src/gdcmFile.cxx

   1 // gdcmFile.cxx
   2 //-----------------------------------------------------------------------------
   3 #include "gdcmFile.h"
   4 #include "gdcmUtil.h"
   5 #include "jpeg/ljpg/jpegless.h"
   6
   7 //-----------------------------------------------------------------------------
   8 // Constructor / Destructor
   9 /**
  10  * \ingroup   gdcmFile
  11  * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
  12  *        file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
  13  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  14  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  15  * \Note  the in-memory representation of all available tags found in
  16  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  17  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  18  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  19  *        seen as a side effect).
  20  *
  21  * @param header file to be opened for reading datas
  22  *
  23  * @return
  24  */
  25
  26 gdcmFile::gdcmFile(gdcmHeader *header) {
  27    Header=header;
  28    SelfHeader=false;
  29
  30    if (Header->IsReadable())
  31       SetPixelDataSizeFromHeader();
  32 }
  33
  34 /**
  35  * \ingroup   gdcmFile
  36  * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
  37  *        file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
  38  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  39  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
  40  * \Note  the in-memory representation of all available tags found in
  41  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  42  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  43  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  44  *        seen as a side effect).
  45  * @param filename file to be opened for parsing
  46  * @return
  47  */
  48 gdcmFile::gdcmFile(std::string & filename) {
  49    Header=new gdcmHeader(filename.c_str());
  50    SelfHeader=true;
  51
  52    if (Header->IsReadable())
  53       SetPixelDataSizeFromHeader();
  54 }
  55
  56 gdcmFile::gdcmFile(const char * filename) {
  57    Header=new gdcmHeader(filename);
  58    SelfHeader=true;
  59
  60    if (Header->IsReadable())
  61       SetPixelDataSizeFromHeader();
  62 }
  63
  64 /**
  65  * \ingroup   gdcmFile
  66  * \brief canonical destructor
  67  * \Note  If the gdcmHeader is created by the gdcmFile, it is destroyed
  68  *        by the gdcmFile
  69  */
  70 gdcmFile::~gdcmFile(void) {
  71    if(SelfHeader)
  72       delete Header;
  73    Header=NULL;
  74 }
  75
  76 //-----------------------------------------------------------------------------
  77 // Print
  78
  79 //-----------------------------------------------------------------------------
  80 // Public
  81 /**
  82  * \ingroup   gdcmFile
  83  * \brief
  84  * @return
  85  */
  86 gdcmHeader *gdcmFile::GetHeader(void) {
  87    return(Header);
  88 }
  89
  90 /**
  91  * \ingroup   gdcmFile
  92  * \brief     computes the length (in bytes) to ALLOCATE to receive the
  93  *            image(s) pixels (multiframes taken into account)
  94  * \warning : it is NOT the group 7FE0 length
  95  *          (no interest for compressed images).
  96  * @return length to allocate
  97  */
  98 void gdcmFile::SetPixelDataSizeFromHeader(void) {
  99    // see PS 3.3-2003 : C.7.6.3.2.1
 100    //
 101    //   MONOCHROME1
 102    //   MONOCHROME2
 103    //   PALETTE COLOR
 104    //   RGB
 105    //   HSV  (Retired)
 106    //   ARGB (Retired)
 107    //   CMYK (Retired)
 108    //   YBR_FULL
 109    //   YBR_FULL_422 (no LUT, no Palette)
 110    //   YBR_PARTIAL_422
 111    //   YBR_ICT
 112    //   YBR_RCT
 113
 114    // LUT's
 115    // ex : gdcm-US-ALOKA-16.dcm
 116    // 0028|1221 [OW]   [Segmented Red Palette Color Lookup Table Data]
 117    // 0028|1222 [OW]   [Segmented Green Palette Color Lookup Table Data]
 118    // 0028|1223 [OW]   [Segmented Blue Palette Color Lookup Table Data]
 119
 120    // ex  : OT-PAL-8-face.dcm
 121    // 0028|1201 [US]   [Red Palette Color Lookup Table Data]
 122    // 0028|1202 [US]   [Green Palette Color Lookup Table Data]
 123    // 0028|1203 [US]   [Blue Palette Color Lookup Table Data]
 124
 125    int nb;
 126    std::string str_nb;
 127    str_nb=Header->GetEntryByNumber(0x0028,0x0100);
 128    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 129       nb = 16;
 130    } else {
 131       nb = atoi(str_nb.c_str() );
 132       if (nb == 12) nb =16;
 133    }
 134    lgrTotale =  lgrTotaleRaw = Header->GetXSize() * Header->GetYSize()
 135               * Header->GetZSize() * (nb/8)* Header->GetSamplesPerPixel();
 136    std::string str_PhotometricInterpretation =
 137                              Header->GetEntryByNumber(0x0028,0x0004);
 138
 139    /*if ( str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR " )*/
 140    // pb when undealt Segmented Palette Color
 141
 142     if (Header->HasLUT()) {
 143       lgrTotale*=3;
 144    }
 145 }
 146
 147 /**
 148  * \ingroup   gdcmFile
 149  * \brief     Returns the size (in bytes) of required memory to hold
 150  *            the pixel data represented in this file.
