src/gdcmFile.cxx

   1 // gdcmFile.cxx
   2
   3 #include "gdcmFile.h"
   4 #include "gdcmUtil.h"
   5 #include "iddcmjpeg.h" // for the 'LibIDO' Jpeg LossLess
   6
   7 /////////////////////////////////////////////////////////////////
   8 /**
   9  * \ingroup   gdcmFile
  10  * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
  11  *        file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
  12  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  13  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  14  * \Note  the in-memory representation of all available tags found in
  15  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  16  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  17  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  18  *        seen as a side effect).
  19  *
  20  * @param filename file to be opened for parsing
  21  *
  22  * @return
  23  */
  24
  25 gdcmFile::gdcmFile(std::string & filename)
  26         :gdcmHeader(filename.c_str())
  27 {
  28       if (IsReadable())
  29          SetPixelDataSizeFromHeader();
  30 }
  31
  32 gdcmFile::gdcmFile(const char * filename)
  33         :gdcmHeader(filename)
  34 {
  35    if (IsReadable())
  36       SetPixelDataSizeFromHeader();
  37 }
  38
  39 /**
  40  * \ingroup   gdcmFile
  41  * \brief     calcule la longueur (in bytes) A ALLOUER pour recevoir les
  42  *              pixels de l'image
  43  *              ou DES images dans le cas d'un multiframe
  44  *              ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels
  45  *              (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens).
  46  *
  47  * @return      longueur a allouer
  48  */
  49 void gdcmFile::SetPixelDataSizeFromHeader(void) {
  50    int nb;
  51    std::string str_nb;
  52
  53    str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
  54    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
  55       nb = 16;
  56    } else {
  57       nb = atoi(str_nb.c_str() );
  58       if (nb == 12) nb =16;
  59    }
  60    lgrTotale =  GetXSize() *  GetYSize() *  GetZSize() * (nb/8)* GetSamplesPerPixel();
  61    std::string str_PhotometricInterpretation = gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
  62    if ( str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR " ) {
  63       lgrTotale*=3;
  64    }
  65 }
  66    // see PS 3.3-2003 : C.7.6.3.2.1
  67    //
  68    //   MONOCHROME1
  69    //   MONOCHROME2
  70    //   PALETTE COLOR
  71    //   RGB
  72    //   HSV  (Retired)
  73    //   ARGB (Retired)
  74    //   CMYK (Retired)
  75    //   YBR_FULL
  76    //   YBR_FULL_422 (no LUT, no Palette)
  77    //   YBR_PARTIAL_422
  78    //   YBR_ICT
  79    //   YBR_RCT
  80
  81   // LUT's
  82   // ex : gdcm-US-ALOKA-16.dcm
  83   // 0028|1221 [OW]   [Segmented Red Palette Color Lookup Table Data]
  84   // 0028|1222 [OW]   [Segmented Green Palette Color Lookup Table Data]
  85   // 0028|1223 [OW]   [Segmented Blue Palette Color Lookup Table Data]
  86
  87   // ex : US-PAL-8-10x-echo.dcm, 8BitsRunLengthColor.dcm
  88   // 0028|1201 [OW]   [Red Palette Color Lookup Table Data]
  89   // 0028|1202 [OW]   [Green Palette Color Lookup Table Data]
  90   // 0028|1203 [OW]   [Blue Palette Color Lookup Table Data]
  91
  92   // ex  : OT-PAL-8-face.dcm
  93   // 0028|1201 [US]   [Red Palette Color Lookup Table Data]
  94   // 0028|1202 [US]   [Green Palette Color Lookup Table Data]
  95   // 0028|1203 [US]   [Blue Palette Color Lookup Table Data]
  96
  97
  98 /////////////////////////////////////////////////////////////////
  99 /**
 100  * \ingroup   gdcmFile
 101  * \brief     Returns the size (in bytes) of required memory to hold
 102  *            the pixel data represented in this file.
 103  * @return    The size of pixel data in bytes.
