src/gdcmFile.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmFile.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/01/21 12:37:15 $
   7   Version:   $Revision: 1.196 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmGlobal.h"
  21 #include "gdcmUtil.h"
  22 #include "gdcmDebug.h"
  23 #include "gdcmTS.h"
  24 #include "gdcmValEntry.h"
  25 #include "gdcmBinEntry.h"
  26 #include <stdio.h> //sscanf
  27
  28 #include <vector>
  29
  30 namespace gdcm
  31 {
  32 //-----------------------------------------------------------------------------
  33 // Constructor / Destructor
  34 /**
  35  * \brief  Constructor
  36  * @param  filename name of the file whose header we want to analyze
  37  */
  38 File::File( std::string const &filename ):
  39             Document( filename )
  40 {
  41    // for some ACR-NEMA images GrPixel, NumPixel is *not* 7fe0,0010
  42    // We may encounter the 'RETired' (0x0028, 0x0200) tag
  43    // (Image Location") . This entry contains the number of
  44    // the group that contains the pixel data (hence the "Pixel Data"
  45    // is found by indirection through the "Image Location").
  46    // Inside the group pointed by "Image Location" the searched element
  47    // is conventionally the element 0x0010 (when the norm is respected).
  48    // When the "Image Location" is Missing we default to group 0x7fe0.
  49    // Note: this IS the right place for the code
  50
  51    // Image Location
  52    const std::string &imgLocation = GetEntry(0x0028, 0x0200);
  53    if ( imgLocation == GDCM_UNFOUND )
  54    {
  55       // default value
  56       GrPixel = 0x7fe0;
  57    }
  58    else
  59    {
  60       GrPixel = (uint16_t) atoi( imgLocation.c_str() );
  61    }
  62
  63    // sometimes Image Location value doesn't follow
  64    // the supposed processor endianness.
  65    // see gdcmData/cr172241.dcm
  66    if ( GrPixel == 0xe07f )
  67    {
  68       GrPixel = 0x7fe0;
  69    }
  70
  71    if ( GrPixel != 0x7fe0 )
  72    {
  73       // This is a kludge for old dirty Philips imager.
  74       NumPixel = 0x1010;
  75    }
  76    else
  77    {
  78       NumPixel = 0x0010;
  79    }
  80
  81    // Now, we know GrPixel and NumPixel.
  82    // Let's create a VirtualDictEntry to allow a further VR modification
  83    // and force VR to match with BitsAllocated.
  84    DocEntry *entry = GetDocEntry(GrPixel, NumPixel);
  85    if ( entry != 0 )
  86    {
  87
  88       std::string PixelVR;
  89       // 8 bits allocated is a 'O Bytes' , as well as 24 (old ACR-NEMA RGB)
  90       // more than 8 (i.e 12, 16) is a 'O Words'
  91       if ( GetBitsAllocated() == 8 || GetBitsAllocated() == 24 )
  92          PixelVR = "OB";
  93       else
  94          PixelVR = "OW";
  95
  96       DictEntry* newEntry = NewVirtualDictEntry(
  97                              GrPixel, NumPixel,
  98                              PixelVR, "PXL", "Pixel Data");
  99
 100       entry->SetDictEntry( newEntry );
 101    }
 102 }
 103
 104 /**
 105  * \brief Constructor used when we want to generate dicom files from scratch
 106  */
 107 File::File()
 108            :Document()
 109 {
 110    InitializeDefaultFile();
 111 }
 112
 113 /**
 114  * \brief   Canonical destructor.
 115  */
 116 File::~File ()
 117 {
 118 }
 119
 120 /**
 121  * \brief Performs some consistency checking on various 'File related'
 122  *       (as opposed to 'DicomDir related') entries
 123  *       then writes in a file all the (Dicom Elements) included the Pixels
 124  * @param fileName file name to write to
 125  * @param filetype Type of the File to be written
 126  *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
 127  */
 128 bool File::Write(std::string fileName, FileType filetype)
 129 {
 130    std::ofstream *fp = new std::ofstream(fileName.c_str(),
 131                                          std::ios::out | std::ios::binary);
 132    if (*fp == NULL)
 133    {
 134       gdcmVerboseMacro("Failed to open (write) File: " << fileName.c_str());
 135       return false;
 136    }
 137
 138    // Bits Allocated
 139    if ( GetEntry(0x0028,0x0100) ==  "12")
 140    {
 141       SetEntry("16", 0x0028,0x0100);
 142    }
 143
 144   /// \todo correct 'Pixel group' Length if necessary
 145
 146    int i_lgPix = GetEntryLength(GrPixel, NumPixel);
 147    if (i_lgPix != -2)
 148    {
 149       // no (GrPixel, NumPixel) element
 150       std::string s_lgPix = Util::Format("%d", i_lgPix+12);
 151       s_lgPix = Util::DicomString( s_lgPix.c_str() );
 152       ReplaceOrCreate(s_lgPix,GrPixel, 0x0000);
 153    }
 154
 155    // FIXME : should be nice if we could move it to File
 156    //         (or in future gdcmPixelData class)
 157
 158    // Drop Palette Color, if necessary
 159
 160    if ( GetEntry(0x0028,0x0002).c_str()[0] == '3' )
 161    {
 162       // if SamplesPerPixel = 3, sure we don't need any LUT !