 151  * @return    The size of pixel data in bytes.
 152  */
 153 size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) {
 154    return (lgrTotale);
 155 }
 156
 157 /**
 158  * \ingroup   gdcmFile
 159  * \brief     Returns the size (in bytes) of required memory to hold
 160  * \          the pixel data represented in this file, when user DOESN'T want
 161  * \          to get RGB pixels image when it's stored as a PALETTE COLOR image
 162  * \          - the (vtk) user is supposed to know how deal with LUTs -
 163  * \warning   to be used with GetImagePixelsRaw()
 164  * @return    The size of pixel data in bytes.
 165  */
 166 size_t gdcmFile::GetImageDataSizeRaw(void) {
 167    return (lgrTotaleRaw);
 168 }
 169
 170 /**
 171  * \ingroup gdcmFile
 172  * \brief   Allocates necessary memory, copies the pixel data
 173  *          (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 174  *          Transforms YBR pixels into RGB pixels if any
 175  *          Transforms 3 planes R, G, B into a single RGB Plane
 176  *          Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 177  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 178  * \        NULL if alloc fails
 179  */
 180 void * gdcmFile::GetImageData (void) {
 181    PixelData = (void *) malloc(lgrTotale);
 182    if (PixelData)
 183       GetImageDataIntoVector(PixelData, lgrTotale);
 184    return(PixelData);
 185 }
 186
 187 /**
 188  * \ingroup gdcmFile
 189  * \brief   Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller's
 190  *          memory space.
 191  * \warning This function was designed to avoid people that want to build
 192  *          a volume from an image stack to need first to get the image pixels
 193  *          and then move them to the volume area.
 194  *          It's absolutely useless for any VTK user since vtk chooses
 195  *          to invert the lines of an image, that is the last line comes first
 196  *          (for some axis related reasons?). Hence he will have
 197  *          to load the image line by line, starting from the end.
 198  *          VTK users have to call GetImageData
 199  *
 200  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 201  *          pixel data should be copied
 202  * @param   MaxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 203  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 204  *          executed (i.e. no partial copy).
 205  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 206  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 207  */
 208 size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) {
 209    size_t l = GetImageDataIntoVectorRaw (destination, MaxSize);
 210
 211    if (!Header->HasLUT())
 212       return lgrTotale;
 213
 214    // from Lut R + Lut G + Lut B
 215    unsigned char * newDest = (unsigned char *)malloc(lgrTotale);
 216    unsigned char * a       = (unsigned char *)destination;
 217    unsigned char * lutRGBA =                  Header->GetLUTRGBA();
 218    if (lutRGBA) {
 219       int l = lgrTotaleRaw;
 220       memmove(newDest, destination, l);// move Gray pixels to temp area
 221       int j;
 222       for (int i=0;i<l; i++) {         // Build RGB Pixels
 223          j=newDest[i]*4;
 224          *a++ = lutRGBA[j];
 225          *a++ = lutRGBA[j+1];
 226          *a++ = lutRGBA[j+2];
 227       }
 228       free(newDest);
 229
 230    // now, it's an RGB image
 231    // Lets's write it in the Header
 232
 233          // CreateOrReplaceIfExist ?
