src/gdcmElValSet.cxx

   1 // gdcmElValSet.cxx
   2
   3 #include <sstream>
   4 #include "gdcmUtil.h"
   5 #include "gdcmElValSet.h"
   6
   7 gdcmElValSet::~gdcmElValSet() {
   8    for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); tag != tagHt.end(); ++tag) {
   9       gdcmElValue* EntryToDelete = tag->second;
  10       if ( EntryToDelete )
  11          delete EntryToDelete;
  12    }
  13    tagHt.clear();
  14    // Since Add() adds symetrical in both tagHt and NameHt we can
  15    // assume all the pointed gdcmElValues are allready cleaned-up when
  16    // we cleaned tagHt.
  17    NameHt.clear();
  18 }
  19
  20 TagElValueHT & gdcmElValSet::GetTagHt(void) {
  21         return tagHt;
  22 }
  23
  24 void gdcmElValSet::Add(gdcmElValue * newElValue) {
  25         tagHt [newElValue->GetKey()]  = newElValue;
  26         NameHt[newElValue->GetName()] = newElValue;
  27 }
  28
  29 void gdcmElValSet::Print(ostream & os) {
  30         for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin();
  31                   tag != tagHt.end();
  32                   ++tag){
  33                 os << tag->first << ": ";
  34                 os << "[" << tag->second->GetValue() << "]";
  35                 os << "[" << tag->second->GetName()  << "]";
  36                 os << "[" << tag->second->GetVR()    << "]";
  37                 os << " lgr : " << tag->second->GetLength();
  38                 os << endl;
  39         }
  40 }
  41
  42 void gdcmElValSet::PrintByName(ostream & os) {
  43         for (TagElValueNameHT::iterator tag = NameHt.begin();
  44                   tag != NameHt.end();
  45                   ++tag){
  46                 os << tag->first << ": ";
  47                 os << "[" << tag->second->GetValue() << "]";
  48                 os << "[" << tag->second->GetKey()   << "]";
  49                 os << "[" << tag->second->GetVR()    << "]" << endl;
  50         }
  51 }
  52
  53 gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByNumber(guint16 group, guint16 element) {
  54         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
  55         if ( ! tagHt.count(key))
  56                 return (gdcmElValue*)0;
  57         return tagHt.find(key)->second;
  58 }
  59
  60 gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByName(string TagName) {
  61    if ( ! NameHt.count(TagName))
  62       return (gdcmElValue*)0;
  63    return NameHt.find(TagName)->second;
  64 }
  65
  66 string gdcmElValSet::GetElValueByNumber(guint16 group, guint16 element) {
  67         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
  68         if ( ! tagHt.count(key))
  69                 return "gdcm::Unfound";
  70         return tagHt.find(key)->second->GetValue();
  71 }
  72
  73 string gdcmElValSet::GetElValueByName(string TagName) {
  74         if ( ! NameHt.count(TagName))
  75                 return "gdcm::Unfound";
  76         return NameHt.find(TagName)->second->GetValue();
  77 }
  78
  79
  80 int gdcmElValSet::SetElValueByNumber(string content,
  81                                      guint16 group, guint16 element) {
  82         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
  83         if ( ! tagHt.count(key))
  84                 return 0;
  85         tagHt[key]->SetValue(content);
  86         tagHt[key]->SetLength(content.length());
  87         return 1;
  88 }
  89
  90 int gdcmElValSet::SetElValueByName(string content, string TagName) {
  91         if ( ! NameHt.count(TagName))
  92                 return 0;
  93         NameHt[TagName]->SetValue(content);
  94         NameHt[TagName]->SetLength(content.length());
  95         return 1;
  96 }
  97
  98 /**
  99  * \ingroup gdcmElValSet
 100  * \brief   Generate a free TagKey i.e. a TagKey that is not present
 101  *          in the TagHt dictionary.
 102  * @param   group The generated tag must belong to this group.
 103  * @return  The element of tag with given group which is fee.
 104  */
 105 guint32 gdcmElValSet::GenerateFreeTagKeyInGroup(guint16 group) {
 106    for (guint32 elem = 0; elem < UINT32_MAX; elem++) {
 107       TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, elem);
 108       if (tagHt.count(key) == 0)
 109          return elem;
 110    }
 111    return UINT32_MAX;
 112 }
 113
 114 int gdcmElValSet::SetElValueLengthByNumber(guint32 length,
 115                                            guint16 group, guint16 element) {
 116         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
 117         if ( ! tagHt.count(key))
 118                 return 0;
 119         tagHt[key]->SetLength(length);
 120         return 1 ;
 121 }
 122
 123
 124 int gdcmElValSet::SetElValueLengthByName(guint32 length, string TagName) {
 125         if ( ! NameHt.count(TagName))
 126                 return 0;
 127         NameHt.find(TagName)->second->SetLength(length);
 128         return 1 ;
 129 }
 130
 131
 132
 133 void gdcmElValSet::UpdateGroupLength(bool SkipSequence, FileType type) {
 134    guint16 gr, el;
 135    string vr;
 136
 137    gdcmElValue *elem;
 138    char trash[10];
 139    string str_trash;
 140    GroupKey key;
 141    GroupHT groupHt;
 142    TagKey tk;
 143    gdcmElValue *elemZ;
 144
 145    for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
 146         tag2 != tagHt.end();
 147         ++tag2){
 148
 149       elem  = tag2->second;
 150       gr = elem->GetGroup();
 151       el = elem->GetElement();
 152       vr = elem->GetVR();
 153
 154       sprintf(trash, "%04x", gr);
 155       key = trash;
 156
 157       if (SkipSequence && vr == "SQ") continue;
 158          // pas SEQUENCE en ACR-NEMA
 159          // WARNING : pb CERTAIN
 160          //           si on est descendu 'a l'interieur' des SQ
 161          //
 162          // --> la descente a l'interieur' des SQ
 163          // devra etre faite avec une liste chainee, pas avec une HTable...
