src/gdcmElValSet.cxx

   1 // gdcmElValSet.cxx
   2
   3 #include "gdcmUtil.h"
   4 #include "gdcmElValSet.h"
   5 #include "gdcmTS.h"
   6 #include <sstream>
   7
   8 gdcmElValSet::~gdcmElValSet() {
   9    for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); tag != tagHt.end(); ++tag) {
  10       gdcmElValue* EntryToDelete = tag->second;
  11       if ( EntryToDelete )
  12          delete EntryToDelete;
  13    }
  14    tagHt.clear();
  15    // Since Add() adds symetrical in both tagHt and NameHt we can
  16    // assume all the pointed gdcmElValues are already cleaned-up when
  17    // we cleaned tagHt.
  18    NameHt.clear();
  19 }
  20
  21 TagElValueHT & gdcmElValSet::GetTagHt(void) {
  22         return tagHt;
  23 }
  24
  25
  26 ListTag & gdcmElValSet::GetListElem(void) {
  27         return listElem;
  28 }
  29
  30 /**
  31  * \ingroup gdcmElValSet
  32  * \brief
  33  * @param   newElValue
  34  * @return
  35  */
  36 void gdcmElValSet::Add(gdcmElValue * newElValue) {
  37         tagHt [newElValue->GetKey()]  = newElValue;
  38         NameHt[newElValue->GetName()] = newElValue;
  39
  40 // WARNING : push_bash in listElem ONLY during ParseHeader
  41 // TODO : something to allow further Elements addition
  42 // position to be taken care of !
  43         listElem.push_back(newElValue);
  44 }
  45
  46 /**
  47  * \ingroup gdcmElValSet
  48  * \brief   Checks if a given Dicom element exists
  49  * \        within a ElValSet
  50  * @param   Group
  51  * @param   Elem
  52  * @return
  53  */
  54 int gdcmElValSet::CheckIfExistByNumber(guint16 Group, guint16 Elem ) {
  55         std::string key = TranslateToKey(Group, Elem );
  56         return (tagHt.count(key));
  57 }
  58
  59 /**
  60  * \ingroup gdcmElValSet
  61  * \brief
  62  */
  63 void gdcmElValSet::Print(std::ostream & os) {
  64
  65    size_t o;
  66    short int g, e;
  67    TSKey v;
  68    std::string d2;
  69    gdcmTS * ts = gdcmGlobal::GetTS();
  70
  71    std::cout << "------------- using tagHt ----------------------------" << std::endl;
  72
  73    for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin();
  74            tag != tagHt.end();
  75            ++tag){
  76       g = tag->second->GetGroup();
  77       e = tag->second->GetElement();
  78       v = tag->second->GetValue();
  79       o = tag->second->GetOffset();
  80       d2 = _CreateCleanString(v);  // replace non printable characters by '.'
  81
  82       os << tag->first << ": ";
  83       os << " lgr : " << tag->second->GetLength();
  84       os << ", Offset : " << o;
  85       os << " x(" << std::hex << o << std::dec << ") ";
  86       os << "\t[" << tag->second->GetVR()    << "]";
  87       os << "\t[" << tag->second->GetName()  << "]";
  88       os << "\t[" << d2 << "]";
  89
  90       // Display the UID value (instead of displaying the rough code)
  91       if (g == 0x0002) {  // Some more to be displayed ?
  92          if ( (e == 0x0010) || (e == 0x0002) )
  93             os << "  ==>\t[" << ts->GetValue(v) << "]";
  94       } else {
  95          if (g == 0x0008) {
  96             if ( (e == 0x0016) || (e == 0x1150)  )
  97                os << "  ==>\t[" << ts->GetValue(v) << "]";
  98          }
  99       }
 100       os << std::endl;
 101    }
 102
 103    std::cout << "------------ using listElem -----------------" << std::endl;
 104
 105    //for (ListTag::iterator i = listElem.begin();
 106
 107   char tag[9];
 108
 109   for (std::list<gdcmElValue*>::iterator i = listElem.begin();
 110            i != listElem.end();
 111            ++i){
 112       sprintf(tag,"%04x|%04x",(*i)->GetGroup(),(*i)->GetElement());
 113       g = (*i)->GetGroup();
 114       e = (*i)->GetElement();
 115       v = (*i)->GetValue();
 116       o = (*i)->GetOffset();
 117       d2 = _CreateCleanString(v);  // replace non printable characters by '.'
