5 #include "gdcmElValSet.h"
10 TagElValueHT & gdcmElValSet::GetTagHt(void) {
14 void gdcmElValSet::Add(gdcmElValue * newElValue) {
15 tagHt [newElValue->GetKey()] = newElValue;
16 NameHt[newElValue->GetName()] = newElValue;
19 void gdcmElValSet::Print(ostream & os) {
20 for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin();
23 os << tag->first << ": ";
24 os << "[" << tag->second->GetValue() << "]";
25 os << "[" << tag->second->GetName() << "]";
26 os << "[" << tag->second->GetVR() << "]";
27 os << " lgr : " << tag->second->GetLength();
32 void gdcmElValSet::PrintByName(ostream & os) {
33 for (TagElValueNameHT::iterator tag = NameHt.begin();
36 os << tag->first << ": ";
37 os << "[" << tag->second->GetValue() << "]";
38 os << "[" << tag->second->GetKey() << "]";
39 os << "[" << tag->second->GetVR() << "]" << endl;
43 gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByNumber(guint32 group, guint32 element) {
44 TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
45 if ( ! tagHt.count(key))
46 return (gdcmElValue*)0;
47 if (tagHt.count(key) > 1)
48 dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElementByNumber",
49 "multiple entries for this key (FIXME) !");
50 return tagHt.find(key)->second;
53 gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByName(string TagName) {
54 if ( ! NameHt.count(TagName))
55 return (gdcmElValue*)0;
56 if (NameHt.count(TagName) > 1)
57 dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElement",
58 "multipe entries for this key (FIXME) !");
59 return NameHt.find(TagName)->second;
62 string gdcmElValSet::GetElValueByNumber(guint32 group, guint32 element) {
63 TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
64 if ( ! tagHt.count(key))
65 return "gdcm::Unfound";
66 if (tagHt.count(key) > 1)
67 dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElValueByNumber",
68 "multiple entries for this key (FIXME) !");
69 return tagHt.find(key)->second->GetValue();
72 string gdcmElValSet::GetElValueByName(string TagName) {
73 if ( ! NameHt.count(TagName))
74 return "gdcm::Unfound";
75 if (NameHt.count(TagName) > 1)
76 dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElValue",
77 "multipe entries for this key (FIXME) !");
78 return NameHt.find(TagName)->second->GetValue();
82 int gdcmElValSet::SetElValueByNumber(string content,
83 guint32 group, guint32 element) {
85 // TODO : comprendre pourquoi ils sont déclares comme des guint32, alors que c'est des guint16
87 TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
88 if ( ! tagHt.count(key))
90 if (tagHt.count(key) > 1) {
91 dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueByNumber",
92 "multiple entries for this key (FIXME) !");
96 tagHt[key]->SetValue(content);
98 // Question : m à j LgrElem ?
99 tagHt[key]->SetLength(strlen(content.c_str()));
101 // FIXME should we really update the element length ?
102 tagHt[key]->SetLength(content.length());
107 int gdcmElValSet::SetElValueByName(string content, string TagName) {
108 if ( ! NameHt.count(TagName))
110 if (NameHt.count(TagName) > 1) {
111 dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueByName",
112 "multipe entries for this key (FIXME) !");
115 NameHt.find(TagName)->second->SetValue(content);
116 NameHt.find(TagName)->second->SetLength(strlen(content.c_str()));
121 * \ingroup gdcmElValSet
122 * \brief Generate a free TagKey i.e. a TagKey that is not present
123 * in the TagHt dictionary. One of the potential usage is
124 * to add gdcm generated additional informartion to the ElValSet
125 * (see gdcmHeader::AddAndDefaultElements).
126 * @param group The generated tag must belong to this group.
127 * @return The element of tag with given group which is fee.
129 guint32 gdcmElValSet::GenerateFreeTagKeyInGroup(guint32 group) {
130 for (guint32 elem = 0; elem < UINT32_MAX; elem++) {
131 TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, elem);
132 if (tagHt.count(key) == 0)
138 int gdcmElValSet::SetElValueLengthByNumber(guint32 l,
139 guint32 group, guint32 element) {
140 TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
141 if ( ! tagHt.count(key))
143 tagHt[key]->SetLength(l);
148 int gdcmElValSet::SetElValueLengthByName(guint32 l, string TagName) {
149 if ( ! NameHt.count(TagName))
151 NameHt.find(TagName)->second->SetLength(l);
155 // Sorry for the DEBUG's, but tomorow is gonna be hoter than today
157 int gdcmElValSet::Write(FILE * _fp) {
166 vector<string> tokens;
170 string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2";
172 // Utilisées pour le calcul Group Length
173 guint32 lgrCalcGroupe=0;
174 gdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec;
175 guint16 grCourant = 0;
178 // Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non ,
179 // (FileType est un champ de gdcmHeader ...)
