src/gdcmFile.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: gdcmFile.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/02/07 09:51:03 $
   7   Version:   $Revision: 1.214 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 //
  20 // --------------  Remember ! ----------------------------------
  21 //
  22 // Image Position Patient                              (0020,0032):
  23 // If not found (ACR_NEMA) we try Image Position       (0020,0030)
  24 // If not found (ACR-NEMA), we consider Slice Location (0020,1041)
  25 //                                   or Location       (0020,0050)
  26 //                                   as the Z coordinate,
  27 // 0. for all the coordinates if nothing is found
  28 //
  29 // ---------------------------------------------------------------
  30 //
  31 #include "gdcmFile.h"
  32 #include "gdcmGlobal.h"
  33 #include "gdcmUtil.h"
  34 #include "gdcmDebug.h"
  35 #include "gdcmTS.h"
  36 #include "gdcmValEntry.h"
  37 #include "gdcmBinEntry.h"
  38 #include "gdcmSeqEntry.h"
  39 #include "gdcmRLEFramesInfo.h"
  40 #include "gdcmJPEGFragmentsInfo.h"
  41
  42 #include <stdio.h> //sscanf
  43 #include <vector>
  44
  45 namespace gdcm
  46 {
  47 //-----------------------------------------------------------------------------
  48 // Constructor / Destructor
  49 /**
  50  * \brief  Constructor
  51  * @param  filename name of the file whose header we want to analyze
  52  */
  53 File::File( std::string const &filename )
  54      :Document( filename )
  55 {
  56    RLEInfo  = new RLEFramesInfo;
  57    JPEGInfo = new JPEGFragmentsInfo;
  58
  59    // for some ACR-NEMA images GrPixel, NumPixel is *not* 7fe0,0010
  60    // We may encounter the 'RETired' (0x0028, 0x0200) tag
  61    // (Image Location") . This entry contains the number of
  62    // the group that contains the pixel data (hence the "Pixel Data"
  63    // is found by indirection through the "Image Location").
  64    // Inside the group pointed by "Image Location" the searched element
  65    // is conventionally the element 0x0010 (when the norm is respected).
  66    // When the "Image Location" is missing we default to group 0x7fe0.
  67    // Note: this IS the right place for the code
  68
  69    // Image Location
  70    const std::string &imgLocation = GetEntryValue(0x0028, 0x0200);
  71    if ( imgLocation == GDCM_UNFOUND )
  72    {
  73       // default value
  74       GrPixel = 0x7fe0;
  75    }
  76    else
  77    {
  78       GrPixel = (uint16_t) atoi( imgLocation.c_str() );
  79    }
  80
  81    // sometimes Image Location value doesn't follow
  82    // the supposed processor endianness.
  83    // see gdcmData/cr172241.dcm
  84    if ( GrPixel == 0xe07f )
  85    {
  86       GrPixel = 0x7fe0;
  87    }
  88
  89    if ( GrPixel != 0x7fe0 )
  90    {
  91       // This is a kludge for old dirty Philips imager.
  92       NumPixel = 0x1010;
  93    }
  94    else
  95    {
  96       NumPixel = 0x0010;
  97    }
  98
  99    // Now, we know GrPixel and NumPixel.
 100    // Let's create a VirtualDictEntry to allow a further VR modification
 101    // and force VR to match with BitsAllocated.
 102    DocEntry *entry = GetDocEntry(GrPixel, NumPixel);
 103    if ( entry != 0 )
 104    {
 105       // Compute the RLE or JPEG info
 106       OpenFile();
 107       std::string ts = GetTransferSyntax();
 108       Fp->seekg( entry->GetOffset(), std::ios::beg );
 109       if ( Global::GetTS()->IsRLELossless(ts) )
 110          ComputeRLEInfo();
 111       else if ( Global::GetTS()->IsJPEG(ts) )
 112          ComputeJPEGFragmentInfo();
 113       CloseFile();
 114
 115       // Create a new BinEntry to change the the DictEntry
 116       // The changed DictEntry will have
 117       // - a correct PixelVR OB or OW)
 118       // - a VM to "PXL"
 119       // - the name to "Pixel Data"
 120       BinEntry *oldEntry = dynamic_cast<BinEntry *>(entry);
 121       if(oldEntry)
 122       {
 123          std::string PixelVR;
 124          // 8 bits allocated is a 'O Bytes' , as well as 24 (old ACR-NEMA RGB)
 125          // more than 8 (i.e 12, 16) is a 'O Words'
 126          if ( GetBitsAllocated() == 8 || GetBitsAllocated() == 24 )
 127             PixelVR = "OB";
 128          else
 129             PixelVR = "OW";
 130
 131          // Change only made if usefull
 132          if( PixelVR != oldEntry->GetVR() )
 133          {
 134             DictEntry* newDict = NewVirtualDictEntry(GrPixel,NumPixel,
 135                                                      PixelVR,"1","Pixel Data");
 136
 137             BinEntry *newEntry = new BinEntry(newDict);
 138             newEntry->Copy(entry);
 139             newEntry->SetBinArea(oldEntry->GetBinArea(),oldEntry->IsSelfArea());
 140             oldEntry->SetSelfArea(false);
 141
 142             RemoveEntry(oldEntry);
 143             AddEntry(newEntry);
 144          }
 145       }
 146    }
 147 }
 148
 149 /**
 150  * \brief Constructor used when we want to generate dicom files from scratch
 151  */
 152 File::File():
 153    Document()
 154 {
 155    RLEInfo  = new RLEFramesInfo;
 156    JPEGInfo = new JPEGFragmentsInfo;
 157    InitializeDefaultFile();
 158 }
 159
 160 /**
 161  * \brief   Canonical destructor.
 162  */
 163 File::~File ()
 164 {
 165    if( RLEInfo )
 166       delete RLEInfo;
 167    if( JPEGInfo )
 168       delete JPEGInfo;
 169 }
 170
 171 //-----------------------------------------------------------------------------
 172 // Public
 173 /**
 174  * \brief  This predicate, based on hopefully reasonable heuristics,
 175  *         decides whether or not the current File was properly parsed
 176  *         and contains the mandatory information for being considered as
 177  *         a well formed and usable Dicom/Acr File.
 178  * @return true when File is the one of a reasonable Dicom/Acr file,
 179  *         false otherwise.
 180  */
 181 bool File::IsReadable()
 182 {
 183    if( !Document::IsReadable() )
 184    {
 185       return false;
 186    }
 187
 188    const std::string &res = GetEntryValue(0x0028, 0x0005);
 189    if ( res != GDCM_UNFOUND && atoi(res.c_str()) > 4 )
 190    {
 191       return false; // Image Dimensions
 192    }
 193    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0100) )
 194    {
 195       return false; // "Bits Allocated"
 196    }
 197    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0101) )
 198    {
 199       return false; // "Bits Stored"
 200    }
 201    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0102) )
 202    {
 203       return false; // "High Bit"
 204    }
 205    if ( !GetDocEntry(0x0028, 0x0103) )
 206    {
 207       return false; // "Pixel Representation" i.e. 'Sign'
 208    }
 209
 210    return true;
 211 }
 212
 213 /**
 214  * \brief gets the info from 0020,0013 : Image Number else 0.
 215  * @return image number
 216  */
 217 int File::GetImageNumber()
 218 {
 219    // The function i atoi() takes the address of an area of memory as
 220    // parameter and converts the string stored at that location to an integer
 221    // using the external decimal to internal binary conversion rules. This may
 222    // be preferable to sscanf() since atoi() is a much smaller, simpler and
 223    // faster function. sscanf() can do all possible conversions whereas
 224    // atoi() can only do single decimal integer conversions.
