src/gdcmFile.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmFile.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/11/28 11:54:51 $
   7   Version:   $Revision: 1.310 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 //
  20 // --------------  Remember ! ----------------------------------
  21 //
  22 // Image Position (Patient)                            (0020,0032):
  23 // If not found (ACR_NEMA) we try Image Position       (0020,0030)
  24 // If not found (ACR-NEMA), we consider Slice Location (0020,1041)
  25 //                                   or Location       (0020,0050)
  26 //                                   as the Z coordinate,
  27 // 0. for all the coordinates if nothing is found
  28 //
  29 // Image Position (Patient) (0020,0032) VM=3
  30 // -->
  31 //  The attribute Patient Orientation (0020,0020) from the General Image Module
  32 // is of type 2C and has the condition Required if image does not require
  33 // Image Orientation (0020,0037) and Image Position (0020,0032).
  34 // However, if the image does require the attributes
  35 // - Image Orientation (Patient) (0020,0037), VM=6
  36 // - Image Position (Patient)    (0020,0032), VM=3
  37 // then attribute Patient Orientation (0020,0020) should not be present
  38 //  in the images.
  39 //
  40 // Remember also :
  41 // Patient Position (0018,5100) values :
  42
  43 //  HFS   = Head First-Supine, where increasing (positive axis direction) :
  44 //     X -> to the direction pointed to by the patient's oustretched left arm
  45 //     Y -> to the anterior-to-posterior direction in the patient's body
  46 //     Z -> to the feet-to-head direction in the patient's body
  47
  48 //  HFP   = Head First-Prone, where increasing (positive axis direction) :
  49 //     X -> to the direction pointed to by the patient's oustretched left arm
  50 //     Y -> to the anterior-to-posterior direction in the patient's body
  51 //     Z -> to the feet-to-head direction in the patient's body
  52
  53 //  FFS  = Feet First-Supine, where increasing (positive axis direction) :
  54 //     X -> to the direction pointed to by the patient's oustretched left arm
  55 //     Y -> to the anterior-to-posterion direction in the patient's body
  56 //     Z -> to the feet-to-head direction in the patient's body
  57
  58 //  FFP  = Feet First-Prone, where increasing (positive axis direction) :
  59 //     X -> to the direction pointed to by the patient's oustretched left arm
  60 //     Y -> to the posterior-to-anterior direction in the patient's body
  61 //     Z -> to the feet-to-head direction in the patient's body
  62
  63 // HFDR = Head First-Decubitus Right
  64 // HFDL = Head First-Decubitus Left
  65 // FFDR = Feet First-Decubitus Right
  66 // FFDL = Feet First-Decubitus Left
  67
  68 //  we can also find (non standard!)
  69
  70 // SEMIERECT
  71 // SUPINE
  72
  73 // CS 2 Patient Orientation (0020 0020)
  74 //    When the coordinates of the image
  75 //    are always present, this field is almost never used.
  76 //    Better we don't trust it too much ...
  77 //    Found Values are :
  78 //     L\P
  79 //     L\FP
  80 //     P\F
  81 //     L\F
  82 //     P\FR
  83 //     R\F
  84 //
  85 // (0020|0037) [Image Orientation (Patient)] [1\0\0\0\1\0 ]
  86
  87
  88 // ---------------------------------------------------------------
  89 //
  90 #include "gdcmFile.h"
  91 #include "gdcmGlobal.h"
  92 #include "gdcmUtil.h"
  93 #include "gdcmDebug.h"
  94 #include "gdcmTS.h"
  95 #include "gdcmSeqEntry.h"
  96 #include "gdcmRLEFramesInfo.h"
  97 #include "gdcmJPEGFragmentsInfo.h"
  98 #include "gdcmDataEntry.h"
  99
 100 #include <vector>
 101 #include <stdio.h>  //sscanf
 102 #include <stdlib.h> // for atoi
 103
 104 namespace gdcm
 105 {
 106
 107 //-----------------------------------------------------------------------------
 108 // Constructor / Destructor
 109
 110 /**
 111  * \brief Constructor used when we want to generate dicom files from scratch
 112  */
 113 File::File():
 114    Document()
 115 {
 116    RLEInfo  = new RLEFramesInfo;
 117    JPEGInfo = new JPEGFragmentsInfo;
 118    GrPixel  = 0x7fe0;  // to avoid further troubles
 119    NumPixel = 0x0010;
 120    BasicOffsetTableItemValue = 0;
 121 }
 122
 123
 124 /**
 125  * \brief   Canonical destructor.
 126  */
 127 File::~File ()
 128 {
 129    if ( RLEInfo )
 130       delete RLEInfo;
 131    if ( JPEGInfo )
 132       delete JPEGInfo;
 133    delete[] BasicOffsetTableItemValue;
 134 }
 135
 136 //-----------------------------------------------------------------------------
 137 // Public
 138 /**
 139  * \brief   Loader
 140  * @return false if file cannot be open or no swap info was found,
 141  *         or no tag was found.
 142  */
 143 bool File::Load( )
 144 {
 145    if ( ! this->Document::Load( ) )
 146       return false;
 147
 148     return DoTheLoadingJob( );
 149 }
 150
 151 /**
 152  * \brief   Does the Loading Job (internal use only)
 153  * @return false if file cannot be open or no swap info was found,
 154  *         or no tag was found.
 155  */
 156 bool File::DoTheLoadingJob( )
 157 {
 158    // for some ACR-NEMA images GrPixel, NumPixel is *not* 7fe0,0010
 159    // We may encounter the 'RETired' (0x0028, 0x0200) tag
 160    // (Image Location") . This entry contains the number of
 161    // the group that contains the pixel data (hence the "Pixel Data"
 162    // is found by indirection through the "Image Location").
 163    // Inside the group pointed by "Image Location" the searched element
 164    // is conventionally the element 0x0010 (when the norm is respected).
 165    // When the "Image Location" is missing we default to group 0x7fe0.
 166    // Note: this IS the right place for the code
 167
 168    // Image Location
 169    const std::string &imgLocation = GetEntryString(0x0028, 0x0200);
 170    if ( imgLocation == GDCM_UNFOUND )
 171    {
 172       // default value
 173       GrPixel = 0x7fe0;
 174    }
 175    else
 176    {
 177       GrPixel = (uint16_t) atoi( imgLocation.c_str() );
 178    }
 179
 180    // sometimes Image Location value doesn't follow
 181    // the supposed processor endianness.
 182    // see gdcmData/cr172241.dcm
 183    if ( GrPixel == 0xe07f )
 184    {
 185       GrPixel = 0x7fe0;
 186    }
 187
 188    if ( GrPixel != 0x7fe0 )
 189    {
 190       // This is a kludge for old dirty Philips imager.
 191       NumPixel = 0x1010;
 192    }
 193    else
 194    {
 195       NumPixel = 0x0010;
 196    }
 197
 198    // Now, we know GrPixel and NumPixel.
 199    // Let's create a VirtualDictEntry to allow a further VR modification
 200    // and force VR to match with BitsAllocated.
 201    DocEntry *entry = GetDocEntry(GrPixel, NumPixel);
 202    if ( entry != 0 )
 203    {
 204       // Compute the RLE or JPEG info
 205       OpenFile();
 206       const std::string &ts = GetTransferSyntax();
 207       Fp->seekg( entry->GetOffset(), std::ios::beg );
 208       if ( Global::GetTS()->IsRLELossless(ts) )
 209          ComputeRLEInfo();
 210       else if ( Global::GetTS()->IsJPEG(ts) )
 211          ComputeJPEGFragmentInfo();
 212       CloseFile();
 213
 214       // Create a new DataEntry to change the DictEntry
 215       // The changed DictEntry will have
 216       // - a correct PixelVR OB or OW)
 217       // - the name to "Pixel Data"
 218       DataEntry *oldEntry = dynamic_cast<DataEntry *>(entry);
 219       if (oldEntry)
 220       {
 221          VRKey PixelVR;
 222          // 8 bits allocated is a 'O Bytes' , as well as 24 (old ACR-NEMA RGB)
 223          // more than 8 (i.e 12, 16) is a 'O Words'
 224          if ( GetBitsAllocated() == 8 || GetBitsAllocated() == 24 )
 225             PixelVR = "OB";
 226          else
 227             PixelVR = "OW";
 228
 229          // Change only made if usefull
 230          if ( PixelVR != oldEntry->GetVR() )
 231          {
 232             DictEntry* newDict = DictEntry::New(GrPixel,NumPixel,
 233                                                 PixelVR,"1","Pixel Data");
 234
 235             DataEntry *newEntry = DataEntry::New(newDict);
 236             newDict->Delete();
 237             newEntry->Copy(entry);
 238             newEntry->SetBinArea(oldEntry->GetBinArea(),oldEntry->IsSelfArea());
 239             oldEntry->SetSelfArea(false);
 240
 241             RemoveEntry(oldEntry);
 242             AddEntry(newEntry);
 243             newEntry->Delete();
 244          }
 245       }
 246    }
 247    return true;
 248 }
 249 /**
 250  * \brief  This predicate, based on hopefully reasonable heuristics,
 251  *         decides whether or not the current File was properly parsed
 252  *         and contains the mandatory information for being considered as
 253  *         a well formed and usable Dicom/Acr File.