 164
 165       if ( groupHt.count(key) == 0) {
 166          if (el ==0x0000) {
 167             groupHt[key] = 0;
 168          } else {
 169             groupHt[key] =2 + 2 + 4 + elem->GetLength();
 170          }
 171       } else {
 172          if (type = ExplicitVR) {
 173             if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) {
 174                groupHt[key] +=  4;
 175             }
 176          }
 177          groupHt[key] += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength();
 178       }
 179    }
 180
 181      if(0)
 182      for (GroupHT::iterator g = groupHt.begin();
 183         g != groupHt.end();
 184         ++g){
 185         printf("groupKey %s : %d\n",g->first.c_str(),g->second);
 186      }
 187
 188
 189    unsigned short int gr_bid;
 190
 191    for (GroupHT::iterator g = groupHt.begin();
 192         g != groupHt.end();
 193         ++g){
 194
 195       sscanf(g->first.c_str(),"%x",&gr_bid);
 196       tk = g->first + "|0000";
 197
 198       if ( tagHt.count(tk) == 0) {
 199          gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr_bid, 0x0000, "UL");
 200          elemZ = new gdcmElValue(tagZ);
 201          elemZ->SetLength(4);
 202          Add(elemZ);
 203       } else {
 204          elemZ=GetElementByNumber(gr_bid, 0x0000);
 205       }
 206       sprintf(trash ,"%d",g->second);
 207       str_trash=trash;
 208       elemZ->SetValue(str_trash);
 209    }
 210 }
 211
 212 void gdcmElValSet::WriteElements(FileType type, FILE * _fp) {
 213    guint16 gr, el;
 214    guint32 lgr;
 215    const char * val;
 216    string vr;
 217    guint32 val_uint32;
 218    guint16 val_uint16;
 219
 220    vector<string> tokens;
 221
 222    void *ptr;
 223
 224    // Tout ceci ne marche QUE parce qu'on est sur un proc Little Endian
 225    // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite)
 226
 227    for (TagElValueHT::iterator tag2=tagHt.begin();
 228         tag2 != tagHt.end();
 229         ++tag2){
 230
 231       gr =  tag2->second->GetGroup();
 232       el =  tag2->second->GetElement();
 233       lgr = tag2->second->GetLength();
 234       val = tag2->second->GetValue().c_str();
 235       vr =  tag2->second->GetVR();
 236
 237       if ( type == ACR ) {
 238          if (gr < 0x0008) continue;
 239          if (gr %2)   continue;
 240          if (vr == "SQ" ) continue;
 241       }
 242
 243       fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //group
 244       fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //element
 245
 246       if ( (type == ExplicitVR) && (gr <= 0x0002) ) {
 247          // On est en EXPLICIT VR
 248          guint16 z=0, shortLgr;
 249          fwrite (vr.c_str(),(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 250
 251          if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) {
 252             fwrite ( &z,  (size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 253             fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
 254
 255          } else {
 256             shortLgr=lgr;
 257             fwrite ( &shortLgr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 258          }
 259       } else {
 260          fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
 261       }
 262
 263       tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end());
 264       Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\");
 265
 266       if (vr == "US" || vr == "SS") {
 267          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
 268             val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());
 269             ptr = &val_uint16;
 270             fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 271          }
 272          continue;
 273       }
 274       if (vr == "UL" || vr == "SL") {
 275          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
 276             val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());
 277             ptr = &val_uint32;
 278             fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
 279          }
 280          continue;
 281       }
 282       tokens.clear();
 283
 284       // Les pixels ne sont pas chargés dans l'element !
 285       if ((gr == 0x7fe0) && (el == 0x0010) ) break;
 286
 287       fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); //valeur Elem
 288    }
 289 }
 290
 291 int gdcmElValSet::Write(FILE * _fp, FileType type) {
 292
 293    if (type == ImplicitVR) {
 294       string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2";
 295       SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
 296
 297       //FIXME Refer to standards on page 21, chapter 6.2 "Value representation":
 298       //      values with a VR of UI shall be padded with a single trailing null
 299       //      Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0
 300
 301       SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010);
 302    }
 303
 304         // Question :
 305         // Comment pourrait-on savoir si le DcmHeader vient d'un fichier DicomV3 ou non ,
 306         // (FileType est un champ de gdcmHeader ...)
 307         // WARNING : Si on veut ecrire du DICOM V3 a partir d'un DcmHeader ACR-NEMA
 308         // no way
 309
 310
 311    if (type == ExplicitVR) {
 312       string explicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2.1";
 313       SetElValueByNumber(explicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
 314       // See above comment
 315       SetElValueLengthByNumber(20, 0x0002, 0x0010);
 316    }
 317
 318    if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) )
 319       UpdateGroupLength(false,type);
 320    if ( type == ACR)
 321       UpdateGroupLength(true,ACR);
 322
 323    WriteElements(type, _fp);
 324
 325    return(1);
 326 }