 234
 235    std::string spp = "3";        // Samples Per Pixel
 236    Header->SetEntryByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 237    std::string rgb= "RGB ";      // Photometric Interpretation
 238    Header->SetEntryByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 239    std::string planConfig = "0"; // Planar Configuration
 240    Header->SetEntryByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
 241
 242    } else {
 243              // need to make RGB Pixels (?)
 244              //    from grey Pixels (?!)
 245              //     and Gray Lut  (!?!)
 246              //    or Segmented xxx Palette Color Lookup Table Data and so on
 247
 248          // Oops! I get one (gdcm-US-ALOKA-16.dcm)
 249          // No idea how to manage such an image
 250          // It seems that *no Dicom Viewer* has any idea :-(
 251          // Segmented xxx Palette Color are *more* than 65535 long ?!?
 252
 253       std::string rgb= "MONOCHROME1 ";      // Photometric Interpretation
 254       Header->SetEntryByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 255    }
 256    // TODO : Drop Palette Color out of the Header?
 257    return lgrTotale;
 258 }
 259
 260 /**
 261  * \ingroup gdcmFile
 262  * \brief   Allocates necessary memory, copies the pixel data
 263  *          (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
 264  *          Transforms YBR pixels into RGB pixels if any
 265  *          Transforms 3 planes R, G, B into a single RGB Plane
 266  *          DOES NOT transform Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
 267  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
 268  * \        NULL if alloc fails
 269  */
 270 void * gdcmFile::GetImageDataRaw (void) {
 271    if (Header->HasLUT())
 272       lgrTotale /= 3;  // TODO Let gdcmHeadar user a chance
 273                        // to get the right value
 274                        // Create a member lgrTotaleRaw ???
 275    PixelData = (void *) malloc(lgrTotale);
 276    if (PixelData)
 277       GetImageDataIntoVectorRaw(PixelData, lgrTotale);
 278    return(PixelData);
 279 }
 280
 281 /**
 282  * \ingroup gdcmFile
 283  * \brief   Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller's
 284  *          memory space.
 285  * \warning This function was designed to avoid people that want to build
 286  *          a volume from an image stack to need first to get the image pixels
 287  *          and then move them to the volume area.
 288  *          It's absolutely useless for any VTK user since vtk chooses
 289  *          to invert the lines of an image, that is the last line comes first
 290  *          (for some axis related reasons?). Hence he will have
 291  *          to load the image line by line, starting from the end.
 292  *          VTK users hace to call GetImageData
 293  * \warning DOES NOT transform the Grey Plane + Palette Color (if any)
 294  *                   into a single RGB Pixels Plane
 295  *          the (VTK) user will manage the palettes
 296  *
 297  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
 298  *          pixel data should be copied
 299  * @param   MaxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
 300  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
 301  *          executed (i.e. no partial copy).
 302  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
 303  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
 304  */
 305 size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVectorRaw (void* destination, size_t MaxSize) {
 306
 307    int nb, nbu, highBit, signe;
 308    std::string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
 309
 310    if ( lgrTotale > MaxSize ) {
 311       dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
 312                      "than caller's expected MaxSize");
 313       return (size_t)0;
 314    }
 315
 316    (void)ReadPixelData(destination);
 317
 318         // Number of Bits Allocated for storing a Pixel
 319    str_nb = Header->GetEntryByNumber(0x0028,0x0100);
 320    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 321       nb = 16;
 322    } else {
 323       nb = atoi(str_nb.c_str() );
 324    }
 325         // Number of Bits actually used
 326    str_nbu=Header->GetEntryByNumber(0x0028,0x0101);
 327    if (str_nbu == GDCM_UNFOUND ) {
 328       nbu = nb;
 329    } else {
 330       nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
 331    }
 332         // High Bit Position
 333    str_highBit=Header->GetEntryByNumber(0x0028,0x0102);
 334    if (str_highBit == GDCM_UNFOUND ) {
 335       highBit = nb - 1;
 336    } else {
 337       highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
 338    }
 339         // Pixel sign
 340         // 0 = Unsigned
 341         // 1 = Signed
 342    str_signe=Header->GetEntryByNumber(0x0028,0x0103);