 254  * @return true when File is the one of a reasonable Dicom/Acr file,
 255  *         false otherwise.
 256  */
 257 bool File::IsReadable()
 258 {
 259    if ( !Document::IsReadable() )
 260    {
 261       return false;
 262    }
 263
 264    const std::string &res = GetEntryString(0x0028, 0x0005);
 265    if ( res != GDCM_UNFOUND && atoi(res.c_str()) > 4 )
 266    {
 267       gdcmWarningMacro("Wrong Image Dimensions" << res);
 268       return false; // Image Dimensions
 269    }
 270    bool b0028_0100 = true;
 271    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0100) )
 272    {
 273       gdcmWarningMacro("Bits Allocated (0028|0100) not found");
 274       //return false; // "Bits Allocated"
 275       b0028_0100 = false;
 276    }
 277    bool b0028_0101 = true;
 278    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0101) )
 279    {
 280       gdcmWarningMacro("Bits Stored (0028|0101) not found");
 281       //return false; // "Bits Stored"
 282       b0028_0101 = false;
 283    }
 284    bool b0028_0102 = true;
 285    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0102) )
 286    {
 287       gdcmWarningMacro("Hight Bit (0028|0102) not found");
 288       //return false; // "High Bit"
 289       b0028_0102 = false;
 290    }
 291    bool b0028_0103 = true;
 292    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0103) )
 293    {
 294       gdcmWarningMacro("Pixel Representation (0028|0103) not found");
 295       //return false; // "Pixel Representation" i.e. 'Sign' ( 0 : unsigned, 1 : signed)
 296       b0028_0103 = false;
 297    }
 298
 299    if ( !b0028_0100 && !b0028_0101 && !b0028_0102 && !b0028_0103)
 300    {
 301       gdcmWarningMacro("Too much mandatory Tags missing !");
 302       return false;
 303    }
 304
 305    if ( !GetDocEntry(GrPixel, NumPixel) )
 306    {
 307       gdcmWarningMacro("Pixel Dicom Element " << std::hex <<
 308                         GrPixel << "|" << NumPixel << "not found");
 309       return false; // Pixel Dicom Element not found :-(
 310    }
 311    return true;
 312 }
 313
 314 /**
 315  * \brief gets the info from 0020,0013 : Image Number else 0.
 316  * @return image number
 317  */
 318 int File::GetImageNumber()
 319 {
 320    //0020 0013 : Image Number
 321    std::string strImNumber = GetEntryString(0x0020,0x0013);
 322    if ( strImNumber != GDCM_UNFOUND )
 323    {
 324       return atoi( strImNumber.c_str() );
 325    }
 326    return 0;   //Hopeless
 327 }
 328
 329 /**
 330  * \brief gets the info from 0008,0060 : Modality
 331  * @return Modality Type
 332  */
 333 ModalityType File::GetModality()
 334 {
 335    // 0008 0060 : Modality
 336    std::string strModality = GetEntryString(0x0008,0x0060);
 337    if ( strModality != GDCM_UNFOUND )
 338    {
 339            if ( strModality.find("AU")  < strModality.length()) return AU;
 340       else if ( strModality.find("AS")  < strModality.length()) return AS;
 341       else if ( strModality.find("BI")  < strModality.length()) return BI;
 342       else if ( strModality.find("CF")  < strModality.length()) return CF;
 343       else if ( strModality.find("CP")  < strModality.length()) return CP;
 344       else if ( strModality.find("CR")  < strModality.length()) return CR;
 345       else if ( strModality.find("CT")  < strModality.length()) return CT;
 346       else if ( strModality.find("CS")  < strModality.length()) return CS;
 347       else if ( strModality.find("DD")  < strModality.length()) return DD;
 348       else if ( strModality.find("DF")  < strModality.length()) return DF;
 349       else if ( strModality.find("DG")  < strModality.length()) return DG;
 350       else if ( strModality.find("DM")  < strModality.length()) return DM;
 351       else if ( strModality.find("DS")  < strModality.length()) return DS;
 352       else if ( strModality.find("DX")  < strModality.length()) return DX;
 353       else if ( strModality.find("ECG") < strModality.length()) return ECG;
 354       else if ( strModality.find("EPS") < strModality.length()) return EPS;
 355       else if ( strModality.find("FA")  < strModality.length()) return FA;
 356       else if ( strModality.find("FS")  < strModality.length()) return FS;
 357       else if ( strModality.find("HC")  < strModality.length()) return HC;
 358       else if ( strModality.find("HD")  < strModality.length()) return HD;
 359       else if ( strModality.find("LP")  < strModality.length()) return LP;
 360       else if ( strModality.find("LS")  < strModality.length()) return LS;
 361       else if ( strModality.find("MA")  < strModality.length()) return MA;
 362       else if ( strModality.find("MR")  < strModality.length()) return MR;
 363       else if ( strModality.find("NM")  < strModality.length()) return NM;
 364       else if ( strModality.find("OT")  < strModality.length()) return OT;
 365       else if ( strModality.find("PT")  < strModality.length()) return PT;
 366       else if ( strModality.find("RF")  < strModality.length()) return RF;
 367       else if ( strModality.find("RG")  < strModality.length()) return RG;
 368       else if ( strModality.find("RTDOSE")
 369                                         < strModality.length()) return RTDOSE;
 370       else if ( strModality.find("RTIMAGE")
 371                                         < strModality.length()) return RTIMAGE;
 372       else if ( strModality.find("RTPLAN")
 373                                         < strModality.length()) return RTPLAN;
 374       else if ( strModality.find("RTSTRUCT")
 375                                         < strModality.length()) return RTSTRUCT;
 376       else if ( strModality.find("SM")  < strModality.length()) return SM;
 377       else if ( strModality.find("ST")  < strModality.length()) return ST;
 378       else if ( strModality.find("TG")  < strModality.length()) return TG;
 379       else if ( strModality.find("US")  < strModality.length()) return US;
 380       else if ( strModality.find("VF")  < strModality.length()) return VF;
 381       else if ( strModality.find("XA")  < strModality.length()) return XA;
 382       else if ( strModality.find("XC")  < strModality.length()) return XC;
 383
 384       else
 385       {
 386          /// \todo throw error return value ???
 387          /// specified <> unknown in our database
 388          return Unknow;
 389       }
 390    }
 391    return Unknow;
 392 }
 393
 394 /**
 395  * \brief   Retrieve the number of columns of image.
 396  * @return  The encountered size when found, 0 by default.
 397  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller will have to check
 398  */
 399 int File::GetXSize()
 400 {
 401    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0028,0x0011);
 402    if( entry )
 403       return (int)entry->GetValue(0);
 404    return 0;
 405 }
 406
 407 /**
 408  * \brief   Retrieve the number of lines of image.
 409  * \warning The defaulted value is 1 as opposed to File::GetXSize()
 410  * @return  The encountered size when found, 1 by default
 411  *          (The ACR-NEMA file contains a Signal, not an Image).
 412  */
 413 int File::GetYSize()
 414 {
 415    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0028,0x0010);
 416    if( entry )
 417       return (int)entry->GetValue(0);
 418
 419    if ( IsDicomV3() )
 420    {
 421       return 0;
 422    }
 423
 424    // The Rows (0028,0010) entry was optional for ACR/NEMA.
 425    // (at least some images didn't have it.)
 426    // It might hence be a signal (1D image). So we default to 1:
 427    return 1;
 428 }
 429
 430 /**
 431  * \brief   Retrieve the number of planes of volume or the number
 432  *          of frames of a multiframe.
 433  * \warning When present we consider the "Number of Frames" as the third
 434  *          dimension. When missing we consider the third dimension as
 435  *          being the ACR-NEMA "Planes" tag content.
 436  * @return  The encountered size when found, 1 by default (single image).
 437  */
 438 int File::GetZSize()
 439 {
 440    // Both  DicomV3 and ACR/Nema consider the "Number of Frames"
 441    // as the third dimension.
