src/gdcmFile.cxx

   1 // gdcmFile.cxx
   2
   3 #include "gdcmFile.h"
   4 #include "gdcmUtil.h"
   5 #include "jpeg/ljpg/jpegless.h"
   6
   7 /////////////////////////////////////////////////////////////////
   8 /**
   9  * \ingroup   gdcmFile
  10  * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
  11  *        file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
  12  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  13  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  14  * \Note  the in-memory representation of all available tags found in
  15  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  16  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  17  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  18  *        seen as a side effect).
  19  *
  20  * @param filename file to be opened for parsing
  21  *
  22  * @return
  23  */
  24
  25 gdcmFile::gdcmFile(std::string & filename)
  26         :gdcmHeader(filename.c_str())
  27 {
  28       if (IsReadable())
  29          SetPixelDataSizeFromHeader();
  30 }
  31
  32 gdcmFile::gdcmFile(const char * filename)
  33         :gdcmHeader(filename)
  34 {
  35    if (IsReadable())
  36       SetPixelDataSizeFromHeader();
  37 }
  38
  39 /**
  40  * \ingroup   gdcmFile
  41  * \brief     calcule la longueur (in bytes) A ALLOUER pour recevoir les
  42  *            pixels de l'image ou DES images dans le cas d'un multiframe
  43  *
  44  *          ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels
  45  *          (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens).
  46  *
  47  * @return      longueur a allouer
  48  */
  49 void gdcmFile::SetPixelDataSizeFromHeader(void) {
  50    int nb;
  51    std::string str_nb;
  52
  53    str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
  54    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
  55       nb = 16;
  56    } else {
  57       nb = atoi(str_nb.c_str() );
  58       if (nb == 12) nb =16;
  59    }
  60    lgrTotale =  GetXSize() *  GetYSize() *  GetZSize()
  61               * (nb/8)* GetSamplesPerPixel();
  62    std::string str_PhotometricInterpretation =
  63                              gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
  64    if ( str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR " ) {
  65       lgrTotale*=3;
  66    }
  67 }
  68    // see PS 3.3-2003 : C.7.6.3.2.1
  69    //
  70    //   MONOCHROME1
  71    //   MONOCHROME2
  72    //   PALETTE COLOR
  73    //   RGB
  74    //   HSV  (Retired)
  75    //   ARGB (Retired)
  76    //   CMYK (Retired)
  77    //   YBR_FULL
  78    //   YBR_FULL_422 (no LUT, no Palette)
  79    //   YBR_PARTIAL_422
  80    //   YBR_ICT
  81    //   YBR_RCT
  82
  83   // LUT's
  84   // ex : gdcm-US-ALOKA-16.dcm
  85   // 0028|1221 [OW]   [Segmented Red Palette Color Lookup Table Data]
  86   // 0028|1222 [OW]   [Segmented Green Palette Color Lookup Table Data]
  87   // 0028|1223 [OW]   [Segmented Blue Palette Color Lookup Table Data]
  88
  89   // ex : US-PAL-8-10x-echo.dcm, 8BitsRunLengthColor.dcm
  90   // 0028|1201 [OW]   [Red Palette Color Lookup Table Data]
  91   // 0028|1202 [OW]   [Green Palette Color Lookup Table Data]
  92   // 0028|1203 [OW]   [Blue Palette Color Lookup Table Data]
  93
  94   // ex  : OT-PAL-8-face.dcm
  95   // 0028|1201 [US]   [Red Palette Color Lookup Table Data]
  96   // 0028|1202 [US]   [Green Palette Color Lookup Table Data]
  97   // 0028|1203 [US]   [Blue Palette Color Lookup Table Data]
  98
  99
 100 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 101 /**
 102  * \ingroup   gdcmFile
 103  * \brief     Returns the size (in bytes) of required memory to hold
 104  *            the pixel data represented in this file.
 105  * @return    The size of pixel data in bytes.
