src/gdcmElValSet.cxx

   1 // gdcmElValSet.cxx
   2
   3 #include <sstream>
   4 #include "gdcmUtil.h"
   5 #include "gdcmElValSet.h"
   6
   7
   8 TagElValueHT & gdcmElValSet::GetTagHt(void) {
   9         return tagHt;
  10 }
  11
  12 void gdcmElValSet::Add(gdcmElValue * newElValue) {
  13         tagHt [newElValue->GetKey()]  = newElValue;
  14         NameHt[newElValue->GetName()] = newElValue;
  15 }
  16
  17 // TODO : faire un gdcmElValSet::ReplaceOrCreate qui remplace si ça existe, qui cree sinon
  18
  19 void gdcmElValSet::ReplaceOrCreate(gdcmElValue * newElValue) {
  20
  21         TagKey key = newElValue->GetKey();
  22
  23         if (tagHt.count(key) > 1)
  24                 dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElValueByNumber",
  25                             "multiple entries for this key (FIXME) !");
  26
  27         if (tagHt.count(key)) {
  28                 tagHt.erase(key);
  29                 tagHt.erase(newElValue->GetName());
  30         }
  31
  32         tagHt [key]                   = newElValue;
  33         NameHt[newElValue->GetName()] = newElValue;
  34 }
  35
  36
  37 void gdcmElValSet::Print(ostream & os) {
  38         for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin();
  39                   tag != tagHt.end();
  40                   ++tag){
  41                 os << tag->first << ": ";
  42                 os << "[" << tag->second->GetValue() << "]";
  43                 os << "[" << tag->second->GetName()  << "]";
  44                 os << "[" << tag->second->GetVR()    << "]";
  45                 os << " lgr : " << tag->second->GetLength();
  46                                                 os << endl;
  47         }
  48 }
  49
  50 void gdcmElValSet::PrintByName(ostream & os) {
  51         for (TagElValueNameHT::iterator tag = NameHt.begin();
  52                   tag != NameHt.end();
  53                   ++tag){
  54                 os << tag->first << ": ";
  55                 os << "[" << tag->second->GetValue() << "]";
  56                 os << "[" << tag->second->GetKey()   << "]";
  57                 os << "[" << tag->second->GetVR()    << "]" << endl;
  58         }
  59 }
  60
  61 gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByNumber(guint32 group, guint32 element) {
  62         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
  63         if ( ! tagHt.count(key))
  64                 return (gdcmElValue*)0;
  65         if (tagHt.count(key) > 1)
  66                 dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElementByNumber",
  67                             "multiple entries for this key (FIXME) !");
  68         return tagHt.find(key)->second;
  69 }
  70
  71 gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByName(string TagName) {
  72    if ( ! NameHt.count(TagName))
  73       return (gdcmElValue*)0;
  74    if (NameHt.count(TagName) > 1)
  75       dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElement",
  76                   "multipe entries for this key (FIXME) !");
  77    return NameHt.find(TagName)->second;
  78 }
  79
  80 string gdcmElValSet::GetElValueByNumber(guint32 group, guint32 element) {
  81         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
  82         if ( ! tagHt.count(key))
  83                 return "gdcm::Unfound";
  84         if (tagHt.count(key) > 1)
  85                 dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElValueByNumber",
  86                             "multiple entries for this key (FIXME) !");
  87         return tagHt.find(key)->second->GetValue();
  88 }
  89
  90 string gdcmElValSet::GetElValueByName(string TagName) {
  91         if ( ! NameHt.count(TagName))
  92                 return "gdcm::Unfound";
  93         if (NameHt.count(TagName) > 1)
  94                 dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElValue",
  95                             "multipe entries for this key (FIXME) !");
  96         return NameHt.find(TagName)->second->GetValue();
  97 }
  98
  99 int gdcmElValSet::SetElValueByNumber(string content,
 100                                      guint32 group, guint32 element) {
 101         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
 102         if ( ! tagHt.count(key))
 103                 return 0;
 104         if (tagHt.count(key) > 1) {
 105                 dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueByNumber",
 106                             "multiple entries for this key (FIXME) !");
 107                 return (0);
 108         }
 109         tagHt[key]->SetValue(content);
 110
 111         // Question : m à j LgrElem ?
 112         tagHt[key]->SetLength(strlen(content.c_str()));
 113
 114         // FIXME should we really update the element length ?
