src/gdcmFile.cxx

   1 // gdcmFile.cxx
   2
   3 #include "gdcmFile.h"
   4 #include "gdcmUtil.h"
   5 #include "iddcmjpeg.h" // for the 'LibIDO' Jpeg LossLess
   6
   7 /////////////////////////////////////////////////////////////////
   8 /**
   9  * \ingroup   gdcmFile
  10  * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
  11  *        file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
  12  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  13  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  14  * \Note  the in-memory representation of all available tags found in
  15  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  16  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  17  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  18  *        seen as a side effect).
  19  *
  20  * @param filename file to be opened for parsing
  21  *
  22  * @return
  23  */
  24
  25 gdcmFile::gdcmFile(std::string & filename)
  26         :gdcmHeader(filename.c_str())
  27 {
  28    SetPixelDataSizeFromHeader();
  29 }
  30
  31 gdcmFile::gdcmFile(const char * filename)
  32         :gdcmHeader(filename)
  33 {
  34    SetPixelDataSizeFromHeader();
  35 }
  36
  37 /**
  38  * \ingroup   gdcmFile
  39  * \brief     calcule la longueur (in bytes) A ALLOUER pour recevoir les
  40  *              pixels de l'image
  41  *              ou DES images dans le cas d'un multiframe
  42  *              ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels
  43  *              (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens).
  44  *
  45  * @return      longueur a allouer
  46  */
  47 void gdcmFile::SetPixelDataSizeFromHeader(void) {
  48    int nb;
  49    std::string str_nb;
  50
  51    str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
  52    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
  53       nb = 16;
  54    } else {
  55       nb = atoi(str_nb.c_str() );
  56       if (nb == 12) nb =16;
  57    }
  58    lgrTotale =  GetXSize() *  GetYSize() *  GetZSize() * (nb/8)* GetSamplesPerPixel();
  59    std::string str_PhotometricInterpretation = gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
  60    if ( str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR " ) {
  61       lgrTotale*=3;
  62    }
  63 }
  64    // see PS 3.3-2003 : C.7.6.3.2.1
  65    //
  66    //   MONOCHROME1
  67    //   MONOCHROME2
  68    //   PALETTE COLOR
  69    //   RGB
  70    //   HSV  (Retired)
  71    //   ARGB (Retired)
  72    //   CMYK (Retired)
  73    //   YBR_FULL
  74    //   YBR_FULL_422 (no LUT, no Palette)
  75    //   YBR_PARTIAL_422
  76    //   YBR_ICT
  77    //   YBR_RCT
  78
  79   // LUT's
  80   // ex : gdcm-US-ALOKA-16.dcm
  81   // 0028|1221 [OW]   [Segmented Red Palette Color Lookup Table Data]
  82   // 0028|1222 [OW]   [Segmented Green Palette Color Lookup Table Data]
  83   // 0028|1223 [OW]   [Segmented Blue Palette Color Lookup Table Data]
  84
  85   // ex : US-PAL-8-10x-echo.dcm, 8BitsRunLengthColor.dcm
  86   // 0028|1201 [OW]   [Red Palette Color Lookup Table Data]
  87   // 0028|1202 [OW]   [Green Palette Color Lookup Table Data]
  88   // 0028|1203 [OW]   [Blue Palette Color Lookup Table Data]
  89
  90   // ex  : OT-PAL-8-face.dcm
  91   // 0028|1201 [US]   [Red Palette Color Lookup Table Data]
  92   // 0028|1202 [US]   [Green Palette Color Lookup Table Data]
  93   // 0028|1203 [US]   [Blue Palette Color Lookup Table Data]
  94
  95
  96 /////////////////////////////////////////////////////////////////
  97 /**
  98  * \ingroup   gdcmFile
  99  * \brief     Returns the size (in bytes) of required memory to hold
 100  *            the pixel data represented in this file.
 101  * @return    The size of pixel data in bytes.
