5 static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb);
7 /////////////////////////////////////////////////////////////////
10 * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
11 * \file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
12 * \Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
13 * \for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
14 * \Note: the in-memory representation of all available tags found in
15 * \the DICOM header is post-poned to first header information access.
16 * \This avoid a double parsing of public part of the header when
17 * \one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
18 * \seen as a side effect).
25 gdcmFile::gdcmFile(string & filename)
26 :gdcmHeader(filename.c_str())
31 /////////////////////////////////////////////////////////////////
34 * \brief Renvoie la longueur A ALLOUER pour recevoir les pixels de l'image
35 * \ ou DES images dans le cas d'un multiframe
36 * \ ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels
37 * \ (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens).
39 * @param void Rien en entree
41 * @return longueur a allouer
44 size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) {
45 int nbLignes, nbCol, nbFrames, nb;
46 string str_nbFrames, str_nb;
48 nbLignes=atoi(gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0010).c_str());
50 nbCol =atoi(gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011).c_str());
53 str_nbFrames=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008);
55 if (str_nbFrames == "gdcm::Unfound" ) {
58 nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() );
61 // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
62 str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
64 if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) {
67 nb = atoi(str_nb.c_str() );
70 size_t lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8);
75 /////////////////////////////////////////////////////////////////
78 * \brief amene en mémoire les Pixels d'une image NON COMPRESSEE
79 * \Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image
83 * @return Pointeur sur la zone mémoire contenant les Pixels lus
87 void * gdcmFile::GetImageData (void) {
91 int nb, nbu, highBit, signe;
92 string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
94 unsigned short int mask = 0xffff;
96 // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
97 str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
99 if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) {
102 nb = atoi(str_nb.c_str() );
105 // Nombre de Bits Utilises
106 str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
108 if (str_nbu == "gdcm::Unfound" ) {
111 nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
114 // Position du Bit de Poids Fort
115 str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
117 if (str_highBit == "gdcm::Unfound" ) {
120 highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
123 // Signe des Pixels 0 : Unsigned
124 str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
126 if (str_signe == "gdcm::Unfound" ) {
129 signe = atoi(str_signe.c_str() );
132 // Longueur en Octets des Pixels a lire
133 size_t _lgrTotale = GetImageDataSize();
135 //Pixels = (char *) g_malloc(_lgrTotale);
136 _Pixels = (char *) malloc(_lgrTotale);
138 GetPixels(lgrTotale, _Pixels);
140 // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est
142 int _sw = GetSwapCode();
144 _Swap (_Pixels, _sw, _lgrTotale, nb);
147 // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est
149 // ATTENTION : Jamais confronté a des pixels stockes sur 32 bits
150 // avec moins de 32 bits utilises
151 // et dont le bit de poids fort ne serait pas la ou on l'attend ...
152 // --> ne marchera pas dans ce cas
154 mask = mask >> (nb-nbu);
155 int l=(int)_lgrTotale/(nb/8);
156 unsigned short *deb = (unsigned short *)_Pixels;
157 for(int i=0;i<l;i++) {
158 *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
162 // On l'affecte à un champ du dcmFile
165 lgrTotale = _lgrTotale;
168 // ca fait double emploi, il faudra nettoyer ça
175 /////////////////////////////////////////////////////////////////
178 * \brief amene en mémoire les Pixels d'une image NON COMPRESSEE
179 * \Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image
183 * @return Pointeur sur la zone mémoire contenant les Pixels lus
186 void * gdcmFile::GetImageData (void) {
188 // Longueur en Octets des Pixels a lire
189 size_t taille = GetImageDataSize();// ne faudrait-il pas la stocker?
190 _Pixels = (char *) malloc(taille);
191 GetImageDataIntoVector(_Pixels, taille);
193 // On l'affecte à un champ du dcmFile
198 // ca fait double emploi, il faudra nettoyer ça
205 /////////////////////////////////////////////////////////////////
208 * \brief amene en mémoire dans une zone précisee par l'utilisateur
209 * \les Pixels d'une image NON COMPRESSEE
210 * \Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image
217 int gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) {
220 // dans quel cas la Maxize sert-elle a quelque chose?