 442    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0028,0x0008);
 443    if( entry )
 444       return (int)entry->GetValue(0);
 445
 446    // We then consider the "Planes" entry as the third dimension
 447    entry = GetDataEntry(0x0028,0x0012);
 448    if( entry )
 449       return (int)entry->GetValue(0);
 450    return 1;
 451 }
 452
 453 /**
 454   * \brief gets the info from 0018,1164 : ImagerPixelSpacing
 455   *                      then 0028,0030 : Pixel Spacing
 456   *             else 1.0
 457   * @return X dimension of a pixel
 458   */
 459 float File::GetXSpacing()
 460 {
 461    float xspacing = 1.0;
 462    uint32_t nbValue;
 463
 464    // To follow David Clunie's advice, we first check ImagerPixelSpacing
 465
 466    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0018,0x1164);
 467    if( entry )
 468    {
 469       nbValue = entry->GetValueCount();
 470       // Can't use IsValueCountValid because of the complex heuristic.
 471       if( nbValue !=2 )
 472          gdcmWarningMacro("ImagerPixelSpacing (0x0018,0x1164) "
 473          << "has a wrong number of values :" << nbValue);
 474
 475       if( nbValue >= 3 )
 476          xspacing = (float)entry->GetValue(2);
 477       else if( nbValue >= 2 )
 478          xspacing = (float)entry->GetValue(1);
 479       else
 480          xspacing = (float)entry->GetValue(0);
 481
 482       if ( xspacing == 0.0 )
 483          xspacing = 1.0;
 484       return xspacing;
 485    }
 486    else
 487    {
 488       gdcmWarningMacro( "Unfound Imager Pixel Spacing (0018,1164)" );
 489    }
 490
 491    entry = GetDataEntry(0x0028,0x0030);
 492    if( entry )
 493    {
 494       nbValue = entry->GetValueCount();
 495       if( nbValue !=2 )
 496          gdcmWarningMacro("PixelSpacing (0x0018,0x0030) "
 497           << "has a wrong number of values :" << nbValue);
 498
 499       if( nbValue >= 3 )
 500          xspacing = (float)entry->GetValue(2);
 501       else if( nbValue >= 2 )
 502          xspacing = (float)entry->GetValue(1);
 503       else
 504          xspacing = (float)entry->GetValue(0);
 505
 506       if ( xspacing == 0.0 )
 507          xspacing = 1.0;
 508       return xspacing;
 509    }
 510    else
 511    {
 512       gdcmWarningMacro( "Unfound Pixel Spacing (0028,0030)" );
 513    }
 514
 515    return xspacing;
 516 }
 517
 518 /**
 519   * \brief gets the info from 0018,1164 : ImagerPixelSpacing
 520   *               then from   0028,0030 : Pixel Spacing
 521   *             else 1.0
 522   * @return Y dimension of a pixel
 523   */
 524 float File::GetYSpacing()
 525 {
 526    float yspacing = 1.0;
 527    // To follow David Clunie's advice, we first check ImagerPixelSpacing
 528
 529    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0018,0x1164);
 530    if( entry )
 531    {
 532       yspacing = (float)entry->GetValue(0);
 533
 534       if ( yspacing == 0.0 )
 535          yspacing = 1.0;
 536       return yspacing;
 537    }
 538    else
 539    {
 540       gdcmWarningMacro( "Unfound Imager Pixel Spacing (0018,1164)" );
 541    }
 542
 543    entry = GetDataEntry(0x0028,0x0030);
 544    if( entry )
 545    {
 546       yspacing = (float)entry->GetValue(0);
 547
 548       if ( yspacing == 0.0 )
 549          yspacing = 1.0;
 550       return yspacing;
 551    }
 552    else
 553    {
 554       gdcmWarningMacro( "Unfound Pixel Spacing (0028,0030)" );
 555    }
 556
 557    return yspacing;
 558 }
 559
 560 /**
 561  * \brief gets the info from 0018,0088 : Space Between Slices
 562  *                 else from 0018,0050 : Slice Thickness
 563  *                 else 1.0
 564  *
 565  * When an element is missing, we suppose slices join together
 566  * (no overlapping, no interslice gap) but we have no way to check it !
 567  * For *Dicom* images, ZSpacing *should be* calculated using
 568  * XOrigin, YOrigin, ZOrigin (of the top left image corner)
 569  * of 2 consecutive images, and the Orientation
 570  * Computing ZSpacing on a single image is not really meaningfull !
 571
 572  * @return Z dimension of a voxel-to be
 573  */
 574 float File::GetZSpacing()
 575 {
 576
 577    float zspacing = 1.0f;
 578
 579    // Spacing Between Slices : distance between the middle of 2 slices
 580    // Slices may be :
 581    //   jointives     (Spacing between Slices = Slice Thickness)
 582    //   overlapping   (Spacing between Slices < Slice Thickness)
 583    //   disjointes    (Spacing between Slices > Slice Thickness)
 584    // Slice Thickness : epaisseur de tissus sur laquelle est acquis le signal
 585    //   It only concerns the MRI guys, not people wanting to visualize volumes
 586    //   If Spacing Between Slices is missing,
 587    //   we suppose slices joint together
 588    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0018,0x0088);
 589    if( entry )
 590    {
 591       zspacing = (float)entry->GetValue(0);
 592
 593       if ( zspacing == 0.0 )
 594          zspacing = 1.0;
 595       return zspacing;
 596    }
 597    else
 598       gdcmWarningMacro("Unfound Spacing Between Slices (0018,0088)");
 599
 600    // if no 'Spacing Between Slices' is found,
 601    // we assume slices join together
 602    // (no overlapping, no interslice gap)
 603    entry = GetDataEntry(0x0018,0x0050);
 604    if( entry )
 605    {
 606       zspacing = (float)entry->GetValue(0);
 607
 608       if ( zspacing == 0.0 )
 609          zspacing = 1.0;
 610       return zspacing;
 611    }
 612    else
 613       gdcmWarningMacro("Unfound Slice Thickness (0018,0050)");
 614
 615    // if no 'Spacing Between Slices' is found,
 616    // we assume slices join together
 617    // (no overlapping, no interslice gap)
 618    entry = GetDataEntry(0x3004,0x000c);
 619    if( entry )
 620    {
 621       float z1 = (float)entry->GetValue(0);
 622       float z2 = (float)entry->GetValue(1);
 623       zspacing = z2 - z1; // can be negative...
 624
 625       if ( zspacing == 0.0 )
 626          zspacing = 1.0;
 627       return zspacing;
 628    }
 629
 630    return zspacing;
 631 }
 632
 633 /**
 634  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 635  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 636  *                 else 0.
 637  * @return up-left image corner X position
 638  */
 639 float File::GetXOrigin()
 640 {
 641    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0020,0x0032);
 642    if( !entry )
 643    {
 644       gdcmWarningMacro( "Unfound Image Position Patient (0020,0032)");
 645       entry = GetDataEntry(0x0020,0x0030);
 646       if( !entry )
 647       {
 648          gdcmWarningMacro( "Unfound Image Position (RET) (0020,0030)");
 649          return 0.0f;
 650       }
 651    }
 652
 653    if( entry->GetValueCount() == 3 )
 654    {
 655       if (!entry->IsValueCountValid() )
 656       {
 657          gdcmErrorMacro( "Invalid Value Count" );
 658       }
 659       return (float)entry->GetValue(0);
 660    }
 661    return 0.0f;
 662 }
 663
 664 /**
 665  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 666  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 667  *                 else 0.
 668  * @return up-left image corner Y position
 669  */
 670 float File::GetYOrigin()
 671 {
 672    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0020,0x0032);
 673    if( !entry )
 674    {
 675       gdcmWarningMacro( "Unfound Image Position Patient (0020,0032)");
 676       entry = GetDataEntry(0x0020,0x0030);
 677       if( !entry )
 678       {
 679          gdcmWarningMacro( "Unfound Image Position (RET) (0020,0030)");
 680          return 0.0f;
 681       }
 682    }
 683
 684    if( entry->GetValueCount() == 3 )
 685    {
 686       if (!entry->IsValueCountValid() )
 687       {
 688          gdcmErrorMacro( "Invalid Value Count" );
 689       }
 690       return (float)entry->GetValue(1);
 691    }
 692    return 0.0f;
 693 }
 694
 695 /**
 696  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 697  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 698  *                 else from 0020,1041 : Slice Location
 699  *                 else from 0020,0050 : Location
 700  *                 else 0.