 102  */
 103
 104 size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) {
 105    return (lgrTotale);
 106 }
 107
 108
 109 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 110 /**
 111  * \ingroup gdcmFile
 112  * \brief   Read pixel data from disk (optionaly decompressing) into the
 113  *          caller specified memory location.
 114  * @param   destination where the pixel data should be stored.
 115  *
 116  */
 117 bool gdcmFile::ReadPixelData(void* destination) {
 118
 119    if ( !OpenFile())
 120       return false;
 121
 122     if ( fseek(fp, GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) {
 123       CloseFile();
 124       return false;
 125    }
 126
 127 // -------------------------  Uncompressed File
 128
 129    if ( !IsDicomV3()                             ||
 130         IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 131         IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 132         IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax()    ||
 133         IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ) {
 134
 135       size_t ItemRead = fread(destination, lgrTotale, 1, fp);
 136       if ( ItemRead != 1 ) {
 137          CloseFile();
 138          return false;
 139       } else {
 140          CloseFile();
 141          return true;
 142       }
 143    }
 144
 145  // ------------------------  Compressed File .
 146
 147       int nb;
 148       std::string str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 149       if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 150          nb = 16;
 151       } else {
 152          nb = atoi(str_nb.c_str() );
 153          if (nb == 12) nb =16;
 154       }
 155       int nBytes= nb/8;
 156
 157       int taille = GetXSize() *  GetYSize()  * GetSamplesPerPixel();
 158
 159
 160   // ------------------------------- JPEG LossLess : call to Jpeg Libido
 161
 162    if (IsJPEGLossless() && GetZSize() == 1) {
 163
 164       int ln; //  Position on begining of Jpeg Pixels
 165       fseek(fp,4,SEEK_CUR);  // skipping (fffe,e000) : Basic Offset Table Item
 166       fread(&ln,4,1,fp);
 167       if(GetSwapCode())
 168          ln=SwapLong(ln);    // Item length
 169       fseek(fp,ln,SEEK_CUR); // skipping Basic Offset Table ('ln' bytes)
 170       fseek(fp,4,SEEK_CUR);  // skipping (fffe,e000) : First fragment Item Tag
 171       fread(&ln,4,1,fp);     // First fragment length (just to know)
 172       if(GetSwapCode())
 173          ln=SwapLong(ln);
 174
 175       ClbJpeg* jpg = _IdDcmJpegRead(fp); // TODO : find a 'full' one.
 176                                          // (We use the LibIDO one :-(
 177       if(jpg == NULL) {
 178          CloseFile();
 179          return false;
 180       }
 181       int * dataJpg = jpg->DataImg;
 182
 183       switch (nBytes) {
 184          case 1:
 185          {
 186             unsigned short *dest = (unsigned short *)destination;
 187             for (int i=0; i<taille; i++) {
 188                *((unsigned char *)dest+i) = *(dataJpg +i);
 189             }
 190          }
 191          break;
 192
 193          case 2:
 194          {
 195             unsigned short *dest = (unsigned short *)destination;
 196             for (int i=0; i<taille; i++) {
 197                *((unsigned short *)dest+i) = *(dataJpg +i);
 198             }
 199          }
 200          break;
 201      }
 202       _IdDcmJpegFree (jpg);
 203       return true;
 204    }
 205
 206   // ------------------------------- RLE
 207
 208       if (gdcmHeader::IsRLELossLessTransferSyntax()) {
 209             int res = (bool)gdcm_read_RLE_file (destination);
 210             return res;
 211       }
 212
 213   // ------------------------------- Multiframe JPEG
 214
 215       long fragmentBegining; // for ftell, fseek
 216       bool b = gdcmHeader::IsJPEG2000();
 217
 218       bool res;
 219       guint16 ItemTagGr,ItemTagEl;
 220       int ln;  //  Position on begining of Jpeg Pixels
 221
 222       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 223       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 224       if(GetSwapCode()) {
 225          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 226          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 227       }
 228       fread(&ln,4,1,fp);
 229       if(GetSwapCode())
 230          ln=SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item length
 231
 232       if (ln != 0) {
 233          // What is it used for ?!?