 118       //os << std::hex <<g << "|" << e << std::dec << ": ";
 119       os << tag << " : ";
 120       os << " lgr : " << (*i)->GetReadLength();
 121       os << ", Offset : " << o;
 122       os << " x(" << std::hex << o << std::dec << ") ";
 123       os << "\t[" << (*i)->GetVR()    << "]";
 124       os << "\t[" << (*i)->GetName()  << "]";
 125       os << "\t[" << d2 << "]";
 126
 127       // Display the UID value (instead of displaying the rough code)
 128       if (g == 0x0002) {  // Any more to be displayed ?
 129          if ( (e == 0x0010) || (e == 0x0002) )
 130             os << "  ==>\t[" << ts->GetValue(v) << "]";
 131       } else {
 132          if (g == 0x0008) {
 133             if ( (e == 0x0016) || (e == 0x1150)  )
 134                os << "  ==>\t[" << ts->GetValue(v) << "]";
 135          }
 136       }
 137       os << std::endl;
 138    }
 139 }
 140
 141 /**
 142  * \ingroup gdcmElValSet
 143  * \brief
 144  */
 145 void gdcmElValSet::PrintByName(std::ostream & os) {
 146    for (TagElValueNameHT::iterator tag = NameHt.begin();
 147           tag != NameHt.end();
 148           ++tag){
 149       os << tag->first << ": ";
 150       os << "[" << tag->second->GetValue() << "]";
 151       os << "[" << tag->second->GetKey()   << "]";
 152       os << "[" << tag->second->GetVR()    << "]" << std::endl;
 153    }
 154 }
 155
 156 /**
 157  * \ingroup gdcmElValSet
 158  * \brief
 159  * @param   group
 160  * @param   element
 161  * @return
 162  */
 163 gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByNumber(guint16 group, guint16 element) {
 164    TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
 165    if ( ! tagHt.count(key))
 166       return (gdcmElValue*)0;
 167    return tagHt.find(key)->second;
 168 }
 169
 170 /**
 171  * \ingroup gdcmElValSet
 172  * \brief
 173  * @return
 174  */
 175 gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByName(std::string TagName) {
 176    if ( ! NameHt.count(TagName))
 177       return (gdcmElValue*)0;
 178    return NameHt.find(TagName)->second;
 179 }
 180
 181 /**
 182  * \ingroup gdcmElValSet
 183  * \brief
 184  * @param   group
 185  * @param   element
 186  * @return
 187  */
 188 std::string gdcmElValSet::GetElValueByNumber(guint16 group, guint16 element) {
 189    TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
 190    if ( ! tagHt.count(key))
 191       return GDCM_UNFOUND;
 192    return tagHt.find(key)->second->GetValue();
 193 }
 194
 195 /**
 196  * \ingroup gdcmElValSet
 197  * \brief
 198  * @return
 199  */
 200 std::string gdcmElValSet::GetElValueByName(std::string TagName) {
 201    if ( ! NameHt.count(TagName))
 202       return GDCM_UNFOUND;
 203    return NameHt.find(TagName)->second->GetValue();
 204 }
 205
 206 /**
 207  * \ingroup gdcmElValSet
 208  * \brief
 209  * @param   content
 210  * @param   group
 211  * @param   element
 212  * @return
 213  */
 214 int gdcmElValSet::SetElValueByNumber(std::string content,
 215                                      guint16 group, guint16 element) {
 216    TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
 217    if ( ! tagHt.count(key))
 218       return 0;
 219    int l = content.length();
 220    if(l%2) {  // Odd length are padded with a space (020H).
