src/gdcmFile.cxx

   1   /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmFile.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2004/11/25 13:12:02 $
   7   Version:   $Revision: 1.164 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmDocument.h"
  21 #include "gdcmDebug.h"
  22 #include "gdcmUtil.h"
  23 #include "gdcmBinEntry.h"
  24 #include <fstream>
  25
  26 namespace gdcm
  27 {
  28 typedef std::pair<TagDocEntryHT::iterator,TagDocEntryHT::iterator> IterHT;
  29
  30 //-------------------------------------------------------------------------
  31 // Constructor / Destructor
  32 /**
  33  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
  34  *        file (Header only deals with the ... header)
  35  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  36  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  37  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
  38  *        (see GetImageData, GetImageDataRaw)
  39  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
  40  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  41  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  42  *        user sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  43  *        seen as a side effect).
  44  * @param header already built Header
  45  */
  46 File::File(Header *header)
  47 {
  48    HeaderInternal = header;
  49    SelfHeader = false;
  50    Initialise();
  51 }
  52
  53 /**
  54  * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
  55  *        file (Header only deals with the ... header)
  56  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  57  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  58  *        It will be up to the user to load the pixels into memory
  59  *        (see GetImageData, GetImageDataRaw)
  60  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
  61  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  62  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  63  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  64  *        seen as a side effect).
  65  * @param filename file to be opened for parsing
  66  */
  67 File::File(std::string const & filename )
  68 {
  69    HeaderInternal = new Header( filename );
  70    SelfHeader = true;
  71    Initialise();
  72 }
  73
  74 /**
  75  * \brief Factorization for various forms of constructors.
  76  */
  77 void File::Initialise()
  78 {
  79    WriteMode = WMODE_DECOMPRESSED;
  80    WriteType = WTYPE_IMPL_VR;
  81
  82    PixelConverter = new PixelConvert;
  83    Archive = new DocEntryArchive( HeaderInternal );
  84
  85    if ( HeaderInternal->IsReadable() )
  86    {
  87       PixelConverter->GrabInformationsFromHeader( HeaderInternal );
  88    }
  89
  90    Pixel_Data = 0;
  91    ImageDataSize = 0;
  92 }
  93
  94 /**
  95  * \brief canonical destructor
  96  * \note  If the Header was created by the File constructor,
  97  *        it is destroyed by the File
  98  */
  99 File::~File()
 100 {
 101    if( PixelConverter )
 102    {
 103       delete PixelConverter;
 104    }
 105    if( Archive )
 106    {
 107       delete Archive;
 108    }
 109
 110    if( SelfHeader )
 111    {
 112       delete HeaderInternal;
 113    }
 114    HeaderInternal = 0;
 115 }
 116
 117 //-----------------------------------------------------------------------------
 118 // Print
 119
 120 //-----------------------------------------------------------------------------
 121 // Public
 122 /**
 123  * \brief   Get the size of the image data
 124  *
 125  *          If the image can be RGB (with a lut or by default), the size
 126  *          corresponds to the RGB image
 127  * @return  The image size
 128  */
 129 size_t File::GetImageDataSize()
 130 {
 131    return PixelConverter->GetRGBSize();
 132 }
 133
 134 /**
 135  * \brief   Get the size of the image data
 136  *
 137  *          If the image can be RGB by transformation in a LUT, this
 138  *          transformation isn't considered
 139  * @return  The raw image size
 140  */
 141 size_t File::GetImageDataRawSize()
 142 {
 143    return PixelConverter->GetDecompressedSize();
 144 }
 145
 146 /**
 147  * \brief   - Allocates necessary memory,
 148  *          - Reads the pixels from disk (uncompress if necessary),
 149  *          - Transforms YBR pixels, if any, into RGB pixels
 150  *          - Transforms 3 planes R, G, B, if any, into a single RGB Plane
 151  *          - Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 152  *          - Copies the pixel data (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 153  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 154  *          NULL if alloc fails
 155  */
 156 uint8_t* File::GetImageData()
 157 {
 158    if ( ! GetDecompressed() )
 159    {
 160       // If the decompression failed nothing can be done.