 225    //0020 0013 IS REL Image Number
 226    std::string strImNumber = GetEntryValue(0x0020,0x0013);
 227    if ( strImNumber != GDCM_UNFOUND )
 228    {
 229       return atoi( strImNumber.c_str() );
 230    }
 231    return 0;   //Hopeless
 232 }
 233
 234 /**
 235  * \brief gets the info from 0008,0060 : Modality
 236  * @return Modality Type
 237  */
 238 ModalityType File::GetModality()
 239 {
 240    // 0008 0060 CS ID Modality
 241    std::string strModality = GetEntryValue(0x0008,0x0060);
 242    if ( strModality != GDCM_UNFOUND )
 243    {
 244            if ( strModality.find("AU") < strModality.length()) return AU;
 245       else if ( strModality.find("AS") < strModality.length()) return AS;
 246       else if ( strModality.find("BI") < strModality.length()) return BI;
 247       else if ( strModality.find("CF") < strModality.length()) return CF;
 248       else if ( strModality.find("CP") < strModality.length()) return CP;
 249       else if ( strModality.find("CR") < strModality.length()) return CR;
 250       else if ( strModality.find("CT") < strModality.length()) return CT;
 251       else if ( strModality.find("CS") < strModality.length()) return CS;
 252       else if ( strModality.find("DD") < strModality.length()) return DD;
 253       else if ( strModality.find("DF") < strModality.length()) return DF;
 254       else if ( strModality.find("DG") < strModality.length()) return DG;
 255       else if ( strModality.find("DM") < strModality.length()) return DM;
 256       else if ( strModality.find("DS") < strModality.length()) return DS;
 257       else if ( strModality.find("DX") < strModality.length()) return DX;
 258       else if ( strModality.find("ECG") < strModality.length()) return ECG;
 259       else if ( strModality.find("EPS") < strModality.length()) return EPS;
 260       else if ( strModality.find("FA") < strModality.length()) return FA;
 261       else if ( strModality.find("FS") < strModality.length()) return FS;
 262       else if ( strModality.find("HC") < strModality.length()) return HC;
 263       else if ( strModality.find("HD") < strModality.length()) return HD;
 264       else if ( strModality.find("LP") < strModality.length()) return LP;
 265       else if ( strModality.find("LS") < strModality.length()) return LS;
 266       else if ( strModality.find("MA") < strModality.length()) return MA;
 267       else if ( strModality.find("MR") < strModality.length()) return MR;
 268       else if ( strModality.find("NM") < strModality.length()) return NM;
 269       else if ( strModality.find("OT") < strModality.length()) return OT;
 270       else if ( strModality.find("PT") < strModality.length()) return PT;
 271       else if ( strModality.find("RF") < strModality.length()) return RF;
 272       else if ( strModality.find("RG") < strModality.length()) return RG;
 273       else if ( strModality.find("RTDOSE")   < strModality.length()) return RTDOSE;
 274       else if ( strModality.find("RTIMAGE")  < strModality.length()) return RTIMAGE;
 275       else if ( strModality.find("RTPLAN")   < strModality.length()) return RTPLAN;
 276       else if ( strModality.find("RTSTRUCT") < strModality.length()) return RTSTRUCT;
 277       else if ( strModality.find("SM") < strModality.length()) return SM;
 278       else if ( strModality.find("ST") < strModality.length()) return ST;
 279       else if ( strModality.find("TG") < strModality.length()) return TG;
 280       else if ( strModality.find("US") < strModality.length()) return US;
 281       else if ( strModality.find("VF") < strModality.length()) return VF;
 282       else if ( strModality.find("XA") < strModality.length()) return XA;
 283       else if ( strModality.find("XC") < strModality.length()) return XC;
 284
 285       else
 286       {
 287          /// \todo throw error return value ???
 288          /// specified <> unknown in our database
 289          return Unknow;
 290       }
 291    }
 292
 293    return Unknow;
 294 }
 295
 296 /**
 297  * \brief   Retrieve the number of columns of image.
 298  * @return  The encountered size when found, 0 by default.
 299  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller will have to check
 300  */
 301 int File::GetXSize()
 302 {
 303    const std::string &strSize = GetEntryValue(0x0028,0x0011);
 304    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 305    {
 306       return 0;
 307    }
 308
 309    return atoi( strSize.c_str() );
 310 }
 311
 312 /**
 313  * \brief   Retrieve the number of lines of image.
 314  * \warning The defaulted value is 1 as opposed to File::GetXSize()
 315  * @return  The encountered size when found, 1 by default
 316  *          (The ACR-NEMA file contains a Signal, not an Image).
 317  */
 318 int File::GetYSize()
 319 {
 320    const std::string &strSize = GetEntryValue(0x0028,0x0010);
 321    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 322    {
 323       return atoi( strSize.c_str() );
 324    }
 325    if ( IsDicomV3() )
 326    {
 327       return 0;
 328    }
 329
 330    // The Rows (0028,0010) entry was optional for ACR/NEMA. It might
 331    // hence be a signal (1D image). So we default to 1:
 332    return 1;
 333 }
 334
 335 /**
 336  * \brief   Retrieve the number of planes of volume or the number
 337  *          of frames of a multiframe.
 338  * \warning When present we consider the "Number of Frames" as the third
 339  *          dimension. When Missing we consider the third dimension as
 340  *          being the ACR-NEMA "Planes" tag content.
 341  * @return  The encountered size when found, 1 by default (single image).
 342  */
 343 int File::GetZSize()
 344 {
 345    // Both  DicomV3 and ACR/Nema consider the "Number of Frames"
 346    // as the third dimension.
 347    const std::string &strSize = GetEntryValue(0x0028,0x0008);
 348    if ( strSize != GDCM_UNFOUND )
 349    {
 350       return atoi( strSize.c_str() );
 351    }
 352
 353    // We then consider the "Planes" entry as the third dimension
 354    const std::string &strSize2 = GetEntryValue(0x0028,0x0012);
 355    if ( strSize2 != GDCM_UNFOUND )
 356    {
 357       return atoi( strSize2.c_str() );
 358    }
 359
 360    return 1;
 361 }
 362
 363 /**
 364   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 365   *             else 1.0
 366   * @return X dimension of a pixel
 367   */
 368 float File::GetXSpacing()
 369 {
 370    float xspacing, yspacing;
 371    const std::string &strSpacing = GetEntryValue(0x0028,0x0030);
 372
 373    if( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 374    {
 375       gdcmWarningMacro( "Unfound Pixel Spacing (0028,0030)" );
 376       return 1.;
 377    }
 378
 379    int nbValues;
 380    if( ( nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(),
 381          "%f\\%f", &yspacing, &xspacing)) != 2 )
 382    {
 383       // if no values, xspacing is set to 1.0
 384       if( nbValues == 0 )
 385          xspacing = 1.0;
 386       // if single value is found, xspacing is defaulted to yspacing
 387       if( nbValues == 1 )
 388          xspacing = yspacing;
 389
 390       if ( xspacing == 0.0 )
 391          xspacing = 1.0;
 392
 393       return xspacing;
 394
 395    }
 396
 397    // to avoid troubles with David Clunie's-like images
 398    if ( xspacing == 0. && yspacing == 0.)
 399       return 1.;
 400
 401    if ( xspacing == 0.)
 402    {
 403       gdcmWarningMacro("gdcmData/CT-MONO2-8-abdo.dcm problem");
 404       // seems to be a bug in the header ...
 405       nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(), "%f\\0\\%f", &yspacing, &xspacing);
 406       gdcmAssertMacro( nbValues == 2 );
 407    }
 408
 409    return xspacing;
 410 }
 411
 412 /**
 413   * \brief gets the info from 0028,0030 : Pixel Spacing
 414   *             else 1.0
 415   * @return Y dimension of a pixel
 416   */
 417 float File::GetYSpacing()
 418 {
 419    float yspacing = 1.;
 420    std::string strSpacing = GetEntryValue(0x0028,0x0030);
 421
 422    if ( strSpacing == GDCM_UNFOUND )
 423    {
 424       gdcmWarningMacro("Unfound Pixel Spacing (0028,0030)");
 425       return 1.;
 426     }
 427
 428    // if sscanf cannot read any float value, it won't affect yspacing
 429    int nbValues = sscanf( strSpacing.c_str(), "%f", &yspacing);
 430
 431    // if no values, xspacing is set to 1.0
 432    if( nbValues == 0 )
 433       yspacing = 1.0;
 434
 435    if ( yspacing == 0.0 )
 436       yspacing = 1.0;
 437
 438    return yspacing;
 439 }
 440
 441 /**
 442  * \brief gets the info from 0018,0088 : Space Between Slices
 443  *                 else from 0018,0050 : Slice Thickness
 444  *                 else 1.0
 445  * @return Z dimension of a voxel-to be
 446  */
 447 float File::GetZSpacing()
 448 {
 449    // Spacing Between Slices : distance entre le milieu de chaque coupe
 450    // Les coupes peuvent etre :
 451    //   jointives     (Spacing between Slices = Slice Thickness)
 452    //   chevauchantes (Spacing between Slices < Slice Thickness)
 453    //   disjointes    (Spacing between Slices > Slice Thickness)
 454    // Slice Thickness : epaisseur de tissus sur laquelle est acquis le signal
 455    //   ca interesse le physicien de l'IRM, pas le visualisateur de volumes ...
