
 208    void SwitchByteSwapCode();
 209    void SetMaxSizeLoadEntry(long);
 210
 211    // DocEntry related utilities
 212    DocEntry *ReadNextDocEntry();
 213
 214    void HandleBrokenEndian  (uint16_t &group, uint16_t &elem);
 215    void HandleOutOfGroup0002(uint16_t &group, uint16_t &elem);
 216
 217 // Variables
 218    /// Public dictionary used to parse this header
 219    Dict *RefPubDict;
 220    /// \brief Optional "shadow dictionary" (private elements) used to parse
 221    /// this header
 222    Dict *RefShaDict;
 223
 224    /// \brief Size threshold above which an element value will NOT be loaded
 225    /// in memory (to avoid loading the image/volume itself). By default,
 226    /// this upper bound is fixed to 1024 bytes (which might look reasonable
 227    /// when one considers the definition of the various VR contents).
 228    uint32_t MaxSizeLoadEntry;
 229
 230 //  uint32_t GenerateFreeTagKeyInGroup(uint16_t group);
 231 //  void BuildFlatHashTableRecurse( TagDocEntryHT &builtHT,
 232 //                                  DocEntrySet *set );
 233
 234 };
 235
 236 } // end namespace gdcm
 237
 238 //-----------------------------------------------------------------------------
 239 #endif