 161       return 0;
 162    }
 163
 164    if ( HeaderInternal->HasLUT() && PixelConverter->BuildRGBImage() )
 165    {
 166       return PixelConverter->GetRGB();
 167    }
 168    else
 169    {
 170       // When no LUT or LUT conversion fails, return the decompressed
 171       return PixelConverter->GetDecompressed();
 172    }
 173 }
 174
 175 /**
 176  * \brief
 177  *          Read the pixels from disk (uncompress if necessary),
 178  *          Transforms YBR pixels, if any, into RGB pixels
 179  *          Transforms 3 planes R, G, B, if any, into a single RGB Plane
 180  *          Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 181  *          Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller allocated
 182  *          memory space.
 183  * \warning This function allows people that want to build a volume
 184  *          from an image stack *not to* have, first to get the image pixels,
 185  *          and then move them to the volume area.
 186  *          It's absolutely useless for any VTK user since vtk chooses
 187  *          to invert the lines of an image, that is the last line comes first
 188  *          (for some axis related reasons?). Hence he will have
 189  *          to load the image line by line, starting from the end.
 190  *          VTK users have to call GetImageData
 191  *
 192  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 193  *          pixel data should be copied
 194  * @param   maxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 195  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 196  *          executed (i.e. no partial copy).
 197  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 198  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 199  */
 200 size_t File::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t maxSize)
 201 {
 202    if ( ! GetDecompressed() )
 203    {
 204       // If the decompression failed nothing can be done.
 205       return 0;
 206    }
 207
 208    if ( HeaderInternal->HasLUT() && PixelConverter->BuildRGBImage() )
 209    {
 210       if ( PixelConverter->GetRGBSize() > maxSize )
 211       {
 212          dbg.Verbose(0, "File::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
 213                         "than caller's expected MaxSize");
 214          return 0;
 215       }
 216       memcpy( destination,
 217               (void*)PixelConverter->GetRGB(),
 218               PixelConverter->GetRGBSize() );
 219       return PixelConverter->GetRGBSize();
 220    }
 221
 222    // Either no LUT conversion necessary or LUT conversion failed
 223    if ( PixelConverter->GetDecompressedSize() > maxSize )
 224    {
 225       dbg.Verbose(0, "File::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
 226                      "than caller's expected MaxSize");
 227       return 0;
 228    }
 229    memcpy( destination,
 230            (void*)PixelConverter->GetDecompressed(),
 231            PixelConverter->GetDecompressedSize() );
 232    return PixelConverter->GetDecompressedSize();
 233 }
 234
 235 /**
 236  * \brief   Allocates necessary memory,
 237  *          Transforms YBR pixels (if any) into RGB pixels
 238  *          Transforms 3 planes R, G, B  (if any) into a single RGB Plane
 239  *          Copies the pixel data (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 240  *          DOES NOT transform Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 241  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 242  * \        NULL if alloc fails
 243  */
 244 uint8_t* File::GetImageDataRaw ()
 245 {
 246    return GetDecompressed();
 247 }
 248
 249 uint8_t* File::GetDecompressed()
 250 {
 251    uint8_t* decompressed = PixelConverter->GetDecompressed();
 252    if ( ! decompressed )
 253    {
 254       // The decompressed image migth not be loaded yet:
 255       std::ifstream* fp = HeaderInternal->OpenFile();
 256       PixelConverter->ReadAndDecompressPixelData( fp );
 257       if(fp)
 258          HeaderInternal->CloseFile();
 259
 260       decompressed = PixelConverter->GetDecompressed();
 261       if ( ! decompressed )
 262       {
 263          dbg.Verbose(0, "File::GetDecompressed: read/decompress of "
 264                         "pixel data apparently went wrong.");
 265          return 0;
 266       }
 267    }
 268
 269    return decompressed;
 270 }
 271
 272 /**
 273  * \brief   Points the internal Pixel_Data pointer to the callers inData
 274  *          image representation, BUT WITHOUT COPYING THE DATA.
 275  *          'image' Pixels are presented as C-like 2D arrays : line per line.
 276  *          'volume'Pixels are presented as C-like 3D arrays : plane per plane
 277  * \warning Since the pixels are not copied, it is the caller's responsability
 278  *          not to deallocate it's data before gdcm uses them (e.g. with
 279  *          the Write() method.
 280  * @param inData user supplied pixel area
 281  * @param expectedSize total image size, in Bytes
 282  *
 283  * @return boolean
 284  */
 285 bool File::SetImageData(uint8_t* inData, size_t expectedSize)
 286 {
 287 // FIXME : if already allocated, memory leak !
 288    Pixel_Data     = inData;
 289    ImageDataSize = expectedSize;
 290 // FIXME : 7fe0, 0010 IS NOT set ...
