src/gdcmFile.cxx

   1   /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmFile.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/01/11 16:44:43 $
   7   Version:   $Revision: 1.190 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmGlobal.h"
  21 #include "gdcmTS.h"
  22 #include "gdcmDocument.h"
  23 #include "gdcmDebug.h"
  24 #include "gdcmUtil.h"
  25 #include "gdcmBinEntry.h"
  26 #include "gdcmHeader.h"
  27 #include "gdcmPixelReadConvert.h"
  28 #include "gdcmPixelWriteConvert.h"
  29 #include "gdcmDocEntryArchive.h"
  30
  31 #include <fstream>
  32
  33 namespace gdcm
  34 {
  35 typedef std::pair<TagDocEntryHT::iterator,TagDocEntryHT::iterator> IterHT;
  36
  37 //-------------------------------------------------------------------------
  38 // Constructor / Destructor
  39 /**
  40  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
  41  *        file (Header only deals with the ... header)
  42  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  43  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  44  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
  45  *        (see GetImageData, GetImageDataRaw)
  46  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
  47  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  48  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  49  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  50  *        seen as a side effect).
  51  */
  52 File::File( )
  53 {
  54    HeaderInternal = new Header( );
  55    SelfHeader = true;
  56    Initialise();
  57 }
  58
  59 /**
  60  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
  61  *        file (Header only deals with the ... header)
  62  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  63  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  64  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
  65  *        (see GetImageData, GetImageDataRaw)
  66  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
  67  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  68  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  69  *        user sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  70  *        seen as a side effect).
  71  * @param header already built Header
  72  */
  73 File::File(Header *header)
  74 {
  75    HeaderInternal = header;
  76    SelfHeader = false;
  77    Initialise();
  78 }
  79
  80 /**
  81  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
  82  *        file (Header only deals with the ... header)
  83  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  84  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  85  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
  86  *        (see GetImageData, GetImageDataRaw)
  87  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
  88  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  89  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  90  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  91  *        seen as a side effect).
  92  * @param filename file to be opened for parsing
  93  */
  94 File::File(std::string const & filename )
  95 {
  96    HeaderInternal = new Header( filename );
  97    SelfHeader = true;
  98    Initialise();
  99 }
 100
 101 /**
 102  * \brief canonical destructor
 103  * \note  If the Header was created by the File constructor,
 104  *        it is destroyed by the File
 105  */
 106 File::~File()
 107 {
 108    if( PixelReadConverter )
 109    {
 110       delete PixelReadConverter;
 111    }
 112    if( PixelWriteConverter )
 113    {
 114       delete PixelWriteConverter;
 115    }
 116    if( Archive )
 117    {
 118       delete Archive;
 119    }
 120
 121    if( SelfHeader )
 122    {
 123       delete HeaderInternal;
 124    }
 125    HeaderInternal = 0;
 126 }
 127
 128 //-----------------------------------------------------------------------------
 129 // Print
 130 void File::Print(std::ostream &os)
 131 {
 132    HeaderInternal->SetPrintLevel(PrintLevel);
 133    HeaderInternal->Print(os);
 134
 135    PixelReadConverter->SetPrintLevel(PrintLevel);
 136    PixelReadConverter->Print(os);
 137 }
 138
 139 //-----------------------------------------------------------------------------
 140 // Public
 141 /**
 142  * \brief   Get the size of the image data
 143  *
 144  *          If the image can be RGB (with a lut or by default), the size
 145  *          corresponds to the RGB image
 146  * @return  The image size
 147  */
 148 size_t File::GetImageDataSize()
 149 {
 150    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 151    {
 152       return PixelWriteConverter->GetUserDataSize();
 153    }
 154
 155    return PixelReadConverter->GetRGBSize();
 156 }
 157
 158 /**
 159  * \brief   Get the size of the image data
 160  *
 161  *          If the image can be RGB by transformation in a LUT, this
 162  *          transformation isn't considered
 163  * @return  The raw image size
 164  */
 165 size_t File::GetImageDataRawSize()
 166 {
 167    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 168    {
 169       return PixelWriteConverter->GetUserDataSize();
 170    }
 171
 172    return PixelReadConverter->GetRawSize();
 173 }
 174
 175 /**
 176  * \brief   - Allocates necessary memory,
 177  *          - Reads the pixels from disk (uncompress if necessary),
 178  *          - Transforms YBR pixels, if any, into RGB pixels
 179  *          - Transforms 3 planes R, G, B, if any, into a single RGB Plane
 180  *          - Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 181  *          - Copies the pixel data (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 182  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 183  *          NULL if alloc fails
 184  */
 185 uint8_t *File::GetImageData()
 186 {
 187    if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 188    {
 189       return PixelWriteConverter->GetUserData();
 190    }
 191
 192    if ( ! GetRaw() )
 193    {
 194       // If the decompression failed nothing can be done.