 456    //   Si le Spacing Between Slices est Missing,
 457    //   on suppose que les coupes sont jointives
 458
 459    const std::string &strSpacingBSlices = GetEntryValue(0x0018,0x0088);
 460
 461    if ( strSpacingBSlices == GDCM_UNFOUND )
 462    {
 463       gdcmWarningMacro("Unfound Spacing Between Slices (0018,0088)");
 464       const std::string &strSliceThickness = GetEntryValue(0x0018,0x0050);
 465       if ( strSliceThickness == GDCM_UNFOUND )
 466       {
 467          gdcmWarningMacro("Unfound Slice Thickness (0018,0050)");
 468          return 1.;
 469       }
 470       else
 471       {
 472          // if no 'Spacing Between Slices' is found,
 473          // we assume slices join together
 474          // (no overlapping, no interslice gap)
 475          // if they don't, we're fucked up
 476          return (float)atof( strSliceThickness.c_str() );
 477       }
 478    }
 479    //else
 480    return (float)atof( strSpacingBSlices.c_str() );
 481 }
 482
 483 /**
 484  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 485  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 486  *                 else 0.
 487  * @return up-left image corner X position
 488  */
 489 float File::GetXOrigin()
 490 {
 491    float xImPos, yImPos, zImPos;
 492    std::string strImPos = GetEntryValue(0x0020,0x0032);
 493
 494    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 495    {
 496       gdcmWarningMacro( "Unfound Image Position Patient (0020,0032)");
 497       strImPos = GetEntryValue(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 498       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 499       {
 500          gdcmWarningMacro( "Unfound Image Position (RET) (0020,0030)");
 501          return 0.;
 502       }
 503    }
 504
 505    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 506    {
 507       return 0.;
 508    }
 509
 510    return xImPos;
 511 }
 512
 513 /**
 514  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 515  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 516  *                 else 0.
 517  * @return up-left image corner Y position
 518  */
 519 float File::GetYOrigin()
 520 {
 521    float xImPos, yImPos, zImPos;
 522    std::string strImPos = GetEntryValue(0x0020,0x0032);
 523
 524    if ( strImPos == GDCM_UNFOUND)
 525    {
 526       gdcmWarningMacro( "Unfound Image Position Patient (0020,0032)");
 527       strImPos = GetEntryValue(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 528       if ( strImPos == GDCM_UNFOUND )
 529       {
 530          gdcmWarningMacro( "Unfound Image Position (RET) (0020,0030)");
 531          return 0.;
 532       }
 533    }
 534
 535    if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3 )
 536    {
 537       return 0.;
 538    }
 539
 540    return yImPos;
 541 }
 542
 543 /**
 544  * \brief gets the info from 0020,0032 : Image Position Patient
 545  *                 else from 0020,0030 : Image Position (RET)
 546  *                 else from 0020,1041 : Slice Location
 547  *                 else from 0020,0050 : Location
 548  *                 else 0.
 549  * @return up-left image corner Z position
 550  */
 551 float File::GetZOrigin()
 552 {
 553    float xImPos, yImPos, zImPos;
 554    std::string strImPos = GetEntryValue(0x0020,0x0032);
 555
 556    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 557    {
 558       if( sscanf( strImPos.c_str(), "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos) != 3)
 559       {
 560          gdcmWarningMacro( "Wrong Image Position Patient (0020,0032)");
 561          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 562       }
 563       else
 564       {
 565          return zImPos;
 566       }
 567    }
 568
 569    strImPos = GetEntryValue(0x0020,0x0030); // For ACR-NEMA images
 570    if ( strImPos != GDCM_UNFOUND )
 571    {
 572       if( sscanf( strImPos.c_str(),
 573           "%f\\%f\\%f", &xImPos, &yImPos, &zImPos ) != 3 )
 574       {
 575          gdcmWarningMacro( "Wrong Image Position (RET) (0020,0030)");
 576          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0032
 577       }
 578       else
 579       {
 580          return zImPos;
 581       }
 582    }
 583
 584    std::string strSliceLocation = GetEntryValue(0x0020,0x1041); // for *very* old ACR-NEMA images
 585    if ( strSliceLocation != GDCM_UNFOUND )
 586    {
 587       if( sscanf( strSliceLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 588       {
 589          gdcmWarningMacro( "Wrong Slice Location (0020,1041)");
 590          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x1041
 591       }
 592       else
 593       {
 594          return zImPos;
 595       }
 596    }
 597    gdcmWarningMacro( "Unfound Slice Location (0020,1041)");
 598
 599    std::string strLocation = GetEntryValue(0x0020,0x0050);
 600    if ( strLocation != GDCM_UNFOUND )
 601    {
 602       if( sscanf( strLocation.c_str(), "%f", &zImPos) != 1)
 603       {
 604          gdcmWarningMacro( "Wrong Location (0020,0050)");
 605          return 0.;  // bug in the element 0x0020,0x0050
 606       }
 607       else
 608       {
 609          return zImPos;
 610       }
 611    }
 612    gdcmWarningMacro( "Unfound Location (0020,0050)");
 613
 614    return 0.; // Hopeless
 615 }
 616
 617 /**
 618   * \brief gets the info from 0020,0037 : Image Orientation Patient
 619   * (needed to organize DICOM files based on their x,y,z position)
 620   * @param iop adress of the (6)float aray to receive values
 621   * @return cosines of image orientation patient
 622   */
 623 void File::GetImageOrientationPatient( float iop[6] )
 624 {
 625    std::string strImOriPat;
 626    //iop is supposed to be float[6]
 627    iop[0] = iop[1] = iop[2] = iop[3] = iop[4] = iop[5] = 0.;
 628
 629    // 0020 0037 DS REL Image Orientation (Patient)
 630    if ( (strImOriPat = GetEntryValue(0x0020,0x0037)) != GDCM_UNFOUND )
 631    {
 632       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
 633           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
 634       {
 635          gdcmWarningMacro( "Wrong Image Orientation Patient (0020,0037). Less than 6 values were found." );
 636       }
 637    }
 638    //For ACR-NEMA
 639    // 0020 0035 DS REL Image Orientation (RET)
 640    else if ( (strImOriPat = GetEntryValue(0x0020,0x0035)) != GDCM_UNFOUND )
 641    {
 642       if( sscanf( strImOriPat.c_str(), "%f\\%f\\%f\\%f\\%f\\%f",
 643           &iop[0], &iop[1], &iop[2], &iop[3], &iop[4], &iop[5]) != 6 )
 644       {
 645          gdcmWarningMacro( "wrong Image Orientation Patient (0020,0035). Less than 6 values were found." );
 646       }
 647    }
 648 }
 649
 650 /**
 651  * \brief   Retrieve the number of Bits Stored (actually used)
 652  *          (as opposed to number of Bits Allocated)
 653  * @return  The encountered number of Bits Stored, 0 by default.
 654  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 655  */
 656 int File::GetBitsStored()
 657 {
 658    std::string strSize = GetEntryValue( 0x0028, 0x0101 );
 659    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 660    {
 661       gdcmWarningMacro("(0028,0101) is supposed to be mandatory");
 662       return 0;  // It's supposed to be mandatory
 663                  // the caller will have to check
 664    }
 665    return atoi( strSize.c_str() );
 666 }
 667
 668 /**
 669  * \brief   Retrieve the number of Bits Allocated
 670  *          (8, 12 -compacted ACR-NEMA files, 16, ...)
 671  * @return  The encountered number of Bits Allocated, 0 by default.
 672  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
 673  */
 674 int File::GetBitsAllocated()
 675 {
 676    std::string strSize = GetEntryValue(0x0028,0x0100);
 677    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 678    {
 679       gdcmWarningMacro( "(0028,0100) is supposed to be mandatory");
 680       return 0; // It's supposed to be mandatory
 681                 // the caller will have to check
 682    }
 683    return atoi( strSize.c_str() );
 684 }
 685
 686 /**
 687  * \brief   Retrieve the high bit position.
 688  * \warning The method defaults to 0 when information is Missing.