 104  */
 105
 106 size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) {
 107    return (lgrTotale);
 108 }
 109
 110
 111 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 112 /**
 113  * \ingroup gdcmFile
 114  * \brief   Read pixel data from disk (optionaly decompressing) into the
 115  *          caller specified memory location.
 116  * @param   destination where the pixel data should be stored.
 117  *
 118  */
 119 bool gdcmFile::ReadPixelData(void* destination) {
 120
 121    if ( !OpenFile())
 122       return false;
 123
 124     if ( fseek(fp, GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) {
 125       CloseFile();
 126       return false;
 127    }
 128
 129 // -------------------------  Uncompressed File
 130
 131    if ( !IsDicomV3()                             ||
 132         IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 133         IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 134         IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax()    ||
 135         IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ) {
 136
 137       size_t ItemRead = fread(destination, lgrTotale, 1, fp);
 138       if ( ItemRead != 1 ) {
 139          CloseFile();
 140          return false;
 141       } else {
 142          CloseFile();
 143          return true;
 144       }
 145    }
 146
 147  // ------------------------  Compressed File .
 148
 149       int nb;
 150       std::string str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 151       if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 152          nb = 16;
 153       } else {
 154          nb = atoi(str_nb.c_str() );
 155          if (nb == 12) nb =16;
 156       }
 157       int nBytes= nb/8;
 158
 159       int taille = GetXSize() *  GetYSize()  * GetSamplesPerPixel();
 160
 161
 162   // ------------------------------- JPEG LossLess : call to Jpeg Libido
 163
 164    if (IsJPEGLossless() && GetZSize() == 1) {
 165
 166       int ln; //  Position on begining of Jpeg Pixels
 167       fseek(fp,4,SEEK_CUR);  // skipping (fffe,e000) : Basic Offset Table Item
 168       fread(&ln,4,1,fp);
 169       if(GetSwapCode())
 170          ln=SwapLong(ln);    // Item length
 171       fseek(fp,ln,SEEK_CUR); // skipping Basic Offset Table ('ln' bytes)
 172       fseek(fp,4,SEEK_CUR);  // skipping (fffe,e000) : First fragment Item Tag
 173       fread(&ln,4,1,fp);     // First fragment length (just to know)
 174       if(GetSwapCode())
 175          ln=SwapLong(ln);
 176
 177       ClbJpeg* jpg = _IdDcmJpegRead(fp); // TODO : find a 'full' one.
 178                                          // (We use the LibIDO one :-(
 179       if(jpg == NULL) {
 180          CloseFile();
 181          return false;
 182       }
 183       int * dataJpg = jpg->DataImg;
 184
 185       switch (nBytes) {
 186          case 1:
 187          {
 188             unsigned short *dest = (unsigned short *)destination;
 189             for (int i=0; i<taille; i++) {
 190                *((unsigned char *)dest+i) = *(dataJpg +i);
 191             }
 192          }
 193          break;
 194
 195          case 2:
 196          {
 197             unsigned short *dest = (unsigned short *)destination;
 198             for (int i=0; i<taille; i++) {
 199                *((unsigned short *)dest+i) = *(dataJpg +i);
 200             }
 201          }
 202          break;
 203      }
 204       _IdDcmJpegFree (jpg);
 205       return true;
 206    }
 207
 208   // ------------------------------- RLE
 209
 210       if (gdcmHeader::IsRLELossLessTransferSyntax()) {
 211             int res = (bool)gdcm_read_RLE_file (destination);
 212             return res;
 213       }
 214
 215   // ------------------------------- Multiframe JPEG
 216
 217       long fragmentBegining; // for ftell, fseek
 218       bool b = gdcmHeader::IsJPEG2000();
 219
 220       bool res;
 221       guint16 ItemTagGr,ItemTagEl;
 222       int ln;  //  Position on begining of Jpeg Pixels
 223
 224       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 225       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 226       if(GetSwapCode()) {
 227          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 228          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 229       }
 230       fread(&ln,4,1,fp);
 231       if(GetSwapCode())
 232          ln=SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item length
 233
 234       if (ln != 0) {
 235          // What is it used for ?!?