 195       return 0;
 196    }
 197
 198    if ( HeaderInternal->HasLUT() && PixelReadConverter->BuildRGBImage() )
 199    {
 200       return PixelReadConverter->GetRGB();
 201    }
 202    else
 203    {
 204       // When no LUT or LUT conversion fails, return the Raw
 205       return PixelReadConverter->GetRaw();
 206    }
 207 }
 208
 209 /**
 210  * \brief   Allocates necessary memory,
 211  *          Transforms YBR pixels (if any) into RGB pixels
 212  *          Transforms 3 planes R, G, B  (if any) into a single RGB Plane
 213  *          Copies the pixel data (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 214  *          DOES NOT transform Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 215  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 216  * \        NULL if alloc fails
 217  */
 218 uint8_t *File::GetImageDataRaw ()
 219 {
 220    return GetRaw();
 221 }
 222
 223 /**
 224  * \brief
 225  *          Read the pixels from disk (uncompress if necessary),
 226  *          Transforms YBR pixels, if any, into RGB pixels
 227  *          Transforms 3 planes R, G, B, if any, into a single RGB Plane
 228  *          Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 229  *          Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller allocated
 230  *          memory space.
 231  * \warning This function allows people that want to build a volume
 232  *          from an image stack *not to* have, first to get the image pixels,
 233  *          and then move them to the volume area.
 234  *          It's absolutely useless for any VTK user since vtk chooses
 235  *          to invert the lines of an image, that is the last line comes first
 236  *          (for some axis related reasons?). Hence he will have
 237  *          to load the image line by line, starting from the end.
 238  *          VTK users have to call GetImageData
 239  *
 240  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 241  *          pixel data should be copied
 242  * @param   maxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 243  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 244  *          executed (i.e. no partial copy).
 245  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 246  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 247  */
 248 size_t File::GetImageDataIntoVector (void *destination, size_t maxSize)
 249 {
 250    if ( ! GetRaw() )
 251    {
 252       // If the decompression failed nothing can be done.
 253       return 0;
 254    }
 255
 256    if ( HeaderInternal->HasLUT() && PixelReadConverter->BuildRGBImage() )
 257    {
 258       if ( PixelReadConverter->GetRGBSize() > maxSize )
 259       {
 260          gdcmVerboseMacro( "Pixel data bigger than caller's expected MaxSize");
 261          return 0;
 262       }
 263       memcpy( destination,
 264               (void*)PixelReadConverter->GetRGB(),
 265               PixelReadConverter->GetRGBSize() );
 266       return PixelReadConverter->GetRGBSize();
 267    }
 268
 269    // Either no LUT conversion necessary or LUT conversion failed
 270    if ( PixelReadConverter->GetRawSize() > maxSize )
 271    {
 272       gdcmVerboseMacro( "Pixel data bigger than caller's expected MaxSize");
 273       return 0;
 274    }
 275    memcpy( destination,
 276            (void*)PixelReadConverter->GetRaw(),
 277            PixelReadConverter->GetRawSize() );
 278    return PixelReadConverter->GetRawSize();
 279 }
 280
 281 /**
 282  * \brief   Points the internal pointer to the callers inData
 283  *          image representation, BUT WITHOUT COPYING THE DATA.