 291    return true;
 292 }
 293
 294 /**
 295  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file
 296  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 297  *        It's up to the user to call his Reader properly
 298  * @param fileName name of the file to be created
 299  *                 (any already existing file is over written)
 300  * @return false if write fails
 301  */
 302
 303 bool File::WriteRawData(std::string const & fileName)
 304 {
 305   std::ofstream fp1(fileName.c_str(), std::ios::out | std::ios::binary );
 306    if (!fp1)
 307    {
 308       dbg.Verbose(2, "Fail to open (write) file:", fileName.c_str());
 309       return false;
 310    }
 311    fp1.write((char*)Pixel_Data, ImageDataSize);
 312    fp1.close();
 313
 314    return true;
 315 }
 316
 317 /**
 318  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 319  *        using the Implicit Value Representation convention
 320  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 321  * @param fileName name of the file to be created
 322  *                 (any already existing file is overwritten)
 323  * @return false if write fails
 324  */
 325
 326 bool File::WriteDcmImplVR (std::string const & fileName)
 327 {
 328    SetWriteTypeToDcmImplVR();
 329    return Write(fileName);
 330 }
 331
 332 /**
 333 * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 334  *        using the Explicit Value Representation convention
 335  *        NO test is performed on  processor "Endiannity". * @param fileName name of the file to be created
 336  *                 (any already existing file is overwritten)
 337  * @return false if write fails
 338  */
 339
 340 bool File::WriteDcmExplVR (std::string const & fileName)
 341 {
 342    SetWriteTypeToDcmExplVR();
 343    return Write(fileName);
 344 }
 345
 346 /**
 347  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file,
 348  *        using the ACR-NEMA convention
 349  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
 350  *        (a l'attention des logiciels cliniques
 351  *        qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
 352  * \warning if a DICOM_V3 header is supplied,
 353  *         groups < 0x0008 and shadow groups are ignored
 354  * \warning NO TEST is performed on processor "Endiannity".
 355  * @param fileName name of the file to be created
 356  *                 (any already existing file is overwritten)
 357  * @return false if write fails
 358  */
 359
 360 bool File::WriteAcr (std::string const & fileName)
 361 {
 362    SetWriteTypeToAcr();
 363    return Write(fileName);
 364 }
 365
 366 bool File::Write(std::string const& fileName)
 367 {
 368    switch(WriteType)
 369    {
 370       case WTYPE_IMPL_VR:
 371          return WriteBase(fileName,ImplicitVR);
 372       case WTYPE_EXPL_VR:
 373          return WriteBase(fileName,ExplicitVR);
 374       case WTYPE_ACR:
 375          return WriteBase(fileName,ACR);
 376    }
 377    return(false);
 378 }
 379
 380 /**
 381  * \brief Access to the underlying \ref PixelConverter RGBA LUT
 382  */
 383 uint8_t* File::GetLutRGBA()
 384 {
 385    return PixelConverter->GetLutRGBA();
 386 }
 387
 388 //-----------------------------------------------------------------------------
 389 // Protected
 390 /**
 391  * \brief NOT a end user inteded function
 392  *        (used by WriteDcmExplVR, WriteDcmImplVR, WriteAcr, etc)
 393  * @param fileName name of the file to be created
 394  *                 (any already existing file is overwritten)
 395  * @param  type file type (ExplicitVR, ImplicitVR, ...)
 396  * @return false if write fails
 397  */
 398 bool File::WriteBase (std::string const & fileName, FileType type)
 399 {
 400    switch(type)
 401    {
 402       case ImplicitVR:
 403          SetWriteFileTypeToImplicitVR();
 404          break;
 405       case ExplicitVR:
 406          SetWriteFileTypeToExplicitVR();
 407          break;
 408       case ACR:
 409          SetWriteFileTypeToACR();
 410          break;
 411       case ACR_LIBIDO:
 412          SetWriteFileTypeToACRLibido();
 413          break;
 414    }
 415
 416    switch(WriteMode)
 417    {
 418       case WMODE_NATIVE :
 419          SetWriteToNative();
 420          break;
 421       case WMODE_DECOMPRESSED :
 422          SetWriteToDecompressed();
 423          break;
 424       case WMODE_RGB :
 425          SetWriteToRGB();
 426          break;
 427    }
 428
 429    // --------------------------------------------------------------
 430    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 431    //
 432    // if recognition code tells us we dealt with a LibIDO image
 433    // we reproduce on disk the switch between lineNumber and columnNumber
 434    // just before writting ...