 701  * @return up-left image corner Z position
 702  */
 703 float File::GetZOrigin()
 704 {
 705    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0020,0x0032);
 706    if( entry )
 707    {
 708       if( entry->GetValueCount() == 3 )
 709       {
 710          if (!entry->IsValueCountValid() )
 711          {
 712             gdcmErrorMacro( "Invalid Value Count" );
 713          }
 714          return (float)entry->GetValue(2);
 715       }
 716       gdcmWarningMacro( "Wrong Image Position Patient (0020,0032)");
 717       return 0.0f;
 718    }
 719
 720    entry = GetDataEntry(0x0020,0x0030);
 721    if( entry )
 722    {
 723       if( entry->GetValueCount() == 3 )
 724       {
 725          if (!entry->IsValueCountValid() )
 726          {
 727             gdcmErrorMacro( "Invalid Value Count" );
 728          }
 729          return (float)entry->GetValue(2);
 730       }
 731       gdcmWarningMacro( "Wrong Image Position (RET) (0020,0030)");
 732       return 0.0f;
 733    }
 734
 735    // for *very* old ACR-NEMA images
 736    entry = GetDataEntry(0x0020,0x1041);
 737    if( entry )
 738    {
 739       if( entry->GetValueCount() == 1 )
 740       {
 741          if (!entry->IsValueCountValid() )
 742          {
 743             gdcmErrorMacro( "Invalid Value Count" );
 744          }
 745          return (float)entry->GetValue(0); // VM=1 !
 746       }
 747       gdcmWarningMacro( "Wrong Slice Location (0020,1041)");
 748       return 0.0f;
 749    }
 750
 751    entry = GetDataEntry(0x0020,0x0050);
 752    if( entry )
 753    {
 754       if( entry->GetValueCount() == 1 )
 755       {
 756          if (!entry->IsValueCountValid() )
 757          {
 758             gdcmErrorMacro( "Invalid Value Count" );
 759          }
 760          return (float)entry->GetValue(0);
 761       }
 762       gdcmWarningMacro( "Wrong Location (0020,0050)");
 763       return 0.0f;
 764    }
 765    return 0.; // Hopeless
 766 }
 767
 768 /**
 769   * \brief gets the info from 0020,0037 : Image Orientation Patient
 770   *                   or from 0020 0035 : Image Orientation (RET)
 771   * (needed to organize DICOM files based on their x,y,z position)
 772   * @param iop adress of the (6)float array to receive values
 773   * @return true when one of the tag is found
 774   *         false when nothing is found
 775   */
 776 bool File::GetImageOrientationPatient( float iop[6] )
 777 {
 778    std::string strImOriPat;
 779    //iop is supposed to be float[6]
 780    iop[0] = iop[4] = 1.;
 781    iop[1] = iop[2] = iop[3] = iop[5] = 0.;
 782
 783    // 0020 0037 DS REL Image Orientation (Patient)
 784    if ( (strImOriPat = GetEntryString(0x0020,0x0037)) != GDCM_UNFOUND )
 785    {
 786       if ( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f \\ %f \\%f \\%f \\%f \\%f ",
 787           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
 788       {
 789          gdcmWarningMacro( "Wrong Image Orientation Patient (0020,0037)."
 790                         << " Less than 6 values were found." );
 791          return false;
 792       }
 793    }
 794    //For ACR-NEMA
 795    // 0020 0035 DS REL Image Orientation (RET)
 796    else if ( (strImOriPat = GetEntryString(0x0020,0x0035)) != GDCM_UNFOUND )
 797    {
 798       if ( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f \\ %f \\%f \\%f \\%f \\%f ",
 799           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
 800       {
 801          gdcmWarningMacro( "wrong Image Orientation Patient (0020,0035). "
 802                         << "Less than 6 values were found." );
 803          return false;
 804       }
 805    }
 806    return true;
 807 }
 808
 809 /**
 810  * \brief   Retrieve the number of Bits Stored (actually used)
 811  *          (as opposed to number of Bits Allocated)
 812  * @return  The encountered number of Bits Stored, 0 by default.
 813  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 814  */
 815 int File::GetBitsStored()
 816 {
 817    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0028,0x0101);
 818    if( !entry )
 819    {
 820       gdcmWarningMacro("BitsStored (0028,0101) is supposed to be mandatory");
 821       return 0;
 822    }
 823    return (int)entry->GetValue(0);
 824 }
 825
 826 /**
 827  * \brief   Retrieve the number of Bits Allocated
 828  *          (8, 12 -compacted ACR-NEMA files-, 16, 24 -old RGB ACR-NEMA files-,)
 829  * @return  The encountered Number of Bits Allocated, 0 by default.
 830  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 831  */
 832 int File::GetBitsAllocated()
 833 {
 834    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0028,0x0100);
 835    if( !entry )
 836    {
 837       gdcmWarningMacro("BitsAllocated (0028,0100) is supposed to be mandatory");
 838       return 0;
 839    }
 840    return (int)entry->GetValue(0);
 841 }
 842
 843 /**
 844  * \brief   Retrieve the high bit position.
 845  * \warning The method defaults to 0 when information is missing.
 846  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 847  * @return  The high bit position when present. 0 when missing.
 848  */
 849 int File::GetHighBitPosition()
 850 {
 851    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0028,0x0102);
 852    if( !entry )
 853    {
 854       gdcmWarningMacro("HighBitPosition (0028,0102) is supposed to be mandatory");
 855       return 0;
 856    }
 857    return (int)entry->GetValue(0);
 858 }
 859
 860 /**
 861  * \brief   Retrieve the number of Samples Per Pixel
 862  *          (1 : gray level, 3 : RGB/YBR -1 or 3 Planes-)
 863  * @return  The encountered number of Samples Per Pixel, 1 by default.
 864  *          (we assume Gray level Pixels)
 865  */
 866 int File::GetSamplesPerPixel()
 867 {
 868    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0028,0x0002);
 869    if( !entry )
 870    {
 871       gdcmWarningMacro("SamplesPerPixel (0028,0002) is supposed to be mandatory");
 872       return 1; // Well, it's supposed to be mandatory ...
 873                 // but sometimes it's missing : *we* assume Gray pixels
 874    }
 875    return (int)entry->GetValue(0);
 876 }
 877
 878 /**
 879  * \brief   Retrieve the Planar Configuration for RGB images
 880  *          (0 : RGB Pixels , 1 : R Plane + G Plane + B Plane)
 881  * @return  The encountered Planar Configuration, 0 by default.
 882  */
 883 int File::GetPlanarConfiguration()
 884 {
 885    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0028,0x0006);
 886    if( !entry )
 887    {
 888       return 0;
 889    }
 890    return (int)entry->GetValue(0);
 891 }
 892
 893 /**
 894  * \brief   Return the size (in bytes) of a single pixel of data.
 895  * @return  The size in bytes of a single pixel of data; 0 by default
 896  *          0 means the file is NOT USABLE; the caller will have to check
 897  */
 898 int File::GetPixelSize()
 899 {
 900    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 901    // (in order no to be messed up by old ACR-NEMA RGB images)
 902    assert( !(GetEntryString(0x0028,0x0100) == "24") );
 903
 904    std::string pixelType = GetPixelType();
 905    if ( pixelType ==  "8U" || pixelType == "8S" )
 906    {
 907       return 1;
 908    }
 909    if ( pixelType == "16U" || pixelType == "16S")
 910    {
 911       return 2;
 912    }
 913    if ( pixelType == "32U" || pixelType == "32S")
 914    {
 915       return 4;
 916    }
 917    if ( pixelType == "FD" )
 918    {
 919       return 8;
 920    }
 921    gdcmWarningMacro( "Unknown pixel type: " << pixelType);
 922    return 0;
 923 }
 924
 925 /**
 926  * \brief   Build the Pixel Type of the image.
 927  *          Possible values are:
 928  *          - 8U  unsigned  8 bit,
 929  *          - 8S    signed  8 bit,
 930  *          - 16U unsigned 16 bit,
 931  *          - 16S   signed 16 bit,
 932  *          - 32U unsigned 32 bit,
 933  *          - 32S   signed 32 bit,
 934  *          - FD floating double 64 bits (Not kosher DICOM, but so usefull!)
 935  * \warning 12 bit images appear as 16 bit.
 936  *          24 bit images appear as 8 bit + photochromatic interp ="RGB "
 937  *                                        + Planar Configuration = 0
 938  * @return  0S if nothing found. NOT USABLE file. The caller has to check
 939  */
 940 std::string File::GetPixelType()
 941 {
 942    std::string bitsAlloc = GetEntryString(0x0028, 0x0100); // Bits Allocated
 943    if ( bitsAlloc == GDCM_UNFOUND )
 944    {
 945       gdcmWarningMacro( "Bits Allocated (0028,0100) supposed to be mandatory");
 946       bitsAlloc = "16"; // default and arbitrary value, not to polute the output
 947    }
 948
 949    if ( bitsAlloc == "64" )
 950    {
 951       return "FD";
 952    }
 953    else if ( bitsAlloc == "12" )
 954    {
 955       // It will be unpacked
 956       bitsAlloc = "16";
 957    }
 958    else if ( bitsAlloc == "24" )
 959    {
 960       // (in order no to be messed up by old RGB images)
 961       bitsAlloc = "8";
 962    }
 963
 964    std::string sign;
 965    if( IsSignedPixelData() )
 966    {
 967       sign = "S";
 968    }
 969    else
 970    {
 971       sign = "U";
 972    }
 973    return bitsAlloc + sign;
 974 }
 975
 976 /**
 977  * \brief   Check whether the pixels are signed (1) or UNsigned (0) data.