 284  *          'image' Pixels are presented as C-like 2D arrays : line per line.
 285  *          'volume'Pixels are presented as C-like 3D arrays : plane per plane
 286  * \warning Since the pixels are not copied, it is the caller's responsability
 287  *          not to deallocate it's data before gdcm uses them (e.g. with
 288  *          the Write() method.
 289  * @param inData user supplied pixel area
 290  * @param expectedSize total image size, in Bytes
 291  *
 292  * @return boolean
 293  */
 294 void File::SetImageData(uint8_t *inData, size_t expectedSize)
 295 {
 296    SetUserData(inData,expectedSize);
 297 }
 298
 299 /**
 300  * \brief   Set the image datas defined by the user
 301  * \warning When writting the file, this datas are get as default datas to write
 302  */
 303 void File::SetUserData(uint8_t *data, size_t expectedSize)
 304 {
 305    PixelWriteConverter->SetUserData(data,expectedSize);
 306 }
 307
 308 /**
 309  * \brief   Get the image datas defined by the user
 310  * \warning When writting the file, this datas are get as default data to write
 311  */
 312 uint8_t *File::GetUserData()
 313 {
 314    return PixelWriteConverter->GetUserData();
 315 }
 316
 317 /**
 318  * \brief   Get the image data size defined by the user
 319  * \warning When writting the file, this datas are get as default data to write
 320  */
 321 size_t File::GetUserDataSize()
 322 {
 323    return PixelWriteConverter->GetUserDataSize();
 324 }
 325
 326 /**
 327  * \brief   Get the image datas from the file.
 328  *          If a LUT is found, the data are expanded to be RGB
 329  */
 330 uint8_t *File::GetRGBData()
 331 {
 332    return PixelReadConverter->GetRGB();
 333 }
 334
 335 /**
 336  * \brief   Get the image data size from the file.
 337  *          If a LUT is found, the data are expanded to be RGB
 338  */
 339 size_t File::GetRGBDataSize()
 340 {
 341    return PixelReadConverter->GetRGBSize();
 342 }
 343
 344 /**
 345  * \brief   Get the image datas from the file.
 346  *          If a LUT is found, the datas are not expanded !
 347  */
 348 uint8_t *File::GetRawData()
 349 {
 350    return PixelReadConverter->GetRaw();
 351 }
 352
 353 /**
 354  * \brief   Get the image data size from the file.
 355  *          If a LUT is found, the data are not expanded !
