src/gdcmElValSet.cxx

   1 // gdcmElValSet.cxx
   2
   3 #include <sstream>
   4 #include "gdcmUtil.h"
   5 #include "gdcmElValSet.h"
   6
   7 gdcmElValSet::~gdcmElValSet() {
   8    for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); tag != tagHt.end(); ++tag) {
   9       gdcmElValue* EntryToDelete = tag->second;
  10       if ( EntryToDelete )
  11          delete EntryToDelete;
  12    }
  13    tagHt.clear();
  14    // Since Add() adds symetrical in both tagHt and NameHt we can
  15    // assume all the pointed gdcmElValues are allready cleaned-up when
  16    // we cleaned tagHt.
  17    NameHt.clear();
  18 }
  19
  20 TagElValueHT & gdcmElValSet::GetTagHt(void) {
  21         return tagHt;
  22 }
  23
  24 void gdcmElValSet::Add(gdcmElValue * newElValue) {
  25         tagHt [newElValue->GetKey()]  = newElValue;
  26         NameHt[newElValue->GetName()] = newElValue;
  27 }
  28
  29 void gdcmElValSet::Print(ostream & os) {
  30         for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin();
  31                   tag != tagHt.end();
  32                   ++tag){
  33                 os << tag->first << ": ";
  34                 os << "[" << tag->second->GetValue() << "]";
  35                 os << "[" << tag->second->GetName()  << "]";
  36                 os << "[" << tag->second->GetVR()    << "]";
  37                 os << " lgr : " << tag->second->GetLength();
  38                 os << endl;
  39         }
  40 }
  41
  42 void gdcmElValSet::PrintByName(ostream & os) {
  43         for (TagElValueNameHT::iterator tag = NameHt.begin();
  44                   tag != NameHt.end();
  45                   ++tag){
  46                 os << tag->first << ": ";
  47                 os << "[" << tag->second->GetValue() << "]";
  48                 os << "[" << tag->second->GetKey()   << "]";
  49                 os << "[" << tag->second->GetVR()    << "]" << endl;
  50         }
  51 }
  52
  53 gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByNumber(guint16 group, guint16 element) {
  54         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
  55         if ( ! tagHt.count(key))
  56                 return (gdcmElValue*)0;
  57         return tagHt.find(key)->second;
  58 }
  59
  60 gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByName(string TagName) {
  61    if ( ! NameHt.count(TagName))
  62       return (gdcmElValue*)0;
  63    return NameHt.find(TagName)->second;
  64 }
  65
  66 string gdcmElValSet::GetElValueByNumber(guint16 group, guint16 element) {
  67         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
  68         if ( ! tagHt.count(key))
  69                 return "gdcm::Unfound";
  70         return tagHt.find(key)->second->GetValue();
  71 }
  72
  73 string gdcmElValSet::GetElValueByName(string TagName) {
  74         if ( ! NameHt.count(TagName))
  75                 return "gdcm::Unfound";
  76         return NameHt.find(TagName)->second->GetValue();
  77 }
  78
  79
  80 int gdcmElValSet::SetElValueByNumber(string content,
  81                                      guint16 group, guint16 element) {
  82         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
  83         if ( ! tagHt.count(key))
  84                 return 0;
  85         tagHt[key]->SetValue(content);
  86         string vr = tagHt[key]->GetVR();
  87         guint32 lgr;
  88
  89         if( (vr == "US") || (vr == "SS") )
  90            lgr = 2;
  91         else if( (vr == "UL") || (vr == "SL") )
  92            lgr = 4;
  93         else
  94            lgr = content.length();
  95         tagHt[key]->SetLength(lgr);
  96         return 1;
  97 }
  98
  99 int gdcmElValSet::SetElValueByName(string content, string TagName) {
 100         if ( ! NameHt.count(TagName))
 101                 return 0;
 102         NameHt[TagName]->SetValue(content);
 103         string vr = NameHt[TagName]->GetVR();
 104         guint32 lgr;
 105
 106         if( (vr == "US") || (vr == "SS") )
 107            lgr = 2;
 108         else if( (vr == "UL") || (vr == "SL") )
 109            lgr = 4;
 110         else
 111            lgr = content.length();
 112
 113 // TODO : WARNING: le cas de l'element des pixels (7fe0,0010) n'est pas traite
 114 // par SetElValueByName
 115 // il faudra utiliser SetElValueByNumber
 116
 117         NameHt[TagName]->SetLength(lgr);
 118         return 1;
 119 }
 120
 121 /**
 122  * \ingroup gdcmElValSet
 123  * \brief   Generate a free TagKey i.e. a TagKey that is not present
 124  *          in the TagHt dictionary.
