src/gdcmElValSet.cxx

   1 // gdcmElValSet.cxx
   2
   3 #include <sstream>
   4 #include "gdcmUtil.h"
   5 #include "gdcmElValSet.h"
   6
   7
   8 TagElValueHT & gdcmElValSet::GetTagHt(void) {
   9         return tagHt;
  10 }
  11
  12 void gdcmElValSet::Add(gdcmElValue * newElValue) {
  13         tagHt [newElValue->GetKey()]  = newElValue;
  14         NameHt[newElValue->GetName()] = newElValue;
  15 }
  16
  17 // TODO : faire un gdcmElValSet::ReplaceOrCreate qui remplace si ça existe, qui cree sinon
  18
  19 void gdcmElValSet::ReplaceOrCreate(gdcmElValue * newElValue) {
  20
  21         TagKey key = newElValue->GetKey();
  22
  23         if (tagHt.count(key) > 1)
  24                 dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElValueByNumber",
  25                             "multiple entries for this key (FIXME) !");
  26
  27         if (tagHt.count(key)) {
  28                 tagHt.erase(key);
  29                 tagHt.erase(newElValue->GetName());
  30         }
  31
  32         tagHt [key]                   = newElValue;
  33         NameHt[newElValue->GetName()] = newElValue;
  34 }
  35
  36
  37 void gdcmElValSet::Print(ostream & os) {
  38         for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin();
  39                   tag != tagHt.end();
  40                   ++tag){
  41                 os << tag->first << ": ";
  42                 os << "[" << tag->second->GetValue() << "]";
  43                 os << "[" << tag->second->GetName()  << "]";
  44                 os << "[" << tag->second->GetVR()    << "]";
  45                 os << " lgr : " << tag->second->GetLength();
  46                                                 os << endl;
  47         }
  48 }
  49
  50 void gdcmElValSet::PrintByName(ostream & os) {
  51         for (TagElValueNameHT::iterator tag = NameHt.begin();
  52                   tag != NameHt.end();
  53                   ++tag){
  54                 os << tag->first << ": ";
  55                 os << "[" << tag->second->GetValue() << "]";
  56                 os << "[" << tag->second->GetKey()   << "]";
  57                 os << "[" << tag->second->GetVR()    << "]" << endl;
  58         }
  59 }
  60
  61 gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByNumber(guint32 group, guint32 element) {
  62         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
  63         if ( ! tagHt.count(key))
  64                 return (gdcmElValue*)0;
  65         if (tagHt.count(key) > 1)
  66                 dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElementByNumber",
  67                             "multiple entries for this key (FIXME) !");
  68         return tagHt.find(key)->second;
  69 }
  70
  71 gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByName(string TagName) {
  72    if ( ! NameHt.count(TagName))
  73       return (gdcmElValue*)0;
  74    if (NameHt.count(TagName) > 1)
  75       dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElement",
  76                   "multipe entries for this key (FIXME) !");
  77    return NameHt.find(TagName)->second;
  78 }
  79
  80 string gdcmElValSet::GetElValueByNumber(guint32 group, guint32 element) {
  81         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
  82         if ( ! tagHt.count(key))
  83                 return "gdcm::Unfound";
  84         if (tagHt.count(key) > 1)
  85                 dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElValueByNumber",
  86                             "multiple entries for this key (FIXME) !");
  87         return tagHt.find(key)->second->GetValue();
  88 }
  89
  90 string gdcmElValSet::GetElValueByName(string TagName) {
  91         if ( ! NameHt.count(TagName))
  92                 return "gdcm::Unfound";
  93         if (NameHt.count(TagName) > 1)
  94                 dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElValue",
  95                             "multipe entries for this key (FIXME) !");
  96         return NameHt.find(TagName)->second->GetValue();
  97 }
  98
  99 int gdcmElValSet::SetElValueByNumber(string content,
 100                                      guint32 group, guint32 element) {
 101         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
 102         if ( ! tagHt.count(key))
 103                 return 0;
 104         if (tagHt.count(key) > 1) {
 105                 dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueByNumber",
 106                             "multiple entries for this key (FIXME) !");
 107                 return (0);
 108         }
 109         tagHt[key]->SetValue(content);
 110
 111         // Question : m à j LgrElem ?