 163       // Drop 0028|1101, 0028|1102, 0028|1103
 164       // Drop 0028|1201, 0028|1202, 0028|1203
 165
 166       DocEntry *e = GetDocEntry(0x0028,0x01101);
 167       if (e)
 168       {
 169          RemoveEntryNoDestroy(e);
 170       }
 171       e = GetDocEntry(0x0028,0x1102);
 172       if (e)
 173       {
 174          RemoveEntryNoDestroy(e);
 175       }
 176       e = GetDocEntry(0x0028,0x1103);
 177       if (e)
 178       {
 179          RemoveEntryNoDestroy(e);
 180       }
 181       e = GetDocEntry(0x0028,0x01201);
 182       if (e)
 183       {
 184          RemoveEntryNoDestroy(e);
 185       }
 186       e = GetDocEntry(0x0028,0x1202);
 187       if (e)
 188       {
 189          RemoveEntryNoDestroy(e);
 190       }
 191       e = GetDocEntry(0x0028,0x1203);
 192       if (e)
 193       {
 194           RemoveEntryNoDestroy(e);
 195       }
 196    }
 197
 198 /*
 199 #ifdef GDCM_WORDS_BIGENDIAN
 200    // Super Super hack that will make gdcm a BOMB ! but should
 201    // Fix temporarily the dashboard
 202    BinEntry *b = GetBinEntry(GrPixel,NumPixel);
 203    if ( GetPixelSize() ==  16 )
 204    {
 205       uint16_t *im16 = (uint16_t*)b->GetBinArea();
 206       int lgr = b->GetLength();
 207       for( int i = 0; i < lgr / 2; i++ )
 208       {
 209          im16[i]= (im16[i] >> 8) | (im16[i] << 8 );
 210       }
 211    }
 212 #endif //GDCM_WORDS_BIGENDIAN
 213 */
 214
 215    Document::WriteContent(fp,filetype);
 216
 217 /*
 218 #ifdef GDCM_WORDS_BIGENDIAN
 219    // Flip back the pixel ... I told you this is a hack
 220    if ( GetPixelSize() ==  16 )
 221    {
 222       uint16_t *im16 = (uint16_t*)b->GetBinArea();
 223       int lgr = b->GetLength();
 224       for( int i = 0; i < lgr / 2; i++ )
 225       {
 226          im16[i]= (im16[i] >> 8) | (im16[i] << 8 );
 227       }
 228    }
 229 #endif //GDCM_WORDS_BIGENDIAN
 230 */
 231
 232    fp->close();
 233    delete fp;
 234
 235    return true;
 236 }
 237
 238 //-----------------------------------------------------------------------------
 239 // Print
 240
 241
 242 //-----------------------------------------------------------------------------
 243 // Public
 244
 245 /**
 246  * \brief  This predicate, based on hopefully reasonable heuristics,
 247  *         decides whether or not the current File was properly parsed
 248  *         and contains the mandatory information for being considered as
 249  *         a well formed and usable Dicom/Acr File.
 250  * @return true when File is the one of a reasonable Dicom/Acr file,
 251  *         false otherwise.
 252  */
 253 bool File::IsReadable()
 254 {
 255    if( !Document::IsReadable() )
 256    {
 257       return false;
 258    }
 259
 260    const std::string &res = GetEntry(0x0028, 0x0005);
 261    if ( res != GDCM_UNFOUND && atoi(res.c_str()) > 4 )
 262    {
 263       return false; // Image Dimensions
 264    }
 265    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0100) )
 266    {
 267       return false; // "Bits Allocated"
 268    }
 269    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0101) )
 270    {
 271       return false; // "Bits Stored"
 272    }
 273    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0102) )
 274    {
 275       return false; // "High Bit"
 276    }
 277    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0103) )
 278    {
 279       return false; // "Pixel Representation" i.e. 'Sign'
 280    }
 281
 282    return true;
 283 }
 284
 285 /**
 286  * \brief   Retrieve the number of columns of image.
 287  * @return  The encountered size when found, 0 by default.
 288  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller will have to check
 289  */
 290 int File::GetXSize()
 291 {
 292    const std::string &strSize = GetEntry(0x0028,0x0011);
 293    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 294    {
 295       return 0;
 296    }
 297
 298    return atoi( strSize.c_str() );
 299 }
 300
 301 /**
 302  * \brief   Retrieve the number of lines of image.
 303  * \warning The defaulted value is 1 as opposed to File::GetXSize()
 304  * @return  The encountered size when found, 1 by default
 305  *          (The ACR-NEMA file contains a Signal, not an Image).
 306  */
 307 int File::GetYSize()
 308 {
 309    const std::string &strSize = GetEntry(0x0028,0x0010);
 310    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 311    {
 312       return atoi( strSize.c_str() );
 313    }
 314    if ( IsDicomV3() )
 315    {
 316       return 0;
 317    }
 318
 319    // The Rows (0028,0010) entry was optional for ACR/NEMA. It might
 320    // hence be a signal (1D image). So we default to 1:
 321    return 1;
 322 }
 323
 324 /**
 325  * \brief   Retrieve the number of planes of volume or the number
 326  *          of frames of a multiframe.
 327  * \warning When present we consider the "Number of Frames" as the third
 328  *          dimension. When Missing we consider the third dimension as
 329  *          being the ACR-NEMA "Planes" tag content.
 330  * @return  The encountered size when found, 1 by default (single image).
 331  */
 332 int File::GetZSize()
 333 {
 334    // Both  DicomV3 and ACR/Nema consider the "Number of Frames"
 335    // as the third dimension.
 336    const std::string &strSize = GetEntry(0x0028,0x0008);
 337    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 338    {
 339       return atoi( strSize.c_str() );
 340    }
 341
 342    // We then consider the "Planes" entry as the third dimension
 343    const std::string &strSize2 = GetEntry(0x0028,0x0012);
 344    if ( strSize2 != GDCM_UNFOUND )
 345    {
 346       return atoi( strSize2.c_str() );
 347    }
 348
 349    return 1;
 350 }
 351
 352 /**
 353   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 354   *             else 1.0
 355   * @return X dimension of a pixel
 356   */
 357 float File::GetXSpacing()
 358 {
 359    float xspacing, yspacing;
 360    const std::string &strSpacing = GetEntry(0x0028,0x0030);
 361
 362    if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 363    {
 364       gdcmVerboseMacro( "Unfound Pixel Spacing (0028,0030)" );
 365       return 1.;
 366    }
 367
 368    int nbValues;
 369    if( ( nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(),
 370          "%f\\%f", &yspacing, &xspacing)) != 2 )
 371    {
 372       // if single value is found, xspacing is defaulted to yspacing
 373       if ( nbValues == 1 )
 374       {
 375          xspacing = yspacing;
 376       }
 377
 378       if ( xspacing == 0.0 )
 379          xspacing = 1.0;
 380
 381       return xspacing;
 382
 383    }
 384
 385    // to avoid troubles with David Clunie's-like images
 386    if ( xspacing == 0. && yspacing == 0.)
 387       return 1.;
 388
 389    if ( xspacing == 0.)
 390    {
 391       gdcmVerboseMacro("gdcmData/CT-MONO2-8-abdo.dcm problem");
 392       // seems to be a bug in the header ...