 221       l++;
 222       content = content + '\0';
 223    }
 224    tagHt[key]->SetValue(content);
 225
 226    std::string vr = tagHt[key]->GetVR();
 227    guint32 lgr;
 228
 229    if( (vr == "US") || (vr == "SS") )
 230       lgr = 2;
 231    else if( (vr == "UL") || (vr == "SL") )
 232       lgr = 4;
 233    else
 234       lgr = l;
 235    tagHt[key]->SetLength(lgr);
 236    return 1;
 237 }
 238
 239 /**
 240  * \ingroup gdcmElValSet
 241  * \brief
 242  * @param   content
 243  * @param   TagName
 244  * @return
 245  */
 246 int gdcmElValSet::SetElValueByName(std::string content, std::string TagName) {
 247    if ( ! NameHt.count(TagName))
 248       return 0;
 249    int l = content.length();
 250    if(l%2) {  // Odd length are padded with a space (020H).
 251       l++;
 252       // Well. I know that '/0' is NOT a space
 253       // but it doesn't work with a space.
 254       // Use hexedit and see 0002|0010 value (Transfer Syntax UID)
 255       content = content + '\0';
 256    }
 257    NameHt[TagName]->SetValue(content);
 258
 259    std::string vr = NameHt[TagName]->GetVR();
 260    guint32 lgr;
 261
 262    if( (vr == "US") || (vr == "SS") )
 263       lgr = 2;
 264    else if( (vr == "UL") || (vr == "SL") )
 265       lgr = 4;
 266    else
 267       lgr = content.length();
 268
 269 // TODO : WARNING: le cas de l'element des pixels (7fe0,0010) n'est pas traite
 270 // par SetElValueByName
 271 // il faudra utiliser SetElValueByNumber
 272
 273    NameHt[TagName]->SetLength(lgr);
 274    return 1;
 275 }
 276
 277 /**
 278  * \ingroup gdcmElValSet
 279  * \brief   Generate a free TagKey i.e. a TagKey that is not present
 280  *          in the TagHt dictionary.
 281  * @param   group The generated tag must belong to this group.
 282  * @return  The element of tag with given group which is fee.
 283  */
 284 guint32 gdcmElValSet::GenerateFreeTagKeyInGroup(guint16 group) {
 285    for (guint32 elem = 0; elem < UINT32_MAX; elem++) {
 286       TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, elem);
 287       if (tagHt.count(key) == 0)
 288          return elem;
 289    }
 290    return UINT32_MAX;
 291 }
 292
 293 /**
 294  * \ingroup gdcmElValSet
 295  * \brief
 296  * @param   area
 297  * @param   group
 298  * @param   element
 299  * @return
 300  */
 301 int gdcmElValSet::SetVoidAreaByNumber(void * area,
 302                                       guint16 group, guint16 element) {
 303    TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
 304    if ( ! tagHt.count(key))
 305       return 0;
 306    tagHt[key]->SetVoidArea(area);
 307    return 1 ;
 308 }
 309
 310 /**
 311  * \ingroup gdcmElValSet
 312  * \brief
 313  * @param   length
 314  * @param   group
 315  * @param   element
 316  * @return  int acts as a boolean
 317  */
 318 int gdcmElValSet::SetElValueLengthByNumber(guint32 length,
 319                                            guint16 group, guint16 element) {
 320    TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
 321    if ( ! tagHt.count(key))
 322       return 0;
 323    if (length%2) length++; // length must be even
 324    tagHt[key]->SetLength(length);
 325    return 1 ;
 326 }
 327 /**
 328  * \ingroup gdcmElValSet
 329  * \brief
 330  * @param   length
 331  * @param   TagName
 332  * @return
 333  */
 334 int gdcmElValSet::SetElValueLengthByName(guint32 length, std::string TagName) {
 335    if ( ! NameHt.count(TagName))
 336       return 0;
 337    if (length%2) length++; // length must be even
 338    NameHt.find(TagName)->second->SetLength(length);
 339    return 1 ;
 340 }
 341
 342 /**
 343  * \ingroup gdcmElValSet