 343    if (str_signe == GDCM_UNFOUND ) {
 344       signe = 0;  // default is unsigned
 345    } else {
 346       signe = atoi(str_signe.c_str() );
 347    }
 348
 349    // re arange bytes inside the integer (processor endianity)
 350    if (nb != 8)
 351      SwapZone(destination, Header->GetSwapCode(), lgrTotale, nb);
 352
 353    // to avoid pb with some xmedcon breakers images
 354    if (nb==16 && nbu<nb && signe==0) {
 355      int l = (int)lgrTotale / (nb/8);
 356      guint16 *deb = (guint16 *)destination;
 357      for(int i = 0; i<l; i++) {
 358         if(*deb == 0xffff)
 359            *deb=0;
 360            deb++;
 361          }
 362     }
 363
 364    // re arange bits inside the bytes
 365    if (nbu != nb){
 366       int l = (int)lgrTotale / (nb/8);
 367       if (nb == 16) {
 368          guint16 mask = 0xffff;
 369          mask = mask >> (nb-nbu);
 370          guint16 *deb = (guint16 *)destination;
 371          for(int i = 0; i<l; i++) {
 372             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 373             deb ++;
 374          }
 375       } else if (nb == 32 ) {
 376          guint32 mask = 0xffffffff;
 377          mask = mask >> (nb-nbu);
 378          guint32 *deb = (guint32 *)destination;
 379          for(int i = 0; i<l; i++) {
 380             *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
 381             deb ++;
 382          }
 383       } else {
 384          dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: wierd image");
 385          return (size_t)0;
 386       }
 387    }
 388 // DO NOT remove this code commented out.
 389 // Nobody knows what's expecting you ...
 390 // Just to 'see' what was actually read on disk :-(
 391 //   FILE * f2;
 392 //   f2 = fopen("SpuriousFile.raw","wb");
 393 //   fwrite(destination,lgrTotale,1,f2);
 394 //   fclose(f2);
 395
 396    // Deal with the color
 397    // -------------------
 398
 399        std::string str_PhotometricInterpretation =
 400                  Header->GetEntryByNumber(0x0028,0x0004);
 401
 402       if ( (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME1 ")
 403         || (str_PhotometricInterpretation == "MONOCHROME2 ") ) {
 404          return lgrTotale;
 405       }
 406
 407    // Planar configuration = 0 : Pixels are already RGB
 408    // Planar configuration = 1 : 3 planes : R, G, B
 409    // Planar configuration = 2 : 1 gray Plane + 3 LUT
 410
 411    // Well ... supposed to be !
 412    // See US-PAL-8-10x-echo.dcm: PlanarConfiguration=0,
 413    //                            PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR
 414    // and heuristic has to be found :-(
 415
 416       int planConf=Header->GetPlanarConfiguration();  // 0028,0006
 417
 418       // Whatever Planar Configuration is,
 419       // "PALETTE COLOR " implies that we deal with the palette.
 420       if (str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR ")
 421          planConf=2;
 422
 423       switch (planConf) {
 424       case 0:
 425          //       Pixels are already RGB
 426          break;
 427
 428       case 1:
 429
 430          {
 431          if (str_PhotometricInterpretation == "YBR_FULL") {
 432
 433    // Warning : YBR_FULL_422 acts as RGB
 434    //         : we need to make RGB Pixels from Planes Y,cB,cR
 435
 436          // to see the tricks about YBR_FULL, YBR_FULL_422,
 437          // YBR_PARTIAL_422, YBR_ICT, YBR_RCT have a look at :
 438          //   ftp://medical.nema.org/medical/dicom/final/sup61_ft.pdf
 439          // and be *very* affraid
 440          //
 441             int l = Header->GetXSize()*Header->GetYSize();
 442             int nbFrames = Header->GetZSize();
 443
 444             unsigned char * newDest = (unsigned char*) malloc(lgrTotale);
 445             unsigned char *x  = newDest;
 446             unsigned char * a = (unsigned char *)destination;
 447             unsigned char * b = a + l;
 448             unsigned char * c = b + l;
 449             double R,G,B;
 450
 451             // TODO : Replace by the 'well known'
 452             //        integer computation counterpart
 453             // see http://lestourtereaux.free.fr/papers/data/yuvrgb.pdf
 454             // for code optimisation
 455
 456             for (int i=0;i<nbFrames;i++) {
 457                for (int j=0;j<l; j++) {
 458                   R= 1.164 *(*a-16) + 1.596 *(*c -128) + 0.5;
 459                   G= 1.164 *(*a-16) - 0.813 *(*c -128) - 0.392 *(*b -128) + 0.5;
 460                   B= 1.164 *(*a-16) + 2.017 *(*b -128) + 0.5;
 461
 462                   if (R<0.0)   R=0.0;
 463                   if (G<0.0)   G=0.0;
 464                   if (B<0.0)   B=0.0;
 465                   if (R>255.0) R=255.0;
 466                   if (G>255.0) G=255.0;
 467                   if (B>255.0) B=255.0;
 468
 469                   *(x++) = (unsigned char)R;