 689  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 690  * @return  The high bit positin when present. 0 when Missing.
 691  */
 692 int File::GetHighBitPosition()
 693 {
 694    std::string strSize = GetEntryValue( 0x0028, 0x0102 );
 695    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 696    {
 697       gdcmWarningMacro( "(0028,0102) is supposed to be mandatory");
 698       return 0;
 699    }
 700    return atoi( strSize.c_str() );
 701 }
 702
 703 /**
 704  * \brief   Retrieve the number of Samples Per Pixel
 705  *          (1 : gray level, 3 : RGB -1 or 3 Planes-)
 706  * @return  The encountered number of Samples Per Pixel, 1 by default.
 707  *          (Gray level Pixels)
 708  */
 709 int File::GetSamplesPerPixel()
 710 {
 711    const std::string &strSize = GetEntryValue(0x0028,0x0002);
 712    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 713    {
 714       gdcmWarningMacro( "(0028,0002) is supposed to be mandatory");
 715       return 1; // Well, it's supposed to be mandatory ...
 716                 // but sometimes it's missing : *we* assume Gray pixels
 717    }
 718    return atoi( strSize.c_str() );
 719 }
 720
 721 /**
 722  * \brief   Retrieve the Planar Configuration for RGB images
 723  *          (0 : RGB Pixels , 1 : R Plane + G Plane + B Plane)
 724  * @return  The encountered Planar Configuration, 0 by default.
 725  */
 726 int File::GetPlanarConfiguration()
 727 {
 728    std::string strSize = GetEntryValue(0x0028,0x0006);
 729    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 730    {
 731       gdcmWarningMacro( "Not found : Planar Configuration (0028,0006)");
 732       return 0;
 733    }
 734    return atoi( strSize.c_str() );
 735 }
 736
 737 /**
 738  * \brief   Return the size (in bytes) of a single pixel of data.
 739  * @return  The size in bytes of a single pixel of data; 0 by default
 740  *          0 means the file is NOT USABLE; the caller will have to check
 741  */
 742 int File::GetPixelSize()
 743 {
 744    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
 745    // (in order no to be messed up by old RGB images)
 746    //   if (File::GetEntryValue(0x0028,0x0100) == "24")
 747    //      return 3;
 748
 749    std::string pixelType = GetPixelType();
 750    if ( pixelType ==  "8U" || pixelType == "8S" )
 751    {
 752       return 1;
 753    }
 754    if ( pixelType == "16U" || pixelType == "16S")
 755    {
 756       return 2;
 757    }
 758    if ( pixelType == "32U" || pixelType == "32S")
 759    {
 760       return 4;
 761    }
 762    if ( pixelType == "FD" )
 763    {
 764       return 8;
 765    }
 766    gdcmWarningMacro( "Unknown pixel type");
 767    return 0;
 768 }
 769
 770 /**
 771  * \brief   Build the Pixel Type of the image.
 772  *          Possible values are:
 773  *          - 8U  unsigned  8 bit,
 774  *          - 8S    signed  8 bit,
 775  *          - 16U unsigned 16 bit,
 776  *          - 16S   signed 16 bit,
 777  *          - 32U unsigned 32 bit,
 778  *          - 32S   signed 32 bit,
 779  *          - FD floating double 64 bits (Not kosher DICOM, but so usefull!)
 780  * \warning 12 bit images appear as 16 bit.
 781  *          24 bit images appear as 8 bit
 782  * @return  0S if nothing found. NOT USABLE file. The caller has to check
 783  */
 784 std::string File::GetPixelType()
 785 {
 786    std::string bitsAlloc = GetEntryValue(0x0028, 0x0100); // Bits Allocated
 787    if ( bitsAlloc == GDCM_UNFOUND )
 788    {
 789       gdcmWarningMacro( "Missing  Bits Allocated (0028,0100)");
 790       bitsAlloc = "16"; // default and arbitrary value, not to polute the output
 791    }
 792
 793    if ( bitsAlloc == "64" )
 794    {
 795       return "FD";
 796    }
 797    else if ( bitsAlloc == "12" )
 798    {
 799       // It will be unpacked
 800       bitsAlloc = "16";
 801    }
 802    else if ( bitsAlloc == "24" )
 803    {
 804       // (in order no to be messed up
 805       bitsAlloc = "8";  // by old RGB images)
 806    }
 807
 808    std::string sign = GetEntryValue(0x0028, 0x0103);//"Pixel Representation"
 809
 810    if (sign == GDCM_UNFOUND )
 811    {
 812       gdcmWarningMacro( "Missing Pixel Representation (0028,0103)");
 813       sign = "U"; // default and arbitrary value, not to polute the output
 814    }
 815    else if ( sign == "0" )
 816    {
 817       sign = "U";
 818    }
 819    else
 820    {
 821       sign = "S";
 822    }
 823    return bitsAlloc + sign;
 824 }
 825
 826 /**
 827  * \brief   Check whether the pixels are signed or UNsigned data.
 828  * \warning The method defaults to false (UNsigned) when information is Missing.
 829  *          The responsability of checking this value is left to the caller.
 830  * @return  True when signed, false when UNsigned
 831  */
 832 bool File::IsSignedPixelData()
 833 {
 834    std::string strSize = GetEntryValue( 0x0028, 0x0103 );
 835    if ( strSize == GDCM_UNFOUND )
 836    {
 837       gdcmWarningMacro( "(0028,0103) is supposed to be mandatory");
 838       return false;
 839    }
 840    int sign = atoi( strSize.c_str() );
 841    if ( sign == 0 )
 842    {
 843       return false;
 844    }
 845    return true;
 846 }
 847
 848 /**
 849  * \brief   Check whether this a monochrome picture or not by accessing
 850  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 851  * @return  true when "MONOCHROME1" or "MONOCHROME2". False otherwise.
 852  */
 853 bool File::IsMonochrome()
 854 {
 855    const std::string &PhotometricInterp = GetEntryValue( 0x0028, 0x0004 );
 856    if (  Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME1")
 857       || Util::DicomStringEqual(PhotometricInterp, "MONOCHROME2") )
 858    {
 859       return true;
 860    }
 861    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 862    {
 863       gdcmWarningMacro( "Not found : Photometric Interpretation (0028,0004)");
 864    }
 865    return false;
 866 }
 867
 868 /**
 869  * \brief   Check whether this a "PALETTE COLOR" picture or not by accessing
 870  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 871  * @return  true when "PALETTE COLOR". False otherwise.
 872  */
 873 bool File::IsPaletteColor()
 874 {
 875    std::string PhotometricInterp = GetEntryValue( 0x0028, 0x0004 );
 876    if (   PhotometricInterp == "PALETTE COLOR " )
 877    {
 878       return true;
 879    }
 880    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 881    {
 882       gdcmWarningMacro( "Not found : Palette color (0028,0004)");
 883    }
 884    return false;
 885 }
 886
 887 /**
 888  * \brief   Check whether this a "YBR_FULL" color picture or not by accessing
 889  *          the "Photometric Interpretation" tag ( 0x0028, 0x0004 ).
 890  * @return  true when "YBR_FULL". False otherwise.
 891  */
 892 bool File::IsYBRFull()
 893 {
 894    std::string PhotometricInterp = GetEntryValue( 0x0028, 0x0004 );
 895    if (   PhotometricInterp == "YBR_FULL" )
 896    {
 897       return true;
 898    }
 899    if ( PhotometricInterp == GDCM_UNFOUND )
 900    {
 901       gdcmWarningMacro( "Not found : YBR Full (0028,0004)");
 902    }
 903    return false;
 904 }
 905
 906 /**
 907   * \brief tells us if LUT are used
 908   * \warning Right now, 'Segmented xxx Palette Color Lookup Table Data'
 909   *          are NOT considered as LUT, since nobody knows
 910   *          how to deal with them
 911   *          Please warn me if you know sbdy that *does* know ... jprx
 912   * @return true if LUT Descriptors and LUT Tables were found
 913   */
 914 bool File::HasLUT()
 915 {
 916    // Check the presence of the LUT Descriptors, and LUT Tables
 917    // LutDescriptorRed
 918    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1101) )
 919    {
 920       return false;
 921    }
 922    // LutDescriptorGreen
 923    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1102) )
 924    {
 925       return false;
 926    }
 927    // LutDescriptorBlue
 928    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1103) )
 929    {
 930       return false;
 931    }
 932    // Red Palette Color Lookup Table Data
 933    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1201) )
 934    {
 935       return false;
 936    }
 937    // Green Palette Color Lookup Table Data
 938    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1202) )
 939    {
 940       return false;
 941    }
 942    // Blue Palette Color Lookup Table Data
 943    if ( !GetDocEntry(0x0028,0x1203) )
 944    {
 945       return false;
 946    }
 947
 948    // FIXME : (0x0028,0x3006) : LUT Data (CTX dependent)
 949    //         NOT taken into account, but we don't know how to use it ...