 112         tagHt[key]->SetLength(strlen(content.c_str()));
 113
 114         // FIXME should we really update the element length ?
 115         tagHt[key]->SetLength(content.length());
 116
 117         return(1);
 118 }
 119
 120 int gdcmElValSet::SetElValueByName(string content, string TagName) {
 121         if ( ! NameHt.count(TagName))
 122                 return 0;
 123         if (NameHt.count(TagName) > 1) {
 124                 dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueByName",
 125                             "multipe entries for this key (FIXME) !");
 126                 return 0;
 127         }
 128         NameHt.find(TagName)->second->SetValue(content);
 129         NameHt.find(TagName)->second->SetLength(strlen(content.c_str()));
 130         return(1);
 131 }
 132
 133
 134 int gdcmElValSet::SetElValueLengthByNumber(guint32 l,
 135                                            guint32 group, guint32 element) {
 136         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
 137         if ( ! tagHt.count(key))
 138                 return 0;
 139         if (tagHt.count(key) > 1) {
 140                 dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueLengthByNumber",
 141                             "multiple entries for this key (FIXME) !");
 142                 return (0);
 143         }
 144         tagHt[key]->SetLength(l);
 145         return(1);
 146 }
 147
 148
 149 int gdcmElValSet::SetElValueLengthByName(guint32 l, string TagName) {
 150         if ( ! NameHt.count(TagName))
 151                 return 0;
 152         if (NameHt.count(TagName) > 1) {
 153                 dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueByName",
 154                             "multipe entries for this key (FIXME) !");
 155                 return 0;
 156         }
 157         NameHt.find(TagName)->second->SetLength(l);
 158         return(1);
 159 }
 160
 161 // Sorry for the DEBUG's, but tomorow is gonna be hoter than today
 162 #define DEBUG 0
 163
 164 int gdcmElValSet::Write(FILE * _fp) {
 165
 166 // ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution)
 167
 168         guint16 gr, el;
 169         guint32 lgr;
 170         const char * val;
 171         string vr;
 172         guint32 val_uint32;
 173         gint32  val_int32;
 174         guint16 val_uint16;
 175         gint16  val_int16;;
 176
 177         vector<string> tokens;
 178
 179         void *ptr;
 180         char str_lgrCalcGroupe[10];
 181
 182
 183         string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2";
 184
 185         // Utilisées pour le calcul Group Length
 186         int deja = 0, prem=0;
 187         guint32 lgrCalcGroupe=0;
 188         gdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec;
 189         guint16 grCourant = 0;
 190
 191         // Question :
 192         // Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non ,
 193         // (FileType est un champ de gdcmHeader ...)
 194         //
 195
 196         // On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000'
 197         // au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu
 198         // dans l'image native
 199         //
 200         // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c
 201
 202 if (1) {  // Risque de pb dans le calcul des lgr de chaque groupe. On le saute pour le moment!
 203
 204         // On fait de l'implicit VR little Endian
 205         // (pour moins se fairche sur processeur INTEL)
 206         // On force le TRANSFERT SYNTAX UID
 207
 208         SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
 209         SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010);  // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas
 210
 211         TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin();
 212
 213         elem = tag->second;
 214         gr   = elem->GetGroup();
 215         el   = elem->GetElement();
 216
 217         if (el != 0x0000) {
 218                 if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO premiere fois\n");
 219                 gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL");
 220                 elemZPrec = new gdcmElValue(tagZ);      // on le cree
 221                 elemZPrec->SetLength(4);
 222                 Add(elemZPrec);                         // On l'accroche à sa place
 223         } else {
 224                 elemZPrec = elem;
 225                 if(DEBUG)printf("Pas d'ajout elem OOOO premiere fois\n");
 226         }
 227         lgrCalcGroupe = 0;
 228         if(DEBUG)printf("init-1 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr);
 229         grCourant = gr;
 230
 231         for (tag = ++tagHt.begin();
 232                   tag != tagHt.end();
 233                   ++tag){
 234
 235                 elem = tag->second;
 236                 gr = elem->GetGroup();
 237                 el = elem->GetElement();
 238
 239                 if ( (gr != grCourant) /*&&     // On arrive sur un nv Groupe
 240                      (el != 0xfffe) */  ) {
 241
 242                         if (el != 0x0000) {
 243                                 gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL");
 244                                 elemZ = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree
 245                                 elemZ->SetLength(4);