 393       nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(), "%f\\0\\%f", &yspacing, &xspacing);
 394       gdcmAssertMacro( nbValues == 2 );
 395    }
 396
 397    return xspacing;
 398 }
 399
 400 /**
 401   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 402   *             else 1.0
 403   * @return Y dimension of a pixel
 404   */
 405 float File::GetYSpacing()
 406 {
 407    float yspacing = 1.;
 408    std::string strSpacing = GetEntry(0x0028,0x0030);
 409
 410    if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 411    {
 412       gdcmVerboseMacro("Unfound Pixel Spacing (0028,0030)");
 413       return 1.;
 414     }
 415
 416    // if sscanf cannot read any float value, it won't affect yspacing
 417    sscanf( strSpacing.c_str(), "%f", &yspacing);
 418
 419    if ( yspacing == 0.0 )
 420       yspacing = 1.0;
 421
 422    return yspacing;
 423 }
 424
 425 /**
 426  * \brief gets the info from 0018,0088 : Space Between Slices
 427  *                 else from 0018,0050 : Slice Thickness
 428  *                 else 1.0
 429  * @return Z dimension of a voxel-to be
 430  */
 431 float File::GetZSpacing()
 432 {
 433    // Spacing Between Slices : distance entre le milieu de chaque coupe
 434    // Les coupes peuvent etre :
 435    //   jointives     (Spacing between Slices = Slice Thickness)
 436    //   chevauchantes (Spacing between Slices < Slice Thickness)
 437    //   disjointes    (Spacing between Slices > Slice Thickness)
 438    // Slice Thickness : epaisseur de tissus sur laquelle est acquis le signal
 439    //   ca interesse le physicien de l'IRM, pas le visualisateur de volumes ...
 440    //   Si le Spacing Between Slices est Missing,
 441    //   on suppose que les coupes sont jointives
 442
 443    const std::string &strSpacingBSlices = GetEntry(0x0018,0x0088);
 444
 445    if ( strSpacingBSlices == GDCM_UNFOUND )
 446    {
 447       gdcmVerboseMacro("Unfound Spacing Between Slices (0018,0088)");
 448       const std::string &strSliceThickness = GetEntry(0x0018,0x0050);
 449       if ( strSliceThickness == GDCM_UNFOUND )
 450       {
 451          gdcmVerboseMacro("Unfound Slice Thickness (0018,0050)");
 452          return 1.;
 453       }
 454       else
 455       {
 456          // if no 'Spacing Between Slices' is found,
 457          // we assume slices join together
 458          // (no overlapping, no interslice gap)
 459          // if they don't, we're fucked up
 460          return (float)atof( strSliceThickness.c_str() );
 461       }
 462    }
 463    //else
 464    return (float)atof( strSpacingBSlices.c_str() );
 465 }
 466
 467 /**
 468  *\brief gets the info from 0028,1052 : Rescale Intercept
 469  * @return Rescale Intercept
 470  */
 471 float File::GetRescaleIntercept()
 472 {
 473    float resInter = 0.;
 474    /// 0028 1052 DS IMG Rescale Intercept
 475    const std::string &strRescInter = GetEntry(0x0028,0x1052);
 476    if ( strRescInter != GDCM_UNFOUND )
 477    {
 478       if( sscanf( strRescInter.c_str(), "%f", &resInter) != 1 )
 479       {
 480          // bug in the element 0x0028,0x1052
 481          gdcmVerboseMacro( "Rescale Intercept (0028,1052) is empty." );
 482       }
 483    }
 484
 485    return resInter;
 486 }
 487
 488 /**
 489  *\brief   gets the info from 0028,1053 : Rescale Slope
 490  * @return Rescale Slope
 491  */
 492 float File::GetRescaleSlope()
 493 {
 494    float resSlope = 1.;
 495    //0028 1053 DS IMG Rescale Slope
 496    std::string strRescSlope = GetEntry(0x0028,0x1053);
 497    if ( strRescSlope != GDCM_UNFOUND )
 498    {
 499       if( sscanf( strRescSlope.c_str(), "%f", &resSlope) != 1)
 500       {
 501          // bug in the element 0x0028,0x1053
 502          gdcmVerboseMacro( "Rescale Slope (0028,1053) is empty.");
 503       }
 504    }
 505
 506    return resSlope;
 507 }
 508
 509 /**
 510  * \brief This function is intended to user who doesn't want
 511  *   to have to manage a LUT and expects to get an RBG Pixel image
 512  *   (or a monochrome one ...)
 513  * \warning to be used with GetImagePixels()
 514  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB, YBR or PALETTE COLOR)
 515  */
 516 int File::GetNumberOfScalarComponents()
 517 {
 518    if ( GetSamplesPerPixel() == 3 )
 519    {
 520       return 3;
 521    }
 522
 523    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 524    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 525    if ( GetEntry(0x0028,0x0100) == "24" )
 526    {
 527       return 3;
 528    }
 529
 530    std::string strPhotometricInterpretation = GetEntry(0x0028,0x0004);
 531
 532    if ( ( strPhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ") )
 533    {
 534       if ( HasLUT() )// PALETTE COLOR is NOT enough
 535       {
 536          return 3;
 537       }
 538       else
 539       {
 540          return 1;
 541       }
 542    }
 543
 544    // beware of trailing space at end of string
 545    // DICOM tags are never of odd length
 546    if ( strPhotometricInterpretation == GDCM_UNFOUND   ||
 547         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME1") ||
 548         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME2") )
 549    {
 550       return 1;
 551    }
 552    else
 553    {
 554       // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
 555       return 3;
 556    }
 557 }
 558
 559 /**
 560  * \brief This function is intended to user that DOESN'T want
 561  *  to get RGB pixels image when it's stored as a PALETTE COLOR image
 562  *   - the (vtk) user is supposed to know how deal with LUTs -
 563  * \warning to be used with GetImagePixelsRaw()
 564  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB or YBR - NOT 'PALETTE COLOR' -)
 565  */
 566 int File::GetNumberOfScalarComponentsRaw()
 567 {
 568    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 569    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 570    if ( File::GetEntry(0x0028,0x0100) == "24" )
 571    {
 572       return 3;
 573    }
 574
 575    // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
 576    return GetSamplesPerPixel();
 577 }
 578
 579 //
 580 // --------------  Remember ! ----------------------------------
 581 //
 582 // Image Position Patient                              (0020,0032):
 583 // If not found (ACR_NEMA) we try Image Position       (0020,0030)
 584 // If not found (ACR-NEMA), we consider Slice Location (0020,1041)
 585 //                                   or Location       (0020,0050)
 586 // as the Z coordinate,
 587 // 0. for all the coordinates if nothing is found
 588
 589 // \todo find a way to inform the caller nothing was found
 590 // \todo How to tell the caller a wrong number of values was found?