 236          char *BasicOffsetTableItemValue = (char *)malloc(ln+1);
 237          fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
 238       }
 239
 240       // first Fragment initialisation
 241       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 242       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 243       if(GetSwapCode()) {
 244          ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 245          ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 246       }
 247
 248       // parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 249       //unsigned short *dest = (unsigned short *)destination;
 250
 251       while (  ( ItemTagGr == 0xfffe) && (ItemTagEl != 0xe0dd) ) {
 252          fread(&ln,4,1,fp);
 253          if(GetSwapCode())
 254             ln=SwapLong(ln);    // Fragment Item length
 255
 256          // FIXME : multi fragments
 257          fragmentBegining=ftell(fp);
 258
 259          if (b)
 260             res = (bool)gdcm_read_JPEG2000_file (destination);  // Not Yet written
 261
 262          else if (IsJPEGLossless()) { // JPEG LossLess : call to LibIDO Jpeg
 263
 264                   // -------------  for each Fragment
 265
 266                   // Warning : Works only if there is one fragment per frame
 267                   //           (Or a single fragment for the multiframe file)
 268             ClbJpeg* jpg = _IdDcmJpegRead(fp); // TODO : find a 'full' one.
 269                                                // (We use the LibIDO one :-(
 270             if(jpg == NULL) {
 271                CloseFile();
 272                return false;
 273             }
 274             int * dataJpg = jpg->DataImg;
 275             unsigned short *dest = (unsigned short *)destination;
 276             switch (nBytes) {
 277                case 1:
 278                {
 279                   for (int i=0; i<taille; i++) {
 280                      *((unsigned char *)dest+i) = *(dataJpg +i);
 281                   }
 282                break;
 283                }
 284
 285                case 2:
 286                {
 287                   for (int i=0; i<taille; i++) {
 288                      *((unsigned short *)dest+i) = *(dataJpg +i);
 289                   }
 290                break;
 291                }
 292            }
 293            _IdDcmJpegFree (jpg);
 294
 295            res=1; // in order not to break the loop
 296
 297          } // ------------------------------------- endif (IsJPEGLossless())
 298
 299          else  //               JPEG Lossy : call to IJG 6b
 300             if  (GetBitsStored() == 8) {
 301                 res = (bool)gdcm_read_JPEG_file (destination);  // Reading Fragment pixels
 302             } else {
 303                 res = (bool)gdcm_read_JPEG_file12 (destination);// Reading Fragment pixels
 304             }
 305
 306          if (!res) break;
 307
 308          destination = (char *)destination + taille * nBytes; // location in user's memory
 309                                                               // for next fragment (if any)
 310
 311          fseek(fp,fragmentBegining,SEEK_SET); // To be sure we start
 312          fseek(fp,ln,SEEK_CUR);               // at the begining of next fragment
 313
 314          ItemTagGr = ItemTagEl =0;
 315          fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 316          fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 317          if(GetSwapCode()) {
 318             ItemTagGr=SwapShort(ItemTagGr);
 319             ItemTagEl=SwapShort(ItemTagEl);
 320          }
 321
 322       }     // endWhile parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 323
 324       return res;
 325 }
 326
 327 /**
 328  * \ingroup gdcmFile
 329  * \brief   Allocates necessary memory, copies the pixel data
 330  *          (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 331  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 332  * \        NULL if alloc fails
 333  */
 334 void * gdcmFile::GetImageData (void) {
 335    PixelData = (void *) malloc(lgrTotale);
 336    if (PixelData)
 337       GetImageDataIntoVector(PixelData, lgrTotale);
 338    return(PixelData);
 339 }
 340
 341 /**
 342  * \ingroup gdcmFile
 343  * \brief   Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller's
 344  *          memory space.
 345  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 346  *          pixel data should be copied
 347  * @param   MaxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 348  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 349  *          executed (i.e. no partial copy).