 470                   *(x++) = (unsigned char)G;
 471                   *(x++) = (unsigned char)B;
 472                   a++; b++; c++;
 473                }
 474            }
 475             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 476             free(newDest);
 477
 478         } else {
 479
 480          //       need to make RGB Pixels from R,G,B Planes
 481          //       (all the Frames at a time)
 482
 483             int l = Header->GetXSize()*Header->GetYSize()*Header->GetZSize();
 484
 485             char * newDest = (char*) malloc(lgrTotale);
 486             char * x = newDest;
 487             char * a = (char *)destination;
 488             char * b = a + l;
 489             char * c = b + l;
 490
 491             for (int j=0;j<l; j++) {
 492                *(x++) = *(a++);
 493                *(x++) = *(b++);
 494                *(x++) = *(c++);
 495             }
 496             memmove(destination,newDest,lgrTotale);
 497             free(newDest);
 498         }
 499          break;
 500        }
 501        case 2:
 502          //       Palettes were found
 503          //       Let the user deal with them !
 504          return lgrTotale;
 505    }
 506    // now, it's an RGB image
 507    // Lets's write it in the Header
 508
 509    // CreateOrReplaceIfExist ?
 510
 511    std::string spp = "3";        // Samples Per Pixel
 512    Header->SetEntryByNumber(spp,0x0028,0x0002);
 513    std::string rgb="RGB ";   // Photometric Interpretation
 514    Header->SetEntryByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
 515
 516    std::string planConfig = "0"; // Planar Configuration
 517    Header->SetEntryByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
 518
 519          // TODO : Drop Palette Color out of the Header?
 520    return lgrTotale;
 521 }
 522
 523 /**
 524  * \ingroup   gdcmFile
 525  * \brief TODO JPR
 526  * \warning doit-etre etre publique ?
 527  * TODO : y a-t-il un inconvenient à fusioner ces 2 fonctions
 528  *
 529  * @param inData
 530  * @param ExpectedSize
 531  *
 532  * @return boolean
 533  */
 534 bool gdcmFile::SetImageData(void * inData, size_t ExpectedSize) {
 535    Header->SetImageDataSize(ExpectedSize);
 536    PixelData = inData;
 537    lgrTotale = ExpectedSize;
 538    return(true);
 539 }
 540
 541 /**
 542  * \ingroup   gdcmFile
 543  * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image
 544  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 545  *        Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement
 546  *        (Equivalent a IdImaWriteRawFile)
 547  *
 548  * @param fileName name of the file to be created
 549  *                 (any already existing file is over written)
 550  * @return false if write fails
 551  */
 552
 553 bool gdcmFile::WriteRawData (std::string fileName) {
 554    FILE * fp1;
 555    fp1 = fopen(fileName.c_str(),"wb");
 556    if (fp1 == NULL) {
 557       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",fileName.c_str());
 558       return (false);
 559    }
 560    fwrite (PixelData,lgrTotale, 1, fp1);
 561    fclose (fp1);
 562    return(true);
 563 }
 564
 565 /**
 566  * \ingroup   gdcmFile
 567  * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom
 568  *        Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
 569  *         Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 570  *         (Equivalent a IdDcmWrite)
 571  *
 572  * @param fileName name of the file to be created
 573  *                 (any already existing file is overwritten)
 574  * @return false if write fails
 575  */
 576
 577 bool gdcmFile::WriteDcmImplVR (std::string fileName) {
 578    return WriteBase(fileName, ImplicitVR);
 579 }
 580
 581 /**
 582  * \ingroup   gdcmFile
 583  * \brief
 584  * @param fileName name of the file to be created
 585  *                 (any already existing file is overwritten)
 586  * @return false if write fails
 587  */
 588
 589 bool gdcmFile::WriteDcmImplVR (const char* fileName) {
 590    return WriteDcmImplVR (std::string (fileName));
 591 }
 592
 593 /**
 594  * \ingroup   gdcmFile
 595  * \brief
 596  * @param fileName name of the file to be created
 597  *                 (any already existing file is overwritten)
 598  * @return false if write fails
 599  */
 600
 601 bool gdcmFile::WriteDcmExplVR (std::string fileName) {
 602    return WriteBase(fileName, ExplicitVR);
 603 }
 604
 605 /**
 606  * \ingroup   gdcmFile
 607  * \brief  Ecrit au format ACR-NEMA sur disque l'entete et les pixels
 608  *        (a l'attention des logiciels cliniques
 609  *        qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
 610  * \warning if a DICOM_V3 header is supplied,
 611  *         groups < 0x0008 and shadow groups are ignored)
 612  * \warning NO TEST is performed on processor "Endiannity".