 106  */
 107
 108 size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) {
 109    return (lgrTotale);
 110 }
 111
 112
 113 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 114 /**
 115  * \ingroup gdcmFile
 116  * \brief   Read pixel data from disk (optionaly decompressing) into the
 117  *          caller specified memory location.
 118  * @param   destination where the pixel data should be stored.
 119  *
 120  */
 121 bool gdcmFile::ReadPixelData(void* destination) {
 122
 123    if ( !OpenFile())
 124       return false;
 125
 126     if ( fseek(fp, GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) {
 127       CloseFile();
 128       return false;
 129    }
 130
 131 // -------------------------  Compacted File (12 Bits Per Pixel)
 132
 133    /* unpack 12 Bits pixels into 16 Bits pixels */
 134    /* 2 pixels 12bit =     [0xABCDEF]           */
 135    /* 2 pixels 16bit = [0x0ABD] + [0x0FCE]      */
 136
 137    if (GetBitsAllocated()==12) {
 138       int nbPixels = GetXSize()*GetYSize();
 139       unsigned char b0, b1, b2;
 140
 141       for(int p=0;p<nbPixels;p+=2) {
 142          fread(&b0,1,1,fp);
 143          fread(&b1,1,1,fp);
 144          fread(&b2,1,1,fp);
 145          *((unsigned short int*)destination)++ =
 146                     ((b0 >> 4) << 8) + ((b0 & 0x0f) << 4) + (b1 & 0x0f);
 147                        /* A */          /* B */            /* D */
 148          *((unsigned short int*)destination)++ =
 149                     ((b2 & 0x0f) << 8) + ((b1 >> 4) << 4) + (b2 >> 4);
 150                        /* F */          /* C */            /* E */
 151
 152         // Troubles expected on Big-Endian processors ?
 153       }
 154       return(true);
 155    }
 156
 157
 158 // -------------------------  Uncompressed File
 159
 160    if ( !IsDicomV3()                             ||
 161         IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 162         IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 163         IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax()    ||
 164         IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ) {
 165
 166       size_t ItemRead = fread(destination, lgrTotale, 1, fp);
 167       if ( ItemRead != 1 ) {
 168          CloseFile();
 169          return false;
 170       } else {
 171          CloseFile();
 172          return true;
 173       }
 174    }
 175
 176
 177 // ------------------------- Run Length Encoding
 178
 179       if (gdcmHeader::IsRLELossLessTransferSyntax()) {
 180             int res = (bool)gdcm_read_RLE_file (destination);
 181             return res;
 182       }
 183
 184
 185
 186 // ----------------- SingleFrame/Multiframe JPEG Lossless/Lossy/2000
 187
 188       int nb;
 189       std::string str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 190       if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 191          nb = 16;
 192       } else {
 193          nb = atoi(str_nb.c_str() );
 194          if (nb == 12) nb =16;  // ?? 12 should be ACR-NEMA only ?
 195       }
 196       int nBytes= nb/8;
 197
 198       int taille = GetXSize() *  GetYSize()  * GetSamplesPerPixel();
 199       long fragmentBegining; // for ftell, fseek
 200
 201       bool jpg2000 =     IsJPEG2000();
 202       bool jpgLossless = IsJPEGLossless();
 203
 204       bool res = true;
 205       guint16 ItemTagGr,ItemTagEl;
 206       int ln;
 207
 208          //  Position on begining of Jpeg Pixels
 209
 210       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 211       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 212       if(GetSwapCode()) {
 213          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 214          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 215       }
 216       fread(&ln,4,1,fp);
 217       if(GetSwapCode())
 218          ln=SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item length
 219
 220       if (ln != 0) {
 221          // What is it used for ?!?
 222          char *BasicOffsetTableItemValue = (char *)malloc(ln+1);
 223          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
 224       }
 225
 226       // first Fragment initialisation
 227       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 228       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 229       if(GetSwapCode()) {
 230          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 231          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 232       }
 233
 234       // parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 235
 236       while (  ( ItemTagGr == 0xfffe) && (ItemTagEl != 0xe0dd) ) {
 237
 238                         // --- for each Fragment
 239
 240          fread(&ln,4,1,fp);
 241          if(GetSwapCode())
 242             ln=SwapLong(ln);    // Fragment Item length
 243
 244          fragmentBegining=ftell(fp);
 245
 246          if (jpg2000) {          // JPEG 2000 :    call to ???