 591 //
 592 // ---------------------------------------------------------------
 593 //
 594
 595 /**
 596  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 597  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 598  *                 else 0.
 599  * @return up-left image corner X position
 600  */
 601 float File::GetXOrigin()
 602 {
 603    float xImPos, yImPos, zImPos;
 604    std::string strImPos = GetEntry(0x0020,0x0032);
 605
 606    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 607    {
 608       gdcmVerboseMacro( "Unfound Image Position Patient (0020,0032)");
 609       strImPos = GetEntry(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 610       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 611       {
 612          gdcmVerboseMacro( "Unfound Image Position (RET) (0020,0030)");
 613          /// \todo How to tell the caller nothing was found ?
 614          return 0.;
 615       }
 616    }
 617
 618    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 619    {
 620       return 0.;
 621    }
 622
 623    return xImPos;
 624 }
 625
 626 /**
 627  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 628  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 629  *                 else 0.
 630  * @return up-left image corner Y position
 631  */
 632 float File::GetYOrigin()
 633 {
 634    float xImPos, yImPos, zImPos;
 635    std::string strImPos = GetEntry(0x0020,0x0032);
 636
 637    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND)
 638    {
 639       gdcmVerboseMacro( "Unfound Image Position Patient (0020,0032)");
 640       strImPos = GetEntry(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 641       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 642       {
 643          gdcmVerboseMacro( "Unfound Image Position (RET) (0020,0030)");
 644          /// \todo How to tell the caller nothing was found ?
 645          return 0.;
 646       }
 647    }
 648
 649    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 650    {
 651       return 0.;
 652    }
 653
 654    return yImPos;
 655 }
 656
 657 /**
 658  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 659  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 660  *                 else from 0020,1041 : Slice Location
 661  *                 else from 0020,0050 : Location
 662  *                 else 0.
 663  * @return up-left image corner Z position
 664  */
 665 float File::GetZOrigin()
 666 {
 667    float xImPos, yImPos, zImPos;
 668    std::string strImPos = GetEntry(0x0020,0x0032);
 669
 670    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 671    {
 672       if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3)
 673       {
 674          gdcmVerboseMacro( "Wrong Image Position Patient (0020,0032)");
 675          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 676       }
 677       else
 678       {
 679          return zImPos;
 680       }
 681    }
 682
 683    strImPos = GetEntry(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 684    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 685    {
 686       if( sscanf( strImPos.c_str(),
 687           "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos ) != 3 )
 688       {
 689          gdcmVerboseMacro( "Wrong Image Position (RET) (0020,0030)");
 690          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 691       }
 692       else
 693       {
 694          return zImPos;
 695       }
 696    }
 697
 698    std::string strSliceLocation = GetEntry(0x0020,0x1041); // for *very* old ACR-NEMA images
 699    if ( strSliceLocation != GDCM_UNFOUND )
 700    {
 701       if( sscanf( strSliceLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 702       {
 703          gdcmVerboseMacro( "Wrong Slice Location (0020,1041)");
 704          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x1041
 705       }
 706       else
 707       {
 708          return zImPos;
 709       }
 710    }
 711    gdcmVerboseMacro( "Unfound Slice Location (0020,1041)");
 712
 713    std::string strLocation = GetEntry(0x0020,0x0050);
 714    if ( strLocation != GDCM_UNFOUND )
 715    {
 716       if( sscanf( strLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 717       {
 718          gdcmVerboseMacro( "Wrong Location (0020,0050)");
 719          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0050
 720       }
 721       else
 722       {
 723          return zImPos;
 724       }
 725    }
 726    gdcmVerboseMacro( "Unfound Location (0020,0050)");
 727
 728    return 0.; // Hopeless
 729 }
 730
 731 /**
 732  * \brief gets the info from 0020,0013 : Image Number else 0.
 733  * @return image number
 734  */
 735 int File::GetImageNumber()
 736 {
 737    // The function i atoi() takes the address of an area of memory as
 738    // parameter and converts the string stored at that location to an integer
 739    // using the external decimal to internal binary conversion rules. This may
 740    // be preferable to sscanf() since atoi() is a much smaller, simpler and
 741    // faster function. sscanf() can do all possible conversions whereas
 742    // atoi() can only do single decimal integer conversions.