 356  */
 357 size_t File::GetRawDataSize()
 358 {
 359    return PixelReadConverter->GetRawSize();
 360 }
 361
 362 /**
 363  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file
 364  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 365  *        It's up to the user to call his Reader properly
 366  * @param fileName name of the file to be created
 367  *                 (any already existing file is over written)
 368  * @return false if write fails
 369  */
 370
 371 bool File::WriteRawData(std::string const &fileName)
 372 {
 373   std::ofstream fp1(fileName.c_str(), std::ios::out | std::ios::binary );
 374    if (!fp1)
 375    {
 376       gdcmVerboseMacro( "Fail to open (write) file:" << fileName.c_str());
 377       return false;
 378    }
 379
 380    if( PixelWriteConverter->GetUserData() )
 381    {
 382       fp1.write( (char*)PixelWriteConverter->GetUserData(),
 383                  PixelWriteConverter->GetUserDataSize() );
 384    }
 385    else if ( PixelReadConverter->GetRGB() )
 386    {
 387       fp1.write( (char*)PixelReadConverter->GetRGB(),
 388                  PixelReadConverter->GetRGBSize());
 389    }
 390    else if ( PixelReadConverter->GetRaw() )
 391    {
 392       fp1.write( (char*)PixelReadConverter->GetRaw(),
 393                  PixelReadConverter->GetRawSize());
 394    }
 395    else
 396    {
 397       gdcmErrorMacro( "Nothing written." );
 398    }
 399
 400    fp1.close();
 401
 402    return true;
 403 }
 404
 405 /**
 406  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 407  *        using the Implicit Value Representation convention
 408  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 409  * @param fileName name of the file to be created
 410  *                 (any already existing file is overwritten)
 411  * @return false if write fails
 412  */
 413
 414 bool File::WriteDcmImplVR (std::string const &fileName)
 415 {
 416    SetWriteTypeToDcmImplVR();
 417    return Write(fileName);
 418 }
 419
 420 /**
 421 * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 422  *        using the Explicit Value Representation convention
 423  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 424  * @param fileName name of the file to be created
 425  *                 (any already existing file is overwritten)
 426  * @return false if write fails
 427  */
 428
 429 bool File::WriteDcmExplVR (std::string const &fileName)
 430 {
 431    SetWriteTypeToDcmExplVR();
 432    return Write(fileName);
 433 }
 434
 435 /**
 436  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 437  *        using the ACR-NEMA convention
 438  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 439  *        (a l'attention des logiciels cliniques
 440  *        qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
 441  * \warning if a DICOM_V3 header is supplied,
 442  *         groups < 0x0008 and shadow groups are ignored
 443  * \warning NO TEST is performed on processor "Endiannity".
 444  * @param fileName name of the file to be created
 445  *                 (any already existing file is overwritten)
 446  * @return false if write fails
 447  */
 448
 449 bool File::WriteAcr (std::string const &fileName)
 450 {
 451    SetWriteTypeToAcr();
 452    return Write(fileName);
 453 }
 454
 455 /**
 456  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 457  * @param fileName name of the file to be created
 458  *                 (any already existing file is overwritten)
 459  * @return false if write fails
 460  */
 461 bool File::Write(std::string const &fileName)
 462 {
 463    switch(WriteType)
 464    {
 465       case ImplicitVR:
 466          SetWriteFileTypeToImplicitVR();
 467          break;
 468       case ExplicitVR:
 469          SetWriteFileTypeToExplicitVR();
 470          break;
 471       case ACR:
 472       case ACR_LIBIDO:
 473          SetWriteFileTypeToACR();
 474          break;
 475       default:
 476          SetWriteFileTypeToExplicitVR();
 477    }
 478
 479    // --------------------------------------------------------------
 480    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 481    //
 482    // if recognition code tells us we dealt with a LibIDO image
 483    // we reproduce on disk the switch between lineNumber and columnNumber
 484    // just before writting ...
 485    /// \todo the best trick would be *change* the recognition code
 486    ///       but pb expected if user deals with, e.g. COMPLEX images
 487    if( WriteType == ACR_LIBIDO )
 488    {
 489       SetWriteToLibido();
 490    }
 491    else
 492    {
 493       SetWriteToNoLibido();
 494    }
 495    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 496
 497    switch(WriteMode)
 498    {
 499       case WMODE_RAW :
 500          SetWriteToRaw();
 501          break;
 502       case WMODE_RGB :
 503          SetWriteToRGB();
 504          break;
 505    }
 506
 507    bool check = CheckWriteIntegrity();
 508    if(check)
 509    {
 510       check = HeaderInternal->Write(fileName,WriteType);
 511    }
 512
 513    RestoreWrite();
 514    RestoreWriteFileType();
 515
 516    // --------------------------------------------------------------
 517    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 518    //
 519    // ...and we restore the Header to be Dicom Compliant again
 520    // just after writting
 521    RestoreWriteOfLibido();
 522    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 523
 524    return check;
 525 }
 526
 527 /**
 528  * \brief   Accesses an existing DocEntry (i.e. a Dicom Element)
 529  *          through it's (group, element) and modifies it's content with
 530  *          the given value.