 247
 248             res = (bool)gdcm_read_JPEG2000_file (destination);  // Not Yet written
 249
 250          } // ------------------------------------- endif (JPEG2000)
 251
 252          else if (jpgLossless) { // JPEG LossLess : call to xmedcom JPEG
 253
 254             JPEGLosslessDecodeImage (fp,                         // Reading Fragment pixels
 255                                      (unsigned short *)destination,
 256                                      GetPixelSize()*8* GetSamplesPerPixel(),
 257                                      ln);
 258             res=1; // in order not to break the loop
 259
 260          } // ------------------------------------- endif (JPEGLossless)
 261
 262          else {                   // JPEG Lossy : call to IJG 6b
 263
 264             if  (GetBitsStored() == 8) {
 265                 res = (bool)gdcm_read_JPEG_file (destination);  // Reading Fragment pixels
 266             } else {
 267                 res = (bool)gdcm_read_JPEG_file12 (destination);// Reading Fragment pixels
 268             }
 269          }  // ------------------------------------- endif (JPEGLossy)
 270
 271          if (!res) break;
 272
 273          destination = (char *)destination + taille * nBytes; // location in user's memory
 274                                                               // for next fragment (if any)
 275
 276          fseek(fp,fragmentBegining,SEEK_SET); // To be sure we start
 277          fseek(fp,ln,SEEK_CUR);               // at the begining of next fragment
 278
 279          ItemTagGr = ItemTagEl =0;
 280          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 281          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 282          if(GetSwapCode()) {
 283             ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 284             ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 285          }
 286
 287       }     // endWhile parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 288
 289       return res;
 290 }
 291
 292 /**
 293  * \ingroup gdcmFile
 294  * \brief   Allocates necessary memory, copies the pixel data
 295  *          (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 296  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 297  * \        NULL if alloc fails
 298  */
 299 void * gdcmFile::GetImageData (void) {
 300    PixelData = (void *) malloc(lgrTotale);
 301    if (PixelData)
 302       GetImageDataIntoVector(PixelData, lgrTotale);
 303    return(PixelData);
 304 }
 305
 306 /**
 307  * \ingroup gdcmFile
 308  * \brief   Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller's
 309  *          memory space.
 310  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 311  *          pixel data should be copied
 312  * @param   MaxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 313  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 314  *          executed (i.e. no partial copy).
 315  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 316  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 317  */
 318
 319 size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) {
 320
 321    int nb, nbu, highBit, signe;
 322    std::string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
 323
 324    if ( lgrTotale > MaxSize ) {
 325       dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
 326                      "than caller's expected MaxSize");
 327       return (size_t)0;
 328    }
 329
 330    (void)ReadPixelData(destination);
 331
 332         // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
 333    str_nb = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 334    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 335       nb = 16;
 336    } else {
 337       nb = atoi(str_nb.c_str() );
 338    }
 339
 340         // Nombre de Bits Utilises
 341    str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
 342    if (str_nbu == GDCM_UNFOUND ) {
 343       nbu = nb;
 344    } else {
 345       nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
 346    }
 347
 348         // Position du Bit de Poids Fort
 349    str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
 350    if (str_highBit == GDCM_UNFOUND ) {
 351       highBit = nb - 1;
 352    } else {
 353       highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
 354    }
 355
 356         // Signe des Pixels
 357         // 0 = Unsigned
 358         // 1 = Signed
 359    str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
 360    if (str_signe == GDCM_UNFOUND ) {
 361       signe = 0;  // default is unsigned
 362    } else {
 363       signe = atoi(str_signe.c_str() );
 364    }
 365
 366    // re arange bytes inside the integer
 367    if (nb != 8)
 368      SwapZone(destination, GetSwapCode(), lgrTotale, nb);
 369
 370    // to avoid pb with some xmedcon breakers images