 978  * \warning The method defaults to false (UNsigned) when tag 0028|0103
 979  *          is missing.
 980  *          The responsability of checking this value is left to the caller
 981  *          (NO transformation is performed on the pixels to make then >0)
 982  * @return  True when signed, false when UNsigned
 983  */
 984 bool File::IsSignedPixelData()
 985 {
 986    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0028, 0x0103);//"Pixel Representation"
 987    if( !entry )
 988    {
 989       gdcmWarningMacro( "Pixel Representation (0028,0103) supposed to be "
 990                       << "mandatory");
 991       return false;
 992    }
 993    return entry->GetValue(0) != 0;
 994 }
 995
 996 /**
 997  * \brief   Check whether this a monochrome picture (gray levels) or not,
 998  *          using "Photometric Interpretation" tag (0x0028,0x0004).
 999  * @return  true when "MONOCHROME1" or "MONOCHROME2". False otherwise.
1000  */
1001 bool File::IsMonochrome()
1002 {
1003    const std::string &PhotometricInterp = GetEntryString( 0x0028, 0x0004 );
1004    if (  Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME1")
1005       || Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME2") )
1006    {
1007       return true;
1008    }
1009    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
1010    {
1011       gdcmWarningMacro( "Photometric Interpretation (0028,0004) supposed to be "
1012                          << "mandatory");
1013    }
1014    return false;
1015 }
1016
1017 /**
1018  * \brief   Check whether this a MONOCHROME1 picture (high values = dark)
1019  *            or not using "Photometric Interpretation" tag (0x0028,0x0004).
1020  * @return  true when "MONOCHROME1" . False otherwise.
1021  */
1022 bool File::IsMonochrome1()
1023 {
1024    const std::string &PhotometricInterp = GetEntryString( 0x0028, 0x0004 );
1025    if (  Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME1") )
1026    {
1027       return true;
1028    }
1029    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
1030    {
1031       gdcmWarningMacro( "Photometric Interpretation (0028,0004) : supposed to"
1032       << " be mandatory! ");
1033    }
1034    return false;
1035 }
1036
1037 /**
1038  * \brief   Check whether this a "PALETTE COLOR" picture or not by accessing
1039  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
1040  * @return  true when "PALETTE COLOR". False otherwise.
1041  */
1042 bool File::IsPaletteColor()
1043 {
1044    std::string PhotometricInterp = GetEntryString( 0x0028, 0x0004 );
1045    if (   PhotometricInterp == "PALETTE COLOR " )
1046    {
1047       return true;
1048    }
1049    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
1050    {
1051       gdcmDebugMacro( "Not found : Palette color (0028,0004)");
1052    }
1053    return false;
1054 }
1055
1056 /**
1057  * \brief   Check whether this a "YBR_FULL" color picture or not by accessing
1058  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
1059  * @return  true when "YBR_FULL". False otherwise.
1060  */
1061 bool File::IsYBRFull()
1062 {
1063    std::string PhotometricInterp = GetEntryString( 0x0028, 0x0004 );
1064    if (   PhotometricInterp == "YBR_FULL" )
1065    {
1066       return true;
1067    }
1068    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
1069    {
1070       gdcmDebugMacro( "Not found : YBR Full (0028,0004)");
1071    }
1072    return false;
1073 }
1074
1075 /**
1076   * \brief tells us if LUT are used
1077   * \warning Right now, 'Segmented xxx Palette Color Lookup Table Data'
1078   *          are NOT considered as LUT, since nobody knows
1079   *          how to deal with them
1080   *          Please warn me if you know sbdy that *does* know ... jprx
1081   * @return true if LUT Descriptors and LUT Tables were found
1082   */
1083 bool File::HasLUT()
1084 {
1085    // Check the presence of the LUT Descriptors, and LUT Tables
1086    // LutDescriptorRed
1087    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1101) )
1088    {
1089       return false;
1090    }
1091    // LutDescriptorGreen
1092    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1102) )
1093    {
1094       return false;
1095    }
1096    // LutDescriptorBlue
1097    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1103) )
1098    {
1099       return false;
1100    }
1101    // Red Palette Color Lookup Table Data
1102    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1201) )
1103    {
1104       return false;
1105    }
1106    // Green Palette Color Lookup Table Data
1107    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1202) )
1108    {
1109       return false;
1110    }
1111    // Blue Palette Color Lookup Table Data
1112    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1203) )
1113    {
1114       return false;
1115    }
1116
1117    // FIXME : (0x0028,0x3006) : LUT Data (CTX dependent)
1118    //         NOT taken into account, but we don't know how to use it ...
1119    return true;
1120 }
1121
1122 /**
1123   * \brief gets the info from 0028,1101 : Lookup Table Desc-Red
1124   *             else 0
1125   * @return Lookup Table number of Bits , 0 by default
1126   *          when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
1127   * @ return bit number of each LUT item
1128   */
1129 int File::GetLUTNbits()
1130 {
1131    std::vector<std::string> tokens;
1132    int lutNbits;
1133
1134    //Just hope Lookup Table Desc-Red = Lookup Table Desc-Red
1135    //                                = Lookup Table Desc-Blue
1136    // Consistency already checked in GetLUTLength
1137    std::string lutDescription = GetEntryString(0x0028,0x1101);
1138    if ( lutDescription == GDCM_UNFOUND )
1139    {
1140       return 0;
1141    }
1142
1143    tokens.clear(); // clean any previous value
1144    Util::Tokenize ( lutDescription, tokens, "\\" );
1145    //LutLength=atoi(tokens[0].c_str());
1146    //LutDepth=atoi(tokens[1].c_str());
1147
1148    lutNbits = atoi( tokens[2].c_str() );
1149    tokens.clear();
1150
1151    return lutNbits;
1152 }
1153
1154 /**
1155  *\brief gets the info from 0028,1052 : Rescale Intercept
1156  * @return Rescale Intercept
1157  */
1158 float File::GetRescaleIntercept()
1159 {
1160    // 0028 1052 DS IMG Rescale Intercept
1161    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0028, 0x1052);
1162    if( !entry )
1163    {
1164       gdcmWarningMacro( "Missing Rescale Intercept (0028,1052)");
1165       return 0.0f;
1166    }
1167    return (float)entry->GetValue(0);
1168
1169 }
1170
1171 /**
1172  *\brief   gets the info from 0028,1053 : Rescale Slope
1173  * @return Rescale Slope
1174  */
1175 float File::GetRescaleSlope()
1176 {
1177    // 0028 1053 DS IMG Rescale Slope
1178    DataEntry *entry = GetDataEntry(0x0028, 0x1053);
1179    if( !entry )
1180    {
1181       gdcmDebugMacro( "Missing Rescale Slope (0028,1053)");
1182       return 1.0f;
1183    }
1184    return (float)entry->GetValue(0);
1185 }
1186
1187 /**
1188  * \brief This function is intended to user who doesn't want
1189  *   to have to manage a LUT and expects to get an RBG Pixel image
1190  *   (or a monochrome one ...)