 246                                 Add(elemZ);                     // On l'accroche à sa place
 247                                 if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO pour gr %04x\n",gr);
 248                         } else {
 249                                 elemZ=elem;
 250                                 if(DEBUG)printf("maj elmeZ\n");
 251                         }
 252
 253                         ostringstream fock;
 254                         fock << lgrCalcGroupe;
 255                         //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe);
 256                         elemZPrec->SetValue(fock.str());
 257                         if(DEBUG)printf("ecriture lgr (%d, %s) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, fock.str().c_str(), grCourant);
 258                         if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s]\n",elemZPrec->GetGroup(), elemZPrec->GetElement(),elemZPrec->GetValue().c_str());
 259                         if(DEBUG)cout << "Addresse elemZPrec " << elemZPrec<< endl;
 260                         elemZPrec=elemZ;
 261                         lgrCalcGroupe = 0;
 262                         grCourant     = gr;
 263                         if(DEBUG)printf("init-2 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr);
 264                 } else {                        // On n'EST PAS sur un nv Groupe
 265                         lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength();  // Gr + Num + Lgr + LgrElem
 266                         if(DEBUG)printf("increment (%d) el %04x-->lgr (%d) pour gr %04x\n",elem->GetLength(), el, lgrCalcGroupe, gr);
 267                 }
 268         }
 269
 270 } // fin if (1)
 271
 272
 273         // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite)
 274
 275         for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
 276                   tag2 != tagHt.end();
 277                   ++tag2){
 278
 279                 gr =  tag2->second->GetGroup();
 280                 el =  tag2->second->GetElement();
 281                 lgr = tag2->second->GetLength();
 282                 val = tag2->second->GetValue().c_str();
 283                 vr =  tag2->second->GetVR();
 284                 if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s] : [%s]\n",gr, el, vr.c_str(), val);
 285
 286                 fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);        //group
 287                 fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);        //element
 288
 289                 //fwrite ( vr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);       //VR
 290
 291                 // si on n'est pas en IMPLICIT VR voir pb (lgr  + VR)
 292
 293                 fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);       //lgr
 294
 295                 tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end());
 296                 Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\");
 297
 298                 //if (tokens.size() > 1) { printf ("size : %d\n",tokens.size());}
 299
 300                 if (vr == "US" || vr == "SS") {
 301                         for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
 302                                 val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());
 303                                 ptr = &val_uint16;
 304                                 fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 305                         }
 306                         continue;
 307                 }
 308                 if (vr == "UL" || vr == "SL") {
 309                         for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
 310                                 val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());
 311                                 ptr = &val_uint32;
 312                                 fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
 313                         }
 314                         continue;
 315                 }
 316
 317                 // Les pixels ne sont pas chargés dans l'element !
 318                 if ((gr == 0x7fe0) && (el == 0x0010) ) break;
 319
 320                 fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); //valeur Elem
 321         }
 322
 323         return(1);
 324 }
 325
 326
 327
 328
 329 int gdcmElValSet::WriteAcr(FILE * _fp) {
 330
 331
 332 // ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution)
 333 // ATTENTION : fusioner le code avec celui de lValSet::Write
 334
 335
 336         guint16 gr, el;
 337         guint32 lgr;
 338         const char * val;
 339         string vr;
 340         guint32 val_uint32;
 341         gint32  val_int32;
 342         guint16 val_uint16;
 343         gint16  val_int16;
 344
 345         vector<string> tokens;
 346
 347         void *ptr;
 348         char str_lgrCalcGroupe[10];
 349
 350         //string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2"; // supprime par rapport à Write
 351
 352         // Utilisées pour le calcul Group Length
 353         int deja = 0;
 354         guint32 lgrCalcGroupe=0;
 355         gdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec;
 356         guint16 grCourant = 0;
 357
 358         // Question :
 359         // Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non ,
 360         // (FileType est un champ de gdcmHeader ...)