 531  * @param   content new value (string) to substitute with
 532  * @param   group     group number of the Dicom Element to modify
 533  * @param   elem element number of the Dicom Element to modify
 534  */
 535 bool File::SetEntry(std::string const &content,
 536                     uint16_t group, uint16_t elem)
 537 {
 538    return HeaderInternal->SetEntry(content,group,elem);
 539 }
 540
 541
 542 /**
 543  * \brief   Accesses an existing DocEntry (i.e. a Dicom Element)
 544  *          through it's (group, element) and modifies it's content with
 545  *          the given value.
 546  * @param   content new value (void*  -> uint8_t*) to substitute with
 547  * @param   lgth new value length
 548  * @param   group     group number of the Dicom Element to modify
 549  * @param   elem element number of the Dicom Element to modify
 550  */
 551 bool File::SetEntry(uint8_t *content, int lgth,
 552                     uint16_t group, uint16_t elem)
 553 {
 554    return HeaderInternal->SetEntry(content,lgth,group,elem);
 555 }
 556
 557 /**
 558  * \brief   Modifies the value of a given Doc Entry (Dicom Element)
 559  *          when it exists. Create it with the given value when unexistant.
 560  * @param   content (string) Value to be set
 561  * @param   group   Group number of the Entry
 562  * @param   elem  Element number of the Entry
 563  * \return  pointer to the modified/created Header Entry (NULL when creation
 564  *          failed).
 565  */
 566 bool File::ReplaceOrCreate(std::string const &content,
 567                            uint16_t group, uint16_t elem)
 568 {
 569    return HeaderInternal->ReplaceOrCreate(content,group,elem) != NULL;
 570 }
 571
 572 /*
 573  * \brief   Modifies the value of a given Header Entry (Dicom Element)
 574  *          when it exists. Create it with the given value when unexistant.
 575  *          A copy of the binArea is made to be kept in the Document.
 576  * @param   binArea (binary) value to be set
 577  * @param   group   Group number of the Entry
 578  * @param   elem  Element number of the Entry
 579  * \return  pointer to the modified/created Header Entry (NULL when creation
 580  *          failed).
 581  */
 582 bool File::ReplaceOrCreate(uint8_t *binArea, int lgth,
 583                            uint16_t group, uint16_t elem)
 584 {
 585    return HeaderInternal->ReplaceOrCreate(binArea,lgth,group,elem) != NULL;
 586 }
 587
 588 /**
 589  * \brief Access to the underlying \ref PixelReadConverter RGBA LUT
 590  */
 591 uint8_t* File::GetLutRGBA()
 592 {
 593    return PixelReadConverter->GetLutRGBA();
 594 }
 595
 596 //-----------------------------------------------------------------------------
 597 // Protected
 598
 599 /**
 600  * \brief Check the write integrity
 601  *
 602  * The tests made are :
 603  *  - verify the size of the image to write with the possible write
 604  *    when the user set an image data
 605  * @return true if the check successfulls
 606  */
 607 bool File::CheckWriteIntegrity()
 608 {
 609    if(PixelWriteConverter->GetUserData())
 610    {
 611       int numberBitsAllocated = HeaderInternal->GetBitsAllocated();
 612       if ( numberBitsAllocated == 0 || numberBitsAllocated == 12 )
 613       {
 614          numberBitsAllocated = 16;
 615       }
 616