 234          char *BasicOffsetTableItemValue = (char *)malloc(ln+1);
 235          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
 236       }
 237
 238       // first Fragment initialisation
 239       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 240       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 241       if(GetSwapCode()) {
 242          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 243          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 244       }
 245
 246       // parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 247       //unsigned short *dest = (unsigned short *)destination;
 248
 249       while (  ( ItemTagGr == 0xfffe) && (ItemTagEl != 0xe0dd) ) {
 250          fread(&ln,4,1,fp);
 251          if(GetSwapCode())
 252             ln=SwapLong(ln);    // Fragment Item length
 253
 254          // FIXME : multi fragments
 255          fragmentBegining=ftell(fp);
 256
 257          if (b)
 258             res = (bool)gdcm_read_JPEG2000_file (destination);  // Not Yet written
 259
 260          else if (IsJPEGLossless()) { // JPEG LossLess : call to LibIDO Jpeg
 261
 262                   // -------------  for each Fragment
 263
 264                   // Warning : Works only if there is one fragment per frame
 265                   //           (Or a single fragment for the multiframe file)
 266             ClbJpeg* jpg = _IdDcmJpegRead(fp); // TODO : find a 'full' one.
 267                                                // (We use the LibIDO one :-(
 268             if(jpg == NULL) {
 269                CloseFile();
 270                return false;
 271             }
 272             int * dataJpg = jpg->DataImg;
 273             unsigned short *dest = (unsigned short *)destination;
 274             switch (nBytes) {
 275                case 1:
 276                {
 277                   for (int i=0; i<taille; i++) {
 278                      *((unsigned char *)dest+i) = *(dataJpg +i);
 279                   }
 280                break;
 281                }
 282
 283                case 2:
 284                {
 285                   for (int i=0; i<taille; i++) {
 286                      *((unsigned short *)dest+i) = *(dataJpg +i);
 287                   }
 288                break;
 289                }
 290            }
 291            _IdDcmJpegFree (jpg);
 292
 293            res=1; // in order not to break the loop
 294
 295          } // ------------------------------------- endif (IsJPEGLossless())
 296
 297          else  //               JPEG Lossy : call to IJG 6b
 298             if  (GetBitsStored() == 8) {
 299                 res = (bool)gdcm_read_JPEG_file (destination);  // Reading Fragment pixels
 300             } else {
 301                 res = (bool)gdcm_read_JPEG_file12 (destination);// Reading Fragment pixels
 302             }
 303
 304          if (!res) break;
 305
 306          destination = (char *)destination + taille * nBytes; // location in user's memory
 307                                                               // for next fragment (if any)
 308
 309          fseek(fp,fragmentBegining,SEEK_SET); // To be sure we start
 310          fseek(fp,ln,SEEK_CUR);               // at the begining of next fragment
 311
 312          ItemTagGr = ItemTagEl =0;
 313          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 314          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 315          if(GetSwapCode()) {
 316             ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 317             ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 318          }
 319
 320       }     // endWhile parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 321
 322       return res;
 323 }
 324
 325 /**
 326  * \ingroup gdcmFile
 327  * \brief   Allocates necessary memory, copies the pixel data
 328  *          (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 329  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 330  * \        NULL if alloc fails
 331  */
 332 void * gdcmFile::GetImageData (void) {
 333    PixelData = (void *) malloc(lgrTotale);
 334    if (PixelData)
 335       GetImageDataIntoVector(PixelData, lgrTotale);
 336    return(PixelData);
 337 }
 338
 339 /**
 340  * \ingroup gdcmFile
 341  * \brief   Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller's
 342  *          memory space.
 343  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 344  *          pixel data should be copied
 345  * @param   MaxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 346  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 347  *          executed (i.e. no partial copy).