 743    //0020 0013 IS REL Image Number
 744    std::string strImNumber = GetEntry(0x0020,0x0013);
 745    if ( strImNumber != GDCM_UNFOUND )
 746    {
 747       return atoi( strImNumber.c_str() );
 748    }
 749    return 0;   //Hopeless
 750 }
 751
 752 /**
 753  * \brief gets the info from 0008,0060 : Modality
 754  * @return Modality Type
 755  */
 756 ModalityType File::GetModality()
 757 {
 758    // 0008 0060 CS ID Modality
 759    std::string strModality = GetEntry(0x0008,0x0060);
 760    if ( strModality != GDCM_UNFOUND )
 761    {
 762            if ( strModality.find("AU") < strModality.length()) return AU;
 763       else if ( strModality.find("AS") < strModality.length()) return AS;
 764       else if ( strModality.find("BI") < strModality.length()) return BI;
 765       else if ( strModality.find("CF") < strModality.length()) return CF;
 766       else if ( strModality.find("CP") < strModality.length()) return CP;
 767       else if ( strModality.find("CR") < strModality.length()) return CR;
 768       else if ( strModality.find("CT") < strModality.length()) return CT;
 769       else if ( strModality.find("CS") < strModality.length()) return CS;
 770       else if ( strModality.find("DD") < strModality.length()) return DD;
 771       else if ( strModality.find("DF") < strModality.length()) return DF;
 772       else if ( strModality.find("DG") < strModality.length()) return DG;
 773       else if ( strModality.find("DM") < strModality.length()) return DM;
 774       else if ( strModality.find("DS") < strModality.length()) return DS;
 775       else if ( strModality.find("DX") < strModality.length()) return DX;
 776       else if ( strModality.find("ECG") < strModality.length()) return ECG;
 777       else if ( strModality.find("EPS") < strModality.length()) return EPS;
 778       else if ( strModality.find("FA") < strModality.length()) return FA;
 779       else if ( strModality.find("FS") < strModality.length()) return FS;
 780       else if ( strModality.find("HC") < strModality.length()) return HC;
 781       else if ( strModality.find("HD") < strModality.length()) return HD;
 782       else if ( strModality.find("LP") < strModality.length()) return LP;
 783       else if ( strModality.find("LS") < strModality.length()) return LS;
 784       else if ( strModality.find("MA") < strModality.length()) return MA;
 785       else if ( strModality.find("MR") < strModality.length()) return MR;
 786       else if ( strModality.find("NM") < strModality.length()) return NM;
 787       else if ( strModality.find("OT") < strModality.length()) return OT;
 788       else if ( strModality.find("PT") < strModality.length()) return PT;
 789       else if ( strModality.find("RF") < strModality.length()) return RF;
 790       else if ( strModality.find("RG") < strModality.length()) return RG;
 791       else if ( strModality.find("RTDOSE")   < strModality.length()) return RTDOSE;
 792       else if ( strModality.find("RTIMAGE")  < strModality.length()) return RTIMAGE;
 793       else if ( strModality.find("RTPLAN")   < strModality.length()) return RTPLAN;
 794       else if ( strModality.find("RTSTRUCT") < strModality.length()) return RTSTRUCT;
 795       else if ( strModality.find("SM") < strModality.length()) return SM;
 796       else if ( strModality.find("ST") < strModality.length()) return ST;
 797       else if ( strModality.find("TG") < strModality.length()) return TG;
 798       else if ( strModality.find("US") < strModality.length()) return US;
 799       else if ( strModality.find("VF") < strModality.length()) return VF;
 800       else if ( strModality.find("XA") < strModality.length()) return XA;
 801       else if ( strModality.find("XC") < strModality.length()) return XC;
 802
 803       else
 804       {
 805          /// \todo throw error return value ???
 806          /// specified <> unknown in our database
 807          return Unknow;
 808       }
 809    }
 810
 811    return Unknow;
 812 }
 813
 814 /**
 815  * \brief   Retrieve the number of Bits Stored (actually used)
 816  *          (as opposite to number of Bits Allocated)
 817  * @return  The encountered number of Bits Stored, 0 by default.
 818  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 819  */
 820 int File::GetBitsStored()
 821 {
 822    std::string strSize = GetEntry( 0x0028, 0x0101 );
 823    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 824    {
 825       gdcmVerboseMacro("(0028,0101) is supposed to be mandatory");
 826       return 0;  // It's supposed to be mandatory
 827                  // the caller will have to check
 828    }
 829    return atoi( strSize.c_str() );
 830 }
 831
 832 /**
 833  * \brief   Retrieve the high bit position.
 834  * \warning The method defaults to 0 when information is Missing.
 835  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 836  * @return  The high bit positin when present. 0 when Missing.
 837  */
 838 int File::GetHighBitPosition()
 839 {
 840    std::string strSize = GetEntry( 0x0028, 0x0102 );
 841    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 842    {
 843       gdcmVerboseMacro( "(0028,0102) is supposed to be mandatory");
 844       return 0;
 845    }
 846    return atoi( strSize.c_str() );
 847 }
 848
 849 /**
 850  * \brief   Check whether the pixels are signed or UNsigned data.
 851  * \warning The method defaults to false (UNsigned) when information is Missing.
 852  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 853  * @return  True when signed, false when UNsigned
 854  */
 855 bool File::IsSignedPixelData()
 856 {
 857    std::string strSize = GetEntry( 0x0028, 0x0103 );
 858    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 859    {
 860       gdcmVerboseMacro( "(0028,0103) is supposed to be mandatory");
 861       return false;
 862    }
 863    int sign = atoi( strSize.c_str() );
 864    if ( sign == 0 )
 865    {
 866       return false;
 867    }
 868    return true;
 869 }
 870
 871 /**
 872  * \brief   Retrieve the number of Bits Allocated
 873  *          (8, 12 -compacted ACR-NEMA files, 16, ...)
 874  * @return  The encountered number of Bits Allocated, 0 by default.
 875  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 876  */
 877 int File::GetBitsAllocated()
 878 {
 879    std::string strSize = GetEntry(0x0028,0x0100);
 880    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 881    {
 882       gdcmVerboseMacro( "(0028,0100) is supposed to be mandatory");
 883       return 0; // It's supposed to be mandatory
 884                 // the caller will have to check
 885    }
 886    return atoi( strSize.c_str() );
 887 }
 888
 889 /**
 890  * \brief   Retrieve the number of Samples Per Pixel
 891  *          (1 : gray level, 3 : RGB -1 or 3 Planes-)
 892  * @return  The encountered number of Samples Per Pixel, 1 by default.
 893  *          (Gray level Pixels)
 894  */
 895 int File::GetSamplesPerPixel()
 896 {
 897    const std::string& strSize = GetEntry(0x0028,0x0002);
 898    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 899    {
 900       gdcmVerboseMacro( "(0028,0002) is supposed to be mandatory");
 901       return 1; // Well, it's supposed to be mandatory ...
 902                 // but sometimes it's missing : *we* assume Gray pixels
 903    }
 904    return atoi( strSize.c_str() );
 905 }
 906
 907 /**
 908  * \brief   Check whether this a monochrome picture or not by accessing
 909  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 910  * @return  true when "MONOCHROME1" or "MONOCHROME2". False otherwise.
 911  */
 912 bool File::IsMonochrome()
 913 {
 914    const std::string& PhotometricInterp = GetEntry( 0x0028, 0x0004 );
 915    if (  Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME1")
 916       || Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME2") )
 917    {
 918       return true;
 919    }
 920    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 921    {
 922       gdcmVerboseMacro( "Not found : Photometric Interpretation (0028,0004)");
 923    }
 924    return false;
 925 }
 926
 927 /**
 928  * \brief   Check whether this a "PALETTE COLOR" picture or not by accessing
 929  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 930  * @return  true when "PALETTE COLOR". False otherwise.
