src/gdcmElValSet.cxx

   1 // gdcmElValSet.cxx
   2
   3 #include <sstream>
   4 #include "gdcmUtil.h"
   5 #include "gdcmElValSet.h"
   6 using namespace std;
   7
   8 gdcmElValSet::~gdcmElValSet() {
   9    for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); tag != tagHt.end(); ++tag) {
  10       gdcmElValue* EntryToDelete = tag->second;
  11       if ( EntryToDelete )
  12          delete EntryToDelete;
  13    }
  14    tagHt.clear();
  15    // Since Add() adds symetrical in both tagHt and NameHt we can
  16    // assume all the pointed gdcmElValues are allready cleaned-up when
  17    // we cleaned tagHt.
  18    NameHt.clear();
  19 }
  20
  21 TagElValueHT & gdcmElValSet::GetTagHt(void) {
  22         return tagHt;
  23 }
  24
  25 void gdcmElValSet::Add(gdcmElValue * newElValue) {
  26         tagHt [newElValue->GetKey()]  = newElValue;
  27         NameHt[newElValue->GetName()] = newElValue;
  28 }
  29
  30 void gdcmElValSet::Print(ostream & os) {
  31         for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin();
  32                   tag != tagHt.end();
  33                   ++tag){
  34                 os << tag->first << ": ";
  35                 os << "[" << tag->second->GetValue() << "]";
  36                 os << "[" << tag->second->GetName()  << "]";
  37                 os << "[" << tag->second->GetVR()    << "]";
  38                 os << " lgr : " << tag->second->GetLength();
  39                 os << endl;
  40         }
  41 }
  42
  43 void gdcmElValSet::PrintByName(ostream & os) {
  44         for (TagElValueNameHT::iterator tag = NameHt.begin();
  45                   tag != NameHt.end();
  46                   ++tag){
  47                 os << tag->first << ": ";
  48                 os << "[" << tag->second->GetValue() << "]";
  49                 os << "[" << tag->second->GetKey()   << "]";
  50                 os << "[" << tag->second->GetVR()    << "]" << endl;
  51         }
  52 }
  53
  54 gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByNumber(guint16 group, guint16 element) {
  55         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
  56         if ( ! tagHt.count(key))
  57                 return (gdcmElValue*)0;
  58         return tagHt.find(key)->second;
  59 }
  60
  61 gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByName(string TagName) {
  62    if ( ! NameHt.count(TagName))
  63       return (gdcmElValue*)0;
  64    return NameHt.find(TagName)->second;
  65 }
  66
  67 string gdcmElValSet::GetElValueByNumber(guint16 group, guint16 element) {
  68         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
  69         if ( ! tagHt.count(key))
  70                 return "gdcm::Unfound";
  71         return tagHt.find(key)->second->GetValue();
  72 }
  73
  74 string gdcmElValSet::GetElValueByName(string TagName) {
  75         if ( ! NameHt.count(TagName))
  76                 return "gdcm::Unfound";
  77         return NameHt.find(TagName)->second->GetValue();
  78 }
  79
  80
  81 int gdcmElValSet::SetElValueByNumber(string content,
  82                                      guint16 group, guint16 element) {
  83         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
  84         if ( ! tagHt.count(key))
  85                 return 0;
  86         tagHt[key]->SetValue(content);
  87         string vr = tagHt[key]->GetVR();
  88         guint32 lgr;
  89
  90         if( (vr == "US") || (vr == "SS") )
  91            lgr = 2;
  92         else if( (vr == "UL") || (vr == "SL") )
  93            lgr = 4;
  94         else
  95            lgr = content.length();
  96         tagHt[key]->SetLength(lgr);
  97         return 1;
  98 }
  99
 100 int gdcmElValSet::SetElValueByName(string content, string TagName) {
 101         if ( ! NameHt.count(TagName))
 102                 return 0;
 103         NameHt[TagName]->SetValue(content);
 104         string vr = NameHt[TagName]->GetVR();
 105         guint32 lgr;
 106
 107         if( (vr == "US") || (vr == "SS") )
 108            lgr = 2;
 109         else if( (vr == "UL") || (vr == "SL") )
 110            lgr = 4;
 111         else
 112            lgr = content.length();
 113
 114 // TODO : WARNING: le cas de l'element des pixels (7fe0,0010) n'est pas traite
 115 // par SetElValueByName
 116 // il faudra utiliser SetElValueByNumber
 117
 118         NameHt[TagName]->SetLength(lgr);
 119         return 1;
 120 }
 121
 122 /**
 123  * \ingroup gdcmElValSet
 124  * \brief   Generate a free TagKey i.e. a TagKey that is not present
 125  *          in the TagHt dictionary.