 348  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 349  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 350  */
 351
 352 size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) {
 353
 354    int nb, nbu, highBit, signe;
 355    std::string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
 356
 357    if ( lgrTotale > MaxSize ) {
 358       dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
 359                      "than caller's expected MaxSize");
 360       return (size_t)0;
 361    }
 362
 363    (void)ReadPixelData(destination);
 364
 365         // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
 366    str_nb = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 367    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 368       nb = 16;
 369    } else {
 370       nb = atoi(str_nb.c_str() );
 371    }
 372
 373         // Nombre de Bits Utilises
 374    str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
 375    if (str_nbu == GDCM_UNFOUND ) {
 376       nbu = nb;
 377    } else {
 378       nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
 379    }
 380
 381         // Position du Bit de Poids Fort
 382    str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
 383    if (str_highBit == GDCM_UNFOUND ) {
 384       highBit = nb - 1;
 385    } else {
 386       highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
 387    }
 388
 389         // Signe des Pixels
 390    str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
 391    if (str_signe == GDCM_UNFOUND ) {
 392       signe = 1;
 393    } else {
 394       signe = atoi(str_signe.c_str() );
 395    }
 396
 397    // re arange bytes inside the integer
 398    if (nb != 8)
 399      SwapZone(destination, GetSwapCode(), lgrTotale, nb);
 400
 401    // re arange bits inside the bytes
 402    if (nbu != nb){
 403       int l = (int)lgrTotale / (nb/8);
 404       if (nb == 16) {
 405          guint16 mask = 0xffff;
 406          mask = mask >> (nb-nbu);
 407          guint16 *deb = (guint16 *)destination;
 408          for(int i = 0; i<l; i++) {
 409             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 410             deb ++;
 411          }
 412       } else if (nb == 32 ) {
 413          guint32 mask = 0xffffffff;
 414          mask = mask >> (nb-nbu);
 415          guint32 *deb = (guint32 *)destination;
 416          for(int i = 0; i<l; i++) {
 417             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 418             deb ++;
 419          }
 420       } else {
 421          dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: wierd image");
 422          return (size_t)0;
 423       }
 424    }
 425
 426 // Just to 'see' was was actually read on disk :-(
 427 // Some troubles expected
 428
 429    // *Try* to deal with the color
 430    // ----------------------------
 431
 432    // Planar configuration = 0 : Pixels are already RGB
 433    // Planar configuration = 1 : 3 planes : R, G, B
 434    // Planar configuration = 2 : 1 gray Plane + 3 LUT
 435
 436    // Well ... supposed to be !
 437    // See US-PAL-8-10x-echo.dcm: PlanarConfiguration=0,PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR
 438    // and heuristic has to be found :-(
 439
 440       std::string str_PhotometricInterpretation = gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
 441
 442       if ( (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME1 ")
 443         || (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME2 ")
 444         || (str_PhotometricInterpretation == "RGB")) {
 445          return lgrTotale;
 446       }
 447       int planConf=GetPlanarConfiguration();
 448
 449       // Whatever Planar Configuration is, "PALETTE COLOR " implies that we deal with the palette.
 450       if (str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ")
 451          planConf=2;
 452
 453       switch (planConf) {
 454       case 0:
 455          //       Pixels are already RGB
 456          break;
 457
 458       case 1:
 459
 460          {
 461          if (str_PhotometricInterpretation == "YBR_FULL") { // Warning : YBR_FULL_422 acts as RGB (?!)