 125  * @param   group The generated tag must belong to this group.
 126  * @return  The element of tag with given group which is fee.
 127  */
 128 guint32 gdcmElValSet::GenerateFreeTagKeyInGroup(guint16 group) {
 129    for (guint32 elem = 0; elem < UINT32_MAX; elem++) {
 130       TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, elem);
 131       if (tagHt.count(key) == 0)
 132          return elem;
 133    }
 134    return UINT32_MAX;
 135 }
 136
 137 int gdcmElValSet::SetElValueLengthByNumber(guint32 length,
 138                                            guint16 group, guint16 element) {
 139         TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
 140         if ( ! tagHt.count(key))
 141                 return 0;
 142         tagHt[key]->SetLength(length);
 143         return 1 ;
 144 }
 145
 146
 147 int gdcmElValSet::SetElValueLengthByName(guint32 length, string TagName) {
 148         if ( ! NameHt.count(TagName))
 149                 return 0;
 150         NameHt.find(TagName)->second->SetLength(length);
 151         return 1 ;
 152 }
 153
 154
 155
 156 void gdcmElValSet::UpdateGroupLength(bool SkipSequence, FileType type) {
 157    guint16 gr, el;
 158    string vr;
 159
 160    gdcmElValue *elem;
 161    char trash[10];
 162    string str_trash;
 163    GroupKey key;
 164    GroupHT groupHt;
 165    TagKey tk;
 166    gdcmElValue *elemZ;
 167
 168    for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
 169         tag2 != tagHt.end();
 170         ++tag2){
 171
 172       elem  = tag2->second;
 173       gr = elem->GetGroup();
 174       el = elem->GetElement();
 175       vr = elem->GetVR();
 176
 177       sprintf(trash, "%04x", gr);
 178       key = trash;
 179
 180       if (SkipSequence && vr == "SQ") continue;
 181          // pas SEQUENCE en ACR-NEMA
 182          // WARNING : pb CERTAIN
 183          //           si on est descendu 'a l'interieur' des SQ
 184          //
 185          // --> la descente a l'interieur' des SQ
 186          // devra etre faite avec une liste chainee, pas avec une HTable...