 613  *        Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
 614  *        (Equivalent a IdDcmWrite)
 615  *
 616  * @param fileName name of the file to be created
 617  *                 (any already existing file is overwritten)
 618  * @return false if write fails
 619  */
 620
 621 bool gdcmFile::WriteAcr (std::string fileName) {
 622    return WriteBase(fileName, ACR);
 623 }
 624
 625 //-----------------------------------------------------------------------------
 626 // Protected
 627 /**
 628  * \ingroup   gdcmFile
 629  *
 630 * @param fileName name of the file to be created
 631  *                 (any already existing file is overwritten)
 632  * @param  type file type (ExplicitVR, ImplicitVR, ...)
 633  * @return false if write fails
 634  */
 635 bool gdcmFile::WriteBase (std::string fileName, FileType type) {
 636
 637    FILE * fp1;
 638    fp1 = fopen(fileName.c_str(),"wb");
 639    if (fp1 == NULL) {
 640       printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",fileName.c_str());
 641       return (false);
 642    }
 643
 644    if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) ) {
 645       char * filePreamble;
 646       // writing Dicom File Preamble
 647       filePreamble=(char*)calloc(128,1);
 648       fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
 649       fwrite("DICM",4,1,fp1);
 650    }
 651
 652    // --------------------------------------------------------------
 653    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 654    //
 655    // if recognition code tells us we dealt with a LibIDO image
 656    // we reproduce on disk the switch between lineNumber and columnNumber
 657    // just before writting ...
 658
 659    std::string rows, columns;
 660    if ( Header->GetFileType() == ACR_LIBIDO){
 661          rows    = Header->GetEntryByNumber(0x0028, 0x0010);
 662          columns = Header->GetEntryByNumber(0x0028, 0x0011);
 663          Header->SetEntryByNumber(columns,  0x0028, 0x0010);
 664          Header->SetEntryByNumber(rows   ,  0x0028, 0x0011);
 665    }
 666    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 667
 668    Header->Write(fp1, type);
 669
 670    // --------------------------------------------------------------
 671    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
 672    //
 673    // ...and we restore the Header to be Dicom Compliant again
 674    // just after writting
 675
 676    if (Header->GetFileType() == ACR_LIBIDO){
 677          Header->SetEntryByNumber(rows   , 0x0028, 0x0010);
 678          Header->SetEntryByNumber(columns, 0x0028, 0x0011);
 679    }
 680    // ----------------- End of Special Patch ----------------
 681
 682    fwrite(PixelData, lgrTotale, 1, fp1);
 683    fclose (fp1);
 684    return(true);
 685 }
 686
 687 //-----------------------------------------------------------------------------
 688 // Private
 689 /**
 690  * \ingroup gdcmFile
 691  * \brief   Swap the bytes, according to swap code.
