src/gdcmElValSet.cxx

   1 // gdcmElValSet.cxx
   2
   3 #include <sstream>
   4 #include "gdcmUtil.h"
   5 #include "gdcmElValSet.h"
   6
   7 #define DEBUG 0
   8
   9
  10 TagElValueHT & gdcmElValSet::GetTagHt(void) {
  11         return tagHt;
  12 }
  13
  14 void gdcmElValSet::Add(gdcmElValue * newElValue) {
  15         tagHt [newElValue->GetKey()]  = newElValue;
  16         NameHt[newElValue->GetName()] = newElValue;
  17 }
  18
  19 void gdcmElValSet::Print(ostream & os) {
  20         for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin();
  21                   tag != tagHt.end();
  22                   ++tag){
  23                 os << tag->first << ": ";
  24                 os << "[" << tag->second->GetValue() << "]";
  25                 os << "[" << tag->second->GetName()  << "]";
  26                 os << "[" << tag->second->GetVR()    << "]";
  27                 os << " lgr : " << tag->second->GetLength();
  28                 os << endl;
  29         }
  30 }
  31
  32 void gdcmElValSet::PrintByName(ostream & os) {
  33         for (TagElValueNameHT::iterator tag = NameHt.begin();
  34                   tag != NameHt.end();
  35                   ++tag){
  36                 os << tag->first << ": ";
  37                 os << "[" << tag->second->GetValue() << "]";
  38                 os << "[" << tag->second->GetKey()   << "]";
  39                 os << "[" << tag->second->GetVR()    << "]" << endl;
  40         }
  41 }
  42
  43 gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByNumber(guint16 group, guint16 element) {
  44         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
  45         if ( ! tagHt.count(key))
  46                 return (gdcmElValue*)0;
  47         return tagHt.find(key)->second;
  48 }
  49
  50 gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByName(string TagName) {
  51    if ( ! NameHt.count(TagName))
  52       return (gdcmElValue*)0;
  53    return NameHt.find(TagName)->second;
  54 }
  55
  56 string gdcmElValSet::GetElValueByNumber(guint16 group, guint16 element) {
  57         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
  58         if ( ! tagHt.count(key))
  59                 return "gdcm::Unfound";
  60         return tagHt.find(key)->second->GetValue();
  61 }
  62
  63 string gdcmElValSet::GetElValueByName(string TagName) {
  64         if ( ! NameHt.count(TagName))
  65                 return "gdcm::Unfound";
  66         return NameHt.find(TagName)->second->GetValue();
  67 }
  68
  69
  70 int gdcmElValSet::SetElValueByNumber(string content,
  71                                      guint16 group, guint16 element) {
  72         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
  73         if ( ! tagHt.count(key))
  74                 return 0;
  75         tagHt[key]->SetValue(content);
  76         tagHt[key]->SetLength(content.length());
  77         return 1;
  78 }
  79
  80 int gdcmElValSet::SetElValueByName(string content, string TagName) {
  81         if ( ! NameHt.count(TagName))
  82                 return 0;
  83         NameHt[TagName]->SetValue(content);
  84         NameHt[TagName]->SetLength(content.length());
  85         return 1;
  86 }
  87
  88 /**
  89  * \ingroup gdcmElValSet
  90  * \brief   Generate a free TagKey i.e. a TagKey that is not present
  91  *          in the TagHt dictionary.
  92  * @param   group The generated tag must belong to this group.
  93  * @return  The element of tag with given group which is fee.
  94  */
  95 guint32 gdcmElValSet::GenerateFreeTagKeyInGroup(guint16 group) {
  96    for (guint32 elem = 0; elem < UINT32_MAX; elem++) {
  97       TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, elem);
  98       if (tagHt.count(key) == 0)
  99          return elem;
 100    }
 101    return UINT32_MAX;
 102 }
 103
 104 int gdcmElValSet::SetElValueLengthByNumber(guint32 length,
 105                                            guint16 group, guint16 element) {
 106         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
 107         if ( ! tagHt.count(key))
 108                 return 0;
 109         tagHt[key]->SetLength(length);
 110         return 1 ;
 111 }
 112
 113
 114 int gdcmElValSet::SetElValueLengthByName(guint32 length, string TagName) {
 115         if ( ! NameHt.count(TagName))
 116                 return 0;
 117         NameHt.find(TagName)->second->SetLength(length);
 118         return 1 ;
 119 }
 120
 121
 122
 123 void gdcmElValSet::UpdateGroupLength(bool SkipSequence, FileType type) {
 124    guint16 gr, el;
 125    string vr;
 126
 127    gdcmElValue *elem;
 128    char trash[10];
 129    string str_trash;
 130    GroupKey key;
 131    GroupHT groupHt;
 132    TagKey tk;
 133    gdcmElValue *elemZ;
 134
 135    for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
 136         tag2 != tagHt.end();
 137         ++tag2){
 138
 139       elem  = tag2->second;
 140       gr = elem->GetGroup();
 141       el = elem->GetElement();
 142       vr = elem->GetVR();
 143
 144       sprintf(trash, "%04x", gr);
 145       key = trash;
 146
 147       if (SkipSequence && vr == "SQ") continue;
 148          // pas SEQUENCE en ACR-NEMA
 149          // WARNING : pb CERTAIN
 150          //           si on est descendu 'a l'interieur' des SQ
 151          //
 152          // --> la descente a l'interieur' des SQ
 153          // devra etre faite avec une liste chainee, pas avec une HTable...