 931  */
 932 bool File::IsPaletteColor()
 933 {
 934    std::string PhotometricInterp = GetEntry( 0x0028, 0x0004 );
 935    if (   PhotometricInterp == "PALETTE COLOR " )
 936    {
 937       return true;
 938    }
 939    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 940    {
 941       gdcmVerboseMacro( "Not found : Palette color (0028,0004)");
 942    }
 943    return false;
 944 }
 945
 946 /**
 947  * \brief   Check whether this a "YBR_FULL" color picture or not by accessing
 948  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 949  * @return  true when "YBR_FULL". False otherwise.
 950  */
 951 bool File::IsYBRFull()
 952 {
 953    std::string PhotometricInterp = GetEntry( 0x0028, 0x0004 );
 954    if (   PhotometricInterp == "YBR_FULL" )
 955    {
 956       return true;
 957    }
 958    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 959    {
 960       gdcmVerboseMacro( "Not found : YBR Full (0028,0004)");
 961    }
 962    return false;
 963 }
 964
 965 /**
 966  * \brief   Retrieve the Planar Configuration for RGB images
 967  *          (0 : RGB Pixels , 1 : R Plane + G Plane + B Plane)
 968  * @return  The encountered Planar Configuration, 0 by default.
 969  */
 970 int File::GetPlanarConfiguration()
 971 {
 972    std::string strSize = GetEntry(0x0028,0x0006);
 973    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 974    {
 975       gdcmVerboseMacro( "Not found : Planar Configuration (0028,0006)");
 976       return 0;
 977    }
 978    return atoi( strSize.c_str() );
 979 }
 980
 981 /**
 982  * \brief   Return the size (in bytes) of a single pixel of data.
 983  * @return  The size in bytes of a single pixel of data; 0 by default
 984  *          0 means the file is NOT USABLE; the caller will have to check
 985  */
 986 int File::GetPixelSize()
 987 {
 988    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 989    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 990    //   if (File::GetEntry(0x0028,0x0100) == "24")
 991    //      return 3;
 992
 993    std::string pixelType = GetPixelType();
 994    if ( pixelType ==  "8U" || pixelType == "8S" )
 995    {
 996       return 1;
 997    }
 998    if ( pixelType == "16U" || pixelType == "16S")
 999    {
1000       return 2;
1001    }
1002    if ( pixelType == "32U" || pixelType == "32S")
1003    {
1004       return 4;
1005    }
1006    if ( pixelType == "FD" )
1007    {
1008       return 8;
1009    }
1010    gdcmVerboseMacro( "Unknown pixel type");
1011    return 0;
1012 }
1013
1014 /**
1015  * \brief   Build the Pixel Type of the image.
1016  *          Possible values are:
1017  *          - 8U  unsigned  8 bit,
1018  *          - 8S    signed  8 bit,
1019  *          - 16U unsigned 16 bit,
1020  *          - 16S   signed 16 bit,
1021  *          - 32U unsigned 32 bit,
1022  *          - 32S   signed 32 bit,
1023  *          - FD floating double 64 bits (Not kosher DICOM, but so usefull!)
1024  * \warning 12 bit images appear as 16 bit.
1025  *          24 bit images appear as 8 bit
1026  * @return  0S if nothing found. NOT USABLE file. The caller has to check
1027  */
1028 std::string File::GetPixelType()
1029 {
1030    std::string bitsAlloc = GetEntry(0x0028, 0x0100); // Bits Allocated
1031    if ( bitsAlloc == GDCM_UNFOUND )
1032    {
1033       gdcmVerboseMacro( "Missing  Bits Allocated (0028,0100)");
1034       bitsAlloc = "16"; // default and arbitrary value, not to polute the output
1035    }
1036
1037    if ( bitsAlloc == "64" )
1038    {
1039       return "FD";
1040    }
1041    else if ( bitsAlloc == "12" )
1042    {
1043       // It will be unpacked
1044       bitsAlloc = "16";
1045    }
1046    else if ( bitsAlloc == "24" )
1047    {
1048       // (in order no to be messed up
1049       bitsAlloc = "8";  // by old RGB images)
1050    }
1051
1052    std::string sign = GetEntry(0x0028, 0x0103);//"Pixel Representation"
1053
1054    if (sign == GDCM_UNFOUND )
1055    {
1056       gdcmVerboseMacro( "Missing Pixel Representation (0028,0103)");
1057       sign = "U"; // default and arbitrary value, not to polute the output
1058    }
1059    else if ( sign == "0" )
1060    {
1061       sign = "U";
1062    }
1063    else
1064    {
1065       sign = "S";
1066    }
1067    return bitsAlloc + sign;
1068 }
1069
1070
1071 /**
1072  * \brief   Recover the offset (from the beginning of the file)
1073  *          of *image* pixels (not *icone image* pixels, if any !)
1074  * @return Pixel Offset
1075  */
1076 size_t File::GetPixelOffset()
1077 {
1078    DocEntry* pxlElement = GetDocEntry(GrPixel,NumPixel);
1079    if ( pxlElement )
1080    {
1081       return pxlElement->GetOffset();
1082    }
1083    else
1084    {
1085 #ifdef GDCM_DEBUG
1086       std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
1087                 << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
1088                 << std::endl;
1089 #endif //GDCM_DEBUG
1090       return 0;
1091    }
1092 }
1093
1094 /// \todo TODO : unify those two (previous one and next one)
1095 /**
1096  * \brief   Recover the pixel area length (in Bytes)
1097  * @return Pixel Element Length, as stored in the header
1098  *         (NOT the memory space necessary to hold the Pixels
1099  *          -in case of embeded compressed image-)
1100  *         0 : NOT USABLE file. The caller has to check.