 692  * \warning not end user intended
 693  * @param   im area to deal with
 694  * @param   swap swap code
 695  * @param   lgr Area Length
 696  * @param   nb Pixels Bit number
 697  */
 698 void gdcmFile::SwapZone(void* im, int swap, int lgr, int nb) {
 699 guint32 s32;
 700 guint16 fort,faible;
 701 int i;
 702
 703 if(nb == 16)
 704    switch(swap) {
 705       case 0:
 706       case 12:
 707       case 1234:
 708          break;
 709
 710       case 21:
 711       case 3412:
 712       case 2143:
 713       case 4321:
 714
 715          for(i=0;i<lgr;i++)
 716             ((unsigned short int*)im)[i]= ((((unsigned short int*)im)[i])>>8)
 717                                         | ((((unsigned short int*)im)[i])<<8);
 718          break;
 719
 720       default:
 721          printf("SWAP value (16 bits) not allowed : %d\n", swap);
 722    }
 723
 724 if( nb == 32 )
 725    switch (swap) {
 726       case 0:
 727       case 1234:
 728          break;
 729
 730       case 4321:
 731          for(i=0;i<lgr;i++) {
 732             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 4321 */
 733             fort  =((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 734             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 735             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 736             s32=faible;
 737             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 738          }
 739          break;
 740
 741       case 2143:
 742          for(i=0;i<lgr;i++) {
 743             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 2143 */
 744             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 745             fort=  (fort>>8)   | (fort<<8);
 746             faible=(faible>>8) | (faible<<8);
 747             s32=fort;
 748             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|faible;
 749          }
 750          break;
 751
 752       case 3412:
 753          for(i=0;i<lgr;i++) {
 754             faible=  ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff;    /* 3412 */
 755             fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
 756             s32=faible;
 757             ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
 758          }
 759          break;
 760
 761       default:
 762          printf("SWAP value (32 bits) not allowed : %d\n", swap);
 763    }
 764 return;
 765 }
 766
 767 /**
 768  * \ingroup gdcmFile
 769  * \brief   Read pixel data from disk (optionaly decompressing) into the
 770  *          caller specified memory location.
 771  * @param   destination where the pixel data should be stored.
 772  *
 773  */
 774 bool gdcmFile::ReadPixelData(void* destination) {
 775
 776    FILE *fp;
 777
 778    if ( !(fp=Header->OpenFile()))
 779       return false;
 780
 781    if ( fseek(fp, Header->GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) {
 782       Header->CloseFile();
 783       return false;
 784    }
 785
 786
 787    // ----------------------  Compacted File (12 Bits Per Pixel)
 788    /* unpack 12 Bits pixels into 16 Bits pixels */
 789    /* 2 pixels 12bit =     [0xABCDEF]           */
 790    /* 2 pixels 16bit = [0x0ABD] + [0x0FCE]      */
 791    if (Header->GetBitsAllocated()==12) {
 792       int nbPixels = Header->GetXSize() * Header->GetYSize();
 793       unsigned char b0, b1, b2;
 794
 795       unsigned short int* pdestination = (unsigned short int*)destination;
 796       for(int p=0;p<nbPixels;p+=2) {
 797          fread(&b0,1,1,fp);
 798          fread(&b1,1,1,fp);
 799          fread(&b2,1,1,fp);
 800          //Two steps is necessary to please VC++
 801          *pdestination++ =  ((b0 >> 4) << 8) + ((b0 & 0x0f) << 4) + (b1 & 0x0f);
 802                              /* A */          /* B */            /* D */
 803          *pdestination++ =  ((b2 & 0x0f) << 8) + ((b1 >> 4) << 4) + (b2 >> 4);
 804                              /* F */          /* C */            /* E */
 805
 806         // Troubles expected on Big-Endian processors ?
 807       }
 808       return(true);
 809    }
 810
 811    // ----------------------  Uncompressed File
 812    if ( !Header->IsDicomV3()                             ||
 813         Header->IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 814         Header->IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
 815         Header->IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax()    ||
 816         Header->IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ) {
 817
 818       size_t ItemRead = fread(destination, Header->GetPixelAreaLength(), 1, fp);
 819
 820       if ( ItemRead != 1 ) {
 821          Header->CloseFile();
 822          return false;
 823       } else {
 824          Header->CloseFile();
 825          return true;
 826       }
 827    }
 828
 829    // ---------------------- Run Length Encoding
 830    if (Header->IsRLELossLessTransferSyntax()) {
 831          bool res = (bool)gdcm_read_RLE_file (fp,destination);
 832          return res;
 833    }
 834
 835    // --------------- SingleFrame/Multiframe JPEG Lossless/Lossy/2000
 836    int nb;
 837    std::string str_nb=Header->GetEntryByNumber(0x0028,0x0100);
 838    if (str_nb == GDCM_UNFOUND ) {
 839       nb = 16;
 840    } else {
 841       nb = atoi(str_nb.c_str() );
 842       if (nb == 12) nb =16;  // ?? 12 should be ACR-NEMA only ?
