src/gdcmElValSet.cxx

   1 // gdcmElValSet.cxx
   2
   3 #include <sstream>
   4 #include "gdcmUtil.h"
   5 #include "gdcmElValSet.h"
   6
   7 gdcmElValSet::~gdcmElValSet() {
   8    for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); tag != tagHt.end(); ++tag) {
   9       gdcmElValue* EntryToDelete = tag->second;
  10       if ( EntryToDelete )
  11          delete EntryToDelete;
  12    }
  13    tagHt.clear();
  14    // Since Add() adds symetrical in both tagHt and NameHt we can
  15    // assume all the pointed gdcmElValues are allready cleaned-up when
  16    // we cleaned tagHt.
  17    NameHt.clear();
  18 }
  19
  20 TagElValueHT & gdcmElValSet::GetTagHt(void) {
  21         return tagHt;
  22 }
  23
  24 void gdcmElValSet::Add(gdcmElValue * newElValue) {
  25         tagHt [newElValue->GetKey()]  = newElValue;
  26         NameHt[newElValue->GetName()] = newElValue;
  27 }
  28
  29 void gdcmElValSet::Print(ostream & os) {
  30         for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin();
  31                   tag != tagHt.end();
  32                   ++tag){
  33                 os << tag->first << ": ";
  34                 os << "[" << tag->second->GetValue() << "]";
  35                 os << "[" << tag->second->GetName()  << "]";
  36                 os << "[" << tag->second->GetVR()    << "]";
  37                 os << " lgr : " << tag->second->GetLength();
  38                 os << endl;
  39         }
  40 }
  41
  42 void gdcmElValSet::PrintByName(ostream & os) {
  43         for (TagElValueNameHT::iterator tag = NameHt.begin();
  44                   tag != NameHt.end();
  45                   ++tag){
  46                 os << tag->first << ": ";
  47                 os << "[" << tag->second->GetValue() << "]";
  48                 os << "[" << tag->second->GetKey()   << "]";
  49                 os << "[" << tag->second->GetVR()    << "]" << endl;
  50         }
  51 }
  52
  53 gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByNumber(guint16 group, guint16 element) {
  54         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
  55         if ( ! tagHt.count(key))
  56                 return (gdcmElValue*)0;
  57         return tagHt.find(key)->second;
  58 }
  59
  60 gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByName(string TagName) {
  61    if ( ! NameHt.count(TagName))
  62       return (gdcmElValue*)0;
  63    return NameHt.find(TagName)->second;
  64 }
  65
  66 string gdcmElValSet::GetElValueByNumber(guint16 group, guint16 element) {
  67         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
  68         if ( ! tagHt.count(key))
  69                 return "gdcm::Unfound";
  70         return tagHt.find(key)->second->GetValue();
  71 }
  72
  73 string gdcmElValSet::GetElValueByName(string TagName) {
  74         if ( ! NameHt.count(TagName))
  75                 return "gdcm::Unfound";
  76         return NameHt.find(TagName)->second->GetValue();
  77 }
  78
  79
  80 int gdcmElValSet::SetElValueByNumber(string content,
  81                                      guint16 group, guint16 element) {
  82         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
  83         if ( ! tagHt.count(key))
  84                 return 0;
  85         tagHt[key]->SetValue(content);
  86         string vr = tagHt[key]->GetVR();
  87         guint32 lgr;
  88
  89         if( (vr == "US") || (vr == "SS") )
  90            lgr = 2;
  91         else if( (vr == "UL") || (vr == "SL") )
  92            lgr = 4;
  93         else
  94            lgr = content.length();
  95
  96         tagHt[key]->SetLength(lgr);
  97         return 1;
  98 }
  99
 100 int gdcmElValSet::SetElValueByName(string content, string TagName) {
 101         if ( ! NameHt.count(TagName))
 102                 return 0;
 103         NameHt[TagName]->SetValue(content);
 104         string vr = NameHt[TagName]->GetVR();
 105         guint32 lgr;
 106
 107         if( (vr == "US") || (vr == "SS") )
 108            lgr = 2;
 109         else if( (vr == "UL") || (vr == "SL") )
 110            lgr = 4;
 111         else
 112            lgr = content.length();
 113
 114         NameHt[TagName]->SetLength(lgr);
 115         return 1;
 116 }
 117
 118 /**
 119  * \ingroup gdcmElValSet
 120  * \brief   Generate a free TagKey i.e. a TagKey that is not present
 121  *          in the TagHt dictionary.
 122  * @param   group The generated tag must belong to this group.
 123  * @return  The element of tag with given group which is fee.
 124  */
 125 guint32 gdcmElValSet::GenerateFreeTagKeyInGroup(guint16 group) {
 126    for (guint32 elem = 0; elem < UINT32_MAX; elem++) {
 127       TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, elem);
 128       if (tagHt.count(key) == 0)
 129          return elem;
 130    }
 131    return UINT32_MAX;
 132 }
 133
 134 int gdcmElValSet::SetElValueLengthByNumber(guint32 length,
 135                                            guint16 group, guint16 element) {
 136         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
 137         if ( ! tagHt.count(key))
 138                 return 0;
 139         tagHt[key]->SetLength(length);
 140         return 1 ;
 141 }
 142
 143
 144 int gdcmElValSet::SetElValueLengthByName(guint32 length, string TagName) {
 145         if ( ! NameHt.count(TagName))
 146                 return 0;
 147         NameHt.find(TagName)->second->SetLength(length);
 148         return 1 ;
 149 }
 150
 151
 152
 153 void gdcmElValSet::UpdateGroupLength(bool SkipSequence, FileType type) {
 154    guint16 gr, el;
 155    string vr;
 156
 157    gdcmElValue *elem;
 158    char trash[10];
 159    string str_trash;
 160    GroupKey key;
 161    GroupHT groupHt;
 162    TagKey tk;
 163    gdcmElValue *elemZ;
 164
 165    for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
 166         tag2 != tagHt.end();
 167         ++tag2){
 168
 169       elem  = tag2->second;
 170       gr = elem->GetGroup();
 171       el = elem->GetElement();
 172       vr = elem->GetVR();
 173
 174       sprintf(trash, "%04x", gr);
 175       key = trash;
 176
 177       if (SkipSequence && vr == "SQ") continue;
 178          // pas SEQUENCE en ACR-NEMA
 179          // WARNING : pb CERTAIN
 180          //           si on est descendu 'a l'interieur' des SQ
 181          //
 182          // --> la descente a l'interieur' des SQ
 183          // devra etre faite avec une liste chainee, pas avec une HTable...
