src/gdcmElValSet.cxx

   1 // gdcmElValSet.cxx
   2
   3 #include <sstream>
   4 #include "gdcmUtil.h"
   5 #include "gdcmElValSet.h"
   6
   7
   8 TagElValueHT & gdcmElValSet::GetTagHt(void) {
   9         return tagHt;
  10 }
  11
  12 void gdcmElValSet::Add(gdcmElValue * newElValue) {
  13         tagHt [newElValue->GetKey()]  = newElValue;
  14         NameHt[newElValue->GetName()] = newElValue;
  15 }
  16
  17 void gdcmElValSet::Print(ostream & os) {
  18         for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin();
  19                   tag != tagHt.end();
  20                   ++tag){
  21                 os << tag->first << ": ";
  22                 os << "[" << tag->second->GetValue() << "]";
  23                 os << "[" << tag->second->GetName()  << "]";
  24                 os << "[" << tag->second->GetVR()    << "]";
  25                 os << " lgr : " << tag->second->GetLength();
  26                 os << endl;
  27         }
  28 }
  29
  30 void gdcmElValSet::PrintByName(ostream & os) {
  31         for (TagElValueNameHT::iterator tag = NameHt.begin();
  32                   tag != NameHt.end();
  33                   ++tag){
  34                 os << tag->first << ": ";
  35                 os << "[" << tag->second->GetValue() << "]";
  36                 os << "[" << tag->second->GetKey()   << "]";
  37                 os << "[" << tag->second->GetVR()    << "]" << endl;
  38         }
  39 }
  40
  41 gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByNumber(guint16 group, guint16 element) {
  42         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
  43         if ( ! tagHt.count(key))
  44                 return (gdcmElValue*)0;
  45         return tagHt.find(key)->second;
  46 }
  47
  48 gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByName(string TagName) {
  49    if ( ! NameHt.count(TagName))
  50       return (gdcmElValue*)0;
  51    return NameHt.find(TagName)->second;
  52 }
  53
  54 string gdcmElValSet::GetElValueByNumber(guint16 group, guint16 element) {
  55         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
  56         if ( ! tagHt.count(key))
  57                 return "gdcm::Unfound";
  58         return tagHt.find(key)->second->GetValue();
  59 }
  60
  61 string gdcmElValSet::GetElValueByName(string TagName) {
  62         if ( ! NameHt.count(TagName))
  63                 return "gdcm::Unfound";
  64         return NameHt.find(TagName)->second->GetValue();
  65 }
  66
  67
  68 int gdcmElValSet::SetElValueByNumber(string content,
  69                                      guint16 group, guint16 element) {
  70         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
  71         if ( ! tagHt.count(key))
  72                 return 0;
  73         tagHt[key]->SetValue(content);
  74         tagHt[key]->SetLength(content.length());
  75         return 1;
  76 }
  77
  78 int gdcmElValSet::SetElValueByName(string content, string TagName) {
  79         if ( ! NameHt.count(TagName))
  80                 return 0;
  81         NameHt[TagName]->SetValue(content);
  82         NameHt[TagName]->SetLength(content.length());
  83         return 1;
  84 }
  85
  86 /**
  87  * \ingroup gdcmElValSet
  88  * \brief   Generate a free TagKey i.e. a TagKey that is not present
  89  *          in the TagHt dictionary.
  90  * @param   group The generated tag must belong to this group.
  91  * @return  The element of tag with given group which is fee.
  92  */
  93 guint32 gdcmElValSet::GenerateFreeTagKeyInGroup(guint16 group) {
  94    for (guint32 elem = 0; elem < UINT32_MAX; elem++) {
  95       TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, elem);
  96       if (tagHt.count(key) == 0)
  97          return elem;
  98    }
  99    return UINT32_MAX;
 100 }
 101
 102 int gdcmElValSet::SetElValueLengthByNumber(guint32 length,
 103                                            guint16 group, guint16 element) {
 104         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
 105         if ( ! tagHt.count(key))
 106                 return 0;
 107         tagHt[key]->SetLength(length);
 108         return 1 ;
 109 }
 110
 111
 112 int gdcmElValSet::SetElValueLengthByName(guint32 length, string TagName) {
 113         if ( ! NameHt.count(TagName))
 114                 return 0;
 115         NameHt.find(TagName)->second->SetLength(length);
 116         return 1 ;
 117 }
 118
 119
 120
 121 void gdcmElValSet::UpdateGroupLength(bool SkipSequence, FileType type) {
 122    guint16 gr, el;
 123    string vr;
 124
 125    gdcmElValue *elem;
 126    char trash[10];
 127    string str_trash;
 128    GroupKey key;
 129    GroupHT groupHt;
 130    TagKey tk;
 131    gdcmElValue *elemZ;
 132
 133    for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
 134         tag2 != tagHt.end();
 135         ++tag2){
 136
 137       elem  = tag2->second;
 138       gr = elem->GetGroup();
 139       el = elem->GetElement();
 140       vr = elem->GetVR();
 141
 142       sprintf(trash, "%04x", gr);
 143       key = trash;
 144
 145       if (SkipSequence && vr == "SQ") continue;
 146          // pas SEQUENCE en ACR-NEMA
 147          // WARNING : pb CERTAIN
 148          //           si on est descendu 'a l'interieur' des SQ
 149          //
 150          // --> la descente a l'interieur' des SQ
 151          // devra etre faite avec une liste chainee, pas avec une HTable...