 115         tagHt[key]->SetLength(content.length());
 116
 117         return(1);
 118 }
 119
 120 int gdcmElValSet::SetElValueByName(string content, string TagName) {
 121         if ( ! NameHt.count(TagName))
 122                 return 0;
 123         if (NameHt.count(TagName) > 1) {
 124                 dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueByName",
 125                             "multipe entries for this key (FIXME) !");
 126                 return 0;
 127         }
 128         NameHt.find(TagName)->second->SetValue(content);
 129         NameHt.find(TagName)->second->SetLength(strlen(content.c_str()));
 130         return(1);
 131 }
 132
 133 /**
 134  * \ingroup  gdcmElValSet
 135  * \brief    Generate a free TagKey i.e. a TagKey that is not present
 136  *           in the TagHt dictionary. One of the potential usage is
 137  *           to add  gdcm generated additional informartion to the ElValSet
 138  *           (see gdcmHeader::AddAndDefaultElements).
 139  * @param group The generated tag must belong to this group.
 140  * @return   The element of tag with given group which is fee.
 141  */
 142 guint32 gdcmElValSet::GenerateFreeTagKeyInGroup(guint32 group) {
 143    for (guint32 elem = 0; elem < UINT32_MAX; elem++) {
 144       TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, elem);
 145       if (tagHt.count(key) == 0)
 146          return elem;
 147    }
 148    return UINT32_MAX;
 149 }
 150
 151 int gdcmElValSet::SetElValueLengthByNumber(guint32 l,
 152                                            guint32 group, guint32 element) {
 153         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
 154         if ( ! tagHt.count(key))
 155                 return 0;
 156         tagHt[key]->SetLength(l);
 157         return 1 ;
 158 }
 159
 160
 161 int gdcmElValSet::SetElValueLengthByName(guint32 l, string TagName) {
 162         if ( ! NameHt.count(TagName))
 163                 return 0;
 164         NameHt.find(TagName)->second->SetLength(l);
 165         return 1 ;
 166 }
 167
 168 // Sorry for the DEBUG's, but tomorow is gonna be hoter than today
 169 #define DEBUG 0
 170
 171 int gdcmElValSet::Write(FILE * _fp) {
 172
 173 // ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution)
 174
 175         guint16 gr, el;
 176         guint32 lgr;
 177         const char * val;
 178         string vr;
 179         guint32 val_uint32;
 180         gint32  val_int32;
 181         guint16 val_uint16;
 182         gint16  val_int16;;
 183
 184         vector<string> tokens;
 185
 186         void *ptr;
 187         char str_lgrCalcGroupe[10];
 188
 189
 190         string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2";
 191
 192         // Utilisées pour le calcul Group Length
 193         int deja = 0, prem=0;
 194         guint32 lgrCalcGroupe=0;
 195         gdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec;
 196         guint16 grCourant = 0;
 197
 198         // Question :
 199         // Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non ,
 200         // (FileType est un champ de gdcmHeader ...)
 201         //
 202
 203         // On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000'
 204         // au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu
 205         // dans l'image native
 206         //
 207         // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c
 208
 209 if (1) {  // Risque de pb dans le calcul des lgr de chaque groupe. On le saute pour le moment!