 344  * \brief   Re-computes the length of a ACR-NEMA/Dicom group from a DcmHeader
 345  * @param   SkipSequence TRUE if we don't want to write Sequences (ACR-NEMA Files)
 346  * @param   type
 347  */
 348 void gdcmElValSet::UpdateGroupLength(bool SkipSequence, FileType type) {
 349    guint16 gr, el;
 350    std::string vr;
 351
 352    gdcmElValue *elem;
 353    char trash[10];
 354    std::string str_trash;
 355
 356    GroupKey key;
 357    GroupHT groupHt;  // to hold the length of each group
 358    TagKey tk;
 359    // remember :
 360    // typedef std::map<GroupKey, int> GroupHT;
 361
 362    gdcmElValue *elemZ;
 363
 364    // for each Tag in the DCM Header
 365
 366    for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
 367         tag2 != tagHt.end();
 368         ++tag2){
 369
 370       elem  = tag2->second;
 371       gr = elem->GetGroup();
 372       el = elem->GetElement();
 373       vr = elem->GetVR();
 374
 375       sprintf(trash, "%04x", gr);
 376       key = trash;              // generate 'group tag'
 377
 378       // if the caller decided not to take SEQUENCEs into account
 379       // e.g : he wants to write an ACR-NEMA File
 380
 381       if (SkipSequence && vr == "SQ") continue;
 382
 383          // Still unsolved problem :
 384          // we cannot find the 'Sequence Delimitation Item'
 385          // since it's at the end of the Hash Table
 386          // (fffe,e0dd)
 387
 388          // pas SEQUENCE en ACR-NEMA
 389          // WARNING :
 390          // --> la descente a l'interieur' des SQ
 391          // devrait etre faite avec une liste chainee, pas avec une HTable...
 392
 393       if ( groupHt.count(key) == 0) { // we just read the first elem of a given group
 394          if (el == 0x0000) {          // the first elem is 0x0000
 395             groupHt[key] = 0;         // initialize group length
 396          } else {
 397             groupHt[key] = 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // non 0x0000 first group elem
 398          }
 399       } else {   // any elem but the first
 400          if (type == ExplicitVR) {
 401             if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) {
 402                groupHt[key] +=  4; // explicit VR AND OB, OW, SQ : 4 more bytes
 403             }
 404          }
 405          groupHt[key] += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength();
 406       }
 407    }
 408
 409    unsigned short int gr_bid;
 410
 411    for (GroupHT::iterator g = groupHt.begin(); // for each group we found
 412         g != groupHt.end();
 413         ++g){
 414       // FIXME: g++ -Wall -Wstrict-prototypes reports on following line:
 415       //        warning: unsigned int format, different type arg
 416       sscanf(g->first.c_str(),"%x",&gr_bid);
 417       tk = g->first + "|0000";                  // generate the element full tag
 418
 419       if ( tagHt.count(tk) == 0) {              // if element 0x0000 not found
 420          gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr_bid, 0x0000, "UL");
 421          elemZ = new gdcmElValue(tagZ);
 422          elemZ->SetLength(4);
 423          Add(elemZ);                            // create it
 424       } else {
 425          elemZ=GetElementByNumber(gr_bid, 0x0000);
 426       }
 427       sprintf(trash ,"%d",g->second);
 428       str_trash=trash;
 429       elemZ->SetValue(str_trash);
 430    }
 431 }
 432
 433 /**
 434  * \ingroup gdcmElValSet
 435  * \brief   writes on disc according to the requested format
 436  * \        (ACR-NEMA, DICOM, RAW) the image
 437  * \ warning does NOT add the missing elements in the header :
 438  * \         it's up to the user doing it !