 154
 155       if ( groupHt.count(key) == 0) {
 156          if (el ==0x0000) {
 157             groupHt[key] = 0;
 158          } else {
 159             groupHt[key] =2 + 2 + 4 + elem->GetLength();
 160          }
 161       } else {
 162          if (type = ExplicitVR) {
 163             if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) {
 164                groupHt[key] +=  4;
 165             }
 166          }
 167          groupHt[key] += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength();
 168       }
 169    }
 170
 171    unsigned short int gr_bid;
 172
 173    for (GroupHT::iterator g = groupHt.begin();
 174         g != groupHt.end();
 175         ++g){
 176
 177       tk = g->first + "|0000";
 178       sscanf(g->first.c_str(),"%x",&gr_bid);
 179
 180       if ( tagHt.count(tk) == 0) {
 181          gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr_bid, 0x0000, "UL");
 182          elemZ = new gdcmElValue(tagZ);
 183          elemZ->SetLength(4);
 184          Add(elemZ);
 185       } else {
 186          elemZ=GetElementByNumber(gr_bid, 0x0000);
 187       }
 188       str_trash=trash;
 189       elemZ->SetValue(str_trash);
 190    }
 191
 192    // Liberer groupHt !
 193
 194 }
 195
 196 void gdcmElValSet::WriteElements(FileType type, FILE * _fp) {
 197    guint16 gr, el;
 198    guint32 lgr;
 199    const char * val;
 200    string vr;
 201    guint32 val_uint32;
 202    guint16 val_uint16;
 203
 204    vector<string> tokens;
 205
 206    void *ptr;
 207
 208    // Tout ceci ne marche QUE parce qu'on est sur un proc Little Endian
 209    // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite)
 210
 211    for (TagElValueHT::iterator tag2=tagHt.begin();
 212         tag2 != tagHt.end();
 213         ++tag2){
 214
 215       gr =  tag2->second->GetGroup();
 216       el =  tag2->second->GetElement();
 217       lgr = tag2->second->GetLength();
 218       val = tag2->second->GetValue().c_str();
 219       vr =  tag2->second->GetVR();
 220       if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s] : [%s]\n",gr, el, vr.c_str(), val);
 221
 222       if ( type == ACR ) {
 223          if (gr < 0x0008) continue;
 224          if (gr %2)   continue;
 225          if (vr == "SQ" ) continue;
 226       }
 227
 228       fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //group
 229       fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //element
 230
 231       if ( (type == ExplicitVR) && (gr <= 0x0002) ) {
 232          // On est en EXPLICIT VR
 233          guint16 z=0, shortLgr;
 234          fwrite (vr.c_str(),(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 235
 236          if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) {
 237             fwrite ( &z,  (size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 238             fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
 239
 240          } else {
 241             shortLgr=lgr;
 242             fwrite ( &shortLgr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 243          }
 244       } else {
 245          fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
 246       }
 247
 248       tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end());
 249       Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\");
 250
 251       if (vr == "US" || vr == "SS") {
 252          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
 253             val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());
 254             ptr = &val_uint16;
 255             fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 256          }
 257          continue;
 258       }
 259       if (vr == "UL" || vr == "SL") {
 260          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
 261             val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());
 262             ptr = &val_uint32;
 263             fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
 264          }
 265          continue;
 266       }
 267
 268       // Les pixels ne sont pas chargés dans l'element !
 269       if ((gr == 0x7fe0) && (el == 0x0010) ) break;
 270
 271       fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); //valeur Elem
 272    }
 273 }
 274
 275 int gdcmElValSet::Write(FILE * _fp, FileType type) {
 276
 277    if (type == ImplicitVR) {
 278       string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2";
 279       SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
 280
 281       //FIXME Refer to standards on page 21, chapter 6.2 "Value representation":
 282       //      values with a VR of UI shall be padded with a single trailing null
 283       //      Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0.
 284       SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010);
 285    }
 286
 287         // Question :
 288         // Comment pourrait-on si le DcmHeader vient d'un fichoer DicomV3 ou non ,
 289         // (FileType est un champ de gdcmHeader ...)
 290         // WARNING : Si on veut ecrire du DICOM V3 a partir d'un DcmHeader ACR-NEMA
 291         // no way
 292
 293
 294    if (type == ExplicitVR) {
 295       string explicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2.1";
 296       SetElValueByNumber(explicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
 297       // See above comment
 298       SetElValueLengthByNumber(20, 0x0002, 0x0010);
 299    }
 300
 301    if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) )
 302       UpdateGroupLength(false,type);
 303    if ( type == ACR)
 304       UpdateGroupLength(true,ACR);
 305
 306    WriteElements(type, _fp);
 307
 308    return(1);
 309 }