 210
 211         // On fait de l'implicit VR little Endian
 212         // (pour moins se fairche sur processeur INTEL)
 213         // On force le TRANSFERT SYNTAX UID
 214
 215         SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
 216         SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010);  // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas
 217
 218         TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin();
 219
 220         elem = tag->second;
 221         gr   = elem->GetGroup();
 222         el   = elem->GetElement();
 223
 224         if (el != 0x0000) {
 225                 if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO premiere fois\n");
 226                 gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL");
 227                 elemZPrec = new gdcmElValue(tagZ);      // on le cree
 228                 elemZPrec->SetLength(4);
 229                 Add(elemZPrec);                         // On l'accroche à sa place
 230         } else {
 231                 elemZPrec = elem;
 232                 if(DEBUG)printf("Pas d'ajout elem OOOO premiere fois\n");
 233         }
 234         lgrCalcGroupe = 0;
 235         if(DEBUG)printf("init-1 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr);
 236         grCourant = gr;
 237
 238         for (tag = ++tagHt.begin();
 239                   tag != tagHt.end();
 240                   ++tag){
 241
 242                 elem = tag->second;
 243                 gr = elem->GetGroup();
 244                 el = elem->GetElement();
 245
 246                 if ( (gr != grCourant) /*&&     // On arrive sur un nv Groupe
 247                      (el != 0xfffe) */  ) {
 248
 249                         if (el != 0x0000) {
 250                                 gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL");
 251                                 elemZ = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree
 252                                 elemZ->SetLength(4);
 253                                 Add(elemZ);                     // On l'accroche à sa place
 254                                 if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO pour gr %04x\n",gr);
 255                         } else {
 256                                 elemZ=elem;
 257                                 if(DEBUG)printf("maj elmeZ\n");
 258                         }
 259
 260                         ostringstream fock;
 261                         fock << lgrCalcGroupe;
 262                         //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe);
 263                         elemZPrec->SetValue(fock.str());
 264                         if(DEBUG)printf("ecriture lgr (%d, %s) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, fock.str().c_str(), grCourant);
 265                         if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s]\n",elemZPrec->GetGroup(), elemZPrec->GetElement(),elemZPrec->GetValue().c_str());
 266                         if(DEBUG)cout << "Addresse elemZPrec " << elemZPrec<< endl;
 267                         elemZPrec=elemZ;
 268                         lgrCalcGroupe = 0;
 269                         grCourant     = gr;
 270                         if(DEBUG)printf("init-2 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr);
 271                 } else {                        // On n'EST PAS sur un nv Groupe
 272                         lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength();  // Gr + Num + Lgr + LgrElem
 273                         if(DEBUG)printf("increment (%d) el %04x-->lgr (%d) pour gr %04x\n",elem->GetLength(), el, lgrCalcGroupe, gr);
 274                 }
 275         }
 276
 277 } // fin if (1)
 278
 279
 280         // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite)
 281
 282         for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
 283                   tag2 != tagHt.end();
 284                   ++tag2){
 285
 286                 gr =  tag2->second->GetGroup();
 287                 el =  tag2->second->GetElement();
 288                 lgr = tag2->second->GetLength();
 289                 val = tag2->second->GetValue().c_str();
 290                 vr =  tag2->second->GetVR();
 291                 if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s] : [%s]\n",gr, el, vr.c_str(), val);
 292
 293                 fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);        //group
 294                 fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);        //element
 295
 296                 //fwrite ( vr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);       //VR
 297
 298                 // si on n'est pas en IMPLICIT VR voir pb (lgr  + VR)
 299
 300                 fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);       //lgr
 301
 302                 tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end());
 303                 Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\");
 304
 305                 //if (tokens.size() > 1) { printf ("size : %d\n",tokens.size());}
 306
 307                 if (vr == "US" || vr == "SS") {
 308                         for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
 309                                 val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());
 310                                 ptr = &val_uint16;
 311                                 fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 312                         }
 313                         continue;
 314                 }
 315                 if (vr == "UL" || vr == "SL") {
 316                         for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
 317                                 val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());
 318                                 ptr = &val_uint32;
 319                                 fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
 320                         }
 321                         continue;
 322                 }
 323
 324                 // Les pixels ne sont pas chargés dans l'element !
 325                 if ((gr == 0x7fe0) && (el == 0x0010) ) break;
 326
 327                 fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); //valeur Elem
 328         }
 329
 330         return(1);
 331 }
 332
 333
 334
 335
 336 int gdcmElValSet::WriteAcr(FILE * _fp) {
 337
 338
 339 // ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution)
 340 // ATTENTION : fusioner le code avec celui de lValSet::Write
 341
 342
 343         guint16 gr, el;
 344         guint32 lgr;
 345         const char * val;
 346         string vr;
 347         guint32 val_uint32;
 348         gint32  val_int32;
 349         guint16 val_uint16;
 350         gint16  val_int16;
 351
 352         vector<string> tokens;
 353
 354         void *ptr;
 355         char str_lgrCalcGroupe[10];
 356
 357         //string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2"; // supprime par rapport à Write
 358
 359         // Utilisées pour le calcul Group Length
 360         int deja = 0;
 361         guint32 lgrCalcGroupe=0;
 362         gdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec;
 363         guint16 grCourant = 0;
 364
 365         // Question :
 366         // Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non ,
 367         // (FileType est un champ de gdcmHeader ...)