 950    return true;
 951 }
 952
 953 /**
 954   * \brief gets the info from 0028,1101 : Lookup Table Desc-Red
 955   *             else 0
 956   * @return Lookup Table number of Bits , 0 by default
 957   *          when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
 958   * @ return bit number of each LUT item
 959   */
 960 int File::GetLUTNbits()
 961 {
 962    std::vector<std::string> tokens;
 963    int lutNbits;
 964
 965    //Just hope Lookup Table Desc-Red = Lookup Table Desc-Red
 966    //                                = Lookup Table Desc-Blue
 967    // Consistency already checked in GetLUTLength
 968    std::string lutDescription = GetEntryValue(0x0028,0x1101);
 969    if ( lutDescription == GDCM_UNFOUND )
 970    {
 971       return 0;
 972    }
 973
 974    tokens.clear(); // clean any previous value
 975    Util::Tokenize ( lutDescription, tokens, "\\" );
 976    //LutLength=atoi(tokens[0].c_str());
 977    //LutDepth=atoi(tokens[1].c_str());
 978
 979    lutNbits = atoi( tokens[2].c_str() );
 980    tokens.clear();
 981
 982    return lutNbits;
 983 }
 984
 985 /**
 986  *\brief gets the info from 0028,1052 : Rescale Intercept
 987  * @return Rescale Intercept
 988  */
 989 float File::GetRescaleIntercept()
 990 {
 991    float resInter = 0.;
 992    /// 0028 1052 DS IMG Rescale Intercept
 993    const std::string &strRescInter = GetEntryValue(0x0028,0x1052);
 994    if ( strRescInter != GDCM_UNFOUND )
 995    {
 996       if( sscanf( strRescInter.c_str(), "%f", &resInter) != 1 )
 997       {
 998          // bug in the element 0x0028,0x1052
 999          gdcmWarningMacro( "Rescale Intercept (0028,1052) is empty." );
1000       }
1001    }
1002
1003    return resInter;
1004 }
1005
1006 /**
1007  *\brief   gets the info from 0028,1053 : Rescale Slope
1008  * @return Rescale Slope
1009  */
1010 float File::GetRescaleSlope()
1011 {
1012    float resSlope = 1.;
1013    //0028 1053 DS IMG Rescale Slope
1014    std::string strRescSlope = GetEntryValue(0x0028,0x1053);
1015    if ( strRescSlope != GDCM_UNFOUND )
1016    {
1017       if( sscanf( strRescSlope.c_str(), "%f", &resSlope) != 1)
1018       {
1019          // bug in the element 0x0028,0x1053
1020          gdcmWarningMacro( "Rescale Slope (0028,1053) is empty.");
1021       }
1022    }
1023
1024    return resSlope;
1025 }
1026
1027 /**
1028  * \brief This function is intended to user who doesn't want
1029  *   to have to manage a LUT and expects to get an RBG Pixel image
1030  *   (or a monochrome one ...)
1031  * \warning to be used with GetImagePixels()
1032  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB, YBR or PALETTE COLOR)
1033  */
1034 int File::GetNumberOfScalarComponents()
1035 {
1036    if ( GetSamplesPerPixel() == 3 )
1037    {
1038       return 3;
1039    }
1040
1041    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
1042    // (in order no to be messed up by old RGB images)
1043    if ( GetEntryValue(0x0028,0x0100) == "24" )
1044    {
1045       return 3;
1046    }
1047
1048    std::string strPhotometricInterpretation = GetEntryValue(0x0028,0x0004);
1049
1050    if ( ( strPhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ") )
1051    {
1052       if ( HasLUT() )// PALETTE COLOR is NOT enough
1053       {
1054          return 3;
1055       }
1056       else
1057       {
1058          return 1;
1059       }
1060    }
1061
1062    // beware of trailing space at end of string
1063    // DICOM tags are never of odd length
1064    if ( strPhotometricInterpretation == GDCM_UNFOUND   ||
1065         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME1") ||
1066         Util::DicomStringEqual(strPhotometricInterpretation, "MONOCHROME2") )
1067    {
1068       return 1;
1069    }
1070    else
1071    {
1072       // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
1073       return 3;
1074    }
1075 }
1076
1077 /**
1078  * \brief This function is intended to user that DOESN'T want
1079  *  to get RGB pixels image when it's stored as a PALETTE COLOR image
1080  *   - the (vtk) user is supposed to know how deal with LUTs -
1081  * \warning to be used with GetImagePixelsRaw()
1082  * @return 1 if Gray level, 3 if Color (RGB or YBR - NOT 'PALETTE COLOR' -)
1083  */
1084 int File::GetNumberOfScalarComponentsRaw()
1085 {
1086    // 0028 0100 US IMG Bits Allocated
1087    // (in order no to be messed up by old RGB images)
1088    if ( File::GetEntryValue(0x0028,0x0100) == "24" )
1089    {
1090       return 3;
1091    }
1092
1093    // we assume that *all* kinds of YBR are dealt with
1094    return GetSamplesPerPixel();
1095 }
1096
1097 /**
1098  * \brief   Recover the offset (from the beginning of the file)
1099  *          of *image* pixels (not *icone image* pixels, if any !)
1100  * @return Pixel Offset
1101  */
1102 size_t File::GetPixelOffset()
1103 {
1104    DocEntry* pxlElement = GetDocEntry(GrPixel,NumPixel);
1105    if ( pxlElement )
1106    {
1107       return pxlElement->GetOffset();
1108    }
1109    else
1110    {
1111       gdcmDebugMacro( "Big trouble : Pixel Element ("
1112                       << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found" );
1113       return 0;
1114    }
1115 }
1116
1117 /**
1118  * \brief   Recover the pixel area length (in Bytes)
1119  * @return Pixel Element Length, as stored in the header
1120  *         (NOT the memory space necessary to hold the Pixels
1121  *          -in case of embeded compressed image-)
1122  *         0 : NOT USABLE file. The caller has to check.
1123  */
1124 size_t File::GetPixelAreaLength()
1125 {
1126    DocEntry* pxlElement = GetDocEntry(GrPixel,NumPixel);
1127    if ( pxlElement )
1128    {
1129       return pxlElement->GetLength();
1130    }
1131    else
1132    {
1133       gdcmDebugMacro( "Big trouble : Pixel Element ("
1134                       << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found" );
1135       return 0;
1136    }
1137 }
1138
1139
1140 /**
1141  * \brief Adds the characteristics of a new element we want to anonymize
1142  *
1143  */
1144 void File::AddAnonymizeElement (uint16_t group, uint16_t elem,
1145                           std::string const &value)
1146
1147 {
1148    Element el;
1149    el.Group = group;
1150    el.Elem  = elem;
1151    el.Value = value;
1152    AnonymizeList.push_back(el);
1153 }
1154
1155 /**
1156  * \brief Overwrites in the file the values of the DicomElements
1157  *       held in the list
1158  */
1159 void File::AnonymizeNoLoad()
1160 {
1161    std::fstream *fp = new std::fstream(Filename.c_str(),
1162                               std::ios::in | std::ios::out | std::ios::binary);
1163    // TODO : FIXME
1164    // how to white out disk space if longer than 50 ?
1165    char spaces[50] = "                                               ";
1166
1167    gdcm::DocEntry *d;
1168    uint32_t offset;
1169    uint32_t lgth;
1170    uint32_t lgtToWrite;
1171    for (ListElements::iterator it = AnonymizeList.begin();
1172                                it != AnonymizeList.end();
1173                              ++it)
1174    {
1175       d = GetDocEntry( (*it).Group, (*it).Elem);
1176
1177       if ( dynamic_cast<BinEntry *>(d)
1178         || dynamic_cast<SeqEntry *>(d) )
1179          continue;
1180
1181       offset = d->GetOffset();
1182       lgth =   d->GetLength();
1183       fp->seekp( offset, std::ios::beg );
1184
1185       if ( (*it).Value == "" )
1186       {
1187          lgtToWrite = lgth > 50 ? 50 : lgth;
1188          fp->write( spaces, lgtToWrite );
1189       }
1190       else
1191       {
1192          // TODO : FIXME
1193          // how to white out disk space if longer than 50 ?