 350  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 351  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 352  */
 353
 354 size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) {
 355
 356    int nb, nbu, highBit, signe;
 357    std::string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
 358
 359    if ( lgrTotale > MaxSize ) {
 360       dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
 361                      "than caller's expected MaxSize");
 362       return (size_t)0;
 363    }
 364
 365    (void)ReadPixelData(destination);
 366
 367         // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
 368    str_nb = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
 369    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 370       nb = 16;
 371    } else {
 372       nb = atoi(str_nb.c_str() );
 373    }
 374
 375         // Nombre de Bits Utilises
 376    str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
 377    if (str_nbu == GDCM_UNFOUND ) {
 378       nbu = nb;
 379    } else {
 380       nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
 381    }
 382
 383         // Position du Bit de Poids Fort
 384    str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
 385    if (str_highBit == GDCM_UNFOUND ) {
 386       highBit = nb - 1;
 387    } else {
 388       highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
 389    }
 390
 391         // Signe des Pixels
 392    str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
 393    if (str_signe == GDCM_UNFOUND ) {
 394       signe = 1;
 395    } else {
 396       signe = atoi(str_signe.c_str() );
 397    }
 398
 399    // re arange bytes inside the integer
 400    if (nb != 8)
 401      SwapZone(destination, GetSwapCode(), lgrTotale, nb);
 402
 403    // re arange bits inside the bytes
 404    if (nbu != nb){
 405       int l = (int)lgrTotale / (nb/8);
 406       if (nb == 16) {
 407          guint16 mask = 0xffff;
 408          mask = mask >> (nb-nbu);
 409          guint16 *deb = (guint16 *)destination;
 410          for(int i = 0; i<l; i++) {
 411             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 412             deb ++;
 413          }
 414       } else if (nb == 32 ) {
 415          guint32 mask = 0xffffffff;
 416          mask = mask >> (nb-nbu);
 417          guint32 *deb = (guint32 *)destination;
 418          for(int i = 0; i<l; i++) {
 419             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 420             deb ++;
 421          }
 422       } else {
 423          dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: wierd image");
 424          return (size_t)0;
 425       }
 426    }
 427
 428 // Just to 'see' was was actually read on disk :-(
 429 // Some troubles expected
 430
 431    // *Try* to deal with the color
 432    // ----------------------------
 433
 434    // Planar configuration = 0 : Pixels are already RGB
 435    // Planar configuration = 1 : 3 planes : R, G, B
 436    // Planar configuration = 2 : 1 gray Plane + 3 LUT
 437
 438    // Well ... supposed to be !
 439    // See US-PAL-8-10x-echo.dcm: PlanarConfiguration=0,PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR
 440    // and heuristic has to be found :-(
 441
 442       std::string str_PhotometricInterpretation = gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0004);
 443
 444       if ( (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME1 ")
 445         || (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME2 ")
 446         || (str_PhotometricInterpretation == "RGB")) {
 447          return lgrTotale;
 448       }
 449       int planConf=GetPlanarConfiguration();
 450
 451       // Whatever Planar Configuration is, "PALETTE COLOR " implies that we deal with the palette.
 452       if (str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ")
 453          planConf=2;
 454
 455       switch (planConf) {
 456       case 0:
 457          //       Pixels are already RGB
 458          break;
 459
 460       case 1:
 461
 462          {
 463          if (str_PhotometricInterpretation == "YBR_FULL") { // Warning : YBR_FULL_422 acts as RGB (?!)