221 // que fait-on si la taille de l'image est + gde que Maxize?
222 // que fait-on si la taille de l'image est + petite que Maxize?
225 void * Pixels = destination; // pour garder le code identique avec GetImageData
227 int nb, nbu, highBit, signe;
228 string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
230 unsigned short int mask = 0xffff;
232 // Longueur en Octets des Pixels a lire
233 size_t _lgrTotale = GetImageDataSize(); // ne faudrait-il pas la stocker?
235 // si lgrTotale < MaxSize ==> Gros pb
236 // -> on résoud à la goret
238 if ( _lgrTotale < MaxSize ) MaxSize = _lgrTotale;
240 GetPixels(MaxSize, destination);
242 // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
243 str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
245 if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) {
248 nb = atoi(str_nb.c_str() );
251 // Nombre de Bits Utilises
252 str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
254 if (str_nbu == "gdcm::Unfound" ) {
257 nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
260 // Position du Bit de Poids Fort
261 str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
263 if (str_highBit == "gdcm::Unfound" ) {
266 highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
270 str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
272 if (str_signe == "gdcm::Unfound" ) {
275 signe = atoi(str_signe.c_str() );
278 // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est
280 int _sw = GetSwapCode();
282 _Swap (destination, _sw, _lgrTotale, nb);
285 // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est
287 // ATTENTION : Jamais confronté a des pixels stockes sur 32 bits
288 // avec moins de 32 bits utilises
289 // et dont le bit de poids fort ne serait pas la ou on l'attend ...
290 // --> ne marchera pas dans ce cas
292 mask = mask >> (nb-nbu);
293 int l=(int)MaxSize/(nb/8);
294 unsigned short *deb = (unsigned short *)Pixels;
295 for(int i=0;i<l;i++) {
296 *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
301 // VOIR s'il ne faudrait pas l'affecter à un champ du dcmHeader
308 // Je laisse le code integral, au cas ça puisse etre reutilise ailleurs
311 static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb) {
330 ((unsigned short int*)im)[i]= ((((unsigned short int*)im)[i])>>8)
331 | ((((unsigned short int*)im)[i])<<8);
335 printf("valeur de SWAP (16 bits) non autorisee : %d\n", swap);
347 faible= ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff; /* 4321 */
348 fort =((unsigned long int*)im)[i]>>16;
349 fort= (fort>>8) | (fort<<8);
350 faible=(faible>>8) | (faible<<8);
352 ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
358 faible= ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff; /* 2143 */
359 fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
360 fort= (fort>>8) | (fort<<8);
361 faible=(faible>>8) | (faible<<8);
363 ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|faible;
369 faible= ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff; /* 3412 */
370 fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
372 ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
377 printf("valeur de SWAP (32 bits) non autorisee : %d\n", swap);
382 /////////////////////////////////////////////////////////////////
385 * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image
386 * \Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
387 * \Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement
388 * \ (Equivalent a IdImaWriteRawFile)
395 int gdcmFile::WriteRawData (string nomFichier) {
398 fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb");
400 printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str());
404 fwrite (Pixels,lgrTotale, 1, fp1);
411 /////////////////////////////////////////////////////////////////
414 * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom
415 * \Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
416 * \Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
417 * \ (Equivalent a IdDcmWrite)
424 int gdcmFile::WriteDcm (string nomFichier) {
426 // ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution)
430 fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb");
432 printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str());
436 // Ecriture Dicom File Preamble
437 filePreamble=(char*)calloc(128,1);
438 fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
439 fwrite("DICM",4,1,fp1);
441 // un accesseur de + est obligatoire ???
442 // pourtant le ElValSet contenu dans le gdcmHeader
443 // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?)
445 GetPubElVals().Write(fp1);
447 fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1);