 843    }
 844
 845    int nBytes= nb/8;
 846
 847    int taille = Header->GetXSize() * Header->GetYSize()
 848                * Header->GetSamplesPerPixel();
 849    long fragmentBegining; // for ftell, fseek
 850
 851    bool jpg2000 =     Header->IsJPEG2000();
 852    bool jpgLossless = Header->IsJPEGLossless();
 853
 854    bool res = true;
 855    guint16 ItemTagGr,ItemTagEl;
 856    int ln;
 857
 858       //  Position on begining of Jpeg Pixels
 859
 860    fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 861    fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 862    if(Header->GetSwapCode()) {
 863       ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 864       ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 865    }
 866    fread(&ln,4,1,fp);
 867    if(Header->GetSwapCode())
 868       ln=Header->SwapLong(ln);    // Basic Offset Table Item length
 869
 870    if (ln != 0) {
 871       // What is it used for ?!?
 872       char *BasicOffsetTableItemValue = (char *)malloc(ln+1);
 873       fread(BasicOffsetTableItemValue,ln,1,fp);
 874    }
 875
 876    // first Fragment initialisation
 877    fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 878    fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 879    if(Header->GetSwapCode()) {
 880       ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 881       ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 882    }
 883
 884    // parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 885    while (  ( ItemTagGr == 0xfffe) && (ItemTagEl != 0xe0dd) ) {
 886       // --- for each Fragment
 887
 888       fread(&ln,4,1,fp);
 889       if(Header->GetSwapCode())
 890          ln=Header->SwapLong(ln);    // Fragment Item length
 891
 892       fragmentBegining=ftell(fp);
 893
 894       if (jpg2000) {          // JPEG 2000 :    call to ???
 895
 896          res = (bool)gdcm_read_JPEG2000_file (fp,destination);  // Not Yet written
 897
 898       } // ------------------------------------- endif (JPEG2000)
 899
 900       else if (jpgLossless) { // JPEG LossLess : call to xmedcom JPEG
 901
 902          JPEGLosslessDecodeImage (fp,  // Reading Fragment pixels
 903                                      (unsigned short *)destination,
 904                                      Header->GetPixelSize()*8* Header->GetSamplesPerPixel(),
 905                                      ln);
 906          res=1; // in order not to break the loop
 907
 908       } // ------------------------------------- endif (JPEGLossless)
 909
 910       else {                   // JPEG Lossy : call to IJG 6b
 911
 912          if  (Header->GetBitsStored() == 8) {
 913             res = (bool)gdcm_read_JPEG_file (fp,destination);  // Reading Fragment pixels
 914          } else {
 915             res = (bool)gdcm_read_JPEG_file12 (fp,destination);// Reading Fragment pixels
 916          }
 917       }  // ------------------------------------- endif (JPEGLossy)
 918
 919       if (!res) break;
 920
 921       destination = (char *)destination + taille * nBytes; // location in user's memory
 922                                                            // for next fragment (if any)
 923
 924       fseek(fp,fragmentBegining,SEEK_SET); // To be sure we start
 925       fseek(fp,ln,SEEK_CUR);               // at the begining of next fragment
 926
 927       ItemTagGr = ItemTagEl =0;
 928       fread(&ItemTagGr,2,1,fp);  // Reading (fffe) : Item Tag Gr
 929       fread(&ItemTagEl,2,1,fp);  // Reading (e000) : Item Tag El
 930       if(Header->GetSwapCode()) {
 931          ItemTagGr=Header->SwapShort(ItemTagGr);
 932          ItemTagEl=Header->SwapShort(ItemTagEl);
 933       }
 934
 935    }     // endWhile parsing fragments until Sequence Delim. Tag found
 936
 937    Header->CloseFile();
 938    return res;
 939 }
 940 //-----------------------------------------------------------------------------