182 // On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000'
183 // au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu
184 // dans l'image native
186 // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c
188 // On fait de l'implicit VR little Endian
189 // (pour moins se fairche sur processeur INTEL)
190 // On force le TRANSFERT SYNTAX UID
192 SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
193 SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010); // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas
195 TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin();
198 gr = elem->GetGroup();
199 el = elem->GetElement();
202 if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO premiere fois\n");
203 gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL");
204 elemZPrec = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree
205 elemZPrec->SetLength(4);
206 Add(elemZPrec); // On l'accroche à sa place
209 if(DEBUG)printf("Pas d'ajout elem OOOO premiere fois\n");
212 if(DEBUG)printf("init-1 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr);
215 for (tag = ++tagHt.begin();
220 gr = elem->GetGroup();
221 el = elem->GetElement();
223 if ( (gr != grCourant) /*&& // On arrive sur un nv Groupe
224 (el != 0xfffe) */ ) {
227 gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL");
228 elemZ = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree
230 Add(elemZ); // On l'accroche à sa place
231 if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO pour gr %04x\n",gr);
234 if(DEBUG)printf("maj elemZ\n");
239 //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe);
240 elemZPrec->SetValue(f.str());
241 if(DEBUG)printf("ecriture lgr (%d, %s) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, f.str().c_str(), grCourant);
242 if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s]\n",elemZPrec->GetGroup(), elemZPrec->GetElement(),elemZPrec->GetValue().c_str());
243 if(DEBUG)cout << "Addresse elemZPrec " << elemZPrec<< endl;
247 if(DEBUG)printf("init-2 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr);
248 } else { // On n'EST PAS sur un nv Groupe
249 lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // Gr + Num + Lgr + LgrElem
250 if(DEBUG)printf("increment (%d) el %04x-->lgr (%d) pour gr %04x\n",elem->GetLength(), el, lgrCalcGroupe, gr);
254 // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite)
256 for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
260 gr = tag2->second->GetGroup();
261 el = tag2->second->GetElement();
262 lgr = tag2->second->GetLength();
263 val = tag2->second->GetValue().c_str();
264 vr = tag2->second->GetVR();
265 if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s] : [%s]\n",gr, el, vr.c_str(), val);
267 fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //group
268 fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //element
270 //fwrite ( vr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //VR
272 // si on n'est pas en IMPLICIT VR voir pb (lgr + VR)
274 fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); //lgr
276 tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end());
277 Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\");
279 //if (tokens.size() > 1) { printf ("size : %d\n",tokens.size());}
281 if (vr == "US" || vr == "SS") {
282 for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
283 val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());
285 fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
289 if (vr == "UL" || vr == "SL") {
290 for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
291 val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());
293 fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
298 // Les pixels ne sont pas chargés dans l'element !
299 if ((gr == 0x7fe0) && (el == 0x0010) ) break;
301 fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); //valeur Elem
308 int gdcmElValSet::WriteAcr(FILE * _fp) {
310 // ATTENTION : fusioner le code avec celui de gdcmElValSet::Write
320 vector<string> tokens;
324 //string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2"; // supprime par rapport à Write
326 // Utilisées pour le calcul Group Length
328 guint32 lgrCalcGroupe=0;
329 gdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec;
330 guint16 grCourant = 0;
332 // On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000'
333 // au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu
334 // dans l'image native
336 // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c
338 TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin();
341 gr = elem->GetGroup();
342 el = elem->GetElement();
345 if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO premiere fois\n");
346 gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL");
347 elemZPrec = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree
348 elemZPrec->SetLength(4);
349 Add(elemZPrec); // On l'accroche à sa place
352 if(DEBUG)printf("Pas d'ajout elem OOOO premiere fois\n");
355 if(DEBUG)printf("init-1 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr);
358 for (tag = ++tagHt.begin();
363 gr = elem->GetGroup();
364 el = elem->GetElement();
367 if (vr == "SQ") continue; // pas SEQUENCE en ACR-NEMA
368 // WARNING : risque de pb
369 // si on est descendu 'a l'interieur' des SQ
371 if ( (gr != grCourant) /*&& // On arrive sur un nv Groupe
372 (el != 0xfffe) */ ) {
375 gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL");
376 elemZ = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree
378 Add(elemZ); // On l'accroche à sa place
379 if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO pour gr %04x\n",gr);
382 if(DEBUG)printf("maj elmeZ\n");
387 elemZPrec->SetValue(f.str());
388 if(DEBUG)printf("ecriture lgr (%d, %s) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, f.str().c_str(), grCourant);
389 if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s]\n",elemZPrec->GetGroup(), elemZPrec->GetElement(),elemZPrec->GetValue().c_str());
390 if(DEBUG)cout << "Addresse elemZPrec " << elemZPrec<< endl;
394 if(DEBUG)printf("init-2 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr);
395 } else { // On n'EST PAS sur un nv Groupe
396 lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // Gr + Num + Lgr + LgrElem
397 if(DEBUG)printf("increment (%d) el %04x-->lgr (%d) pour gr %04x\n",elem->GetLength(), el, lgrCalcGroupe, gr);
401 // Si on fait de l'implicit VR little Endian
402 // (pour moins se fairche sur processeur INTEL)
403 // penser a forcer le TRANSFERT SYNTAX UID
405 // supprime par rapport à Write
406 //SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
407 //SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010); // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas
409 // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite)
411 for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
415 gr = tag2->second->GetGroup();
416 // saut des groupes speciaux DICOM V3
417 if (gr < 0x0008) continue; // ajouté par rapport à Write
418 // saut des groupes impairs
419 if (gr %2) continue; // ajouté par rapport à Write
421 el = tag2->second->GetElement();
422 lgr = tag2->second->GetLength();
423 val = tag2->second->GetValue().c_str();
424 vr = tag2->second->GetVR();
426 fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //group
427 fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //element
429 // si on n'est pas en IMPLICIT VR voir pb (lgr + VR)
431 fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); //lgr
433 tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end());
434 Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\");
436 if (vr == "US" || vr == "SS") {
438 for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
439 val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());
441 fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
446 if (vr == "UL" || vr == "SL") {
447 for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
448 val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());
450 fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
456 // Les pixels ne sont pas chargés dans l'element !