 371    if (nb==16 && nbu<nb && signe==0) {
 372      int l = (int)lgrTotale / (nb/8);
 373      guint16 *deb = (guint16 *)destination;
 374      for(int i = 0; i<l; i++) {
 375         if(*deb == 0xffff)
 376            *deb=0;
 377            deb++;
 378          }
 379     }
 380
 381    // re arange bits inside the bytes
 382    if (nbu != nb){
 383       int l = (int)lgrTotale / (nb/8);
 384       if (nb == 16) {
 385          guint16 mask = 0xffff;
 386          mask = mask >> (nb-nbu);
 387          guint16 *deb = (guint16 *)destination;
 388          for(int i = 0; i<l; i++) {
 389             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 390             deb ++;
 391          }
 392       } else if (nb == 32 ) {
 393          guint32 mask = 0xffffffff;
 394          mask = mask >> (nb-nbu);
 395          guint32 *deb = (guint32 *)destination;
 396          for(int i = 0; i<l; i++) {
 397             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 398             deb ++;
 399          }
 400       } else {
 401          dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: wierd image");
 402          return (size_t)0;
 403       }
 404    }
 405
 406
 407 // Just to 'see' was was actually read on disk :-(
 408 // Some troubles expected
 409
 410    // *Try* to deal with the color
 411    // ----------------------------
 412
 413        std::string str_PhotometricInterpretation =
 414                  gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
 415
 416       if ( (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME1 ")
 417         || (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME2 ") ) {
 418          return lgrTotale;
 419       }
 420
 421    // Planar configuration = 0 : Pixels are already RGB
 422    // Planar configuration = 1 : 3 planes : R, G, B
 423    // Planar configuration = 2 : 1 gray Plane + 3 LUT
 424
 425    // Well ... supposed to be !
 426    // See US-PAL-8-10x-echo.dcm: PlanarConfiguration=0,
 427    //                            PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR
 428    // and heuristic has to be found :-(
 429
 430       int planConf=GetPlanarConfiguration();  // 0028,0006
 431
 432       // Whatever Planar Configuration is,
 433       // "PALETTE COLOR " implies that we deal with the palette.
 434       if (str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ")
 435          planConf=2;
 436
 437       switch (planConf) {
 438       case 0:
 439          //       Pixels are already RGB
 440          break;
 441
 442       case 1:
 443
 444          {
 445          if (str_PhotometricInterpretation == "YBR_FULL") { // Warning : YBR_FULL_422 acts as RGB (?!)
 446
 447          //       need to make RGB Pixels from Planes Y,cB,cR
 448          // see http://lestourtereaux.free.fr/papers/data/yuvrgb.pdf
 449          // for code optimisation
 450
 451             int l = GetXSize()*GetYSize();
 452             int nbFrames = GetZSize();
 453
 454             unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 455             unsigned char *x  = newDest;
 456             unsigned char * a = (unsigned char *)destination;
 457             unsigned char * b = a + l;
 458             unsigned char * c = b + l;
 459
 460             double R,G,B;
 461
 462             // TODO : Replace by the 'well known'
 463             //        integer computation counterpart
 464             for (int i=0;i<nbFrames;i++) {
 465                for (int j=0;j<l; j++) {
 466                   R= 1.164 *(*a-16) + 1.596 *(*c -128) + 0.5;
 467                   G= 1.164 *(*a-16) - 0.813 *(*c -128) - 0.392 *(*b -128) + 0.5;
 468                   B= 1.164 *(*a-16) + 2.017 *(*b -128) + 0.5;
 469
 470                   if (R<0.0)   R=0.0;
 471                   if (G<0.0)   G=0.0;
 472                   if (B<0.0)   B=0.0;
 473                   if (R>255.0) R=255.0;
 474                   if (G>255.0) G=255.0;
 475                   if (B>255.0) B=255.0;
 476
 477                   *(x++) = (unsigned char)R;
 478                   *(x++) = (unsigned char)G;
 479                   *(x++) = (unsigned char)B;
 480                   a++; b++; c++;
 481                }
 482            }
 483             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 484             free(newDest);
 485
 486         } else {
 487
 488          //       need to make RGB Pixels from Planes R,G,B
 489
 490             int l = GetXSize()*GetYSize();
 491             int nbFrames = GetZSize();
 492
 493             char * newDest = (char*) malloc(lgrTotale);
 494             char *x  = newDest;
 495             char * a = (char *)destination;
 496             char * b = a + l;
 497             char * c = b + l;
 498
 499                // TODO :
 500                // any trick not to have to allocate temporary buffer is welcome ...