1191  * \warning to be used with GetImagePixels()
1192  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB, YBR, *or PALETTE COLOR*)
1193  */
1194 int File::GetNumberOfScalarComponents()
1195 {
1196    if ( GetSamplesPerPixel() == 3 )
1197    {
1198       return 3;
1199    }
1200
1201    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
1202    // (in order no to be messed up by old RGB images)
1203    if ( GetEntryString(0x0028,0x0100) == "24" )
1204    {
1205       return 3;
1206    }
1207
1208    std::string strPhotometricInterpretation = GetEntryString(0x0028,0x0004);
1209
1210    if ( ( strPhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ") )
1211    {
1212       if ( HasLUT() )// PALETTE COLOR is NOT enough
1213       {
1214          return 3;
1215       }
1216       else
1217       {
1218          return 1;
1219       }
1220    }
1221
1222    // beware of trailing space at end of string
1223    // DICOM tags are never of odd length
1224    if ( strPhotometricInterpretation == GDCM_UNFOUND   ||
1225         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME1") ||
1226         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME2") )
1227    {
1228       return 1;
1229    }
1230    else
1231    {
1232       // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
1233       return 3;
1234    }
1235 }
1236
1237 /**
1238  * \brief This function is intended to user that DOESN'T want
1239  *  to get RGB pixels image when it's stored as a PALETTE COLOR image
1240  *   - the (vtk) user is supposed to know how deal with LUTs -
1241  * \warning to be used with GetImagePixelsRaw()
1242  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB or YBR - NOT 'PALETTE COLOR' -)
1243  */
1244 int File::GetNumberOfScalarComponentsRaw()
1245 {
1246    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
1247    // (in order no to be messed up by old RGB images)
1248    if ( File::GetEntryString(0x0028,0x0100) == "24" )
1249    {
1250       return 3;
1251    }
1252
1253    // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
1254    return GetSamplesPerPixel();
1255 }
1256
1257 /**
1258  * \brief   Recover the offset (from the beginning of the file)
1259  *          of *image* pixels (not *icone image* pixels, if any !)
1260  * @return Pixel Offset
1261  */
1262 size_t File::GetPixelOffset()
1263 {
1264    DocEntry *pxlElement = GetDocEntry(GrPixel, NumPixel);
1265    if ( pxlElement )
1266    {
1267       return pxlElement->GetOffset();
1268    }
1269    else
1270    {
1271       gdcmWarningMacro( "Big trouble : Pixel Element ("
1272                       << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found" );
1273       return 0;
1274    }
1275 }
1276
1277 /**
1278  * \brief   Recover the pixel area length (in Bytes)
1279  * @return Pixel Element Length, as stored in the header
1280  *         (NOT the memory space necessary to hold the Pixels
1281  *          -in case of embeded compressed image-)
1282  *         0 : NOT USABLE file. The caller has to check.
1283  */
1284 size_t File::GetPixelAreaLength()
1285 {
1286    DocEntry *pxlElement = GetDocEntry(GrPixel, NumPixel);
1287    if ( pxlElement )
1288    {
1289       return pxlElement->GetLength();
1290    }
1291    else
1292    {
1293       gdcmWarningMacro( "Big trouble : Pixel Element ("
1294                       << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found" );
1295       return 0;
1296    }
1297 }
1298
1299 /**
1300  * \brief Adds the characteristics of a new element we want to anonymize
1301  * @param   group  Group number of the target tag.
1302  * @param   elem Element number of the target tag.
1303  * @param   value new value (string) to substitute with
1304  */
1305 void File::AddAnonymizeElement (uint16_t group, uint16_t elem,
1306                                 std::string const &value)
1307 {
1308    DicomElement el;
1309    el.Group = group;
1310    el.Elem  = elem;
1311    el.Value = value;
1312    UserAnonymizeList.push_back(el);
1313 }
1314
1315 /**
1316  * \brief Overwrites in the file the values of the DicomElements
1317  *       held in the list
1318  */
1319 void File::AnonymizeNoLoad()
1320 {
1321    std::fstream *fp = new std::fstream(Filename.c_str(),
1322                               std::ios::in | std::ios::out | std::ios::binary);
1323    gdcm::DocEntry *d;
1324    uint32_t offset;
1325    uint32_t lgth;
1326    uint32_t valLgth = 0;
1327    std::string *spaces;
1328    for (ListElements::iterator it = UserAnonymizeList.begin();
1329                                it != UserAnonymizeList.end();
1330                              ++it)
1331    {
1332       d = GetDocEntry( (*it).Group, (*it).Elem);
1333
1334       if ( d == NULL)
1335          continue;
1336
1337       if ( dynamic_cast<SeqEntry *>(d) )
1338       {
1339          gdcmWarningMacro( "You cannot 'Anonymize' a SeqEntry ");
1340          continue;
1341       }
1342
1343       offset = d->GetOffset();
1344       lgth =   d->GetLength();
1345       if (valLgth < lgth)
1346       {
1347          spaces = new std::string( lgth-valLgth, ' ');
1348          (*it).Value = (*it).Value + *spaces;
1349          delete spaces;
1350       }
1351       fp->seekp( offset, std::ios::beg );
1352       fp->write( (*it).Value.c_str(), lgth );
1353
1354    }
1355    fp->close();
1356    delete fp;
1357 }
1358
1359 /**
1360  * \brief anonymize a File (remove Patient's personal info passed with
1361  *        AddAnonymizeElement()
1362  * \note You cannot Anonymize a DataEntry (to be fixed)
1363  */
1364 bool File::AnonymizeFile()
1365 {
1366    // If Anonymisation list is empty, let's perform some basic anonymization
1367    if ( UserAnonymizeList.begin() == UserAnonymizeList.end() )
1368    {
1369       // If exist, replace by spaces
1370       SetEntryString("  ",0x0010, 0x2154); // Telephone
1371       SetEntryString("  ",0x0010, 0x1040); // Adress
1372       SetEntryString("  ",0x0010, 0x0020); // Patient ID
1373
1374       DocEntry *patientNameHE = GetDocEntry (0x0010, 0x0010);
1375
1376       if ( patientNameHE ) // we replace it by Study Instance UID (why not ?)
1377       {
1378          std::string studyInstanceUID =  GetEntryString (0x0020, 0x000d);
1379          if ( studyInstanceUID != GDCM_UNFOUND )
1380          {
1381             SetEntryString(studyInstanceUID, 0x0010, 0x0010);
1382          }
1383          else
1384          {
1385             SetEntryString("anonymized", 0x0010, 0x0010);
1386          }
1387       }
1388    }
1389    else
1390    {
1391       gdcm::DocEntry *d;
1392       for (ListElements::iterator it = UserAnonymizeList.begin();
1393                                   it != UserAnonymizeList.end();
1394                                 ++it)
1395       {
1396          d = GetDocEntry( (*it).Group, (*it).Elem);
1397
1398          if ( d == NULL)
1399             continue;
1400
1401          if ( dynamic_cast<SeqEntry *>(d) )
1402          {
1403             gdcmWarningMacro( "You cannot 'Anonymize' a SeqEntry ");
1404             continue;
1405          }
1406
1407          if ( dynamic_cast<DataEntry *>(d) )
1408          {
1409             gdcmWarningMacro( "To 'Anonymize' a DataEntry, better use AnonymizeNoLoad (FIXME) ");
1410             continue;
1411          }
1412          else
1413             SetEntryString ((*it).Value, (*it).Group, (*it).Elem);
1414       }
1415 }
1416
1417   // In order to make definitively impossible any further identification
1418   // remove or replace all the stuff that contains a Date
1419
1420 //0008 0012 DA ID Instance Creation Date
1421 //0008 0020 DA ID Study Date
1422 //0008 0021 DA ID Series Date
1423 //0008 0022 DA ID Acquisition Date
1424 //0008 0023 DA ID Content Date
1425 //0008 0024 DA ID Overlay Date
1426 //0008 0025 DA ID Curve Date
1427 //0008 002a DT ID Acquisition Datetime
1428 //0018 9074 DT ACQ Frame Acquisition Datetime
1429 //0018 9151 DT ACQ Frame Reference Datetime
1430 //0018 a002 DT ACQ Contribution Date Time
1431 //0020 3403 SH REL Modified Image Date (RET)
1432 //0032 0032 DA SDY Study Verified Date
1433 //0032 0034 DA SDY Study Read Date
1434 //0032 1000 DA SDY Scheduled Study Start Date
1435 //0032 1010 DA SDY Scheduled Study Stop Date
1436 //0032 1040 DA SDY Study Arrival Date
1437 //0032 1050 DA SDY Study Completion Date
1438 //0038 001a DA VIS Scheduled Admission Date
1439 //0038 001c DA VIS Scheduled Discharge Date
1440 //0038 0020 DA VIS Admitting Date
1441 //0038 0030 DA VIS Discharge Date
1442 //0040 0002 DA PRC Scheduled Procedure Step Start Date