 126  * @param   group The generated tag must belong to this group.
 127  * @return  The element of tag with given group which is fee.
 128  */
 129 guint32 gdcmElValSet::GenerateFreeTagKeyInGroup(guint16 group) {
 130    for (guint32 elem = 0; elem < UINT32_MAX; elem++) {
 131       TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, elem);
 132       if (tagHt.count(key) == 0)
 133          return elem;
 134    }
 135    return UINT32_MAX;
 136 }
 137
 138 int gdcmElValSet::SetElValueLengthByNumber(guint32 length,
 139                                            guint16 group, guint16 element) {
 140         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
 141         if ( ! tagHt.count(key))
 142                 return 0;
 143         tagHt[key]->SetLength(length);
 144         return 1 ;
 145 }
 146
 147
 148 int gdcmElValSet::SetElValueLengthByName(guint32 length, string TagName) {
 149         if ( ! NameHt.count(TagName))
 150                 return 0;
 151         NameHt.find(TagName)->second->SetLength(length);
 152         return 1 ;
 153 }
 154
 155
 156
 157 void gdcmElValSet::UpdateGroupLength(bool SkipSequence, FileType type) {
 158    guint16 gr, el;
 159    string vr;
 160
 161    gdcmElValue *elem;
 162    char trash[10];
 163    string str_trash;
 164    GroupKey key;
 165    GroupHT groupHt;
 166    TagKey tk;
 167    gdcmElValue *elemZ;
 168
 169    for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
 170         tag2 != tagHt.end();
 171         ++tag2){
 172
 173       elem  = tag2->second;
 174       gr = elem->GetGroup();
 175       el = elem->GetElement();
 176       vr = elem->GetVR();
 177
 178       sprintf(trash, "%04x", gr);
 179       key = trash;
 180
 181       if (SkipSequence && vr == "SQ") continue;
 182          // pas SEQUENCE en ACR-NEMA
 183          // WARNING : pb CERTAIN
 184          //           si on est descendu 'a l'interieur' des SQ
 185          //
 186          // --> la descente a l'interieur' des SQ
 187          // devra etre faite avec une liste chainee, pas avec une HTable...