 462
 463          //       need to make RGB Pixels from Planes Y,cB,cR
 464          // see http://lestourtereaux.free.fr/papers/data/yuvrgb.pdf
 465          // for code optimisation
 466
 467             int l = GetXSize()*GetYSize();
 468             int nbFrames = GetZSize();
 469
 470             unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 471             unsigned char *x  = newDest;
 472             unsigned char * a = (unsigned char *)destination;
 473             unsigned char * b = a + l;
 474             unsigned char * c = b + l;
 475
 476             double R,G,B;
 477
 478             // TODO : Replace by the 'well known'
 479             //        integer computation counterpart
 480             for (int i=0;i<nbFrames;i++) {
 481                for (int j=0;j<l; j++) {
 482                   R= 1.164 *( *a-16) + 1.596 *( *c -128) + 0.5;
 483                   G= 1.164 *( *a-16) - 0.813 *( *c -128) - 0.392 *(*b -128) + 0.5;
 484                   B= 1.164 *( *a-16) + 2.017 *( *b -128) + 0.5;
 485
 486                   if (R<0.0)   R=0.0;
 487                   if (G<0.0)   G=0.0;
 488                   if (B<0.0)   B=0.0;
 489                   if (R>255.0) R=255.0;
 490                   if (G>255.0) G=255.0;
 491                   if (B>255.0) B=255.0;
 492
 493                   *(x++) = (unsigned char)R;
 494                   *(x++) = (unsigned char)G;
 495                   *(x++) = (unsigned char)B;
 496                   a++; b++; c++;
 497                }
 498            }
 499             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 500             free(newDest);
 501
 502         } else {
 503
 504          //       need to make RGB Pixels from Planes R,G,B
 505
 506             int l = GetXSize()*GetYSize();
 507             int nbFrames = GetZSize();
 508
 509             char * newDest = (char*) malloc(lgrTotale);
 510             char *x  = newDest;
 511             char * a = (char *)destination;
 512             char * b = a + l;
 513             char * c = b + l;
 514
 515                // TODO :
 516                // any trick not to have to allocate temporary buffer is welcome ...
 517
 518             for (int i=0;i<nbFrames;i++) {
 519                for (int j=0;j<l; j++) {
 520                   *(x++) = *(a++);
 521                   *(x++) = *(b++);
 522                   *(x++) = *(c++);
 523                }
 524             }
 525             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 526             free(newDest);
 527         }
 528
 529             // now, it's an RGB image
 530             // Lets's write it in the Header
 531          std::string spp = "3";
 532          gdcmHeader::SetPubElValByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 533          std::string rgb="RGB";
 534          gdcmHeader::SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 535          break;
 536        }
 537
 538        case 2:
 539          //       from Lut R + Lut G + Lut B
 540
 541          // we no longer use gdcmHeader::GetLUTRGB
 542          // since a lot of images have strange info
 543          // in the Lookup Table Descriptors (0028,1101),...
 544          {
 545          unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 546          unsigned char * a = (unsigned char *)destination;
 547
 548          unsigned char *lutR =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1201);
 549          unsigned char *lutG =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1202);
 550          unsigned char *lutB =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1203);
 551
 552          if (lutR && lutG && lutB ) { // need to make RGB Pixels
 553                                       // from grey Pixels
 554                                       // and Lut R,Lut G,Lut B
 555
 556             unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 557             int l = lgrTotale/3;
 558             memmove(newDest, destination, l);// move Gray pixels to temp area
 559
 560             unsigned char * x = newDest;
 561
 562             int j;
 563                // See PS 3.3-2003 C.11.1.1.2 p 619
 564                //
 565             int mult;
 566             if ( GetLUTNbits()==16 && nb==8) mult=2; // See PS 3.3
 567             else mult=1;
 568
 569             // if we get a black image, let's just remove the '+1'
 570             // and check again
 571             // if it works, we shall have to check the 3 Palettes
 572             // to see which byte is ==0 (first one, on second one)
 573
 574             for (int i=0;i<l; i++) {
 575                j=newDest[i]*mult +1;
 576                *a++ = lutR[j];
 577                *a++ = lutG[j];
 578                *a++ = lutB[j];
 579             }
 580
 581             free(newDest);
 582
 583                // now, it's an RGB image
 584            std::string spp = "3";
 585            gdcmHeader::SetPubElValByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 586            std::string rgb="RGB";
 587            gdcmHeader::SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 588
 589          } else { // need to make RGB Pixels (?)
 590                   // from grey Pixels (?!)
 591                   // and Gray Lut  (!?!)