 617       size_t decSize = HeaderInternal->GetXSize()
 618                     * HeaderInternal->GetYSize()
 619                     * HeaderInternal->GetZSize()
 620                     * ( numberBitsAllocated / 8 )
 621                     * HeaderInternal->GetSamplesPerPixel();
 622       size_t rgbSize = decSize;
 623       if( HeaderInternal->HasLUT() )
 624          rgbSize = decSize * 3;
 625
 626       switch(WriteMode)
 627       {
 628          case WMODE_RAW :
 629             if( decSize!=PixelWriteConverter->GetUserDataSize() )
 630             {
 631                gdcmVerboseMacro( "Data size is incorrect (Raw)" << decSize
 632                     << " / " << PixelWriteConverter->GetUserDataSize() );
 633                return false;
 634             }
 635             break;
 636          case WMODE_RGB :
 637             if( rgbSize!=PixelWriteConverter->GetUserDataSize() )
 638             {
 639                gdcmVerboseMacro( "Data size is incorrect (RGB)" << decSize
 640                    << " / " << PixelWriteConverter->GetUserDataSize() );
 641                return false;
 642             }
 643             break;
 644       }
 645    }
 646
 647    return true;
 648 }
 649
 650 void File::SetWriteToRaw()
 651 {
 652    if( HeaderInternal->GetNumberOfScalarComponents() == 3
 653     && !HeaderInternal->HasLUT())
 654    {
 655       SetWriteToRGB();
 656    }
 657    else
 658    {
 659       ValEntry *photInt = CopyValEntry(0x0028,0x0004);
 660       if(HeaderInternal->HasLUT())
 661       {
 662          photInt->SetValue("PALETTE COLOR ");
 663       }
 664       else
 665       {
 666          photInt->SetValue("MONOCHROME1 ");
 667       }
 668
 669       PixelWriteConverter->SetReadData(PixelReadConverter->GetRaw(),
 670                                        PixelReadConverter->GetRawSize());
 671
 672       BinEntry *pixel =
 673          CopyBinEntry(GetHeader()->GetGrPixel(),GetHeader()->GetNumPixel());
 674       pixel->SetValue(GDCM_BINLOADED);
 675       pixel->SetBinArea(PixelWriteConverter->GetData(),false);
 676       pixel->SetLength(PixelWriteConverter->GetDataSize());
 677
 678       Archive->Push(photInt);
 679       Archive->Push(pixel);
 680    }
 681 }
 682
 683 void File::SetWriteToRGB()
 684 {
 685    if(HeaderInternal->GetNumberOfScalarComponents()==3)
 686    {
 687       PixelReadConverter->BuildRGBImage();
 688
 689       ValEntry *spp = CopyValEntry(0x0028,0x0002);
 690       spp->SetValue("3 ");
 691
 692       ValEntry *planConfig = CopyValEntry(0x0028,0x0006);
 693       planConfig->SetValue("0 ");
 694
 695       ValEntry *photInt = CopyValEntry(0x0028,0x0004);
 696       photInt->SetValue("RGB ");
 697
 698       if(PixelReadConverter->GetRGB())
 699       {
 700          PixelWriteConverter->SetReadData(PixelReadConverter->GetRGB(),
 701                                           PixelReadConverter->GetRGBSize());
 702       }
 703       else // Raw data
 704       {
 705          PixelWriteConverter->SetReadData(PixelReadConverter->GetRaw(),
 706                                           PixelReadConverter->GetRawSize());
 707       }
 708
 709       BinEntry *pixel =
 710          CopyBinEntry(GetHeader()->GetGrPixel(),GetHeader()->GetNumPixel());
 711       pixel->SetValue(GDCM_BINLOADED);
