5 static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb);
7 /////////////////////////////////////////////////////////////////
10 * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
11 * \file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
12 * \Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
13 * \for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
14 * \Note: the in-memory representation of all available tags found in
15 * \the DICOM header is post-poned to first header information access.
16 * \This avoid a double parsing of public part of the header when
17 * \one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
18 * \seen as a side effect).
25 gdcmFile::gdcmFile(string & filename)
26 :gdcmHeader(filename.c_str())
31 /////////////////////////////////////////////////////////////////
34 * \brief Renvoie la longueur A ALLOUER pour recevoir les pixels de l'image
35 * \ ou DES images dans le cas d'un multiframe
36 * \ ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels
37 * \ (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens).
39 * @param void Rien en entree
41 * @return longueur a allouer
44 size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) {
45 int nbLignes, nbCol, nbFrames, nb;
46 string str_nbFrames, str_nb;
48 nbLignes=atoi(gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0010).c_str());
50 nbCol =atoi(gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011).c_str());
53 str_nbFrames=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008);
55 if (str_nbFrames == "gdcm::Unfound" ) {
58 nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() );
61 // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
62 str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
64 if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) {
67 nb = atoi(str_nb.c_str() );
70 size_t lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8);
75 /////////////////////////////////////////////////////////////////
78 * \brief amene en mémoire les Pixels d'une image NON COMPRESSEE
79 * \Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image
83 * @return Pointeur sur la zone mémoire contenant les Pixels lus
86 void * gdcmFile::GetImageData (void) {
90 int nb, nbu, highBit, signe;
91 string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
93 unsigned short int mask = 0xffff;
95 // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
96 str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
98 if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) {
101 nb = atoi(str_nb.c_str() );
104 // Nombre de Bits Utilises
105 str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
107 if (str_nbu == "gdcm::Unfound" ) {
110 nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
113 // Position du Bit de Poids Fort
114 str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
116 if (str_highBit == "gdcm::Unfound" ) {
119 highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
122 // Signe des Pixels 0 : Unsigned
123 str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
125 if (str_signe == "gdcm::Unfound" ) {
128 signe = atoi(str_signe.c_str() );
131 // Longueur en Octets des Pixels a lire
132 size_t _lgrTotale = GetImageDataSize();
134 //Pixels = (char *) g_malloc(_lgrTotale);
135 _Pixels = (char *) malloc(_lgrTotale);
137 GetPixels(lgrTotale, _Pixels);
139 // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est
141 int _sw = GetSwapCode();
143 _Swap (_Pixels, _sw, _lgrTotale, nb);
146 // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est
148 // ATTENTION : Jamais confronté a des pixels stockes sur 32 bits
149 // avec moins de 32 bits utilises
150 // et dont le bit de poids fort ne serait pas la ou on l'attend ...
151 // --> ne marchera pas dans ce cas
153 mask = mask >> (nb-nbu);
154 int l=(int)_lgrTotale/(nb/8);
155 unsigned short *deb = (unsigned short *)_Pixels;
156 for(int i=0;i<l;i++) {
157 *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
161 // On l'affecte à un champ du dcmFile
164 lgrTotale = _lgrTotale;
167 // ca fait double emploi, il faudra nettoyer ça
173 /////////////////////////////////////////////////////////////////
176 * \brief amene en mémoire dans une zone précisee par l'utilisateur
177 * \les Pixels d'une image NON COMPRESSEE
178 * \Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image
185 int gdcmFile::PutImageDataHere (void* destination, size_t MaxSize) {
188 // dans quel cas la Maxize sert-elle a quelque chose?
189 // que fait-on si la taille de l'image est + gde que Maxize?
190 // que fait-on si la taille de l'image est + petite que Maxize?
193 void * Pixels = destination; // pour garder le code identique avec GetImageData
195 int nb, nbu, highBit, signe;
196 string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
198 unsigned short int mask = 0xffff;
200 // Longueur en Octets des Pixels a lire
201 size_t _lgrTotale = GetImageDataSize(); // ne faudrait-il pas la stocker?
203 // si lgrTotale < MaxSize ==> Gros pb . A VOIR
205 lgrTotale = MaxSize; // pour garder le code identique avec GetImageData
206 //Pixels = (char *) malloc(lgrTotale); // pour garder le code identique avec GetImageData
208 GetPixels(lgrTotale, Pixels);
211 // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
212 str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
214 if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) {
217 nb = atoi(str_nb.c_str() );
220 // Nombre de Bits Utilises
221 str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
223 if (str_nbu == "gdcm::Unfound" ) {
226 nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
229 // Position du Bit de Poids Fort
230 str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
232 if (str_highBit == "gdcm::Unfound" ) {
235 highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
239 str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
241 if (str_signe == "gdcm::Unfound" ) {
244 signe = atoi(str_signe.c_str() );
248 // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est
250 int _sw = GetSwapCode();
252 _Swap (Pixels, _sw, lgrTotale, nb);
255 // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est
257 // ATTENTION : Jamais confronté a des pixels stockes sur 32 bits
258 // avec moins de 32 bits utilises
259 // et dont le bit de poids fort ne serait pas la ou on l'attend ...
260 // --> ne marchera pas dans ce cas
262 mask = mask >> (nb-nbu);
263 int l=(int)lgrTotale/(nb/8);
264 unsigned short *deb = (unsigned short *)Pixels;
265 for(int i=0;i<l;i++) {
266 *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
271 // VOIR s'il ne faudrait pas l'affecter à un champ du dcmHeader
273 //return (Pixels); // pour garder le code identique avec GetImageData
278 // Je laisse le code integral, au cas ça puisse etre reutilise ailleurs
281 static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb) {
300 ((unsigned short int*)im)[i]= ((((unsigned short int*)im)[i])>>8)
301 | ((((unsigned short int*)im)[i])<<8);
305 printf("valeur de SWAP (16 bits) non autorisee : %d\n", swap);
317 faible= ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff; /* 4321 */
318 fort =((unsigned long int*)im)[i]>>16;
319 fort= (fort>>8) | (fort<<8);
320 faible=(faible>>8) | (faible<<8);
322 ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
328 faible= ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff; /* 2143 */
329 fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
330 fort= (fort>>8) | (fort<<8);
331 faible=(faible>>8) | (faible<<8);
333 ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|faible;
339 faible= ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff; /* 3412 */
340 fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
342 ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
347 printf("valeur de SWAP (32 bits) non autorisee : %d\n", swap);
352 /////////////////////////////////////////////////////////////////
355 * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image
356 * \Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
357 * \Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement
358 * \ Equivalent a IdImaWriteRawFile)
365 int gdcmFile::WriteRawData (string nomFichier) {
368 fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb");
370 printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str());
374 fwrite (Pixels,lgrTotale, 1, fp1);
381 /////////////////////////////////////////////////////////////////
384 * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom
385 * \Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
386 * \Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement.
387 * \ (Equivalent a IdDcmWrite)
394 int gdcmFile::WriteDcm (string nomFichier) {
397 // ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution)
401 fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb");
403 printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str());
407 // Ecriture Dicom File Preamble
408 filePreamble=(char*)calloc(128,1);
409 fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
410 fwrite("DICM",4,1,fp1);
412 // un accesseur de + est obligatoire ???
413 // pourtant le ElValSet contenu dans le gdcmHeader
414 // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?)
416 GetPubElVals().Write(fp1);
418 fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1);