 501
 502             for (int i=0;i<nbFrames;i++) {
 503                for (int j=0;j<l; j++) {
 504                   *(x++) = *(a++);
 505                   *(x++) = *(b++);
 506                   *(x++) = *(c++);
 507                }
 508             }
 509             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 510             free(newDest);
 511         }
 512
 513          break;
 514        }
 515
 516        case 2:
 517          //       from Lut R + Lut G + Lut B
 518
 519          // we no longer use gdcmHeader::GetLUTRGB
 520          // since a lot of images have strange info
 521          // in the Lookup Table Descriptors (0028,1101),...
 522          {
 523          unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 524          unsigned char * a = (unsigned char *)destination;
 525
 526          unsigned char *lutR =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1201);
 527          unsigned char *lutG =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1202);
 528          unsigned char *lutB =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1203);
 529
 530          if (lutR && lutG && lutB ) { // need to make RGB Pixels
 531                                       // from grey Pixels
 532                                       // and Lut R,Lut G,Lut B
 533
 534             unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 535             int l = lgrTotale/3;
 536             memmove(newDest, destination, l);// move Gray pixels to temp area
 537
 538             int j;
 539                // See PS 3.3-2003 C.11.1.1.2 p 619
 540                //
 541             int mult;
 542             if (GetLUTNbits()==16 && nb==8) mult=2; // See PS 3.3
 543             else mult=1;
 544
 545             // if we get a black image, let's just remove the '+1'
 546             // and check again
 547             // if it works, we shall have to check the 3 Palettes
 548             // to see which byte is ==0 (first one, or second one)
 549
 550             for (int i=0;i<l; i++) {
 551                j=newDest[i]*mult +1;
 552                *a++ = lutR[j];
 553                *a++ = lutG[j];
 554                *a++ = lutB[j];
 555             }
 556
 557             free(newDest);
 558
 559          } else {
 560              // need to make RGB Pixels (?)
 561              // from grey Pixels (?!)
 562              // and Gray Lut  (!?!)
 563              //unsigned char *lutGray =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1200);
 564
 565                              // Well . I'll wait till I find such an image
 566
 567              // or Segmented Green Palette Color Lookup Table Data and so on
 568
 569                             // Oops! I get one (gdcm-US-ALOKA-16.dcm)
 570                             // No idea how to manage it :-(
 571                             // Segmented xxx Palette Color are *more* than 65535 long ?!?
 572
 573             // WARNING : quick and dirty trick to produce a single plane Grey image
 574             // See also  gdcmHeaderHelper::GetNumberOfScalarComponents()
 575                     lgrTotale /=3;
 576                     return lgrTotale;
 577             // end of dirty trick
 578          }
 579          break;
 580       }
 581    }
 582
 583             // now, it's an RGB image
 584             // Lets's write it in the Header
 585
 586          // CreateOrReplaceIfExist ?
 587
 588    std::string spp = "3";        // Samples Per Pixel
 589    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 590    std::string rgb="RGB ";       // Photometric Interpretation
 591    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 592    std::string planConfig = "0"; // Planar Configuration
 593    gdcmHeader::SetPubElValByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
 594
 595          // + Drop Palette Color ?