 592                unsigned char *lutGray =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1200);
 593                     // Well . I'll wait till I find such an image
 594          }
 595          break;
 596          }
 597    }
 598
 599    return lgrTotale;
 600 }
 601
 602 //
 603 // Je laisse le code integral, au cas ça puisse etre reutilise ailleurs
 604 //
 605
 606 /**
 607  * \ingroup gdcmFile
 608  * \brief   Swap the bytes, according to swap code.
 609  * \warning not end user intended
 610  * @param   im area to deal with
 611  * @param   swap swap code
 612  * @param   lgr Area Length
 613  * @param   nb Pixels Bit number
 614  */
 615
 616 void gdcmFile::SwapZone(void* im, int swap, int lgr, int nb) {
 617 guint32 s32;
 618 guint16 fort,faible;
 619 int i;
 620
 621 if(nb == 16)
 622    switch(swap) {
 623       case 0:
 624       case 12:
 625       case 1234:
 626          break;
 627
 628       case 21:
 629       case 3412:
 630       case 2143:
 631       case 4321:
 632
 633          for(i=0;i<lgr;i++)
 634             ((unsigned short int*)im)[i]= ((((unsigned short int*)im)[i])>>8)
 635                                         | ((((unsigned short int*)im)[i])<<8);
 636          break;
 637
 638       default:
 639          printf("valeur de SWAP (16 bits) not allowed : %d\n", swap);
 640    }
 641
 642 if( nb == 32 )
 643    switch (swap) {
 644       case 0:
 645       case 1234:
 646          break;
 647
 648       case 4321:
 649          for(i=0;i<lgr;i++) {
 650             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 4321 */
 651             fort  =((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 652             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 653             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 654             s32=faible;
 655             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 656          }
 657          break;
 658
 659       case 2143:
 660          for(i=0;i<lgr;i++) {
 661             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 2143 */
 662             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 663             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 664             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 665             s32=fort;
 666             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|faible;
 667          }
 668          break;
 669
 670       case 3412:
 671          for(i=0;i<lgr;i++) {
 672             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 3412 */
 673             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 674             s32=faible;
 675             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 676          }
 677          break;
 678
 679       default:
 680          printf(" SWAP value (32 bits) not allowed : %d\n", swap);
 681    }
 682 return;
 683 }
 684
 685 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 686 /**
 687  * \ingroup   gdcmFile
 688  * \brief TODO JPR
 689  * \warning doit-etre etre publique ?
 690  * TODO : y a-t-il un inconvenient à fusioner ces 2 fonctions
 691  *
 692  * @param inData
 693  * @param ExpectedSize
 694  *
 695  * @return integer acts as a boolean
 696  */
 697 int gdcmFile::SetImageData(void * inData, size_t ExpectedSize) {
 698    SetImageDataSize(ExpectedSize);
 699    PixelData = inData;
 700    lgrTotale = ExpectedSize;
 701    return(1);
 702 }
 703
 704
 705 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 706 /**
 707  * \ingroup   gdcmFile
 708  * \brief Sets the Pixel Area size in the Header
 709  *        --> not-for-rats function
 710  *
 711  * \warning WARNING doit-etre etre publique ?
 712  * TODO : y aurait il un inconvenient à fusionner ces 2 fonctions
 713  *
 714  * @param ImageDataSize new Pixel Area Size
 715  *        warning : nothing else is checked
 716  */
 717
 718 void gdcmFile::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize) {
 719    std::string content1;
 720    char car[20];
 721    // Assumes ElValue (0x7fe0, 0x0010) exists ...
