src/gdcmElementSet.cxx

   1 // gdcmElementSet.cxx
   2 //-----------------------------------------------------------------------------
   3 //
   4 #include "gdcmElementSet.h"
   5 #include "gdcmTS.h"
   6
   7
   8 //-----------------------------------------------------------------------------
   9 // Constructor / Destructor
  10 /**
  11  * \ingroup gdcmElementSet
  12  * \brief   Constructor from a given gdcmElementSet
  13  */
  14 gdcmDocEntrySet::gdcmDocEntrySet() {
  15
  16 }
  17
  18 /**
  19  * \ingroup gdcmElementSet
  20  * \brief   Canonical destructor.
  21  */
  22 gdcmElementSet::~gdcmElementSet()
  23 {
  24 /*   for(tous les DocEntry)
  25    {
  26       delete *cc;
  27    }
  28    */
  29 }
  30
  31
  32 //-----------------------------------------------------------------------------
  33 // Public
  34
  35
  36 //-----------------------------------------------------------------------------
  37 // Protected
  38
  39 //-----------------------------------------------------------------------------
  40 // Private
  41
  42 /**
  43  * \brief  Find the value Length of the passed Header Entry
  44  * @param  Entry Header Entry whose length of the value shall be loaded.
  45  */
  46  void gdcmElementSet::FindDocEntryLength (gdcmDocEntry *Entry) {
  47    guint16 element = Entry->GetElement();
  48    //guint16 group   = Entry->GetGroup(); //FIXME
  49    std::string  vr = Entry->GetVR();
  50    guint16 length16;
  51
  52
  53    if ( (filetype == ExplicitVR) && (! Entry->IsImplicitVR()) )
  54    {
  55       if ( (vr=="OB") || (vr=="OW") || (vr=="SQ") || (vr=="UN") )
  56       {
  57          // The following reserved two bytes (see PS 3.5-2001, section
  58          // 7.1.2 Data element structure with explicit vr p27) must be
  59          // skipped before proceeding on reading the length on 4 bytes.
  60          fseek(fp, 2L, SEEK_CUR);
  61          guint32 length32 = ReadInt32();
  62
  63          if ( (vr == "OB") && (length32 == 0xffffffff) )
  64          {
  65             Entry->SetLength(FindHeaderEntryLengthOB());
  66             return;
  67          }
  68          FixHeaderEntryFoundLength(Entry, length32);
  69          return;
  70       }
  71
  72       // Length is encoded on 2 bytes.
  73       length16 = ReadInt16();
  74
  75       // We can tell the current file is encoded in big endian (like
  76       // Data/US-RGB-8-epicard) when we find the "Transfer Syntax" tag
  77       // and it's value is the one of the encoding of a big endian file.
  78       // In order to deal with such big endian encoded files, we have
  79       // (at least) two strategies:
  80       // * when we load the "Transfer Syntax" tag with value of big endian
  81       //   encoding, we raise the proper flags. Then we wait for the end
  82       //   of the META group (0x0002) among which is "Transfer Syntax",
  83       //   before switching the swap code to big endian. We have to postpone
  84       //   the switching of the swap code since the META group is fully encoded
  85       //   in little endian, and big endian coding only starts at the next
  86       //   group. The corresponding code can be hard to analyse and adds
  87       //   many additional unnecessary tests for regular tags.
  88       // * the second strategy consists in waiting for trouble, that shall
  89       //   appear when we find the first group with big endian encoding. This
  90       //   is easy to detect since the length of a "Group Length" tag (the
  91       //   ones with zero as element number) has to be of 4 (0x0004). When we
  92       //   encounter 1024 (0x0400) chances are the encoding changed and we
  93       //   found a group with big endian encoding.
  94       // We shall use this second strategy. In order to make sure that we
  95       // can interpret the presence of an apparently big endian encoded
  96       // length of a "Group Length" without committing a big mistake, we
  97       // add an additional check: we look in the already parsed elements
  98       // for the presence of a "Transfer Syntax" whose value has to be "big
  99       // endian encoding". When this is the case, chances are we have got our
 100       // hands on a big endian encoded file: we switch the swap code to
 101       // big endian and proceed...
 102       if ( (element  == 0x0000) && (length16 == 0x0400) )
 103       {
 104          if ( ! IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax() )
 105          {
 106             dbg.Verbose(0, "gdcmDocument::FindLength", "not explicit VR");
 107             errno = 1;
 108             return;
 109          }
 110          length16 = 4;
 111          SwitchSwapToBigEndian();
 112          // Restore the unproperly loaded values i.e. the group, the element
 113          // and the dictionary entry depending on them.
 114          guint16 CorrectGroup   = SwapShort(Entry->GetGroup());
 115          guint16 CorrectElem    = SwapShort(Entry->GetElement());
 116          gdcmDictEntry * NewTag = GetDictEntryByNumber(CorrectGroup,
 117                                                        CorrectElem);
 118          if (!NewTag)
 119          {
 120             // This correct tag is not in the dictionary. Create a new one.
 121             NewTag = NewVirtualDictEntry(CorrectGroup, CorrectElem);
 122          }
 123          // FIXME this can create a memory leaks on the old entry that be
 124          // left unreferenced.
 125          Entry->SetDictEntry(NewTag);
 126       }
 127
 128       // Heuristic: well some files are really ill-formed.
 129       if ( length16 == 0xffff)
 130       {
 131          length16 = 0;
 132          //dbg.Verbose(0, "gdcmDocument::FindLength",
 133          //            "Erroneous element length fixed.");
 134          // Actually, length= 0xffff means that we deal with
 135          // Unknown Sequence Length
 136       }
 137       FixHeaderEntryFoundLength(Entry, (guint32)length16);
 138       return;
 139    }
 140    else
 141    {
 142       // Either implicit VR or a non DICOM conformal (see note below) explicit
 143       // VR that ommited the VR of (at least) this element. Farts happen.
 144       // [Note: according to the part 5, PS 3.5-2001, section 7.1 p25
 145       // on Data elements "Implicit and Explicit VR Data Elements shall
 146       // not coexist in a Data Set and Data Sets nested within it".]
 147       // Length is on 4 bytes.
 148
 149       FixHeaderEntryFoundLength(Entry, ReadInt32());
 150       return;
 151    }
 152 }