1443 //0040 0004 DA PRC Scheduled Procedure Step End Date
1444 //0040 0244 DA PRC Performed Procedure Step Start Date
1445 //0040 0250 DA PRC Performed Procedure Step End Date
1446 //0040 2004 DA PRC Issue Date of Imaging Service Request
1447 //0040 4005 DT PRC Scheduled Procedure Step Start Date and Time
1448 //0040 4011 DT PRC Expected Completion Date and Time
1449 //0040 a030 DT PRC Verification Date Time
1450 //0040 a032 DT PRC Observation Date Time
1451 //0040 a120 DT PRC DateTime
1452 //0040 a121 DA PRC Date
1453 //0040 a13a DT PRC Referenced Datetime
1454 //0070 0082 DA ??? Presentation Creation Date
1455 //0100 0420 DT ??? SOP Autorization Date and Time
1456 //0400 0105 DT ??? Digital Signature DateTime
1457 //2100 0040 DA PJ Creation Date
1458 //3006 0008 DA SSET Structure Set Date
1459 //3008 0024 DA ??? Treatment Control Point Date
1460 //3008 0054 DA ??? First Treatment Date
1461 //3008 0056 DA ??? Most Recent Treatment Date
1462 //3008 0162 DA ??? Safe Position Exit Date
1463 //3008 0166 DA ??? Safe Position Return Date
1464 //3008 0250 DA ??? Treatment Date
1465 //300a 0006 DA RT RT Plan Date
1466 //300a 022c DA RT Air Kerma Rate Reference Date
1467 //300e 0004 DA RT Review Date
1468
1469    return true;
1470 }
1471
1472 /**
1473  * \brief Performs some consistency checking on various 'File related'
1474  *       (as opposed to 'DicomDir related') entries
1475  *       then writes in a file all the (Dicom Elements) included the Pixels
1476  * @param fileName file name to write to
1477  * @param writetype type of the file to be written
1478  *          (ACR, ExplicitVR, ImplicitVR)
1479  */
1480 bool File::Write(std::string fileName, FileType writetype)
1481 {
1482    std::ofstream *fp = new std::ofstream(fileName.c_str(),
1483                                          std::ios::out | std::ios::binary);
1484    if (*fp == NULL)
1485    {
1486       gdcmWarningMacro("Failed to open (write) File: " << fileName.c_str());
1487       return false;
1488    }
1489
1490    // Entry : 0002|0000 = group length -> recalculated
1491    DataEntry *e0000 = GetDataEntry(0x0002,0x0000);
1492    if ( e0000 )
1493    {
1494       std::ostringstream sLen;
1495       sLen << ComputeGroup0002Length( );
1496       e0000->SetString(sLen.str());
1497    }
1498
1499    // FIXME : Derma?.dcm does not have it...let's remove it ?!? JPRx
1500    if( writetype != JPEG )
1501    {
1502       int i_lgPix = GetEntryLength(GrPixel, NumPixel);
1503       if (i_lgPix != -2)
1504       {
1505          // no (GrPixel, NumPixel) element
1506          std::string s_lgPix = Util::Format("%d", i_lgPix+12);
1507          s_lgPix = Util::DicomString( s_lgPix.c_str() );
1508          InsertEntryString(s_lgPix,GrPixel, 0x0000);
1509       }
1510    }
1511    Document::WriteContent(fp, writetype);
1512
1513    fp->close();
1514    delete fp;
1515
1516    return true;
1517 }
1518
1519 //-----------------------------------------------------------------------------
1520 // Protected
1521
1522
1523 //-----------------------------------------------------------------------------
1524 // Private
1525 /**
1526  * \brief Parse pixel data from disk of [multi-]fragment RLE encoding.
1527  *        Compute the RLE extra information and store it in \ref RLEInfo
1528  *        for later pixel retrieval usage.
1529  */
1530 void File::ComputeRLEInfo()
1531 {
1532    std::string ts = GetTransferSyntax();
1533    if ( !Global::GetTS()->IsRLELossless(ts) )
1534    {
1535       return;
1536    }
1537
1538    // Encoded pixel data: for the time being we are only concerned with
1539    // Jpeg or RLE Pixel data encodings.
1540    // As stated in PS 3.5-2003, section 8.2 p44:
1541    // "If sent in Encapsulated Format (i.e. other than the Native Format) the
1542    //  value representation OB is used".
1543    // Hence we expect an OB value representation. Concerning OB VR,
1544    // the section PS 3.5-2003, section A.4.c p 58-59, states:
1545    // "For the Value Representations OB and OW, the encoding shall meet the
1546    //   following specifications depending on the Data element tag:"
1547    //   [...snip...]
1548    //    - the first item in the sequence of items before the encoded pixel
1549    //      data stream shall be basic offset table item. The basic offset table
1550    //      item value, however, is not required to be present"
1551    ReadEncapsulatedBasicOffsetTable();
1552
1553    // Encapsulated RLE Compressed Images (see PS 3.5-2003, Annex G)
1554    // Loop on the individual frame[s] and store the information
1555    // on the RLE fragments in a RLEFramesInfo.
1556    // Note: - when only a single frame is present, this is a
1557    //         classical image.
1558    //       - when more than one frame are present, then we are in
1559    //         the case of a multi-frame image.
1560    long frameLength;
1561    int i=0;
1562    uint32_t sum = 0;
1563    while ( (frameLength = ReadTagLength(0xfffe, 0xe000)) != 0 )
1564    {
1565       // Since we have read the basic offset table, let's check the value were correct
1566       // or else produce a warning:
1567       if ( BasicOffsetTableItemValue )
1568         {
1569         // If a BasicOffsetTableItemValue was read
1570         uint32_t individualLength = BasicOffsetTableItemValue[i];
1571         assert( individualLength == sum ); // REMOVE that if this is a problem
1572         if( individualLength != sum )
1573           {
1574           gdcmWarningMacro( "BasicOffsetTableItemValue differs from the fragment lenght" );
1575           }
1576         sum += frameLength + 8;
1577         i++;
1578         }
1579       // Parse the RLE Header and store the corresponding RLE Segment
1580       // Offset Table information on fragments of this current Frame.
1581       // Note that the fragment pixels themselves are not loaded
1582       // (but just skipped).
1583       long frameOffset = Fp->tellg();
1584
1585       uint32_t nbRleSegments = ReadInt32();
1586       if ( nbRleSegments > 16 )
1587       {
1588          // There should be at most 15 segments (refer to RLEFrame class)
1589          gdcmWarningMacro( "Too many segments.");
1590       }
1591
1592       uint32_t rleSegmentOffsetTable[16];
1593       for( int k = 1; k <= 15; k++ )
1594       {
1595          rleSegmentOffsetTable[k] = ReadInt32();
1596       }
1597
1598       // Deduce from both RLE Header and frameLength
1599       // the fragment length, and again store this info
1600       // in a RLEFramesInfo.
1601       long rleSegmentLength[15];
1602       // skipping (not reading) RLE Segments
1603       if ( nbRleSegments > 1)
1604       {
1605          for(unsigned int k = 1; k <= nbRleSegments-1; k++)
1606          {
1607              rleSegmentLength[k] =  rleSegmentOffsetTable[k+1]
1608                                   - rleSegmentOffsetTable[k];
1609              SkipBytes(rleSegmentLength[k]);
1610           }
1611        }
1612
1613        rleSegmentLength[nbRleSegments] = frameLength
1614                                       - rleSegmentOffsetTable[nbRleSegments];
1615        SkipBytes(rleSegmentLength[nbRleSegments]);
1616
1617        // Store the collected info
1618        RLEFrame *newFrame = new RLEFrame;
1619        newFrame->SetNumberOfFragments(nbRleSegments);
1620        for( unsigned int uk = 1; uk <= nbRleSegments; uk++ )
1621        {
1622           newFrame->SetOffset(uk,frameOffset + rleSegmentOffsetTable[uk]);
1623           newFrame->SetLength(uk,rleSegmentLength[uk]);
1624        }
1625        RLEInfo->AddFrame(newFrame);
1626    }
1627
1628    // Make sure that  we encounter a 'Sequence Delimiter Item'
1629    // at the end of the item :
1630    if ( !ReadTag(0xfffe, 0xe0dd) )
1631    {
1632       gdcmWarningMacro( "No sequence delimiter item at end of RLE item sequence");
1633    }
1634 }
1635
1636 /**
1637  * \brief Parse pixel data from disk of [multi-]fragment Jpeg encoding.
1638  *        Compute the jpeg extra information (fragment[s] offset[s] and
1639  *        length) and store it[them] in \ref JPEGInfo for later pixel
1640  *        retrieval usage.
1641  */
1642 void File::ComputeJPEGFragmentInfo()
1643 {
1644    // If you need to, look for comments of ComputeRLEInfo().
1645    std::string ts = GetTransferSyntax();
1646    if ( ! Global::GetTS()->IsJPEG(ts) )
1647    {
1648       return;
1649    }
1650
1651    ReadEncapsulatedBasicOffsetTable();
1652
1653    // Loop on the fragments[s] and store the parsed information in a
1654    // JPEGInfo.