 187
 188       if ( groupHt.count(key) == 0) {
 189          if (el ==0x0000) {
 190             groupHt[key] = 0;
 191          } else {
 192             groupHt[key] =2 + 2 + 4 + elem->GetLength();
 193          }
 194       } else {
 195          if (type = ExplicitVR) {
 196             if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) {
 197                groupHt[key] +=  4;
 198             }
 199          }
 200          groupHt[key] += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength();
 201       }
 202    }
 203
 204      if(0)
 205      for (GroupHT::iterator g = groupHt.begin();
 206         g != groupHt.end();
 207         ++g){
 208         printf("groupKey %s : %d\n",g->first.c_str(),g->second);
 209      }
 210
 211
 212    unsigned short int gr_bid;
 213
 214    for (GroupHT::iterator g = groupHt.begin();
 215         g != groupHt.end();
 216         ++g){
 217
 218       sscanf(g->first.c_str(),"%x",&gr_bid);
 219       tk = g->first + "|0000";
 220
 221       if ( tagHt.count(tk) == 0) {
 222          gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr_bid, 0x0000, "UL");
 223          elemZ = new gdcmElValue(tagZ);
 224          elemZ->SetLength(4);
 225          Add(elemZ);
 226       } else {
 227          elemZ=GetElementByNumber(gr_bid, 0x0000);
 228       }
 229       sprintf(trash ,"%d",g->second);
 230       str_trash=trash;
 231       elemZ->SetValue(str_trash);
 232    }
 233 }
 234
 235 void gdcmElValSet::WriteElements(FileType type, FILE * _fp) {
 236    guint16 gr, el;
 237    guint32 lgr;
 238    const char * val;
 239    string vr;
 240    guint32 val_uint32;
 241    guint16 val_uint16;
 242
 243    vector<string> tokens;
 244
 245    void *ptr;
 246
 247    // Tout ceci ne marche QUE parce qu'on est sur un proc Little Endian
 248    // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite)
 249
 250    for (TagElValueHT::iterator tag2=tagHt.begin();
 251         tag2 != tagHt.end();
 252         ++tag2){
 253
 254       gr =  tag2->second->GetGroup();
 255       el =  tag2->second->GetElement();
 256       lgr = tag2->second->GetLength();
 257       val = tag2->second->GetValue().c_str();
 258       vr =  tag2->second->GetVR();
 259
 260       if ( type == ACR ) {
 261          if (gr < 0x0008) continue;
 262          if (gr %2)   continue;
 263          if (vr == "SQ" ) continue;
 264       }
 265
 266       fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //group
 267       fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //element
 268
 269       if ( (type == ExplicitVR) && (gr <= 0x0002) ) {
 270          // On est en EXPLICIT VR
 271          guint16 z=0, shortLgr;
 272          fwrite (vr.c_str(),(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 273
 274          if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) {
 275             fwrite ( &z,  (size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 276             fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
 277
 278          } else {
 279             shortLgr=lgr;
 280             fwrite ( &shortLgr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 281          }
 282       } else {
 283          fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
 284       }
 285
 286       tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end());
 287       Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\");
 288
 289       if (vr == "US" || vr == "SS") {
 290          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
 291             val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());
 292             ptr = &val_uint16;
 293             fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
 294          }
 295          continue;
 296       }
 297       if (vr == "UL" || vr == "SL") {
 298          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
 299             val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());
 300             ptr = &val_uint32;
 301             fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
 302          }
 303          continue;
 304       }
 305       tokens.clear();
 306
 307       // Les pixels ne sont pas chargés dans l'element !
 308       if ((gr == 0x7fe0) && (el == 0x0010) ) break;
 309
 310       fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); //valeur Elem
 311    }
 312 }
 313
 314 int gdcmElValSet::Write(FILE * _fp, FileType type) {
 315
 316    if (type == ImplicitVR) {
 317       string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2";
 318       SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
 319
 320       //FIXME Refer to standards on page 21, chapter 6.2 "Value representation":
 321       //      values with a VR of UI shall be padded with a single trailing null
 322       //      Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0
 323
 324       SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010);
 325    }
 326
 327         // Question :
 328         // Comment pourrait-on savoir si le DcmHeader vient d'un fichier DicomV3 ou non ,
 329         // (FileType est un champ de gdcmHeader ...)
 330         // WARNING : Si on veut ecrire du DICOM V3 a partir d'un DcmHeader ACR-NEMA
 331         // no way
 332
 333
 334    if (type == ExplicitVR) {
 335       string explicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2.1";
 336       SetElValueByNumber(explicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
 337       // See above comment
 338       SetElValueLengthByNumber(20, 0x0002, 0x0010);
 339    }
 340
 341    if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) )
 342       UpdateGroupLength(false,type);
 343    if ( type == ACR)
 344       UpdateGroupLength(true,ACR);
 345
 346    WriteElements(type, _fp);
 347
 348    return(1);
 349 }