 596
 597    return lgrTotale;
 598 }
 599
 600 //
 601 // Je laisse le code integral, au cas ça puisse etre reutilise ailleurs
 602 //
 603
 604 /**
 605  * \ingroup gdcmFile
 606  * \brief   Swap the bytes, according to swap code.
 607  * \warning not end user intended
 608  * @param   im area to deal with
 609  * @param   swap swap code
 610  * @param   lgr Area Length
 611  * @param   nb Pixels Bit number
 612  */
 613
 614 void gdcmFile::SwapZone(void* im, int swap, int lgr, int nb) {
 615 guint32 s32;
 616 guint16 fort,faible;
 617 int i;
 618
 619 if(nb == 16)
 620    switch(swap) {
 621       case 0:
 622       case 12:
 623       case 1234:
 624          break;
 625
 626       case 21:
 627       case 3412:
 628       case 2143:
 629       case 4321:
 630
 631          for(i=0;i<lgr;i++)
 632             ((unsigned short int*)im)[i]= ((((unsigned short int*)im)[i])>>8)
 633                                         | ((((unsigned short int*)im)[i])<<8);
 634          break;
 635
 636       default:
 637          printf("valeur de SWAP (16 bits) not allowed : %d\n", swap);
 638    }
 639
 640 if( nb == 32 )
 641    switch (swap) {
 642       case 0:
 643       case 1234:
 644          break;
 645
 646       case 4321:
 647          for(i=0;i<lgr;i++) {
 648             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 4321 */
 649             fort  =((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 650             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 651             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 652             s32=faible;
 653             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 654          }
 655          break;
 656
 657       case 2143:
 658          for(i=0;i<lgr;i++) {
 659             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 2143 */
 660             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 661             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 662             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 663             s32=fort;
 664             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|faible;
 665          }
 666          break;
 667
 668       case 3412:
 669          for(i=0;i<lgr;i++) {
 670             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 3412 */
 671             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 672             s32=faible;
 673             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 674          }
 675          break;
 676
 677       default:
 678          printf(" SWAP value (32 bits) not allowed : %d\n", swap);
 679    }
 680 return;
 681 }
 682
 683 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 684 /**
 685  * \ingroup   gdcmFile
 686  * \brief TODO JPR
 687  * \warning doit-etre etre publique ?
 688  * TODO : y a-t-il un inconvenient à fusioner ces 2 fonctions
 689  *
 690  * @param inData
 691  * @param ExpectedSize
 692  *
 693  * @return integer acts as a boolean
 694  */
 695 int gdcmFile::SetImageData(void * inData, size_t ExpectedSize) {
 696    SetImageDataSize(ExpectedSize);
 697    PixelData = inData;
 698    lgrTotale = ExpectedSize;
 699    return(1);
 700 }
 701
 702
 703 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 704 /**
 705  * \ingroup   gdcmFile
 706  * \brief Sets the Pixel Area size in the Header
 707  *        --> not-for-rats function
 708  *
 709  * \warning WARNING doit-etre etre publique ?
 710  * TODO : y aurait il un inconvenient à fusionner ces 2 fonctions
 711  *
 712  * @param ImageDataSize new Pixel Area Size
 713  *        warning : nothing else is checked
 714  */
 715
 716 void gdcmFile::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize) {
 717    std::string content1;
 718    char car[20];
 719    // Assumes ElValue (0x7fe0, 0x0010) exists ...