457 if ((gr == 0x7fe0) && (el == 0x0010) ) break;
459 fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); //valeur Elem
465 // Sorry for the DEBUG's, but tomorow is gonna be hoter than today
467 int gdcmElValSet::WriteExplVR(FILE * _fp) {
470 // ATTENTION : fusioner le code avec celui de gdcmElValSet::Write
479 guint16 z=0, shortLgr;
481 vector<string> tokens;
485 string explicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2.1";
487 // Utilisées pour le calcul Group Length
488 guint32 lgrCalcGroupe=0;
489 gdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec;
490 guint16 grCourant = 0;
493 // Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non ,
494 // (FileType est un champ de gdcmHeader ...)
497 // On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000'
498 // au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu
499 // dans l'image native
501 // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c
504 // On fait de l'Explicit VR little Endian
507 SetElValueByNumber(explicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
508 SetElValueLengthByNumber(20, 0x0002, 0x0010); // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas // ???
510 TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin();
513 gr = elem->GetGroup();
514 el = elem->GetElement();
517 if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO premiere fois\n");
518 gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL");
519 elemZPrec = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree
520 elemZPrec->SetLength(4);
521 Add(elemZPrec); // On l'accroche à sa place
524 if(DEBUG)printf("Pas d'ajout elem OOOO premiere fois\n");
527 if(DEBUG)printf("init-1 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr);
530 for (tag = ++tagHt.begin();
535 gr = elem->GetGroup();
536 el = elem->GetElement();
538 if ( (gr != grCourant) /*&& // On arrive sur un nv Groupe
539 (el != 0xfffe) */ ) {
542 gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL");
543 elemZ = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree
545 Add(elemZ); // On l'accroche à sa place
546 if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO pour gr %04x\n",gr);
549 if(DEBUG)printf("maj elemZ\n");
554 //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe);
555 elemZPrec->SetValue(f.str());
556 if(DEBUG)printf("ecriture lgr (%d, %s) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, f.str().c_str(), grCourant);
557 if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s]\n",elemZPrec->GetGroup(), elemZPrec->GetElement(),elemZPrec->GetValue().c_str());
558 if(DEBUG)cout << "Addresse elemZPrec " << elemZPrec<< endl;
562 if(DEBUG)printf("init-2 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr);
563 } else { // On n'EST PAS sur un nv Groupe
564 lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // Gr + Num + Lgr + LgrElem
565 if(DEBUG)printf("increment (%d) el %04x-->lgr (%d) pour gr %04x\n",elem->GetLength(), el, lgrCalcGroupe, gr);
569 // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite)
571 for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
575 gr = tag2->second->GetGroup();
576 el = tag2->second->GetElement();
577 lgr = tag2->second->GetLength();
578 val = tag2->second->GetValue().c_str();
579 vr = tag2->second->GetVR();
580 if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s] : [%s]\n",gr, el, vr.c_str(), val);
582 fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //group
583 fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //element
585 // On est en EXPLICIT VR
587 fwrite (vr.c_str(),(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
589 if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) {
590 fwrite ( &z, (size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
591 fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
595 fwrite ( &shortLgr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
598 fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
601 tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end());
602 Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\");
604 if (vr == "US" || vr == "SS") {
605 for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
606 val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());
608 fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
612 if (vr == "UL" || vr == "SL") {
613 for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
614 val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());
616 fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
621 // Les pixels ne sont pas chargés dans l'element !
622 if ((gr == 0x7fe0) && (el == 0x0010) ) break;
624 fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); //valeur Elem