1194          (*it).Value = (*it).Value + spaces;
1195          lgtToWrite = lgth > (*it).Value.length() ? (*it).Value.length() : lgth;
1196          fp->write( (char *)(*it).Value.c_str(), lgtToWrite );
1197
1198       }
1199       fp->close();
1200       delete fp;
1201    }
1202 }
1203
1204 /**
1205  * \brief anonymize a File (removes Patient's personal info passed with
1206  *        AddAnonymizeElement()
1207  */
1208 bool File::AnonymizeFile()
1209 {
1210    // If Anonymisation list is empty, let's perform some basic anonymisation
1211    if ( AnonymizeList.begin() == AnonymizeList.end() )
1212    {
1213       // If exist, replace by spaces
1214       SetValEntry ("  ",0x0010, 0x2154); // Telephone
1215       SetValEntry ("  ",0x0010, 0x1040); // Adress
1216       SetValEntry ("  ",0x0010, 0x0020); // Patient ID
1217
1218       DocEntry* patientNameHE = GetDocEntry (0x0010, 0x0010);
1219
1220       if ( patientNameHE ) // we replace it by Study Instance UID (why not ?)
1221       {
1222          std::string studyInstanceUID =  GetEntryValue (0x0020, 0x000d);
1223          if ( studyInstanceUID != GDCM_UNFOUND )
1224          {
1225             SetValEntry(studyInstanceUID, 0x0010, 0x0010);
1226          }
1227          else
1228          {
1229             SetValEntry("anonymised", 0x0010, 0x0010);
1230          }
1231       }
1232    }
1233    else
1234    {
1235       gdcm::DocEntry *d;
1236       for (ListElements::iterator it = AnonymizeList.begin();
1237                                   it != AnonymizeList.end();
1238                                 ++it)
1239       {
1240          d = GetDocEntry( (*it).Group, (*it).Elem);
1241
1242          if ( dynamic_cast<BinEntry *>(d)
1243            || dynamic_cast<SeqEntry *>(d) )
1244             continue;
1245
1246          SetValEntry ((*it).Value, (*it).Group, (*it).Elem);
1247       }
1248 }
1249
1250   // In order to make definitively impossible any further identification
1251   // remove or replace all the stuff that contains a Date
1252
1253 //0008 0012 DA ID Instance Creation Date
1254 //0008 0020 DA ID Study Date
1255 //0008 0021 DA ID Series Date
1256 //0008 0022 DA ID Acquisition Date
1257 //0008 0023 DA ID Content Date
1258 //0008 0024 DA ID Overlay Date
1259 //0008 0025 DA ID Curve Date
1260 //0008 002a DT ID Acquisition Datetime
1261 //0018 9074 DT ACQ Frame Acquisition Datetime
1262 //0018 9151 DT ACQ Frame Reference Datetime
1263 //0018 a002 DT ACQ Contribution Date Time
1264 //0020 3403 SH REL Modified Image Date (RET)
1265 //0032 0032 DA SDY Study Verified Date
1266 //0032 0034 DA SDY Study Read Date
1267 //0032 1000 DA SDY Scheduled Study Start Date
1268 //0032 1010 DA SDY Scheduled Study Stop Date
1269 //0032 1040 DA SDY Study Arrival Date
1270 //0032 1050 DA SDY Study Completion Date
1271 //0038 001a DA VIS Scheduled Admission Date
1272 //0038 001c DA VIS Scheduled Discharge Date
1273 //0038 0020 DA VIS Admitting Date
1274 //0038 0030 DA VIS Discharge Date
1275 //0040 0002 DA PRC Scheduled Procedure Step Start Date
1276 //0040 0004 DA PRC Scheduled Procedure Step End Date
1277 //0040 0244 DA PRC Performed Procedure Step Start Date
1278 //0040 0250 DA PRC Performed Procedure Step End Date
1279 //0040 2004 DA PRC Issue Date of Imaging Service Request
1280 //0040 4005 DT PRC Scheduled Procedure Step Start Date and Time
1281 //0040 4011 DT PRC Expected Completion Date and Time
1282 //0040 a030 DT PRC Verification Date Time
1283 //0040 a032 DT PRC Observation Date Time
1284 //0040 a120 DT PRC DateTime
1285 //0040 a121 DA PRC Date
1286 //0040 a13a DT PRC Referenced Datetime
1287 //0070 0082 DA ??? Presentation Creation Date
1288 //0100 0420 DT ??? SOP Autorization Date and Time
1289 //0400 0105 DT ??? Digital Signature DateTime
1290 //2100 0040 DA PJ Creation Date
1291 //3006 0008 DA SSET Structure Set Date
1292 //3008 0024 DA ??? Treatment Control Point Date
1293 //3008 0054 DA ??? First Treatment Date
1294 //3008 0056 DA ??? Most Recent Treatment Date
1295 //3008 0162 DA ??? Safe Position Exit Date
1296 //3008 0166 DA ??? Safe Position Return Date
1297 //3008 0250 DA ??? Treatment Date
1298 //300a 0006 DA RT RT Plan Date
1299 //300a 022c DA RT Air Kerma Rate Reference Date
1300 //300e 0004 DA RT Review Date
1301
1302    return true;
1303 }
1304
1305 /**
1306  * \brief Performs some consistency checking on various 'File related'
1307  *       (as opposed to 'DicomDir related') entries
1308  *       then writes in a file all the (Dicom Elements) included the Pixels
1309  * @param fileName file name to write to
1310  * @param filetype Type of the File to be written
1311  *          (ACR, ExplicitVR, ImplicitVR)
1312  */
1313 bool File::Write(std::string fileName, FileType filetype)
1314 {
1315    std::ofstream *fp = new std::ofstream(fileName.c_str(),
1316                                          std::ios::out | std::ios::binary);
1317    if (*fp == NULL)
1318    {
1319       gdcmWarningMacro("Failed to open (write) File: " << fileName.c_str());
1320       return false;
1321    }
1322
1323    // Entry : 0002|0000 = group length -> recalculated
1324    ValEntry *e0002 = GetValEntry(0x0002,0x0000);
1325    if( e0002 )
1326    {
1327       std::ostringstream sLen;
1328       sLen << ComputeGroup0002Length(filetype);
1329       e0002->SetValue(sLen.str());
1330    }
1331
1332    // Bits Allocated
1333    if ( GetEntryValue(0x0028,0x0100) ==  "12")
1334    {
1335       SetValEntry("16", 0x0028,0x0100);
1336    }
1337
1338    int i_lgPix = GetEntryLength(GrPixel, NumPixel);
1339    if (i_lgPix != -2)
1340    {
1341       // no (GrPixel, NumPixel) element
1342       std::string s_lgPix = Util::Format("%d", i_lgPix+12);
1343       s_lgPix = Util::DicomString( s_lgPix.c_str() );
1344       InsertValEntry(s_lgPix,GrPixel, 0x0000);
1345    }
1346
1347    // FIXME : should be nice if we could move it to File
1348    //         (or in future gdcmPixelData class)
1349
1350    // Drop Palette Color, if necessary
1351    if ( GetEntryValue(0x0028,0x0002).c_str()[0] == '3' )
1352    {
1353       // if SamplesPerPixel = 3, sure we don't need any LUT !