 435    /// \todo the best trick would be *change* the recognition code
 436    ///       but pb expected if user deals with, e.g. COMPLEX images
 437 /*   if ( HeaderInternal->GetFileType() == ACR_LIBIDO)
 438    {
 439       SetWriteToLibido();
 440    }*/
 441    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 442
 443    bool check = CheckWriteIntegrity();
 444    if(check)
 445    {
 446       check = HeaderInternal->Write(fileName,type);
 447    }
 448
 449    // --------------------------------------------------------------
 450    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 451    //
 452    // ...and we restore the Header to be Dicom Compliant again
 453    // just after writting
 454 /*   if ( HeaderInternal->GetFileType() == ACR_LIBIDO )
 455    {
 456       RestoreWriteFromLibido();
 457    }*/
 458    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 459
 460    RestoreWrite();
 461    RestoreWriteFileType();
 462
 463    return check;
 464 }
 465
 466 /**
 467  * \brief Check the write integrity
 468  *
 469  * The tests made are :
 470  *  - verify the size of the image to write with the possible write
 471  *    when the user set an image data
 472  * @return true if the check successfulls
 473  */
 474 bool File::CheckWriteIntegrity()
 475 {
 476    if(Pixel_Data)
 477    {
 478       int numberBitsAllocated = HeaderInternal->GetBitsAllocated();
 479       if ( numberBitsAllocated == 0 || numberBitsAllocated == 12 )
 480       {
 481          numberBitsAllocated = 16;
 482       }
 483
 484       int decSize = HeaderInternal->GetXSize()
 485                     * HeaderInternal->GetYSize()
 486                     * HeaderInternal->GetZSize()
 487                     * ( numberBitsAllocated / 8 )
 488                     * HeaderInternal->GetSamplesPerPixel();
 489       int rgbSize = decSize;
 490       if( HeaderInternal->HasLUT() )
 491          rgbSize = decSize * 3;
 492
 493       switch(WriteMode)
 494       {
 495          case WMODE_NATIVE :
 496             break;
 497          case WMODE_DECOMPRESSED :
 498             if( decSize!=ImageDataSize )
 499             {
 500                dbg.Verbose(0, "File::CheckWriteIntegrity: Data size is incorrect");
 501                //std::cerr<<"Dec : "<<decSize<<" | "<<ImageDataSize<<std::endl;
 502                return false;
 503             }
 504             break;
 505          case WMODE_RGB :
 506             if( rgbSize!=ImageDataSize )
 507             {
 508                dbg.Verbose(0, "File::CheckWriteIntegrity: Data size is incorrect");
 509                //std::cerr<<"RGB : "<<decSize<<" | "<<ImageDataSize<<std::endl;
 510                return false;
 511             }
 512             break;
 513       }
 514    }
 515
 516    return true;
 517 }
 518
 519 void File::SetWriteToNative()
 520 {
 521    if(Pixel_Data)
 522    {
 523       BinEntry* pixel = CopyBinEntry(GetHeader()->GetGrPixel(),GetHeader()->GetNumPixel());
 524       pixel->SetValue(GDCM_BINLOADED);
 525       pixel->SetBinArea(Pixel_Data,false);
 526       pixel->SetLength(ImageDataSize);
 527
 528       Archive->Push(pixel);
 529    }
 530 }
 531
 532 void File::SetWriteToDecompressed()
 533 {
 534    if(HeaderInternal->GetNumberOfScalarComponents()==3 && !HeaderInternal->HasLUT())
 535    {
 536       SetWriteToRGB();
 537    }
 538    else
 539    {
 540       ValEntry* photInt = CopyValEntry(0x0028,0x0004);
 541       if(HeaderInternal->HasLUT())
 542       {
 543          photInt->SetValue("PALETTE COLOR ");
 544          photInt->SetLength(14);
 545       }
 546       else
 547       {
 548          photInt->SetValue("MONOCHROME1 ");
 549          photInt->SetLength(12);
 550       }
 551