 464
 465          //       need to make RGB Pixels from Planes Y,cB,cR
 466          // see http://lestourtereaux.free.fr/papers/data/yuvrgb.pdf
 467          // for code optimisation
 468
 469             int l = GetXSize()*GetYSize();
 470             int nbFrames = GetZSize();
 471
 472             unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 473             unsigned char *x  = newDest;
 474             unsigned char * a = (unsigned char *)destination;
 475             unsigned char * b = a + l;
 476             unsigned char * c = b + l;
 477
 478             double R,G,B;
 479
 480             // TODO : Replace by the 'well known'
 481             //        integer computation counterpart
 482             for (int i=0;i<nbFrames;i++) {
 483                for (int j=0;j<l; j++) {
 484                   R= 1.164 *( *a-16) + 1.596 *( *c -128) + 0.5;
 485                   G= 1.164 *( *a-16) - 0.813 *( *c -128) - 0.392 *(*b -128) + 0.5;
 486                   B= 1.164 *( *a-16) + 2.017 *( *b -128) + 0.5;
 487
 488                   if (R<0.0)   R=0.0;
 489                   if (G<0.0)   G=0.0;
 490                   if (B<0.0)   B=0.0;
 491                   if (R>255.0) R=255.0;
 492                   if (G>255.0) G=255.0;
 493                   if (B>255.0) B=255.0;
 494
 495                   *(x++) = (unsigned char)R;
 496                   *(x++) = (unsigned char)G;
 497                   *(x++) = (unsigned char)B;
 498                   a++; b++; c++;
 499                }
 500            }
 501             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 502             free(newDest);
 503
 504         } else {
 505
 506          //       need to make RGB Pixels from Planes R,G,B
 507
 508             int l = GetXSize()*GetYSize();
 509             int nbFrames = GetZSize();
 510
 511             char * newDest = (char*) malloc(lgrTotale);
 512             char *x  = newDest;
 513             char * a = (char *)destination;
 514             char * b = a + l;
 515             char * c = b + l;
 516
 517                // TODO :
 518                // any trick not to have to allocate temporary buffer is welcome ...
 519
 520             for (int i=0;i<nbFrames;i++) {
 521                for (int j=0;j<l; j++) {
 522                   *(x++) = *(a++);
 523                   *(x++) = *(b++);
 524                   *(x++) = *(c++);
 525                }
 526             }
 527             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 528             free(newDest);
 529         }
 530
 531             // now, it's an RGB image
 532             // Lets's write it in the Header
 533          std::string spp = "3";
 534          gdcmHeader::SetPubElValByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 535          std::string rgb="RGB";
 536          gdcmHeader::SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 537          break;
 538        }
 539
 540        case 2:
 541          //       from Lut R + Lut G + Lut B
 542
 543          // we no longer use gdcmHeader::GetLUTRGB
 544          // since a lot of images have strange info
 545          // in the Lookup Table Descriptors (0028,1101),...
 546          {
 547          unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 548          unsigned char * a = (unsigned char *)destination;
 549
 550          unsigned char *lutR =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1201);
 551          unsigned char *lutG =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1202);
 552          unsigned char *lutB =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1203);
 553
 554          if (lutR && lutG && lutB ) { // need to make RGB Pixels
 555                                       // from grey Pixels
 556                                       // and Lut R,Lut G,Lut B
 557
 558             unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 559             int l = lgrTotale/3;
 560             memmove(newDest, destination, l);// move Gray pixels to temp area
 561
 562             unsigned char * x = newDest;
 563
 564             int j;
 565                // See PS 3.3-2003 C.11.1.1.2 p 619
 566                //
 567             int mult;
 568             if ( GetLUTNbits()==16 && nb==8) mult=2; // See PS 3.3
 569             else mult=1;
 570
 571             // if we get a black image, let's just remove the '+1'
 572             // and check again
 573             // if it works, we shall have to check the 3 Palettes
 574             // to see which byte is ==0 (first one, on second one)
 575
 576             for (int i=0;i<l; i++) {
 577                j=newDest[i]*mult +1;
 578                *a++ = lutR[j];
 579                *a++ = lutG[j];
 580                *a++ = lutB[j];
 581             }
 582
 583             free(newDest);
 584
 585                // now, it's an RGB image
 586            std::string spp = "3";
 587            gdcmHeader::SetPubElValByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 588            std::string rgb="RGB";
 589            gdcmHeader::SetPubElValByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 590
 591          } else { // need to make RGB Pixels (?)
 592                   // from grey Pixels (?!)
 593                   // and Gray Lut  (!?!)