 712       pixel->SetBinArea(PixelWriteConverter->GetData(),false);
 713       pixel->SetLength(PixelWriteConverter->GetDataSize());
 714
 715       Archive->Push(spp);
 716       Archive->Push(planConfig);
 717       Archive->Push(photInt);
 718       Archive->Push(pixel);
 719
 720       // Remove any LUT
 721       Archive->Push(0x0028,0x1101);
 722       Archive->Push(0x0028,0x1102);
 723       Archive->Push(0x0028,0x1103);
 724       Archive->Push(0x0028,0x1201);
 725       Archive->Push(0x0028,0x1202);
 726       Archive->Push(0x0028,0x1203);
 727
 728       // For old ACR-NEMA
 729       // Thus, we have a RGB image and the bits allocated = 24 and
 730       // samples per pixels = 1 (in the read file)
 731       if(HeaderInternal->GetBitsAllocated()==24)
 732       {
 733          ValEntry *bitsAlloc = CopyValEntry(0x0028,0x0100);
 734          bitsAlloc->SetValue("8 ");
 735
 736          ValEntry *bitsStored = CopyValEntry(0x0028,0x0101);
 737          bitsStored->SetValue("8 ");
 738
 739          ValEntry *highBit = CopyValEntry(0x0028,0x0102);
 740          highBit->SetValue("7 ");
 741
 742          Archive->Push(bitsAlloc);
 743          Archive->Push(bitsStored);
 744          Archive->Push(highBit);
 745       }
 746    }
 747    else
 748    {
 749       SetWriteToRaw();
 750    }
 751 }
 752
 753 void File::RestoreWrite()
 754 {
 755    Archive->Restore(0x0028,0x0002);
 756    Archive->Restore(0x0028,0x0004);
 757    Archive->Restore(0x0028,0x0006);
 758    Archive->Restore(GetHeader()->GetGrPixel(),GetHeader()->GetNumPixel());
 759
 760    // For old ACR-NEMA (24 bits problem)
 761    Archive->Restore(0x0028,0x0100);
 762    Archive->Restore(0x0028,0x0101);
 763    Archive->Restore(0x0028,0x0102);
 764
 765    // For the LUT
 766    Archive->Restore(0x0028,0x1101);
 767    Archive->Restore(0x0028,0x1102);
 768    Archive->Restore(0x0028,0x1103);
 769    Archive->Restore(0x0028,0x1201);
 770    Archive->Restore(0x0028,0x1202);
 771    Archive->Restore(0x0028,0x1203);
 772 }
 773
 774 void File::SetWriteFileTypeToACR()
 775 {
 776    Archive->Push(0x0002,0x0010);
 777 }
 778
 779 void File::SetWriteFileTypeToExplicitVR()
 780 {
 781    std::string ts = Util::DicomString(
 782       Global::GetTS()->GetSpecialTransferSyntax(TS::ExplicitVRLittleEndian) );
 783
 784    ValEntry *tss = CopyValEntry(0x0002,0x0010);
 785    tss->SetValue(ts);
 786
 787    Archive->Push(tss);
 788 }
 789
 790 void File::SetWriteFileTypeToImplicitVR()
 791 {
 792    std::string ts = Util::DicomString(
 793       Global::GetTS()->GetSpecialTransferSyntax(TS::ImplicitVRLittleEndian) );
 794
 795    ValEntry *tss = CopyValEntry(0x0002,0x0010);
 796    tss->SetValue(ts);
 797
 798    Archive->Push(tss);
 799 }
 800
 801 void File::RestoreWriteFileType()
 802 {
 803    Archive->Restore(0x0002,0x0010);
 804 }
 805
 806 void File::SetWriteToLibido()
 807 {
 808    ValEntry *oldRow = dynamic_cast<ValEntry *>
 809                 (HeaderInternal->GetDocEntry(0x0028, 0x0010));
 810    ValEntry *oldCol = dynamic_cast<ValEntry *>
 811                 (HeaderInternal->GetDocEntry(0x0028, 0x0011));
 812
 813    if( oldRow && oldCol )
 814    {
 815       std::string rows, columns;
 816
 817       ValEntry *newRow=new ValEntry(oldRow->GetDictEntry());
 818       ValEntry *newCol=new ValEntry(oldCol->GetDictEntry());
 819