 552       BinEntry* pixel = CopyBinEntry(GetHeader()->GetGrPixel(),GetHeader()->GetNumPixel());
 553       pixel->SetValue(GDCM_BINLOADED);
 554       if(Pixel_Data)
 555       {
 556          pixel->SetBinArea(Pixel_Data,false);
 557          pixel->SetLength(ImageDataSize);
 558       }
 559       else
 560       {
 561          pixel->SetBinArea(PixelConverter->GetDecompressed(),false);
 562          pixel->SetLength(PixelConverter->GetDecompressedSize());
 563       }
 564
 565       Archive->Push(photInt);
 566       Archive->Push(pixel);
 567    }
 568 }
 569
 570 void File::SetWriteToRGB()
 571 {
 572    if(HeaderInternal->GetNumberOfScalarComponents()==3)
 573    {
 574       PixelConverter->BuildRGBImage();
 575
 576       ValEntry* spp = CopyValEntry(0x0028,0x0002);
 577       spp->SetValue("3 ");
 578       spp->SetLength(2);
 579
 580       ValEntry* planConfig = CopyValEntry(0x0028,0x0006);
 581       planConfig->SetValue("0 ");
 582       planConfig->SetLength(2);
 583
 584       ValEntry* photInt = CopyValEntry(0x0028,0x0004);
 585       photInt->SetValue("RGB ");
 586       photInt->SetLength(4);
 587
 588       BinEntry* pixel = CopyBinEntry(GetHeader()->GetGrPixel(),GetHeader()->GetNumPixel());
 589       pixel->SetValue(GDCM_BINLOADED);
 590       if(Pixel_Data)
 591       {
 592          pixel->SetBinArea(Pixel_Data,false);
 593          pixel->SetLength(ImageDataSize);
 594       }
 595       else if(PixelConverter->GetRGB())
 596       {
 597          pixel->SetBinArea(PixelConverter->GetRGB(),false);
 598          pixel->SetLength(PixelConverter->GetRGBSize());
 599       }
 600       else // Decompressed data
 601       {
 602          pixel->SetBinArea(PixelConverter->GetDecompressed(),false);
 603          pixel->SetLength(PixelConverter->GetDecompressedSize());
 604       }
 605
 606       Archive->Push(spp);
 607       Archive->Push(planConfig);
 608       Archive->Push(photInt);
 609       Archive->Push(pixel);
 610
 611       // Remove any LUT
 612       Archive->Push(0x0028,0x1101);
 613       Archive->Push(0x0028,0x1102);
 614       Archive->Push(0x0028,0x1103);
 615       Archive->Push(0x0028,0x1201);
 616       Archive->Push(0x0028,0x1202);
 617       Archive->Push(0x0028,0x1203);
 618
 619       // For old ACR-NEMA
 620       // Thus, we have a RGB image and the bits allocated = 24 and
 621       // samples per pixels = 1 (in the read file)
 622       if(HeaderInternal->GetBitsAllocated()==24)
 623       {
 624          ValEntry* bitsAlloc = CopyValEntry(0x0028,0x0100);
 625          bitsAlloc->SetValue("8 ");
 626          bitsAlloc->SetLength(2);
 627
 628          ValEntry* bitsStored = CopyValEntry(0x0028,0x0101);
 629          bitsStored->SetValue("8 ");
 630          bitsStored->SetLength(2);
 631
 632          ValEntry* highBit = CopyValEntry(0x0028,0x0102);
 633          highBit->SetValue("7 ");
 634          highBit->SetLength(2);
 635
 636          Archive->Push(bitsAlloc);
 637          Archive->Push(bitsStored);
 638          Archive->Push(highBit);
 639       }
 640    }
 641    else
 642    {
 643       SetWriteToDecompressed();
 644    }
 645 }
 646
 647 void File::RestoreWrite()
 648 {
 649    Archive->Restore(0x0028,0x0002);
 650    Archive->Restore(0x0028,0x0004);
 651    Archive->Restore(0x0028,0x0006);
 652    Archive->Restore(GetHeader()->GetGrPixel(),GetHeader()->GetNumPixel());
 653
 654    // For old ACR-NEMA (24 bits problem)
 655    Archive->Restore(0x0028,0x0100);
 656    Archive->Restore(0x0028,0x0101);
 657    Archive->Restore(0x0028,0x0102);
 658
 659    // For the LUT
 660    Archive->Restore(0x0028,0x1101);
 661    Archive->Restore(0x0028,0x1102);
 662    Archive->Restore(0x0028,0x1103);
 663    Archive->Restore(0x0028,0x1201);