 188
 189       if ( groupHt.count(key) == 0) {
 190          if (el ==0x0000) {
 191             groupHt[key] = 0;
 192          } else {
 193             groupHt[key] =2 + 2 + 4 + elem->GetLength();
 194          }
 195       } else {
 196          if (type = ExplicitVR) {
 197             if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) {
 198                groupHt[key] +=  4;
 199             }
 200          }
 201          groupHt[key] += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength();
 202       }
 203    }
 204
 205      if(0)
 206      for (GroupHT::iterator g = groupHt.begin();
 207         g != groupHt.end();
 208         ++g){
 209         printf("groupKey %s : %d\n",g->first.c_str(),g->second);
 210      }
 211
 212
 213    unsigned short int gr_bid;
 214
 215    for (GroupHT::iterator g = groupHt.begin();
 216         g != groupHt.end();
 217         ++g){
 218
 219       sscanf(g->first.c_str(),"%x",&gr_bid);
 220       tk = g->first + "|0000";
 221
 222       if ( tagHt.count(tk) == 0) {
 223          gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr_bid, 0x0000, "UL");
 224          elemZ = new gdcmElValue(tagZ);
 225          elemZ->SetLength(4);
 226          Add(elemZ);
 227       } else {
 228          elemZ=GetElementByNumber(gr_bid, 0x0000);
 229       }
 230       sprintf(trash ,"%d",g->second);
 231       str_trash=trash;
 232       elemZ->SetValue(str_trash);
 233    }
 234 }
 235
 236 void gdcmElValSet::WriteElements(FileType type, FILE * _fp) {
 237    guint16 gr, el;
 238    guint32 lgr;
 239    const char * val;
 240    string vr;
 241    guint32 val_uint32;
 242    guint16 val_uint16;
 243
 244    vector<string> tokens;
 245
 246    void *ptr;
 247
 248    // Tout ceci ne marche QUE parce qu'on est sur un proc Little Endian
 249    // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite)
 250
 251    for (TagElValueHT::iterator tag2=tagHt.begin();
 252         tag2 != tagHt.end();
 253         ++tag2){
 254
 255       gr =  tag2->second->GetGroup();
 256       el =  tag2->second->GetElement();
 257       lgr = tag2->second->GetLength();
 258       val = tag2->second->GetValue().c_str();
 259       vr =  tag2->second->GetVR();
 260
 261       if ( type == ACR ) {
 262          if (gr < 0x0008) continue;
 263          if (gr %2)   continue;
 264          if (vr == "SQ" ) continue;
 265       }
 266
 267       fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //group
 268       fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //element
 269
 270       if ( (type == ExplicitVR) && (gr <= 0x0002) ) {
 271          // On est en EXPLICIT VR
 272          guint16 z=0, shortLgr;
 273          fwrite (vr.c_str(),(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 274
 275          if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) {
 276             fwrite ( &z,  (size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 277             fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
 278
 279          } else {
 280             shortLgr=lgr;
 281             fwrite ( &shortLgr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 282          }
 283       } else {
 284          fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
 285       }
 286
 287       tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end());
 288       Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\");
 289
 290       if (vr == "US" || vr == "SS") {
 291          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
 292             val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());
 293             ptr = &val_uint16;
 294             fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 295          }
 296          continue;
 297       }
 298       if (vr == "UL" || vr == "SL") {
 299          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
 300             val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());
 301             ptr = &val_uint32;
 302             fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
 303          }
 304          continue;
 305       }
 306       tokens.clear();
 307
 308       // Les pixels ne sont pas chargés dans l'element !
 309       if ((gr == 0x7fe0) && (el == 0x0010) ) break;
 310
 311       fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); //valeur Elem
 312    }
 313 }
 314
 315 int gdcmElValSet::Write(FILE * _fp, FileType type) {
 316
 317    if (type == ImplicitVR) {
 318       string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2";
 319       SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
 320
 321       //FIXME Refer to standards on page 21, chapter 6.2 "Value representation":
 322       //      values with a VR of UI shall be padded with a single trailing null
 323       //      Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0
 324
 325       SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010);
 326    }
 327
 328         // Question :
 329         // Comment pourrait-on savoir si le DcmHeader vient d'un fichier DicomV3 ou non ,
 330         // (FileType est un champ de gdcmHeader ...)
 331         // WARNING : Si on veut ecrire du DICOM V3 a partir d'un DcmHeader ACR-NEMA
 332         // no way
 333
 334
 335    if (type == ExplicitVR) {
 336       string explicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2.1";
 337       SetElValueByNumber(explicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
 338       // See above comment
 339       SetElValueLengthByNumber(20, 0x0002, 0x0010);
 340    }
 341
 342    if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) )
 343       UpdateGroupLength(false,type);
 344    if ( type == ACR)
 345       UpdateGroupLength(true,ACR);
 346
 347    WriteElements(type, _fp);
 348
 349    return(1);
 350 }