 594                unsigned char *lutGray =(unsigned char *)GetPubElValVoidAreaByNumber(0x0028,0x1200);
 595                     // Well . I'll wait till I find such an image
 596          }
 597          break;
 598          }
 599    }
 600
 601    return lgrTotale;
 602 }
 603
 604 //
 605 // Je laisse le code integral, au cas ça puisse etre reutilise ailleurs
 606 //
 607
 608 /**
 609  * \ingroup gdcmFile
 610  * \brief   Swap the bytes, according to swap code.
 611  * \warning not end user intended
 612  * @param   im area to deal with
 613  * @param   swap swap code
 614  * @param   lgr Area Length
 615  * @param   nb Pixels Bit number
 616  */
 617
 618 void gdcmFile::SwapZone(void* im, int swap, int lgr, int nb) {
 619 guint32 s32;
 620 guint16 fort,faible;
 621 int i;
 622
 623 if(nb == 16)
 624    switch(swap) {
 625       case 0:
 626       case 12:
 627       case 1234:
 628          break;
 629
 630       case 21:
 631       case 3412:
 632       case 2143:
 633       case 4321:
 634
 635          for(i=0;i<lgr;i++)
 636             ((unsigned short int*)im)[i]= ((((unsigned short int*)im)[i])>>8)
 637                                         | ((((unsigned short int*)im)[i])<<8);
 638          break;
 639
 640       default:
 641          printf("valeur de SWAP (16 bits) not allowed : %d\n", swap);
 642    }
 643
 644 if( nb == 32 )
 645    switch (swap) {
 646       case 0:
 647       case 1234:
 648          break;
 649
 650       case 4321:
 651          for(i=0;i<lgr;i++) {
 652             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 4321 */
 653             fort  =((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 654             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 655             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 656             s32=faible;
 657             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 658          }
 659          break;
 660
 661       case 2143:
 662          for(i=0;i<lgr;i++) {
 663             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 2143 */
 664             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 665             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 666             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 667             s32=fort;
 668             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|faible;
 669          }
 670          break;
 671
 672       case 3412:
 673          for(i=0;i<lgr;i++) {
 674             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 3412 */
 675             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 676             s32=faible;
 677             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 678          }
 679          break;
 680
 681       default:
 682          printf(" SWAP value (32 bits) not allowed : %d\n", swap);
 683    }
 684 return;
 685 }
 686
 687 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 688 /**
 689  * \ingroup   gdcmFile
 690  * \brief TODO JPR
 691  * \warning doit-etre etre publique ?
 692  * TODO : y a-t-il un inconvenient à fusioner ces 2 fonctions
 693  *
 694  * @param inData
 695  * @param ExpectedSize
 696  *
 697  * @return integer acts as a boolean
 698  */
 699 int gdcmFile::SetImageData(void * inData, size_t ExpectedSize) {
 700    SetImageDataSize(ExpectedSize);
 701    PixelData = inData;
 702    lgrTotale = ExpectedSize;
 703    return(1);
 704 }
 705
 706
 707 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 708 /**
 709  * \ingroup   gdcmFile
 710  * \brief Sets the Pixel Area size in the Header
 711  *        --> not-for-rats function
 712  *
 713  * \warning WARNING doit-etre etre publique ?
 714  * TODO : y aurait il un inconvenient à fusionner ces 2 fonctions
 715  *
 716  * @param ImageDataSize new Pixel Area Size
 717  *        warning : nothing else is checked
 718  */
 719
 720 void gdcmFile::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize) {
 721    std::string content1;
 722    char car[20];
 723    // Assumes ElValue (0x7fe0, 0x0010) exists ...