 361         //
 362
 363         // On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000'
 364         // au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu
 365         // dans l'image native
 366         //
 367         // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c
 368
 369
 370
 371         TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin();
 372
 373         elem = tag->second;
 374         gr   = elem->GetGroup();
 375         el   = elem->GetElement();
 376
 377         if (el != 0x0000) {
 378                 if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO premiere fois\n");
 379                 gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL");
 380                 elemZPrec = new gdcmElValue(tagZ);      // on le cree
 381                 elemZPrec->SetLength(4);
 382                 Add(elemZPrec);                         // On l'accroche à sa place
 383         } else {
 384                 elemZPrec = elem;
 385                 if(DEBUG)printf("Pas d'ajout elem OOOO premiere fois\n");
 386         }
 387         lgrCalcGroupe = 0;
 388         if(DEBUG)printf("init-1 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr);
 389         grCourant = gr;
 390
 391         for (tag = ++tagHt.begin();
 392                   tag != tagHt.end();
 393                   ++tag){
 394
 395                 elem = tag->second;
 396                 gr = elem->GetGroup();
 397                 el = elem->GetElement();
 398
 399                 if ( (gr != grCourant) /*&&     // On arrive sur un nv Groupe
 400                      (el != 0xfffe) */  ) {
 401
 402                         if (el != 0x0000) {
 403                                 gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL");
 404                                 elemZ = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree
 405                                 elemZ->SetLength(4);
 406                                 Add(elemZ);                     // On l'accroche à sa place
 407                                 if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO pour gr %04x\n",gr);
 408                         } else {
 409                                 elemZ=elem;
 410                                 if(DEBUG)printf("maj elmeZ\n");
 411                         }
 412
 413                         ostringstream fock;
 414                         fock << lgrCalcGroupe;
 415                         //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe);
 416                         elemZPrec->SetValue(fock.str());
 417                         if(DEBUG)printf("ecriture lgr (%d, %s) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, fock.str().c_str(), grCourant);
 418                         if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s]\n",elemZPrec->GetGroup(), elemZPrec->GetElement(),elemZPrec->GetValue().c_str());
 419                         if(DEBUG)cout << "Addresse elemZPrec " << elemZPrec<< endl;
 420                         elemZPrec=elemZ;
 421                         lgrCalcGroupe = 0;
 422                         grCourant     = gr;
 423                         if(DEBUG)printf("init-2 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr);
 424                 } else {                        // On n'EST PAS sur un nv Groupe
 425                         lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength();  // Gr + Num + Lgr + LgrElem
 426                         if(DEBUG)printf("increment (%d) el %04x-->lgr (%d) pour gr %04x\n",elem->GetLength(), el, lgrCalcGroupe, gr);
 427                 }
 428         }
 429
 430         // Si on fait de l'implicit VR little Endian
 431         // (pour moins se fairche sur processeur INTEL)
 432         // penser a forcer le TRANSFERT SYNTAX UID
 433
 434         // supprime par rapport à Write
 435         //SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
 436         //SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010);  // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas
 437
 438         // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite)
 439
 440         for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
 441                   tag2 != tagHt.end();
 442                   ++tag2){
 443
 444                 gr =  tag2->second->GetGroup();
 445                                                 // saut des groupes speciaux DICOM V3
 446                 if (gr < 0x0008) continue;      // ajouté par rapport à Write
 447                                                 // saut des groupes impairs
 448                 if (gr %2)       continue;      // ajouté par rapport à Write
 449
 450                 el =  tag2->second->GetElement();
 451                 lgr = tag2->second->GetLength();
 452                 val = tag2->second->GetValue().c_str();
 453                 vr =  tag2->second->GetVR();
 454
 455                 fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);        //group
 456                 fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);        //element
 457
 458                 // si on n'est pas en IMPLICIT VR voir pb (lgr  + VR)
 459
 460                 fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);               //lgr
 461
 462                 tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end());
 463                 Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\");
 464
 465                 if (vr == "US" || vr == "SS") {
 466
 467                         for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
 468                                 val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());
 469                                 ptr = &val_uint16;
 470                                 fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 471                         }
 472                         continue;
 473
 474                 }
 475                 if (vr == "UL" || vr == "SL") {
 476                         for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
 477                                 val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());
 478                                 ptr = &val_uint32;
 479                                 fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
 480                         }
 481                         continue;
 482
 483                 }
 484
 485                 // Les pixels ne sont pas chargés dans l'element !
 486                 if ((gr == 0x7fe0) && (el == 0x0010) ) break;
 487
 488                 fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); //valeur Elem
 489         }
 490
 491         return(1);
 492 }