1354       // Drop 0028|1101, 0028|1102, 0028|1103
1355       // Drop 0028|1201, 0028|1202, 0028|1203
1356
1357       DocEntry *e = GetDocEntry(0x0028,0x01101);
1358       if (e)
1359       {
1360          RemoveEntryNoDestroy(e);
1361       }
1362       e = GetDocEntry(0x0028,0x1102);
1363       if (e)
1364       {
1365          RemoveEntryNoDestroy(e);
1366       }
1367       e = GetDocEntry(0x0028,0x1103);
1368       if (e)
1369       {
1370          RemoveEntryNoDestroy(e);
1371       }
1372       e = GetDocEntry(0x0028,0x01201);
1373       if (e)
1374       {
1375          RemoveEntryNoDestroy(e);
1376       }
1377       e = GetDocEntry(0x0028,0x1202);
1378       if (e)
1379       {
1380          RemoveEntryNoDestroy(e);
1381       }
1382       e = GetDocEntry(0x0028,0x1203);
1383       if (e)
1384       {
1385           RemoveEntryNoDestroy(e);
1386       }
1387    }
1388
1389
1390 #ifdef GDCM_WORDS_BIGENDIAN
1391    // Super Super hack that will make gdcm a BOMB ! but should
1392    // Fix temporarily the dashboard
1393    BinEntry *b = GetBinEntry(GrPixel,NumPixel);
1394    if ( GetPixelSize() ==  16 )
1395    {
1396       uint16_t *im16 = (uint16_t *)b->GetBinArea();
1397       int lgth = b->GetLength();
1398       for( int i = 0; i < lgth / 2; i++ )
1399       {
1400          im16[i]= (im16[i] >> 8) | (im16[i] << 8 );
1401       }
1402    }
1403 #endif //GDCM_WORDS_BIGENDIAN
1404
1405
1406    Document::WriteContent(fp, filetype);
1407
1408
1409 #ifdef GDCM_WORDS_BIGENDIAN
1410    // Flip back the pixel ... I told you this is a hack
1411    if ( GetPixelSize() ==  16 )
1412    {
1413       uint16_t *im16 = (uint16_t*)b->GetBinArea();
1414       int lgth = b->GetLength();
1415       for( int i = 0; i < lgth / 2; i++ )
1416       {
1417          im16[i]= (im16[i] >> 8) | (im16[i] << 8 );
1418       }
1419    }
1420 #endif //GDCM_WORDS_BIGENDIAN
1421
1422
1423    fp->close();
1424    delete fp;
1425
1426    return true;
1427 }
1428
1429 //-----------------------------------------------------------------------------
1430 // Protected
1431 /**
1432  * \brief Initialize a default DICOM File that should contain all the
1433  *        field require by other reader. DICOM standard does not
1434  *        explicitely defines those fields, heuristic has been choosen.
1435  *        This is not perfect as we are writting a CT image...
1436  */
1437 void File::InitializeDefaultFile()
1438 {
1439    std::string date = Util::GetCurrentDate();
1440    std::string time = Util::GetCurrentTime();
1441    std::string uid  = Util::CreateUniqueUID();
1442    std::string uidMedia = uid;
1443    std::string uidInst  = uid;
1444    std::string uidClass = Util::CreateUniqueUID();
1445    std::string uidStudy = Util::CreateUniqueUID();
1446    std::string uidSerie = Util::CreateUniqueUID();
1447
1448    // Meta Element Group Length
1449    InsertValEntry("146 ",                      0x0002, 0x0000);
1450    // Media Storage SOP Class UID (CT Image Storage)
1451    InsertValEntry("1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0002, 0x0002);
1452    // Media Storage SOP Instance UID
1453    InsertValEntry(uidClass.c_str(),            0x0002, 0x0003);
1454    // Transfer Syntax UID (Explicit VR Little Endian)
1455    InsertValEntry("1.2.840.10008.1.2.1 ",      0x0002, 0x0010);
1456    // META Implementation Class UID
1457    InsertValEntry(uidClass.c_str(),            0x0002, 0x0012);
1458    // Source Application Entity Title
1459    InsertValEntry("GDCM",                      0x0002, 0x0016);
1460
1461    // Instance Creation Date
1462    InsertValEntry(date.c_str(),                0x0008, 0x0012);
1463    // Instance Creation Time
1464    InsertValEntry(time.c_str(),                0x0008, 0x0013);
1465    // SOP Class UID
1466    InsertValEntry("1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0008, 0x0016);
1467    // SOP Instance UID
1468    InsertValEntry(uidInst.c_str(),             0x0008, 0x0018);
1469    // Modality
1470    InsertValEntry("CT",                        0x0008, 0x0060);
1471    // Manufacturer
1472    InsertValEntry("GDCM",                      0x0008, 0x0070);
1473    // Institution Name
1474    InsertValEntry("GDCM",                      0x0008, 0x0080);
1475    // Institution Address
1476    InsertValEntry("http://www-creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm", 0x0008, 0x0081);
1477
1478    // Patient's Name
1479    InsertValEntry("GDCM",                      0x0010, 0x0010);
1480    // Patient ID
1481    InsertValEntry("GDCMID",                    0x0010, 0x0020);
1482
1483    // Study Instance UID
1484    InsertValEntry(uidStudy.c_str(),            0x0020, 0x000d);
1485    // Series Instance UID
1486    InsertValEntry(uidSerie.c_str(),            0x0020, 0x000e);
1487    // StudyID
1488    InsertValEntry("1",                         0x0020, 0x0010);
1489    // SeriesNumber
1490    InsertValEntry("1",                         0x0020, 0x0011);
1491
1492    // Samples per pixel 1 or 3
1493    InsertValEntry("1",                         0x0028, 0x0002);
1494    // photochromatic interpretation
1495    InsertValEntry("MONOCHROME1",               0x0028, 0x0004);
1496    // nbRows
1497    InsertValEntry("0",                         0x0028, 0x0010);
1498    // nbCols
1499    InsertValEntry("0",                         0x0028, 0x0011);
1500    // BitsAllocated 8 or 12 or 16
1501    InsertValEntry("8",                         0x0028, 0x0100);
1502    // BitsStored    <= BitsAllocated
1503    InsertValEntry("8",                         0x0028, 0x0101);
1504    // HighBit       <= BitsAllocated - 1
1505    InsertValEntry("7",                         0x0028, 0x0102);
1506    // Pixel Representation 0(unsigned) or 1(signed)
1507    InsertValEntry("0",                         0x0028, 0x0103);
1508
1509    // default value
1510    // Special case this is the image (not a string)
1511    GrPixel = 0x7fe0;
1512    NumPixel = 0x0010;
1513    InsertBinEntry(0, 0, GrPixel, NumPixel);
1514 }
1515
1516 //-----------------------------------------------------------------------------
1517 // Private
1518 /**
1519  * \brief Parse pixel data from disk of [multi-]fragment RLE encoding.
1520  *        Compute the RLE extra information and store it in \ref RLEInfo
1521  *        for later pixel retrieval usage.
1522  */
1523 void File::ComputeRLEInfo()
1524 {
1525    std::string ts = GetTransferSyntax();
1526    if ( !Global::GetTS()->IsRLELossless(ts) )
1527    {
1528       return;
1529    }
1530
1531    // Encoded pixel data: for the time being we are only concerned with
1532    // Jpeg or RLE Pixel data encodings.
1533    // As stated in PS 3.5-2003, section 8.2 p44:
1534    // "If sent in Encapsulated Format (i.e. other than the Native Format) the
1535    //  value representation OB is used".
1536    // Hence we expect an OB value representation. Concerning OB VR,
1537    // the section PS 3.5-2003, section A.4.c p 58-59, states:
1538    // "For the Value Representations OB and OW, the encoding shall meet the
1539    //   following specifications depending on the Data element tag:"
1540    //   [...snip...]
1541    //    - the first item in the sequence of items before the encoded pixel
1542    //      data stream shall be basic offset table item. The basic offset table
1543    //      item value, however, is not required to be present"
1544    ReadAndSkipEncapsulatedBasicOffsetTable();
1545
1546    // Encapsulated RLE Compressed Images (see PS 3.5-2003, Annex G)
1547    // Loop on the individual frame[s] and store the information
1548    // on the RLE fragments in a RLEFramesInfo.
1549    // Note: - when only a single frame is present, this is a
1550    //         classical image.
1551    //       - when more than one frame are present, then we are in
1552    //         the case of a multi-frame image.
1553    long frameLength;
1554    while ( (frameLength = ReadTagLength(0xfffe, 0xe000)) )
1555    {
1556       // Parse the RLE Header and store the corresponding RLE Segment
1557       // Offset Table information on fragments of this current Frame.
1558       // Note that the fragment pixels themselves are not loaded
1559       // (but just skipped).