 439  * \         (function CheckHeaderCoherence to be written)
 440  * @param   type type of the File to be written
 441  *          (ACR-NEMA, DICOM, RAW)
 442  * @param   _fp already open file pointer
 443  * @return
 444  */
 445 void gdcmElValSet::WriteElements(FileType type, FILE * _fp) {
 446    guint16 gr, el;
 447    guint32 lgr;
 448    const char * val;
 449    std::string vr;
 450    guint32 val_uint32;
 451    guint16 val_uint16;
 452
 453    std::vector<std::string> tokens;
 454
 455    // TODO : use listElem to iterate, not TagHt!
 456    //        pb : gdcmElValSet.Add does NOT update listElem
 457    //        find a trick in STL to do it, at low cost !
 458
 459    void *ptr;
 460
 461    // Tout ceci ne marche QUE parce qu'on est sur un proc Little Endian
 462    // restent a tester les echecs en ecriture (apres chaque fwrite)
 463
 464    for (TagElValueHT::iterator tag2=tagHt.begin();
 465         tag2 != tagHt.end();
 466         ++tag2){
 467
 468       gr =  tag2->second->GetGroup();
 469       el =  tag2->second->GetElement();
 470       lgr = tag2->second->GetLength();
 471       val = tag2->second->GetValue().c_str();
 472       vr =  tag2->second->GetVR();
 473
 474      // std::cout << "Tag "<< std::hex << gr << " " << el << std::endl;
 475
 476       if ( type == ACR ) {
 477          if (gr < 0x0008)   continue; // ignore pure DICOM V3 groups
 478          if (gr %2)         continue; // ignore shadow groups
 479          if (vr == "SQ" )   continue; // ignore Sequences
 480          if (gr == 0xfffe ) continue; // ignore delimiters
 481       }
 482
 483       fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //group
 484       fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //element
 485
 486       if ( (type == ExplicitVR) && (gr <= 0x0002) ) {
 487          // EXPLICIT VR
 488          guint16 z=0, shortLgr;
 489          fwrite (vr.c_str(),(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 490
 491          if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) {
 492             fwrite ( &z,  (size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 493             fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
 494
 495          } else {
 496             shortLgr=lgr;
 497             fwrite ( &shortLgr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 498          }
 499       } else { // IMPLICIT VR
 500          fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
 501       }
 502
 503       if (vr == "US" || vr == "SS") {
 504          tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
 505          Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\");
 506          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
 507             val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());
 508             ptr = &val_uint16;
 509             fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 510          }
 511          tokens.clear();
 512          continue;
 513       }
 514       if (vr == "UL" || vr == "SL") {
 515          tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
 516          Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\");
 517          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
 518             val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());
 519             ptr = &val_uint32;
 520             fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
 521          }
 522          tokens.clear();
 523          continue;
 524       }
 525       // Pixels are never loaded in the element !
 526       if ((gr == 0x7fe0) && (el == 0x0010) ) break;
 527
 528       fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); // Elem value
 529    }
 530 }
 531
 532 /**
 533  * \ingroup gdcmElValSet
 534  * \brief
 535  * @param   _fp
 536  * @param   type
 537  * @return
 538  */
 539 int gdcmElValSet::Write(FILE * _fp, FileType type) {
 540
 541         // Question :
 542         // Comment pourrait-on savoir si le DcmHeader vient d'un fichier DicomV3 ou non
 543         // (FileType est un champ de gdcmHeader ...)
 544         // WARNING : Si on veut ecrire du DICOM V3 a partir d'un DcmHeader ACR-NEMA
 545         // no way
 546         // a moins de se livrer a un tres complique ajout des champs manquants.
 547         // faire un CheckAndCorrectHeader (?)
 548
 549    if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) )
 550       UpdateGroupLength(false,type);
 551    if ( type == ACR)
 552       UpdateGroupLength(true,ACR);
 553
 554    WriteElements(type, _fp);
 555    return(1);
 556 }