 724    sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
 725
 726    gdcmElValue*a = GetElValueByNumber(0x7fe0, 0x0010);
 727    a->SetLength(ImageDataSize);
 728
 729    ImageDataSize+=8;
 730    sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
 731    content1=car;
 732    SetPubElValByNumber(content1, 0x7fe0, 0x0000);
 733 }
 734
 735
 736 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 737 /**
 738  * \ingroup   gdcmFile
 739  * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image
 740  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 741  *        Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement
 742  *        (Equivalent a IdImaWriteRawFile)
 743  *
 744  * @param fileName
 745  * @return
 746  */
 747
 748 int gdcmFile::WriteRawData (std::string fileName) {
 749    FILE * fp1;
 750    fp1 = fopen(fileName.c_str(),"wb");
 751    if (fp1 == NULL) {
 752       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",fileName.c_str());
 753       return (0);
 754    }
 755    fwrite (PixelData,lgrTotale, 1, fp1);
 756    fclose (fp1);
 757    return(1);
 758 }
 759
 760 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 761 /**
 762  * \ingroup   gdcmFile
 763  * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom
 764  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 765  *         Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 766  *         (Equivalent a IdDcmWrite)
 767  *
 768  * @param fileName
 769  * @return int acts as a boolean
 770  */
 771
 772 int gdcmFile::WriteDcmImplVR (std::string fileName) {
 773    return WriteBase(fileName, ImplicitVR);
 774 }
 775
 776 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 777 /**
 778  * \ingroup   gdcmFile
 779  * \brief
 780  * @param  fileName
 781  * @return int acts as a boolean
 782  */
 783
 784 int gdcmFile::WriteDcmImplVR (const char* fileName) {
 785    return WriteDcmImplVR (std::string (fileName));
 786 }
 787
 788 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 789 /**
 790  * \ingroup   gdcmFile
 791  * \brief
 792  * @param  fileName
 793  * @return int acts as a boolean
 794  */
 795
 796 int gdcmFile::WriteDcmExplVR (std::string fileName) {
 797    return WriteBase(fileName, ExplicitVR);
 798 }
 799
 800 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 801 /**
 802  * \ingroup   gdcmFile
 803  * \brief  Ecrit au format ACR-NEMA sur disque l'entete et les pixels
 804  *        (a l'attention des logiciels cliniques
 805  *        qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
 806  * \warning si un header DICOM est fourni en entree,
 807  *        les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores)
 808  * \warning Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 809  *        Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 810  *        (Equivalent a IdDcmWrite)
 811  *
 812  * @param fileName
 813  * @return int acts as a boolean
 814  */
 815
 816 int gdcmFile::WriteAcr (std::string fileName) {
 817    return WriteBase(fileName, ACR);
 818 }
 819
 820 /////////////////////////////////////////////////////////////////
 821 /**
 822  * \ingroup   gdcmFile
 823  *
 824  * @param  FileName
 825  * @param  type
 826  *
 827  * @return int acts as a boolean
 828  */
 829 int gdcmFile::WriteBase (std::string FileName, FileType type) {
 830
 831    FILE * fp1;
 832    fp1 = fopen(FileName.c_str(),"wb");
 833    if (fp1 == NULL) {
 834       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",FileName.c_str());
 835       return (0);
 836    }
 837
 838    if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) ) {
 839       char * filePreamble;
 840       // writing Dicom File Preamble
 841       filePreamble=(char*)calloc(128,1);
 842       fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
 843       fwrite("DICM",4,1,fp1);
 844    }
 845
 846    // --------------------------------------------------------------
 847    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 848    //
 849    // if recognition code tells us we dealt with a LibIDO image
 850    // we reproduce on disk the switch between lineNumber and columnNumber
 851    // just before writting ...
 852
 853    std::string rows, columns;
 854    if ( filetype == ACR_LIBIDO){
 855          rows    = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0010);
 856          columns = GetPubElValByNumber(0x0028, 0x0011);
 857          SetPubElValByNumber(columns,  0x0028, 0x0010);
 858          SetPubElValByNumber(rows   ,  0x0028, 0x0011);
 859    }
 860    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 861
 862    gdcmHeader::Write(fp1, type);
 863
 864    // --------------------------------------------------------------
 865    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 866    //
 867    // ...and we restore the Header to be Dicom Compliant again
 868    // just after writting
 869
 870    if (filetype == ACR_LIBIDO){
 871          SetPubElValByNumber(rows   , 0x0028, 0x0010);
 872          SetPubElValByNumber(columns, 0x0028, 0x0011);
 873    }
 874    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 875
 876    fwrite(PixelData, lgrTotale, 1, fp1);
 877    fclose (fp1);
 878    return(1);
 879 }