1560       long frameOffset = Fp->tellg();
1561
1562       uint32_t nbRleSegments = ReadInt32();
1563       if ( nbRleSegments > 16 )
1564       {
1565          // There should be at most 15 segments (refer to RLEFrame class)
1566          gdcmWarningMacro( "Too many segments.");
1567       }
1568
1569       uint32_t rleSegmentOffsetTable[16];
1570       for( int k = 1; k <= 15; k++ )
1571       {
1572          rleSegmentOffsetTable[k] = ReadInt32();
1573       }
1574
1575       // Deduce from both the RLE Header and the frameLength the
1576       // fragment length, and again store this info in a
1577       // RLEFramesInfo.
1578       long rleSegmentLength[15];
1579       // skipping (not reading) RLE Segments
1580       if ( nbRleSegments > 1)
1581       {
1582          for(unsigned int k = 1; k <= nbRleSegments-1; k++)
1583          {
1584              rleSegmentLength[k] =  rleSegmentOffsetTable[k+1]
1585                                   - rleSegmentOffsetTable[k];
1586              SkipBytes(rleSegmentLength[k]);
1587           }
1588        }
1589
1590        rleSegmentLength[nbRleSegments] = frameLength
1591                                       - rleSegmentOffsetTable[nbRleSegments];
1592        SkipBytes(rleSegmentLength[nbRleSegments]);
1593
1594        // Store the collected info
1595        RLEFrame *newFrame = new RLEFrame;
1596        newFrame->SetNumberOfFragments(nbRleSegments);
1597        for( unsigned int uk = 1; uk <= nbRleSegments; uk++ )
1598        {
1599           newFrame->SetOffset(uk,frameOffset + rleSegmentOffsetTable[uk]);
1600           newFrame->SetLength(uk,rleSegmentLength[uk]);
1601        }
1602        RLEInfo->AddFrame(newFrame);
1603    }
1604
1605    // Make sure that at the end of the item we encounter a 'Sequence
1606    // Delimiter Item':
1607    if ( !ReadTag(0xfffe, 0xe0dd) )
1608    {
1609       gdcmWarningMacro( "No sequence delimiter item at end of RLE item sequence");
1610    }
1611 }
1612
1613 /**
1614  * \brief Parse pixel data from disk of [multi-]fragment Jpeg encoding.
1615  *        Compute the jpeg extra information (fragment[s] offset[s] and
1616  *        length) and store it[them] in \ref JPEGInfo for later pixel
1617  *        retrieval usage.
1618  */
1619 void File::ComputeJPEGFragmentInfo()
1620 {
1621    // If you need to, look for comments of ComputeRLEInfo().
1622    std::string ts = GetTransferSyntax();
1623    if ( ! Global::GetTS()->IsJPEG(ts) )
1624    {
1625       return;
1626    }
1627
1628    ReadAndSkipEncapsulatedBasicOffsetTable();
1629
1630    // Loop on the fragments[s] and store the parsed information in a
1631    // JPEGInfo.
1632    long fragmentLength;
1633    while ( (fragmentLength = ReadTagLength(0xfffe, 0xe000)) )
1634    {
1635       long fragmentOffset = Fp->tellg();
1636
1637        // Store the collected info
1638        JPEGFragment *newFragment = new JPEGFragment;
1639        newFragment->SetOffset(fragmentOffset);
1640        newFragment->SetLength(fragmentLength);
1641        JPEGInfo->AddFragment(newFragment);
1642
1643        SkipBytes(fragmentLength);
1644    }
1645
1646    // Make sure that at the end of the item we encounter a 'Sequence
1647    // Delimiter Item':
1648    if ( !ReadTag(0xfffe, 0xe0dd) )
1649    {
1650       gdcmWarningMacro( "No sequence delimiter item at end of JPEG item sequence");
1651    }
1652 }
1653
1654 /**
1655  * \brief   Assuming the internal file pointer \ref Document::Fp
1656  *          is placed at the beginning of a tag check whether this
1657  *          tag is (TestGroup, TestElement).
1658  * \warning On success the internal file pointer \ref Document::Fp
1659  *          is modified to point after the tag.
1660  *          On failure (i.e. when the tag wasn't the expected tag
1661  *          (TestGroup, TestElement) the internal file pointer
1662  *          \ref Document::Fp is restored to it's original position.
1663  * @param   testGroup   The expected group of the tag.
1664  * @param   testElement The expected Element of the tag.
1665  * @return  True on success, false otherwise.
1666  */
1667 bool File::ReadTag(uint16_t testGroup, uint16_t testElement)
1668 {
1669    long positionOnEntry = Fp->tellg();
1670    long currentPosition = Fp->tellg();          // On debugging purposes
1671
1672    //// Read the Item Tag group and element, and make
1673    // sure they are what we expected:
1674    uint16_t itemTagGroup;
1675    uint16_t itemTagElement;
1676    try
1677    {
1678       itemTagGroup   = ReadInt16();
1679       itemTagElement = ReadInt16();
1680    }
1681    catch ( FormatError e )
1682    {
1683       //std::cerr << e << std::endl;
1684       return false;
1685    }
1686    if ( itemTagGroup != testGroup || itemTagElement != testElement )
1687    {
1688       gdcmWarningMacro( "Wrong Item Tag found:"
1689        << "   We should have found tag ("
1690        << std::hex << testGroup << "," << testElement << ")" << std::endl
1691        << "   but instead we encountered tag ("
1692        << std::hex << itemTagGroup << "," << itemTagElement << ")"
1693        << "  at address: " << "  0x(" << (unsigned int)currentPosition  << ")"
1694        ) ;
1695       Fp->seekg(positionOnEntry, std::ios::beg);
1696
1697       return false;
1698    }
1699    return true;
1700 }
1701
1702 /**
1703  * \brief   Assuming the internal file pointer \ref Document::Fp
1704  *          is placed at the beginning of a tag (TestGroup, TestElement),
1705  *          read the length associated to the Tag.
1706  * \warning On success the internal file pointer \ref Document::Fp
1707  *          is modified to point after the tag and it's length.
1708  *          On failure (i.e. when the tag wasn't the expected tag
1709  *          (TestGroup, TestElement) the internal file pointer
1710  *          \ref Document::Fp is restored to it's original position.
1711  * @param   testGroup   The expected group of the tag.
1712  * @param   testElement The expected Element of the tag.
1713  * @return  On success returns the length associated to the tag. On failure
1714  *          returns 0.
1715  */
1716 uint32_t File::ReadTagLength(uint16_t testGroup, uint16_t testElement)
1717 {
1718
1719    if ( !ReadTag(testGroup, testElement) )
1720    {
1721       return 0;
1722    }
1723
1724    //// Then read the associated Item Length
1725    long currentPosition = Fp->tellg();
1726    uint32_t itemLength  = ReadInt32();
1727    {
1728       gdcmWarningMacro( "Basic Item Length is: "
1729         << itemLength << std::endl
1730         << "  at address: " << std::hex << (unsigned int)currentPosition);
1731    }
1732    return itemLength;
1733 }
1734
1735 /**
1736  * \brief When parsing the Pixel Data of an encapsulated file, read
1737  *        the basic offset table (when present, and BTW dump it).
1738  */
1739 void File::ReadAndSkipEncapsulatedBasicOffsetTable()
1740 {
1741    //// Read the Basic Offset Table Item Tag length...
1742    uint32_t itemLength = ReadTagLength(0xfffe, 0xe000);
1743
1744    // When present, read the basic offset table itself.
1745    // Notes: - since the presence of this basic offset table is optional
1746    //          we can't rely on it for the implementation, and we will simply
1747    //          trash it's content (when present).
1748    //        - still, when present, we could add some further checks on the
1749    //          lengths, but we won't bother with such fuses for the time being.
1750    if ( itemLength != 0 )
1751    {
1752       char *basicOffsetTableItemValue = new char[itemLength + 1];
1753       Fp->read(basicOffsetTableItemValue, itemLength);
1754
1755 #ifdef GDCM_DEBUG
1756       for (unsigned int i=0; i < itemLength; i += 4 )
1757       {
1758          uint32_t individualLength = str2num( &basicOffsetTableItemValue[i],
1759                                               uint32_t);
1760          gdcmWarningMacro( "Read one length: " <<
1761                           std::hex << individualLength );
1762       }
1763 #endif //GDCM_DEBUG
1764
1765       delete[] basicOffsetTableItemValue;
1766    }
1767 }
1768
1769 //-----------------------------------------------------------------------------
1770 // Print
1771
1772 //-----------------------------------------------------------------------------
1773 } // end namespace gdcm