 184
 185       if ( groupHt.count(key) == 0) {
 186          if (el ==0x0000) {
 187             groupHt[key] = 0;
 188          } else {
 189             groupHt[key] =2 + 2 + 4 + elem->GetLength();
 190          }
 191       } else {
 192          if (type = ExplicitVR) {
 193             if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) {
 194                groupHt[key] +=  4;
 195             }
 196          }
 197          groupHt[key] += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength();
 198       }
 199    }
 200
 201      if(0)
 202      for (GroupHT::iterator g = groupHt.begin();
 203         g != groupHt.end();
 204         ++g){
 205         printf("groupKey %s : %d\n",g->first.c_str(),g->second);
 206      }
 207
 208
 209    unsigned short int gr_bid;
 210
 211    for (GroupHT::iterator g = groupHt.begin();
 212         g != groupHt.end();
 213         ++g){
 214
 215       sscanf(g->first.c_str(),"%x",&gr_bid);
 216       tk = g->first + "|0000";
 217
 218       if ( tagHt.count(tk) == 0) {
 219          gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr_bid, 0x0000, "UL");
 220          elemZ = new gdcmElValue(tagZ);
 221          elemZ->SetLength(4);
 222          Add(elemZ);
 223       } else {
 224          elemZ=GetElementByNumber(gr_bid, 0x0000);
 225       }
 226       sprintf(trash ,"%d",g->second);
 227       str_trash=trash;
 228       elemZ->SetValue(str_trash);
 229    }
 230 }
 231
 232 void gdcmElValSet::WriteElements(FileType type, FILE * _fp) {
 233    guint16 gr, el;
 234    guint32 lgr;
 235    const char * val;
 236    string vr;
 237    guint32 val_uint32;
 238    guint16 val_uint16;
 239
 240    vector<string> tokens;
 241
 242    void *ptr;
 243
 244    // Tout ceci ne marche QUE parce qu'on est sur un proc Little Endian
 245    // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite)
 246
 247    for (TagElValueHT::iterator tag2=tagHt.begin();
 248         tag2 != tagHt.end();
 249         ++tag2){
 250
 251       gr =  tag2->second->GetGroup();
 252       el =  tag2->second->GetElement();
 253       lgr = tag2->second->GetLength();
 254       val = tag2->second->GetValue().c_str();
 255       vr =  tag2->second->GetVR();
 256
 257       if ( type == ACR ) {
 258          if (gr < 0x0008) continue;
 259          if (gr %2)   continue;
 260          if (vr == "SQ" ) continue;
 261       }
 262
 263       fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //group
 264       fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //element
 265
 266       if ( (type == ExplicitVR) && (gr <= 0x0002) ) {
 267          // On est en EXPLICIT VR
 268          guint16 z=0, shortLgr;
 269          fwrite (vr.c_str(),(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 270
 271          if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) {
 272             fwrite ( &z,  (size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 273             fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
 274
 275          } else {
 276             shortLgr=lgr;
 277             fwrite ( &shortLgr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 278          }
 279       } else {
 280          fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
 281       }
 282
 283       tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end());
 284       Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\");
 285
 286       if (vr == "US" || vr == "SS") {
 287          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
 288             val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());
 289             ptr = &val_uint16;
 290             fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 291          }
 292          continue;
 293       }
 294       if (vr == "UL" || vr == "SL") {
 295          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
 296             val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());
 297             ptr = &val_uint32;
 298             fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
 299          }
 300          continue;
 301       }
 302       tokens.clear();
 303
 304       // Les pixels ne sont pas chargés dans l'element !
 305       if ((gr == 0x7fe0) && (el == 0x0010) ) break;
 306
 307       fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); //valeur Elem
 308    }
 309 }
 310
 311 int gdcmElValSet::Write(FILE * _fp, FileType type) {
 312
 313    if (type == ImplicitVR) {
 314       string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2";
 315       SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
 316
 317       //FIXME Refer to standards on page 21, chapter 6.2 "Value representation":
 318       //      values with a VR of UI shall be padded with a single trailing null
 319       //      Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0
 320
 321       SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010);
 322    }
 323
 324         // Question :
 325         // Comment pourrait-on savoir si le DcmHeader vient d'un fichier DicomV3 ou non ,
 326         // (FileType est un champ de gdcmHeader ...)
 327         // WARNING : Si on veut ecrire du DICOM V3 a partir d'un DcmHeader ACR-NEMA
 328         // no way
 329
 330
 331    if (type == ExplicitVR) {
 332       string explicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2.1";
 333       SetElValueByNumber(explicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
 334       // See above comment
 335       SetElValueLengthByNumber(20, 0x0002, 0x0010);
 336    }
 337
 338    if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) )
 339       UpdateGroupLength(false,type);
 340    if ( type == ACR)
 341       UpdateGroupLength(true,ACR);
 342
 343    WriteElements(type, _fp);
 344
 345    return(1);
 346 }