1101  */
1102 size_t File::GetPixelAreaLength()
1103 {
1104    DocEntry* pxlElement = GetDocEntry(GrPixel,NumPixel);
1105    if ( pxlElement )
1106    {
1107       return pxlElement->GetLength();
1108    }
1109    else
1110    {
1111 #ifdef GDCM_DEBUG
1112       std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
1113                 << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
1114                 << std::endl;
1115 #endif //GDCM_DEBUG
1116       return 0;
1117    }
1118 }
1119
1120 /**
1121   * \brief tells us if LUT are used
1122   * \warning Right now, 'Segmented xxx Palette Color Lookup Table Data'
1123   *          are NOT considered as LUT, since nobody knows
1124   *          how to deal with them
1125   *          Please warn me if you know sbdy that *does* know ... jprx
1126   * @return true if LUT Descriptors and LUT Tables were found
1127   */
1128 bool File::HasLUT()
1129 {
1130    // Check the presence of the LUT Descriptors, and LUT Tables
1131    // LutDescriptorRed
1132    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1101) )
1133    {
1134       return false;
1135    }
1136    // LutDescriptorGreen
1137    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1102) )
1138    {
1139       return false;
1140    }
1141    // LutDescriptorBlue
1142    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1103) )
1143    {
1144       return false;
1145    }
1146    // Red Palette Color Lookup Table Data
1147    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1201) )
1148    {
1149       return false;
1150    }
1151    // Green Palette Color Lookup Table Data
1152    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1202) )
1153    {
1154       return false;
1155    }
1156    // Blue Palette Color Lookup Table Data
1157    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1203) )
1158    {
1159       return false;
1160    }
1161
1162    // FIXME : (0x0028,0x3006) : LUT Data (CTX dependent)
1163    //         NOT taken into account, but we don't know how to use it ...
1164    return true;
1165 }
1166
1167 /**
1168   * \brief gets the info from 0028,1101 : Lookup Table Desc-Red
1169   *             else 0
1170   * @return Lookup Table number of Bits , 0 by default
1171   *          when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
1172   * @ return bit number of each LUT item
1173   */
1174 int File::GetLUTNbits()
1175 {
1176    std::vector<std::string> tokens;
1177    int lutNbits;
1178
1179    //Just hope Lookup Table Desc-Red = Lookup Table Desc-Red
1180    //                                = Lookup Table Desc-Blue
1181    // Consistency already checked in GetLUTLength
1182    std::string lutDescription = GetEntry(0x0028,0x1101);
1183    if ( lutDescription == GDCM_UNFOUND )
1184    {
1185       return 0;
1186    }
1187
1188    tokens.clear(); // clean any previous value
1189    Util::Tokenize ( lutDescription, tokens, "\\" );
1190    //LutLength=atoi(tokens[0].c_str());
1191    //LutDepth=atoi(tokens[1].c_str());
1192
1193    lutNbits = atoi( tokens[2].c_str() );
1194    tokens.clear();
1195
1196    return lutNbits;
1197 }
1198
1199
1200 //-----------------------------------------------------------------------------
1201 // Protected
1202
1203 /**
1204  * \brief anonymize a File (removes Patient's personal info)
1205  *        (read the code to see which ones ...)
1206  */
1207 bool File::AnonymizeFile()
1208 {
1209    // If exist, replace by spaces
1210    SetEntry ("  ",0x0010, 0x2154); // Telephone
1211    SetEntry ("  ",0x0010, 0x1040); // Adress
1212    SetEntry ("  ",0x0010, 0x0020); // Patient ID
1213
1214    DocEntry* patientNameHE = GetDocEntry (0x0010, 0x0010);
1215
1216    if ( patientNameHE ) // we replace it by Study Instance UID (why not)
1217    {
1218       std::string studyInstanceUID =  GetEntry (0x0020, 0x000d);
1219       if ( studyInstanceUID != GDCM_UNFOUND )
1220       {
1221          ReplaceOrCreate(studyInstanceUID, 0x0010, 0x0010);
1222       }
1223       else
1224       {
1225          ReplaceOrCreate("anonymised", 0x0010, 0x0010);
1226       }
1227    }
1228
1229   // Just for fun :-(
1230   // (if any) remove or replace all the stuff that contains a Date
1231
1232 //0008 0012 DA ID Instance Creation Date
1233 //0008 0020 DA ID Study Date
1234 //0008 0021 DA ID Series Date
1235 //0008 0022 DA ID Acquisition Date
1236 //0008 0023 DA ID Content Date
1237 //0008 0024 DA ID Overlay Date
1238 //0008 0025 DA ID Curve Date
1239 //0008 002a DT ID Acquisition Datetime
1240 //0018 9074 DT ACQ Frame Acquisition Datetime
1241 //0018 9151 DT ACQ Frame Reference Datetime
1242 //0018 a002 DT ACQ Contribution Date Time
1243 //0020 3403 SH REL Modified Image Date (RET)
1244 //0032 0032 DA SDY Study Verified Date
1245 //0032 0034 DA SDY Study Read Date
1246 //0032 1000 DA SDY Scheduled Study Start Date
1247 //0032 1010 DA SDY Scheduled Study Stop Date
1248 //0032 1040 DA SDY Study Arrival Date
1249 //0032 1050 DA SDY Study Completion Date
1250 //0038 001a DA VIS Scheduled Admission Date
1251 //0038 001c DA VIS Scheduled Discharge Date
1252 //0038 0020 DA VIS Admitting Date
1253 //0038 0030 DA VIS Discharge Date
1254 //0040 0002 DA PRC Scheduled Procedure Step Start Date
1255 //0040 0004 DA PRC Scheduled Procedure Step End Date
1256 //0040 0244 DA PRC Performed Procedure Step Start Date
1257 //0040 0250 DA PRC Performed Procedure Step End Date
1258 //0040 2004 DA PRC Issue Date of Imaging Service Request
1259 //0040 4005 DT PRC Scheduled Procedure Step Start Date and Time
1260 //0040 4011 DT PRC Expected Completion Date and Time
1261 //0040 a030 DT PRC Verification Date Time
1262 //0040 a032 DT PRC Observation Date Time
1263 //0040 a120 DT PRC DateTime
1264 //0040 a121 DA PRC Date
1265 //0040 a13a DT PRC Referenced Datetime
1266 //0070 0082 DA ??? Presentation Creation Date
1267 //0100 0420 DT ??? SOP Autorization Date and Time
1268 //0400 0105 DT ??? Digital Signature DateTime