 368         //
 369
 370         // On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000'
 371         // au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu
 372         // dans l'image native
 373         //
 374         // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c
 375
 376
 377
 378         TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin();
 379
 380         elem = tag->second;
 381         gr   = elem->GetGroup();
 382         el   = elem->GetElement();
 383
 384         if (el != 0x0000) {
 385                 if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO premiere fois\n");
 386                 gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL");
 387                 elemZPrec = new gdcmElValue(tagZ);      // on le cree
 388                 elemZPrec->SetLength(4);
 389                 Add(elemZPrec);                         // On l'accroche à sa place
 390         } else {
 391                 elemZPrec = elem;
 392                 if(DEBUG)printf("Pas d'ajout elem OOOO premiere fois\n");
 393         }
 394         lgrCalcGroupe = 0;
 395         if(DEBUG)printf("init-1 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr);
 396         grCourant = gr;
 397
 398         for (tag = ++tagHt.begin();
 399                   tag != tagHt.end();
 400                   ++tag){
 401
 402                 elem = tag->second;
 403                 gr = elem->GetGroup();
 404                 el = elem->GetElement();
 405
 406                 if ( (gr != grCourant) /*&&     // On arrive sur un nv Groupe
 407                      (el != 0xfffe) */  ) {
 408
 409                         if (el != 0x0000) {
 410                                 gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL");
 411                                 elemZ = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree
 412                                 elemZ->SetLength(4);
 413                                 Add(elemZ);                     // On l'accroche à sa place
 414                                 if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO pour gr %04x\n",gr);
 415                         } else {
 416                                 elemZ=elem;
 417                                 if(DEBUG)printf("maj elmeZ\n");
 418                         }
 419
 420                         ostringstream fock;
 421                         fock << lgrCalcGroupe;
 422                         //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe);
 423                         elemZPrec->SetValue(fock.str());
 424                         if(DEBUG)printf("ecriture lgr (%d, %s) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, fock.str().c_str(), grCourant);
 425                         if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s]\n",elemZPrec->GetGroup(), elemZPrec->GetElement(),elemZPrec->GetValue().c_str());
 426                         if(DEBUG)cout << "Addresse elemZPrec " << elemZPrec<< endl;
 427                         elemZPrec=elemZ;
 428                         lgrCalcGroupe = 0;
 429                         grCourant     = gr;
 430                         if(DEBUG)printf("init-2 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr);
 431                 } else {                        // On n'EST PAS sur un nv Groupe
 432                         lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength();  // Gr + Num + Lgr + LgrElem
 433                         if(DEBUG)printf("increment (%d) el %04x-->lgr (%d) pour gr %04x\n",elem->GetLength(), el, lgrCalcGroupe, gr);
 434                 }
 435         }
 436
 437         // Si on fait de l'implicit VR little Endian
 438         // (pour moins se fairche sur processeur INTEL)
 439         // penser a forcer le TRANSFERT SYNTAX UID
 440
 441         // supprime par rapport à Write
 442         //SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
 443         //SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010);  // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas
 444
 445         // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite)
 446
 447         for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
 448                   tag2 != tagHt.end();
 449                   ++tag2){
 450
 451                 gr =  tag2->second->GetGroup();
 452                                                 // saut des groupes speciaux DICOM V3
 453                 if (gr < 0x0008) continue;      // ajouté par rapport à Write
 454                                                 // saut des groupes impairs
 455                 if (gr %2)       continue;      // ajouté par rapport à Write
 456
 457                 el =  tag2->second->GetElement();
 458                 lgr = tag2->second->GetLength();
 459                 val = tag2->second->GetValue().c_str();
 460                 vr =  tag2->second->GetVR();
 461
 462                 fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);        //group
 463                 fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);        //element
 464
 465                 // si on n'est pas en IMPLICIT VR voir pb (lgr  + VR)
 466
 467                 fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);               //lgr
 468
 469                 tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end());
 470                 Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\");
 471
 472                 if (vr == "US" || vr == "SS") {
 473
 474                         for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
 475                                 val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());
 476                                 ptr = &val_uint16;
 477                                 fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 478                         }
 479                         continue;
 480
 481                 }
 482                 if (vr == "UL" || vr == "SL") {
 483                         for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
 484                                 val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());
 485                                 ptr = &val_uint32;
 486                                 fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
 487                         }
 488                         continue;
 489
 490                 }
 491
 492                 // Les pixels ne sont pas chargés dans l'element !
 493                 if ((gr == 0x7fe0) && (el == 0x0010) ) break;
 494
 495                 fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); //valeur Elem
 496         }
 497
 498         return(1);
 499 }