 820       newRow->Copy(oldCol);
 821       newCol->Copy(oldRow);
 822
 823       newRow->SetValue(oldCol->GetValue());
 824       newCol->SetValue(oldRow->GetValue());
 825
 826       Archive->Push(newRow);
 827       Archive->Push(newCol);
 828    }
 829
 830    ValEntry *libidoCode = CopyValEntry(0x0008,0x0010);
 831    libidoCode->SetValue("ACRNEMA_LIBIDO_1.1");
 832    Archive->Push(libidoCode);
 833 }
 834
 835 void File::SetWriteToNoLibido()
 836 {
 837    ValEntry *recCode = dynamic_cast<ValEntry *>
 838                 (HeaderInternal->GetDocEntry(0x0008,0x0010));
 839    if( recCode )
 840    {
 841       if( recCode->GetValue() == "ACRNEMA_LIBIDO_1.1" )
 842       {
 843          ValEntry *libidoCode = CopyValEntry(0x0008,0x0010);
 844          libidoCode->SetValue("");
 845          Archive->Push(libidoCode);
 846       }
 847    }
 848 }
 849
 850 void File::RestoreWriteOfLibido()
 851 {
 852    Archive->Restore(0x0028,0x0010);
 853    Archive->Restore(0x0028,0x0011);
 854    Archive->Restore(0x0008,0x0010);
 855 }
 856
 857 ValEntry *File::CopyValEntry(uint16_t group,uint16_t elem)
 858 {
 859    DocEntry *oldE = HeaderInternal->GetDocEntry(group, elem);
 860    ValEntry *newE;
 861
 862    if(oldE)
 863    {
 864       newE = new ValEntry(oldE->GetDictEntry());
 865       newE->Copy(oldE);
 866    }
 867    else
 868    {
 869       newE = GetHeader()->NewValEntry(group,elem);
 870    }
 871
 872    return newE;
 873 }
 874
 875 BinEntry *File::CopyBinEntry(uint16_t group,uint16_t elem)
 876 {
 877    DocEntry *oldE = HeaderInternal->GetDocEntry(group, elem);
 878    BinEntry *newE;
 879
 880    if(oldE)
 881    {
 882       newE = new BinEntry(oldE->GetDictEntry());
 883       newE->Copy(oldE);
 884    }
 885    else
 886    {
 887       newE = GetHeader()->NewBinEntry(group,elem);
 888    }
 889
 890    return newE;
 891 }
 892
 893 //-----------------------------------------------------------------------------
 894 // Protected
 895 /**
 896  * \brief Factorization for various forms of constructors.
 897  */
 898 void File::Initialise()
 899 {
 900    WriteMode = WMODE_RAW;
 901    WriteType = ExplicitVR;
 902
 903    PixelReadConverter = new PixelReadConvert;
 904    PixelWriteConverter = new PixelWriteConvert;
 905    Archive = new DocEntryArchive( HeaderInternal );
 906
 907    if ( HeaderInternal->IsReadable() )
 908    {
 909       PixelReadConverter->GrabInformationsFromHeader( HeaderInternal );
 910    }
 911 }
 912
 913 uint8_t *File::GetRaw()
 914 {
 915    uint8_t *raw = PixelReadConverter->GetRaw();
 916    if ( ! raw )
 917    {
 918       // The Raw image migth not be loaded yet:
 919       std::ifstream *fp = HeaderInternal->OpenFile();
 920       PixelReadConverter->ReadAndDecompressPixelData( fp );
 921       if(fp)
 922          HeaderInternal->CloseFile();
 923
 924       raw = PixelReadConverter->GetRaw();
 925       if ( ! raw )
 926       {
 927          gdcmVerboseMacro( "Read/decompress of pixel data apparently went wrong.");
 928          return 0;
 929       }
 930    }
 931
 932    return raw;
 933 }
 934
 935 //-----------------------------------------------------------------------------
 936 // Private
 937
 938 //-----------------------------------------------------------------------------
 939 } // end namespace gdcm
 940