1269 //2100 0040 DA PJ Creation Date
1270 //3006 0008 DA SSET Structure Set Date
1271 //3008 0024 DA ??? Treatment Control Point Date
1272 //3008 0054 DA ??? First Treatment Date
1273 //3008 0056 DA ??? Most Recent Treatment Date
1274 //3008 0162 DA ??? Safe Position Exit Date
1275 //3008 0166 DA ??? Safe Position Return Date
1276 //3008 0250 DA ??? Treatment Date
1277 //300a 0006 DA RT RT Plan Date
1278 //300a 022c DA RT Air Kerma Rate Reference Date
1279 //300e 0004 DA RT Review Date
1280
1281    return true;
1282 }
1283
1284 /**
1285   * \brief gets the info from 0020,0037 : Image Orientation Patient
1286   * @param iop adress of the (6)float aray to receive values
1287   * @return cosines of image orientation patient
1288   */
1289 void File::GetImageOrientationPatient( float iop[6] )
1290 {
1291    std::string strImOriPat;
1292    //iop is supposed to be float[6]
1293    iop[0] = iop[1] = iop[2] = iop[3] = iop[4] = iop[5] = 0.;
1294
1295    // 0020 0037 DS REL Image Orientation (Patient)
1296    if ( (strImOriPat = GetEntry(0x0020,0x0037)) != GDCM_UNFOUND )
1297    {
1298       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
1299           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
1300       {
1301          gdcmVerboseMacro( "Wrong Image Orientation Patient (0020,0037). Less than 6 values were found." );
1302       }
1303    }
1304    //For ACR-NEMA
1305    // 0020 0035 DS REL Image Orientation (RET)
1306    else if ( (strImOriPat = GetEntry(0x0020,0x0035)) != GDCM_UNFOUND )
1307    {
1308       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
1309           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
1310       {
1311          gdcmVerboseMacro( "wrong Image Orientation Patient (0020,0035). Less than 6 values were found." );
1312       }
1313    }
1314 }
1315
1316 /**
1317  * \brief Initialize a default DICOM File that should contain all the
1318  *        field require by other reader. DICOM standard does not
1319  *        explicitely defines those fields, heuristic has been choosen.
1320  *        This is not perfect as we are writting a CT image...
1321  */
1322 void File::InitializeDefaultFile()
1323 {
1324    typedef struct
1325    {
1326       const char *value;
1327       uint16_t group;
1328       uint16_t elem;
1329    } DICOM_DEFAULT_VALUE;
1330
1331    std::string date = Util::GetCurrentDate();
1332    std::string time = Util::GetCurrentTime();
1333    std::string uid  = Util::CreateUniqueUID();
1334    std::string uidMedia = uid;
1335    std::string uidClass = uid + ".1";
1336    std::string uidInst  = uid + ".10";
1337    std::string uidStudy = uid + ".100";
1338    std::string uidSerie = uid + ".1000";
1339
1340    static DICOM_DEFAULT_VALUE defaultvalue[] = {
1341     { "146 ",                      0x0002, 0x0000}, // Meta Element Group Length // FIXME: how to recompute ?
1342     { "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0002, 0x0002}, // Media Storage SOP Class UID (CT Image Storage)
1343     { uidClass.c_str(),            0x0002, 0x0003}, // Media Storage SOP Instance UID
1344     { "1.2.840.10008.1.2.1 ",      0x0002, 0x0010}, // Transfer Syntax UID (Explicit VR Little Endian)
1345     { uidClass.c_str(),            0x0002, 0x0012}, // META Implementation Class UID
1346     { "GDCM",                      0x0002, 0x0016}, // Source Application Entity Title
1347
1348     { date.c_str(),                0x0008, 0x0012}, // Instance Creation Date
1349     { time.c_str(),                0x0008, 0x0013}, // Instance Creation Time
1350     { "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0008, 0x0016}, // SOP Class UID
1351     { uidInst.c_str(),             0x0008, 0x0018}, // SOP Instance UID
1352     { "CT",                        0x0008, 0x0060}, // Modality
1353     { "GDCM",                      0x0008, 0x0070}, // Manufacturer
1354     { "GDCM",                      0x0008, 0x0080}, // Institution Name
1355     { "http://www-creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm", 0x0008, 0x0081},  // Institution Address
1356
1357     { "GDCM",                      0x0010, 0x0010}, // Patient's Name
1358     { "GDCMID",                    0x0010, 0x0020}, // Patient ID
1359
1360     { uidStudy.c_str(),            0x0020, 0x000d}, // Study Instance UID
1361     { uidSerie.c_str(),            0x0020, 0x000e}, // Series Instance UID
1362     { "1",                         0x0020, 0x0010}, // StudyID
1363     { "1",                         0x0020, 0x0011}, // SeriesNumber
1364
1365     { "1",                         0x0028, 0x0002}, // Samples per pixel 1 or 3
1366     { "MONOCHROME1",               0x0028, 0x0004}, // photochromatic interpretation
1367     { "0",                         0x0028, 0x0010}, // nbRows
1368     { "0",                         0x0028, 0x0011}, // nbCols
1369     { "8",                         0x0028, 0x0100}, // BitsAllocated 8 or 12 or 16
1370     { "8",                         0x0028, 0x0101}, // BitsStored    <= BitsAllocated
1371     { "7",                         0x0028, 0x0102}, // HighBit       <= BitsAllocated - 1
1372     { "0",                         0x0028, 0x0103}, // Pixel Representation 0(unsigned) or 1(signed)
1373     { 0, 0, 0 }
1374    };
1375
1376    // default value
1377    // Special case this is the image (not a string)
1378    GrPixel = 0x7fe0;
1379    NumPixel = 0x0010;
1380    ReplaceOrCreate(0, 0, GrPixel, NumPixel);
1381
1382    // All remaining strings:
1383    unsigned int i = 0;
1384    DICOM_DEFAULT_VALUE current = defaultvalue[i];
1385    while( current.value )
1386    {
1387       ReplaceOrCreate(current.value, current.group, current.elem);
1388       current = defaultvalue[++i];
1389    }
1390 }
1391
1392
1393 //-----------------------------------------------------------------------------
1394 // Private
1395
1396 //-----------------------------------------------------------------------------
1397
1398 } // end namespace gdcm