 152
 153       if ( groupHt.count(key) == 0) {
 154          if (el ==0x0000) {
 155             groupHt[key] = 0;
 156          } else {
 157             groupHt[key] =2 + 2 + 4 + elem->GetLength();
 158          }
 159       } else {
 160          if (type = ExplicitVR) {
 161             if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) {
 162                groupHt[key] +=  4;
 163             }
 164          }
 165          groupHt[key] += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength();
 166       }
 167    }
 168
 169      if(0)
 170      for (GroupHT::iterator g = groupHt.begin();
 171         g != groupHt.end();
 172         ++g){
 173         printf("groupKey %s : %d\n",g->first.c_str(),g->second);
 174      }
 175
 176
 177    unsigned short int gr_bid;
 178
 179    for (GroupHT::iterator g = groupHt.begin();
 180         g != groupHt.end();
 181         ++g){
 182
 183       sscanf(g->first.c_str(),"%x",&gr_bid);
 184       tk = g->first + "|0000";
 185
 186       if ( tagHt.count(tk) == 0) {
 187          gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr_bid, 0x0000, "UL");
 188          elemZ = new gdcmElValue(tagZ);
 189          elemZ->SetLength(4);
 190          Add(elemZ);
 191       } else {
 192          elemZ=GetElementByNumber(gr_bid, 0x0000);
 193       }
 194       sprintf(trash ,"%d",g->second);
 195       str_trash=trash;
 196       elemZ->SetValue(str_trash);
 197    }
 198 }
 199
 200 void gdcmElValSet::WriteElements(FileType type, FILE * _fp) {
 201    guint16 gr, el;
 202    guint32 lgr;
 203    const char * val;
 204    string vr;
 205    guint32 val_uint32;
 206    guint16 val_uint16;
 207
 208    vector<string> tokens;
 209
 210    void *ptr;
 211
 212    // Tout ceci ne marche QUE parce qu'on est sur un proc Little Endian
 213    // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite)
 214
 215    for (TagElValueHT::iterator tag2=tagHt.begin();
 216         tag2 != tagHt.end();
 217         ++tag2){
 218
 219       gr =  tag2->second->GetGroup();
 220       el =  tag2->second->GetElement();
 221       lgr = tag2->second->GetLength();
 222       val = tag2->second->GetValue().c_str();
 223       vr =  tag2->second->GetVR();
 224
 225       if ( type == ACR ) {
 226          if (gr < 0x0008) continue;
 227          if (gr %2)   continue;
 228          if (vr == "SQ" ) continue;
 229       }
 230
 231       fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //group
 232       fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //element
 233
 234       if ( (type == ExplicitVR) && (gr <= 0x0002) ) {
 235          // On est en EXPLICIT VR
 236          guint16 z=0, shortLgr;
 237          fwrite (vr.c_str(),(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 238
 239          if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) {
 240             fwrite ( &z,  (size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 241             fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
 242
 243          } else {
 244             shortLgr=lgr;
 245             fwrite ( &shortLgr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 246          }
 247       } else {
 248          fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
 249       }
 250
 251       tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end());
 252       Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\");
 253
 254       if (vr == "US" || vr == "SS") {
 255          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
 256             val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());
 257             ptr = &val_uint16;
 258             fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 259          }
 260          continue;
 261       }
 262       if (vr == "UL" || vr == "SL") {
 263          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
 264             val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());
 265             ptr = &val_uint32;
 266             fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
 267          }
 268          continue;
 269       }
 270
 271       // Les pixels ne sont pas chargés dans l'element !
 272       if ((gr == 0x7fe0) && (el == 0x0010) ) break;
 273
 274       fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); //valeur Elem
 275    }
 276 }
 277
 278 int gdcmElValSet::Write(FILE * _fp, FileType type) {
 279
 280    if (type == ImplicitVR) {
 281       string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2";
 282       SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
 283
 284       //FIXME Refer to standards on page 21, chapter 6.2 "Value representation":
 285       //      values with a VR of UI shall be padded with a single trailing null
 286       //      Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0
 287
 288       SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010);
 289    }
 290
 291         // Question :
 292         // Comment pourrait-on savoir si le DcmHeader vient d'un fichier DicomV3 ou non ,
 293         // (FileType est un champ de gdcmHeader ...)
 294         // WARNING : Si on veut ecrire du DICOM V3 a partir d'un DcmHeader ACR-NEMA
 295         // no way
 296
 297
 298    if (type == ExplicitVR) {
 299       string explicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2.1";
 300       SetElValueByNumber(explicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
 301       // See above comment
 302       SetElValueLengthByNumber(20, 0x0002, 0x0010);
 303    }
 304
 305    if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) )
 306       UpdateGroupLength(false,type);
 307    if ( type == ACR)
 308       UpdateGroupLength(true,ACR);
 309
 310    WriteElements(type, _fp);
 311
 312    return(1);
 313 }