 720    sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
 721
 722    gdcmElValue*a = GetElValueByNumber(0x7fe0, 0x0010);
 723    a->SetLength(ImageDataSize);
 724
 725    ImageDataSize+=8;
 726    sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
 727    content1=car;
 728    SetPubElValByNumber(content1, 0x7fe0, 0x0000);
 729 }
 730
 731
 732 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 733 /**
 734  * \ingroup   gdcmFile
 735  * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image
 736  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 737  *        Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement
 738  *        (Equivalent a IdImaWriteRawFile)
 739  *
 740  * @param fileName
 741  * @return
 742  */
 743
 744 int gdcmFile::WriteRawData (std::string fileName) {
 745    FILE * fp1;
 746    fp1 = fopen(fileName.c_str(),"wb");
 747    if (fp1 == NULL) {
 748       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",fileName.c_str());
 749       return (0);
 750    }
 751    fwrite (PixelData,lgrTotale, 1, fp1);
 752    fclose (fp1);
 753    return(1);
 754 }
 755
 756 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 757 /**
 758  * \ingroup   gdcmFile
 759  * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom
 760  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 761  *         Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 762  *         (Equivalent a IdDcmWrite)
 763  *
 764  * @param fileName
 765  * @return int acts as a boolean
 766  */
 767
 768 int gdcmFile::WriteDcmImplVR (std::string fileName) {
 769    return WriteBase(fileName, ImplicitVR);
 770 }
 771
 772 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 773 /**
 774  * \ingroup   gdcmFile
 775  * \brief
 776  * @param  fileName
 777  * @return int acts as a boolean
 778  */
 779
 780 int gdcmFile::WriteDcmImplVR (const char* fileName) {
 781    return WriteDcmImplVR (std::string (fileName));
 782 }
 783
 784 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 785 /**
 786  * \ingroup   gdcmFile
 787  * \brief
 788  * @param  fileName
 789  * @return int acts as a boolean
 790  */
 791
 792 int gdcmFile::WriteDcmExplVR (std::string fileName) {
 793    return WriteBase(fileName, ExplicitVR);
 794 }
 795
 796 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 797 /**
 798  * \ingroup   gdcmFile
 799  * \brief  Ecrit au format ACR-NEMA sur disque l'entete et les pixels
 800  *        (a l'attention des logiciels cliniques
 801  *        qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
 802  * \warning si un header DICOM est fourni en entree,
 803  *        les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores)
 804  * \warning Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 805  *        Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 806  *        (Equivalent a IdDcmWrite)
 807  *
 808  * @param fileName
 809  * @return int acts as a boolean
 810  */
 811
 812 int gdcmFile::WriteAcr (std::string fileName) {
 813    return WriteBase(fileName, ACR);
 814 }
 815
 816 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 817 /**
 818  * \ingroup   gdcmFile
 819  *
 820  * @param  FileName
 821  * @param  type
 822  *
 823  * @return int acts as a boolean
 824  */
 825 int gdcmFile::WriteBase (std::string FileName, FileType type) {
 826
 827    FILE * fp1;
 828    fp1 = fopen(FileName.c_str(),"wb");
 829    if (fp1 == NULL) {
 830       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",FileName.c_str());
 831       return (0);
 832    }
 833
 834    if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) ) {
 835       char * filePreamble;
 836       // writing Dicom File Preamble
 837       filePreamble=(char*)calloc(128,1);
 838       fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
 839       fwrite("DICM",4,1,fp1);
 840    }
 841
 842    // --------------------------------------------------------------
 843    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 844    //
 845    // if recognition code tells us we dealt with a LibIDO image
 846    // we reproduce on disk the switch between lineNumber and columnNumber
 847    // just before writting ...
 848
 849    std::string rows, columns;
 850    if ( filetype == ACR_LIBIDO){
 851          rows    = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0010);
 852          columns = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0011);
 853          SetPubElValByNumber(columns,  0x0028, 0x0010);
 854          SetPubElValByNumber(rows   ,  0x0028, 0x0011);
 855    }
 856    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 857
 858    gdcmHeader::Write(fp1, type);
 859
 860    // --------------------------------------------------------------
 861    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 862    //
 863    // ...and we restore the Header to be Dicom Compliant again
 864    // just after writting
 865
 866    if (filetype == ACR_LIBIDO){
 867          SetPubElValByNumber(rows   , 0x0028, 0x0010);
 868          SetPubElValByNumber(columns, 0x0028, 0x0011);
 869    }
 870    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 871
 872    fwrite(PixelData, lgrTotale, 1, fp1);
 873    fclose (fp1);
 874    return(1);
 875 }