 664    Archive->Restore(0x0028,0x1202);
 665    Archive->Restore(0x0028,0x1203);
 666 }
 667
 668 void File::SetWriteFileTypeToACR()
 669 {
 670    Archive->Push(0x0002,0x0010);
 671 }
 672
 673 void File::SetWriteFileTypeToACRLibido()
 674 {
 675    SetWriteFileTypeToACR();
 676 }
 677
 678 void File::SetWriteFileTypeToExplicitVR()
 679 {
 680    std::string ts =
 681       Util::DicomString( TransferSyntaxStrings[ExplicitVRLittleEndian] );
 682
 683    ValEntry* tss = CopyValEntry(0x0002,0x0010);
 684    tss->SetValue(ts);
 685    tss->SetLength(ts.length());
 686
 687    Archive->Push(tss);
 688 }
 689
 690 void File::SetWriteFileTypeToImplicitVR()
 691 {
 692    std::string ts =
 693       Util::DicomString( TransferSyntaxStrings[ImplicitVRLittleEndian] );
 694
 695    ValEntry* tss = CopyValEntry(0x0002,0x0010);
 696    tss->SetValue(ts);
 697    tss->SetLength(ts.length());
 698 }
 699
 700 void File::RestoreWriteFileType()
 701 {
 702    Archive->Restore(0x0002,0x0010);
 703 }
 704
 705 void File::SetWriteToLibido()
 706 {
 707    ValEntry *oldRow = dynamic_cast<ValEntry *>(HeaderInternal->GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0010));
 708    ValEntry *oldCol = dynamic_cast<ValEntry *>(HeaderInternal->GetDocEntryByNumber(0x0028, 0x0011));
 709
 710    if( oldRow && oldCol )
 711    {
 712       std::string rows, columns;
 713
 714       ValEntry *newRow=new ValEntry(oldRow->GetDictEntry());
 715       ValEntry *newCol=new ValEntry(oldCol->GetDictEntry());
 716
 717       newRow->Copy(oldCol);
 718       newCol->Copy(oldRow);
 719
 720       newRow->SetValue(oldCol->GetValue());
 721       newCol->SetValue(oldRow->GetValue());
 722
 723       Archive->Push(newRow);
 724       Archive->Push(newCol);
 725    }
 726 }
 727
 728 void File::RestoreWriteFromLibido()
 729 {
 730    Archive->Restore(0x0028,0x0010);
 731    Archive->Restore(0x0028,0x0011);
 732 }
 733
 734 ValEntry* File::CopyValEntry(uint16_t group,uint16_t element)
 735 {
 736    DocEntry* oldE = HeaderInternal->GetDocEntryByNumber(group, element);
 737    ValEntry* newE;
 738
 739    if(oldE)
 740    {
 741       newE = new ValEntry(oldE->GetDictEntry());
 742       newE->Copy(oldE);
 743    }
 744    else
 745    {
 746       newE = GetHeader()->NewValEntryByNumber(group,element);
 747    }
 748
 749    return(newE);
 750 }
 751
 752 BinEntry* File::CopyBinEntry(uint16_t group,uint16_t element)
 753 {
 754    DocEntry* oldE = HeaderInternal->GetDocEntryByNumber(group, element);
 755    BinEntry* newE;
 756
 757    if(oldE)
 758    {
 759       newE = new BinEntry(oldE->GetDictEntry());
 760       newE->Copy(oldE);
 761    }
 762    else
 763    {
 764       newE = GetHeader()->NewBinEntryByNumber(group,element);
 765    }
 766
 767
 768    return(newE);
 769 }
 770
 771 //-----------------------------------------------------------------------------
 772 // Private
 773 /**
 774  * \brief Set the pixel datas in the good entry of the Header
 775  */
 776 void File::SetPixelData(uint8_t* data)
 777 {
 778    GetHeader()->SetEntryByNumber( GDCM_BINLOADED,
 779       GetHeader()->GetGrPixel(), GetHeader()->GetNumPixel());
 780
 781    // Will be 7fe0, 0010 in standard case
 782    DocEntry* currentEntry = GetHeader()->GetDocEntryByNumber(GetHeader()->GetGrPixel(), GetHeader()->GetNumPixel());
 783    if ( currentEntry )
 784    {
 785       if ( BinEntry* binEntry = dynamic_cast<BinEntry *>(currentEntry) )
 786          // Flag is to false because datas are kept in the gdcmPixelConvert
 787          binEntry->SetBinArea( data, false );
 788    }
 789 }
 790
 791 //-----------------------------------------------------------------------------
 792 } // end namespace gdcm
 793