1655    long fragmentLength;
1656    int i=0;
1657    uint32_t sum = 0;
1658    while ( (fragmentLength = ReadTagLength(0xfffe, 0xe000)) != 0 )
1659    {
1660       // Since we have read the basic offset table, let's check the value were correct
1661       // or else produce a warning:
1662       // A.4 Transfer syntaxes for encapsulation of encoded pixel data:
1663       // When the Item Value is present, the Basic Offset Table Item Value shall contain
1664       // concatenated 32-bit unsigned integer values that are byte offsets to the first
1665       // byte of the Item Tag of the first fragment for each frame in the Sequence of
1666       // Items. These offsets are measured from the first byte of the first Item Tag
1667       // following the Basic Offset Table item (See Table A.4-2).
1668
1669       if ( BasicOffsetTableItemValue )
1670         {
1671         // If a BasicOffsetTableItemValue was read
1672         uint32_t individualLength = BasicOffsetTableItemValue[i];
1673         //assert( individualLength == sum ); // Seems like 00191113.dcm is off by one ??
1674         if( individualLength != sum )
1675           {
1676           gdcmWarningMacro( "BasicOffsetTableItemValue differs from the fragment lenght:" <<
1677               individualLength << " != " << sum );
1678           }
1679         sum += fragmentLength + 8;
1680         i++;
1681         }
1682
1683       long fragmentOffset = Fp->tellg();
1684       // Store the collected info
1685       JPEGFragment *newFragment = new JPEGFragment;
1686       newFragment->SetOffset(fragmentOffset);
1687       newFragment->SetLength(fragmentLength);
1688       JPEGInfo->AddFragment(newFragment);
1689
1690       SkipBytes(fragmentLength);
1691    }
1692
1693    // Make sure that  we encounter a 'Sequence Delimiter Item'
1694    // at the end of the item :
1695    if ( !ReadTag(0xfffe, 0xe0dd) )
1696    {
1697       gdcmWarningMacro( "No sequence delimiter item at end of JPEG item sequence");
1698    }
1699 }
1700
1701 /**
1702  * \brief   Assuming the internal file pointer \ref Document::Fp
1703  *          is placed at the beginning of a tag, check whether this
1704  *          tag is (TestGroup, TestElem).
1705  * \warning On success the internal file pointer \ref Document::Fp
1706  *          is modified to point after the tag.
1707  *          On failure (i.e. when the tag wasn't the expected tag
1708  *          (TestGroup, TestElem) the internal file pointer
1709  *          \ref Document::Fp is restored to it's original position.
1710  * @param   testGroup The expected group   of the tag.
1711  * @param   testElem  The expected Element of the tag.
1712  * @return  True on success, false otherwise.
1713  */
1714 bool File::ReadTag(uint16_t testGroup, uint16_t testElem)
1715 {
1716    long positionOnEntry = Fp->tellg();
1717    long currentPosition = Fp->tellg();          // On debugging purposes
1718
1719    // Read the Item Tag group and element, and make
1720    // sure they are what we expected:
1721    uint16_t itemTagGroup;
1722    uint16_t itemTagElem;
1723    try
1724    {
1725       itemTagGroup = ReadInt16();
1726       itemTagElem  = ReadInt16();
1727    }
1728    catch ( FormatError )
1729    {
1730       gdcmErrorMacro( "Can not read tag for "
1731        << "   We should have found tag ("
1732        << DictEntry::TranslateToKey(testGroup,testElem) << ")"
1733        ) ;
1734
1735       return false;
1736    }
1737    if ( itemTagGroup != testGroup || itemTagElem != testElem )
1738    {
1739        // in order not to pollute output we don't warn on 'delimitors'
1740       if (itemTagGroup != 0xfffe ||  testGroup != 0xfffe )
1741          gdcmWarningMacro( "Wrong Item Tag found:"
1742           << "   We should have found tag ("
1743           << DictEntry::TranslateToKey(testGroup,testElem) << ")" << std::endl
1744           << "   but instead we encountered tag ("
1745           << DictEntry::TranslateToKey(itemTagGroup,itemTagElem) << ")"
1746           << "  at address: " << "  0x(" << std::hex
1747           << (unsigned int)currentPosition  << std::dec << ")"
1748           ) ;
1749       Fp->seekg(positionOnEntry, std::ios::beg);
1750
1751       return false;
1752    }
1753    return true;
1754 }
1755
1756 /**
1757  * \brief   Assuming the internal file pointer \ref Document::Fp
1758  *          is placed at the beginning of a tag (TestGroup, TestElement),
1759  *          read the length associated to the Tag.
1760  * \warning On success the internal file pointer \ref Document::Fp
1761  *          is modified to point after the tag and it's length.
1762  *          On failure (i.e. when the tag wasn't the expected tag
1763  *          (TestGroup, TestElement) the internal file pointer
1764  *          \ref Document::Fp is restored to it's original position.
1765  * @param   testGroup The expected Group   of the tag.
1766  * @param   testElem  The expected Element of the tag.
1767  * @return  On success returns the length associated to the tag. On failure
1768  *          returns 0.
1769  */
1770 uint32_t File::ReadTagLength(uint16_t testGroup, uint16_t testElem)
1771 {
1772
1773    if ( !ReadTag(testGroup, testElem) )
1774    {
1775       // Avoid polutting output
1776       if ( testGroup != 0xfffe )
1777          gdcmErrorMacro( "ReadTag did not succeed for ("
1778                     << DictEntry::TranslateToKey(testGroup,testElem)
1779                     << ")..." );
1780       return 0;
1781    }
1782
1783    //// Then read the associated Item Length
1784    long currentPosition = Fp->tellg();
1785    uint32_t itemLength  = ReadInt32();
1786    gdcmDebugMacro( "Basic Item Length is: " << itemLength
1787         << "  at address: " << std::hex << (unsigned int)currentPosition);
1788    return itemLength;
1789 }
1790
1791 /**
1792  * \brief When parsing the Pixel Data of an encapsulated file, read
1793  *        the basic offset table (when present, and BTW dump it).
1794  */
1795 void File::ReadEncapsulatedBasicOffsetTable()
1796 {
1797    //// Read the Basic Offset Table Item Tag length...
1798    uint32_t itemLength = ReadTagLength(0xfffe, 0xe000);
1799
1800    // When present, read the basic offset table itself.
1801    // Notes: - since the presence of this basic offset table is optional
1802    //          we can't rely on it for the implementation, and we will simply
1803    //          trash it's content (when present).
1804    //        - still, when present, we could add some further checks on the
1805    //          lengths, but we won't bother with such fuses for the time being.
1806    if ( itemLength != 0 )
1807    {
1808       char *charBasicOffsetTableItemValue = new char[itemLength];
1809       Fp->read(charBasicOffsetTableItemValue, itemLength);
1810       unsigned int nbEntries = itemLength/4;
1811       assert( nbEntries*4 == itemLength); // Make sure this is a multiple
1812       BasicOffsetTableItemValue = new uint32_t[nbEntries];
1813
1814       for (unsigned int i=0; i < nbEntries; i++ )
1815       {
1816          BasicOffsetTableItemValue[i] = *((uint32_t*)(&charBasicOffsetTableItemValue[4*i]));
1817 #if defined(GDCM_WORDS_BIGENDIAN) || defined(GDCM_FORCE_BIGENDIAN_EMULATION)
1818          uint32_t val = BasicOffsetTableItemValue[i];
1819          BasicOffsetTableItemValue[i]
1820            = (  (val<<24)               | ((val<<8)  & 0x00ff0000) |
1821               ( (val>>8)  & 0x0000ff00) |  (val>>24)               );
1822 #endif
1823          gdcmDebugMacro( "Read one length for: " <<
1824                           std::hex << BasicOffsetTableItemValue[i] );
1825       }
1826
1827       delete[] charBasicOffsetTableItemValue;
1828    }
1829 }
1830
1831 // These are the deprecated method that one day should be removed (after the next release)
1832
1833 //#ifndef GDCM_LEGACY_REMOVE
1834 /*
1835  * \ brief   Loader. (DEPRECATED :  temporaryly kept not to break the API)
1836  * @ param   fileName file to be open for parsing
1837  * @ return false if file cannot be open or no swap info was found,
1838  *         or no tag was found.
1839  * @ deprecated Use the Load() [ + SetLoadMode() ] + SetFileName() functions instead
1840  */
1841  /*
1842 bool File::Load( std::string const &fileName )
1843 {
1844    GDCM_LEGACY_REPLACED_BODY(File::Load(std::string), "1.2",
1845                              File::Load());
1846    SetFileName( fileName );
1847    if ( ! this->Document::Load( ) )
1848       return false;
1849
1850    return DoTheLoadingJob( );
1851 }
1852 */
1853 //#endif
1854
1855 //-----------------------------------------------------------------------------
1856 // Print
1857
1858 //-----------------------------------------------------------------------------
1859 } // end namespace gdcm