 722    sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
 723
 724    gdcmElValue*a = GetElValueByNumber(0x7fe0, 0x0010);
 725    a->SetLength(ImageDataSize);
 726
 727    ImageDataSize+=8;
 728    sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
 729    content1=car;
 730    SetPubElValByNumber(content1, 0x7fe0, 0x0000);
 731 }
 732
 733
 734 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 735 /**
 736  * \ingroup   gdcmFile
 737  * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image
 738  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 739  *        Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement
 740  *        (Equivalent a IdImaWriteRawFile)
 741  *
 742  * @param fileName
 743  * @return
 744  */
 745
 746 int gdcmFile::WriteRawData (std::string fileName) {
 747    FILE * fp1;
 748    fp1 = fopen(fileName.c_str(),"wb");
 749    if (fp1 == NULL) {
 750       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",fileName.c_str());
 751       return (0);
 752    }
 753    fwrite (PixelData,lgrTotale, 1, fp1);
 754    fclose (fp1);
 755    return(1);
 756 }
 757
 758 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 759 /**
 760  * \ingroup   gdcmFile
 761  * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom
 762  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 763  *         Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 764  *         (Equivalent a IdDcmWrite)
 765  *
 766  * @param fileName
 767  * @return int acts as a boolean
 768  */
 769
 770 int gdcmFile::WriteDcmImplVR (std::string fileName) {
 771    return WriteBase(fileName, ImplicitVR);
 772 }
 773
 774 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 775 /**
 776  * \ingroup   gdcmFile
 777  * \brief
 778  * @param  fileName
 779  * @return int acts as a boolean
 780  */
 781
 782 int gdcmFile::WriteDcmImplVR (const char* fileName) {
 783    return WriteDcmImplVR (std::string (fileName));
 784 }
 785
 786 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 787 /**
 788  * \ingroup   gdcmFile
 789  * \brief
 790  * @param  fileName
 791  * @return int acts as a boolean
 792  */
 793
 794 int gdcmFile::WriteDcmExplVR (std::string fileName) {
 795    return WriteBase(fileName, ExplicitVR);
 796 }
 797
 798 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 799 /**
 800  * \ingroup   gdcmFile
 801  * \brief  Ecrit au format ACR-NEMA sur disque l'entete et les pixels
 802  *        (a l'attention des logiciels cliniques
 803  *        qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
 804  * \warning si un header DICOM est fourni en entree,
 805  *        les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores)
 806  * \warning Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 807  *        Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 808  *        (Equivalent a IdDcmWrite)
 809  *
 810  * @param fileName
 811  * @return int acts as a boolean
 812  */
 813
 814 int gdcmFile::WriteAcr (std::string fileName) {
 815    return WriteBase(fileName, ACR);
 816 }
 817
 818 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 819 /**
 820  * \ingroup   gdcmFile
 821  *
 822  * @param  FileName
 823  * @param  type
 824  *
 825  * @return int acts as a boolean
 826  */
 827 int gdcmFile::WriteBase (std::string FileName, FileType type) {
 828
 829    FILE * fp1;
 830    fp1 = fopen(FileName.c_str(),"wb");
 831    if (fp1 == NULL) {
 832       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",FileName.c_str());
 833       return (0);
 834    }
 835
 836    if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) ) {
 837       char * filePreamble;
 838       // writing Dicom File Preamble
 839       filePreamble=(char*)calloc(128,1);
 840       fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
 841       fwrite("DICM",4,1,fp1);
 842    }
 843
 844    // --------------------------------------------------------------
 845    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 846    //
 847    // if recognition code tells us we dealt with a LibIDO image
 848    // we reproduce on disk the switch between lineNumber and columnNumber
 849    // just before writting ...
 850
 851    std::string rows, columns;
 852    if ( filetype == ACR_LIBIDO){
 853          rows    = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0010);
 854          columns = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0011);
 855          SetPubElValByNumber(columns,  0x0028, 0x0010);
 856          SetPubElValByNumber(rows   ,  0x0028, 0x0011);
 857    }
 858    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 859
 860    gdcmHeader::Write(fp1, type);
 861
 862    // --------------------------------------------------------------
 863    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 864    //
 865    // ...and we restore the Header to be Dicom Compliant again
 866    // just after writting
 867
 868    if (filetype == ACR_LIBIDO){
 869          SetPubElValByNumber(rows   , 0x0028, 0x0010);
 870          SetPubElValByNumber(columns, 0x0028, 0x0011);
 871    }
 872    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 873
 874    fwrite(PixelData, lgrTotale, 1, fp1);
 875    fclose (fp1);
 876    return(1);
 877 }